Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 4 -4 -3 -3 -3 -3 -3 5 -4 -4 -4 -3 -4 -5 2 -1 1 -5 -4 -3 39 0 0 0 0 0 0 44 0 0 0 0 0 0 10 0 8 0 0 0 0.86 0.63 2 E -3 -2 -1 5 -6 2 6 -4 1 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -5 0 0 0 31 0 6 57 0 4 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.17 0.75 3 A 3 0 0 -4 -4 -1 -4 0 -2 -1 -3 -3 0 1 -2 -2 -3 -2 6 2 25 6 4 0 0 2 0 8 0 3 0 0 2 4 2 1 0 0 28 15 0.52 0.91 4 S 0 -1 -2 0 -1 -2 -2 -1 0 -5 -5 -1 -4 -5 -3 6 1 -5 -4 -3 4 3 0 4 1 0 0 3 2 0 0 3 0 0 0 73 6 0 0 1 1.01 1.01 5 A 4 -4 -4 -4 3 -3 -3 -3 2 -3 -4 0 -3 -3 -4 0 2 -4 3 1 43 0 0 0 6 0 0 0 5 0 0 6 0 0 0 4 16 0 9 12 0.62 1.03 6 D -4 -3 -2 6 -6 1 6 -4 -3 -6 -6 0 -5 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -5 0 0 0 42 0 5 48 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1.37 1.06 7 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 -1 6 -5 1 4 -6 -5 -4 -3 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 77 0 2 20 0 0 0 0 0 0 1.35 1.10 8 R 0 -2 -2 -1 3 0 -2 -2 1 0 -3 0 -1 -5 1 2 4 -5 -3 -2 5 2 1 3 7 4 2 3 3 6 2 5 1 0 7 19 28 0 1 2 0.38 1.16 9 A 1 -4 2 -3 -4 -2 -3 -1 2 -1 -4 -3 1 -5 3 4 2 -5 -3 -1 9 0 11 0 0 1 0 3 4 3 0 0 4 0 12 34 12 0 1 5 0.54 1.13 10 D 0 -1 -2 4 -5 0 5 -1 2 -4 -2 -2 0 -5 -3 -2 -2 -5 -1 -2 9 3 0 22 0 3 37 6 5 0 4 0 3 0 1 1 1 0 2 2 0.63 1.12 11 A 1 -4 -2 3 -5 -3 1 5 -4 -4 -5 -3 -2 -1 -1 -1 -2 -5 0 -2 11 0 1 16 0 0 10 38 0 1 0 0 1 4 3 4 3 0 3 4 0.58 1.12 12 M -2 -4 -1 2 -4 -2 -3 -2 1 4 0 -4 2 1 -4 0 1 -4 -1 1 3 0 3 14 0 1 0 3 4 25 9 0 6 7 0 6 9 0 2 7 0.34 1.11 13 A 1 -2 1 0 -4 -1 0 -3 0 1 2 -3 2 -1 -4 -1 -1 -5 -1 3 12 2 6 5 0 2 6 1 2 6 18 0 5 2 0 5 4 0 2 18 0.20 1.12 14 K 0 -2 5 4 -5 -1 0 -1 -1 -3 -5 0 0 -5 -4 0 -1 -6 -4 0 8 1 31 20 0 2 5 4 1 1 0 6 2 0 0 6 4 0 0 7 0.58 1.12 15 D -3 -3 1 6 -5 3 -2 -4 3 -4 0 -3 -4 -5 3 -2 -1 -5 -4 -2 2 0 6 40 0 13 0 0 8 0 11 0 0 0 12 1 4 0 0 3 0.75 1.12 16 R -3 6 0 -3 2 3 0 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -5 -1 -2 -3 -5 -4 -1 0 46 5 0 4 14 6 4 2 2 8 0 0 0 3 2 0 0 0 4 0.73 1.10 17 S -3 1 1 2 -4 -1 0 -4 -1 1 0 -1 -3 -4 2 3 -2 1 -4 -2 0 6 7 12 0 2 4 0 2 9 9 4 0 0 11 28 1 2 0 3 0.34 1.12 18 E -4 -3 -3 0 -6 -1 7 -5 -3 -5 -2 0 1 -5 -4 -3 -3 -6 -5 -3 0 0 0 3 0 0 82 0 0 0 4 3 5 0 0 0 0 0 0 2 1.48 1.15 19 E -4 1 0 0 -6 0 5 -5 -3 -3 -2 4 0 -5 0 -3 -3 -5 0 -3 0 7 3 4 0 2 42 0 0 2 5 25 2 0 4 0 0 0 3 2 0.76 1.15 20 E -4 -2 0 3 -6 2 5 -3 -3 -5 -1 1 -4 -5 -4 0 -2 -6 -5 -5 0 1 4 17 0 7 42 1 0 0 7 8 0 0 0 6 2 0 0 0 0.74 1.22 21 R -4 8 -3 -4 -6 1 -3 -5 -3 -2 -4 1 -4 -5 -5 -3 -4 -5 0 -5 0 78 0 0 0 5 0 0 0 3 0 5 0 0 0 0 0 0 3 0 1.55 1.19 22 T -3 0 -2 -1 -4 3 0 -2 -3 2 -1 -2 2 -3 -4 -1 1 -4 1 3 0 6 1 3 0 14 6 3 0 11 4 1 5 0 0 5 8 0 5 20 0.21 1.17 23 T 0 -3 -1 1 -4 -1 2 -4 0 -4 -1 -3 -3 -4 0 2 5 -5 -4 -3 7 0 2 9 0 1 11 0 2 0 6 0 0 0 5 13 35 0 0 0 0.48 1.18 24 E 1 -3 -1 -3 1 3 4 -4 1 -1 -3 0 1 -2 -4 -3 -3 -3 4 -2 11 0 3 0 3 15 24 0 3 4 2 5 3 1 0 0 0 0 16 2 0.44 1.18 25 A 2 0 0 -4 -4 1 -1 -4 -4 1 2 -3 3 -3 -4 -3 1 1 1 -1 21 4 5 0 0 7 3 0 0 8 18 0 7 0 0 0 9 2 6 4 0.24 1.18 26 E -1 0 -3 1 -4 1 5 -2 1 -4 -4 -2 0 -5 -4 1 -2 -5 -4 1 6 5 0 8 0 5 35 3 3 0 0 1 2 0 0 10 2 0 0 12 0.44 1.18 27 K -3 3 -2 -3 -4 0 -2 0 -3 -4 -4 6 -3 -4 -3 0 1 -4 -4 -1 1 12 0 1 0 4 1 6 0 1 1 47 0 0 1 5 10 0 0 5 0.68 1.12 28 N -3 -3 5 4 -4 1 -2 -3 3 -4 -4 -2 -4 -4 -3 2 0 -5 -4 -4 1 0 30 21 0 5 1 1 7 0 1 0 0 0 0 14 6 0 0 1 0.66 1.05 29 E -3 1 -2 1 -4 3 2 -4 1 0 -2 3 -3 -4 0 0 -3 -4 -3 -1 1 7 0 7 0 11 12 1 3 6 4 17 0 0 5 8 1 0 0 5 0.20 1.03 30 R -1 4 1 0 -4 0 0 -3 5 -4 -4 0 -3 -4 0 1 -1 -4 -3 -4 5 24 5 6 0 4 6 1 14 0 1 4 0 0 4 12 4 0 0 1 0.40 1.05 31 V -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 1 2 4 -4 2 -2 -4 -3 -3 -3 0 3 1 1 1 1 0 1 1 1 4 9 42 1 4 1 1 1 1 0 3 18 0.48 0.96 32 Q 0 3 -2 -3 -4 6 1 -3 0 -4 -4 2 0 -4 -3 0 -3 -4 -3 -4 9 17 0 0 0 33 7 1 2 0 1 9 2 0 0 6 0 0 0 1 0.55 1.04 33 K 0 2 0 -1 -4 3 2 -3 2 -4 -4 3 -3 -4 0 -1 0 -4 -3 -2 9 9 4 3 0 13 12 1 4 0 1 16 0 0 5 4 7 0 0 2 0.25 1.04 34 H 0 1 -2 -3 -4 6 -1 -3 3 -4 -4 2 2 -4 -3 1 -3 -4 -3 -4 8 7 0 0 0 34 1 1 6 0 1 14 5 0 0 9 0 0 0 1 0.53 1.02 35 L -1 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -5 -4 1 5 -4 3 1 -4 -4 -3 5 -3 -2 5 0 0 0 0 0 1 1 0 5 57 0 6 5 0 1 0 7 0 1 0.77 1.12 36 K 0 2 -3 0 -5 2 1 -4 2 0 0 3 2 -4 0 -3 -1 -5 -4 -3 8 12 0 5 0 10 7 0 4 6 9 15 6 0 4 0 5 0 0 0 0.23 1.36 37 A 0 -3 1 1 -4 1 1 -4 -4 1 0 1 3 -4 -4 0 1 -5 -4 0 8 0 7 8 0 7 8 1 0 8 8 8 7 0 0 8 8 0 0 8 0.13 1.34 38 L -3 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 3 1 5 -4 3 0 -4 -4 -3 -3 -3 -2 1 1 0 1 0 0 1 1 6 5 59 1 7 4 1 1 1 0 0 1 0.71 1.06 39 T -1 3 -1 -3 -4 0 -2 0 1 -2 -1 3 -3 -4 -3 1 1 -4 -3 -3 3 16 2 0 0 3 1 6 4 3 7 21 0 0 0 11 9 0 0 1 0.24 1.07 40 S 0 0 4 0 1 0 -1 -1 1 -4 -2 -1 1 -1 -4 0 2 -4 -3 -4 6 4 18 4 3 5 4 4 3 0 4 4 4 3 0 7 11 0 0 0 0.12 1.15 41 E -3 -2 -2 4 -5 2 5 -4 -2 -4 -4 1 -4 -4 -3 -3 -3 -4 2 -4 1 1 0 24 0 8 33 1 0 1 1 8 0 0 1 1 1 0 8 1 0.68 1.10 42 L -4 -4 -1 -4 -4 -4 -4 -5 -4 3 4 -3 0 0 -4 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 4 0 0 0 0 0 0 18 47 2 1 2 0 0 0 0 0 0 0.47 1.06 43 A 1 0 -1 0 -4 -2 3 -3 -3 -2 0 -3 0 -1 -4 1 -2 -4 -4 0 11 5 2 5 0 0 17 1 0 2 10 0 2 2 0 12 1 0 0 6 -0.01 1.08 44 N 0 -3 -1 0 -4 2 -1 0 -4 -3 -2 -1 -3 -4 3 1 -3 -5 -4 1 7 0 2 4 0 9 3 8 0 1 3 3 0 0 15 12 0 0 0 9 0.06 1.08 45 A 2 -3 -3 -4 -3 -3 -2 -3 0 -1 2 0 1 -3 -3 -1 -1 -4 -3 1 19 0 0 0 0 0 3 1 2 2 21 7 3 0 0 3 3 0 0 8 0.04 1.02 46 R -3 5 -3 -3 -5 2 -2 -4 -3 -5 -4 5 -1 -5 -3 -3 -3 0 -4 -4 0 31 0 0 0 7 0 0 0 0 0 31 2 0 1 0 0 2 0 0 0.62 1.08 47 D -3 -2 2 4 -4 0 -2 -2 -4 1 -3 -1 -1 -4 -4 -3 -3 -5 -4 2 0 2 8 27 0 5 1 2 0 9 0 3 1 0 0 0 0 0 0 17 0.24 1.09 48 E -1 -1 -2 1 -4 3 2 -1 -3 -4 -1 -2 -3 -4 1 -3 0 -5 -4 -1 4 3 1 6 0 14 14 4 0 0 7 1 0 0 6 0 6 0 0 4 -0.00 1.08 49 S -3 -1 3 2 -5 1 3 -1 3 -5 -5 -2 -4 -5 -4 1 2 -5 -4 -4 1 2 14 9 0 6 23 4 7 0 0 1 0 0 0 12 14 0 0 0 0.46 1.09 50 K -2 2 1 -3 -5 2 -1 -4 -3 -4 -3 6 1 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -4 3 7 6 0 0 9 2 0 0 0 2 53 4 0 0 2 3 0 0 0 0.76 1.05 51 K -2 0 -3 -2 -4 5 0 -4 -3 -2 -1 2 4 -4 -4 1 -1 -5 -4 -1 3 5 0 2 0 30 3 0 0 1 5 12 12 0 0 12 4 0 0 5 0.46 1.07 52 T -2 -1 -2 -2 1 2 -2 -3 -4 -3 -4 -2 -3 -5 -4 2 6 -5 -4 -1 0 3 1 2 3 9 2 1 0 0 0 1 0 0 0 12 53 0 0 5 0.74 1.07 53 A 2 0 0 1 -5 3 2 -2 3 -5 -3 1 -1 -5 2 -1 -1 -5 -4 -3 15 3 3 8 0 12 10 3 7 0 2 9 2 0 9 4 3 0 0 1 0.25 1.07 54 N -4 -3 5 -3 -4 1 0 -4 1 1 2 -3 3 1 -5 -3 -3 1 1 -2 0 0 30 0 0 6 5 0 3 8 19 0 7 7 0 0 0 2 4 2 0.45 1.01 55 D -4 -4 -1 7 -5 -3 -1 -4 2 -5 -5 -3 -5 -5 -4 0 -3 -6 -5 -1 0 0 0 75 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 5 1.39 1.01 56 M -1 3 -2 -2 -5 4 -1 -4 3 3 0 1 1 -4 -4 -3 -2 -5 -4 0 4 15 1 2 0 21 2 1 7 19 9 7 3 0 0 0 1 0 0 6 0.44 1.04 57 I -4 -1 -5 1 -4 -1 -4 -6 -1 5 3 -4 1 -1 1 -4 -3 -5 -1 -1 0 3 0 8 0 4 0 0 2 36 31 0 3 2 8 0 0 0 2 0 0.65 1.01 58 H -4 -3 -1 -4 2 -2 -3 -1 10 -5 -5 -3 -4 -2 -5 0 -4 -3 5 -5 0 0 2 0 5 0 0 4 67 0 0 0 0 0 0 6 0 0 17 0 1.76 1.01 59 A 1 2 2 1 -5 0 5 -4 -3 -3 -2 -1 0 -5 -4 -1 0 -5 -4 -4 15 11 8 6 0 2 37 0 0 2 5 3 3 0 0 3 5 0 0 0 0.53 1.01 60 E -1 -3 -1 3 -5 3 5 -3 -3 -3 -3 -1 -4 -5 -4 -1 -2 -5 0 -3 5 0 2 17 0 15 45 1 0 1 2 1 0 0 0 4 2 0 4 2 0.79 1.01 61 N -3 -3 7 -2 -5 2 -2 2 -2 -2 -3 -1 -1 -5 -4 -1 -3 -6 -5 -5 0 0 64 0 0 11 0 13 0 2 2 3 2 0 0 2 0 0 0 0 1.20 1.01 62 M -1 -1 -4 -4 -3 1 -1 -4 -4 2 1 0 3 -3 -4 -1 -1 -4 -3 5 5 3 0 0 0 6 3 1 0 10 10 6 8 0 0 4 2 0 0 42 0.50 0.93 63 R 0 5 -1 1 -5 2 0 -3 -3 -4 -1 3 -3 -4 -4 0 -3 0 -4 -2 7 35 2 9 0 8 4 2 0 0 8 14 0 0 0 6 0 2 0 2 0.54 0.97 64 L 3 1 0 -3 -4 3 0 -4 4 -4 0 2 0 -4 -4 -1 -2 -5 -3 -3 25 7 5 0 0 13 7 0 11 0 10 13 2 0 0 4 1 0 0 1 0.42 1.01 65 G -2 -5 -3 -4 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -5 1 -4 -5 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 1.85 1.01 66 R 0 1 1 1 -5 -3 1 0 3 1 0 1 3 -5 1 -3 -4 -6 -4 0 8 8 8 8 0 0 8 8 8 8 8 8 8 0 8 0 0 0 0 8 0.22 1.33 67 D -3 -3 3 7 -5 -2 1 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 -3 -2 1 -6 -4 -1 0 0 12 65 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 7 1.06 0.60 68 K -2 3 -2 -2 -5 0 -1 -3 -2 -5 -4 7 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 88 0 0 0 0 0 0 0 0 1.27 0.60 69 Y -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 4 -2 -1 -4 -2 3 -5 -3 -3 0 8 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 4 0 0 10 0 0 0 0 73 4 1.43 0.60 70 K 1 2 -2 1 -4 3 -1 -3 -2 -4 -4 5 -3 -5 -3 2 -1 -5 -4 -4 11 7 0 7 0 13 0 0 0 0 0 41 0 0 0 18 2 0 0 0 0.59 0.60 71 T 0 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -2 1 -4 -3 1 7 -4 -3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 7 84 0 0 0 1.09 0.60 72 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -4 1 5 -4 3 -1 -5 -4 -3 -3 2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 79 0 6 0 0 0 0 0 9 0 0.96 0.60 73 R -2 6 2 -3 -5 1 -1 -4 0 -5 -4 3 -3 -4 -4 -1 -2 3 -3 -4 2 55 9 0 0 6 0 0 2 0 0 19 0 0 0 3 0 4 0 0 0.93 0.60 74 Q -1 2 0 -1 -5 5 1 -3 1 -4 -2 5 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 4 11 4 2 0 31 4 0 3 0 3 38 0 0 0 0 0 0 0 0 0.72 0.59 75 I 1 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -5 6 0 -4 -1 -2 -4 -1 1 -4 -3 1 13 0 0 0 0 0 0 0 0 62 5 0 0 0 0 4 11 0 0 5 0.72 0.60 76 R -2 6 -2 -3 -5 2 -1 -2 0 -4 -4 4 -3 -5 -3 -2 1 -5 -3 -4 2 50 0 0 0 9 0 2 2 0 0 22 0 0 0 0 12 0 0 0 0.86 0.61 77 Q 1 1 -2 -2 -1 5 1 -2 1 -4 -3 1 -1 -5 -3 2 0 -4 -3 -3 12 6 0 0 1 34 8 1 4 0 1 8 1 0 0 20 4 0 0 0 0.55 0.65 78 G 0 -4 -2 -1 -4 -3 -4 7 -4 -6 -5 -3 -4 -5 -4 1 -3 -5 -5 -5 4 0 0 2 0 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 1.46 0.65 79 N 0 -2 6 1 -4 -2 -2 -2 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -3 2 2 -5 -4 -4 8 0 52 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 15 0 0 0 0.89 0.65 80 T 1 -3 -1 -3 -3 -2 -3 -3 -4 -2 -2 -2 -2 -4 1 0 7 -4 -4 -1 11 0 2 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 6 2 76 0 0 1 0.98 0.65 81 K -3 3 0 -2 -5 0 1 -3 0 -4 -4 6 -1 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -1 0 11 3 0 0 1 6 1 2 0 0 67 2 0 0 1 0 0 0 5 0.89 0.65 82 Q 2 3 -2 -1 -1 5 -1 -3 1 -3 -3 1 -3 -4 -3 2 -1 -4 -2 -3 15 17 0 2 2 33 0 0 3 1 2 6 0 0 0 16 3 0 1 0 0.54 0.65 83 R -3 8 -2 -3 1 -1 -2 -4 2 -5 -4 1 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -3 -4 0 91 0 0 3 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.53 0.65 84 I -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 1 -4 2 0 -4 -4 0 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 7 0 5 2 0 0 4 0 0 49 0.84 0.64 85 D 2 -3 0 5 2 1 3 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -5 -3 -1 0 -5 -4 -3 20 0 4 35 5 6 23 0 0 0 3 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0.64 0.63 86 E -2 -2 -3 -1 -4 3 4 -4 -2 -2 -2 -1 2 4 -4 -2 -1 -3 2 0 1 1 0 2 0 16 29 0 0 0 2 3 7 24 0 0 2 0 5 9 0.50 0.63 87 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -3 -2 0 -5 -1 8 -6 -4 -4 -1 3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 88 0 0 0 0 6 0 1.64 0.63 88 E -3 -1 -2 1 -6 1 7 -4 -2 -5 -5 2 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 3 0 4 81 0 0 0 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