Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 3 1 -5 2 4 -6 -5 -3 -4 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 9 0 4 17 0 0 0 0 0 53 1.14 1.31 2 D -3 -1 4 6 -6 0 3 -4 -2 -6 -6 -1 -6 -7 -5 -2 -3 -7 -6 -6 1 3 21 49 0 4 17 0 1 0 0 3 0 0 0 1 1 0 0 0 1.29 1.61 3 A 2 -5 -4 -5 -5 -5 -4 6 -5 -5 -5 -5 -3 -4 1 -3 -3 -6 -5 -3 19 0 0 0 0 0 0 66 0 0 0 0 1 1 8 1 1 0 0 2 1.45 1.72 4 E 2 0 -3 -1 -6 3 5 -4 0 -5 -5 3 -2 -4 -3 -2 -3 -4 -3 -4 16 5 1 2 0 12 39 1 2 0 1 15 1 1 1 2 1 0 1 1 0.80 1.75 5 A 3 0 -2 -1 -5 3 2 -2 -1 -3 -3 3 -3 -6 -4 0 0 -3 -4 -2 25 5 2 3 0 11 14 3 2 1 2 16 0 0 0 6 7 0 0 2 0.44 1.74 6 V -3 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -6 -3 5 4 -5 1 0 -6 -4 -2 -5 -2 3 1 0 1 1 0 1 0 0 1 27 37 0 3 3 0 1 2 0 1 21 0.92 1.73 7 V -1 -5 -6 -6 -5 -4 -5 -5 -2 -3 -2 -3 -3 7 -6 -4 -4 -1 7 -1 6 0 0 0 0 1 0 0 1 1 1 1 0 43 0 0 1 0 40 4 1.68 1.73 8 Q 1 1 2 -1 -5 4 2 -3 -2 -3 -2 2 0 -3 -5 0 0 -3 -3 -3 10 7 8 3 0 19 12 2 1 1 4 14 2 1 0 7 5 0 1 2 0.38 1.73 9 Q 2 -1 2 -1 -5 4 -1 -1 -2 -2 -3 1 0 -5 -4 1 1 -6 -1 -2 20 2 10 3 0 19 3 4 1 2 1 8 2 0 0 8 9 0 2 3 0.39 1.73 10 K -2 0 6 -1 -5 0 -3 -1 3 -3 -5 0 -3 -3 -5 1 0 -1 1 -3 3 4 42 3 0 5 1 4 6 1 1 6 1 1 0 10 5 1 5 2 0.78 1.72 11 C -4 -7 -6 -7 12 -6 -7 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -6 -6 -4 -4 -6 -6 -4 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.66 1.71 12 I 5 -3 -3 -4 -3 -1 -3 -1 -4 2 0 -4 1 -3 -4 1 -1 -2 -5 1 44 1 1 1 0 3 1 5 0 10 8 0 3 1 0 9 3 1 0 9 0.58 1.71 13 S 3 -1 -1 -3 -4 0 -3 2 -2 -3 -4 -3 -1 -3 -2 3 1 -3 -2 -2 27 3 3 1 0 4 0 16 1 1 1 1 2 1 2 24 7 0 2 3 0.49 1.71 14 C -4 -7 -6 -7 12 -6 -7 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -6 -6 -4 -4 -6 -6 -4 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.66 1.71 15 H -5 -4 -3 -5 -7 -3 -3 -6 11 -7 -6 -4 -5 -5 -6 -4 -5 -6 -1 -7 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.42 1.90 16 G 1 -3 -2 -3 -5 -1 -4 6 -3 -4 -5 -1 -1 -4 -5 -1 -2 -5 -5 -4 13 1 2 1 0 3 1 65 1 1 1 3 2 1 0 3 2 0 0 1 1.24 1.82 17 G 2 -1 -1 0 -5 0 0 2 -2 0 -1 0 0 -3 0 0 0 -2 -4 1 18 3 3 5 0 5 6 13 1 6 6 5 3 1 5 6 5 1 1 9 0.13 1.82 18 D -2 -1 5 5 -5 1 1 -1 -1 -4 -4 0 -3 -4 -3 -1 0 -3 -3 -4 3 2 25 29 0 6 7 5 1 1 2 4 1 1 1 3 5 1 1 1 0.70 1.79 19 L 1 2 -1 -3 -4 -2 -3 3 -2 -2 2 -1 1 -1 -3 -2 -2 -4 -1 -2 13 10 3 1 0 2 1 22 1 2 23 4 4 2 1 2 3 0 2 3 0.35 1.74 20 T -1 0 0 0 -5 3 3 0 -1 -2 -3 3 -2 -4 -3 0 0 -5 -3 -2 5 5 4 5 0 13 19 7 1 3 2 17 1 1 1 7 5 0 1 3 0.37 1.81 21 G -2 -1 -1 -2 -5 -2 -3 7 -3 -3 -4 -2 -2 -5 -3 -2 -3 -5 -5 -3 3 3 3 2 0 1 1 72 1 2 2 3 1 0 1 2 1 0 0 2 1.38 1.74 22 A 2 0 0 -3 -5 0 -3 4 -3 -1 -1 0 1 -3 -3 -1 -1 -3 -3 0 15 5 5 1 0 4 2 31 1 3 7 5 4 1 1 4 3 0 1 6 0.37 1.83 23 S 1 -2 1 -3 -4 -1 -3 -1 -3 1 0 -1 2 -1 -1 1 0 -5 -2 3 12 2 7 1 0 2 1 4 1 8 7 3 6 2 3 9 6 0 2 24 0.25 1.82 24 A 1 -4 -1 -3 -3 -4 -3 6 -3 -3 -4 -1 -3 0 -4 -2 -3 -5 -2 -4 13 1 2 1 0 1 1 64 0 2 1 3 1 4 1 1 1 0 2 1 1.19 1.85 25 P -2 -2 -2 -3 -6 -2 -2 -3 -2 -3 -3 -1 -5 -1 8 -2 -2 -6 -2 -2 4 3 2 1 0 1 2 2 1 2 3 4 0 3 63 2 3 0 1 3 1.50 1.99 26 A 3 -2 3 2 -5 -2 -2 -1 -1 -3 -3 -1 -1 -3 1 2 -1 -6 -2 -3 27 2 15 9 0 2 2 3 1 2 2 3 1 1 8 14 4 0 2 2 0.43 2.01 27 I -2 -3 -6 -3 -5 -5 -4 -4 -1 0 5 -2 0 0 -2 -3 -3 0 -1 -1 3 2 0 1 0 0 1 1 1 5 64 3 2 4 2 2 1 1 2 3 0.93 2.01 28 D -1 1 0 0 -2 3 -1 -3 0 -1 -1 1 -1 -2 0 -1 2 0 0 -1 5 6 5 6 1 13 4 2 2 4 6 9 1 2 5 5 14 1 3 5 0.15 1.99 29 K -1 -1 1 3 -1 0 1 2 0 -3 -1 3 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -3 6 3 6 15 1 4 9 13 2 2 7 15 1 3 3 2 3 1 2 2 0.23 1.95 30 A 1 -2 0 -1 -4 -2 -2 -3 0 2 0 -1 0 0 0 -1 0 1 0 3 12 2 5 3 0 2 3 2 2 10 9 4 2 3 4 4 7 2 3 20 0.19 1.94 31 G -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.01 32 A 0 0 0 0 -5 0 0 0 1 -1 -1 1 0 0 -1 0 0 5 0 -2 9 4 5 5 0 5 5 7 4 3 6 10 3 3 3 8 6 7 3 3 0.12 2.03 33 N -1 4 -1 1 -5 0 -1 -1 1 -2 -1 3 0 -2 -2 -1 -1 1 -1 -2 5 19 3 9 0 3 4 6 3 2 7 18 2 1 2 4 4 2 2 3 0.29 2.04 34 Y -1 0 -1 -3 -2 -1 -2 -3 2 -1 2 1 2 0 -2 -2 -2 3 4 -2 5 5 3 2 1 3 3 2 4 4 21 8 6 4 2 2 2 4 16 3 0.33 2.00 35 S -1 -2 2 2 -5 -2 -2 -1 -1 -3 -4 -1 -2 -2 1 4 2 -1 -2 -2 5 2 8 12 0 2 2 5 1 1 2 4 1 2 6 28 12 1 1 4 0.39 2.05 36 E 1 1 -2 1 -5 0 1 -1 -1 -2 -3 2 -2 -3 3 -2 -1 -1 0 0 12 7 1 7 0 5 10 5 1 2 3 14 1 1 15 3 3 1 3 6 0.27 2.05 37 E 1 -2 -1 4 -6 0 4 -2 -1 -3 -4 -1 -2 -1 -1 -1 -1 0 -1 -3 12 2 3 20 0 4 30 3 1 1 1 4 1 3 3 3 3 2 2 2 0.55 2.06 38 E -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.01 39 I -2 -2 -2 -3 -5 -2 -3 -3 -1 5 2 -3 2 1 -2 -3 -2 1 -1 2 4 2 2 2 0 2 2 2 2 30 21 2 4 5 2 2 2 2 2 11 0.51 2.04 40 L 1 0 -2 -2 -5 0 -1 -3 1 3 0 1 1 0 -2 -2 0 1 1 1 12 5 2 2 0 4 5 2 3 15 9 7 3 3 2 3 5 2 5 11 0.15 2.03 41 D 0 -1 1 2 -2 2 1 -1 1 -2 -3 2 -1 -2 -2 0 1 0 -1 -2 9 3 7 13 1 8 10 5 3 2 2 10 2 2 2 5 9 1 2 2 0.21 2.03 42 I -1 -1 -2 -3 -5 2 -4 -4 0 4 -1 -1 0 0 -3 -1 2 3 0 3 6 3 2 1 0 8 0 1 2 23 4 3 2 3 1 4 12 4 3 16 0.41 2.03 43 I -1 -3 -2 -6 -4 -5 -3 -4 -6 6 1 -3 1 0 -5 -3 -2 -5 -4 3 4 2 2 0 0 0 2 1 0 44 10 2 3 4 0 2 2 0 0 22 0.92 1.93 44 L -1 2 -1 -3 -5 1 -1 -3 1 0 0 2 2 -3 -3 -1 2 -1 -1 1 5 10 3 1 0 7 4 2 4 6 10 15 4 1 1 4 11 1 2 9 0.20 1.93 45 N -3 -1 6 1 -5 0 1 -1 2 -3 -4 1 -2 -3 -3 0 -1 -2 -1 -2 2 2 36 6 0 3 8 5 5 2 1 10 1 1 1 5 4 1 2 4 0.63 1.94 46 G -2 -5 -2 -3 -5 -3 -2 7 -5 -4 -5 -3 -3 -4 1 -2 -3 -5 -3 -4 3 0 1 1 0 1 2 73 0 1 1 1 1 1 7 3 1 0 1 1 1.46 1.92 47 Q -2 4 -2 -3 -5 2 -1 1 -1 0 -3 3 -2 -3 0 0 0 -5 -1 -2 2 22 1 1 0 10 3 9 1 5 2 19 1 1 4 6 6 0 2 2 0.44 1.93 48 G 0 -1 2 -3 -5 -1 -1 5 -3 -4 -5 -1 -2 -4 2 -1 -1 -6 -4 -3 7 4 9 1 0 3 3 44 1 1 1 4 1 1 10 4 5 0 1 2 0.72 1.92 49 G 2 1 2 -1 -5 0 -1 3 -2 -2 -3 -1 1 -2 0 0 -1 -6 -3 -1 17 7 9 3 0 5 3 23 1 2 2 3 3 2 5 6 4 0 1 4 0.31 1.95 50 M -4 -3 -3 -5 -5 -3 -5 -5 -5 -2 -1 -3 10 -3 -4 -4 -2 -5 -3 -2 1 1 1 1 0 1 0 1 0 1 1 2 86 1 1 1 2 0 1 1 2.45 1.96 51 P -2 -4 -4 -5 -6 -2 -4 -5 -5 -4 -5 -2 -1 -4 8 -3 -3 -7 -3 -4 2 1 1 0 0 1 1 1 0 1 1 2 2 1 83 2 1 0 1 1 2.35 1.95 52 G 4 -3 -2 -3 -5 -1 -3 2 -3 -4 -4 0 1 -4 4 1 -2 -6 -4 -4 33 1 1 2 0 2 1 14 0 0 2 6 4 1 20 10 1 0 1 1 0.67 1.94 53 G -1 -4 1 -1 -6 1 -3 3 -2 -3 -3 -1 1 5 0 -2 -3 -1 -1 -2 6 1 7 3 0 6 1 26 1 1 2 4 3 25 5 2 1 1 1 3 0.57 1.95 54 I -1 1 0 -2 -5 4 -1 -3 -2 0 0 1 2 -3 1 -1 0 -3 -2 0 5 8 5 2 0 18 3 2 1 6 9 8 6 1 7 4 7 0 2 6 0.25 1.95 55 A -2 -4 -3 -3 -3 -3 -5 -4 -3 1 5 -3 0 3 -2 -3 -3 1 -1 1 4 1 1 1 0 2 1 1 1 8 47 2 2 12 2 2 1 2 1 10 0.69 1.95 56 K -2 -2 1 1 -5 0 0 -2 -2 -4 -4 2 -3 -4 0 4 3 -6 -5 -4 2 1 7 8 0 4 5 2 1 1 2 12 0 1 5 31 19 0 0 1 0.58 1.97 57 G 0 -3 -1 4 -4 0 3 2 -3 -5 -2 -1 -3 -5 3 -2 -3 -6 -5 -4 10 1 2 26 0 4 16 13 0 0 4 4 1 0 13 3 2 0 0 1 0.58 1.97 58 A 1 -2 0 3 -3 2 4 -2 -2 -4 -3 0 -2 -4 -1 0 0 -6 -5 -4 12 1 3 17 0 9 29 3 1 1 2 4 1 1 3 6 5 0 0 1 0.56 1.98 59 E -3 -3 -1 4 -4 4 5 -4 -2 -5 -4 -1 -3 -5 -3 -2 -3 -6 -3 -5 1 1 2 24 0 17 43 1 0 1 2 2 0 0 1 1 2 0 1 1 1.13 1.99 60 A 3 -1 -3 -3 -5 -3 -2 -5 -4 5 1 -2 2 -3 -3 -2 -2 -6 -3 1 21 3 1 2 0 1 3 0 0 34 11 2 5 1 1 2 2 0 1 9 0.61 1.97 61 E 1 0 -1 3 -4 2 3 -3 -2 -4 -4 2 -3 -4 -4 -1 -2 -1 -3 -4 14 6 3 17 0 10 21 1 1 1 2 13 1 1 0 4 3 1 1 1 0.51 2.00 62 A 4 -2 1 2 -3 2 0 -2 -2 -1 -3 1 -3 -4 -4 -1 -1 -2 -4 -2 35 1 7 10 0 9 5 3 1 4 3 8 1 1 0 4 3 1 0 3 0.44 1.97 63 V -4 -5 -6 -4 -5 -4 -3 -6 -6 4 4 -5 4 -4 -4 -5 -3 -5 -5 4 1 0 0 1 0 0 2 0 0 19 37 1 9 0 1 1 1 0 0 27 1.01 1.95 64 A 5 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -2 -4 0 -1 -4 -1 -4 -5 0 0 -4 -2 2 54 1 0 0 0 0 1 3 0 6 5 0 1 1 0 7 5 0 1 13 0.83 1.97 65 A 3 -1 0 2 -5 0 2 -2 -1 -4 -3 1 -3 -5 -5 0 1 -6 -2 -3 28 4 5 13 0 4 14 3 1 1 3 7 1 0 0 6 8 0 1 1 0.42 1.96 66 W -5 -5 -6 -6 -6 -5 -5 -6 -1 -4 -2 -6 -4 4 -7 -5 -5 9 8 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 4 0 0 14 0 0 0 23 55 0 2.23 1.94 67 L -5 -6 -7 -4 -5 -4 -5 -7 -6 5 4 -6 0 -2 -6 -6 -3 -6 -5 4 0 0 0 1 0 1 0 0 0 27 45 0 1 1 0 0 1 0 0 23 1.19 1.90 68 A 4 -2 -3 -3 -2 -1 -1 -3 -1 -2 2 -2 1 -2 -5 2 -1 -2 -3 0 33 2 1 1 1 3 4 1 2 1 18 2 4 2 0 17 2 1 1 5 0.44 1.82 69 E 0 -2 0 1 -5 2 3 -1 -2 -6 -5 2 -4 -5 -4 3 1 -6 -1 -4 6 1 4 7 0 8 20 4 1 0 0 13 0 0 0 24 8 0 2 1 0.54 1.81 70 K -4 -1 -3 -3 -6 6 -2 -5 2 -2 3 3 1 -4 -3 -4 -4 -3 -1 -4 0 2 1 1 0 36 1 1 4 2 25 20 3 0 1 0 0 0 2 0 0.90 1.74 71 K -4 1 -3 -4 -6 2 -2 -5 -4 -6 -6 7 -4 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 5 0 0 0 9 0 0 0 0 0 86 0 0 0 0 0 0 0 0 1.86 1.54 K Lambda Standard Ungapped 0.1299 0.3101 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1660 0.3177 PSI Gapped 0.0508 0.2670