Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -2 -1 -1 2 -5 3 5 -3 -2 -5 -4 3 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 0 0 9 0 11 58 0 0 0 0 23 0 0 0 0 0 0 0 0 0.95 0.53 2 L -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 2 6 -5 4 1 -5 -5 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 76 0 10 4 0 0 0 0 0 0 1.24 1.06 3 P -3 -5 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -5 -5 -3 -5 -6 9 -3 -3 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.90 1.07 4 K -3 4 -4 -4 -5 0 -3 -5 -3 3 -3 4 1 4 -4 -3 -2 -4 -2 0 1 21 0 0 0 3 0 0 0 19 0 30 3 16 0 0 2 0 1 4 0.69 1.09 5 A 6 -4 -3 -4 -2 -1 -3 -1 -4 -4 -4 -1 -3 -5 -3 0 1 -5 -4 -3 77 0 1 0 0 2 0 4 0 0 0 3 0 0 0 5 8 0 0 0 1.11 1.08 6 A 1 -1 4 -3 -4 -3 -3 -2 -3 -4 -5 -3 -4 -5 3 1 4 -5 -4 -4 12 4 25 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 17 8 32 0 0 0 0.79 1.08 7 I -3 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -6 5 1 -5 2 -3 -5 -4 -3 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 35 8 0 4 0 0 0 0 0 0 53 1.21 1.13 8 E -1 -3 4 3 -5 3 0 -1 1 -1 -4 -3 -1 -3 -4 0 1 -5 1 -2 5 0 21 20 0 13 4 5 3 4 1 0 2 1 0 6 8 0 5 3 0.46 1.14 9 R -1 5 -3 -3 -5 0 -1 -4 -2 -5 -5 5 -1 -5 -4 -1 1 -5 -4 -4 5 32 0 1 0 2 1 0 0 0 0 46 2 0 0 2 9 0 0 0 1.05 1.14 10 I -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 0 6 2 -5 4 1 -5 -4 -3 -4 -2 2 1 0 0 0 0 0 0 0 3 50 14 0 13 5 0 1 0 0 1 11 1.01 1.14 11 F -3 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 6 1 -5 6 -1 -5 -5 -3 -5 -3 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 52 11 0 22 2 0 0 0 0 0 12 1.20 1.14 12 R -2 5 0 -3 -5 0 -2 -2 -1 -5 -5 5 -2 -5 -4 0 -1 -5 -4 -5 1 35 3 0 0 2 1 3 1 0 0 41 1 0 0 8 4 0 0 0 1.01 1.14 13 Q -3 4 -1 0 -2 3 5 -3 -3 -6 -5 2 -4 -6 -4 -1 -3 -5 -4 -5 1 21 2 5 1 10 42 1 0 0 0 13 0 0 0 3 0 0 0 0 0.92 1.15 14 G 0 -4 3 -3 -2 -3 -2 0 0 2 0 -3 3 -3 -5 -1 0 -5 -2 3 7 0 17 0 1 1 2 8 2 14 7 1 9 1 0 3 7 0 1 20 0.35 1.15 15 I 2 -4 -1 -5 -4 -4 -5 -5 1 2 5 -4 0 -3 -3 -3 -2 -5 -4 1 16 0 3 0 0 0 0 0 4 10 55 0 2 0 1 1 1 0 0 7 0.74 1.15 16 G -2 -4 -4 -1 -5 -4 -4 2 -4 -5 -6 -2 -5 -5 8 -2 -4 -6 -1 -5 1 0 0 4 0 0 0 18 0 0 0 1 0 0 70 2 0 0 3 0 1.85 1.14 17 E 0 -3 2 4 -2 0 3 2 2 -5 -5 -2 -5 -5 -2 1 -2 -6 -4 -5 9 1 10 21 1 3 20 16 5 0 0 2 0 0 2 10 1 0 0 0 0.57 1.14 18 R 1 0 0 -4 -4 -2 -2 -4 -4 2 2 -3 4 -1 -3 -3 0 -5 -2 3 15 6 5 0 0 1 3 0 0 9 23 0 10 2 1 1 6 0 1 18 0.37 1.14 19 R -2 6 -2 -4 -5 -2 -2 -1 -2 -4 -5 4 -2 -5 -4 0 0 1 -4 -3 3 48 0 0 0 0 1 4 1 1 0 24 1 0 0 8 6 2 0 1 0.95 1.14 20 L -2 -5 -6 -6 4 -5 -5 -6 -5 5 0 -5 1 2 -5 -4 -3 -5 -3 5 2 0 0 0 8 0 0 0 0 31 7 0 3 7 0 0 0 0 0 42 0.99 1.14 21 S 4 -4 -2 -3 -3 -2 -3 0 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -2 5 1 -5 -4 -3 34 0 0 0 0 1 0 5 0 0 0 0 0 0 1 53 7 0 0 0 1.00 1.14 22 Q 2 1 4 1 -2 -1 -2 -2 -2 -4 -5 4 -4 -5 -4 1 -1 -6 -4 -4 20 7 18 9 1 2 1 2 0 1 0 27 0 0 0 9 3 0 0 0 0.57 1.14 23 D -4 -1 0 6 -6 0 4 0 -3 -6 -6 0 -5 -6 -2 -3 -3 -6 -5 -6 0 3 2 55 0 2 26 7 0 0 0 4 0 0 1 0 0 0 0 0 1.25 1.14 24 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -3 -3 -3 -3 0 -3 1 2 -5 -4 -1 68 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 4 0 9 13 0 0 3 0.98 1.14 25 K 0 5 -3 -4 -5 1 -2 -4 -3 -2 -2 4 1 -5 0 -1 -1 -5 -3 -3 9 33 0 0 0 5 0 0 0 2 3 31 4 0 4 3 4 0 0 2 0.75 1.14 26 D -2 -3 -1 5 -6 0 6 -4 -1 -5 -5 -2 -5 -6 -4 0 -2 -6 -5 -2 2 0 1 31 0 2 52 0 1 0 0 1 0 0 0 5 1 0 0 3 1.17 1.14 27 T 0 -4 -3 -4 1 -3 1 -5 -4 1 4 -4 2 -1 -5 -3 1 -4 1 0 9 0 1 0 3 0 11 0 0 8 39 0 5 1 0 1 10 0 4 7 0.48 1.14 28 I -2 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 5 4 -5 3 0 -5 -4 -2 -5 -3 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 31 36 0 7 3 0 0 1 0 0 18 0.92 1.14 29 Y 2 -2 1 -4 -4 4 -3 -4 0 3 1 -3 0 -3 -4 -2 -1 -5 -1 1 22 2 7 0 0 19 1 1 2 15 13 0 2 1 0 2 4 0 2 9 0.38 1.14 30 D 0 2 3 2 -5 0 4 -3 0 -4 -4 -1 -2 -5 -4 0 -2 -6 -4 -3 8 13 15 11 0 2 35 1 2 1 1 2 1 0 0 6 1 0 0 1 0.63 1.14 31 F -2 2 -5 -6 10 -3 -5 -4 -5 -1 -1 -4 -1 2 -5 -2 -3 -4 -2 -1 3 12 0 0 59 1 0 1 0 3 4 0 2 8 0 3 0 0 1 4 1.60 1.14 32 V -1 -5 -5 -5 8 -1 -5 -2 -5 3 -1 -5 -1 -4 -5 0 -3 -5 -4 3 3 0 0 0 39 3 0 3 0 16 5 0 1 0 0 7 0 0 0 24 1.14 1.14 33 P -2 -2 3 -3 -4 3 -1 -3 0 0 -2 -1 0 -4 -2 3 2 -5 -4 2 1 1 13 0 0 13 3 1 2 4 2 3 2 0 2 22 14 0 0 18 0.40 1.14 34 T -2 0 -1 1 -3 0 6 -4 1 -5 -5 -1 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -2 -5 1 5 3 7 1 2 70 0 3 0 1 2 0 0 0 2 2 0 1 0 1.21 1.14 35 M -4 -1 -5 -6 -5 -4 -5 -2 3 0 -1 -5 0 8 -6 -5 -4 0 2 -3 0 4 0 0 0 1 0 3 8 5 4 0 3 66 0 0 0 1 5 0 1.43 1.14 36 A -2 -5 -5 -5 -4 -5 -5 1 -5 6 1 -5 -2 1 -5 -2 -3 -5 -3 2 2 0 0 0 0 0 0 13 0 58 9 0 0 5 0 3 0 0 0 10 0.97 1.14 37 E 1 0 0 -3 -1 0 2 -3 6 -5 -3 0 0 -2 -4 2 0 -5 -1 -4 11 4 5 0 2 4 13 1 23 0 2 5 2 1 0 20 6 0 1 0 0.56 1.14 38 Y -2 0 -4 -2 -3 -3 -1 -5 2 0 3 -3 3 5 -5 -2 -2 -3 1 -1 2 7 0 2 1 1 4 0 5 5 32 1 7 23 0 3 2 0 3 2 0.54 1.14 39 V 0 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 6 2 -5 0 -3 -5 -4 -3 -5 -4 4 7 0 0 0 0 0 0 0 0 45 21 0 1 0 0 0 0 0 0 25 1.03 1.11 40 A 3 -4 -3 -4 -1 -3 -3 -1 -4 -1 -4 -3 -3 0 -4 4 4 -5 -2 -3 29 0 0 0 1 0 0 4 0 3 0 0 0 4 0 35 23 0 1 0 0.74 1.11 41 N 1 -1 2 0 -4 -3 -2 0 -4 -2 -3 -2 -4 -5 -4 5 1 -5 -4 0 10 3 9 5 0 0 1 7 0 3 2 2 0 0 0 45 8 0 0 6 0.56 1.11 42 A 0 -1 -3 2 -6 1 6 -3 -1 -5 -5 -1 -1 -6 -4 -2 -1 -5 -4 -5 8 3 0 8 0 6 67 1 1 0 0 1 1 0 0 1 3 0 0 0 1.15 1.11 43 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 2 -2 -5 -4 -2 82 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 2 1.31 1.11 44 K 1 0 6 -2 -4 0 -1 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -4 2 -1 -5 -2 -4 14 4 50 0 0 3 3 0 0 0 0 3 0 0 0 18 3 0 1 0 0.93 1.11 45 S -2 0 0 4 1 2 4 -3 -1 -4 -5 0 -3 -5 -4 0 -1 -1 -4 -3 3 4 3 26 3 7 34 1 1 1 0 4 1 0 0 5 4 1 0 2 0.70 1.11 46 V 0 2 -4 -4 -1 -2 -2 -5 -1 5 0 1 0 -3 -4 -3 -2 -5 -4 2 7 14 0 0 1 2 2 0 2 36 6 10 2 0 0 1 2 0 0 14 0.53 1.07 47 L 3 -4 -4 -5 9 -4 -4 -1 -2 -4 -3 -4 -1 -4 -4 0 -1 -5 -4 -3 25 0 0 0 54 0 0 4 1 0 2 0 1 0 0 8 3 0 0 0 1.53 1.07 48 D -1 -1 3 1 -4 3 3 -1 3 -4 -2 -2 0 -4 -4 0 1 -5 -1 -3 5 3 13 8 0 12 18 5 9 1 3 1 2 0 0 5 10 0 2 1 0.37 1.07 49 A 1 3 0 -1 -1 2 0 -3 0 -3 -3 4 -2 -4 -3 -1 0 -4 -2 -3 11 17 4 3 1 9 4 1 2 1 3 30 1 0 0 3 7 0 2 1 0.47 1.04 50 S -1 0 0 4 -5 1 5 -1 -3 -5 -4 -1 -4 -5 -1 0 -2 -5 -4 -5 4 5 3 27 0 6 38 4 0 0 1 2 0 0 2 7 1 0 0 0 0.79 1.07 51 G -1 0 2 0 -2 2 1 3 -1 -5 -2 3 -3 -4 -4 0 -2 -5 1 -5 5 4 10 5 1 10 7 21 1 0 4 18 0 0 0 7 1 0 5 0 0.39 1.11 52 K -3 6 -3 -4 -6 -1 -2 -2 -3 -5 -5 5 -4 -1 -4 -2 -2 -5 -4 -5 0 49 0 0 0 0 0 3 0 0 0 41 0 3 0 2 2 0 0 0 1.29 1.11 53 K -3 3 -2 -3 -5 -1 -2 -4 -3 -5 -5 7 -4 -6 -4 -1 -1 -6 -4 -5 1 11 1 0 0 1 0 0 0 0 0 81 0 0 0 3 3 0 0 0 1.46 1.11 54 T -3 -4 0 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -1 -3 -3 0 -4 -2 -1 7 -5 -4 -1 0 0 3 0 0 0 0 3 0 4 0 0 2 0 1 0 83 0 0 4 1.37 1.11 55 L -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -2 -6 6 2 -5 0 -3 -5 -2 -2 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 3 0 62 21 0 1 0 0 3 1 0 0 9 1.13 1.11 56 M 2 -2 3 -2 -4 -3 -3 -3 -1 -1 -1 -2 5 -3 -4 2 2 -4 0 -3 17 1 15 1 0 0 0 1 1 4 4 2 17 1 0 18 14 0 4 0 0.47 1.09 57 E 2 -3 -3 -1 1 -3 -2 0 1 -4 -4 -1 0 -2 6 0 -1 -4 -2 -2 19 0 0 4 3 0 2 6 3 0 1 4 2 2 40 6 3 0 1 2 0.78 1.03 58 E -2 1 -2 3 -5 0 6 -3 -2 -5 -4 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -2 -4 2 9 0 18 0 3 57 1 0 0 1 2 0 0 0 3 1 0 1 0 1.04 1.03 59 H -4 -3 0 5 -5 -1 -1 -4 9 -4 -2 -3 -2 -3 -4 -3 -3 -4 2 -4 1 0 2 30 0 1 2 1 50 1 4 0 1 0 0 1 0 0 6 0 1.40 1.03 60 L -3 -1 -4 -4 -3 -4 -4 -2 -4 5 3 -4 -1 1 -4 -4 -3 -3 -3 2 1 5 1 1 0 1 1 3 0 37 28 1 0 6 1 1 1 0 0 14 0.69 0.95 61 K -1 1 -2 0 -2 3 1 -2 -1 -2 -1 3 -1 -3 -3 -1 -1 5 -2 -2 5 8 1 6 1 16 9 2 1 2 7 20 1 1 1 4 4 8 1 3 0.35 0.96 62 A 5 -3 -3 -1 -1 -2 -2 0 -3 -2 -2 -1 -2 -2 -3 -1 -1 1 -2 0 63 1 1 3 1 1 1 5 0 1 2 3 1 1 1 3 2 2 1 6 0.73 0.96 63 L 1 -2 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -3 1 4 -3 4 -1 -3 -3 -2 -3 -3 0 13 2 1 1 0 1 1 1 0 5 48 1 12 2 1 1 1 0 1 6 0.61 0.92 64 A 1 1 -2 0 -4 2 2 -2 -2 -1 -1 1 1 -4 -3 0 0 -2 -3 -1 13 9 1 5 0 11 15 3 1 3 7 9 4 0 1 8 5 0 1 4 0.21 1.02 65 D 0 0 3 3 -4 0 1 -2 -2 -3 -4 0 -1 -2 -3 1 1 2 -1 -2 7 6 14 18 0 4 9 3 1 1 1 5 2 2 1 12 8 3 2 3 0.31 1.02 66 V -1 -1 -3 0 -3 -2 -2 -3 -2 -1 5 0 1 -1 -2 -1 -1 -3 -3 0 6 3 1 6 0 1 2 2 1 1 52 6 2 2 2 4 3 0 1 6 0.48 1.01 67 L -1 -1 -2 -1 -2 -1 0 0 -2 0 2 -1 2 2 0 -1 -1 -1 -1 -1 4 4 2 3 1 2 6 9 1 6 22 4 6 10 4 4 4 1 2 4 0.13 0.62 68 M -1 0 1 -1 -2 0 0 2 -1 -1 1 -1 2 1 -1 0 0 -1 0 -1 5 4 6 4 1 4 5 14 1 3 12 4 7 7 3 6 6 1 3 5 0.07 0.58 69 V 0 1 -1 0 -1 -1 0 -1 0 1 -1 -1 -1 -1 0 0 1 -2 -2 2 7 9 2 7 1 2 5 5 2 8 5 3 1 2 6 7 8 1 1 17 0.09 0.67 70 E -1 0 -1 0 -2 1 3 0 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G 5 -2 -3 0 1 -2 0 0 -4 -4 -3 0 -3 -5 2 -2 0 -6 -5 -1 48 2 1 5 2 1 7 7 0 0 1 6 1 0 9 1 5 0 0 5 0.61 1.41 135 E 0 -3 0 2 -5 1 5 -1 -3 -5 -4 -2 2 -6 -4 0 1 -6 -5 -4 8 0 3 9 0 5 45 6 0 0 1 0 6 0 0 7 10 0 0 1 0.74 1.36 136 D -4 -4 1 8 -6 -1 -1 -4 -4 -5 -1 -1 -5 -6 -4 -1 -4 -7 -6 -5 0 0 4 80 0 3 0 0 0 0 6 3 0 0 0 4 0 0 0 0 1.71 1.36 137 V -4 -6 -6 -2 3 -5 -5 -6 -6 6 0 -5 1 -2 -1 -5 -3 -5 -4 4 0 0 0 3 6 0 0 0 0 46 6 0 3 1 3 0 0 0 0 33 1.11 1.36 138 E -3 2 -2 1 -6 2 4 -5 -3 0 -2 4 -4 -5 -4 -3 -3 -6 -5 0 1 9 1 7 0 10 27 0 0 5 5 25 0 0 0 1 0 0 0 7 0.63 1.34 139 K 0 -2 1 -4 -4 0 -2 -5 -2 0 4 -1 4 0 -5 -1 -2 -4 2 -2 9 1 7 0 0 4 3 0 1 6 36 5 11 3 0 5 2 0 8 0 0.43 1.27 140 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -4 -1 -3 -3 -4 -2 -1 0 -5 -1 -2 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 2 2 4 0 2 1 1.28 1.22 141 I -1 -4 -5 -5 -4 0 -1 -5 -5 4 2 -4 2 -3 -5 -1 -1 -5 -2 3 6 0 0 0 0 5 4 0 0 29 18 0 6 0 0 4 4 0 1 22 0.59 1.18 142 T -3 2 2 -2 -5 -1 -2 -4 -3 -5 -4 6 -4 -5 -4 0 1 -5 -1 -5 0 10 8 1 0 1 1 0 0 0 1 61 0 0 0 7 7 0 3 0 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