Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 R -1 3 1 -1 -4 3 3 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 3 -1 -4 -3 -3 0 17 6 0 0 18 29 0 0 0 0 2 0 0 0 28 0 0 0 0 0.58 0.41 2 I -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 5 0 -4 1 -2 -4 -4 -2 -4 -3 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 39 4 0 3 0 0 0 0 0 0 53 0.95 0.62 3 P -1 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -1 -1 -3 -1 -4 8 0 -2 -5 -4 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 4 7 0 2 0 73 9 1 0 0 2 1.70 0.74 4 T -1 -1 0 -2 -3 3 1 -3 -1 -3 -3 0 -3 -4 -3 1 5 -5 -4 -1 3 3 4 0 0 13 8 1 1 0 1 6 0 0 0 10 46 0 0 4 0.60 0.76 5 D -3 -3 -1 7 -6 -1 3 -3 -3 -5 -5 0 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 0 76 0 0 18 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 1.48 0.75 6 P -2 -4 -4 -3 -5 -2 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -6 8 -3 -3 -6 -5 -4 2 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 2.58 0.75 7 T -1 -4 0 -4 -1 -3 -4 0 -2 0 3 -4 0 1 -4 -2 3 -4 -3 1 3 0 4 0 1 0 0 7 1 2 39 0 1 5 0 0 26 0 0 10 0.46 0.75 8 M -1 -4 -3 -5 -3 -3 -5 -5 -5 6 2 -3 2 -2 -4 -4 -1 -4 -3 3 5 0 1 0 0 1 0 0 0 55 13 1 4 0 0 0 2 0 0 17 0.85 0.79 9 Y -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 1 -3 -3 -4 -3 1 -5 -4 -3 0 9 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 93 5 2.00 0.78 10 R -3 8 -2 -4 -6 -1 -2 -4 1 -5 -4 0 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 97 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.82 0.82 11 F -4 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -4 -1 4 -5 1 6 -5 -4 -2 3 0 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 46 0 3 43 0 0 3 3 0 0 1.10 0.82 12 Y -3 -2 0 -4 -4 -1 -3 -5 5 -2 -2 -3 -1 1 -5 -3 -2 -1 8 -2 1 1 5 0 0 2 1 0 14 2 2 0 1 3 0 1 3 0 64 2 1.34 0.82 13 E -3 -2 -2 0 -6 0 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.73 0.82 14 M 2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 1 -4 4 1 -4 4 -1 -4 -2 -2 -4 -3 2 23 0 0 0 0 0 0 11 0 27 11 0 13 1 0 1 0 0 0 12 0.54 0.82 15 L -1 -4 -4 -5 0 -4 -5 -5 -5 3 2 -4 3 -1 -3 -4 -2 -4 -3 5 3 0 1 0 2 0 0 0 0 17 20 0 8 2 1 0 1 0 0 45 0.76 0.82 16 Q -2 -2 0 -1 -4 4 -2 0 -1 -1 2 -1 4 -3 -4 0 -1 -4 0 0 2 1 5 3 0 27 1 8 1 2 20 3 11 0 0 7 3 0 3 5 0.37 0.92 17 V -2 -3 1 -3 -3 -1 -3 -4 4 1 0 -3 -1 -3 -3 -2 -1 -4 -2 5 1 1 7 1 0 3 1 1 11 4 6 1 0 0 1 2 2 0 0 59 0.73 0.83 18 Y -3 -3 0 -4 -4 -3 -3 -4 1 -3 -3 -3 -3 3 -4 -3 -3 0 9 -3 1 1 5 1 0 0 1 1 3 1 1 1 0 8 1 1 1 0 75 1 1.62 0.83 19 G -1 -4 -1 -1 -4 -3 -3 7 -3 -4 -4 -3 0 -4 -3 -2 -3 -4 -4 -4 4 0 3 3 0 0 1 80 0 1 1 1 3 0 1 1 1 0 0 1 1.38 0.82 20 T -2 -2 -1 0 -4 -1 2 -1 0 -3 -2 -2 2 -1 4 0 1 -3 3 -3 2 2 3 6 0 2 12 4 2 0 3 2 6 2 24 8 8 0 13 1 0.44 0.88 21 T 4 -3 -2 -3 -3 -2 -2 0 -3 -3 -3 -2 -3 -4 3 1 3 -4 -3 -1 38 0 0 0 0 0 1 6 0 0 1 1 0 0 16 10 21 0 0 4 0.60 0.73 22 L -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -4 4 3 -4 3 1 -4 -4 -3 5 1 1 3 0 0 0 0 0 0 1 0 26 34 0 8 6 0 0 0 8 5 6 0.66 0.80 23 K -1 2 -2 -2 -4 -1 0 -3 2 -4 -4 7 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 5 8 0 0 0 0 5 1 4 0 1 73 0 0 0 0 0 0 0 0 1.11 0.80 24 A 3 -1 -2 1 0 1 4 -2 1 -4 -3 -2 -3 -5 -3 0 -1 -5 -4 -1 25 2 0 9 2 5 33 3 4 0 2 0 0 0 0 7 2 0 0 5 0.49 0.86 25 L 1 -4 -3 -4 5 -3 -4 -4 -4 2 1 -3 4 -3 -4 1 2 -4 -3 2 13 0 0 0 13 0 0 0 0 13 12 0 13 0 0 13 13 0 0 13 0.47 0.78 26 V -1 -5 -5 -5 5 -5 -5 -5 -5 6 0 -5 2 0 -5 -4 -1 -4 -3 1 5 0 0 0 16 0 0 0 0 57 5 0 4 4 0 0 3 0 0 7 0.98 0.86 27 H -2 -1 4 -2 -4 1 -1 -1 8 -4 -2 -2 0 -3 -3 -2 -2 1 0 -2 3 3 22 1 0 7 4 3 42 1 3 1 2 0 1 1 1 2 2 3 0.92 0.76 28 E -3 -2 -2 2 -5 0 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 1 -5 -4 -4 0 0 0 11 0 0 78 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 1.34 0.86 29 K -2 1 -1 -1 -5 1 3 -4 -3 -1 -1 5 1 -4 -3 -2 -1 -5 -4 -3 2 4 2 3 0 6 23 0 0 3 7 43 4 0 0 0 2 0 0 0 0.65 0.86 30 F 0 -4 -3 -4 1 -4 -4 2 -3 -2 -1 -4 0 6 -4 -1 -3 -1 2 -2 9 0 0 0 3 0 0 20 0 0 3 0 3 55 0 4 0 0 3 0 0.75 0.47 31 G -1 -3 -1 2 -4 -3 -2 6 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -4 0 0 0 0 18 0 0 0 69 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0.92 0.37 32 D -2 -2 4 5 -4 -1 1 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 1 -1 1 -5 -4 -4 0 0 25 48 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 7 0 13 0 0 0 0.81 0.37 33 G 2 1 -2 -3 5 -2 -3 4 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 0 -2 -4 -4 -3 21 10 0 0 18 0 0 44 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0.69 0.37 34 I 0 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 5 0 -3 0 -1 -4 -3 -1 -4 -2 4 8 0 0 0 0 0 0 0 0 60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 0.69 0.33 35 I -3 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -5 -4 1 0 -3 10 -2 -4 -3 -2 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 90 0 0 0 0 0 0 3 1.71 0.76 36 S -1 -3 -1 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 6 0 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 92 0 0 0 0 1.17 0.76 37 A 6 -3 -3 -3 -3 -2 1 0 -3 -3 -2 -2 2 -4 -3 -1 -1 -4 -4 -2 78 0 0 0 0 0 8 4 0 0 2 0 5 0 0 0 2 0 0 0 0.93 0.76 38 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 0 -5 7 0 -5 -1 -2 -5 -4 -3 -5 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 8 0 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 1.22 0.76 39 N -2 -2 4 7 1 -2 -1 -2 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -1 -2 -6 -2 -5 3 1 19 65 3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 4 1 0 2 0 1.21 0.76 40 F -4 -5 -5 -6 3 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -5 2 8 -5 -4 -4 -1 2 -2 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 2 0 6 79 0 0 0 0 3 2 1.56 0.76 41 K -1 1 1 1 -4 0 0 -1 0 -4 -4 4 -2 0 -3 2 0 -4 2 -4 2 6 5 7 0 2 5 5 2 0 0 28 1 3 0 17 6 0 9 0 0.38 0.76 42 L -1 -4 -4 -5 5 -3 -4 -3 -4 2 2 -4 6 0 -4 -2 1 -4 -3 1 5 0 0 0 16 0 0 1 0 10 16 0 24 4 0 1 10 0 0 11 0.62 0.76 43 D -2 -2 2 5 -4 -1 0 -2 2 -4 -5 1 -4 -4 -3 1 1 -5 0 -3 2 0 8 42 0 2 5 2 6 0 0 10 0 0 0 12 9 0 3 1 0.67 0.76 44 V -2 -4 -5 -5 0 -4 -5 -5 -5 4 2 -4 2 0 -5 -4 -2 -4 -3 5 2 0 0 0 2 0 0 0 0 21 17 0 5 4 0 0 0 0 0 49 0.82 0.76 45 K -1 -1 -2 4 -5 3 4 -1 -1 -5 -5 1 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -3 4 2 0 25 0 16 30 4 1 0 0 10 0 0 0 3 3 0 0 1 0.68 0.76 46 K -2 5 -2 -1 -5 -1 -1 -3 -2 -3 -4 5 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -2 2 35 0 3 0 0 1 1 0 2 0 51 0 0 0 1 2 0 0 3 1.00 0.76 47 V -2 0 -2 -1 -4 1 3 -4 -3 2 -1 2 -1 -4 -4 -2 0 -5 -4 3 1 5 1 2 0 6 23 1 0 15 2 12 1 0 0 1 4 0 0 27 0.42 0.86 48 A 0 -2 -2 -1 -4 2 3 -4 -2 0 -3 1 -3 -4 4 -1 0 -5 -4 1 9 0 1 3 0 9 21 0 1 6 1 9 0 0 20 3 4 0 0 12 0.45 0.84 49 D -2 -3 2 6 -5 -1 -1 3 3 -5 -5 -3 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -3 -5 2 0 9 51 0 2 1 23 8 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 0 1.00 0.83 50 P 0 -3 -2 0 -4 -1 2 -3 -3 -3 -4 2 -4 -5 6 -2 -1 -5 -4 -1 7 0 1 5 0 2 13 2 0 1 1 14 0 0 46 1 3 0 0 4 0.99 0.93 51 E -1 -1 0 4 -4 1 2 -3 1 -4 -3 4 -3 -2 -3 -1 0 -4 -3 -4 6 1 4 25 0 6 15 1 3 1 2 24 0 2 1 4 4 0 0 1 0.52 0.87 52 G 0 -2 1 -1 -2 -1 -1 5 -2 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -1 -2 -3 -3 -2 8 2 6 3 1 2 5 52 1 2 3 3 2 1 2 3 2 0 1 3 0.66 0.68 53 G 0 -3 1 -2 -5 -2 3 5 -1 -4 -5 -1 -4 -5 -2 -1 -3 -5 -2 -3 6 0 8 1 0 1 19 54 1 1 0 3 0 0 1 2 0 0 2 2 0.89 0.97 54 E -2 0 0 6 -5 -2 1 -4 1 -5 -5 0 -4 -5 2 0 0 -6 -3 -5 3 5 2 55 0 0 5 0 4 0 0 4 0 0 9 5 5 0 1 0 0.97 0.96 55 R -4 7 -3 -4 -5 -1 -2 -4 -1 -5 -4 0 -3 -4 -4 -3 -3 6 -1 -5 0 80 0 0 0 0 0 0 1 0 0 2 0 0 0 0 1 14 1 0 1.67 0.93 56 A 2 -4 -5 -5 0 -4 -4 -4 -5 1 -1 -4 2 -3 -4 -3 -1 -5 -3 6 17 0 0 0 2 0 0 0 0 4 0 0 5 0 0 0 1 0 0 70 1.02 0.93 57 V -2 0 0 -4 -4 0 -2 -4 -1 1 0 2 -2 -3 -4 -1 -2 -5 -3 5 1 5 5 0 0 4 2 0 2 7 8 17 0 0 0 3 1 0 0 45 0.52 0.93 58 I -3 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -5 6 2 -5 0 -1 -5 -4 -3 -5 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 59 20 0 1 1 0 0 0 0 0 18 1.14 0.95 59 T -2 -1 -2 -3 -1 -2 -2 -3 -4 0 -3 -1 -1 -4 -4 0 6 -5 -4 1 1 4 1 0 1 0 2 1 0 4 1 4 1 0 0 2 70 0 0 8 1.01 0.97 60 L -4 -4 -5 -5 -4 -2 -5 -5 -4 1 4 -4 7 4 -5 -4 -3 1 0 -1 0 0 0 0 0 2 0 0 0 4 36 0 31 21 0 0 0 2 2 1 1.01 0.94 61 D -2 2 4 5 -1 -2 0 -3 -3 -2 -4 0 -4 -5 -3 2 -1 -5 -4 -1 1 10 21 30 2 0 3 0 0 3 0 4 0 0 0 18 3 0 0 5 0.62 0.89 62 G -1 -4 -1 -3 -4 -4 -4 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 3 0 2 0 0 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.77 0.89 63 K -3 0 -2 -3 -5 -1 -1 -3 -3 -4 -4 7 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 0 0 0 7 0 0 0 2 1.42 0.89 64 Y -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 1 -2 0 -4 -2 7 -5 -3 -4 7 4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 6 0 0 55 0 1 0 18 13 0 1.50 0.88 65 L -4 -4 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 0 6 -5 1 0 -5 -5 -3 -4 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 1 3 0 0 0 0 1 0 1.37 0.89 66 P -2 -3 -3 0 -5 -3 -2 -3 -4 -5 -5 -2 -4 -5 8 -1 -1 -6 -2 -4 2 1 0 5 0 0 1 1 0 0 0 2 0 0 79 4 4 0 2 0 1.96 0.89 67 T -3 -4 -3 -5 -4 -4 -4 -5 -1 -3 -2 -4 -3 4 -5 -3 0 0 8 -3 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 18 0 1 8 0 70 0 1.62 0.85 68 K 0 3 1 -3 -4 1 -1 -3 -3 -4 -3 5 -3 -5 -3 1 1 -5 -4 -3 8 17 6 0 0 6 0 0 0 0 1 39 0 0 0 10 11 0 0 1 0.64 0.82 69 P -1 4 -2 -2 -4 0 -1 -4 -2 -4 -4 4 -1 -4 2 1 0 -4 0 -3 3 25 0 1 0 3 1 0 0 0 0 31 1 0 12 9 6 0 4 1 0.60 0.74 70 F -4 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -2 -3 -2 -5 -2 6 -5 -4 -4 10 5 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 43 0 0 0 38 19 0 1.91 0.70 K Lambda Standard Ungapped 0.1424 0.3209 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1957 0.3186 PSI Gapped 0.0599 0.2670