Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 N -1 -2 2 3 -3 -1 -1 -2 2 -3 -3 -2 -2 -4 -2 2 4 -4 -3 -2 0 0 12 19 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 19 44 0 0 0 0.58 0.38 2 K -1 2 -1 -2 -4 2 -1 2 3 -4 -4 5 -3 -4 -3 -1 0 -4 -3 -3 4 8 0 0 0 11 0 15 9 0 0 46 0 0 0 0 7 0 0 0 0.57 0.46 3 K -2 1 -1 -2 -5 2 0 -3 -2 -4 -4 7 -3 -5 -2 -2 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 1.22 0.53 4 P -1 -3 -3 -3 -4 -2 -2 0 2 -4 -4 -1 1 -4 7 -2 0 -5 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 7 6 0 0 4 5 0 69 0 7 0 0 0 1.52 0.56 5 V -1 -4 -4 -1 -3 -3 -3 0 -4 1 2 -3 2 -2 1 -3 -1 -4 -3 4 3 0 0 3 0 0 0 7 0 6 26 0 4 0 7 0 3 0 0 38 0.42 0.55 6 N 2 -2 1 1 -3 2 1 -1 -2 -4 -4 0 -3 -1 1 3 0 -4 -3 -3 21 0 8 6 0 12 8 2 0 0 0 3 0 3 6 28 2 0 0 0 0.40 0.61 7 S -2 -1 0 1 -4 3 2 -3 -2 -3 -1 4 -2 -4 -3 0 1 -4 -3 -3 0 0 2 7 0 16 15 0 0 0 8 35 0 0 0 5 11 0 0 0 0.52 0.62 8 W -3 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -4 -4 0 0 -4 6 -1 -5 -4 -1 10 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 4 0 27 0 0 0 4 45 5 11 1.55 0.66 9 T -2 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -3 -2 -1 0 -2 -4 -3 2 6 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 6 5 0 0 0 11 75 0 0 2 0.96 0.66 10 C -2 -5 -4 -5 11 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.68 0.68 11 E 2 0 -2 0 -4 1 5 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 2 -2 -5 -4 -3 21 4 0 2 0 3 45 4 0 0 0 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0.69 0.68 12 D -3 -3 -1 7 -5 -1 3 -3 -3 -5 -5 -1 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 0 78 0 0 19 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1.49 0.68 13 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -2 -2 0 -4 -2 8 -5 -4 -1 -1 4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 77 0 0 4 0 15 0 1.53 0.68 14 L -1 -4 1 -4 -3 -3 -3 -2 -4 0 5 -4 0 -2 -4 -3 -2 -4 -3 2 4 0 8 0 0 0 2 4 0 0 65 0 1 0 0 0 2 0 0 14 0.70 0.74 15 A 3 -3 -2 1 -3 0 2 2 -3 -3 -2 0 -1 -4 -3 0 0 -5 -4 -2 35 0 0 10 0 4 12 16 0 0 4 5 2 0 0 6 4 0 0 2 0.40 0.74 16 V -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 3 4 -4 2 1 -5 -4 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 41 0 4 4 0 0 1 0 0 34 0.79 0.73 17 D -2 -3 0 7 -5 -1 2 -3 -3 -5 -3 0 -4 -5 0 -2 -3 -6 -5 -5 2 0 3 69 0 2 12 0 0 0 3 4 0 0 5 0 0 0 0 0 1.21 0.73 18 E 1 -3 0 4 -4 -1 4 -3 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -1 1 -4 1 -1 12 0 5 23 0 0 38 0 0 0 0 0 0 0 0 2 11 0 6 4 0.64 0.73 19 S 0 -2 2 2 -3 2 0 -3 -2 -4 -4 0 -3 -4 -3 3 3 -5 -4 -1 7 0 12 13 0 12 4 0 0 0 0 5 0 0 0 26 19 0 0 3 0.48 0.73 20 F 0 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -2 -1 0 -4 -2 6 -5 -1 -3 -1 6 -2 9 0 0 0 0 0 0 0 0 3 6 0 0 46 0 5 0 0 32 0 1.11 0.73 21 Q -3 3 -2 -3 -5 5 -1 -4 -2 -4 -3 4 2 -3 -3 -2 -3 -3 2 -1 0 17 0 0 0 32 0 0 0 0 0 32 6 0 0 0 0 0 9 4 0.79 0.73 22 P -1 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -5 8 -2 0 -5 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 88 0 8 0 0 0 2.26 0.73 23 T 0 -2 1 -2 -3 2 0 -3 -3 -1 -3 2 -3 -4 1 0 3 -4 -1 1 9 0 7 0 0 12 5 0 0 3 0 16 0 0 8 3 27 0 2 9 0.37 0.73 24 A 4 -4 -4 -4 -2 -3 -3 -3 -4 -1 0 -3 -2 0 -3 -2 0 -4 -3 4 45 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 3 0 0 6 0 0 38 0.67 0.73 25 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 1 -4 -1 -2 -4 -4 -2 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 12 0 0 0 0 0 0 0 0 62 1.02 0.73 26 G 1 -4 -3 -4 -4 -3 -4 4 -2 -3 -3 -3 -3 2 -4 0 -3 -2 6 -2 13 0 0 0 0 0 0 38 0 0 0 0 0 8 0 7 0 0 32 3 0.84 0.73 27 F -2 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -4 -3 -1 -2 -4 -2 4 -5 -4 -4 10 4 -1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 4 2 0 0 23 0 0 0 46 17 5 1.74 0.73 28 A 4 -4 -4 -4 -2 -3 -3 0 -4 0 1 -3 -2 -3 -3 0 -2 -4 -3 2 53 0 0 0 0 0 0 6 0 5 14 0 0 0 0 4 0 0 0 18 0.60 0.73 29 E 2 -3 -2 2 -4 -1 4 -2 -3 0 -3 -2 -3 -4 -1 1 0 -5 -4 1 19 0 0 11 0 0 33 2 0 5 0 0 0 0 3 10 5 0 0 13 0.44 0.73 30 A 3 -4 2 -3 -3 -3 -3 5 -3 0 -2 -3 0 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -3 35 0 11 0 0 0 0 43 0 6 3 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0.76 0.73 31 L -3 -4 -4 -5 -3 -1 -4 -5 2 1 3 -4 -1 3 -5 -4 -3 4 5 2 0 0 0 0 0 2 0 0 6 6 27 0 0 10 0 0 0 6 24 20 0.69 0.73 32 N -3 -1 6 3 -4 0 -2 0 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -3 0 3 -5 -4 -4 0 2 43 18 0 4 0 5 0 0 0 0 0 0 0 6 21 0 0 0 0.84 0.73 33 N -2 2 0 -3 -5 2 -1 0 3 -5 -4 5 -3 -4 1 -1 -1 3 -3 -4 2 10 5 0 0 11 0 6 7 0 0 42 0 0 7 2 4 4 0 0 0.63 0.73 34 K 1 0 0 -3 -4 1 -2 0 1 -4 0 5 -2 -4 -3 1 -2 -4 -3 -3 11 2 5 0 0 7 0 8 4 0 11 45 0 0 0 9 0 0 0 0 0.51 0.73 35 D 0 0 -1 3 -4 -1 -2 5 0 -5 -5 -1 -4 -4 -4 0 -3 -4 0 -4 5 5 2 19 0 2 0 52 2 0 0 4 0 0 0 6 0 0 4 0 0.80 0.73 36 K -3 0 2 0 -5 1 0 -3 -2 -2 -4 6 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 0 0 0 10 4 0 7 3 0 0 2 0 65 0 0 0 0 0 0 0 9 0.87 0.73 37 P -1 -1 -3 -3 -4 -2 -1 0 -4 0 -3 1 -3 -4 6 1 -1 -5 -4 1 3 3 0 0 0 0 4 8 0 5 0 12 0 0 40 10 2 0 0 14 0.76 0.73 38 E -2 -2 1 1 -4 -1 5 0 1 -3 -3 0 -3 -4 -1 0 -2 -5 -3 0 0 0 8 5 0 0 56 6 3 0 3 3 0 0 3 5 0 0 0 8 0.70 0.71 39 D 0 -3 -1 5 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -2 -3 -3 -3 -1 2 -4 0 2 7 0 0 44 0 0 2 3 0 0 1 0 0 0 0 2 16 0 4 18 0.61 0.68 40 A 3 -3 -2 3 -3 1 1 -3 -3 -3 -4 0 -3 -4 1 0 1 -4 0 -1 35 0 0 21 0 5 8 0 0 0 0 4 0 0 7 4 7 0 4 4 0.46 0.75 41 V 1 -3 -3 1 -3 0 0 -4 -4 1 -2 -3 1 -3 -4 -2 3 -5 -3 4 11 0 0 10 0 4 5 0 0 4 0 0 4 0 0 0 21 0 0 42 0.51 0.75 42 L -3 -4 -4 1 -3 -3 -2 -4 -4 3 3 -3 3 3 -4 -3 -1 -3 -2 2 0 0 0 8 0 0 3 0 0 17 27 0 9 12 0 0 4 0 0 16 0.46 0.71 43 D -3 -3 0 6 -5 -2 2 -3 -3 -3 -4 -2 -4 -5 -3 -2 2 -6 -4 0 0 0 3 62 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 9 1.08 0.75 44 V -1 -1 -4 -4 -3 0 -1 -5 -4 4 0 -3 -1 -3 -4 -3 -2 -4 -3 5 5 4 0 0 0 4 5 0 0 32 7 0 0 0 0 0 0 0 0 43 0.70 0.75 45 Q 0 -2 -1 5 -4 3 3 -3 -2 -4 -4 0 -3 -5 -3 1 1 -5 -4 -4 8 0 0 32 0 18 23 0 0 0 0 3 0 0 0 9 8 0 0 0 0.73 0.75 46 G 0 -3 -2 -3 -4 0 -3 5 -3 -1 -4 -3 -3 -4 -3 0 1 3 -4 -1 7 0 0 0 0 6 0 54 0 4 0 0 0 0 0 7 12 5 0 4 0.79 0.73 47 I 1 -4 -4 1 -3 -4 -4 -4 -4 4 0 -4 0 1 -4 -3 1 -4 -3 3 11 0 0 8 0 0 0 0 0 35 5 0 2 5 0 0 8 0 0 25 0.55 0.75 48 A 1 -2 -2 2 -5 2 5 -3 2 -4 -3 0 -1 -5 0 -2 -2 -5 -3 -4 12 0 0 11 0 8 48 0 6 0 2 5 2 0 5 0 1 0 0 0 0.71 0.75 49 T -1 -2 1 -3 -4 0 -2 -3 2 -3 -3 4 -3 1 2 -2 3 -4 -2 -1 5 0 6 0 0 4 0 0 5 0 0 28 0 8 12 0 26 0 0 5 0.49 0.75 50 V -1 -4 -4 -4 -3 -4 -1 -5 -4 3 1 -4 -1 0 1 -2 -2 -4 -3 5 5 0 0 0 0 0 5 0 0 21 9 0 0 3 8 3 0 0 0 47 0.65 0.75 51 T 0 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -1 -4 3 -2 0 -2 -3 -3 0 5 -4 -3 1 8 0 0 0 0 0 0 3 0 18 0 8 0 0 0 3 52 0 0 8 0.66 0.75 52 P 0 -4 -3 1 -4 -3 -1 -1 -4 -4 -4 -3 -1 -5 7 -1 -2 -5 -5 -4 6 0 0 10 0 0 4 5 0 0 0 0 2 0 67 3 2 0 0 0 1.57 0.75 53 A 0 -3 -3 -3 -3 1 1 -4 -3 0 1 0 3 0 -4 -2 2 -4 -3 2 9 0 0 0 0 5 13 0 0 5 12 6 11 5 0 1 17 0 0 17 0.29 0.77 54 I -1 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 2 -4 -1 -2 -4 -4 -2 -4 -3 5 4 0 0 0 0 0 0 0 0 31 23 0 0 0 0 0 0 0 0 43 0.89 0.77 55 V 1 -1 -4 -1 -3 -4 -4 -4 -4 4 1 -4 -1 0 -4 -3 0 -4 -3 4 10 3 0 3 0 0 0 0 0 26 9 0 0 4 0 0 4 0 0 39 0.60 0.77 56 Q -2 -2 -2 2 -4 4 4 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 0 3 -5 -4 -1 0 0 0 11 0 22 36 2 0 0 0 0 0 0 0 4 21 0 0 5 0.73 0.77 57 A 2 -2 0 0 -4 2 4 -3 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -3 -1 -1 -3 3 -1 25 0 4 3 0 9 37 0 0 0 0 0 0 0 0 2 4 0 12 4 0.58 0.77 58 C -2 -5 -5 -5 11 -5 -6 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.80 0.77 59 T -2 2 1 -2 -4 2 1 -3 3 -4 -4 5 -1 -5 -3 0 1 -5 -3 -4 2 10 5 0 0 8 6 0 8 0 0 45 1 0 0 5 11 0 0 0 0.68 0.77 60 Q -1 0 0 -2 -4 2 1 -3 -3 -3 -2 5 -3 -4 -3 0 -2 -5 -4 0 5 2 3 0 0 7 10 0 0 0 3 54 0 0 0 8 0 0 0 7 0.69 0.77 61 D 3 -3 4 4 -4 0 -1 -3 3 -4 -4 -1 -3 -5 -3 -1 2 -5 -3 -3 26 0 21 25 0 3 1 0 7 0 0 2 0 0 0 1 14 0 0 0 0.64 0.77 62 K -1 -2 -3 -3 -4 0 -2 -4 -4 -4 -2 1 -3 -5 8 -2 -2 -5 -4 -4 5 2 0 0 0 6 0 0 0 0 5 8 0 0 72 0 2 0 0 0 1.70 0.77 63 Q 1 -1 -1 -1 -4 3 -1 0 -3 -4 -4 5 -3 -5 -3 0 1 -5 -4 -3 13 0 2 3 0 13 0 7 0 0 0 44 0 0 0 7 11 0 0 0 0.62 0.77 64 A 3 -3 1 0 -3 2 2 -1 -3 -1 -2 -1 -1 -4 -3 0 2 -5 -4 0 29 0 7 3 0 8 14 4 0 4 3 3 1 0 0 3 12 0 0 8 0.29 0.77 65 N 0 0 3 -2 -4 -1 -2 -2 2 -4 -3 3 -3 -4 0 4 0 -5 -3 -4 6 5 13 0 0 0 0 1 7 0 2 23 0 0 5 36 3 0 0 0 0.55 0.77 66 F 0 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -4 0 3 -5 -1 7 -5 -4 -3 -2 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 2 30 0 0 54 0 0 0 0 0 7 1.05 0.77 67 K 0 0 -4 -4 -4 0 -3 -4 3 1 0 1 1 -2 -4 -3 -2 8 1 2 10 5 0 0 0 4 0 0 8 7 7 10 4 0 0 0 1 21 3 19 0.60 0.77 68 D 0 -2 -1 4 -4 3 1 -3 -1 -4 -2 1 -3 -5 -3 2 0 -5 -4 -4 9 0 1 29 0 15 6 0 1 0 3 10 0 0 0 18 6 0 0 0 0.54 0.77 69 K 1 0 -2 0 -4 1 -1 -3 -3 -2 -3 5 -3 -4 -3 -2 0 -4 -3 0 14 2 0 4 0 5 1 0 0 2 0 54 0 0 0 0 7 0 0 9 0.66 0.74 70 V 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 2 -4 3 -1 -4 -3 -2 -4 -3 5 6 0 0 0 0 0 0 0 0 13 20 0 7 2 0 0 0 0 0 52 0.80 0.77 71 K -1 3 -2 1 -4 0 2 -3 -3 -3 -4 5 1 -4 -3 -1 -2 -5 -4 0 5 14 0 8 0 1 16 0 0 0 0 39 4 0 0 4 0 0 0 8 0.59 0.74 72 G 2 -2 0 1 -3 1 -1 1 -3 -4 -4 2 -3 -4 -3 3 2 -4 -4 -3 15 0 4 6 0 8 2 11 0 0 0 15 0 0 0 26 11 0 0 0 0.41 0.70 73 E 1 -2 -1 -1 -3 1 4 -3 5 -3 -3 -1 -3 -3 -2 1 -1 -3 2 -3 12 1 2 1 0 7 36 1 16 1 1 1 0 0 1 10 3 0 8 1 0.55 0.60 74 W -3 0 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -3 -1 2 -3 4 3 -4 -4 -3 9 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 23 0 17 14 0 0 0 33 0 5 1.12 0.62 75 D 1 -1 0 2 -4 0 -1 0 1 0 -3 5 -3 -4 -3 -1 -1 -4 -3 -3 11 0 2 12 0 3 2 9 3 8 0 43 0 0 0 2 3 0 0 0 0.44 0.60 76 K -2 0 1 2 -5 0 -1 -3 1 -4 -4 6 -3 -5 -3 0 -2 -5 -3 -4 0 0 5 13 0 0 0 0 3 0 0 73 0 0 0 6 0 0 0 0 0.96 0.61 77 I 2 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -4 4 1 1 2 0 -4 -2 -2 -4 -2 3 18 0 0 0 0 0 0 0 0 30 8 13 6 4 0 0 0 0 0 22 0.44 0.57 78 K -2 0 -2 -1 -5 0 3 -1 -2 -4 -4 6 -3 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 0 21 5 0 0 0 73 0 0 0 0 0 0 0 0 0.97 0.51 79 K -2 2 -1 -2 -4 4 0 -3 -1 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 9 0 0 0 23 0 0 0 0 0 68 0 0 0 0 0 0 0 0 0.89 0.38 K Lambda Standard Ungapped 0.1284 0.3119 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1738 0.3171 PSI Gapped 0.0532 0.2670