Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 I -4 -6 -6 -6 -4 -6 -6 -7 -6 7 -1 -5 -2 -3 -6 -5 -3 -6 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 66 0 0 0 0 0 0 0 0 0 34 1.63 1.38 2 T -2 -2 -2 -4 -4 -2 -4 -4 -3 -2 1 0 -2 -1 -2 1 6 -5 -4 -2 2 1 1 0 0 1 0 0 0 2 15 5 1 3 2 12 54 0 0 1 0.87 1.47 3 H -2 0 0 2 -6 2 4 -3 4 -5 -5 4 -2 -6 -4 -1 -2 -6 -4 -5 2 4 4 9 0 9 24 2 9 0 1 29 1 0 0 5 2 0 0 0 0.75 1.49 4 H -5 -3 0 -4 -2 -2 -3 -5 11 -6 -6 -4 -5 -4 -5 -4 -5 -5 0 -4 0 0 3 0 1 1 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 2.86 1.50 5 E -2 -3 -1 -1 -4 0 4 -5 0 0 -3 1 -1 -1 -4 1 -1 -3 -3 2 2 1 2 2 0 3 33 0 2 6 1 10 2 3 1 9 4 0 1 18 0.49 1.55 6 L -2 -4 -5 -4 -4 -3 -5 -5 -5 -1 6 -5 3 0 -6 -3 -3 -1 -1 -2 3 1 1 1 0 1 0 1 0 1 76 0 7 3 0 1 1 1 2 0 1.21 1.53 7 V -1 -3 -5 -3 -4 1 -5 -4 -3 1 -2 -1 0 -4 -5 -3 -3 -6 -4 7 4 1 0 1 0 7 0 1 1 4 0 4 2 0 0 1 0 0 0 75 1.25 1.54 8 P -3 -5 -2 -3 -6 -4 -4 -5 -5 -5 -2 -2 -5 -1 8 -2 -4 -6 -5 -5 1 0 2 1 0 0 0 0 0 0 5 2 0 3 84 3 0 0 0 0 2.32 1.56 9 K -3 1 -3 0 -6 1 4 -5 0 -6 -4 5 -3 -6 0 -3 -2 -6 -5 -4 1 7 1 5 0 4 29 0 2 0 1 42 1 0 5 0 2 0 0 1 0.99 1.62 10 H -2 -4 -1 -4 -6 -2 -3 -5 10 -4 -4 -4 -2 -1 -5 -4 -4 -5 1 -4 3 0 1 0 0 1 0 0 83 1 1 0 1 3 0 0 1 0 4 1 2.51 1.64 11 I -3 2 -2 -2 -5 2 4 -4 0 2 -3 -1 -2 -2 -4 -1 2 -2 -1 2 1 10 1 1 0 8 25 1 2 11 2 4 1 1 0 3 14 1 3 13 0.42 1.58 12 R -3 -2 -5 -5 -4 -3 -5 -5 -5 4 2 0 -1 -3 0 -4 -2 -5 -2 4 2 2 0 0 0 1 0 0 0 25 19 6 1 0 5 0 2 0 1 30 0.66 1.56 13 L -4 -5 -5 -5 -4 -3 -2 -6 -2 2 5 -5 5 -2 -5 -5 -4 -4 -4 1 0 0 0 0 0 1 3 0 1 10 57 0 12 1 0 0 0 0 0 7 0.99 1.59 14 S -1 -3 0 2 -4 -1 0 -3 -4 -4 -4 -2 -4 -5 1 4 4 -5 -1 -4 4 1 5 10 0 2 6 1 0 0 1 1 0 0 6 29 26 0 2 0 0.59 1.59 15 S -1 0 0 2 -5 -1 3 -3 -2 -2 -3 2 -3 -1 3 -2 -1 -5 -2 -1 6 4 4 13 0 2 17 2 1 2 3 12 1 3 15 2 3 0 1 4 0.29 1.59 16 D -1 -2 -2 3 -3 0 6 -2 -3 -4 -4 0 0 -5 -3 -1 -1 -5 -5 -3 4 1 1 13 1 3 47 2 0 1 2 6 3 0 1 3 4 0 0 1 0.73 1.59 17 E -2 -3 -2 1 -5 1 7 -4 -3 -4 -5 -2 -4 -5 -4 -2 -2 -2 -5 -3 4 0 1 5 0 4 69 1 0 1 0 1 0 0 0 1 2 1 0 1 1.26 1.59 18 K 2 -1 -4 -4 -4 -2 -1 -3 -2 0 -1 5 -1 -5 -4 -1 -2 -5 -4 1 14 2 0 0 0 1 4 2 1 4 6 41 1 0 0 3 2 0 0 10 0.55 1.59 19 R 0 1 -2 0 -1 1 3 -4 -2 -2 -3 4 -3 -4 -2 -2 -2 -5 -2 -2 9 6 2 6 1 6 19 1 1 3 2 25 1 1 2 2 2 0 2 4 0.36 1.59 20 E -1 0 -1 -1 -1 2 4 -3 -1 -3 -2 3 1 -3 -4 0 0 -5 -4 -2 5 4 3 3 1 7 27 2 1 1 4 16 3 1 0 5 6 0 0 3 0.34 1.61 21 L -2 -5 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 2 4 -2 1 1 -2 -5 -2 -5 -4 3 2 0 0 0 0 0 2 3 0 11 42 2 3 6 2 0 2 0 0 17 0.62 1.61 22 L -2 -4 -5 -5 -4 -1 -4 -5 -4 1 5 -1 2 1 -5 -2 -4 -4 0 0 3 0 0 0 0 3 0 0 0 6 51 5 4 6 0 3 0 0 4 5 0.64 1.56 23 K -1 1 2 1 -5 1 1 -2 0 -4 -2 4 0 -5 -4 0 -1 -5 -4 -2 6 6 8 7 0 5 9 3 2 0 4 28 2 0 0 6 4 0 0 3 0.33 1.56 24 R -2 4 -1 0 0 1 1 -3 0 -2 -3 3 -1 -1 -1 -1 -1 -5 -4 -2 3 20 3 5 2 5 9 2 2 2 2 19 2 3 3 3 5 0 0 2 0.29 1.56 25 Y -2 -1 -2 -5 -5 -4 -2 -5 1 -1 1 -2 0 2 -2 -4 -2 2 8 -3 3 3 2 0 0 0 3 0 3 4 12 2 2 6 2 0 2 2 47 0 1.00 1.53 26 R 0 1 1 0 3 1 0 0 3 -4 -1 0 -4 1 -4 0 0 -4 2 -4 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 0 6 0 6 6 0 6 0 0.13 1.67 27 L 0 -4 -5 -5 2 -4 -4 -5 1 5 2 -4 1 -3 -5 -2 0 -4 0 3 7 0 0 0 4 0 0 1 4 30 20 0 3 0 0 4 5 0 4 17 0.61 1.41 28 K -2 0 -1 1 -5 1 3 -2 1 -2 -5 4 0 -5 0 0 0 -5 -4 -2 3 4 3 7 0 4 21 3 3 2 0 27 2 0 5 6 5 0 0 3 0.47 1.46 29 E -1 2 -4 1 -5 -1 3 -2 -4 0 -1 1 0 1 3 -2 -1 -5 -1 -1 5 9 0 8 0 2 16 3 0 6 7 10 2 6 12 3 3 0 2 5 0.25 1.71 30 S -2 -1 0 2 -5 0 2 -2 1 -1 -4 0 0 -1 0 0 2 2 1 0 4 3 5 12 0 4 11 4 3 3 1 6 3 3 4 7 11 3 5 8 0.18 1.73 31 Q 0 1 1 1 -5 1 0 -4 3 -3 -1 0 3 1 -4 0 0 -4 2 0 7 7 7 7 0 7 7 0 6 0 7 7 6 6 0 7 7 0 6 7 0.19 1.56 32 L -2 -3 -3 -4 5 -3 -3 -4 -3 2 1 -3 4 3 -3 -2 2 -3 -2 2 1 1 1 1 13 1 1 1 0 13 14 1 13 13 1 1 13 0 0 13 0.48 0.68 33 P -1 -3 -4 -3 -4 -3 -3 -2 -4 -4 -4 0 0 -5 8 -3 -3 -5 -4 -4 4 1 1 1 0 1 1 3 0 1 1 6 2 0 73 1 1 0 0 1 1.82 1.18 34 R -3 5 -2 0 -2 1 -2 -3 -1 -3 -2 4 -2 -4 -2 -2 -3 2 0 -3 1 35 1 6 1 5 2 1 1 2 5 24 1 0 2 1 1 3 3 1 0.65 1.22 35 I -4 -5 -5 -5 -4 -2 -5 -5 -5 7 1 -4 5 -2 -5 -4 -3 -4 -1 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 63 10 0 16 0 0 0 0 0 2 2 1.27 1.25 36 Q -3 -1 -1 -4 -4 5 -1 -3 -1 -3 3 1 0 0 -1 1 -1 -4 -1 -2 0 3 3 0 0 24 4 1 1 0 26 8 2 4 3 12 3 0 2 1 0.42 1.27 37 R 1 2 -2 -1 -5 1 2 -4 -1 2 -2 2 -1 -3 -2 0 -1 -2 0 1 12 11 1 3 0 7 12 1 2 11 4 12 1 1 2 6 3 1 3 9 0.20 1.33 38 A -1 0 1 2 2 -2 -2 1 -1 -3 -3 0 -2 -1 -4 3 3 -5 -4 -3 3 4 7 11 5 1 1 9 1 1 1 5 1 3 0 20 22 0 0 2 0.35 1.30 39 D 0 -4 0 7 -6 0 1 -4 -4 -5 -6 -3 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -5 7 0 3 77 0 4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.66 1.30 40 P 0 -3 -4 -1 -5 -2 -1 -3 -4 -3 -5 -2 -1 -5 8 -2 -2 -6 -5 -3 9 1 0 3 0 1 3 1 0 1 0 1 2 0 72 2 1 0 0 1 1.81 1.28 41 V 1 -4 -4 -5 -1 -2 -4 -3 -5 3 -1 -1 2 1 -3 -3 -2 -4 -3 5 12 0 0 0 1 2 0 1 0 17 3 5 5 6 1 1 2 0 0 43 0.67 1.23 42 A 5 -4 -2 -4 1 -4 -4 -3 -4 1 -2 -4 -1 -4 0 1 -1 -5 -4 2 46 0 1 0 2 0 0 1 0 9 3 0 1 0 5 11 3 0 0 16 0.64 1.26 43 L -3 6 -3 -4 -2 1 -1 -4 1 -2 0 3 -2 -3 -5 -2 -3 -5 -4 0 1 43 1 0 1 6 2 1 4 2 12 18 1 1 0 2 1 0 0 6 0.80 1.32 44 Y -1 -2 -4 -2 -3 -2 -1 -3 -1 -3 -3 -2 -4 1 1 -2 -3 4 8 -2 6 2 1 2 0 2 5 2 1 1 2 2 0 3 6 3 1 5 55 2 1.16 1.42 45 L -3 -5 -4 -1 -1 -4 -3 -5 -2 3 3 -4 -1 4 -1 -4 -3 -3 5 -1 1 0 1 4 1 1 1 1 1 14 26 1 1 18 4 1 1 0 22 2 0.74 1.42 46 G -1 -3 1 0 -4 -3 1 4 2 -4 -2 1 -4 0 0 -1 -3 3 -3 -4 5 0 7 6 0 0 10 33 6 0 5 8 0 4 5 5 0 4 0 1 0.47 1.18 47 L 2 0 -4 -4 -4 -4 -4 -1 -4 2 2 -4 2 1 0 -3 -3 3 2 0 19 5 0 0 0 0 1 5 0 13 21 0 5 7 5 1 0 4 7 5 0.36 1.18 48 K -2 2 0 -1 -5 1 3 -2 0 -2 -3 4 0 -5 -1 -1 -1 -5 -4 -1 3 11 3 3 0 5 16 3 2 3 3 28 2 0 3 5 4 0 0 4 0.42 1.34 49 R -1 4 -3 -2 -1 0 0 -4 0 0 -3 2 -3 -4 4 -1 -1 -5 0 0 4 27 0 2 2 3 6 1 2 5 2 11 0 0 18 4 3 0 3 6 0.51 1.34 50 G -2 -2 1 -1 0 -2 -4 6 -4 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -2 2 2 5 4 2 2 0 72 0 0 1 2 0 0 0 2 0 0 0 3 1.32 1.34 51 E 0 1 1 1 -4 1 0 0 3 -3 -1 1 3 -4 -4 0 1 -5 -4 0 7 7 7 7 0 7 7 7 7 0 7 7 7 0 0 7 7 0 0 7 0.19 1.45 52 V -3 1 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -4 3 0 -4 3 1 -5 -4 0 -4 2 5 0 10 0 0 0 0 0 0 0 18 8 0 7 6 0 0 6 0 6 39 0.72 1.17 53 V -3 -5 -5 -5 0 -4 -5 -6 -5 4 1 -5 2 0 -5 -4 1 -4 -1 5 0 0 0 0 2 0 0 0 0 26 11 0 4 4 0 0 10 0 2 42 0.82 1.02 54 K -1 3 -3 -3 -5 0 1 -4 3 -4 0 5 0 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -4 4 16 0 0 0 3 9 0 9 0 10 46 2 0 0 0 0 0 0 0 0.81 1.02 55 I -2 -5 -5 -6 0 -5 -5 -6 -5 7 1 -5 -1 -1 -5 -4 -1 -4 -1 2 3 0 0 0 2 0 0 0 0 68 10 0 0 2 0 0 4 0 3 9 1.13 1.02 56 I -1 -1 -2 -2 4 -2 -1 -5 -1 3 -1 -1 1 -4 -4 0 3 -5 -1 1 3 4 1 1 10 1 5 0 2 21 4 4 3 0 0 6 23 0 2 9 0.38 1.02 57 R -2 7 2 -3 -6 0 -2 -1 0 -5 -5 0 -4 -4 -4 -3 -3 -4 3 -5 2 67 11 0 0 2 0 4 2 0 0 2 0 0 0 0 0 0 10 0 1.25 1.02 58 K -2 0 2 1 0 -1 -1 -3 5 -3 -4 3 -2 -3 3 1 0 -5 -1 -3 2 5 10 9 2 1 3 1 14 1 1 18 1 1 14 9 6 0 1 1 0.44 1.12 59 S -2 -2 -1 0 -4 -3 -1 1 -4 -4 -1 -2 -3 -5 -4 6 -1 -5 -4 -2 0 1 1 6 0 0 2 10 0 0 8 1 0 0 0 64 2 0 0 3 0.86 1.17 60 E -2 1 -3 0 -5 0 5 1 -1 -4 -4 0 0 -2 3 -2 -3 -5 -3 -3 2 7 0 3 0 4 44 10 1 1 1 4 2 2 14 1 1 0 1 1 0.69 1.17 61 T -2 -4 0 -3 -4 -2 -2 -3 -4 1 -1 -3 0 -2 -2 1 6 -1 -4 0 1 0 3 1 0 2 2 2 0 7 6 0 3 2 2 10 53 1 0 5 0.75 1.22 62 S 5 -3 -3 -4 -1 -3 -3 0 -4 -2 -2 -3 -1 0 -4 1 2 -4 -2 0 47 1 0 0 1 0 0 5 0 2 3 0 1 4 0 10 15 0 1 8 0.62 1.21 63 G -3 1 -1 1 -5 -1 1 6 -4 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -2 -3 -5 -5 -3 0 7 2 7 0 2 10 56 0 2 2 4 1 1 0 1 1 0 0 1 0.91 1.23 64 R -2 4 -1 -1 -5 0 2 -3 2 -2 -3 1 1 0 0 0 1 -5 -2 -1 2 23 3 2 0 3 16 1 5 3 2 6 3 5 5 7 8 0 1 4 0.34 1.31 65 Y 1 0 -1 -3 -5 -3 -3 -2 4 -3 -1 -4 -3 2 -5 1 0 -3 6 -2 12 6 2 1 0 0 1 3 9 1 6 0 0 8 0 13 7 0 28 3 0.59 1.33 66 A -1 -3 -3 -1 -3 -3 1 -1 0 3 -1 -1 -1 -2 -5 -3 -1 -5 -1 5 5 1 1 3 0 1 9 6 3 15 5 4 1 1 0 2 2 0 2 41 0.51 1.37 67 S 0 -4 -2 -3 -4 -2 -3 -4 -3 -2 -3 -4 2 0 -4 3 4 -4 4 1 7 0 1 1 0 1 1 0 0 2 1 0 5 4 0 20 31 0 18 9 0.67 1.33 68 Y -5 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -6 0 -2 -1 -5 -3 1 -6 -5 -4 1 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 6 0 0 3 0 0 0 1 87 0 2.29 1.33 69 R -4 8 -2 -4 -6 -1 -3 -5 -1 -6 -5 0 -4 -6 -5 -3 -4 -6 -4 -5 0 95 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2.11 1.28 70 I -3 -2 -5 -6 5 0 -5 -6 0 3 3 -3 -1 0 -5 -4 -3 0 4 2 1 3 0 0 13 5 0 0 2 14 29 2 1 4 0 0 1 1 13 13 0.67 1.28 71 C -1 -5 -5 -6 5 -5 -5 -6 -6 2 -2 -5 -2 -2 -5 -4 -2 -5 -4 6 5 0 0 0 13 0 0 0 0 8 0 0 0 1 0 0 1 0 0 72 1.33 1.20 72 M -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 -1 -5 2 1 -5 -4 -3 5 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0 0 6 5 0 0 0 8 0 55 1.18 1.10 K Lambda Standard Ungapped 0.1376 0.3218 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1810 0.3187 PSI Gapped 0.0554 0.2670