Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -6 -4 -1 0 -4 10 -3 -5 -4 -3 -4 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 98 0 0 0 0 0 0 0 2.49 1.26 2 P 6 -4 -3 -3 -3 -3 -1 -1 -4 -4 -5 -1 -3 -5 0 1 -1 -6 -5 -3 70 0 1 1 0 1 3 3 0 0 0 3 0 0 4 11 3 0 0 1 1.06 1.32 3 R -3 1 0 -2 -4 2 0 -4 -3 -4 -4 6 -3 -1 -4 -2 3 -3 0 -4 0 5 5 2 0 8 4 0 0 0 1 45 0 2 0 1 20 0 4 0 0.82 1.37 4 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 5 4 -5 1 1 -6 -5 -4 -2 -2 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 30 42 0 2 6 0 0 0 0 1 17 1.03 1.40 5 K -2 3 -2 -3 -4 0 -1 -5 -2 -2 -4 6 -3 -5 -4 -2 1 -6 -2 -2 3 17 1 0 0 3 3 0 1 2 1 55 0 0 0 2 7 0 1 3 1.01 1.45 6 V -3 -6 -6 -6 -4 -6 -6 -7 -6 6 -1 -5 -1 -3 -6 -5 -3 -6 -4 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 52 3 0 0 1 0 0 0 0 0 43 1.49 1.49 7 K -3 -1 -3 -4 -3 0 -1 -5 -3 -2 -4 3 -3 -5 -4 -2 7 -6 -4 -2 0 3 0 0 0 3 4 0 0 1 0 18 0 0 0 0 66 0 0 2 1.25 1.53 8 L -4 0 -5 -5 -5 6 -3 -6 -4 -3 5 -2 -1 -3 -5 -4 -4 1 -2 -3 0 5 0 0 0 35 0 0 0 0 54 1 1 0 0 1 0 2 1 0 1.15 1.53 9 V -3 -1 -4 -5 -3 -3 -4 -6 0 4 -1 1 -1 -2 -5 -4 2 -6 -2 5 1 4 1 0 0 1 0 0 2 20 3 8 1 1 0 0 12 0 2 43 0.78 1.55 10 K -3 6 -3 -4 -6 -2 -2 -1 0 -5 -5 5 -4 -6 -5 -3 -4 -6 -4 -5 2 49 0 0 0 0 0 5 2 0 0 40 0 0 0 1 0 0 0 0 1.44 1.54 11 S -2 -3 -2 -2 -4 -3 -3 1 -4 -6 -6 -3 -5 -6 -3 7 -2 -6 -5 -5 0 1 0 1 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 1 87 0 0 0 0 1.61 1.55 12 P 2 0 -4 -3 -3 -2 -4 -1 -4 -1 2 -1 -1 -2 3 0 2 -3 -3 1 15 6 0 1 1 1 0 4 0 3 17 4 1 2 13 7 13 0 0 10 0.26 1.55 13 I -1 -4 -1 -6 -2 -4 -6 -6 -3 7 -1 -5 0 -2 -1 -3 -3 -3 -1 1 6 1 4 0 1 1 0 0 1 72 1 0 2 1 3 1 1 0 2 5 1.29 1.55 14 G -1 2 -1 -2 -2 -3 -4 7 0 -7 -6 -1 -5 -6 -5 -2 -4 -6 -6 -6 3 10 3 2 1 0 0 72 2 0 0 4 0 0 0 2 0 0 0 0 1.44 1.57 15 Y 0 5 -2 -5 3 -1 -3 -2 0 -3 0 0 0 -4 -5 -1 1 -4 0 -1 10 37 1 0 6 3 1 2 2 1 9 3 2 0 0 4 10 0 4 4 0.59 1.57 16 P -2 0 -1 -3 -4 -1 -2 -3 -2 -2 0 3 -3 -5 6 -1 1 -6 -4 -2 2 5 3 1 0 2 2 1 1 2 8 18 0 0 36 5 7 0 0 3 0.75 1.57 17 K -1 0 -3 -1 -6 3 2 -3 0 -4 -3 3 -3 -4 4 -1 -3 1 2 -3 6 4 0 3 0 11 15 1 2 1 2 19 0 1 21 3 1 2 6 1 0.58 1.55 18 D -1 2 2 3 -4 -1 0 -3 -1 -4 -4 4 -3 -4 -3 0 0 4 -2 -3 5 10 11 15 0 2 4 2 1 1 2 24 0 0 1 8 5 6 1 2 0.47 1.55 19 Q -3 -2 -2 -4 -6 7 0 -5 6 -1 -4 -1 0 -4 -4 -2 0 -5 -2 -2 1 0 1 0 0 48 6 0 22 5 1 2 2 0 0 1 6 0 1 3 1.20 1.55 20 K -3 6 -2 -4 -3 0 -2 -3 -1 0 -3 5 -4 -6 -5 -3 -2 -6 -5 -2 1 43 1 0 0 3 1 1 1 6 2 34 0 0 0 1 2 0 0 3 1.11 1.55 21 A 3 2 -1 2 -5 0 0 0 -1 -4 -1 3 -2 -5 -4 -2 -3 -6 -5 -3 30 11 3 13 0 3 6 6 1 0 6 16 1 0 0 2 1 0 0 1 0.46 1.55 22 A -1 -4 -1 -4 3 -4 -4 -4 -5 1 -3 -4 0 -3 -4 -1 6 -5 -3 2 3 0 2 0 5 0 0 1 0 9 1 0 2 1 0 3 59 0 0 13 1.05 1.49 23 L 0 -5 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -6 2 4 -5 1 -2 -6 -4 -3 -5 -4 4 8 0 0 0 1 0 0 0 0 11 47 0 3 1 0 1 1 0 0 28 0.96 1.49 24 K 0 4 -1 -1 -4 1 1 -5 1 -1 -3 4 -3 -4 -5 -1 -2 -6 -2 -1 7 21 2 4 0 7 10 0 4 5 3 26 0 1 0 3 2 0 1 4 0.51 1.49 25 A 4 -3 -3 -2 -1 -3 -3 3 0 -4 -3 -3 0 -4 -4 2 1 -6 -3 -3 40 1 0 2 1 1 1 22 2 0 2 1 3 1 0 16 7 0 1 1 0.71 1.51 26 L -4 -5 -7 -7 -4 -5 -6 -7 -6 0 6 -6 2 0 -6 -6 -4 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 90 0 5 3 0 0 0 0 0 0 1.64 1.51 27 G -2 -1 -2 -3 -6 -5 -4 7 -5 -7 -7 -2 -6 -6 -5 -3 -5 -6 -6 -6 1 4 1 1 0 0 1 90 0 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 1.98 1.57 28 L -5 -5 -7 -7 -4 -5 -6 -7 -6 0 6 -6 0 1 -6 -6 -4 -5 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 89 0 1 4 0 0 0 0 0 1 1.59 1.57 29 R -3 5 1 -3 -6 -1 -1 1 3 -6 -5 4 -2 -4 -4 -2 1 -6 -3 -4 0 33 7 1 0 1 2 10 7 0 0 24 1 0 0 2 8 0 1 1 0.80 1.57 30 R -3 5 -2 -4 -6 -1 -3 -3 0 -6 -6 6 -4 -6 -5 -3 -3 -6 -3 -6 1 33 1 0 0 1 0 1 3 0 0 57 0 0 0 1 1 0 1 0 1.48 1.57 31 L -2 2 -4 -6 0 -3 -4 -4 -2 5 2 -2 3 -3 -1 -4 -1 -6 -4 1 4 14 1 0 2 1 1 1 1 34 15 2 8 1 3 1 4 0 0 9 0.64 1.57 32 Q -3 1 5 -1 -3 -1 -2 4 6 -6 -4 -3 0 -4 -5 -1 -3 -2 -2 -6 1 7 29 3 1 3 1 27 18 0 1 1 3 1 0 3 1 1 1 0 0.93 1.57 33 Q -2 2 -1 1 -3 5 -1 -4 5 -5 -5 2 -2 -5 -5 2 -2 -3 -2 -4 2 12 2 7 0 30 2 1 13 1 0 12 1 0 0 14 2 0 1 1 0.78 1.57 34 E -2 -2 -3 -4 0 -1 0 -4 -2 0 -3 -2 -2 -3 0 3 5 -3 -3 2 2 2 0 0 2 2 5 0 1 4 1 1 1 1 5 20 34 0 1 17 0.61 1.57 35 R -1 1 -3 -6 -2 -3 -5 -6 -3 0 -2 0 -2 -4 -5 -1 -1 -6 -3 6 4 9 1 0 1 1 0 0 1 2 1 6 1 0 0 4 4 0 1 66 1.06 1.57 36 V -3 -4 -4 -3 -3 -2 4 -6 -3 2 -1 -3 -1 1 -4 -2 1 -5 2 3 1 0 1 1 1 1 30 0 0 13 5 1 1 5 0 2 7 0 7 23 0.59 1.57 37 L -3 2 -4 -5 -1 1 -4 -6 7 -1 2 2 -1 -1 -4 -4 -4 -2 -1 1 1 12 0 0 1 7 0 0 27 2 19 13 2 2 1 0 0 0 2 11 0.75 1.57 38 E -2 -1 0 1 -4 1 4 -4 -2 -3 -3 3 -3 -4 4 -2 -2 -2 -3 -3 2 3 4 6 0 4 30 0 1 1 2 16 0 1 22 1 2 1 1 2 0.70 1.57 39 D 0 -4 3 7 -3 -3 -1 -4 0 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -3 -2 -6 -1 0 9 0 13 55 1 1 1 1 2 1 1 2 1 1 0 1 2 0 2 7 1.05 1.57 40 T -3 -1 4 -1 0 -3 -3 -3 -1 -2 -4 -3 -4 -5 -4 1 6 -6 -5 -3 1 2 22 4 2 1 1 2 1 3 1 1 0 0 0 11 49 0 0 1 1.01 1.57 41 P 1 -3 -4 -1 -6 -2 -1 -4 -1 -5 -5 -3 -5 -5 8 -1 -3 -7 -6 -3 10 1 0 3 0 1 4 1 2 0 1 1 0 0 70 3 1 0 0 2 1.81 1.56 42 A 3 -3 -1 -1 1 3 1 -3 -2 -3 -4 -3 -2 -4 -3 3 0 -6 -3 -1 27 1 2 3 3 16 11 1 1 1 1 0 1 0 0 22 5 0 1 5 0.52 1.56 43 I -2 -5 0 -5 -2 -4 -5 -6 -5 5 0 -5 0 0 -5 -2 1 -5 -1 4 2 0 6 0 1 1 0 0 0 33 6 0 2 3 0 2 10 0 3 32 0.84 1.56 44 R 2 6 2 -3 -3 0 -3 -4 -2 -4 0 0 0 -5 -5 -3 -3 -1 -4 -3 15 48 9 1 0 4 1 0 1 1 10 4 2 0 0 0 1 1 0 2 0.89 1.56 45 G -2 -5 -1 -4 -6 -5 -4 7 -1 -5 -5 -3 -3 -6 -5 -1 -4 -6 -6 -6 1 0 2 0 0 0 1 89 2 1 1 1 1 0 0 3 0 0 0 0 1.95 1.56 46 N -1 -2 -2 -5 -5 2 -4 -5 -4 -1 0 1 9 -3 -5 -2 -3 -2 -3 -2 4 2 2 0 0 10 0 0 0 1 5 9 64 0 0 2 1 0 1 1 1.53 1.51 47 V -3 -6 -6 -6 -2 -6 -6 -7 -6 6 2 -6 -1 -3 -6 -5 -3 -2 -4 3 1 0 0 0 1 0 0 0 0 54 20 0 1 0 0 0 1 1 0 22 1.30 1.51 48 E 1 3 5 -2 -5 1 -1 -4 2 -4 -2 3 1 0 -5 -2 -2 -2 -2 -4 11 13 25 2 0 5 4 1 4 1 5 16 3 5 0 2 2 0 1 0 0.50 1.53 49 K 0 1 -3 -3 -5 1 -2 -5 -1 -2 -3 6 -1 -2 -4 -2 1 -6 -4 0 6 5 1 0 0 6 1 0 1 2 2 54 1 2 0 2 8 0 0 8 0.85 1.53 50 V -2 -6 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -6 4 -1 -5 0 -4 -5 -5 -2 -6 -4 7 2 0 0 0 1 0 1 0 0 18 2 0 1 0 0 0 1 0 0 73 1.45 1.50 51 A 1 2 -1 -2 -3 0 -1 -2 1 -3 -4 5 -3 -4 0 2 -3 -6 -2 -4 10 12 3 2 1 4 3 2 3 2 1 32 0 0 4 17 1 0 1 1 0.54 1.52 52 H -4 -2 -2 -1 -2 -2 2 -5 9 -6 -5 -4 -4 0 -3 -3 -3 -4 4 -5 0 1 0 4 1 0 12 0 60 0 0 0 0 3 1 1 1 0 15 0 1.79 1.49 53 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -2 -1 6 -5 5 -1 -6 -5 -4 -1 0 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 80 0 12 1 0 0 0 1 3 1 1.46 1.49 54 V -3 -6 -6 -6 -2 -5 -4 -6 -6 3 2 -5 -2 -3 -5 -5 -3 -6 -4 6 1 0 0 0 1 0 1 0 0 11 15 0 0 0 0 0 1 0 0 71 1.38 1.46 55 R -1 3 -2 0 -4 1 2 -4 -2 -4 -4 4 -3 -5 -4 1 1 -6 -5 -2 4 14 1 6 0 4 15 0 1 0 1 28 0 0 0 10 10 0 0 3 0.56 1.47 56 V -3 -6 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -6 3 -1 -5 -1 -2 -5 -4 -2 2 -2 7 1 0 0 0 1 0 0 0 0 13 2 0 1 1 0 1 1 3 1 76 1.44 1.46 57 E -3 -2 -3 -1 -6 2 6 -1 -2 -3 -5 1 -4 -6 -4 -1 -1 -6 -5 -1 1 1 1 2 0 9 63 4 0 1 0 7 0 0 0 3 4 0 0 4 1.11 1.44 58 V -3 -2 0 -1 -6 -1 7 -5 -3 -4 -4 -1 -4 -6 1 -2 -1 -6 -5 -1 1 1 5 2 0 0 72 0 0 0 2 2 0 0 7 1 3 0 0 5 1.30 1.43 59 V -1 -4 -5 -6 -3 -3 -3 -5 -6 4 1 -4 -1 -3 -5 -4 -1 -5 -4 6 6 1 0 0 0 1 2 0 0 24 10 1 0 0 0 0 3 0 0 53 1.00 1.32 60 E -4 -2 2 4 -6 1 4 -4 -3 -6 -6 4 -5 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -5 0 0 8 27 0 6 31 0 0 0 0 28 0 0 0 0 0 0 0 0 1.07 1.24 K Lambda Standard Ungapped 0.1363 0.3182 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2145 0.3181 PSI Gapped 0.0656 0.2670