Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 P -3 -5 -5 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -5 -5 -3 -5 -6 9 -3 -4 -6 -6 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.96 1.19 2 I -2 -3 -2 -4 -4 -1 -4 -4 -5 6 2 -2 4 -3 -5 -3 0 -5 -4 1 2 1 2 0 0 3 1 1 0 48 18 2 10 0 0 1 6 0 0 5 0.84 1.29 3 R 0 1 0 -2 -5 2 3 1 -1 -3 -5 1 -4 -6 5 0 -2 -6 -5 -4 6 6 4 1 0 10 19 10 1 1 0 7 0 0 25 7 2 0 0 1 0.61 1.29 4 T -2 -4 -3 -4 -3 -4 -4 -5 -5 0 -2 -4 -3 -4 -2 -1 6 -5 -4 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 0 1 2 69 0 0 22 1.28 1.29 5 V -2 0 3 -2 -5 1 -1 -4 1 -3 -4 5 -4 -3 -4 0 1 -5 -4 0 2 3 15 1 0 7 2 0 4 1 1 40 0 1 0 7 10 0 0 7 0.67 1.31 6 S 1 -4 -2 -4 -4 -3 -4 -1 -4 1 -2 -4 -1 -1 -1 4 3 -5 -3 1 13 0 1 0 0 0 0 5 0 8 2 0 1 3 3 31 21 0 1 12 0.53 1.31 7 Q -3 -2 -3 -2 -6 6 6 -3 -2 -6 -5 -1 -4 -6 -4 -2 -3 -5 -4 -5 1 0 0 0 0 43 51 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1.51 1.31 8 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 0 6 -5 -1 -1 -6 -5 -4 -4 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 96 0 0 2 0 0 0 0 0 0 1.67 1.35 9 T -2 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -3 -3 -5 -4 1 7 -5 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 9 89 0 0 0 1.73 1.35 10 R -4 8 -3 -4 -6 -2 -2 -5 -3 -6 -5 0 -4 -6 -5 -4 -4 -6 -5 -5 0 98 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.29 1.43 11 E -4 -1 -1 0 -6 0 6 -4 -3 -1 -3 1 0 -5 -4 -2 1 -6 -5 -1 0 3 3 4 0 3 55 1 0 5 1 8 3 0 0 2 9 0 0 4 0.89 1.43 12 I -4 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 1 -5 -2 -3 -6 -5 -3 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 49 11 0 0 0 0 0 0 0 0 40 1.40 1.43 13 Y -5 -3 -3 -6 0 -4 -5 -6 -1 -4 -3 -5 -4 2 -6 -5 -4 -1 9 -3 0 1 1 0 2 0 0 0 0 0 2 0 0 5 0 0 0 0 89 1 2.39 1.43 14 T -3 -4 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -3 2 -4 -4 1 7 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 1 0 0 0 2 1 0 6 0 0 10 78 0 0 0 1.49 1.39 15 N -2 -2 2 6 -5 -1 0 -4 -3 -5 -5 -1 -4 -5 1 1 -1 -5 -5 -3 2 2 10 52 0 2 5 0 0 0 1 4 0 0 8 9 2 0 0 2 1.03 1.33 16 P 0 -3 -4 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -1 -1 -3 -4 -1 7 -1 -1 -5 -4 -1 8 2 0 0 0 0 0 1 0 3 6 0 0 3 62 4 4 0 0 6 1.43 1.33 17 V -2 -1 -2 -5 -2 -4 -4 -5 -3 4 2 -3 1 0 -2 -1 -2 -5 -2 4 2 4 2 0 1 0 1 0 1 29 16 1 3 4 2 6 1 0 1 27 0.62 1.36 18 L 0 -2 0 -4 -4 -4 -3 4 -4 1 0 -4 -1 1 -4 -1 -3 3 -1 2 7 2 4 0 0 0 1 34 0 10 8 0 1 6 0 5 0 4 2 13 0.47 1.33 19 E 0 -1 2 -1 -4 -1 2 -1 -3 -2 -1 -1 -1 2 -1 0 1 -3 4 -2 7 2 9 3 0 3 12 5 0 1 5 4 1 9 3 7 11 0 13 3 0.22 1.29 20 N -1 -2 5 1 -4 -1 0 0 1 -3 -3 -1 -4 -1 -1 1 2 4 0 -3 4 2 25 7 0 2 5 6 3 2 2 3 0 2 3 9 13 5 4 2 0.39 1.32 21 F -2 -1 0 -2 -4 -1 -1 1 0 -1 -1 -1 -3 4 1 -1 -1 3 2 0 3 3 4 2 0 3 3 10 3 4 6 3 0 21 7 5 4 4 7 6 0.28 1.37 22 D 0 -1 3 2 0 -3 -2 -1 -2 -2 -2 -3 -1 -2 0 2 0 0 3 -2 9 3 13 14 2 1 2 5 1 2 5 1 2 2 6 14 6 1 11 2 0.27 1.37 23 G 0 0 1 1 -4 0 0 3 1 -4 -2 -3 1 -2 2 -1 1 1 0 -3 6 5 8 8 0 4 5 21 4 0 4 1 5 1 12 3 8 2 3 1 0.29 1.35 24 S 0 -1 2 -1 -2 0 -1 -1 -3 -4 -3 -1 -4 -2 2 3 0 0 1 0 5 3 12 3 1 4 3 4 0 0 2 3 0 2 11 27 6 2 4 8 0.33 1.34 25 F 0 -2 0 -2 -4 0 -3 -3 -1 -1 -1 -2 -3 3 -2 0 -2 6 4 1 10 2 4 3 0 5 1 1 1 3 6 2 0 14 2 7 3 11 15 9 0.44 1.31 26 R -2 1 2 0 -5 0 0 1 -3 -2 -3 -1 -3 1 4 0 -1 -4 2 -3 2 9 9 4 0 4 7 9 0 3 3 4 1 7 19 7 3 0 9 2 0.31 1.35 27 G -1 -3 2 2 -4 0 0 2 -4 -2 -3 -1 -4 -5 0 3 2 -5 -3 -4 5 0 10 10 0 4 5 16 0 3 2 3 0 0 4 22 14 0 1 0 0.41 1.38 28 M -1 -3 -1 -3 -4 -3 -4 -2 -4 3 -1 -2 3 5 -3 1 -1 2 0 0 5 2 3 2 0 1 0 3 0 21 4 2 7 24 1 10 3 2 3 7 0.48 1.38 29 A 1 -1 2 0 0 -1 2 -2 -3 -2 -2 -2 -4 4 -3 2 0 -4 -1 -3 12 4 9 5 2 2 15 3 0 2 3 2 0 18 1 17 4 0 1 1 0.34 1.38 30 Q 1 0 2 1 -4 3 1 -3 1 -4 -2 -2 -4 -1 -3 2 0 -5 -3 -2 12 5 10 8 0 14 9 1 3 0 4 2 0 3 1 18 6 0 1 3 0.33 1.37 31 R -1 2 0 0 -4 0 -1 -3 -4 3 1 -2 1 -1 -4 1 0 0 0 -1 5 12 5 6 0 4 3 2 0 17 15 2 3 2 0 9 5 1 3 3 0.20 1.36 32 I -1 -4 -2 -2 -5 -1 5 -5 -4 3 0 -3 1 -3 -4 -3 0 0 -4 -1 4 0 1 1 0 1 48 0 0 20 10 0 3 1 0 0 5 2 0 3 0.81 1.40 33 E 0 1 4 -1 -5 0 5 -3 0 -2 -4 -1 -4 -5 -3 1 -1 -5 -4 -4 6 9 21 2 0 3 36 1 2 3 1 2 0 0 1 9 3 0 0 1 0.69 1.38 34 Q 1 2 4 0 -5 1 0 -2 -1 -2 -2 0 -4 -1 -1 1 -1 -5 -4 -4 11 12 24 4 0 7 6 2 1 2 5 5 0 3 3 11 4 0 0 0 0.37 1.37 35 N 1 -3 1 -2 -4 -1 -3 -2 -4 0 2 -1 0 1 -3 0 -1 -4 1 1 14 1 7 2 0 3 1 3 0 5 24 3 2 5 1 8 3 0 5 12 0.23 1.37 36 I -3 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -5 6 0 -4 0 0 -5 -4 3 -4 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 46 7 0 1 3 0 0 17 0 3 19 0.95 1.34 37 R -2 6 0 -2 -5 0 -3 -3 2 -3 -3 -1 -4 -5 2 -1 -2 2 -4 -2 3 54 4 2 0 3 0 2 6 1 1 2 0 0 11 3 2 3 0 4 0.98 1.37 38 Q 1 0 1 -2 -5 0 -1 -1 -4 -4 -4 0 -3 -5 5 3 -1 -6 -5 -4 12 4 6 2 0 4 3 4 0 1 1 6 1 0 33 20 2 0 0 0 0.74 1.39 39 P -1 -5 -3 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -5 -4 -3 -5 -6 8 -3 -4 -6 -6 -4 3 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 91 1 0 0 0 1 2.62 1.42 40 H -2 2 -1 -1 -5 -1 -3 0 8 -5 -5 -1 -4 -4 0 3 0 -5 -1 -5 2 10 2 3 0 2 0 6 40 0 0 2 0 0 5 24 4 0 2 0 1.01 1.23 41 L -3 -2 -1 -5 -4 0 -4 -5 -1 -1 5 -4 0 1 -1 -4 -1 -4 0 -1 2 1 3 0 0 5 0 0 2 1 66 0 1 4 3 0 4 0 3 2 0.83 1.20 42 M -4 -4 -5 -5 -4 0 -4 -5 -4 -2 -1 -4 2 7 -5 -1 -3 2 2 2 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 5 0 6 52 0 7 0 3 4 16 1.12 1.20 43 D -2 3 -1 3 -4 0 0 -4 -3 -1 -3 0 -4 -5 -2 1 4 1 -4 -3 2 14 2 20 0 3 5 0 0 3 2 5 0 0 1 10 28 2 0 0 0.55 1.20 44 I -4 -1 -5 -6 -5 -1 -3 -5 0 1 -2 -4 -3 5 -6 -5 -1 10 2 -1 0 4 0 0 0 3 1 0 2 10 2 0 0 22 0 0 4 41 7 4 1.61 1.23 45 L -2 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 2 5 -5 2 1 -1 -5 -4 0 -3 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 9 68 0 3 6 4 0 0 2 0 5 1.05 1.23 46 N -1 2 4 2 -5 0 1 -3 -1 -1 -4 1 -4 -2 -4 0 1 -6 -4 -1 5 13 22 10 0 4 10 1 1 3 0 8 0 2 0 6 8 0 0 6 0.41 1.23 47 S -1 2 2 0 -5 4 1 0 -3 -5 -3 1 -1 -5 -4 1 -2 1 0 -5 5 10 12 4 0 19 11 9 0 0 2 7 2 0 0 12 1 2 3 0 0.43 1.23 48 I -1 -4 -3 -2 -4 -2 -4 -4 -5 3 3 -4 3 2 -5 -1 -1 -4 -3 1 4 0 1 3 0 2 0 1 0 21 35 0 9 8 0 5 3 0 0 8 0.58 1.22 49 T -3 1 2 3 -5 1 2 -2 -4 0 -4 1 -3 -3 -5 -1 4 -6 0 -2 1 6 8 15 0 5 12 3 0 6 1 9 1 1 0 4 23 0 3 2 0.45 1.76 50 I -5 -6 -6 -7 -5 -6 -6 -7 -3 6 1 -6 3 5 -3 -4 -4 -4 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 42 11 0 7 22 1 1 0 0 2 12 1.17 1.78 51 Y -4 -2 2 -3 -5 -2 -3 -3 3 -3 -3 -3 -4 3 -5 0 -3 1 7 -1 0 3 9 1 0 1 1 2 5 1 2 1 0 13 0 7 1 2 46 4 1.15 1.70 52 T 0 0 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -3 -3 2 6 -5 -2 -1 7 5 1 0 0 2 1 1 0 1 3 1 0 1 1 13 58 0 1 3 1.02 1.70 53 D -1 1 3 2 -5 1 -1 2 -1 -1 -3 1 -2 -5 -2 0 -2 -5 -2 -4 6 7 16 12 0 6 4 17 1 4 2 10 1 0 2 8 2 0 1 1 0.37 1.72 54 V 0 1 1 0 -5 -2 -1 -3 -2 -1 -2 0 -3 0 -3 2 1 2 2 1 8 7 5 5 0 1 5 2 1 3 3 7 1 5 1 16 9 3 7 11 0.18 1.75 55 H -1 0 2 -2 -2 1 -1 -3 1 1 0 -2 -3 2 -5 1 -1 1 3 0 4 5 12 2 1 7 3 2 4 8 10 2 0 8 0 11 4 2 10 5 0.23 1.73 56 R -1 4 -1 1 -5 2 1 -1 2 -5 -3 -1 -4 -2 1 2 0 -5 -1 -3 4 23 2 7 0 9 7 5 4 0 2 2 0 2 8 14 7 0 2 2 0.40 1.73 57 G -1 1 0 1 -5 -1 -3 2 1 -4 -2 -4 -4 2 -2 0 -2 3 4 -1 5 8 5 8 0 3 1 17 3 0 4 0 0 8 2 8 2 4 16 4 0.37 1.72 58 F -1 -3 0 -5 -5 0 -2 -2 -3 2 -1 -3 3 3 0 0 0 5 4 0 4 1 4 0 0 4 2 3 0 10 6 1 7 11 5 9 7 7 13 6 0.36 1.73 59 N -1 1 5 1 -3 -1 0 -2 2 -3 -4 -1 -4 -4 0 0 0 -1 3 -3 4 9 25 8 1 2 5 2 4 1 2 4 0 0 5 7 6 1 12 1 0.47 1.71 60 Y -1 -2 -2 -5 0 -1 -3 -2 0 0 -2 -4 1 4 -2 -1 -4 -2 7 0 5 2 2 0 2 3 2 3 2 6 3 0 3 18 2 6 0 0 35 6 0.81 1.69 61 W -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -1 -4 -1 2 -5 0 0 -5 -4 -3 11 0 -2 1 0 0 1 0 0 1 5 0 4 18 1 2 3 0 1 1 56 2 3 2.12 1.61 62 S 3 -2 0 -4 1 -1 -4 0 -4 0 -4 -3 -1 -4 -4 4 1 -5 0 0 22 2 4 0 3 3 0 7 0 6 1 1 1 0 0 29 9 0 3 8 0.47 1.67 63 G 0 -5 -2 -2 -5 -4 -4 7 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -4 0 -3 -5 -3 -5 8 0 1 2 0 0 0 77 0 0 1 0 0 0 0 6 1 0 1 0 1.62 1.66 64 H -3 -2 3 -3 -2 -1 -2 -3 8 1 0 -4 -3 -2 -5 -1 -2 -4 1 -2 1 2 12 1 1 2 1 2 43 10 10 0 0 1 0 4 3 0 4 3 1.10 1.66 65 Q -3 3 -3 -3 -5 4 1 -4 -1 -1 -1 2 2 -2 -3 0 1 -4 1 -3 2 17 0 1 0 17 8 1 1 3 6 14 4 1 1 7 10 0 5 1 0.43 1.65 66 I -1 -2 3 -2 -4 2 -2 -4 0 3 2 -1 2 -3 -4 -3 -1 -5 -4 2 5 2 13 2 0 11 2 1 2 16 16 3 5 1 0 1 3 0 0 16 0.41 1.62 67 T -1 2 0 0 -4 0 0 -1 -1 -1 -4 1 -1 0 -4 1 4 -5 0 0 4 11 5 5 0 5 5 5 1 4 1 8 2 4 0 9 23 0 3 5 0.28 1.66 68 A -1 0 -1 -5 -4 -4 -3 -4 -2 -2 0 -3 -2 5 -5 2 0 -3 6 -2 6 5 3 0 0 0 1 1 1 2 10 2 1 21 0 14 7 0 26 2 0.71 1.69 69 S -1 3 0 -2 -5 2 -3 -4 5 -3 -3 1 -4 -1 -4 3 0 -5 1 -2 3 17 4 2 0 9 0 0 12 2 3 10 0 2 0 22 6 0 4 2 0.52 1.71 70 P -4 2 2 -4 -5 -3 -2 -4 3 -4 0 -1 -4 2 1 -1 -1 -3 6 -4 0 11 12 0 0 0 3 1 8 0 10 3 0 7 9 4 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