Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 1 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -3 6 1 -5 -4 -4 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 5 0 0 0 1.33 1.00 2 V 1 -2 -2 -2 -4 -2 0 -1 -4 1 -1 1 4 -3 1 1 0 -5 -4 1 13 2 2 2 0 1 5 4 0 9 5 11 11 0 8 13 5 0 0 10 0.23 1.11 3 L 0 -3 -5 -4 -4 -4 -4 -5 -5 2 3 -4 7 1 -1 -1 1 -5 -4 -1 7 1 0 0 0 0 1 0 0 9 23 0 34 5 3 4 10 0 0 3 0.82 1.32 4 L -1 -2 -2 -3 -2 -1 -3 -3 -1 3 2 -3 6 0 0 -1 0 -5 -4 0 5 2 2 1 1 3 1 2 2 14 22 1 20 4 6 4 6 0 0 5 0.44 1.38 5 Q 0 0 1 -2 -5 4 2 -3 -1 -5 -4 -2 -3 1 0 3 2 -5 -4 -4 6 4 6 1 0 17 14 2 1 0 1 1 0 6 4 26 12 0 0 0 0.50 1.41 6 M -1 -2 -2 -1 -5 1 -2 -4 -4 -1 2 -1 8 -1 1 -2 0 -5 -4 -1 5 1 2 4 0 6 2 1 0 1 16 3 37 2 7 2 6 0 0 4 0.71 1.53 7 T 0 0 0 1 -5 1 2 -1 -1 -3 -3 -2 -2 -2 2 2 2 -6 -4 -2 9 5 3 7 0 5 11 5 1 1 3 1 1 2 11 15 15 0 0 3 0.28 1.55 8 Q -1 5 -2 -1 -5 3 1 -1 1 -4 -5 1 -3 -5 0 1 -1 -6 -4 -4 6 31 1 3 0 13 9 4 3 1 1 9 0 0 4 10 4 0 0 1 0.57 1.55 9 R -1 1 -2 1 -6 1 5 -2 -1 -4 -3 -1 -2 -5 1 -1 -1 -6 -4 -3 5 7 2 5 0 7 45 2 1 1 3 3 1 0 8 4 4 0 0 2 0.70 1.57 10 L -2 -4 -5 -3 -4 -3 -2 -5 -3 2 2 -4 5 5 1 -3 -1 -2 2 0 3 0 0 1 0 1 2 1 1 10 16 1 13 25 7 2 3 0 5 7 0.62 1.65 11 A 1 -2 -2 0 -4 0 3 -3 2 -2 -2 1 -3 -5 2 1 2 -6 -5 0 12 2 2 5 0 3 16 2 4 2 4 7 0 0 10 11 12 0 0 7 0.29 1.69 12 L -4 -5 -6 -7 -4 -4 -4 -6 -5 4 4 -5 6 3 -6 -5 -4 -1 0 -1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 20 43 0 18 11 0 0 0 1 3 2 1.10 1.72 13 S -2 -2 1 1 -4 -2 -2 -2 -3 -4 -4 -2 -4 -5 -2 4 5 -6 -5 -4 2 2 5 6 0 1 2 2 0 0 1 2 0 0 2 35 37 0 0 0 0.88 1.75 14 D 0 0 0 6 -6 1 2 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 2 -1 -1 -7 -5 -5 8 4 3 39 0 7 14 1 1 1 1 2 0 0 10 5 4 0 0 1 0.79 1.76 15 A 3 2 -1 1 -5 2 3 -3 1 -3 -4 1 -3 -5 -1 0 -1 -6 -4 -3 21 12 2 7 0 10 18 1 3 2 2 10 0 0 2 5 4 0 0 1 0.42 1.76 16 H -2 -3 -1 5 -4 1 5 -3 1 -4 -3 -3 -4 -6 -4 -2 -2 -6 -2 -3 3 1 3 37 0 6 32 2 3 1 3 0 0 0 0 3 2 0 1 2 0.98 1.76 17 F -4 -5 -6 -6 -3 -5 -6 -6 -1 -1 0 -5 -1 8 -7 -5 -4 -1 4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 1 2 8 0 1 72 0 0 0 0 12 0 1.94 1.78 18 R 1 2 1 1 -4 2 3 -2 0 -2 -2 1 -3 -4 -3 -1 0 -4 -3 -3 10 12 6 9 0 10 19 3 2 2 4 8 1 1 1 5 5 0 1 2 0.32 1.79 19 R 0 4 -2 -2 -4 3 0 -4 -1 -2 0 2 -1 1 -5 -1 -2 -1 0 -3 10 24 1 3 0 11 5 1 1 2 11 12 1 6 0 3 3 1 3 1 0.40 1.79 20 I -3 -6 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -6 4 3 -6 0 5 -6 -6 -4 4 -1 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 26 29 0 1 23 0 0 0 6 2 11 1.08 1.80 21 C 2 4 -3 -5 2 3 -2 -3 -3 -1 -1 2 -3 -4 -5 1 -1 -6 -3 0 15 25 1 0 5 13 1 2 0 3 6 10 1 1 0 10 3 0 1 6 0.50 1.83 22 Q 1 3 0 3 -4 2 2 -2 0 -5 -4 1 -4 -6 -5 0 0 -2 -4 -4 11 13 4 16 0 10 14 4 2 0 1 10 0 0 0 6 6 1 0 1 0.45 1.83 23 L -4 -1 -5 -5 -5 -3 -3 -7 -2 1 4 -3 2 5 -6 -4 -3 1 4 -2 1 3 0 1 0 1 2 0 1 8 40 1 4 21 0 1 1 2 12 2 0.87 1.82 24 I -1 -6 -7 -7 -3 -6 -6 -7 -6 6 3 -6 2 0 -6 -4 -3 -6 -4 3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 39 28 0 5 4 0 1 1 0 0 19 1.10 1.83 25 Y -2 1 -1 -4 -5 1 2 -4 5 -3 -2 2 -3 0 -5 -2 -3 -1 6 -3 2 8 2 0 0 6 12 1 12 1 3 12 1 3 0 3 1 1 30 1 0.80 1.82 26 Q 0 3 0 2 -4 3 3 -3 -2 -5 -5 2 -4 -5 -5 0 -1 -4 -4 -5 7 15 5 11 0 14 18 1 1 0 0 13 0 0 0 7 4 0 0 0 0.58 1.85 27 R -1 4 1 -2 -4 1 1 -4 5 -2 -1 2 -2 -3 -5 -2 -1 -2 0 -3 5 25 6 2 0 5 9 1 13 3 6 11 1 1 0 3 3 1 4 2 0.52 1.85 28 A 2 -2 -4 -5 5 -4 -5 -4 -5 -2 -1 -4 -3 0 -5 3 4 -5 2 -2 20 2 0 0 10 0 0 0 0 2 6 0 0 5 0 19 25 0 7 3 0.66 1.85 29 G -2 -4 -3 -4 -6 -5 -5 7 -4 -7 -6 -4 -4 -7 -6 -3 -4 -6 -6 -7 1 1 1 0 0 0 0 93 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 2.20 1.86 30 I -4 -5 -5 -7 -2 -5 -6 -7 0 7 2 -5 2 -1 -6 -6 -4 -2 -3 1 0 0 1 0 1 0 0 0 2 66 16 0 4 2 0 0 0 1 1 5 1.45 1.86 31 V -1 -1 2 3 0 1 -3 -5 4 -2 -2 -1 -2 0 -5 1 -1 -2 2 2 4 4 9 14 2 5 1 0 9 2 3 4 1 4 0 11 4 1 8 14 0.32 1.85 32 L -5 -5 -7 -7 -2 -6 -6 -7 -5 1 5 -5 3 4 -6 -6 -3 -2 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 7 57 0 6 17 0 0 1 0 5 5 1.18 1.89 33 A 1 -1 1 0 -5 -1 0 2 0 -5 -5 -2 -3 -6 3 3 1 -3 -2 -3 10 4 6 6 0 2 7 13 2 0 1 2 0 0 12 22 9 0 2 2 0.39 1.85 34 D 0 -3 -1 4 -6 1 4 -1 -2 -4 -3 -2 -3 -3 3 -1 -1 -4 -3 -3 7 1 3 20 0 5 26 5 1 1 3 2 1 1 15 4 4 0 1 2 0.56 1.85 35 H 0 -1 3 1 -4 2 1 0 3 -3 -5 0 -4 -4 -5 2 -1 -5 3 -4 8 4 11 9 0 8 9 8 8 2 0 6 0 0 0 13 4 0 9 1 0.37 1.92 36 K -4 2 0 -2 -6 0 -3 -5 -3 -4 -6 7 -2 -6 -3 -2 -3 -6 -5 -6 0 8 3 2 0 2 0 0 0 1 0 79 1 0 1 2 1 0 0 0 1.69 1.91 37 R -1 5 -2 0 -4 3 0 -5 0 -4 -3 4 -1 -4 -3 -2 -2 -2 -2 -4 4 31 1 4 0 15 6 0 2 1 3 21 1 1 1 2 2 1 1 1 0.76 1.92 38 D 1 -2 -1 1 -5 0 0 -3 0 -2 -3 -3 -2 -1 0 1 1 -4 5 -1 11 2 2 9 0 5 7 1 2 3 2 0 1 2 4 12 10 0 21 5 0.37 1.91 39 M -3 -4 -4 -5 -3 -2 -5 -5 -4 0 4 -4 6 2 -6 -3 -1 -2 1 -2 1 1 1 1 0 2 0 1 0 4 44 1 22 9 0 2 4 0 4 2 0.91 1.90 40 V -3 -6 -6 -7 -4 -6 -6 -7 -6 3 4 -6 1 0 -4 -5 -3 -5 -3 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 15 32 0 3 3 1 0 1 0 1 40 1.07 1.90 41 Y 0 -1 -2 0 -2 2 4 -3 -1 -3 -3 1 0 -2 -5 0 -2 -2 4 -1 7 3 2 4 1 9 23 2 1 1 2 9 2 2 0 6 3 0 16 6 0.41 1.92 42 N -1 3 2 -2 -1 -1 -1 2 -1 -5 -5 0 -3 -4 -4 4 0 -6 -3 -5 5 14 8 2 1 2 3 14 1 0 1 5 1 1 0 31 5 0 1 0 0.47 1.92 43 R -3 8 -2 -5 -4 -1 -4 -4 -2 -5 -5 1 -3 -6 -5 -3 -3 -6 -5 -3 1 78 2 0 0 1 0 1 1 1 0 6 1 0 0 1 1 0 0 2 1.77 1.92 44 L -4 -6 -7 -7 -5 -4 -6 -7 -6 3 6 -6 0 -1 -6 -6 -3 -5 -4 1 1 0 0 0 0 1 0 0 0 13 68 0 2 2 0 0 2 0 0 7 1.24 1.92 45 V 2 1 -1 -1 -2 1 0 0 0 -3 -2 -1 -1 -3 -3 2 0 -1 -2 -1 18 7 3 3 1 6 5 6 2 1 5 3 2 1 1 18 6 1 1 4 0.15 1.91 46 R -1 4 1 -2 -3 -2 -1 -3 0 -2 -3 4 -1 -5 2 0 -2 -6 -4 -4 5 23 5 2 0 1 4 1 2 3 3 23 2 0 10 7 2 0 0 1 0.49 1.92 47 R -4 7 -4 -4 -2 -2 -3 -5 0 -1 1 -2 -1 -3 -5 -3 -2 -3 -1 -2 1 58 0 0 1 1 1 0 2 3 15 1 1 1 0 2 2 0 2 3 1.10 1.90 48 L 0 -3 -5 -6 -2 -4 -5 -5 -5 2 4 -3 6 -2 -6 -4 -3 -5 -3 1 8 1 0 0 1 1 0 0 0 10 39 1 23 1 0 1 1 0 1 8 0.89 1.90 49 R -1 6 -1 -2 -4 1 0 -3 -1 -2 -3 2 -3 -4 -4 -1 -2 -6 -3 -3 5 44 2 2 0 6 7 2 1 2 3 10 1 0 1 4 2 0 1 2 0.74 1.90 50 A 3 1 -1 0 -5 1 3 -4 3 -3 -3 2 -2 -3 -4 -1 -1 -6 -3 -1 23 7 3 4 0 6 18 1 6 2 3 10 1 1 1 4 4 0 1 4 0.33 1.90 51 L -2 1 -1 -5 3 -2 -3 -4 3 -1 3 -1 0 0 -6 -2 1 -2 1 -1 3 8 4 0 6 2 2 1 6 3 31 4 2 4 0 2 8 1 5 4 0.33 1.91 52 G -2 0 2 -2 -4 1 0 6 0 -7 -6 1 -5 -5 -4 -2 -4 -6 -6 -6 2 5 10 2 0 5 6 51 2 0 0 7 0 0 1 3 0 0 0 0 0.95 1.91 53 L -1 -5 -4 -4 3 -3 -5 -6 0 3 4 -4 2 3 -6 -2 -3 -2 2 0 4 0 1 1 6 1 0 0 2 14 33 1 4 11 0 2 1 1 7 6 0.60 1.90 54 D 1 1 1 2 -3 1 1 0 0 -4 -5 1 -3 -5 1 2 1 -6 -3 -4 13 7 5 12 0 5 9 6 2 1 1 7 0 0 7 13 9 0 1 1 0.29 1.89 55 D -2 -1 2 3 -2 -2 -2 0 -2 -5 -5 -2 -5 -6 -3 5 2 -6 -5 -4 2 4 10 16 1 1 2 6 1 1 1 1 0 0 1 42 11 0 0 1 0.80 1.91 56 F -2 -6 -5 -6 -3 -4 -5 -5 -1 0 1 -6 -1 7 -1 -4 -4 0 5 0 3 0 1 0 1 1 0 0 1 4 11 0 1 44 4 1 0 1 17 7 1.17 1.86 57 G 1 2 -1 2 -3 0 1 1 0 -5 -3 0 -2 -5 -2 2 0 -2 -3 -4 13 10 3 11 0 5 8 12 3 0 2 5 1 0 1 16 7 1 1 1 0.30 1.88 58 R 2 -2 -2 4 -6 2 4 -1 0 -5 -5 -1 -4 -6 -4 0 -2 -6 -4 -4 15 2 1 25 0 8 29 4 2 0 1 2 0 0 0 7 2 0 0 1 0.77 1.88 59 Y -5 -5 -6 -6 -6 -5 -6 -6 -1 -2 1 -5 -2 2 -6 -4 -5 1 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 12 0 1 6 0 1 0 1 76 1 2.17 1.86 60 L -2 -3 -5 -6 3 -5 -5 -6 0 2 3 -4 1 3 -5 -4 -3 -2 5 1 3 1 0 0 7 0 0 0 2 10 29 1 4 13 0 1 1 1 17 10 0.74 1.87 61 S 1 2 1 3 -4 2 2 -2 1 -4 -3 1 -3 -3 -4 0 -1 -4 -1 -3 13 12 5 18 0 9 11 2 3 1 3 7 1 1 0 5 4 0 2 2 0.37 1.88 62 M -1 1 -3 -3 -1 0 -2 -5 3 -1 3 0 1 2 -6 -3 -2 0 4 -1 7 8 1 1 2 4 2 1 7 3 26 6 4 7 0 2 2 1 14 3 0.40 1.89 63 L -3 -5 -6 -7 -3 -4 -6 -7 -6 3 5 -5 1 -2 -6 -4 -3 -5 -3 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 12 61 0 2 1 0 1 1 0 1 18 1.17 1.88 64 E -1 3 -2 0 -3 2 3 -4 -2 -1 -1 2 1 0 -5 -1 0 -5 -3 -2 5 17 2 4 1 9 20 1 1 3 6 11 4 4 0 4 6 0 0 3 0.38 1.82 65 A 1 1 1 0 -2 1 -1 0 -1 -3 -3 1 -2 0 -4 3 0 -5 0 -2 12 9 6 5 1 5 3 7 1 1 2 8 1 4 1 22 6 0 3 3 0.25 1.81 66 N -2 -1 2 5 -1 0 -1 2 2 -3 -5 -1 -2 -4 2 -1 -2 -6 -3 -4 4 4 11 27 1 4 4 14 5 2 1 3 1 1 11 4 2 0 1 1 0.54 1.84 67 Q 0 2 0 0 -3 2 2 0 0 -4 -3 2 -1 -4 3 0 0 -5 -3 -3 9 9 4 5 0 9 11 6 2 1 2 11 1 1 13 8 5 0 1 2 0.28 1.80 68 N -1 0 2 3 -2 0 1 2 1 -5 -3 -1 -3 -3 -3 2 0 -5 -3 -4 4 4 11 17 1 3 9 16 4 1 3 3 1 1 1 13 5 0 1 1 0.37 1.81 69 S 1 1 -1 0 -3 0 1 3 0 -4 -3 0 -2 -5 2 1 -1 -5 -4 -3 13 8 2 5 1 4 10 19 2 1 3 6 1 0 12 9 3 0 1 2 0.30 1.77 70 A 1 1 0 2 -5 3 3 -1 0 -2 -3 0 -1 -4 -1 -1 -1 -5 -4 -1 13 6 4 11 0 11 16 6 2 2 3 6 1 1 4 4 4 0 1 4 0.26 1.79 71 E -2 -3 -2 -1 -5 -1 7 -5 -2 -3 1 -3 0 -3 -4 -3 -3 -6 -3 -3 3 0 1 2 0 1 68 0 1 1 13 1 2 1 0 1 1 0 1 1 1.27 1.88 72 W -1 3 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -2 0 2 -1 1 2 -5 -3 -3 8 -1 0 5 17 0 0 1 3 3 1 1 5 22 4 4 7 0 1 1 17 1 6 0.67 1.89 73 Q -1 1 0 0 -4 5 2 -2 -1 -1 -4 0 -3 -4 -3 0 1 -6 -2 -1 6 8 4 5 0 23 15 3 1 4 2 5 1 0 1 7 7 0 1 6 0.39 1.88 74 A 2 1 0 1 -3 1 3 -3 3 -1 -1 0 -1 -2 -3 -2 0 -4 -2 -1 16 8 5 6 1 6 17 1 8 3 6 5 2 1 1 3 6 0 1 4 0.26 1.90 75 F -1 -6 -6 -7 -2 -6 -6 -6 -6 0 4 -6 4 5 -6 -5 -4 -4 -2 3 6 0 0 0 1 0 0 0 0 4 37 0 9 26 0 0 0 0 0 17 1.06 1.92 76 I -3 -5 -6 -6 -4 -6 -4 -7 -6 6 2 -5 0 -1 -6 -4 0 -6 -3 4 1 1 0 0 0 0 1 0 0 42 14 0 2 3 0 1 6 0 1 28 1.11 1.91 77 N -3 -4 6 5 -2 -3 2 -4 -3 -5 -6 -3 -5 -7 -4 0 -3 -7 -6 -5 1 0 37 36 1 0 13 0 0 1 0 1 0 0 0 7 1 0 0 1 1.33 1.91 78 A 5 1 -3 -3 -1 -2 -3 -3 -1 -2 1 0 -2 -3 -5 0 -1 -4 -4 -1 44 7 1 1 1 1 2 1 1 1 16 6 0 1 0 8 3 0 0 5 0.58 1.88 79 L -4 -6 -7 -7 -5 -5 -6 -7 -6 3 5 -6 6 1 -6 -6 -4 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 48 0 18 5 0 0 0 0 0 11 1.24 1.89 80 T -2 -5 -2 -4 -2 -4 -4 -5 -5 -4 -5 -4 -3 -6 -4 0 8 -6 -5 -3 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 92 0 0 0 2.03 1.85 81 T -3 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -4 -5 -4 -2 8 -6 -5 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 2.21 1.69 K Lambda Standard Ungapped 0.1377 0.3297 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1899 0.3179 PSI Gapped 0.0581 0.2670