Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 W -3 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -4 -1 -3 -2 -4 -2 4 -5 -3 -3 10 6 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 46 39 0 1.73 0.34 2 S -1 -2 -1 1 -3 -1 4 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 1 5 -1 -5 -4 -4 0 0 0 5 0 0 28 0 0 0 0 0 0 0 5 62 0 0 0 0 0.79 0.54 3 L -2 -4 -5 -5 3 -4 -4 -5 -4 1 4 -4 0 2 -4 -3 0 -3 -2 4 0 0 0 0 7 0 0 0 0 4 43 0 0 9 0 0 6 0 0 31 0.63 0.57 4 L -1 -1 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -3 -1 4 -1 -1 0 -4 3 -2 -3 2 -2 1 4 0 0 0 0 0 2 0 0 47 3 0 3 0 33 0 0 7 0 0.47 0.59 5 E 0 -2 0 0 -5 4 5 -4 5 -4 -2 -1 -3 -4 -3 -1 -3 -4 -1 -4 9 0 3 2 0 19 43 0 15 0 5 0 0 0 0 2 0 0 1 0 0.73 0.64 6 Q -2 2 0 2 3 5 -1 -4 0 -4 -2 3 0 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -4 1 10 4 11 7 37 0 0 2 0 4 19 3 0 0 3 0 0 0 0 0.61 0.65 7 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -3 0 5 -4 1 0 -5 -4 -3 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 68 0 2 0 0 0 0 0 27 3 0.98 0.64 8 G -1 -4 0 -3 -4 1 -3 6 -3 -1 -2 -3 -3 0 -4 -1 -3 -4 -1 -4 1 0 5 0 0 7 0 68 0 5 3 0 0 5 0 3 0 0 3 0 0.96 0.65 9 L -1 -1 -2 -5 -1 -2 -4 -5 -4 0 5 -3 2 1 -4 -3 -3 1 -2 0 5 4 3 0 1 2 0 0 0 3 64 0 5 6 0 0 0 2 0 5 0.66 0.68 10 A 3 -2 -1 3 -4 4 0 -1 -3 -3 -2 1 -3 -5 0 0 -1 -5 -4 -3 27 0 1 15 0 25 4 4 0 1 3 7 0 0 5 4 3 0 0 0 0.45 0.73 11 G -1 -4 2 -1 -4 -2 0 6 -2 -4 -5 -3 -4 -5 -3 -1 0 -2 -2 -5 2 0 10 3 0 1 6 66 1 1 0 0 0 0 1 2 5 1 2 0 1.04 0.81 12 A 2 -4 -3 -1 7 -3 -1 0 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 3 -1 0 -3 -2 20 0 0 3 26 0 5 7 1 2 4 0 1 2 2 22 3 2 0 2 0.58 0.78 13 D -3 -3 4 7 -2 -2 0 -3 -1 -5 -6 -2 -5 -6 0 -1 -3 -6 -5 -5 2 0 20 67 1 0 1 0 1 0 0 1 0 0 4 3 0 0 0 0 1.30 0.80 14 L -3 -1 -4 -3 -4 -1 -4 -5 -4 1 3 -3 -1 2 5 -2 -2 -4 -3 0 1 4 0 1 0 2 0 0 0 8 33 0 0 8 32 2 1 0 0 7 0.73 0.80 15 A 2 1 -2 -4 -3 0 -2 -4 -4 -1 3 -2 2 0 0 2 -2 -4 -3 -1 15 7 1 0 0 5 2 0 0 1 30 1 4 4 5 20 1 0 0 3 0.30 0.80 16 A 4 -3 -1 4 -4 -1 1 -2 -3 -2 -3 -3 0 -5 0 -1 -1 -5 -4 -2 41 0 1 29 0 2 7 1 0 2 2 0 3 0 5 3 4 0 0 2 0.59 0.78 17 P 1 -2 -1 -1 -2 3 0 0 -3 -3 -4 -1 -3 -5 6 1 0 -5 -4 -4 15 1 2 2 1 19 4 6 0 1 0 2 0 0 33 10 5 0 0 0 0.72 0.77 18 G 0 -2 -2 -1 -3 0 0 3 -3 -4 -3 -2 0 -4 -2 2 4 -5 -4 -3 8 2 1 3 0 4 7 21 0 0 2 0 3 0 2 14 33 0 0 1 0.47 0.77 19 V -1 -2 -4 -4 4 2 -3 1 -4 1 1 -3 0 3 -2 -2 -2 -4 -2 3 4 2 0 0 8 12 0 12 0 6 13 0 2 12 2 1 1 0 0 26 0.33 0.75 20 Q -3 5 -1 -2 -5 6 -1 -4 1 -5 -4 -1 -3 -5 1 -2 -3 -4 -3 -4 0 30 2 1 0 43 0 0 4 0 0 0 0 0 6 1 0 0 0 0 0.78 0.75 21 Q -1 1 0 -2 -2 5 -2 3 0 -4 -3 -1 -2 -4 -3 2 -1 -2 -3 -4 2 8 3 1 1 27 0 19 2 0 1 1 0 0 0 19 2 1 0 0 0.37 0.76 22 Q -3 4 -1 -2 -2 1 -2 -3 1 -4 -2 5 -3 -4 1 -2 -3 -1 -3 -4 1 23 1 1 1 4 0 1 4 0 4 37 0 0 7 1 0 1 0 0 0.51 0.73 23 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -1 -1 5 -4 3 -2 1 -3 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 65 0 6 0 7 1 0 0 0 5 0.64 0.72 24 E -3 -2 -2 2 -5 6 5 -4 -2 -5 -4 0 -3 -5 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 11 0 36 35 0 0 0 0 2 0 0 0 3 0 0 0 0 0.77 0.72 25 L -2 -2 4 2 -2 -1 2 -2 0 -4 -4 -1 -4 -4 -3 2 0 -4 0 -2 2 1 19 13 1 2 16 2 2 0 0 3 0 0 0 15 4 0 4 2 0.27 0.72 26 E 0 3 -3 -3 -4 2 2 -4 2 0 0 0 1 -3 -3 -2 -2 -4 -3 -2 8 19 0 0 0 11 13 0 6 5 12 3 3 0 1 1 2 0 0 2 0.16 0.69 27 R -3 6 -2 -3 -5 0 -1 -4 -2 -3 -4 4 -3 -4 -3 -2 -3 -4 -3 -4 0 51 0 0 0 1 2 0 0 1 0 31 0 0 0 0 0 0 0 0 0.86 0.67 28 E 2 -1 -2 1 1 0 4 -3 0 -4 -4 -1 -3 -4 -3 0 1 -4 -3 -3 23 2 0 6 4 2 30 0 2 0 0 2 0 0 0 7 8 0 0 1 0.30 0.67 29 R 0 2 -2 -1 -2 2 -2 -2 1 -1 0 2 -1 -3 -3 -1 -1 -2 -2 1 7 13 0 3 1 12 0 2 4 3 8 15 1 0 0 4 2 1 1 10 0.08 0.67 30 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 5 3 -4 0 -2 -4 -4 -3 -4 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 45 32 0 1 0 0 0 0 0 1 6 0.64 0.67 31 R -3 5 4 -2 -2 -1 -2 -3 3 -4 -4 2 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -3 -4 0 37 25 0 1 0 0 0 9 0 0 12 0 0 0 0 2 0 0 0 0.64 0.67 32 R -2 4 -1 -2 -4 6 0 -3 0 -4 -2 2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -2 -4 2 21 2 1 0 38 3 0 2 0 3 10 0 0 0 2 0 0 1 0 0.55 0.67 33 E 1 -1 -2 1 -4 4 4 -3 -2 -4 -2 -1 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -4 -3 11 2 0 6 0 26 35 0 0 0 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0.51 0.67 34 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -2 7 0 -4 1 -2 -4 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 79 3 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0.92 0.67 35 R -1 4 4 -1 -4 4 -1 -3 -2 -1 -1 0 -2 -4 -3 -1 -1 -4 -3 -3 3 22 19 2 0 19 0 0 0 4 5 3 1 0 0 4 3 0 0 0 0.32 0.67 36 K -2 3 -2 -2 -4 0 -1 -3 -2 -4 -2 6 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -3 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 3 67 0 0 0 0 0 0 0 0 0.73 0.53 37 E -1 -2 -1 0 -4 2 6 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -3 4 0 1 0 0 7 69 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0.78 0.53 38 L -3 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 0 5 -4 4 0 -4 -4 -3 -3 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 61 0 13 1 0 0 0 0 2 7 0.57 0.53 39 K -2 5 -2 -3 -4 0 -1 -3 -2 -4 -3 5 0 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 33 0 0 0 2 0 0 0 0 0 47 3 0 0 0 0 0 0 0 0.70 0.53 40 L -3 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -5 -4 5 2 -4 5 0 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 45 12 0 23 2 0 0 0 0 0 2 0.57 0.53 41 K -2 5 -2 -3 -5 0 -1 -3 -2 -4 -4 6 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 33 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 0 0 0 0 0 0 0 0.87 0.53 42 E 1 -2 1 -1 -4 0 5 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -3 -1 1 -4 -3 -2 16 0 6 0 0 1 52 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 1 0.54 0.53 43 G 1 -4 -2 -3 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -4 -4 9 0 0 0 0 0 0 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.19 0.53 44 A 5 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -3 -1 -2 -2 1 -2 -3 -1 -1 -4 -1 0 71 1 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 4 1 0 0 1 0 2 6 0.57 0.53 45 E -2 -2 -2 0 -5 0 7 -4 -2 -5 -4 -1 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 0 89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.15 0.53 46 N -3 2 7 -1 -4 -1 -2 -2 -1 -4 -4 2 -3 -4 -3 -1 -2 -5 -3 -4 0 9 66 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0.90 0.53 47 L -3 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 0 5 -4 4 -1 -4 -4 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 74 0 10 0 0 0 0 0 0 3 0.75 0.53 48 R -3 6 -3 -4 -5 -1 -2 -4 -1 -3 0 1 -2 2 -4 -3 -3 -2 3 -3 0 58 0 0 0 1 0 0 1 0 12 5 0 12 0 0 0 0 11 0 0.81 0.53 49 R -3 6 -1 -2 -5 0 1 -2 -2 -5 -4 4 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -4 0 57 2 0 0 0 6 2 0 0 0 32 0 0 0 1 0 0 0 0 1.03 0.53 50 A 5 -3 -1 -4 -2 -3 -3 -2 -3 -1 -2 -3 -2 -3 -3 -1 -1 -4 -3 3 72 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0.76 0.53 51 T 2 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -2 -3 -3 0 6 -4 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 0 0 0 0 4 61 0 3 7 0.68 0.52 52 T -1 -1 1 -2 -3 -2 -1 -2 -3 -2 -3 0 -2 -4 0 2 6 -4 -3 -1 1 2 5 0 0 0 2 1 0 1 0 4 0 0 3 13 67 0 0 1 0.76 0.52 53 D -3 -3 5 6 -4 -1 0 -1 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 0 -2 -5 -4 -4 0 0 33 53 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1.05 0.52 54 L -1 4 2 -1 -3 1 -1 -3 1 -2 1 2 -1 -3 -1 -1 -1 -3 -2 -2 6 28 9 2 0 5 1 1 3 1 18 13 0 1 3 2 3 0 1 1 0.31 0.48 55 G -1 0 -1 -1 -3 0 -1 2 0 -3 -3 5 -2 -3 -2 0 -1 2 -2 -3 2 3 2 2 1 4 2 19 2 1 3 42 1 1 1 6 2 3 1 2 0.42 0.42 56 R -2 5 -2 -3 -4 0 -1 -4 2 -2 -1 3 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 2 0 41 0 0 0 3 2 0 6 0 5 23 0 0 0 0 0 0 0 18 0.63 0.56 57 S -1 3 2 -1 -4 -1 -2 -1 4 -3 -2 1 -3 -4 -3 3 0 -4 -3 0 2 16 12 2 0 1 0 3 11 0 4 10 0 0 0 24 3 0 0 10 0.35 0.62 58 L 0 2 -2 -3 -2 -1 -1 -1 -2 -1 4 0 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 9 11 1 1 1 2 3 6 1 1 46 5 2 1 1 2 2 0 1 3 0.28 0.48 59 G 1 -2 -1 0 -4 1 4 4 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -3 0 -2 -4 -4 -2 14 0 2 3 0 7 28 29 1 0 0 2 0 0 0 7 0 0 0 3 0.50 0.62 60 P -1 -1 0 1 -4 3 -1 -3 5 -4 -3 -1 0 -4 3 0 3 -4 -1 -3 5 2 3 8 0 15 1 0 19 0 1 2 2 0 14 4 20 0 2 0 0.49 0.67 61 V -1 -4 -5 -5 0 -4 -4 -5 -5 2 0 -4 -1 -3 -4 -3 -2 -5 -3 7 2 0 0 0 1 0 0 0 0 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 88 1.12 0.68 62 E 3 0 -1 3 -4 2 3 -2 -1 -4 -2 -2 -1 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -2 28 5 1 17 0 11 24 2 1 0 4 0 1 0 0 2 0 0 0 1 0.46 0.69 63 L -1 -2 -1 -4 -3 2 -2 1 0 -2 4 -3 -1 -3 -4 1 0 -4 -3 -1 3 1 4 0 0 12 1 12 3 0 45 0 0 0 0 11 4 0 0 3 0.35 0.72 64 L -2 -3 -3 -2 -4 2 5 -5 -3 1 3 -2 2 -3 -4 -3 -3 -4 -3 -1 1 0 0 0 0 11 41 0 0 10 28 0 5 0 0 0 0 0 0 2 0.59 0.72 65 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 2 6 -4 0 -2 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 80 0 0 0 0 0 0 0 0 8 1.02 0.73 66 R -2 5 -2 -3 -1 -1 -2 -3 -2 -5 -4 3 -3 -5 -3 4 -2 1 -4 -4 0 36 0 0 1 1 0 0 0 0 0 21 0 0 0 34 0 2 0 0 0.77 0.73 67 G 0 -1 -3 -3 -1 -3 -3 2 -2 -3 -2 0 0 4 -4 2 0 -2 4 -2 6 4 0 1 1 0 0 15 0 0 2 7 2 18 0 18 5 0 16 2 0.34 0.73 68 S 0 -3 -3 -3 3 -3 -3 -3 -4 0 -2 -3 -2 -1 -3 4 -1 -5 -3 4 4 0 0 0 7 0 0 0 0 4 1 0 0 2 0 46 0 0 0 32 0.58 0.73 69 S 1 -2 7 0 -4 -2 -1 -1 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -4 1 1 -5 -4 -4 10 0 60 2 0 0 2 2 0 0 0 1 0 0 0 9 9 0 0 0 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