Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 3 1 -5 9 -3 -6 -5 -4 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 8 0 62 0 0 0 0 0 0 13 1.74 1.48 2 F -3 -6 -2 -4 -5 -4 -2 -6 -4 5 1 -5 4 4 -6 -4 -2 -4 3 -1 1 0 2 1 0 0 4 0 0 37 13 0 8 17 0 1 3 0 9 2 0.87 1.70 3 T -1 -2 0 -2 -5 0 2 -5 -4 -1 -4 3 -2 -6 -4 1 4 -6 -5 1 3 2 4 2 0 3 15 0 0 3 1 16 1 0 0 8 29 0 0 12 0.56 1.76 4 I -5 -6 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -6 5 5 -6 1 0 -6 -6 -4 0 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 59 0 2 4 0 0 0 1 0 6 1.27 1.65 5 N -1 -2 3 0 -4 2 2 -4 0 -2 -4 4 -3 -5 -2 1 1 -6 -3 -1 5 1 16 5 0 8 13 1 2 2 1 22 0 0 1 8 7 0 1 4 0.44 1.67 6 A 5 -5 -5 -5 1 -4 -5 2 -5 -2 -1 -4 -3 -4 -5 -1 -2 -6 -3 2 56 0 0 0 3 0 0 15 0 2 5 0 0 1 0 2 2 0 1 15 0.93 1.66 7 E -1 -2 0 -1 -4 3 4 -5 -2 0 -3 1 -2 0 -5 0 2 -2 -2 -1 4 2 4 2 0 14 27 0 1 5 2 9 1 4 0 6 12 1 1 5 0.44 1.68 8 V 0 0 -2 -3 -3 -1 0 -4 -4 1 0 3 -2 -4 3 -1 0 -4 -2 2 7 4 1 1 0 3 7 1 0 7 9 22 1 0 13 4 7 0 1 13 0.32 1.67 9 R -5 9 -2 -5 -7 -2 -3 -4 -3 -6 -5 0 -3 -6 -5 -4 -4 -6 -5 -6 0 96 1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 2.35 1.66 10 K 0 -3 1 2 -5 -1 4 -3 -2 -3 -4 1 -3 -6 -1 0 4 -6 -3 -2 7 0 7 10 0 2 24 2 1 1 2 9 1 0 4 7 22 0 1 2 0.50 1.69 11 E -1 0 1 2 -4 0 3 0 -3 -1 -3 1 -2 -3 -2 1 0 -6 -4 -1 5 4 6 12 0 3 21 6 1 3 3 9 1 1 2 9 6 0 0 6 0.26 1.68 12 Q -2 -1 -2 -2 -1 1 -1 -1 -2 0 1 1 0 3 -4 -1 2 -5 -2 0 4 4 2 2 1 7 4 4 1 6 16 8 2 13 1 5 13 0 1 7 0.19 1.65 13 G -3 -2 -1 -3 -5 -2 -2 6 -2 -4 -4 0 -4 -4 -2 -1 0 -6 -5 -3 1 2 2 1 0 1 3 64 1 1 1 7 0 1 2 4 7 0 0 2 1.11 1.63 14 K -3 2 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -1 -5 -5 7 -4 -6 -4 0 1 -6 -4 -5 0 8 1 1 0 1 0 2 1 0 0 68 0 0 0 7 8 0 0 0 1.31 1.64 15 G -1 0 1 -3 -3 -1 -2 4 -1 -3 -2 2 -3 -5 -2 2 -1 -5 -3 -3 4 4 6 1 1 2 2 35 1 1 4 14 0 0 2 18 3 0 1 1 0.58 1.57 16 A 5 -3 0 -1 -2 -1 0 -1 -2 -1 -3 -2 -2 -1 0 1 -2 -3 0 0 43 1 5 3 1 2 5 3 1 3 2 2 1 2 4 9 2 0 3 7 0.45 1.53 17 S 4 -2 1 -3 0 -3 -4 -2 -4 -2 -1 -1 -1 -5 -2 3 1 -5 -4 0 31 3 6 1 2 0 0 2 0 2 8 3 1 0 2 24 9 0 0 6 0.48 1.52 18 R -2 6 1 -3 -6 -1 -2 -3 0 -5 -5 5 -4 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -4 2 47 6 1 0 1 1 1 2 1 1 30 0 0 0 1 2 0 0 1 1.16 1.53 19 R 1 5 -2 -2 -5 2 0 -3 -1 -4 -3 3 -3 -3 -4 -1 -2 -3 -3 -3 13 36 1 2 0 8 5 1 1 1 3 20 0 1 1 4 1 0 1 1 0.73 1.54 20 L -1 -5 -4 -5 -2 -4 -3 -5 -5 2 5 -4 2 -2 -5 -4 -2 -3 -3 0 6 0 1 1 1 1 2 1 0 11 64 1 4 1 0 1 2 0 1 4 0.96 1.54 21 R -4 8 -3 -5 -6 -1 -3 -5 -2 -4 -4 0 -4 -4 -5 -4 -4 -6 -3 -4 1 90 0 0 0 1 0 0 1 1 1 3 0 1 0 0 0 0 1 1 2.07 1.53 22 A 0 5 2 -2 -4 0 -1 -4 2 -3 -3 3 -2 -4 -4 0 -2 1 -2 -2 8 36 9 2 0 3 2 1 4 1 3 16 1 1 0 5 2 2 1 2 0.63 1.58 23 A 2 -2 2 2 -5 3 4 -3 -2 -4 -4 1 -3 -5 -4 0 -1 -6 -4 -4 21 1 8 9 0 13 24 1 1 1 2 7 0 0 0 6 3 0 0 1 0.54 1.55 24 N -2 -3 1 0 -3 -3 -1 7 -2 -7 -6 -1 -6 -4 -5 -2 -4 -1 -6 -6 2 1 7 5 1 1 4 71 1 0 1 4 0 1 0 2 1 1 0 0 1.39 1.54 25 K -3 3 -1 -4 -3 1 -2 -3 -2 0 1 3 3 2 -5 -3 -3 0 2 -2 1 14 4 1 0 6 3 2 1 4 15 21 7 9 0 1 1 1 8 2 0.42 1.54 26 F -2 -6 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -6 5 2 -6 0 0 -6 -5 -1 -6 -4 5 2 0 0 0 1 0 0 0 0 36 14 0 1 3 0 0 4 0 0 39 1.10 1.50 27 P -3 -5 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -3 -2 -7 9 -4 -2 -7 -6 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 1 1 0 89 0 2 0 0 1 2.57 1.57 28 A 5 -5 -4 -5 5 -5 -5 4 -5 -2 -4 -5 -4 -3 -5 -1 -2 -1 -5 -1 46 0 0 0 10 0 0 30 0 2 1 0 0 1 0 3 1 1 0 4 1.04 1.64 29 I -2 -5 1 -4 -2 -3 -4 -4 -2 4 -2 -5 -3 -4 -6 -3 -1 -6 -5 6 2 0 8 1 1 1 1 1 1 24 1 0 0 0 0 2 4 0 0 54 1.07 1.64 30 I -2 -6 -7 -7 0 -6 -6 -7 -6 5 3 -6 1 0 -6 -5 -4 -5 0 4 3 0 0 0 2 0 0 0 0 30 29 0 3 4 0 0 0 0 3 26 1.03 1.76 31 Y -4 -4 -1 -6 -2 -3 -5 -5 0 -3 -3 -5 -2 2 -6 -3 -3 -1 9 -3 1 1 3 0 1 1 0 1 2 1 1 0 1 5 0 1 1 0 79 1 2.13 1.74 32 G -1 -2 -1 -1 -5 -2 -3 7 -2 -4 -6 -3 -5 -6 -5 -1 -3 -5 -3 -4 4 2 2 3 0 1 1 74 1 1 0 1 0 0 0 3 2 0 1 1 1.43 1.70 33 G 0 0 0 -1 -3 -1 -2 3 4 -4 -4 2 -3 -3 0 0 -3 -6 -1 -3 8 6 5 3 1 3 2 25 11 1 1 14 1 1 5 7 1 0 2 1 0.43 1.75 34 K -2 -1 2 1 -6 -1 1 4 0 -4 -4 3 -3 -3 -3 -1 -2 -6 -3 -4 2 3 8 9 0 2 8 34 2 1 2 17 1 1 1 4 2 0 1 1 0.58 1.71 35 E -1 -1 0 -1 -5 2 3 0 -1 1 -2 3 -1 -2 -3 -1 0 -6 -3 0 5 2 4 3 0 9 16 9 1 7 5 18 1 1 1 5 5 0 1 6 0.25 1.74 36 A -1 0 2 1 1 0 3 -2 1 0 -2 0 0 -1 0 0 0 -6 -5 0 5 4 8 8 3 4 17 3 3 6 3 5 3 3 6 6 5 0 0 8 0.17 1.89 37 P 0 -1 3 -1 1 0 -1 -2 1 -1 -1 -1 -4 -4 4 1 0 -5 0 -1 7 3 14 3 3 3 4 4 3 3 6 4 0 0 19 10 4 0 3 4 0.30 1.76 38 L -2 -1 -4 -4 -3 2 -1 -5 -3 3 1 0 0 -2 -6 -3 1 -6 -3 4 3 4 0 1 0 9 4 0 1 18 15 5 2 2 0 1 8 0 1 25 0.50 2.00 39 A 1 -4 1 -4 -4 -3 -4 -4 7 -4 -1 -2 2 -4 3 3 -1 -6 -3 -4 13 0 7 0 0 1 1 1 21 1 7 2 5 1 15 22 3 0 1 1 0.74 2.00 40 I -2 -6 -7 -7 -2 -6 -6 -5 -6 6 3 -6 -1 3 -6 -5 -4 -5 -3 3 4 0 0 0 1 0 0 1 0 38 21 0 1 13 0 0 1 0 1 20 1.07 1.99 41 E 2 -3 -1 -2 -3 2 2 -4 1 -3 -2 0 -2 -3 -5 3 2 -2 1 -1 17 1 2 2 1 8 11 1 3 2 3 6 1 1 0 21 13 1 4 4 0.36 2.00 42 L -1 -5 -6 -7 -2 -6 -6 -5 -6 3 4 -6 2 1 -6 -4 -2 -5 -3 4 5 1 0 0 1 0 0 1 0 17 33 0 4 6 0 1 2 0 1 28 0.91 2.04 43 D -2 -2 2 5 -3 -2 2 -2 -2 -4 -3 1 -4 -5 3 0 -2 -3 -4 -4 2 2 10 28 1 2 14 3 1 1 3 7 0 1 16 7 2 0 1 1 0.64 2.02 44 H 2 0 -1 -3 -6 1 2 -1 5 -3 -2 0 0 -1 0 -1 -1 -3 1 -2 16 4 3 1 0 5 14 5 15 2 5 5 3 3 4 4 4 0 4 2 0.32 2.04 45 D -1 2 4 0 -6 -2 -1 -3 3 -1 -1 4 -2 -3 -3 -1 -1 -2 -3 -2 5 12 16 5 0 1 3 2 7 4 6 24 1 1 1 5 3 1 1 3 0.45 2.04 46 K 1 -2 -2 4 -6 0 5 -4 -2 -3 -2 1 -3 -5 -2 -1 -1 -7 -4 -3 10 2 1 19 0 4 34 1 1 2 4 8 0 0 2 4 5 0 1 2 0.65 2.05 47 V -1 -6 -6 -5 -5 -6 -5 -5 -6 2 4 -6 0 5 -4 -4 -1 -2 -1 2 4 0 0 1 0 0 1 1 0 10 35 0 2 23 1 1 4 1 1 15 0.88 2.09 48 M -1 2 0 -1 -3 0 1 -3 -1 1 1 0 2 1 -5 -2 0 2 1 0 5 11 4 4 1 4 8 2 1 7 12 7 5 6 0 3 6 3 5 7 0.14 2.05 49 N 0 3 2 -1 -6 0 -2 -3 2 -3 -1 5 0 -4 -2 -2 -1 -3 -2 -4 8 12 8 4 0 3 2 1 5 1 8 33 2 1 2 3 3 0 2 1 0.54 2.08 50 M 3 -2 -3 -4 -3 -1 -1 -4 0 1 3 -1 1 0 -4 -2 -1 -1 0 1 21 3 1 1 1 3 4 1 2 8 24 4 4 3 1 2 4 1 3 10 0.30 2.12 51 Q -3 -2 -3 -6 -2 0 -1 -5 -2 3 4 -3 1 0 -4 -3 -2 0 0 2 2 2 1 0 1 5 4 1 1 16 37 1 3 4 1 2 2 1 3 12 0.55 2.09 52 A -1 4 -1 -1 -3 0 1 -2 3 -2 -2 3 -2 -1 -3 -1 -1 -1 3 -3 6 19 3 3 1 4 7 3 6 2 4 15 1 3 1 4 3 1 10 2 0.35 2.05 53 K -1 2 2 -1 -2 1 -1 -2 2 -2 -4 3 -2 -2 -3 1 3 -6 -3 -3 5 12 9 3 1 5 3 4 5 2 2 19 1 2 1 8 16 0 1 2 0.39 2.12 54 A 1 -2 1 -1 -1 -1 3 2 2 -2 -3 0 -1 -2 2 -1 -1 -6 -2 -2 10 2 7 3 1 2 17 14 5 3 3 6 2 2 11 5 3 0 2 3 0.25 2.06 55 E 1 0 2 0 -1 -1 0 2 3 -3 -3 0 -2 -2 -1 0 -1 0 -1 -1 12 5 8 4 1 2 7 17 8 2 2 5 1 2 3 8 3 1 2 5 0.20 2.06 56 F 0 -1 -1 -2 0 -2 -2 1 0 0 0 -2 0 4 -2 -1 -1 1 -1 0 9 4 3 3 2 2 3 13 2 6 7 3 2 17 3 4 5 2 2 8 0.18 1.98 57 Y -1 0 1 -2 0 0 0 -1 4 -2 0 -1 0 3 -2 -1 0 1 3 -2 4 4 7 2 2 4 7 5 10 2 8 4 2 10 2 5 6 2 10 2 0.21 2.02 58 S -1 -2 4 -1 0 0 -1 0 0 -1 -2 0 -4 -2 -2 2 2 -5 -1 -2 5 2 20 3 2 3 3 7 2 3 4 5 0 2 2 17 14 0 2 3 0.33 1.98 59 E 1 -1 -1 -2 -1 0 1 -1 2 0 0 0 0 -2 -1 1 2 -5 -2 1 9 4 3 2 1 4 8 4 5 5 9 5 2 2 4 9 11 0 2 10 0.09 1.93 60 V -2 -2 -2 -3 -1 -2 -2 -4 -5 4 2 -1 0 1 -3 -3 0 0 -2 3 2 2 2 2 1 2 4 2 0 22 15 4 2 6 2 2 5 1 1 22 0.43 1.99 61 L -2 -2 -5 -2 -1 -2 -2 -4 -1 4 3 -2 0 3 -3 -3 -2 0 0 2 3 2 0 3 1 2 3 2 1 20 25 3 2 12 1 2 2 1 2 12 0.45 2.03 62 T -2 -2 2 1 -1 0 2 -3 -1 0 0 0 0 0 -2 0 2 0 -2 -1 2 2 10 8 1 4 15 2 1 6 9 5 2 4 2 6 13 1 1 5 0.18 2.00 63 I -3 -2 -3 -3 0 -2 -2 -3 -5 4 4 -5 1 -1 -6 -2 -1 0 -2 2 2 2 2 2 2 2 3 2 0 19 39 0 3 2 0 3 3 1 2 11 0.62 2.02 64 V -2 -3 2 2 -2 1 3 -2 -1 -1 -2 2 -1 -4 -1 0 0 -6 -3 1 3 1 9 13 1 5 15 3 1 3 3 14 1 1 4 7 5 0 1 11 0.29 2.04 65 V -2 -3 -1 -2 -2 -3 0 -1 1 4 1 -2 0 0 -4 -3 -2 0 0 4 3 1 3 2 1 1 6 5 3 23 12 2 2 3 1 2 3 1 3 23 0.40 2.01 66 D -2 -1 1 3 -6 -1 3 3 1 -2 -3 -1 0 -1 0 -2 -2 -6 0 -2 4 3 7 14 0 3 16 19 4 3 3 3 3 3 4 3 3 0 4 3 0.30 1.99 67 G -2 -2 1 2 -5 -1 -1 5 0 -5 -3 -1 0 -1 -1 -1 -2 2 0 -2 3 3 5 10 0 3 4 35 3 0 3 5 3 3 3 5 3 3 3 3 0.42 1.98 68 K -2 -1 0 1 -1 1 2 1 -1 -3 -4 4 -2 -3 -2 -1 0 2 -2 -3 4 2 4 7 1 5 15 10 1 1 2 23 1 1 2 5 5 3 1 2 0.31 2.06 69 E -1 0 0 1 -5 0 1 -2 -1 -1 -3 4 0 -3 0 0 1 -6 -5 -1 5 4 5 7 0 3 9 3 2 3 2 24 2 1 4 8 10 0 0 4 0.27 2.03 70 I -2 0 -1 -3 -1 3 3 -1 3 1 -2 -1 -1 -1 -3 -2 -1 0 2 1 3 5 2 1 1 11 16 5 7 7 5 4 1 3 1 2 4 1 6 11 0.20 2.08 71 K -3 2 2 0 -5 1 -1 -4 -1 -3 1 3 0 -2 1 -1 1 -5 -2 -3 2 9 8 4 0 7 4 1 2 1 12 18 3 1 8 5 7 0 1 2 0.22 1.92 72 V 4 -5 -3 -6 2 -5 -5 -3 -6 -1 -3 -5 -3 -2 -5 -2 0 -6 -2 5 29 0 1 0 5 0 0 2 0 1 1 0 0 1 0 2 6 0 1 44 0.89 1.96 73 K -4 -2 -4 -6 -5 -3 -4 -7 -6 4 4 -2 3 0 -6 -4 -3 -1 -2 3 1 2 1 0 0 1 1 0 0 20 34 3 8 4 0 1 1 1 1 15 0.72 1.98 74 A -2 -4 -6 -6 0 -3 -6 -5 -6 4 3 -4 2 -2 2 -4 -2 -6 -3 3 4 1 0 0 2 1 0 1 0 26 23 1 4 1 9 1 2 0 1 19 0.66 1.96 75 Q -3 4 -3 -3 -4 3 -2 -4 1 -6 -5 6 -3 -5 -5 -2 -3 0 -2 -3 2 20 1 1 0 13 1 1 4 0 1 43 1 0 0 3 1 1 1 2 0.96 1.94 76 D 1 -3 0 5 -6 0 4 -3 -2 -6 -5 -2 -3 -5 -5 -1 -2 -7 -4 -5 10 1 3 36 0 3 28 2 1 0 1 2 1 1 0 4 2 0 1 1 0.86 1.94 77 V -2 -4 -6 -6 -3 -4 -4 -7 -3 4 1 -4 2 -1 -6 -4 -3 0 2 5 3 1 0 0 1 1 1 0 1 25 9 1 5 2 0 1 1 1 7 36 0.81 1.94 78 Q -3 -2 -2 0 -4 8 -1 -5 1 -5 -4 -2 -3 -6 -5 -2 -3 -6 -4 -3 2 1 1 4 0 73 3 0 3 0 1 1 0 0 0 2 1 0 1 2 1.62 1.95 79 R -3 5 -2 -4 -3 -1 -3 -5 -1 -1 0 0 1 3 -6 -3 -1 2 2 -1 2 30 2 0 0 3 1 0 2 3 8 6 3 14 0 2 4 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