Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G 2 -5 -4 -5 -5 -5 -5 7 -5 -7 -7 -5 -6 -6 -5 -3 -4 -6 -6 -6 17 0 0 0 0 0 0 83 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.94 1.66 2 R -5 8 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -1 -6 -5 2 -3 -4 -4 -3 -4 -2 -4 -6 0 83 0 0 1 1 0 0 1 0 0 9 0 1 0 1 0 1 0 0 2.03 1.84 3 K -2 4 0 -4 -4 3 -1 3 -2 -6 -4 4 -3 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -2 3 24 4 0 0 13 2 21 1 0 1 21 0 0 1 2 1 0 0 3 0.76 1.88 4 K -4 3 -3 -4 -6 -1 -2 -4 -4 -4 -6 7 -2 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -6 0 14 1 0 0 1 1 1 0 1 0 76 1 0 0 2 1 0 0 0 1.69 1.89 5 I -3 -3 -4 -6 -5 -5 -5 -6 -6 6 1 -5 0 -2 -5 -4 0 -6 -4 4 2 1 1 0 0 0 1 0 0 46 12 0 2 1 0 1 7 0 0 24 1.08 1.92 6 Q -1 -1 1 0 -4 2 4 -4 -1 -4 -5 3 -2 -5 0 -1 -1 -6 -5 -1 5 2 6 3 0 10 31 1 2 1 1 19 1 0 4 3 4 0 0 5 0.61 1.91 7 I -4 -4 -3 -4 -3 -4 -4 -7 -2 6 3 -5 6 -2 -5 -5 -4 -5 -1 0 0 1 2 1 0 0 1 0 1 42 23 0 21 1 1 0 1 0 2 3 1.19 1.93 8 T 0 2 -2 -3 -3 2 2 -3 -2 -3 -5 6 -3 -6 -5 -1 -1 -3 -5 -2 9 10 1 1 1 8 13 2 1 1 1 42 0 0 0 3 3 0 0 3 0.79 1.93 9 R -4 4 -4 -5 -1 -2 -2 -5 0 -4 1 4 0 1 1 -4 -3 3 3 -4 1 25 0 0 1 1 2 0 2 1 13 22 2 7 7 0 1 3 11 1 0.67 1.94 10 I -4 -3 -2 -5 -5 -6 -5 -7 -6 8 0 -4 1 -3 -6 -5 -3 -6 -5 1 1 2 2 1 0 0 1 0 0 76 6 1 3 1 0 1 1 0 0 6 1.61 1.93 11 M -1 -2 -1 1 -3 1 5 -3 -1 -4 -4 1 -2 -4 0 0 1 -6 -4 -3 4 2 2 7 1 6 41 2 1 1 1 6 1 1 4 7 9 0 1 2 0.65 1.96 12 D -4 -2 7 4 -1 -1 -1 -2 -1 -5 -6 1 -5 -5 -4 0 -2 -7 -3 -5 1 1 49 22 2 2 2 2 1 1 1 8 0 1 1 5 1 0 1 1 1.20 1.92 13 E 0 0 1 3 -3 0 3 -3 -1 -4 -3 3 -2 -3 0 0 0 -2 -3 -3 6 5 6 13 0 3 18 2 1 1 2 18 1 1 5 6 5 1 1 2 0.37 1.89 14 R -1 3 2 0 -1 -1 0 -3 -2 0 -3 2 -2 -4 -2 2 2 -6 -3 -1 4 15 9 5 1 2 5 2 1 5 2 11 1 1 2 17 13 0 1 4 0.31 1.88 15 N 2 0 4 -1 -2 0 -1 -3 -1 -3 -4 1 -2 -3 -3 3 1 -6 -3 -2 18 4 18 4 1 3 3 2 2 2 1 9 1 1 1 19 8 0 1 3 0.40 1.86 16 R -4 8 -3 -4 -1 -1 -2 -4 -1 -3 -1 -1 -2 -4 -2 -3 -3 -1 -4 -4 1 72 1 1 1 1 2 1 2 2 7 2 1 1 2 2 1 1 0 1 1.48 1.81 17 Q -1 2 0 -1 -2 5 -1 -3 1 -3 -3 3 1 -4 -2 -1 -1 -2 -1 -3 5 9 5 3 1 29 2 2 3 1 2 19 3 1 2 4 3 1 2 1 0.57 1.80 18 V 2 -1 -1 -3 -2 -2 -2 -3 -2 1 -2 -2 0 -2 -3 0 0 -5 -4 5 15 4 4 1 1 2 2 2 1 8 3 2 2 1 1 6 7 0 0 36 0.46 1.71 19 T -1 -1 -2 -4 1 -4 -4 -3 -2 0 -2 -2 -1 -2 -3 1 6 0 -4 0 5 4 1 0 3 0 0 1 1 5 2 3 1 2 1 9 54 1 0 5 0.86 1.67 20 F -1 -5 -5 -5 0 -2 -5 -3 0 -1 1 -3 -3 7 -1 -3 -4 -2 4 -3 5 0 0 0 2 2 0 2 2 3 11 2 0 49 3 2 0 0 15 0 1.16 1.65 21 T 0 2 1 -1 1 0 -1 -2 0 -3 -2 3 1 -1 -2 3 -1 0 -1 -1 6 9 6 3 3 3 3 2 3 2 3 15 3 2 2 23 4 1 2 5 0.26 1.76 22 K -4 2 0 -4 -5 0 -1 -2 1 -2 -3 6 0 -5 -4 -2 -1 -5 -1 -2 0 11 5 0 0 4 3 3 3 3 3 52 2 0 0 3 3 0 3 3 0.87 1.64 23 R -4 6 0 -4 3 0 -3 -2 1 -1 -2 0 1 0 -5 -1 -4 3 -4 -4 0 45 4 0 5 4 0 4 4 4 5 4 4 4 0 5 0 4 0 0 0.79 1.72 24 K -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 0.12 2.01 25 F 0 0 3 0 -1 0 -1 -2 -1 -2 -2 3 -1 0 -2 2 -1 0 -2 -3 9 4 15 5 1 4 4 3 2 2 4 17 2 4 2 13 4 1 2 2 0.23 1.80 26 G -2 -2 -1 -2 0 -2 -2 6 0 -3 -5 -2 -5 -5 -2 0 -1 1 -1 -1 2 2 3 2 2 2 2 57 2 2 0 2 0 0 2 5 3 2 2 4 0.92 1.65 27 L -1 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -1 -4 3 4 -4 3 1 0 -1 0 -4 1 0 5 0 0 0 0 0 0 5 0 15 37 0 7 5 5 5 5 0 4 6 0.52 1.55 28 M -1 0 0 0 3 1 0 -5 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.15 2.01 29 K -2 1 0 -1 -5 1 0 -2 1 -1 -2 6 -4 -5 0 -1 -1 -5 -4 -2 4 5 4 3 0 6 5 4 3 3 4 43 0 0 4 4 4 0 0 4 0.59 1.62 30 K 0 1 1 0 3 1 0 0 -4 0 -1 0 2 -4 -4 0 0 -5 -4 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 0 0 6 6 0 0 6 0.08 1.67 31 A 0 -4 1 -4 4 -3 0 0 -4 1 0 -4 3 2 1 0 1 -4 -3 0 8 0 7 0 7 0 8 8 0 8 8 0 7 7 8 8 8 0 0 8 0.21 1.34 32 Y -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.07 2.12 33 E 0 1 1 1 -4 1 0 0 3 -4 -1 0 3 -4 -4 0 0 -5 -4 0 7 7 7 7 0 7 7 7 6 0 7 7 6 0 0 7 7 0 0 7 0.11 1.56 34 L 0 -4 -4 -4 -4 1 -4 -4 3 1 0 -4 3 2 1 0 -3 5 2 0 8 0 0 0 0 7 0 1 7 8 8 0 7 7 8 8 0 7 7 8 0.29 1.34 35 S -1 0 1 -4 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 -5 1 0 6 6 5 0 5 5 6 6 5 6 6 6 5 5 0 6 6 0 5 6 0.08 1.89 36 V -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 37 L -1 0 -4 0 3 1 0 -5 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 0 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.11 2.01 38 C 0 0 -4 0 3 -4 -4 0 3 0 -4 -4 -4 1 1 0 0 4 2 0 7 7 0 7 6 0 0 7 6 7 1 0 0 6 7 7 7 6 6 7 0.21 1.56 39 D 0 1 1 0 3 1 0 0 3 -4 -5 0 -4 -4 1 0 0 -5 2 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 1 6 0 0 6 6 6 0 6 6 0.14 1.67 40 C 4 -4 -1 -2 2 -4 -2 -2 -5 1 -2 -4 0 -4 -1 0 0 -5 -4 3 32 0 2 3 4 0 3 3 0 9 3 0 2 0 3 7 5 0 0 17 0.40 1.72 41 E -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 0.06 2.01 42 I 0 -4 1 -4 3 -4 0 0 3 0 -1 -4 2 1 1 0 0 -4 2 0 6 0 6 0 6 0 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0 6 6 0.13 1.67 43 A -1 0 0 0 3 1 0 -1 -4 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.01 44 L -1 -1 -5 -5 1 -4 -5 -2 1 2 3 -5 3 0 0 -1 -1 -5 0 2 5 3 0 0 3 0 0 3 3 12 24 0 8 4 4 4 3 0 3 13 0.34 1.80 45 I -2 -2 -2 -5 1 -4 -3 -3 0 4 2 -2 1 1 -5 -2 -1 -5 -1 3 2 2 2 0 3 0 2 2 2 26 17 2 3 6 0 3 3 0 2 17 0.44 1.80 46 I 0 1 -4 -4 4 -4 -4 0 -4 1 0 -3 3 2 -4 0 1 -4 2 0 8 8 0 0 7 0 0 8 0 8 8 0 7 7 0 8 8 0 7 8 0.19 1.34 47 F -2 -1 -1 -2 1 -1 -1 -2 1 0 -2 -2 0 5 -5 -1 -1 -3 4 0 4 3 3 3 3 3 4 3 3 6 4 3 3 26 0 4 5 0 12 5 0.36 1.68 48 N -1 -2 1 0 1 -1 -2 0 0 -5 -3 -1 0 -1 -1 5 0 -5 -1 -4 3 2 5 4 2 3 2 6 2 0 2 3 2 2 3 44 5 0 2 0 0.51 1.76 49 S -2 -1 1 -1 1 -1 1 -1 0 -2 -3 -1 0 -2 5 1 -1 0 -1 -3 3 3 6 4 3 3 11 4 2 2 3 4 2 2 24 12 3 1 3 2 0.34 1.90 50 S 0 1 1 0 0 -1 -2 0 1 -3 -3 1 -1 -2 -2 2 2 -5 1 -3 9 6 7 6 2 2 3 8 4 1 2 7 2 2 2 14 12 0 4 2 0.15 1.95 51 N -3 -1 2 1 -2 -1 -1 5 0 -4 -4 -1 -5 -3 -2 -1 -2 -1 -3 -4 2 3 11 7 1 2 4 45 2 1 1 4 0 1 2 4 2 1 1 1 0.67 1.98 52 K -2 3 0 -2 -2 0 0 -3 1 -3 -4 6 -2 -4 0 -1 -2 -1 -3 -4 3 13 5 2 1 3 4 2 3 1 2 41 1 1 5 4 3 1 1 1 0.64 2.01 53 L -1 -3 -3 -3 -1 0 -2 -3 -2 0 3 -3 2 2 3 -3 -2 -2 -2 2 5 1 2 2 1 4 3 2 1 4 26 2 5 7 12 2 2 1 1 13 0.29 2.05 54 F -3 -3 -3 -3 -1 -2 -3 -4 4 -1 -3 -3 -1 4 1 -1 -2 1 6 0 2 1 1 1 1 2 1 1 10 3 2 1 1 18 7 4 3 1 28 6 0.74 2.09 55 Q -2 -2 -2 0 -1 2 4 -3 0 -3 -3 -2 -5 -2 -2 2 1 3 -3 -1 4 2 1 5 2 7 29 2 2 1 2 1 0 2 2 14 10 4 1 5 0.42 2.09 56 Y -4 -4 -4 -5 -1 -3 -4 -4 -2 -1 -3 -4 -2 6 1 -3 -3 4 6 -1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 3 2 1 1 36 6 2 2 4 26 5 1.12 2.11 57 A 1 -3 -2 -2 4 -3 -3 3 -2 -1 -4 -2 -2 -2 1 3 -1 5 -2 -2 10 1 1 3 9 1 1 19 1 4 1 2 1 2 6 18 3 8 1 2 0.44 2.12 58 S -2 -1 1 -3 -3 -2 -2 -3 5 -5 -5 -2 -3 -4 2 5 2 -2 -2 -4 2 3 5 1 1 2 2 1 13 1 1 2 1 1 9 38 12 1 2 1 0.69 2.12 59 T -2 -2 0 -1 -2 -2 1 -2 -1 -5 -5 -1 -3 -6 6 3 1 -1 -3 -4 2 2 4 3 1 1 8 3 2 1 1 3 1 0 37 20 8 1 1 1 0.86 2.13 60 D -3 -2 3 3 0 -3 1 -1 -2 -4 -5 0 -3 -5 0 4 0 -7 -6 -4 1 2 11 16 2 0 9 5 1 1 1 5 1 0 5 33 6 0 0 1 0.61 2.14 61 M 0 -4 -4 -4 -3 -4 -1 -5 -2 3 1 -4 5 0 -2 -3 0 -3 -3 4 8 1 0 1 0 0 4 1 1 12 10 1 16 4 2 1 7 0 1 28 0.62 2.15 62 D -3 0 1 3 -3 2 4 -2 0 -3 -4 3 -1 -4 -2 -1 -2 -7 -3 -3 2 5 5 17 1 9 26 3 2 1 1 14 1 1 2 3 3 0 1 2 0.57 2.15 63 K 0 2 1 2 -3 1 2 0 -1 -5 -5 2 -4 -4 1 1 0 -7 -4 -3 8 9 5 11 1 6 12 7 2 0 1 12 0 1 6 12 5 0 0 2 0.32 2.14 64 V -3 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -7 -6 5 1 -4 2 -2 -5 -4 1 -6 -4 5 2 1 0 0 0 1 1 0 0 31 12 1 5 1 0 1 9 0 0 35 1.01 2.12 65 L -2 -6 -7 -6 -3 -5 -6 -7 -4 5 4 -5 0 1 -5 -5 -3 -5 0 2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 31 38 0 2 4 0 0 1 0 3 14 1.02 2.11 66 L -1 -1 2 4 -6 1 4 -3 1 -4 -3 -1 -2 -4 -3 0 0 -7 -4 -4 6 3 8 24 0 7 25 2 3 1 3 3 1 1 1 6 5 0 0 1 0.60 2.09 67 K -2 7 -2 -3 -2 1 -2 -5 1 -6 -4 4 -3 -4 -4 -2 -3 -6 -4 -5 3 53 1 1 1 5 2 0 3 0 1 23 1 1 0 2 1 0 0 0 1.31 2.10 68 Y -6 -4 -4 -7 -6 -4 -6 -7 2 -5 -3 -6 -4 6 -7 -6 -5 0 9 -5 0 1 1 0 0 1 0 0 4 0 1 0 0 32 0 0 0 1 61 0 2.24 2.03 69 T -1 3 0 -3 -3 5 1 -4 2 -3 1 1 1 -4 -5 -2 -1 -3 0 -3 6 13 5 1 1 24 10 1 4 2 12 8 3 1 0 2 3 0 3 2 0.46 2.01 70 E -4 3 4 1 -4 4 2 -4 -1 -5 -4 4 -2 -4 -5 -2 -3 -6 -2 -5 1 16 17 8 0 16 11 1 1 1 1 21 1 1 0 2 1 0 2 0 0.74 1.91 71 Y -5 -4 -4 -6 -6 -4 -5 -6 8 -5 -4 -5 -4 5 -6 -5 -5 3 7 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 36 0 0 0 0 25 0 0 0 3 36 0 1.93 1.54 K Lambda Standard Ungapped 0.1371 0.3249 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1619 0.3176 PSI Gapped 0.0496 0.2670