Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -3 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -5 -3 1 1 -3 9 -2 -4 -3 -2 -3 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 91 0 0 0 0 0 0 6 1.55 0.63 2 E -2 0 -1 2 -5 1 5 -4 -2 -5 -5 3 -4 -5 -1 1 -1 -5 -4 -3 0 3 2 12 0 5 48 0 0 0 0 17 0 0 2 8 2 0 0 1 0.77 0.70 3 L -3 -5 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 4 4 -5 1 -2 -5 -4 -3 -1 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 40 0 2 0 0 0 0 1 0 28 0.94 0.88 4 K -1 4 -1 -3 -4 1 1 -4 3 -4 -4 4 -1 -5 -3 1 3 -5 -3 -4 4 24 1 0 0 4 7 0 7 0 0 25 1 0 0 8 19 0 0 0 0.63 0.89 5 N -4 -3 7 4 -5 -1 -2 -3 0 -5 -5 -3 -4 1 -4 -2 0 -5 -4 -2 0 0 57 28 0 1 0 0 1 0 0 0 0 6 0 0 4 0 0 3 1.20 0.89 6 K -1 2 -2 -2 -5 1 2 -1 -3 -3 -4 5 -3 -5 -3 0 1 -5 -4 -2 3 9 1 0 0 4 15 4 0 1 0 45 0 0 0 4 10 0 0 3 0.68 0.89 7 K -3 5 -2 -3 -5 2 -1 -4 -3 -5 -4 6 -1 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -5 0 36 0 0 0 8 0 0 0 0 0 54 1 0 0 0 0 0 0 0 1.27 0.91 8 W -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 3 4 -5 3 -2 -5 -5 -3 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 47 0 8 0 0 0 0 22 0 3 1.21 0.93 9 T 0 -3 -1 3 -4 -2 1 -3 -3 -4 -5 -3 -4 -5 3 3 4 -5 -4 -4 6 0 1 20 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 14 23 29 0 0 0 0.73 0.93 10 D -2 -1 0 4 -5 -1 3 -3 2 1 0 0 -1 -4 -2 -1 -2 3 -3 -3 2 3 3 26 0 1 21 1 6 10 8 6 1 0 2 3 1 4 0 0 0.44 0.93 11 E 0 -3 0 5 -5 -1 4 -1 -3 -5 -5 0 -4 -5 -4 0 0 -6 -5 -2 6 0 2 35 0 0 35 5 0 0 0 4 0 0 0 5 4 0 0 3 0.83 0.96 12 E -2 -1 0 1 0 4 5 -3 -1 -3 -3 1 -4 -4 -4 -2 -1 -5 0 -3 2 1 3 7 3 17 41 1 1 1 2 9 0 0 0 2 4 0 4 1 0.66 0.96 13 F -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -4 0 3 -5 -1 7 -6 -5 -4 -2 1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 34 0 0 59 0 0 0 0 2 0 1.42 1.00 14 H -2 -2 -1 -2 -5 1 1 -3 4 -1 2 -1 4 3 -5 -3 -2 -3 2 -3 2 2 2 1 0 5 11 1 13 3 23 2 10 13 0 1 1 0 8 0 0.44 1.05 15 K 2 3 -2 -3 -5 3 2 -2 0 -5 -5 3 -4 -5 -4 -1 0 -5 -4 -4 20 14 1 0 0 16 14 2 2 0 0 21 0 0 0 4 6 0 0 0 0.60 1.05 16 Q -3 0 -3 -3 -5 3 4 -5 -3 4 -2 0 2 -1 -4 -2 0 -5 -4 0 0 4 0 0 0 14 27 0 0 29 2 4 6 3 0 1 6 0 0 5 0.58 1.05 17 R -1 7 -1 1 -6 0 1 -4 0 -5 -5 -1 -4 -5 -4 -3 -2 -5 -4 -5 6 69 2 8 0 2 10 0 2 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1.28 1.05 18 E -2 4 1 0 -6 2 4 -4 2 -5 -3 3 -4 -4 -1 -2 -2 -5 -4 -5 2 21 7 4 0 10 25 0 5 0 3 17 0 1 3 1 1 0 0 0 0.65 1.05 19 E -1 1 2 2 -5 1 5 -2 -1 -5 -3 0 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -4 6 6 11 11 0 5 47 3 1 0 2 3 0 0 0 2 2 0 0 1 0.75 1.05 20 V -3 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -5 4 0 -5 -1 2 -5 -4 0 -5 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 3 0 0 9 0 0 4 0 0 66 1.14 1.05 21 L -3 0 -5 -5 -4 -1 -4 -5 -4 2 5 -4 -1 -1 -5 -2 -2 2 -3 -1 1 5 0 0 0 3 0 0 0 10 68 0 0 1 0 3 2 3 0 0 0.87 1.01 22 Q 0 0 3 0 -5 4 0 0 -3 -4 -2 2 -3 -4 -1 1 -1 -5 0 -1 9 4 13 5 0 18 6 7 0 0 5 11 0 0 3 9 4 0 3 4 0.28 1.05 23 Q -1 0 1 -1 -4 5 2 -1 1 -4 -4 -2 -3 -5 -1 2 2 -5 -4 -3 3 3 6 3 0 32 10 4 3 0 1 0 0 0 3 15 15 0 0 1 0.58 1.02 24 W -2 -4 2 -5 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -2 -2 -3 -2 -5 -4 -4 12 2 -5 4 0 11 0 0 0 0 4 0 0 3 3 0 0 0 0 0 68 6 0 2.41 1.02 25 P -1 -3 -2 -3 -5 -1 2 -4 2 -3 -5 1 -4 -5 7 -1 -3 -5 -4 -2 3 0 1 0 0 1 17 0 4 1 0 10 0 0 53 5 0 0 0 3 1.26 1.02 26 T -2 -3 -1 -1 -3 -3 -3 1 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 0 6 -3 3 -3 0 0 2 4 0 0 0 10 0 0 1 0 0 0 0 3 66 0 12 0 1.03 0.99 27 G -1 -1 -3 0 -4 -3 -4 6 -4 -2 -2 -3 -3 -1 -4 -2 -3 -4 -4 1 4 5 0 7 0 0 0 61 0 2 4 0 0 3 0 2 0 0 0 11 0.91 0.99 28 K 0 2 -2 3 -4 0 0 -3 0 -4 0 4 -3 -4 -2 -1 -1 -4 -4 -3 8 10 0 20 0 4 5 1 2 0 10 28 0 0 2 3 4 0 0 1 0.44 0.96 29 E 1 -1 1 5 -4 1 3 0 0 -4 -4 -2 -4 -4 -2 -1 0 -5 -4 -4 13 4 6 30 0 4 20 7 2 0 1 1 0 0 2 4 4 0 0 1 0.56 0.96 30 V 0 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -4 2 -1 -4 -2 3 -1 -2 -1 -4 -1 5 9 0 0 0 0 0 0 0 0 11 4 0 0 13 4 2 3 0 2 50 0.71 0.98 31 D -4 -3 3 7 -5 -2 0 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -5 -1 -2 -1 -6 -5 -4 0 0 16 63 0 0 3 0 0 0 6 0 0 0 3 1 4 0 0 1 1.21 1.00 32 L -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 2 1 3 -5 1 6 -5 -4 -4 5 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 5 6 34 0 3 37 0 0 0 9 0 2 1.03 1.02 33 Q 1 -2 0 4 -4 2 4 -3 -3 -4 -4 1 -3 -5 -3 0 0 -5 -4 -2 12 0 3 21 0 10 28 1 0 0 1 7 0 0 0 7 6 0 0 3 0.57 0.99 34 E -1 -2 -2 3 -5 -1 6 -3 -1 -5 -5 0 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 4 0 0 15 0 0 67 2 1 0 0 5 0 0 0 2 2 0 0 0 1.20 1.04 35 A 4 -3 1 -3 2 -3 -3 1 -3 1 -3 -3 -3 -4 -3 0 -1 -4 -4 1 45 0 8 0 4 0 1 11 0 9 1 1 0 0 0 5 3 0 0 11 0.54 0.99 36 V 1 -4 -4 -4 -3 -3 0 -4 -4 4 -1 -3 2 -1 -4 -2 -2 -4 -3 5 11 0 0 0 0 0 8 1 0 25 3 1 4 3 0 2 1 0 0 39 0.64 0.99 37 D 3 3 1 2 -4 1 3 0 -3 -4 -4 1 -4 -5 -3 0 -3 -5 -4 -3 25 14 6 10 0 7 18 6 0 0 0 7 0 0 0 4 0 0 0 2 0.46 1.09 38 Y -4 -2 -4 -5 -4 -3 -4 -5 1 -1 -2 -4 -3 5 -4 -4 -2 2 8 -2 1 3 0 0 0 0 1 1 2 4 3 1 0 23 0 1 3 2 54 2 1.37 1.04 39 L -2 -3 -2 -4 -4 4 -3 -5 7 3 1 -3 -2 -3 -4 -3 -3 -4 1 0 3 0 2 0 0 22 0 0 28 17 15 0 0 0 0 0 0 0 5 5 0.80 1.09 40 K -2 4 -1 -3 -5 3 1 -3 2 -5 -3 5 -3 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -4 2 24 2 0 0 11 9 1 4 0 3 35 0 0 0 5 2 0 0 0 0.77 1.14 41 K 1 0 3 -2 -4 1 0 0 0 -5 -5 3 -4 -5 -4 3 0 -5 -4 -4 13 4 17 1 0 5 6 8 2 0 0 18 0 0 0 20 5 0 0 0 0.48 1.18 42 I 1 -4 -5 -5 -4 1 -4 -5 -5 4 3 -4 4 -3 -4 -4 -3 -4 -4 2 15 0 0 0 0 7 0 0 0 25 26 0 10 0 0 0 0 0 0 14 0.68 1.25 43 P 0 -4 -1 -1 1 -3 -2 -2 2 -5 -3 -2 -4 -5 7 2 -3 -5 -4 -4 9 0 3 3 3 0 2 3 5 0 2 2 0 0 52 14 0 0 0 0 1.21 1.37 44 A 3 0 -3 1 -5 -3 1 -1 0 -5 -3 3 -4 -5 1 0 0 -6 0 -3 25 5 0 8 0 0 11 5 2 0 2 19 0 0 6 6 7 0 3 2 0.41 1.49 45 E 0 0 1 1 -5 0 3 -2 2 -2 -5 1 -4 1 1 1 -1 -5 -1 -1 6 5 7 8 0 3 19 3 5 3 0 10 0 5 7 10 3 0 2 5 0.26 1.48 46 K -1 2 -1 -4 -5 1 -3 0 0 -4 0 4 1 -5 2 -1 0 -5 -1 -2 4 11 3 0 0 5 0 7 2 0 10 29 3 0 11 3 7 0 3 3 0.41 1.44 47 N -2 1 3 0 1 0 -1 1 3 0 -4 -1 -4 2 -1 -1 1 -5 0 0 3 6 15 5 3 3 3 9 8 7 0 3 0 7 3 5 8 0 4 6 0.23 1.44 48 F 1 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -4 1 0 1 3 2 2 1 1 -4 -3 1 10 0 0 0 0 0 1 1 0 10 10 10 9 9 10 10 10 0 0 10 0.28 1.01 49 A 2 -2 -1 -2 -4 2 -3 3 1 -4 -3 -2 -4 -4 -1 3 -1 -5 0 -2 21 1 2 1 0 10 0 22 4 0 2 1 0 0 2 25 2 0 4 3 0.49 1.11 50 E 2 1 0 1 -5 0 1 -1 3 -3 -1 3 -3 -4 -3 -1 -1 -2 2 -3 17 7 3 8 0 3 10 3 8 1 7 17 0 0 1 3 3 0 7 1 0.28 1.10 51 K -1 0 -1 -3 -3 0 -2 -5 2 -3 -2 4 0 4 -4 -3 1 -4 0 1 5 5 2 1 1 3 1 0 5 0 2 29 3 21 0 0 8 0 2 13 0.49 1.10 52 L -3 -5 -6 -6 -4 -2 -5 -6 -5 1 5 -5 1 2 -5 -5 -3 -4 -3 4 0 0 0 0 0 3 0 0 0 5 56 0 2 8 0 0 0 0 0 26 0.96 1.06 53 V 2 3 1 -2 -4 1 2 -3 -1 0 -1 1 -2 -3 -4 -1 -1 -3 -4 -1 17 19 7 1 0 7 16 1 1 5 6 8 1 1 0 3 2 0 0 4 0.31 1.01 54 L 0 3 -1 0 -4 3 2 -2 0 -4 -4 4 -3 -5 -3 0 0 0 -3 -4 9 13 2 4 0 13 10 3 2 0 1 27 0 0 0 6 6 2 1 0 0.48 1.01 55 A 5 -1 -1 -3 0 -3 -2 0 -1 -3 -2 -3 -1 -4 -3 1 -1 -4 -3 -2 61 4 3 0 2 0 2 5 2 0 4 1 1 0 0 10 2 0 0 2 0.72 0.96 56 K 0 2 0 3 -5 0 0 -1 1 -1 -4 4 -4 -5 -4 -1 -1 -6 -4 -1 8 11 4 18 0 3 5 3 4 4 0 29 0 0 0 3 3 0 0 5 0.47 1.06 57 K 2 3 0 -1 -2 3 3 -1 -3 -5 -4 2 -3 -5 -3 1 0 -5 -4 -4 16 16 5 3 1 13 18 4 0 0 0 10 0 0 0 9 5 0 0 0 0.45 0.97 58 K 2 0 1 2 -2 0 4 -2 -1 -4 -3 0 -3 -4 0 1 -2 -4 -4 -3 18 6 8 11 1 3 26 2 1 0 2 5 0 0 5 9 1 0 0 1 0.41 0.92 59 G -2 1 3 -1 -4 -1 -2 5 0 -4 -4 3 -3 0 -3 -2 -3 -4 -3 -4 1 6 16 2 0 1 1 41 2 1 1 18 0 6 1 2 1 0 0 1 0.69 0.87 60 I -2 5 0 -1 -2 -1 0 -2 1 1 -3 2 -2 -3 -3 -2 0 5 -3 -1 3 31 5 2 1 2 6 2 4 10 2 12 1 0 1 2 5 7 0 3 0.45 0.87 61 T -1 -4 -4 -4 -3 0 -3 -4 -4 1 3 -3 3 -3 1 -2 4 -4 -3 1 3 0 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D -2 -1 -1 3 -5 0 3 -3 -3 -2 1 2 -3 -2 1 0 -1 -5 -4 -3 3 2 1 16 0 3 19 1 0 1 18 16 0 2 7 6 4 0 0 0 0.36 1.08 461 V 0 -3 -3 1 -1 -1 -1 -4 -4 0 1 -3 0 -4 3 2 -1 -5 -4 3 8 1 0 8 1 3 3 0 0 4 12 1 2 0 16 16 2 0 0 23 0.37 1.09 462 S -1 -3 1 -1 -1 -3 -3 -1 3 -2 -1 -3 -3 0 -3 4 2 -4 2 -1 2 0 7 3 1 0 0 5 6 2 5 0 0 5 0 39 11 0 9 3 0.47 1.03 463 F -2 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -4 0 0 -3 -2 7 -5 -2 -1 -2 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 3 8 2 0 58 0 4 4 0 1 14 1.11 1.04 464 Q 0 3 1 -3 -5 7 0 -3 1 -5 -5 1 -3 -5 -4 0 -3 -5 -4 -5 6 13 5 0 0 52 3 2 3 0 0 8 0 0 0 7 0 0 0 0 1.00 1.06 465 M -3 3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 -4 1 1 0 8 -3 -5 -4 0 -4 -4 -1 0 16 0 0 0 0 0 0 0 7 11 5 54 0 0 0 5 0 0 1 1.16 1.06 466 V -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 2 0 -1 -2 -3 -4 -1 3 -5 -4 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 8 6 4 0 0 0 4 23 0 0 53 0.85 1.06 467 I 1 0 1 -4 -4 -2 -1 -2 -3 4 -1 -4 -2 0 -5 -3 -2 -4 3 3 11 5 7 0 0 2 5 4 0 29 2 0 0 4 0 0 1 0 12 18 0.44 1.04 468 D -2 -1 -1 8 -6 -2 1 -4 0 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 4 3 0 82 0 0 5 0 2 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 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