Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -2 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 -3 1 1 -3 9 -1 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 1.12 0.37 2 T -1 -3 2 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -3 5 5 -5 -4 -3 2 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 45 45 0 0 0 0.94 0.75 3 T 1 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -2 -3 -3 4 -4 -3 0 6 -4 -4 -2 10 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 13 0 0 4 71 0 0 0 1.07 0.83 4 S -1 -3 -1 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -3 -4 -3 6 3 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 0 0 79 18 0 0 0 1.13 0.85 5 Q -3 -1 -2 -2 1 6 1 -4 -1 -2 -3 2 -3 -5 2 -2 -3 -5 -3 -1 0 1 0 1 4 50 5 0 1 2 2 16 0 0 12 0 0 0 0 6 0.86 0.86 6 K -3 2 -2 -3 -5 -1 -1 -3 -3 -5 -5 7 -3 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -4 0 8 0 0 0 0 2 1 0 0 0 87 0 0 0 0 2 0 0 0 1.43 0.87 7 H -4 -1 -1 -4 -1 -1 -3 -4 10 -4 1 -3 -3 0 -4 -3 -4 -4 0 -4 0 2 1 0 1 2 0 0 73 0 15 0 0 5 1 0 0 0 1 0 1.67 0.89 8 R 0 6 0 1 -5 2 0 -4 1 -5 -5 2 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -4 7 51 3 7 0 9 5 0 3 0 0 13 0 0 0 3 0 0 0 0 0.92 0.89 9 D 1 -2 6 3 -4 -2 0 -2 -2 -4 -3 -2 0 -4 -4 -1 0 -5 1 -3 13 2 41 18 0 0 6 1 0 0 2 0 3 0 0 2 6 0 5 2 0.69 0.90 10 F -4 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -3 -2 9 -6 -3 -4 -1 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 94 0 2 0 0 0 0 1.96 0.90 11 V -3 -4 -5 -5 0 -4 -3 -5 -5 3 1 -3 2 -3 -5 -3 -2 -5 -3 6 0 0 0 0 1 0 2 0 0 13 11 2 6 0 0 1 1 0 0 64 0.96 0.91 12 A 3 0 0 -3 1 -1 -3 1 -3 -4 -4 0 -1 -5 -3 4 -1 -5 -4 -3 23 6 3 0 3 1 0 11 0 0 0 6 1 0 0 42 1 0 0 1 0.62 0.91 13 E -2 -2 -2 -1 -6 0 7 -3 -2 -5 -3 0 -1 -5 -3 -2 -3 -5 -1 -4 1 0 0 0 0 1 85 2 0 0 2 4 1 0 0 1 0 0 2 0 1.38 0.91 14 P -2 -2 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -6 8 -2 -1 -6 -5 -3 2 2 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 88 2 2 0 0 1 2.33 0.91 15 M -3 -4 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -4 2 0 -4 9 -1 -5 -4 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 3 0 81 1 0 0 0 0 0 2 1.73 0.94 16 G 0 -2 -2 -1 -5 -4 -2 7 -4 -5 -4 -2 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -4 5 2 1 2 0 0 2 81 0 0 1 2 0 0 0 1 0 0 0 1 1.44 0.97 17 E -3 0 2 5 -6 0 5 -1 -3 -5 -5 -1 -4 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -4 1 4 10 32 0 3 41 5 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 1 0.98 0.97 18 K -3 2 -2 -3 -5 -1 0 -4 -3 -5 -5 7 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 5 0 0 0 0 3 0 0 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 0 1.60 0.97 19 P 0 -4 -2 3 -1 -1 1 -1 -2 -4 -1 -2 -2 -5 6 1 -2 -6 -5 -4 6 0 1 18 2 2 9 4 1 0 8 1 1 0 36 11 1 0 0 1 0.77 1.00 20 V 1 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -2 -5 2 -1 -4 -2 -3 -5 -4 -2 -5 -4 6 10 0 0 0 0 0 0 3 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 79 1.21 1.00 21 G 0 0 0 1 0 0 -1 1 -3 -3 -4 -2 -1 -3 -3 1 5 -5 -2 -3 6 6 3 8 2 3 2 9 0 1 0 2 2 1 0 7 46 0 1 1 0.57 0.98 22 S 2 -2 -2 2 2 -1 4 -2 -3 -4 -4 0 -4 -1 -4 0 0 4 -3 -2 20 2 1 14 5 2 26 2 0 0 0 6 0 3 0 8 5 7 0 2 0.48 0.97 23 L -3 -5 -6 -6 -1 -4 -5 -6 -5 3 5 -5 1 -2 -1 -4 -3 -4 -3 3 0 0 0 0 1 0 0 0 0 12 55 0 2 0 4 0 0 0 0 26 0.93 0.97 24 A 4 -2 -2 2 -4 -3 -3 -1 -4 -4 -5 -3 -4 -5 5 0 -3 -5 -5 -3 46 2 1 13 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 30 4 0 0 0 0 0.98 0.97 25 G -1 -1 -3 -1 -5 -4 -3 7 -4 -6 -6 -3 -5 -6 -4 -2 -4 -5 -5 -5 2 3 0 3 0 0 1 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.77 0.97 26 I -3 -5 -5 -2 -3 -5 -5 -6 -6 7 0 -5 -1 -2 -5 -4 -2 -5 -4 3 0 0 0 2 0 0 0 0 0 80 2 0 0 0 0 0 1 0 0 15 1.40 0.97 27 G -2 -2 0 -1 -5 -4 -3 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 1 -2 -5 -5 -5 0 2 3 3 0 0 1 80 0 0 0 0 0 0 0 9 1 0 0 0 1.47 0.97 28 E -2 1 -1 2 -5 0 4 -2 1 -4 -5 1 -4 -5 4 -1 -2 -5 -3 -5 3 8 2 10 0 3 29 3 3 1 0 9 0 0 24 2 1 0 1 0 0.70 0.97 29 V 0 -2 -2 -2 -4 -1 1 -2 -4 2 -2 0 0 -4 -4 -1 2 -5 -4 4 6 2 1 2 0 2 12 2 0 9 0 6 2 0 0 4 11 0 0 40 0.46 1.07 30 L -1 -2 0 -5 -4 0 -4 -3 3 0 5 -4 -1 -2 -5 -4 -1 -4 2 -1 5 1 4 0 0 4 0 2 8 3 62 0 0 0 0 0 4 0 7 1 0.74 1.05 31 G 1 -4 -3 -4 -5 0 -4 6 -4 -6 -6 0 -5 -5 -4 -1 -3 -5 -5 -5 13 0 0 0 0 5 0 73 0 0 0 6 0 0 0 3 0 0 0 0 1.37 1.05 32 K 0 2 0 0 -5 0 1 1 -1 1 -3 4 -2 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -2 6 10 4 4 0 3 9 11 1 9 2 33 1 0 0 2 3 0 0 2 0.41 1.05 33 K -2 5 2 -3 -5 0 1 -4 0 -1 -4 4 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -3 2 34 11 0 0 3 9 0 2 4 0 28 0 0 0 3 3 0 0 1 0.79 1.05 34 L -4 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 -1 6 -4 0 0 -5 -4 -1 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 0 0 4 0 0 4 0 0 0 1.30 1.01 35 E 2 1 0 -2 -1 2 4 -3 0 -2 -4 1 -2 -5 -4 0 0 -5 -4 -1 17 9 4 1 1 9 26 1 2 3 0 8 1 0 0 8 5 0 0 5 0.41 1.18 36 E 1 1 1 2 -2 0 4 -1 4 -5 -4 0 -2 -5 -4 -1 0 -5 -4 -5 10 7 5 11 1 3 32 4 12 0 1 4 1 0 0 4 6 0 0 0 0.57 1.18 37 R -1 4 0 -2 -1 2 1 -3 1 -3 0 4 1 -5 -2 -1 -3 -5 -4 -3 4 19 4 1 1 11 8 1 3 1 8 28 4 0 2 4 0 0 0 1 0.49 1.09 38 G -2 -4 1 -1 -5 -3 -1 6 2 -6 -6 -4 -5 -5 -4 1 -3 -5 -5 -6 0 0 6 3 0 0 3 72 6 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 1.38 1.09 39 F -2 -4 -5 -5 2 0 -1 -5 -3 2 0 -2 1 7 -5 -4 -4 -2 3 -2 3 0 0 0 4 5 4 0 0 15 7 3 3 44 0 0 0 0 11 0 0.90 1.08 40 D 0 0 2 4 0 -1 1 -1 2 -1 -3 -1 -4 -4 1 -1 0 -5 0 -4 8 5 10 24 2 2 10 4 6 4 3 3 0 0 6 3 5 0 4 0 0.34 1.11 41 K 0 2 1 -2 -4 2 -2 -3 -2 -3 -3 4 2 -3 -3 -2 2 -3 2 -3 6 13 8 0 0 10 1 1 0 0 1 32 6 0 0 1 13 0 7 1 0.49 0.76 42 A 1 -3 -2 2 5 2 -2 1 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -1 2 -4 -3 1 13 1 1 13 13 13 1 13 0 1 1 1 0 0 1 1 13 0 0 13 0.36 0.68 43 Y -2 0 -3 0 2 -3 -3 -1 2 0 -3 0 -3 1 2 1 -2 -2 5 1 1 6 0 5 4 0 1 6 4 5 1 6 0 4 11 13 1 0 22 11 0.36 0.95 44 V -3 -3 2 1 3 4 -2 -2 4 0 -1 -1 1 -4 -4 0 -1 -4 -3 2 1 0 9 7 7 18 1 4 10 4 5 3 4 0 0 7 4 0 0 16 0.34 1.03 45 V -1 -4 -4 -4 4 -4 -4 -4 -4 1 2 -4 2 0 1 -3 -3 -3 2 4 4 0 0 1 9 0 1 1 0 5 20 1 4 4 6 1 1 0 8 34 0.58 1.03 46 L -3 -1 -4 -4 -3 -3 -1 -5 0 2 5 -4 1 1 0 -4 -3 -3 -3 0 1 3 0 0 0 0 4 1 2 9 60 1 3 5 5 1 1 0 0 3 0.72 0.97 47 G -1 -2 1 0 -4 -3 -3 6 -3 1 -4 -3 -3 -4 -4 -1 0 -4 -4 -1 3 3 7 4 0 0 1 54 0 10 1 1 0 0 1 3 6 0 0 5 0.79 0.96 48 Q -3 2 -2 0 -4 6 0 -3 2 -3 -3 2 -1 -4 -3 -2 0 0 0 -1 1 12 0 5 0 38 5 1 4 1 1 14 2 0 1 1 5 2 4 6 0.64 0.90 49 F -3 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -2 -2 0 -4 -2 6 1 -3 -3 -1 6 0 1 1 0 1 0 0 1 1 0 1 8 1 0 40 7 1 1 0 30 8 1.07 0.90 50 L -3 -1 -4 -4 -3 -3 -3 1 -4 -1 5 -1 -1 -1 -4 -1 -3 -3 -3 0 1 3 1 1 0 1 1 11 0 1 61 4 0 2 1 6 1 0 0 6 0.64 0.91 51 V -2 -3 -3 -3 -3 -3 -1 -2 -4 3 2 -2 1 -2 -3 -1 1 -4 -3 3 3 1 1 1 0 1 5 3 0 20 22 3 3 1 1 4 8 0 0 23 0.41 0.91 52 L -2 -1 -4 -4 -1 -2 -2 -4 -1 -1 4 -2 5 2 -3 -2 0 -3 -2 0 3 4 0 1 1 2 2 1 2 1 40 2 18 8 1 2 5 0 0 6 0.54 0.93 53 K -2 1 2 -1 -4 -1 -2 3 5 -4 -4 4 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 1 7 9 3 0 1 1 20 14 1 1 35 0 0 1 2 2 0 0 1 0.67 0.88 54 K -2 2 -2 -2 -2 0 1 -2 -2 -3 -3 6 2 1 -1 -2 -2 -3 -1 -3 1 12 1 1 1 2 7 3 0 1 1 53 5 6 3 1 1 0 2 1 0.75 0.85 55 D -3 -3 5 5 -2 -2 0 -3 0 -4 -4 -1 -4 -4 -3 1 -1 -5 -1 -4 1 0 27 40 1 0 5 1 2 0 1 4 0 0 0 10 4 0 2 1 0.86 0.88 56 E -1 1 0 -1 0 2 5 -1 -1 -4 -4 3 -3 -4 0 -2 -2 -4 -3 -3 4 6 3 1 3 9 42 4 1 1 1 18 0 0 4 1 1 0 0 1 0.65 0.90 57 D 0 0 -2 4 -4 0 3 0 0 -4 -4 0 -2 -4 -3 0 -1 -1 -3 -1 9 4 0 23 0 4 24 8 2 1 1 4 1 0 1 8 3 1 0 5 0.41 0.90 58 L 1 -1 -1 -1 -1 1 1 -3 -1 -2 3 2 1 -1 -2 -1 -2 -3 -2 -1 10 2 3 2 1 7 10 1 1 1 28 15 3 2 2 4 1 0 1 3 0.23 0.92 59 F -3 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -3 -2 -2 -4 -2 9 -4 -2 -3 -1 1 -3 1 1 1 1 0 0 1 1 0 1 1 1 0 86 1 4 1 0 0 1 1.78 0.92 60 R -2 1 -1 -3 -1 4 2 -2 -3 -1 -1 2 -1 -3 -3 -1 0 5 -3 0 1 8 2 1 2 24 12 3 0 3 5 12 2 0 0 3 6 9 0 8 0.43 0.95 61 E 0 1 0 4 -4 1 4 -2 0 -4 -4 1 -1 -4 -3 0 -3 -4 -1 -3 6 8 3 21 0 6 27 3 2 0 1 9 1 0 0 5 1 0 3 1 0.50 0.95 62 W -4 -2 -1 -4 -4 -1 -4 -4 -3 -4 -3 -4 -3 1 -4 -2 -2 12 2 -4 1 2 4 1 0 3 1 1 0 0 1 1 0 4 0 3 2 71 5 1 2.52 0.95 63 L -3 -4 -4 -5 0 -3 -4 -5 -1 1 5 -4 3 -1 -3 -2 -3 1 -3 -1 1 0 0 1 2 0 1 1 2 6 67 1 9 2 1 3 1 2 0 3 0.89 0.95 64 K -3 2 -1 -3 -4 1 0 -4 0 1 -1 5 2 -4 -3 -1 -1 -4 -3 -2 0 8 3 0 0 6 4 0 2 10 6 45 6 0 0 3 3 0 0 2 0.61 0.99 65 D -3 -1 2 5 4 0 2 -2 -3 -4 -4 -1 -2 -5 -1 -2 -2 -5 -2 -2 1 3 8 40 9 5 14 3 0 1 1 4 1 0 2 2 1 0 1 4 0.69 1.02 66 T -1 -3 -1 -2 4 -2 -1 -4 -4 2 -2 0 -3 -4 -3 1 4 -4 -4 1 4 1 2 2 9 1 4 0 0 13 2 5 0 0 0 13 34 0 0 9 0.50 1.03 67 C 1 -2 -4 -4 9 -4 -4 -4 -4 1 -2 -4 -3 -1 -4 1 0 -4 -2 -1 13 2 0 0 44 0 0 0 0 8 2 0 0 3 0 13 6 0 1 3 1.09 1.04 68 G -1 -4 -1 -1 -5 -1 -3 6 -1 -5 -5 -1 -4 -2 -3 -1 -2 -5 -5 -5 4 0 2 3 0 3 1 71 1 0 0 4 0 2 1 4 2 0 0 0 1.20 1.06 69 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -2 -1 -2 0 -4 -3 -1 -2 -5 -4 0 81 0 0 0 0 0 0 0 0 2 5 1 3 0 0 0 1 0 0 4 1.12 1.07 70 N -2 -2 7 -1 -4 -2 -3 -2 -2 -5 -5 0 -4 -5 -4 2 2 -6 -4 -5 2 1 59 1 0 0 0 1 0 0 0 5 0 0 0 18 12 0 0 0 1.19 1.07 71 A 3 0 0 -3 -4 0 1 -2 -3 -3 -4 1 -1 -1 -1 3 0 -5 -4 -3 28 5 5 0 0 3 10 2 0 1 0 10 2 3 3 22 5 0 0 1 0.40 1.07 72 K -3 1 0 -2 3 1 0 -2 0 -5 -5 6 -4 -5 -1 -2 -2 -5 -2 -5 0 4 3 1 7 5 4 2 2 0 0 65 0 0 2 1 1 0 2 0 1.04 1.06 73 Q -3 -2 0 -2 -6 7 3 -4 5 -5 -5 -1 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -3 -5 0 0 4 0 0 66 15 0 13 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.45 1.06 74 S 5 -2 -3 -4 0 2 -3 -2 -4 -4 -3 -1 -3 -5 -2 3 -2 -5 -4 -3 55 2 0 0 2 9 0 1 0 0 2 3 0 0 1 25 0 0 0 0 0.84 1.06 75 R -1 4 1 -1 -5 3 0 1 0 -5 -2 1 -4 -5 -3 1 1 -2 -4 -4 3 23 5 3 0 13 5 12 2 0 4 8 0 0 0 12 7 1 0 0 0.44 1.06 76 D 1 -1 -1 6 -5 2 0 -2 -3 -5 -4 -2 -2 -5 -4 0 -1 -6 -5 -4 11 2 1 57 0 9 4 1 0 0 1 1 1 0 0 7 2 0 0 1 1.01 1.06 77 C 1 -5 -4 -5 10 -4 -5 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -5 -5 1 -2 -5 -5 -3 10 0 0 0 68 0 0 0 0 2 1 0 0 0 0 13 2 0 0 0 1.90 1.05 78 F 0 -2 -4 -5 -1 -4 -4 -4 2 -2 -3 -4 -3 4 -5 1 0 0 7 -3 7 2 0 0 2 0 0 0 5 2 0 0 0 15 0 13 7 1 45 1 0.99 1.06 79 G -3 1 4 2 -1 3 0 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