Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -3 1 -2 -2 -5 8 1 -4 -2 -5 -4 1 -3 -5 -3 -2 -3 -4 -4 -4 0 6 0 0 0 84 3 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 1.64 0.95 2 V -3 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -5 -5 1 -1 -4 -1 -5 7 -2 -1 -6 -5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 4 0 1 0 66 2 3 0 0 17 1.63 1.03 3 Y -2 -3 -4 -5 -4 0 -4 -5 2 -2 1 -2 3 5 -5 -4 -4 -2 6 1 3 1 0 0 0 4 0 0 5 0 12 3 8 25 0 0 0 0 29 10 0.87 1.05 4 N -3 -1 7 -2 -5 1 -2 -3 -1 -3 -5 1 -4 -5 -4 0 2 -6 -4 -4 1 3 61 0 0 7 0 0 1 1 0 8 0 0 0 5 13 0 0 0 1.17 1.06 5 I -3 -4 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -4 2 3 -4 0 0 -2 -4 -1 7 3 2 0 0 0 0 0 2 0 0 0 13 35 0 2 3 2 0 3 14 11 13 0.79 1.05 6 T -2 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -1 -4 -3 0 7 -4 -4 -1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 5 85 0 0 4 1.44 1.07 7 W -5 -5 -6 -7 -1 -4 -5 -5 -5 -4 0 -5 -3 -1 -6 -5 -5 12 0 -2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 86 0 4 3.33 1.14 8 E -2 1 -3 -3 -4 4 2 -5 -3 1 0 0 3 -4 -4 -1 1 -5 -4 1 1 9 0 0 0 22 17 0 0 8 7 5 7 0 0 5 9 0 0 9 0.45 1.14 9 V -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -6 5 3 -5 -1 -3 -5 -4 -1 -5 -4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 39 26 0 0 0 0 0 4 0 0 30 1.06 1.14 10 T -3 -1 -2 -3 -4 0 -3 -4 -4 3 1 -1 -1 0 -5 -2 4 4 1 -1 1 3 2 1 0 5 1 1 0 21 15 3 1 3 0 2 26 6 5 2 0.46 1.20 11 N -3 -1 7 2 -5 0 -2 -1 -2 -5 -3 -3 -4 -5 -1 2 -2 -6 -5 -5 0 3 56 8 0 4 0 4 0 0 3 0 0 0 3 18 0 0 0 0 1.11 1.20 12 G -1 -1 -3 -1 -5 3 1 2 -4 -3 0 -1 2 -1 2 -2 1 2 -4 0 4 3 0 2 0 13 9 15 0 0 8 4 5 3 12 2 9 3 0 8 0.25 1.20 13 D 1 -2 0 0 -4 1 3 -3 0 -2 -2 0 -3 -5 -4 0 4 -5 -4 -2 11 1 3 3 0 6 20 1 2 2 3 5 0 0 0 6 35 0 0 2 0.54 1.20 14 R -2 1 1 0 -5 -1 -3 5 -4 -5 -2 0 -4 -5 -4 -1 2 -5 -3 -4 1 10 6 5 0 2 0 49 0 0 4 4 0 0 0 4 15 0 1 0 0.81 1.17 15 E -2 0 1 2 -5 2 3 1 1 -1 -2 2 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -1 -2 2 4 6 13 0 8 20 9 4 4 5 12 0 0 0 3 2 0 2 3 0.32 1.17 16 T 0 -2 -1 -2 -3 -2 0 -3 -4 2 1 -2 -1 -3 -4 -2 3 -5 -4 4 7 1 3 2 0 2 6 1 0 12 12 2 0 0 0 2 19 0 0 32 0.45 1.13 17 V 3 -3 -5 -5 -3 -2 -4 -4 -5 3 1 -3 -2 -3 -4 -3 -2 -5 -2 4 27 1 0 0 0 2 0 0 0 21 14 2 0 0 0 0 1 0 1 31 0.68 1.13 18 W -1 -3 6 -2 -4 -3 -3 -2 -1 -2 -2 -3 -3 0 -4 -2 -1 8 2 -3 6 0 48 0 0 0 0 2 1 2 4 0 0 4 0 0 4 20 6 1 1.15 1.10 19 A 3 -2 3 -2 -3 1 0 -3 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -2 4 0 -1 -2 -2 24 2 13 1 0 7 7 0 0 0 5 1 0 0 1 30 4 1 1 2 0.47 1.10 20 I -1 -3 -3 -4 -3 0 -3 -4 -4 0 -2 -1 0 -2 -2 2 5 -4 -2 2 5 1 0 0 0 4 0 0 0 5 3 3 2 2 1 13 45 0 2 13 0.63 1.10 21 S -1 -1 0 -2 -3 1 -2 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -4 -3 5 4 -4 -3 -2 2 3 4 0 0 6 2 1 0 0 2 3 0 0 0 50 25 0 0 2 0.79 1.02 22 G 2 0 -2 -2 -3 -1 -1 3 1 -2 -1 0 2 -3 -3 1 0 -4 -1 -1 16 5 0 2 0 2 3 22 4 2 5 7 7 0 0 13 4 0 2 3 0.27 1.01 23 N -2 -2 0 -1 -3 -1 -1 -2 -2 4 1 -2 2 -3 -4 0 1 -4 -3 2 2 2 5 3 0 3 4 3 1 23 16 2 5 0 0 7 10 0 0 14 0.30 1.03 24 H 3 -2 -2 -3 -4 0 -1 2 7 -4 -4 -3 -3 -1 -3 0 -1 1 1 -3 25 2 0 0 0 4 3 16 31 0 1 0 0 2 0 6 3 2 3 0 0.73 0.95 25 P 0 -3 0 -3 -3 0 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -4 6 -1 3 -4 -3 -2 8 1 4 1 0 4 1 3 0 1 3 1 0 1 45 2 24 0 0 2 1.00 0.87 26 L -2 1 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -1 2 0 1 -1 5 -1 -2 -4 -3 0 1 7 0 1 0 3 3 3 0 2 26 7 4 2 28 5 1 0 0 6 0.50 0.90 27 W -2 -2 3 0 -3 -1 -2 3 -1 -3 -2 -3 -3 1 -3 -1 3 5 -1 -3 2 2 15 4 0 2 1 20 1 1 5 1 0 7 1 4 23 9 2 1 0.47 0.90 28 T -1 -1 1 2 -3 -2 0 -3 -3 -1 -3 -1 -3 -4 1 0 5 -4 -3 -2 4 4 5 13 0 1 4 1 0 3 1 3 0 0 7 5 46 0 0 2 0.61 0.89 29 W 1 -3 -3 -4 -3 0 -3 0 -1 -3 -3 -3 -3 0 -1 -1 -2 10 -1 -3 11 1 1 1 0 4 1 7 2 1 1 1 0 4 4 5 3 52 0 1 1.62 0.86 30 W -1 -3 -4 -4 -3 0 -3 -3 -2 -3 -2 -3 -2 4 -4 -3 -1 10 4 -3 4 1 1 1 0 6 1 1 0 1 1 1 0 22 1 1 4 41 12 1 1.53 0.86 31 P -2 -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 8 0 -2 -4 -4 -3 1 1 1 1 0 0 1 1 0 1 6 1 0 0 78 7 1 0 0 1 1.92 0.83 32 V -1 -2 0 4 -3 0 0 -3 -3 -1 -3 -1 -3 -4 2 2 2 -4 -2 -1 3 2 3 32 0 3 6 1 0 5 1 3 0 0 9 15 12 0 2 3 0.47 0.83 33 L -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -4 2 5 -4 2 3 -4 -1 -3 -3 -2 -1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 9 62 0 4 14 0 6 0 0 0 0 0.86 0.89 34 T -2 -1 -3 -2 -3 -2 0 -4 4 -1 -2 -2 -1 1 -4 -1 3 4 5 0 2 3 0 2 0 0 5 1 10 4 2 2 1 6 0 3 23 5 24 6 0.54 0.89 35 P -1 -1 -4 -4 -3 -3 -4 -2 -3 0 -1 -3 -2 5 3 -3 0 4 -1 2 4 4 0 0 0 0 0 4 0 3 5 0 0 32 17 0 7 7 0 15 0.62 0.80 36 D -3 -3 1 6 2 -2 0 -3 4 -3 -1 -2 -3 -3 -3 -1 -2 -4 1 -3 1 1 5 50 5 1 5 1 11 1 8 1 0 0 1 5 1 0 5 1 0.78 0.75 37 L -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 3 4 -3 0 1 -4 -3 0 -3 -2 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 14 55 1 0 7 1 1 6 0 0 10 0.68 0.75 38 C -2 0 -3 -1 10 -2 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -3 -1 -4 -1 -3 -3 -1 -3 1 5 1 4 68 1 2 1 1 1 1 3 0 3 1 5 1 0 2 1 1.81 1.04 39 M 0 1 0 3 -4 2 -1 -3 -3 0 -1 2 2 -4 -1 -1 -1 -4 -3 0 7 9 3 21 0 8 2 1 0 5 5 16 6 0 3 4 3 0 0 6 0.30 1.05 40 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 1 6 -4 0 -2 -4 -4 -3 -3 -3 0 1 1 0 1 0 0 1 1 0 7 81 1 0 0 1 1 1 0 0 4 1.22 1.13 41 A 4 -3 -3 -2 -3 -1 -2 -1 -4 1 -2 -3 0 2 -3 -2 -1 -4 -3 2 42 1 0 2 0 3 3 4 0 7 2 1 3 9 1 1 4 0 0 17 0.50 1.12 42 L 1 -3 -3 -1 -1 -1 -2 4 0 1 0 -1 2 -3 -2 -1 0 -3 -3 -1 11 1 1 3 1 3 3 31 2 10 9 3 6 1 2 4 6 0 1 3 0.34 1.13 43 S 1 1 -1 1 -3 -2 1 3 3 -2 -2 -2 -3 -1 -2 0 -2 -3 0 -3 11 7 2 9 0 1 8 27 7 3 4 2 0 3 2 7 1 0 4 1 0.31 1.07 44 G 1 -2 2 1 -2 0 -2 2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -2 3 2 -3 -3 -2 13 1 9 8 1 5 2 18 1 1 2 2 1 1 1 20 12 0 1 2 0.35 0.95 45 P -2 -3 -3 -1 -3 -2 -2 -1 2 -1 1 -2 -2 -1 4 -1 -2 8 0 -2 2 1 1 3 1 1 2 5 4 3 13 3 1 2 24 5 2 22 3 2 0.79 0.95 46 P 0 -2 1 3 -3 -2 1 0 -2 -3 -3 -2 -2 0 3 0 1 -3 1 -1 9 1 5 14 1 1 8 8 1 1 2 2 1 4 13 8 11 0 4 4 0.24 0.95 47 H -1 -2 2 2 -3 1 1 -1 1 0 -3 -2 -3 0 -1 1 2 -3 2 -3 4 1 11 13 0 7 8 5 3 5 2 1 0 3 3 11 12 0 9 1 0.24 1.02 48 W -1 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -1 -3 -3 0 -3 -3 0 -3 0 1 10 -1 -3 4 1 1 1 0 1 1 5 0 1 9 1 0 4 1 9 9 51 1 1 1.66 1.09 49 G -1 -3 3 4 -4 -2 -1 3 1 -4 -4 0 -4 -4 -3 0 0 1 -3 -4 5 1 12 25 0 1 4 21 4 1 1 7 0 0 1 8 6 2 0 1 0.53 1.14 50 L -2 0 0 -1 -4 -4 -2 -5 0 3 3 -4 1 -3 1 0 0 3 -4 0 3 5 4 3 0 0 3 1 3 18 26 0 3 0 8 6 6 4 0 4 0.37 1.61 51 E -1 -1 0 1 -4 0 2 0 3 -1 -3 -3 -4 -4 2 1 2 -5 0 -2 3 3 4 7 0 4 16 7 7 3 3 0 0 0 12 12 12 0 3 3 0.31 1.62 52 Y 0 -3 1 2 0 0 0 -1 1 0 -2 -2 -3 -1 -2 0 0 6 2 -1 7 1 6 12 2 4 6 4 3 5 4 3 0 3 2 7 6 11 8 5 0.28 1.55 53 Q -4 1 -3 0 3 1 0 -2 3 -1 0 0 1 0 -4 0 1 3 2 0 0 6 0 6 7 8 5 3 8 3 8 5 3 3 0 6 8 4 7 8 0.22 1.67 54 A -1 -1 0 0 2 0 0 -4 -4 -4 -1 -3 -4 0 3 1 1 4 1 0 5 4 5 6 5 4 7 1 0 0 5 0 0 5 15 12 10 6 4 6 0.30 1.65 55 P -1 -4 0 2 2 0 -3 0 0 1 -2 -1 -4 -4 4 0 0 -5 -4 -1 5 0 4 11 4 5 1 7 3 7 5 4 0 0 25 8 5 0 0 5 0.41 1.56 56 Y -2 -2 0 -2 -3 -1 1 -2 1 1 1 -1 -1 3 -1 0 -1 -3 3 1 3 2 6 2 0 3 8 4 3 7 12 3 1 11 4 8 3 0 10 9 0.17 1.40 57 S 1 -2 2 -2 -3 1 0 -2 2 -1 -1 1 -3 -3 -1 2 0 -3 2 -1 10 2 10 1 0 7 5 2 5 3 8 7 1 1 3 17 7 0 7 5 0.19 1.38 58 S -1 0 3 -1 1 0 -2 1 -1 -2 -1 -1 0 -1 0 2 -1 2 -3 -1 4 6 15 4 3 5 2 10 1 2 7 4 2 3 5 14 4 3 1 5 0.16 1.37 59 P 0 -1 2 -2 -3 0 -1 -3 1 0 -2 -1 -1 -3 5 -2 2 -1 -1 -2 7 3 9 2 1 5 3 2 4 7 4 4 1 1 28 3 11 1 2 2 0.47 1.32 60 P -2 2 0 -2 -3 1 -2 0 0 -3 -1 0 1 -2 4 1 0 -3 -3 -1 3 11 4 2 1 5 2 8 2 1 6 7 3 2 23 10 5 0 1 4 0.34 1.32 61 G 0 -3 2 1 0 -1 -1 3 0 -2 -2 0 -3 0 -2 1 1 -3 -2 -2 6 1 9 8 2 2 4 24 3 2 5 5 1 3 2 11 7 0 1 3 0.25 1.33 62 P -1 2 1 -2 1 0 0 -2 -3 -1 0 0 -2 0 2 0 0 2 -3 1 5 11 7 2 3 4 6 3 1 4 8 5 1 4 12 6 6 3 1 9 0.14 1.33 63 P -2 0 -3 -3 -3 0 -1 -1 -3 -3 -1 1 -3 -3 6 -1 -1 0 0 -1 3 5 1 1 0 4 5 4 1 1 7 8 1 1 41 5 3 2 4 4 0.75 1.36 64 C 0 -3 0 -1 4 -2 1 -2 3 0 -2 -1 -3 -1 0 1 2 2 0 -1 9 1 5 3 8 1 8 2 8 5 4 3 1 2 6 11 12 3 3 5 0.21 1.40 65 C 0 -1 1 0 7 1 -2 1 -1 -1 -1 -3 -3 0 0 -1 -3 -1 -3 0 6 3 6 6 25 6 2 11 1 4 5 1 1 4 6 3 1 1 1 6 0.51 1.40 66 S 0 0 -2 -1 0 0 0 -1 -1 -1 -3 1 -1 -1 3 2 2 1 -3 -1 9 5 1 4 2 3 5 4 2 3 2 7 1 3 13 16 11 2 1 5 0.20 1.41 67 G -2 1 1 -2 -3 -1 -1 3 3 -2 0 -1 -3 0 -2 0 0 -3 0 -1 2 8 6 2 0 3 3 26 6 2 8 4 1 5 2 9 5 0 3 5 0.26 1.40 68 S -2 0 -1 0 0 -2 1 1 4 -3 -1 0 1 -1 0 1 -1 -3 3 -1 3 4 3 5 2 1 10 11 9 1 6 5 3 3 5 10 4 0 11 4 0.21 1.41 69 S -1 1 2 0 2 0 0 -3 -3 1 -1 0 -3 -2 1 1 0 3 -1 -1 4 7 9 5 5 4 5 2 0 10 7 5 1 1 7 12 6 5 2 4 0.16 1.40 70 G 0 -1 0 2 1 -3 -3 3 1 0 -3 -1 -3 -1 0 1 0 -3 1 -3 7 4 4 10 3 1 1 22 3 7 2 3 0 2 4 12 7 0 6 1 0.26 1.42 71 S 0 1 -1 -2 -3 0 -2 0 0 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227 V -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 1 2 -4 -1 -2 -5 -4 -2 -5 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 19 0 0 0 0 0 0 0 0 78 1.19 0.86 K Lambda Standard Ungapped 0.1347 0.3178 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1265 0.3177 PSI Gapped 0.0387 0.2670