Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S -1 -2 4 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 5 0 -4 -3 -3 0 0 32 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 68 0 0 0 0 0.84 0.40 2 D 0 -3 0 6 -4 -1 3 -2 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 11 0 0 73 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.15 0.47 3 P -1 -3 -3 -3 -4 1 -2 -3 -3 -3 -1 -2 -3 -4 7 -2 0 -5 -4 -3 3 0 0 0 0 8 0 0 0 0 6 0 0 0 78 0 6 0 0 0 1.76 0.47 4 A 4 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -3 -4 2 1 -3 -1 -2 1 -2 -2 -4 -3 3 42 0 0 0 0 0 0 0 0 10 14 0 0 0 7 0 0 0 0 28 0.50 0.53 5 H -1 -2 -1 -3 -4 -1 -2 -4 8 -2 -3 0 -2 -2 -4 -2 -2 -3 2 2 5 0 0 0 0 0 0 0 61 0 0 6 0 0 0 0 0 0 7 21 1.08 0.54 6 T -2 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -2 2 -3 0 6 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 90 0 0 0 1.10 0.54 7 A 5 -3 -2 -3 -2 -2 -2 2 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 0 3 -4 -3 -2 64 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 0 0 0.75 0.54 8 T 1 3 -1 -3 -3 2 -2 -3 -2 0 -2 -1 -2 -1 -3 0 3 -3 1 0 10 20 2 0 0 11 0 0 0 7 0 0 0 3 0 5 28 0 5 9 0.33 0.54 9 A 2 -3 -2 1 -3 -3 -3 5 -3 0 -4 -3 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -3 24 0 0 10 0 0 0 59 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.89 0.54 10 P 2 -3 -2 -3 -3 -1 -2 -3 3 -1 -2 -1 2 1 3 1 3 -4 -2 -1 20 0 0 0 0 2 0 0 10 2 0 2 6 7 15 10 22 0 0 5 0.38 0.54 11 G 0 -3 0 -3 1 -3 -3 3 -3 2 -2 -3 -2 2 -3 2 -2 -3 1 1 8 0 4 0 3 0 0 24 0 16 0 0 0 11 0 19 0 0 4 10 0.33 0.56 12 G 4 -3 -2 -1 -3 0 0 4 -3 -4 -4 0 -3 -4 -3 0 -2 -4 -4 -3 39 0 0 3 0 5 5 38 0 0 0 5 0 0 0 6 0 0 0 0 0.67 0.56 13 L 1 -3 -3 -3 -3 -3 -3 1 -4 4 2 -3 1 -2 -3 1 1 -4 -3 0 10 0 0 0 0 0 0 14 0 35 18 0 4 0 0 12 7 0 0 0 0.37 0.53 14 S 1 -2 -1 -2 -3 -2 -2 4 -2 -3 -3 0 -3 -3 -2 3 2 -3 -3 -3 7 0 0 0 0 0 1 40 0 0 1 6 0 0 0 29 13 0 0 1 0.60 0.49 15 A 2 -2 -2 -2 -2 3 1 0 -2 -1 -2 0 -2 -3 -2 1 1 -3 -3 1 20 0 0 0 0 22 8 6 0 4 1 4 0 0 0 11 10 0 0 12 0.27 0.49 16 K 2 -2 3 0 -2 -1 0 -2 -2 -2 -3 2 -2 -3 0 1 2 -4 -3 0 27 0 16 6 0 0 3 1 0 0 1 13 0 0 4 6 15 0 0 6 0.31 0.49 17 A 1 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -3 2 -1 -2 -1 2 -3 -1 4 -3 -2 2 16 0 0 0 0 0 1 1 0 14 1 1 0 10 0 1 33 0 0 20 0.41 0.49 18 P 0 -3 -2 -2 -3 0 -2 2 -3 -3 -2 -2 -3 -4 7 -1 -2 -4 -4 -3 6 0 0 0 0 6 0 19 0 0 6 0 0 0 64 0 0 0 0 0 1.32 0.31 19 A 4 1 -2 -2 -2 3 1 -1 -2 -2 -2 -1 1 -3 -2 0 -1 -3 -2 0 50 8 0 0 0 18 10 0 0 0 0 0 5 0 0 5 0 0 0 5 0.38 0.28 20 M -2 2 -3 -4 -2 -2 -3 -4 -2 2 3 -1 4 2 -3 -3 -2 -2 -1 0 0 21 0 0 0 0 0 0 0 18 30 0 20 10 0 0 0 0 0 0 0.37 0.22 21 T -1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -1 -1 -2 -1 3 -2 0 5 -2 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 68 0 0 13 0.52 0.22 22 P -1 -3 -3 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 8 -1 -2 -4 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.30 0.22 23 L -3 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 2 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.94 0.42 24 M -2 -3 -3 -4 -3 -2 -3 1 -3 0 1 -3 8 -1 -4 -2 -2 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 86 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.42 25 L -1 -2 -3 -3 -3 3 -2 -4 -3 0 4 -2 2 -2 0 -2 -2 -3 -2 0 6 0 0 0 0 23 0 0 0 0 59 0 4 0 4 0 0 0 0 3 0.53 0.42 26 D -2 -2 2 5 -4 1 1 -3 -2 0 -3 1 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -1 1 0 10 48 0 6 8 1 0 6 1 12 0 0 0 1 1 0 0 4 0.72 0.58 27 T 2 -3 -2 1 -3 1 2 1 -3 -3 -1 -2 -2 -4 -3 0 4 -4 -3 -2 18 0 0 8 0 6 16 9 0 0 5 0 0 0 0 3 35 0 0 0 0.44 0.64 28 S 3 -3 0 4 -3 -2 0 -2 -3 0 -3 -2 -3 -4 -3 2 2 -4 -3 -2 29 0 3 24 0 0 5 0 0 7 0 0 0 0 0 14 16 0 0 0 0.46 0.62 29 S 1 -2 2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -3 -2 3 5 -4 -3 -1 11 0 11 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 26 43 0 0 4 0.64 0.61 30 R 0 2 2 -3 -4 -3 -3 6 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -4 -4 7 12 11 0 0 0 0 69 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.14 0.64 31 K 0 -1 -2 -2 2 -1 1 -3 -3 -2 0 4 -2 -3 -3 -1 1 -4 -3 1 8 0 0 0 5 0 12 0 0 0 11 42 0 0 0 2 9 0 0 11 0.41 0.57 32 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 1 5 -4 3 4 -5 -4 -3 -2 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 65 0 7 20 0 0 0 0 0 0 0.89 0.57 33 V -1 -2 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -4 1 0 2 -1 -3 -3 -3 0 -4 -3 5 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 18 0 0 0 0 4 0 0 72 0.73 0.57 34 A 1 -2 -3 -2 -2 -2 0 -3 -3 1 0 0 -1 -2 1 -2 -2 -3 -3 2 15 0 0 0 0 0 7 0 0 7 7 7 0 0 7 0 0 0 0 18 -0.04 0.44 35 W -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -2 -2 -1 -4 -1 5 -4 -3 -3 9 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 0 0 0 50 0 0 1.43 0.11 36 D -2 -2 1 6 -4 -1 1 -2 -2 -3 -4 -1 -3 -4 3 -1 -1 -5 -3 -3 0 0 0 82 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 0 0.95 0.07 37 G 1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3 18 0 0 0 0 0 0 82 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.91 0.07 38 T 2 -1 -1 -2 -3 4 1 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -2 1 4 -4 -3 -2 21 0 0 0 0 28 9 0 0 0 0 0 0 0 0 8 34 0 0 0 0.54 0.41 39 T -1 -1 0 -2 -3 -1 0 -3 3 -3 -3 3 -3 -4 4 1 2 -4 -2 -1 0 0 3 0 0 0 7 0 10 0 0 24 0 0 24 11 18 0 0 5 0.53 0.41 40 D 3 -2 -1 3 -2 -2 -1 3 -2 -3 -3 -2 -3 -3 0 1 -1 -4 -3 -1 36 0 0 24 0 0 0 22 0 0 1 0 0 0 3 7 0 0 0 3 0.47 0.38 41 G -1 -2 -2 -2 -4 -2 -3 6 -3 -4 -2 2 -3 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 78 0 0 6 16 0 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.41 42 A 3 -1 -1 -2 -2 1 -1 -2 0 -3 -3 3 -2 -4 -2 2 2 -4 -3 -2 38 0 0 0 0 6 0 0 2 0 0 21 0 0 0 17 16 0 0 0 0.45 0.41 43 A 5 -2 -3 -2 -2 -2 1 -1 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 0 -1 -4 -3 1 80 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0.71 0.41 44 V -2 -4 -4 -4 1 -3 -4 -4 -3 3 0 -3 1 -1 -4 -3 -1 -3 2 5 0 0 0 0 4 0 0 0 0 13 0 0 3 0 0 0 0 0 10 71 0.72 0.41 45 G 1 -3 -2 -3 -3 -2 -3 4 -2 -3 0 -3 -2 -1 -3 1 -2 -2 4 -3 11 0 0 0 0 0 0 44 0 0 10 0 0 0 0 12 0 0 23 0 0.60 0.41 46 I 1 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -2 -4 3 2 -3 0 -2 -3 -2 1 -4 -2 3 12 0 0 0 0 0 0 2 0 25 21 0 0 0 0 0 10 0 0 31 0.44 0.41 47 L -2 3 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 1 2 1 3 -3 -4 2 1 -4 -3 -2 0 21 0 0 0 0 0 0 0 9 26 7 8 0 0 17 11 0 0 0 0.40 0.67 48 A 3 -3 -2 1 4 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 3 -3 -3 2 1 -4 -3 2 28 0 0 11 9 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 19 7 0 0 16 0.44 0.67 49 V -2 -4 -3 1 -3 -3 -3 -4 -3 0 3 -3 -1 1 -4 0 1 -3 2 3 0 0 0 9 0 0 0 0 0 3 30 0 0 6 0 6 9 0 9 27 0.42 0.67 50 A 3 -3 -3 -3 -3 2 1 -3 -3 1 -2 -2 -2 -4 4 1 1 -4 -4 -2 27 0 0 0 0 10 9 0 0 9 3 0 0 0 24 9 10 0 0 0 0.52 0.67 51 A 1 -3 3 -3 -3 -3 -3 -4 -4 1 3 -3 -1 -2 -4 -2 -2 -4 -3 3 16 0 16 0 0 0 0 0 0 7 30 0 0 0 0 0 0 0 0 32 0.51 0.67 52 D 0 -3 2 5 -4 -2 2 -3 -3 -3 -1 -2 -3 -4 0 -1 3 -5 -4 -3 8 0 8 38 0 0 15 0 0 0 6 0 0 0 4 0 21 0 0 0 0.64 0.67 53 Q 2 -3 -2 -1 -3 2 -2 4 -3 0 -3 -2 -3 -4 -3 -1 3 -4 -4 -2 20 0 0 4 0 11 0 32 0 8 0 0 0 0 0 0 24 0 0 0 0.54 0.65 54 T 2 -3 1 1 -3 -2 0 0 -3 -3 -4 -2 -3 -4 0 3 4 -4 -4 -3 19 0 5 8 0 0 4 4 0 0 0 0 0 0 3 25 32 0 0 0 0.53 0.65 55 S -1 0 -1 2 -4 1 3 -3 -2 -4 -4 2 -3 -5 -3 3 1 -5 -4 -4 4 3 0 14 0 5 26 0 0 0 0 16 0 0 0 24 8 0 0 0 0.56 0.67 56 T -1 -2 2 -2 -3 3 -2 -3 -2 -3 -2 0 -2 -4 1 1 5 -4 -3 -2 4 0 9 0 0 17 0 0 0 0 2 4 0 0 8 10 46 0 0 0 0.65 0.67 57 T -1 1 -2 -1 -4 2 2 -2 0 -2 0 3 -2 -4 -3 -1 1 -4 -3 1 5 6 0 3 0 12 12 2 2 0 10 25 0 0 0 3 11 0 0 11 0.28 0.59 58 L 3 -3 -3 -4 -2 -1 -3 0 -4 0 3 -3 -1 -2 -3 0 -2 -4 -3 1 30 0 0 0 0 3 0 8 0 4 36 0 0 0 0 7 0 0 0 12 0.40 0.59 59 T 0 -2 -2 -2 -3 4 -1 -3 -2 -3 -3 -1 -2 -4 2 1 5 -4 -3 -2 4 0 0 0 0 27 0 0 0 0 0 0 0 0 12 7 50 0 0 0 0.78 0.59 60 F -3 -4 -4 -5 3 -3 -4 -5 -1 -1 -1 -4 2 3 -4 -3 -2 -1 7 3 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 8 10 0 0 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