Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -3 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 2 5 -4 2 -1 -4 -4 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 83 0 2 0 0 0 0 0 0 5 0.89 0.44 2 D -3 -3 0 8 -5 -2 0 -3 -2 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -1 -2 -6 -5 -5 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.64 0.46 3 S -1 1 -1 1 -4 -1 2 0 -1 -3 -3 -1 -1 -4 3 2 0 -4 -3 -3 3 7 2 8 0 1 19 9 2 2 2 1 2 0 16 23 5 0 0 0 0.37 0.48 4 E -1 -1 0 3 -5 0 6 -2 -2 -5 -4 0 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 4 0 2 16 0 0 71 1 0 0 0 5 0 0 0 1 0 0 0 0 1.00 0.48 5 W -4 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -3 0 -5 -4 -4 12 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 3.33 0.48 6 E -1 -3 -2 -4 -3 -2 -1 -4 -1 1 4 -1 4 0 -4 -2 0 0 -1 1 3 0 1 0 0 1 4 0 2 8 43 3 16 3 0 1 6 1 1 8 0.41 0.48 7 K 0 0 1 1 -4 2 4 -1 1 -4 -4 3 -3 -4 -3 0 -1 -4 -3 -4 6 2 8 4 0 9 35 5 3 0 0 21 0 0 0 6 2 0 0 0 0.52 0.48 8 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 4 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 71 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0.87 0.48 9 V 1 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -4 2 1 -3 1 -2 -4 -3 -1 -4 -3 5 10 0 0 0 0 0 0 0 0 5 11 0 2 0 0 0 0 0 0 72 0.75 0.48 10 R -2 4 -1 -2 -4 4 2 -3 1 -3 -4 4 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -2 -3 2 21 0 0 0 29 10 0 4 1 0 30 0 0 0 0 0 0 1 1 0.70 0.48 11 D -2 -2 -1 3 -5 1 6 -3 -2 -5 -4 -1 -3 -5 -3 -1 -1 -4 -4 -4 0 0 0 14 0 3 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1.15 0.48 12 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0.97 0.48 13 M 0 -3 -3 -4 -3 0 -3 -4 -3 2 1 -3 8 -1 -4 -2 -2 -3 -2 0 9 0 0 0 0 4 0 0 0 13 0 0 74 0 0 0 0 0 0 0 1.00 0.48 14 T 0 0 4 4 -4 0 2 -2 1 -4 -4 0 -3 -4 -3 1 -1 -5 -3 -4 7 4 25 27 0 2 14 0 3 0 0 6 0 0 0 8 3 0 0 0 0.57 0.48 15 S 1 -2 -1 -2 -2 1 0 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 6 0 -4 -3 -3 6 0 0 0 0 6 2 0 0 0 0 0 0 0 0 86 0 0 0 0 0.91 0.48 16 G -1 -4 -2 -3 -4 -3 -4 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -2 -3 -3 0 -5 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 1.55 0.48 17 V -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 5 0 -4 0 -2 -4 -3 -2 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44 2 0 0 0 0 0 0 0 0 54 0.91 0.48 18 S 0 -2 -1 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -4 1 5 4 -4 -3 -2 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 64 29 0 0 0 0.80 0.48 19 K -2 1 -1 -2 -5 0 0 -3 -2 -4 -4 7 -3 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 1.25 0.48 20 K -2 1 -1 3 -5 2 6 -3 -1 -5 -4 1 -3 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 6 0 16 0 7 67 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1.00 0.48 21 Q -1 -1 -1 1 -4 7 4 -3 -1 -4 -4 0 -2 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -4 3 0 0 6 0 66 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.06 0.48 22 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -1 0 -5 -1 8 -5 -4 -3 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 95 0 0 0 0 0 0 1.56 0.48 23 R -1 5 -2 -3 -4 0 -1 -3 -2 -3 -1 4 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -2 5 48 0 0 0 2 0 0 0 0 8 32 0 0 0 3 0 0 0 2 0.77 0.48 24 E -2 0 -1 3 -5 1 6 -3 -1 -4 -4 1 -3 -4 -3 -1 -2 -4 1 -4 1 3 0 13 0 4 68 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 6 0 0.93 0.48 25 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -1 -2 -1 -4 -2 7 -5 -4 -3 4 5 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 69 0 0 0 6 25 0 1.41 0.48 26 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 2 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 86 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0.96 0.48 27 D -2 -2 -1 3 -5 1 6 -3 -1 -5 -4 -1 -3 -5 -3 -1 -2 -4 -4 -4 0 0 0 14 0 2 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.22 0.48 28 Y -1 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -2 -2 -1 -4 -1 8 -5 -3 -3 0 4 -2 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 78 0 0 0 0 16 0 1.33 0.47 29 Q -2 -1 6 -1 -4 3 -1 -2 -1 0 -3 0 -2 -4 -3 0 0 -4 -1 -2 0 0 55 0 0 21 1 0 0 7 0 6 0 0 0 3 4 0 2 1 0.74 0.47 30 K -2 3 -1 -2 -5 1 0 -3 -2 -4 -4 6 -3 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 13 0 0 0 2 0 0 0 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 1.10 0.47 31 W -4 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -4 -3 -4 -3 -4 -3 2 -5 -4 -4 12 3 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 88 6 0 2.85 0.45 32 R -2 5 -1 -2 -5 2 -1 -3 -2 -4 -4 5 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 45 0 0 0 8 0 0 0 0 0 47 0 0 0 0 0 0 0 0 0.99 0.45 33 K -2 0 2 -2 -3 3 -1 -3 -2 1 1 2 3 -3 -3 0 -2 -4 -3 -1 2 4 14 0 0 19 0 0 0 11 18 18 10 0 0 5 0 0 0 0 0.30 0.45 34 S -2 -1 4 1 -4 2 2 1 1 -4 -4 2 -3 -4 -3 0 1 -4 -3 -4 0 0 28 8 0 9 12 9 4 0 0 16 0 0 0 5 8 0 0 0 0.48 0.46 35 Q -2 2 2 -2 -4 5 0 -3 3 -4 -4 3 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -2 -4 0 11 11 0 0 45 0 0 7 0 0 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0.79 0.46 K Lambda Standard Ungapped 0.1276 0.3158 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1865 0.3155 PSI Gapped 0.0571 0.2670