### - a -

- A0 : ConcEnt
- ABc : ConcEnt
- alpha : pf_paramT

### - b -

- B0 : ConcEnt
- bp : pair_info
- bpdist : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars

### - c -

- circ : model_detailsT
- comp : pair_info
- contribs : pu_out
- curr_en : intermediate_t

### - d -

- dangles : model_detailsT
- do_backtrack : TwoDfold_vars

### - e -

- E : pu_contrib
- en : TwoDfold_solution
- energy : SOLUTION
- ent : pair_info

### - f -

- F0AB : cofoldF
- FA : cofoldF
- FAB : cofoldF
- FB : cofoldF
- FcAB : cofoldF

### - g -

- Gi : interact
- Gikjl : interact
- Gikjl_wo : interact
- gquad : model_detailsT

### - h -

- H : pu_contrib
- header : pu_out

### - i -

- i : pair_info
- I : pu_contrib
- i : interact

### - j -

- j : pair_info , interact
- jindx : TwoDpfold_vars

### - k -

- k : interact , TwoDpfold_solution , TwoDfold_solution

### - l -

- l : interact , TwoDfold_solution , TwoDpfold_solution
- len : pu_out
- length : pu_contrib , interact
- logML : model_detailsT

### - m -

- M : pu_contrib
- maxD1 : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars
- maxD2 : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars
- mm1 : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars
- mm2 : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars
- model_details : paramT , pf_paramT
- moves : intermediate_t
- my_iindx : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars

### - n -

- noGU : model_detailsT
- noGUclosure : model_detailsT
- noLP : model_detailsT

### - p -

- P : TwoDfold_vars
- p : pair_info
- pf_scale : pf_paramT
- Pi : interact
- pt : intermediate_t
- ptype : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars

### - q -

- q : TwoDpfold_solution

### - r -

- referenceBPs1 : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars
- referenceBPs2 : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars

### - s -

- s : TwoDfold_solution
- S1 : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars
- Sen : intermediate_t
- sequence : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars
- special_hp : model_detailsT
- structure : SOLUTION

### - t -

- temperature : paramT , pf_paramT

### - u -

- u_vals : pu_out
- u_values : pu_out

### - w -

- w : pu_contrib