Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 7 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 -3 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.55 1.09 2 S -1 -2 -1 -1 -4 2 0 -4 1 -4 -4 4 -2 -5 -4 4 2 -5 -4 -1 3 1 2 3 0 11 5 0 3 0 1 24 1 0 0 30 12 0 0 4 0.57 1.17 3 I -2 -5 -6 -6 -4 -3 -4 -4 -6 6 2 -3 0 -3 -5 -4 -3 -5 -4 4 2 0 0 0 0 1 1 1 0 48 16 2 1 0 0 0 0 0 0 28 1.05 1.22 4 T 2 -2 -1 -1 -4 0 -2 -3 -2 -2 -4 0 -2 -3 -4 4 3 -5 -2 0 17 1 2 3 0 4 1 1 1 1 1 4 1 1 0 33 21 0 1 6 0.53 1.27 5 E 0 -2 -1 3 -5 0 3 -3 -1 -1 -4 -2 -4 -5 -2 2 3 -6 -4 -3 6 1 2 16 0 4 23 1 2 4 1 1 0 0 1 19 19 0 0 1 0.55 1.32 6 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 4 4 -5 2 1 -4 -5 -1 -5 -4 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 24 39 0 4 5 1 0 3 0 0 23 0.95 1.38 7 K -1 -1 -1 -3 -4 1 0 -4 -2 -1 -2 2 -1 -5 -2 1 5 -5 -2 0 3 2 3 1 0 7 7 0 1 3 3 12 2 0 2 11 39 0 1 5 0.56 1.40 8 A 4 -4 -3 -3 -2 -2 -4 -1 -2 0 -2 -2 -1 -4 0 1 0 -6 -4 4 32 0 1 1 1 1 0 4 1 3 1 2 1 0 4 8 4 0 0 35 0.61 1.41 9 D -3 -3 2 6 -5 -2 -1 -3 -4 0 -3 -2 -2 -5 -2 2 1 -6 -5 0 1 0 11 41 0 1 2 1 0 5 2 1 1 0 2 15 10 0 0 6 0.77 1.41 10 K -1 2 0 -1 -5 0 -2 -1 -3 -3 -3 5 -4 -5 2 -1 -1 -5 -2 -1 5 11 5 3 0 3 2 4 0 1 2 43 0 0 9 3 4 0 1 4 0.64 1.37 11 T 0 -4 4 3 -4 -1 -2 -2 -2 -4 -3 -2 -4 -2 -1 1 4 -3 -3 -1 8 0 18 15 0 3 1 2 1 0 2 2 0 2 3 10 28 0 1 4 0.52 1.36 12 T -1 -1 4 -2 -4 1 0 1 -2 -3 -4 -2 -4 -5 -2 2 3 -5 -4 -1 3 4 24 1 0 7 5 9 1 1 0 1 0 0 2 14 22 0 0 5 0.53 1.37 13 A 5 -2 -3 -5 -4 0 -4 -3 -4 2 -2 -2 -2 -2 -1 0 -2 -5 -3 2 51 1 1 0 0 4 0 1 0 11 4 2 0 1 3 5 1 0 1 14 0.68 1.40 14 V -1 -2 -5 -4 -4 -1 -1 -4 -5 2 2 0 -2 -3 2 -2 0 -2 -2 4 4 2 0 1 0 2 3 1 0 13 20 7 0 1 9 3 5 0 1 27 0.41 1.42 15 A 6 -3 -2 -2 -3 -4 -4 -2 -4 -3 -4 -4 -4 -5 -2 -1 -3 -5 -2 -1 86 1 1 2 0 0 0 2 0 1 0 0 0 0 1 2 0 0 1 4 1.39 1.43 16 N -3 -3 6 6 -5 -2 -2 -2 -3 -4 -6 -3 -5 -6 -4 -2 -1 -6 -5 -4 2 1 42 45 0 1 0 3 0 1 0 0 0 0 0 2 3 0 0 1 1.44 1.41 17 G -2 -5 2 -2 -5 -3 -3 7 -4 -6 -6 -3 -5 -6 -3 -2 -2 -5 -5 -5 2 0 9 2 0 1 1 79 0 0 0 1 0 0 1 1 2 0 0 1 1.62 1.42 18 Q 0 0 1 -4 -5 2 -1 -1 -2 0 -1 2 -3 -5 -3 2 3 -6 -5 1 6 4 6 0 0 8 4 4 1 5 5 14 0 0 1 15 16 0 0 11 0.30 1.46 19 D 0 -4 0 6 -5 -2 1 -3 -2 -5 -4 -2 -2 -6 -4 2 1 -6 -5 -3 6 0 3 54 0 1 8 1 1 0 1 1 1 0 0 14 9 0 0 1 1.08 1.46 20 A 3 0 -2 -3 -4 0 0 -1 -2 -3 -3 0 0 -3 -1 1 3 -5 -2 -1 29 5 1 1 0 4 5 4 1 1 1 5 2 1 3 11 21 0 1 4 0.40 1.46 21 I 0 -4 4 -2 -4 -3 -4 -3 -1 4 -2 -4 -3 -1 -5 0 -1 -5 -1 3 9 0 24 2 0 1 0 2 2 25 2 0 0 2 0 6 3 0 2 21 0.62 1.44 22 T -2 -2 -2 -2 -2 2 0 -2 -3 -1 -2 0 -1 -4 -4 0 6 -5 -4 0 2 1 1 2 1 8 5 2 0 4 4 5 1 1 0 6 53 0 0 5 0.78 1.45 23 Y -1 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -4 3 3 -5 1 2 -6 -4 -4 -1 5 3 4 0 0 0 0 0 0 1 0 14 26 0 3 8 0 1 0 1 19 24 0.81 1.45 24 T -2 1 -1 -2 -4 2 -1 -4 -4 -2 -3 1 -2 -5 -4 0 6 -6 -5 -2 3 8 2 2 0 8 4 0 0 2 1 7 1 0 0 6 56 0 0 1 0.92 1.46 25 V 4 -5 -4 -5 -4 -4 -5 -3 -5 0 1 -4 -3 0 -5 -3 -2 -5 -4 4 42 0 1 0 0 0 0 1 0 5 11 0 0 4 0 1 2 0 0 34 0.86 1.47 26 K -3 1 -2 -3 -4 2 -2 -4 0 0 -2 2 0 -4 -3 0 5 -3 -1 0 1 7 1 1 0 8 1 0 3 6 3 13 2 1 1 6 40 0 2 5 0.60 1.45 27 V -2 -5 -6 -1 -4 -5 -5 -6 -6 2 2 -5 -2 -3 -5 -5 -3 -2 -2 6 2 0 0 4 0 0 0 0 0 7 16 0 0 0 0 0 0 1 1 69 1.26 1.49 28 M -1 2 -2 -3 -4 -1 -1 -5 -2 -1 -2 3 4 -4 -4 -2 4 -5 -1 0 5 10 2 1 0 3 3 0 1 3 4 18 10 0 0 2 31 0 2 7 0.53 1.47 29 K -3 -2 2 7 -6 0 -1 -3 -4 -6 -5 2 -5 -6 -4 -2 -2 -7 -2 -6 1 1 9 65 0 4 1 1 0 0 1 14 0 0 0 2 1 0 1 0 1.43 1.49 30 G 3 -1 4 2 -5 -1 -1 1 2 -5 -5 -2 -3 -4 -4 1 -2 -6 -5 -3 30 4 21 10 0 2 3 11 5 0 0 1 0 1 0 9 2 0 0 1 0.61 1.50 31 D -3 -4 5 2 -6 -1 -2 5 0 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -2 -2 -6 -5 -5 1 0 27 10 0 3 1 52 2 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 1 1.25 1.50 32 K 0 -2 6 -1 -5 2 -1 -1 0 -3 -4 1 -3 -5 -5 -1 0 -6 -3 -2 8 1 48 2 0 8 3 3 2 1 1 8 1 0 0 3 7 0 1 2 0.88 1.50 33 P 0 -4 -3 -3 -5 -4 -3 -4 -5 -4 -1 -2 -4 -6 7 -1 -1 -6 -3 -1 8 1 1 1 0 0 1 1 0 1 7 2 0 0 65 5 3 0 1 4 1.57 1.52 34 V -2 -5 -6 -6 -4 -1 -3 -2 -6 2 4 -5 1 -2 -5 -3 -3 -5 -3 5 3 0 0 0 0 3 2 3 0 9 35 0 2 1 0 2 0 0 1 40 0.86 1.52 35 S 3 -1 0 -2 -5 0 1 -2 -2 -3 -4 0 -4 -6 3 2 0 -6 -5 -1 24 2 5 2 0 5 10 3 1 1 1 7 0 0 13 16 6 0 0 4 0.41 1.52 36 N -2 -4 4 3 -6 -2 -1 5 -1 -6 -6 -2 -5 -6 -3 -2 -4 -6 -5 -6 1 0 23 15 0 2 3 50 2 0 0 2 0 0 1 1 0 0 0 0 1.20 1.52 37 Q -1 0 -2 -4 -5 5 0 -3 1 1 -2 0 -1 -3 -2 -1 -1 -5 -1 3 6 4 1 0 0 30 5 2 3 8 2 5 2 1 1 4 4 0 2 19 0.50 1.53 38 E 1 0 1 1 -5 0 2 -3 -4 -2 -3 1 -2 -5 1 0 2 -6 -3 -1 11 4 7 8 0 3 14 1 0 2 3 10 1 0 7 8 14 0 1 6 0.26 1.53 39 V -2 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -3 -6 2 -2 -5 -2 -4 -5 -5 -3 -6 -4 7 2 0 0 0 0 0 0 2 0 10 1 0 0 0 0 0 0 0 0 85 1.67 1.54 40 T 0 -1 3 -1 -4 -1 -1 -1 0 -1 -2 -3 -2 -3 -4 1 4 -5 -1 0 7 3 12 3 0 3 5 5 2 3 4 1 1 1 0 12 30 0 2 6 0.40 1.54 41 F -5 -6 -6 -7 -5 -6 -6 -6 -5 0 1 -6 -3 7 -7 -6 -5 9 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 11 0 0 48 0 0 0 31 0 6 1.95 1.54 42 T -1 0 0 -1 -4 1 -2 -4 -1 -1 -2 -1 -1 -3 -3 4 4 -2 -4 -3 5 5 4 3 0 6 2 0 1 4 3 3 1 1 1 30 28 1 0 1 0.55 1.53 43 T 3 -4 -4 -3 -2 -2 -4 -1 -1 0 -1 -2 -3 -5 -3 1 4 -5 -4 2 21 0 0 1 1 2 0 4 2 4 5 1 0 0 1 10 32 0 0 17 0.60 1.53 44 T -3 -3 3 4 -5 -1 -1 -2 -4 -5 -4 -2 -4 -6 0 2 4 -6 -5 -2 1 1 15 24 0 2 2 3 0 0 1 1 0 0 5 12 31 0 0 3 0.76 1.54 45 L 0 -2 4 -1 -5 -1 -2 2 0 -3 1 -1 -1 0 -3 0 -1 -5 -2 -2 8 2 24 3 0 3 3 15 2 1 15 3 1 5 1 8 3 0 1 2 0.34 1.54 46 G 1 -5 0 -1 -5 -4 -3 6 -5 -3 -4 -2 -5 -4 -3 -1 -3 -6 -6 -2 10 0 5 3 0 0 2 67 0 1 2 2 0 1 1 3 1 0 0 3 1.24 1.54 47 K 3 -2 1 -1 -4 0 0 -3 -1 -2 -3 1 -1 -5 -4 0 4 -6 -5 0 22 1 7 2 0 5 6 1 1 2 2 10 1 0 0 6 26 0 0 7 0.44 1.53 48 L -2 -5 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -1 1 5 -4 0 1 -3 -3 2 -5 -2 1 3 0 1 1 0 1 1 2 1 5 53 1 1 4 1 1 11 0 1 9 0.69 1.52 49 S 0 -2 1 0 -4 -1 -2 0 -3 -1 -3 -2 -3 -4 1 4 2 -5 -3 0 5 2 5 5 0 2 2 6 1 4 3 2 0 1 7 36 11 0 1 7 0.41 1.51 50 N 2 -2 0 -1 -4 2 -1 1 -2 -2 -3 2 -4 -3 1 2 1 -5 -4 -2 19 1 5 3 0 9 3 9 1 2 2 11 0 1 7 16 7 0 0 3 0.30 1.50 51 S 1 -2 0 -2 -4 2 -1 -1 -2 0 -3 0 -1 -4 2 2 3 -5 -3 -1 11 2 4 2 0 8 4 4 1 6 1 5 2 1 10 13 21 0 1 5 0.30 1.51 52 T -1 -2 -1 -2 -4 2 0 -3 -4 -1 -2 0 -1 -2 -3 3 4 -5 -4 -1 5 1 2 1 0 10 6 1 0 4 3 5 1 2 1 23 32 0 0 4 0.54 1.51 53 E 2 -4 0 -3 -4 -1 1 0 -4 -1 -3 -1 -2 -3 -2 2 2 -5 -4 3 15 0 4 1 0 3 8 7 0 3 1 4 1 1 1 16 11 0 0 25 0.37 1.52 54 K -1 1 -1 -2 -5 1 -1 -5 -4 1 0 2 -1 -3 -2 -1 4 -5 -2 1 4 7 3 2 0 6 4 0 0 8 8 15 1 1 1 3 28 0 1 9 0.39 1.54 55 T 1 -3 3 2 -3 -2 -2 2 -3 -2 -3 -2 -3 -3 -3 2 2 -4 -3 1 13 1 13 13 0 1 1 13 0 1 1 1 0 0 1 13 13 0 0 13 0.32 0.68 56 D 0 -2 4 4 -4 1 0 1 -2 -3 -3 0 2 -4 -3 0 -2 -4 -3 -3 6 1 20 27 0 6 6 10 0 1 1 6 7 0 1 6 1 0 0 1 0.50 0.77 57 T 3 -2 -1 -1 -4 0 1 0 1 -3 -4 0 -4 -5 1 1 2 -5 -4 -2 28 2 3 3 0 4 8 7 3 1 0 6 0 0 7 11 12 0 0 3 0.36 1.17 58 N -2 -2 5 4 -5 2 -1 -1 -1 -5 -4 -1 -2 -3 -2 -1 -1 -5 0 -5 4 1 35 26 0 9 2 3 1 0 2 3 1 1 2 4 3 0 3 0 0.77 1.17 59 G -2 -5 -3 -4 -5 -4 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 0 -4 -5 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 1.99 1.21 60 Y -2 0 -2 -2 -4 3 1 -3 -1 2 -1 2 -1 0 -4 -1 1 -4 1 2 1 4 2 1 0 14 7 1 1 13 4 11 2 3 0 4 11 0 5 13 0.27 1.18 61 A 5 -3 -4 -2 -1 -4 -4 -2 -4 -1 -2 -4 -3 -1 -4 -1 -1 -4 3 2 53 1 0 2 1 0 0 2 0 2 3 0 0 2 0 3 3 0 11 16 0.71 1.18 62 K -1 -1 -2 -1 -4 0 1 -3 0 0 -2 0 3 -4 -4 1 4 -5 -2 0 3 3 1 2 0 5 10 1 2 5 4 4 7 0 0 12 33 0 1 6 0.44 1.25 63 V 2 -5 -1 -5 -4 -2 -4 -4 -5 4 -1 -4 2 0 -5 -1 1 -5 -4 4 20 0 3 0 0 1 0 0 0 24 2 0 4 4 0 4 10 0 0 28 0.63 1.25 64 T -1 -1 -1 -1 -4 0 0 -3 -2 -2 -2 0 0 -3 -1 2 5 -2 -4 0 4 4 3 3 0 5 5 1 1 2 4 6 2 1 3 14 34 1 0 7 0.41 1.28 65 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -4 -5 2 5 -5 1 1 -6 -5 -4 -4 0 2 1 0 0 0 0 0 0 1 0 9 63 0 2 5 0 0 0 0 3 16 1.04 1.28 66 T -1 0 -1 -2 -1 -1 -3 -4 -4 -1 -3 -1 -1 -5 -4 2 6 -5 -3 0 2 6 2 2 1 2 0 0 0 2 1 4 1 0 0 12 58 0 1 6 0.91 1.28 67 S 1 -2 2 0 -4 -2 -2 0 -1 -2 -5 -3 -2 -5 -2 5 1 -6 -4 -3 11 1 11 4 0 1 1 5 2 3 0 0 1 0 1 52 7 0 0 1 0.77 1.29 68 T -1 -1 1 -1 -4 0 -3 0 -1 -2 -1 0 -1 -3 -3 1 5 -5 -2 0 3 2 7 3 0 5 0 6 1 2 6 6 1 1 1 12 34 0 2 8 0.41 1.37 69 T 0 1 1 -2 -4 0 0 -4 0 -1 -3 2 -3 -3 -3 0 4 -5 -2 2 9 8 6 1 0 5 4 0 2 4 2 15 0 1 1 5 24 0 1 14 0.35 1.37 70 P 5 -4 -1 -2 -4 -1 -2 -1 -2 -2 -3 -2 -4 -5 2 1 0 -6 -5 1 48 0 3 2 0 2 2 3 1 1 1 2 0 0 11 9 6 0 0 10 0.65 1.37 71 G -1 -5 -2 -2 -5 -1 0 7 -5 -6 -5 -3 -5 -6 -3 -2 -2 -5 -6 -3 4 0 1 2 0 2 6 78 0 0 1 1 0 0 1 1 3 0 0 2 1.51 1.37 72 K -1 -3 1 0 -5 1 1 -2 -2 0 -2 1 -2 -5 -1 0 2 -6 -5 2 4 1 7 6 0 7 11 2 1 5 4 10 1 0 4 8 16 0 0 16 0.26 1.37 73 S 3 -3 -1 -2 -2 -4 -4 -3 2 0 -2 -1 -3 -2 -3 2 1 -4 3 2 27 1 2 2 1 0 0 1 4 5 3 4 0 1 1 14 7 0 10 17 0.40 1.37 74 L -1 0 1 -2 -4 0 -1 -4 0 1 -1 0 -2 -5 -4 1 5 -3 -4 1 4 6 6 2 0 5 4 0 2 7 4 6 0 0 0 8 34 0 0 11 0.44 1.30 75 V -3 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -6 -6 3 -1 -5 0 -2 -5 -3 -3 -5 -4 6 0 0 0 1 0 0 0 0 0 17 3 0 1 1 0 1 0 0 0 76 1.42 1.30 76 S -1 -1 1 -2 -4 0 -1 -3 -2 -3 -4 -1 -1 -5 -4 3 6 -5 -4 -1 2 3 7 1 0 3 2 1 1 1 0 2 2 0 0 22 49 0 0 3 0.84 1.30 77 A 6 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -3 -5 0 -2 -4 -3 -5 -2 -1 -2 -5 -4 1 82 0 0 0 0 0 0 0 0 4 2 0 0 0 1 1 1 0 0 9 1.29 1.30 78 R -1 2 0 -2 -4 1 -1 -3 -2 -1 -4 1 -2 -5 -4 3 4 -5 -3 -2 4 10 5 2 0 7 3 1 0 4 0 8 1 0 0 25 27 0 1 2 0.53 1.31 79 V 2 -2 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