Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -2 1 -1 -1 -4 7 2 -3 -1 -4 -3 1 -2 -4 -2 -1 -2 -3 -3 -3 0 2 0 0 0 91 4 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1.21 0.39 2 C -2 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.49 0.56 3 T -1 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 1 -2 -2 -2 -3 -3 1 6 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 5 87 0 0 0 1.08 0.56 4 G -2 -3 -2 2 -4 -3 0 6 -3 -5 -5 -3 -4 -5 1 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 12 0 0 7 73 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 1.16 0.56 5 G 0 -2 -2 -2 -3 -2 -3 6 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 2 -2 -4 -4 -4 5 2 0 0 0 0 0 70 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 1.08 0.53 6 A 3 -3 -2 -3 -2 -2 0 -1 -3 0 -2 -1 -2 -3 0 2 0 -4 -3 2 37 0 0 0 0 0 8 2 0 6 0 2 0 0 4 20 3 0 0 18 0.38 0.56 7 D -3 -3 3 6 -5 0 0 0 5 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -3 -5 0 0 13 59 0 3 0 7 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.13 0.62 8 C -2 -3 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -4 0 -2 -4 -4 -2 0 1 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 2.31 0.62 9 T -2 -1 1 -2 -3 0 0 0 -3 -2 -2 -2 -2 0 -3 2 5 -4 -3 0 0 3 6 0 0 3 5 6 0 0 2 0 0 4 0 14 51 0 0 7 0.58 0.67 10 S 1 0 1 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -4 -4 -1 0 -4 1 5 2 -5 -3 -3 12 6 6 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 6 55 11 0 0 0 0.66 0.67 11 C -2 -3 -3 -3 10 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -3 0 -1 1 -3 -3 -2 1 1 1 1 69 1 1 1 0 1 2 1 0 1 5 3 8 0 1 1 1.57 0.58 12 T -1 -3 -2 -3 -3 -2 -2 0 -3 0 -3 0 1 -4 2 1 5 -4 -3 -2 3 0 0 0 0 0 0 6 0 6 0 7 4 0 9 12 52 0 0 0 0.65 0.71 13 G 3 -3 2 -2 -3 -1 2 -1 -2 -2 -3 -2 -3 -3 0 -1 0 -4 1 1 31 0 14 0 0 1 18 3 0 0 0 0 0 0 4 2 5 0 6 15 0.38 0.74 14 A 4 -3 0 0 -3 -2 0 1 2 0 -4 -3 -3 -4 0 1 0 -5 -3 -2 40 0 4 6 0 0 5 12 5 7 0 0 0 0 5 9 7 0 0 0 0.42 0.75 15 C -2 -5 -5 -5 11 -5 -6 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -3 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2.73 0.76 16 T -1 -3 -2 -3 -3 1 -1 -1 -3 0 -3 -2 -2 -4 -3 1 6 -4 -4 0 2 0 0 0 0 8 4 4 0 5 0 0 0 0 0 6 65 0 0 6 0.83 0.76 17 G -2 -3 4 3 -5 1 0 4 -3 -5 -5 -2 -4 -5 0 -1 -2 -5 -5 -5 0 0 24 20 0 6 5 36 0 0 0 0 0 0 5 3 1 0 0 0 0.81 0.76 18 C -2 -4 -3 -4 9 -4 -4 2 -4 -3 -3 0 -3 -4 -4 2 -2 -4 -4 -1 0 0 0 0 57 0 0 15 0 0 0 6 0 0 0 16 0 0 0 6 1.40 0.76 19 G 0 -1 0 -2 -4 3 3 3 -3 -1 -4 0 -3 -4 -3 0 -2 -5 -4 1 8 2 4 0 0 15 19 25 0 3 0 6 0 0 0 6 1 0 0 11 0.41 0.76 20 N -3 -2 7 -1 -5 -2 -2 0 5 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -3 -5 0 0 76 0 0 0 0 5 18 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.48 0.76 21 C -2 -5 -5 -6 11 -5 -6 -5 -4 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 1 -3 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 2.66 0.81 22 P -2 -1 -3 -3 -4 1 0 0 -3 -3 -4 -2 -3 -4 6 -2 1 -4 0 1 1 4 0 0 0 8 7 8 0 0 0 0 0 0 47 0 9 0 5 11 0.95 0.81 23 N -1 0 7 0 -4 -2 -2 0 -2 -5 -5 -2 -4 -5 1 0 0 -5 -4 -4 5 4 63 4 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 8 5 4 0 0 0 1.06 0.81 24 A 5 -3 0 -3 -3 -3 -3 1 -3 -4 -4 0 -3 -4 0 1 -2 -4 1 -3 62 0 4 0 0 0 0 8 0 0 0 5 0 0 4 12 0 0 5 0 0.74 0.81 25 V 0 2 1 -3 -4 2 1 -4 1 0 -1 2 -1 -3 -4 -2 -2 -4 1 2 7 12 7 0 0 9 10 0 4 3 5 17 1 0 0 0 0 0 5 19 0.29 0.81 26 T -1 0 4 -2 -3 -2 -3 -1 -3 -3 -4 -2 -3 -4 0 2 5 -5 -4 -1 2 4 21 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 4 14 46 0 0 3 0.72 0.81 27 C -2 0 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -3 0 6 0 0 89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.41 0.77 28 T -2 -3 -2 -3 -3 1 0 -1 0 0 -3 -2 -2 -4 -3 0 6 -4 -3 0 0 0 0 0 0 9 7 4 2 7 0 0 0 0 0 5 56 0 0 7 0.69 0.77 29 N -2 0 4 5 -5 0 0 2 -2 -5 -5 -2 -4 -5 0 -2 -3 -5 -4 -4 2 5 22 38 0 5 5 16 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0.79 0.80 30 S -1 -2 -2 -2 -3 -2 -2 2 -3 -4 -4 0 -3 -3 -3 5 -1 -4 0 -1 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 6 0 0 0 67 0 0 4 5 0.83 0.80 31 Q 0 0 1 -2 -4 3 2 -1 -1 -1 -2 3 -3 -4 -3 1 1 -4 -3 -3 5 2 5 0 0 14 17 5 1 4 4 23 0 0 0 8 9 0 0 0 0.38 0.80 32 H -3 -2 7 -1 -4 -2 -1 0 5 -5 -5 -1 -4 -4 -4 0 -2 -4 1 -4 0 0 60 1 0 0 3 5 18 0 0 2 0 0 0 4 0 0 4 0 1.14 0.80 33 C -2 -4 -4 -4 11 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -2 1 0 0 0 91 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 2.49 0.76 34 V -2 -2 1 -3 -3 1 0 0 -3 3 -1 -1 -2 -1 -3 -2 1 -3 2 2 2 1 8 0 0 8 7 9 0 17 5 3 0 2 0 1 10 0 7 19 0.22 0.76 35 K 0 -1 5 1 -4 -1 -2 0 -2 -4 -4 2 -3 -4 0 0 1 3 -3 -4 6 3 37 6 0 2 0 6 0 0 1 17 0 0 5 4 8 4 0 0 0.58 0.79 36 A 4 -3 0 -3 -3 -2 -2 1 -3 -3 -4 0 -3 -3 1 2 -2 -4 0 -3 50 0 4 0 0 0 0 12 0 0 1 6 0 0 7 13 0 0 4 0 0.60 0.79 37 N 0 -1 2 -2 -3 3 1 -3 -1 -2 0 1 0 -3 -3 -2 -1 -4 -3 3 7 1 13 0 0 17 10 0 1 0 11 10 2 0 0 0 4 0 0 22 0.32 0.79 38 T -1 0 3 -2 -3 -2 -2 -1 1 -3 -4 -1 -3 -4 0 2 5 -4 -3 -1 3 4 18 0 0 0 0 5 4 0 0 3 0 0 4 13 40 0 0 4 0.59 0.82 39 C -2 0 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -3 0 6 0 0 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.51 0.82 40 T -1 -3 -2 -3 2 1 -1 0 -3 0 -3 -2 -2 -4 -3 0 6 -4 -3 0 2 0 0 0 4 8 4 6 0 6 1 0 0 0 0 5 56 0 0 6 0.70 0.80 41 G -2 1 2 2 -4 0 0 5 -3 -4 -2 -2 -4 -4 0 -2 -2 -4 -4 -4 1 7 12 14 0 4 6 43 0 0 4 0 0 0 5 0 2 0 0 0 0.65 0.80 42 S -1 -2 -2 -2 -3 -2 -2 2 -3 -4 -4 0 -3 -3 -3 5 -1 -4 0 -1 1 0 0 0 0 0 0 15 0 0 1 6 0 0 0 66 0 0 4 4 0.82 0.80 43 T 0 -1 1 -2 -3 0 2 -3 -1 0 -3 1 -3 -4 -3 1 4 -4 -1 -2 5 2 5 0 0 4 16 0 1 7 0 9 0 0 0 9 36 0 3 0 0.47 0.82 44 D -3 -2 6 2 -4 -2 -2 0 5 -4 -4 -1 0 -4 -3 1 -2 -4 -3 -4 1 1 49 9 0 0 1 5 15 1 1 3 3 0 1 8 1 0 0 1 0.91 0.77 45 C -2 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -3 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.63 0.80 46 N -1 -2 5 0 -4 1 0 0 0 0 -3 -2 -3 -2 -3 -1 1 -4 2 0 4 1 34 3 0 8 7 7 2 8 1 1 0 1 0 1 9 0 7 6 0.42 0.80 47 T 0 3 4 0 -4 -2 0 1 -2 -4 -4 0 -3 -4 0 1 2 -4 -4 -3 9 18 23 3 0 0 5 9 0 0 1 6 0 0 5 8 13 0 0 0 0.43 0.80 48 A 5 -3 0 -3 -3 -2 -2 1 -3 -3 -3 0 -3 -3 1 1 -2 -4 0 -2 54 0 4 0 0 0 1 8 0 0 1 6 0 0 7 11 1 0 4 1 0.62 0.78 49 Q 0 -1 2 -2 -3 2 1 -3 -2 -2 -1 2 3 -4 -3 -2 3 -4 -3 1 8 3 13 0 0 12 8 0 0 0 4 12 10 0 0 0 18 0 0 10 0.33 0.80 50 T -2 -3 4 -2 -3 0 -2 0 -3 -3 -3 -2 -3 -4 0 2 5 -4 -3 -1 0 0 21 0 0 4 0 5 0 0 1 0 0 0 4 19 39 0 0 4 0.67 0.80 51 C -2 0 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -3 0 6 0 0 88 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.41 0.80 52 T 0 -3 -2 -3 -3 1 0 0 -3 0 -3 -2 -2 -4 -3 0 5 -4 -3 0 6 0 0 0 0 8 7 6 0 7 1 0 0 0 0 5 53 0 0 6 0.64 0.80 53 N -3 0 5 3 -4 0 1 2 -2 -5 -5 -1 -4 -5 0 -2 -2 -5 -4 -4 0 5 35 18 0 4 8 19 0 0 1 2 0 0 5 0 0 0 0 0 0.72 0.80 54 S 1 -2 -2 -2 -3 -2 -2 2 -3 -4 -4 0 -3 -3 -3 5 -1 -4 0 -3 8 0 0 0 0 0 0 15 0 0 1 6 0 0 0 63 0 0 4 0 0.80 0.80 55 K -1 -1 1 -2 -4 1 1 -3 0 0 -3 4 -3 -2 -3 0 2 -3 2 -1 5 0 6 0 0 7 9 0 2 7 1 26 0 1 0 7 15 0 8 5 0.33 0.80 56 D -3 -3 4 5 -5 -2 -1 0 5 -5 -5 -3 -4 -4 -4 0 -3 -5 1 -5 0 0 27 38 0 0 0 7 15 0 0 0 0 0 0 7 0 0 6 0 0.98 0.85 57 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.91 0.85 58 F -1 -4 -1 -1 -4 1 -2 0 0 0 -2 -3 -2 5 -4 -3 1 -2 4 0 4 0 3 4 0 7 3 9 2 6 1 0 0 33 0 0 9 0 15 6 0.53 0.85 59 E 0 0 4 1 2 -1 4 -3 -2 -3 -4 1 -4 -5 0 0 1 -5 -4 -3 9 4 20 5 6 0 29 0 0 1 0 9 0 0 5 4 8 0 0 1 0.50 0.85 60 A 5 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 0 -3 -4 1 2 -2 -4 0 -1 60 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 6 0 0 7 16 0 0 4 4 0.75 0.85 61 N 0 -2 3 0 -4 1 1 -3 -3 0 -3 2 -3 -4 -2 -1 3 -5 -4 1 8 0 19 6 0 5 9 0 0 4 1 12 0 0 1 1 24 0 0 10 0.39 0.85 62 T -2 -3 3 -3 -3 0 -3 -1 -3 0 -3 -3 -3 0 0 1 5 -4 -3 -1 1 0 15 0 0 4 0 5 0 6 0 0 0 6 3 8 49 0 0 3 0.65 0.85 63 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -2 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -3 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.82 0.85 64 T -1 -3 -2 0 -3 0 0 -4 -4 0 -2 -3 -2 -4 -3 0 6 -5 -4 1 4 0 0 5 0 3 6 0 0 7 2 0 0 0 0 5 59 0 0 9 0.77 0.85 65 D -3 -1 2 5 -5 2 1 3 -3 -5 -5 -2 -4 -5 0 -1 -3 -5 -5 -5 0 3 11 34 0 9 9 27 0 0 0 0 0 0 5 2 0 0 0 0 0.78 0.80 66 S 0 -3 0 -2 -3 -2 -2 2 -3 -4 -4 0 -3 -4 -3 5 -1 -5 -4 -1 4 0 4 0 0 0 0 14 0 0 0 6 0 0 0 67 0 0 0 4 0.86 0.80 67 T 0 -3 2 -2 -3 -2 1 -3 -3 0 -3 0 -3 -4 -3 2 5 -5 -4 0 5 0 11 0 0 0 8 0 0 7 0 7 0 0 0 14 44 0 0 4 0.59 0.80 68 N -3 -3 7 -1 -4 -2 -2 1 5 -1 -5 -2 -4 -4 -4 1 -2 -5 -3 -4 0 0 59 0 0 0 0 10 16 6 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 1.12 0.80 69 C -2 -5 -4 -1 11 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -3 0 0 0 5 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.63 0.80 70 Y -1 -3 0 -3 -4 0 1 0 1 -3 -3 -3 -3 0 -4 -2 1 -1 7 -1 5 0 5 0 0 4 12 9 3 0 0 0 0 0 0 0 12 0 45 6 0.72 0.74 71 K 0 2 2 0 -4 -1 2 -3 -2 -4 -4 4 -3 -5 1 0 2 -5 -4 -4 6 9 10 5 0 0 18 0 0 0 0 29 0 0 7 6 12 0 0 0 0.51 0.74 72 A 5 -3 -3 -3 -3 -3 -3 1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 2 2 -2 -5 -4 -2 65 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 8 17 0 0 0 0 0.87 0.74 73 T 0 -1 2 0 -3 -2 1 -3 -3 -2 -1 1 -2 -3 -3 -1 5 -4 1 0 7 2 9 6 0 0 8 0 0 1 6 9 0 0 0 0 42 0 5 5 0.45 0.74 74 A 2 -3 3 -2 -3 -2 -3 0 2 -3 -3 -2 -3 0 0 2 4 -4 -3 -1 15 0 16 0 0 0 0 7 5 0 0 0 0 6 4 16 27 0 0 4 0.44 0.74 75 C -2 -5 -5 -5 11 -5 -5 -4 -4 -3 -3 -5 -3 -3 -5 -3 -3 -3 1 -3 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 2.51 0.74 76 T -2 -3 -2 1 -3 0 0 -4 -3 1 -1 -2 -2 -4 -3 0 5 -4 -3 -1 1 0 0 10 0 4 6 0 0 10 6 0 0 0 0 5 55 0 0 3 0.66 0.74 77 N -3 -1 6 4 -5 1 1 0 -1 -3 -5 -2 -4 -5 1 -1 -2 -5 -4 -4 0 3 43 21 0 5 10 8 1 2 0 0 0 0 7 1 0 0 0 0 0.80 0.74 78 S -1 -3 1 -2 -3 -1 -2 2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 5 1 -5 -4 -1 0 0 6 0 0 2 0 18 0 0 0 0 0 0 0 64 5 0 0 5 0.82 0.74 79 S 0 -2 0 -2 -3 0 2 -3 -3 1 -3 1 -3 -4 -3 1 5 -5 -4 -2 7 0 5 0 0 2 15 0 0 8 0 7 0 0 0 12 44 0 0 0 0.57 0.74 80 G -2 -3 4 0 -4 -2 -3 4 5 -4 -5 -3 -4 -4 -4 0 -2 -5 -3 -1 0 0 24 5 0 0 0 40 19 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 6 0.85 0.70 81 C -2 -5 -5 -5 11 -5 -5 -4 -5 -2 -1 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -1 0 0 0 0 91 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 3 2.38 0.70 82 P -2 -3 -3 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.41 0.33 K Lambda Standard Ungapped 0.1232 0.3160 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1608 0.3178 PSI Gapped 0.0492 0.2670