Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -2 -1 -1 3 -5 2 6 -3 -1 -5 -4 1 -3 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 14 0 10 70 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.52 2 V 2 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -4 7 0 -2 -5 -4 1 21 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 56 4 0 0 0 16 1.26 0.65 3 S 3 -3 -3 -2 -4 2 3 -3 -3 -3 -4 -2 -3 -5 4 1 -1 -5 -4 -1 25 0 0 0 0 11 22 0 0 0 0 0 0 0 26 8 3 0 0 5 0.68 0.72 4 R 2 2 -3 -3 -4 0 -2 -3 -3 -4 -2 1 -3 -4 5 1 -1 -5 -4 -2 19 14 0 0 0 5 0 0 0 0 3 8 0 0 35 12 2 0 0 3 0.75 0.74 5 V 1 -3 -4 -4 -3 0 -3 0 -4 1 1 -1 2 -3 -1 -1 0 -4 -3 4 16 0 0 0 0 4 0 7 0 5 10 4 5 0 3 3 4 0 0 40 0.40 0.78 6 E 1 -3 0 2 -4 2 2 -3 1 -4 -2 -2 -3 -5 5 0 -2 -5 -4 -4 14 0 3 10 0 11 14 0 5 0 3 0 0 0 35 5 0 0 0 0 0.77 0.78 7 A 4 -4 -4 -4 -3 -1 -3 0 -4 1 -1 -3 -2 -4 4 -1 -2 2 -3 1 44 0 0 0 0 3 0 6 0 8 4 0 0 0 20 3 0 3 0 9 0.62 0.79 8 D 2 -3 2 3 -3 -1 -1 0 -3 -4 -4 -2 -3 -4 2 2 1 -4 -4 -3 17 0 12 21 0 2 3 6 0 0 1 0 0 0 11 18 8 0 0 0 0.48 0.77 9 S 1 -3 -3 -1 -4 2 2 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -5 5 1 0 -5 -4 -4 13 0 0 2 0 11 17 0 0 0 3 0 0 0 35 13 6 0 0 0 0.81 0.85 10 A 2 0 1 3 -4 -2 2 3 -3 -4 -4 0 -4 -5 -3 0 -1 -5 -4 -2 21 5 5 19 0 0 15 20 0 0 0 4 0 0 0 6 2 0 0 3 0.48 0.86 11 W -4 -5 -6 -6 -4 -2 -5 -5 -4 -4 0 -5 -3 3 -6 -5 -4 11 0 -4 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 8 0 0 10 0 0 0 79 0 0 2.89 0.86 12 F 0 -4 1 2 -4 -1 -2 -2 -3 -1 0 -3 -2 4 -1 -3 1 -3 3 1 8 0 6 12 0 2 2 2 0 2 9 0 0 24 3 0 10 0 9 9 0.34 0.88 13 G -2 -1 -2 -3 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 3 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.90 0.88 14 S 1 -1 0 -3 0 1 -3 -2 0 -1 0 -3 -2 -2 -3 2 4 -4 -3 1 11 2 4 0 2 7 0 2 2 3 12 0 0 2 0 16 27 0 0 8 0.32 0.88 15 W -4 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -2 -3 -3 -5 -3 5 -5 -4 -4 9 7 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 0 0 0 31 42 0 1.95 0.88 16 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -4 1 5 -4 2 2 -5 -4 -2 -3 0 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 74 0 5 9 0 0 2 0 2 0 1.06 0.88 17 D -3 -3 1 7 -1 -2 3 -1 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -1 -3 -6 -5 -5 0 0 5 68 2 0 19 3 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.38 0.88 18 D -1 2 -1 1 -5 1 3 -4 -1 -5 -3 -1 -4 -5 5 -1 0 -5 -4 -4 3 12 3 8 0 7 20 0 1 0 2 2 0 0 33 3 5 0 0 0 0.78 0.88 19 E 0 -1 -2 3 -5 1 5 -1 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 1 -1 -5 -4 -3 9 2 0 16 0 5 52 3 0 0 0 0 0 0 0 8 3 0 0 2 0.84 0.88 20 T 1 1 0 -3 -3 1 -2 -3 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -3 2 6 -5 -4 -3 9 7 4 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 56 0 0 0 0.86 0.88 21 G -1 0 0 0 -5 4 -2 5 -3 -5 -5 -1 -4 -2 -4 -2 -3 -4 -4 -5 2 5 4 4 0 27 0 53 0 0 0 2 0 2 0 0 0 0 0 0 1.01 0.88 22 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 0 6 -4 2 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 5 0 0 0 0 0 0 0 1.40 0.88 23 V 3 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -4 1 1 -3 -2 0 -4 3 -1 -4 0 2 26 0 0 0 0 0 0 0 0 6 17 0 0 4 0 23 2 0 3 18 0.44 0.88 24 L 2 -4 -5 -5 1 -4 -4 -4 -5 3 3 -4 -1 -2 -4 -3 -1 -4 -3 3 22 0 0 0 3 0 0 0 0 21 29 0 0 0 0 0 2 0 0 22 0.65 0.88 25 S -2 5 -2 0 -4 -2 0 -4 0 -3 -4 0 -3 -4 -1 1 4 -5 -4 0 0 35 0 4 0 0 6 0 2 0 0 3 0 0 3 12 27 0 0 7 0.64 0.88 26 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 4 1 -4 -1 -3 -4 -3 2 -5 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 13 0 0 0 0 0 12 0 0 47 0.92 0.88 27 E -1 2 -2 -2 -4 0 4 0 -3 -4 -3 1 -3 -4 -3 3 2 -4 -4 -2 2 10 0 0 0 3 28 6 0 0 2 6 0 0 0 21 16 0 0 3 0.49 0.86 28 D -1 1 0 2 -4 1 0 -3 0 -4 -2 1 -3 -5 5 0 1 -5 -4 -4 5 7 4 13 0 6 6 0 3 0 5 10 0 0 27 5 9 0 0 0 0.53 0.86 29 A 2 -3 -2 0 -3 -1 -1 4 3 -2 -2 -3 1 -4 -3 0 0 -4 -3 -2 17 0 0 5 0 3 3 39 8 3 3 0 4 0 0 5 6 0 0 3 0.52 0.82 30 G 2 0 0 -1 -4 0 1 4 -3 -3 -4 1 -3 -4 1 -1 -1 -4 -4 0 18 4 5 2 0 4 9 29 0 0 0 8 0 0 7 2 3 0 0 8 0.39 0.85 31 H 1 2 0 1 -1 0 1 1 -1 -5 -4 1 -4 -2 3 1 -2 -5 -4 -4 13 11 4 9 2 4 9 9 2 0 0 11 0 2 16 9 0 0 0 0 0.37 0.88 32 G 1 -2 -2 0 -4 -3 -3 6 -4 -5 -5 -1 -4 -5 -4 0 -3 -5 -5 -5 11 3 0 5 0 0 0 74 0 0 0 3 0 0 0 6 0 0 0 0 1.30 0.88 33 R -1 3 -2 -2 -3 2 2 1 2 -2 -3 2 -3 -3 -3 0 1 -3 -3 -2 3 17 1 1 0 8 16 10 5 3 1 15 0 1 1 6 10 0 0 3 0.34 0.76 34 M 0 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -4 2 3 -4 2 -2 -4 -3 -2 -4 -3 5 8 0 0 0 0 0 0 0 0 9 30 0 5 0 0 0 0 0 0 44 0.77 0.86 35 K 0 2 -1 -3 -3 -1 0 -3 0 0 0 2 -2 -4 -3 2 1 -4 -3 1 7 13 2 0 0 2 5 0 2 6 8 15 0 0 0 21 8 0 0 9 0.27 0.87 36 A 1 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 4 -4 -1 1 -4 -3 -3 -4 -3 2 14 0 0 0 0 0 0 0 0 26 38 0 0 5 0 0 0 0 0 17 0.74 0.90 37 R -1 5 0 -2 -4 -1 -2 0 0 -4 -2 1 -3 -4 -4 2 2 -4 0 -4 4 36 4 2 0 2 0 7 2 0 5 5 0 0 0 14 15 0 3 0 0.53 0.90 38 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -1 -3 -2 -4 -3 5 -5 -4 -4 0 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 23 0 0 0 0 75 0 1.91 0.90 39 G 4 -3 -3 0 -3 -1 -3 2 3 -3 -1 -3 0 -4 -2 0 1 -4 -1 -2 37 0 0 4 0 2 0 19 8 0 8 0 2 0 2 5 8 0 2 2 0.45 0.90 40 T -2 1 0 -1 -4 -3 -3 4 1 -3 -3 -3 3 -4 -1 -1 3 -4 0 0 2 10 3 3 0 0 0 30 4 0 0 0 10 0 2 2 20 0 4 8 0.46 0.90 41 S 1 -3 -1 0 -4 -3 -3 3 3 -2 -4 -3 -3 -4 -1 3 -1 -4 1 -1 14 0 2 6 0 0 0 22 9 2 0 0 0 0 2 28 2 0 5 6 0.47 0.90 42 P 3 -4 -3 0 -4 -3 1 -2 -4 -4 -3 -3 -4 -5 6 -1 0 -5 -4 -2 28 0 0 6 0 0 9 2 0 0 2 0 0 0 42 3 6 0 0 2 0.98 0.90 43 E 0 -2 -2 1 -5 1 6 -2 -2 -4 -4 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -1 8 0 0 4 0 5 74 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 1.17 0.90 44 M -1 2 -3 0 -4 -2 0 -4 -3 0 -1 1 4 -4 3 0 1 -5 -4 0 5 12 0 7 0 0 6 0 0 7 5 8 12 0 14 8 11 0 0 6 0.32 0.90 45 M -3 -4 -5 -5 1 -4 -5 -5 -5 2 4 -4 4 -2 -2 -4 -1 -4 -3 3 0 0 0 0 3 0 0 0 0 13 51 0 10 0 2 0 2 0 0 19 0.85 0.90 46 D -1 1 0 2 -4 0 1 -4 -3 -2 -1 2 -3 -4 1 0 3 -5 -4 -2 3 7 4 13 0 5 10 0 0 2 5 12 0 0 7 6 24 0 0 2 0.35 0.90 47 V -1 -4 -4 -4 2 -3 -1 -1 -4 1 4 -4 2 -1 3 -3 -3 -4 -3 1 5 0 0 0 4 0 4 6 0 5 43 0 4 2 14 0 0 0 0 12 0.52 0.88 48 V 1 -2 -3 -3 0 -1 -1 1 0 0 -1 -2 -2 -4 -3 1 3 1 -3 2 11 2 0 0 2 2 4 10 2 4 4 2 0 0 0 13 21 2 0 20 0.29 0.89 49 S 0 -3 -2 2 -4 0 3 1 0 -4 -4 -2 -4 -5 1 3 0 -5 -4 -2 8 0 0 13 0 4 20 12 2 0 0 0 0 0 7 24 4 0 0 4 0.45 0.89 50 A 2 -2 -2 4 -4 -1 2 -3 -3 -5 -5 -2 -4 -5 5 -1 -3 -5 -4 -4 22 2 0 27 0 2 16 0 0 0 0 0 0 0 27 3 0 0 0 0 0.88 0.90 51 N -1 -3 4 1 1 -3 -1 3 -3 -2 -4 -1 -4 -2 -4 1 2 -5 -2 -4 2 0 23 6 4 0 3 27 0 2 0 4 0 2 0 8 16 0 2 0 0.55 0.90 52 E -1 3 -1 -2 -4 -1 3 0 4 0 -4 1 -3 -4 -4 0 1 -5 -3 0 5 19 3 0 0 0 21 6 10 6 0 6 0 0 0 6 12 0 0 6 0.39 0.90 53 A 6 -4 -3 -4 -3 -3 -3 2 -4 -3 0 -3 -3 -4 -1 -1 -2 -5 -4 -2 74 0 0 0 0 0 0 15 0 0 8 0 0 0 3 0 0 0 0 0 1.00 0.90 54 R 0 4 -2 -2 -5 2 3 1 0 -4 -4 1 -3 -5 -4 -1 -3 -5 -4 0 6 27 0 0 0 10 26 11 3 0 0 5 0 0 0 3 0 0 0 9 0.58 0.90 55 S 1 -1 0 -2 -3 -1 -2 0 -3 -4 -4 -2 -3 -1 -3 6 1 -5 -4 -4 9 2 4 0 0 2 0 7 0 0 0 0 0 2 0 69 5 0 0 0 0.91 0.90 56 A 1 2 1 2 -4 -2 -1 0 2 -2 -4 1 -4 -5 2 1 -1 -5 -4 -1 14 14 6 15 0 0 3 6 5 2 0 8 0 0 11 9 2 0 0 4 0.33 0.90 57 V 1 0 0 2 -4 -3 -3 4 -3 -4 -1 -3 1 -4 -4 2 0 -5 -4 -2 12 5 4 13 0 0 0 32 0 0 6 0 5 0 0 17 6 0 0 2 0.48 0.90 58 T -1 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -4 2 1 -4 6 -3 -4 -1 2 -4 -3 3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 9 11 0 30 0 0 4 17 0 0 23 0.73 0.90 59 T 0 2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -4 1 0 -1 -2 -4 -4 0 3 -5 -4 3 7 15 0 0 0 2 2 0 0 6 6 4 0 0 0 8 24 0 0 27 0.44 0.90 60 I 4 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -1 -4 2 3 -4 -1 -3 -4 -2 -3 -4 -3 1 39 0 0 0 0 0 0 5 0 11 36 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0.66 0.90 61 R -1 2 -1 -3 -4 1 2 -4 -3 -1 -2 0 -3 -2 -3 2 4 -5 -3 1 4 13 2 0 0 5 13 0 0 2 2 4 0 2 0 14 26 0 0 11 0.38 0.90 62 R -1 5 -4 -4 -4 -2 -3 -5 -4 3 2 -1 -2 -3 0 -3 -3 -5 -4 0 4 38 0 0 0 0 0 0 0 24 21 2 0 0 4 0 0 0 0 6 0.69 0.90 63 D 1 -3 2 5 1 1 2 0 -3 -4 -5 -1 -4 -5 -3 0 -1 -5 -4 -3 14 0 8 35 4 6 16 6 0 0 0 2 0 0 0 4 4 0 0 2 0.63 0.90 64 G -1 -2 -3 -2 -4 -3 -1 6 -4 -2 -3 -3 -4 -5 1 -1 -3 -5 -5 -4 4 3 0 2 0 0 4 72 0 3 2 0 0 0 6 4 0 0 0 0 1.19 0.90 65 E 0 -3 0 6 -5 -1 2 0 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 0 -1 -6 -5 -5 7 0 2 62 0 2 13 7 0 0 0 0 0 0 0 6 2 0 0 0 1.14 0.90 66 T -1 -1 -1 0 0 0 1 2 -3 1 -2 -3 1 -2 -4 1 2 -5 -4 1 4 3 2 6 2 4 10 17 0 8 3 0 5 1 0 12 13 0 0 11 0.21 0.90 67 I -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 2 5 -4 1 -2 -2 -2 -3 -4 -3 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 11 68 0 2 0 2 4 0 0 0 11 0.93 0.90 68 E -1 4 0 -3 -4 0 0 -4 4 0 0 0 -2 -4 -4 0 0 1 -3 1 6 22 5 0 0 4 5 0 14 6 9 4 0 0 0 8 4 2 0 11 0.34 0.90 69 L -3 -4 -5 -1 -3 -4 -4 -5 -4 4 3 -4 7 -2 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 4 0 0 0 0 0 31 24 0 34 0 0 0 0 0 0 7 1.01 0.90 70 V 0 2 -1 0 -5 0 3 -4 6 -4 -2 -2 -3 -4 -4 -2 0 -4 1 -1 8 15 3 5 0 4 25 0 20 0 3 0 0 0 0 0 7 0 5 5 0.55 0.90 71 R -3 7 -3 -4 0 -1 -2 -4 -2 -2 -4 0 -3 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -1 0 85 0 0 3 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 4 0 0 0 6 1.52 0.90 72 A 0 0 -3 -1 -4 0 1 -4 -4 -1 1 1 -3 -4 5 -3 -1 -5 -4 0 8 5 0 3 0 4 8 0 0 4 14 9 0 0 37 0 3 0 0 6 0.66 0.90 73 S -1 1 -2 2 -4 3 -1 3 -3 -4 -4 2 -4 -4 -4 1 -1 -4 0 -2 4 8 0 15 0 16 2 24 0 0 0 11 0 0 0 11 2 0 4 4 0.45 0.90 74 E -3 -3 -2 5 -6 1 6 -4 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 37 0 4 60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.40 0.90 75 N -4 -2 8 -1 -5 -2 -2 -2 3 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -2 -6 -4 -5 0 0 94 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.89 0.90 76 L -3 6 -3 -4 -4 -2 -3 -5 -3 -2 4 0 -1 -3 -4 -3 -3 -4 -3 -2 0 52 0 0 0 0 0 0 0 0 45 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1.08 0.87 77 R -1 2 -1 -3 1 0 0 -4 2 -1 -2 1 1 -4 -3 1 4 -5 -3 -1 4 15 2 0 3 3 5 0 5 3 4 9 4 0 0 13 27 0 0 4 0.36 0.88 78 L -1 -4 -4 -5 -3 -4 -4 0 -5 3 3 -4 -1 1 -4 0 0 -4 -3 3 3 0 0 0 0 0 0 7 0 19 32 0 0 5 0 8 6 0 0 20 0.51 0.87 79 S -1 3 1 0 -4 1 -2 -4 1 1 -1 1 2 -4 -4 1 2 -5 -3 0 3 15 6 5 0 7 0 0 4 9 5 7 6 0 0 9 18 0 0 6 0.27 0.87 80 M 5 0 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -2 1 -3 3 -3 -3 -1 -2 -4 -3 -1 66 5 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 9 0 0 0 0 0 0 3 0.83 0.85 81 K -1 3 -1 -2 -4 2 2 -4 4 -2 -2 3 -3 -4 -3 1 -1 -5 -3 -2 6 19 2 0 0 9 11 0 11 2 5 19 0 0 0 10 3 0 0 2 0.46 0.85 82 R -3 8 -2 -3 -5 -1 -2 -4 -2 -5 -4 0 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -4 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.86 0.79 K Lambda Standard Ungapped 0.1273 0.3138 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1766 0.3182 PSI Gapped 0.0541 0.2670