Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 P -2 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -2 -4 -5 9 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.55 0.49 2 A 2 -5 -5 -5 -3 -4 -3 -5 -5 5 -1 -4 -2 -3 -2 0 -2 -5 -4 5 15 0 0 0 0 0 2 0 0 33 0 0 0 0 1 7 0 0 0 42 0.83 0.96 3 A 6 -4 -2 -4 -3 -1 -1 1 -4 -4 -3 -3 -3 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -2 72 0 2 0 0 3 4 11 0 0 1 0 0 0 0 2 2 0 0 2 0.99 1.07 4 K -3 3 -1 -3 -6 0 -1 -4 2 -5 -5 7 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -4 -5 0 13 2 0 0 1 1 0 5 0 0 77 0 0 0 0 0 0 0 0 1.44 1.09 5 S -2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -2 -4 -1 -4 -2 -1 6 2 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 3 0 2 2 78 11 0 0 2 1.17 1.14 6 I -1 -4 1 -3 -2 1 -2 -4 -3 0 -1 -3 1 0 -2 5 -1 -5 0 -1 4 0 8 0 1 6 1 0 0 7 7 0 4 4 1 48 2 0 4 4 0.55 1.18 7 V -2 -5 -3 -6 -1 -5 -5 -6 -5 5 1 -5 1 -2 -5 -4 -1 -5 -2 4 2 0 2 0 1 0 0 0 0 41 13 0 2 1 0 0 3 0 1 34 0.97 1.16 8 T -2 -3 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 3 3 -4 0 -3 -5 -3 2 -5 -4 4 2 2 0 0 0 2 0 0 0 19 32 0 1 0 0 1 14 0 0 26 0.71 1.15 9 L -4 -3 -6 -6 -1 -5 -5 -2 -5 3 4 -5 3 4 -3 -4 -4 -4 0 -1 0 2 0 0 1 0 0 4 0 14 48 0 7 18 2 1 0 0 3 1 0.83 1.20 10 D -4 -2 0 6 1 -1 3 -3 2 -5 -4 -2 -4 -4 -4 -2 -3 -5 0 -2 0 1 3 48 3 1 23 2 5 0 2 2 0 0 0 2 0 0 4 3 0.97 1.14 11 V -2 -4 -5 -5 -1 -1 -3 -4 -5 4 -1 -4 1 -1 -4 -3 -3 -5 -3 6 2 0 0 0 1 4 2 1 0 26 2 0 3 2 0 1 0 0 0 54 0.96 1.13 12 K 0 0 -1 -3 -5 -1 0 -4 -3 -3 -4 7 1 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 6 2 3 0 0 0 3 0 0 2 0 76 4 0 0 2 0 0 0 0 1.25 1.13 13 P -2 -4 -4 -4 -5 -4 -4 -2 -4 -1 -2 -3 -4 -5 8 -1 -2 -6 -5 -1 3 0 0 0 0 0 0 3 0 3 4 0 0 0 74 4 2 0 0 4 1.83 1.15 14 W 0 -2 -2 -5 0 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -1 -4 0 -3 -2 -3 11 2 -3 9 2 2 0 2 0 2 0 0 1 2 5 0 4 1 3 2 57 7 2 1.92 1.20 15 D -4 -4 0 7 -6 -3 2 -1 0 -6 -6 -3 -5 -6 -4 1 -1 -7 -5 -6 0 0 4 63 0 0 11 5 2 0 0 0 0 0 0 13 2 0 0 0 1.33 1.24 16 D 1 -4 0 6 -5 -1 2 -2 -4 -2 -3 -2 -4 -5 -4 -1 -1 -6 -5 -2 11 0 3 54 0 2 10 2 0 3 2 1 0 0 0 4 3 0 0 4 0.94 1.20 17 E -3 -1 0 3 -5 0 6 -3 -3 -5 -5 -1 -4 -5 -3 0 0 -5 -4 -3 0 2 3 13 0 3 58 2 0 0 0 3 0 0 0 6 7 0 0 2 1.01 1.17 18 T -1 -2 -1 -4 -4 0 -2 -4 -4 1 -1 -1 3 -4 -4 -1 6 -5 -4 0 3 2 2 0 0 4 2 0 0 9 4 3 7 0 0 3 55 0 0 6 0.84 1.27 19 N -4 -1 2 7 -5 -3 0 -1 -3 -5 -5 -3 -5 -5 0 -1 -3 -6 -1 -2 0 4 7 65 0 0 3 4 0 0 0 0 0 0 4 4 0 0 3 4 1.25 1.26 20 L -4 0 -4 -5 -4 0 -4 -5 3 1 2 -4 7 1 0 -4 0 -4 -3 0 1 5 0 0 0 5 0 0 8 8 21 0 29 5 5 0 5 0 0 5 0.72 1.35 21 E 3 -1 0 1 3 1 0 -1 -4 -1 -2 0 1 -1 -4 -1 1 -5 -4 -1 26 4 4 7 5 6 7 4 0 4 4 7 3 3 0 4 8 0 0 4 0.23 1.34 22 E 2 -1 -3 0 -5 2 4 -3 -1 -3 -2 3 -2 -5 -4 -1 -2 1 -2 -1 20 2 0 4 0 8 25 2 2 1 4 20 1 0 0 3 1 2 1 4 0.49 1.41 23 M -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -5 2 5 -4 5 0 -1 -2 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 52 0 16 4 4 3 0 0 0 9 0.94 1.39 24 V 1 -2 -3 -1 -1 0 5 -3 -3 -3 -1 0 -4 -1 -2 0 -1 0 -2 -2 13 1 0 1 1 2 47 2 0 1 7 5 0 3 2 5 4 1 1 2 0.62 1.39 25 A 2 -1 0 0 -5 0 3 -1 -1 -2 -4 4 -4 -2 -2 -1 -1 -5 -4 -1 18 3 5 4 0 4 18 4 2 2 0 23 0 2 2 3 4 0 0 4 0.41 1.47 26 N 0 -2 3 -2 6 0 0 -2 2 -3 -1 3 -1 -2 -4 0 -2 -5 0 -2 8 2 13 2 15 3 6 2 5 2 5 20 2 2 0 6 2 0 3 3 0.42 1.48 27 V -2 -5 -5 -5 1 -5 -5 -2 -5 3 1 -5 1 1 -5 -4 -1 -5 -4 6 3 0 0 0 3 0 0 3 0 17 9 0 3 5 0 0 4 0 0 50 0.89 1.46 28 K -4 6 -1 -2 3 1 -1 -3 3 -2 -3 3 -4 -5 -2 -3 -2 -5 -1 -4 1 45 3 2 5 5 2 2 6 2 3 16 0 0 2 1 2 0 2 0 0.87 1.44 29 A 3 0 -1 -2 -4 -1 -1 0 -4 -4 -3 1 -1 -2 -2 4 1 -5 -4 -4 22 5 2 2 0 3 4 7 0 0 2 9 1 2 1 30 9 0 0 0 0.46 1.40 30 I -2 -5 -1 -5 -4 -5 -5 -5 -5 6 0 -5 -2 -1 -5 -4 0 -5 -4 3 2 0 4 0 0 0 0 0 0 56 6 0 0 2 0 0 5 0 0 21 1.11 1.40 31 E -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 -4 1 0 0 0 -5 -4 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 0 0 6 0.09 1.78 32 M -1 -1 -2 -2 1 0 -2 -2 2 2 0 -1 6 -4 1 -2 -1 1 -4 1 6 3 2 3 3 5 3 3 5 9 10 5 20 0 8 2 3 2 0 8 0.33 1.59 33 E -1 -4 0 6 -5 0 3 -2 1 -5 -5 -1 -5 -5 0 -1 -4 -5 0 -5 5 0 4 43 0 4 18 3 3 0 1 3 0 0 6 4 0 0 3 0 0.90 1.59 34 G -1 -1 0 -1 -5 -4 -2 7 -4 -5 -5 -2 -5 -2 -4 -1 -4 2 -5 -5 3 3 5 4 0 0 2 70 0 0 1 2 0 2 0 3 0 2 0 0 1.32 1.44 35 L -2 -2 -5 -5 0 -4 -5 -3 0 1 6 -4 1 -1 -5 -3 -4 -4 -4 -1 2 2 0 0 2 0 0 2 2 5 72 0 3 2 0 2 0 0 0 3 1.06 1.44 36 T -1 -2 -2 -2 1 -2 0 -5 -1 1 0 1 1 1 -4 -2 2 -4 -3 4 3 1 2 2 3 1 5 1 1 6 10 10 3 6 0 2 14 0 0 28 0.35 1.42 37 W -4 -1 -5 -5 -1 -1 -4 -2 -4 -1 -2 -2 -3 1 -5 -3 -4 12 1 -4 1 4 0 0 1 3 0 3 0 3 4 2 0 5 0 2 0 67 3 0 2.48 1.33 38 G 1 2 2 -3 -4 -2 -3 1 -2 -4 -4 1 -3 -3 -3 1 1 6 3 -3 11 11 10 1 0 0 1 11 0 1 1 11 0 0 1 11 11 10 10 1 0.42 0.90 39 A 2 -3 -3 0 2 0 1 2 1 -1 -2 0 -3 -1 -1 1 1 -4 -4 -1 17 0 0 5 4 5 9 14 3 4 4 6 0 3 4 9 9 0 0 4 0.19 1.24 40 H 0 0 1 0 3 -3 0 0 3 0 -4 -4 2 1 1 0 0 -4 2 0 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 1 0 6 6 6 6 6 0 6 6 0.17 1.67 41 Q 0 1 1 -3 3 1 1 0 3 -4 -4 1 3 -4 -4 0 1 -4 2 -4 8 8 7 0 7 7 8 8 7 0 1 8 7 0 0 8 8 0 7 0 0.31 1.34 42 F -4 1 1 -4 2 1 -1 -5 -4 0 2 3 1 3 -4 -3 -1 5 -3 -1 1 6 6 0 4 6 4 1 0 5 19 17 4 11 0 1 4 7 0 4 0.37 1.34 43 I -1 -3 -1 -2 1 0 1 -5 -4 3 1 1 0 -1 -4 -2 -1 -5 -4 3 4 0 3 3 3 4 11 0 0 14 14 10 2 2 0 3 4 0 0 22 0.31 1.40 44 P 0 -4 -1 1 -4 -3 0 -4 -1 -4 -3 0 -4 -1 7 -1 -2 -5 -4 -4 7 0 2 9 0 0 5 1 2 0 3 5 0 4 54 5 2 0 0 1 1.20 1.25 45 I -1 -4 -4 -4 -3 -2 -2 -3 1 3 1 -1 1 -1 -4 -3 -2 -4 -3 5 5 1 0 1 0 2 2 2 3 19 10 4 4 2 1 1 2 0 0 40 0.61 1.22 46 G 4 0 -3 -4 2 -3 -2 5 -4 -4 -4 -3 -4 -1 -1 0 -3 -5 -4 -2 30 6 0 0 4 0 3 38 0 0 1 0 0 3 3 6 0 0 0 4 0.74 1.26 47 F 0 -3 -3 -4 2 1 0 0 3 0 -3 -3 -3 4 -4 1 -3 -2 6 -3 9 0 0 0 5 6 6 7 7 6 1 0 0 15 0 10 0 0 26 1 0.57 1.12 48 G 0 1 1 1 -4 -3 1 0 -3 -3 -4 1 -3 2 -4 0 1 -4 2 0 8 8 8 8 0 0 8 8 0 0 1 8 0 8 0 8 8 0 8 8 0.21 1.23 49 I -1 -4 0 -4 4 -4 -4 -4 -4 4 1 -4 3 1 -4 1 -3 -4 -3 1 6 0 5 0 10 0 0 1 0 28 12 0 9 6 0 10 0 0 0 10 0.52 1.08 50 K -2 1 0 -3 2 1 0 -2 1 -4 -2 5 0 0 -4 -1 -2 2 1 -4 3 6 4 0 5 7 7 3 4 0 3 34 2 5 0 4 2 3 6 0 0.47 1.27 51 K 0 1 1 -4 -4 -3 -3 -4 3 -3 0 1 3 2 -4 0 1 5 2 0 8 8 7 0 0 0 0 1 7 0 8 8 7 7 0 8 8 7 7 8 0.32 1.34 52 L -3 0 -4 -4 -3 -3 -4 -5 -3 1 4 -3 4 2 1 -4 -3 -3 2 -2 1 7 0 1 0 0 1 1 0 9 44 1 11 8 9 1 1 0 7 1 0.64 1.00 53 Q -2 2 -3 -3 -4 6 -1 -2 2 0 0 1 1 -4 -4 -1 -1 -4 -3 0 3 12 0 0 0 35 2 3 4 6 8 7 4 0 0 3 4 0 0 6 0.53 1.12 54 I -1 -4 -4 -4 4 -1 -4 -4 -4 5 0 -4 3 0 -4 -1 -1 -3 2 2 4 0 0 1 8 3 1 1 0 35 8 1 8 4 1 4 3 0 6 13 0.59 1.10 55 N -1 -2 1 -1 0 2 -1 -1 0 -1 0 0 3 -4 -1 3 0 -4 -4 -2 4 2 6 4 2 11 4 6 3 4 9 5 9 0 3 20 6 0 0 3 0.21 1.24 56 C 0 -1 -4 -5 9 -4 -4 -4 -4 -1 0 -4 1 0 -4 -2 0 2 1 0 7 3 0 0 42 0 1 1 0 4 10 1 4 4 0 2 5 3 5 6 1.03 1.19 57 V -1 -4 -2 -4 -3 -4 -3 -3 -2 2 -1 -2 1 -2 -4 -1 2 -5 -4 6 4 0 2 0 0 0 2 2 1 9 3 3 3 1 0 3 13 0 0 52 0.74 1.24 58 V -1 -4 -3 -4 -3 -4 -2 -5 -1 5 -1 -3 0 -3 -2 -4 -1 -5 -4 5 6 0 2 0 0 0 3 1 2 30 4 2 2 0 2 0 2 0 0 41 0.78 1.24 59 E -3 -3 -3 -1 -5 -2 6 -1 -1 -1 -3 -1 -3 -3 -2 -3 -2 2 -1 2 1 0 0 2 0 0 57 4 1 4 2 2 0 1 2 0 1 3 2 14 0.83 1.26 60 D -4 -4 1 7 -2 -1 0 0 -3 -5 -5 -3 -5 -5 -4 -3 -1 -5 -5 -3 1 0 4 68 1 2 4 8 0 0 1 0 0 0 0 0 4 0 0 3 1.31 1.24 61 D -3 -1 0 6 -5 -1 2 -3 2 -5 -3 -3 -1 -5 -2 -1 -3 -5 -3 -5 2 3 4 53 0 2 11 1 6 0 3 0 2 0 2 4 0 0 1 0 0.92 1.26 62 K -2 -1 -1 -3 -4 -1 1 -4 -1 -1 2 5 -1 -2 -4 -2 -2 0 -3 -2 2 2 3 0 0 1 8 1 1 4 18 42 1 2 0 2 2 2 0 2 0.51 1.27 63 V -2 -5 -4 -5 2 -4 -5 -1 -5 1 0 -4 1 -2 -4 -2 -1 -5 -4 6 1 0 0 0 5 0 0 6 0 7 5 0 3 1 0 3 4 0 0 55 0.77 1.29 64 S -2 -2 0 0 0 -1 -2 3 0 -1 -3 -3 -3 -4 -2 5 -2 -5 -3 -4 0 2 4 5 2 2 2 22 2 4 2 0 0 1 2 40 0 0 1 1 0.54 1.36 65 L -3 -4 -4 -3 -4 -4 -3 -1 -5 1 1 -4 2 -2 -1 -2 5 -5 -4 3 0 0 0 2 0 0 1 5 0 6 14 0 5 1 4 1 33 0 0 21 0.54 1.45 66 D -4 -1 0 7 -3 -1 1 -3 -1 -5 -4 -2 -5 -6 -3 -2 -3 -7 -4 -5 0 3 3 65 1 2 8 1 1 0 2 2 0 0 1 1 0 0 0 0 1.28 1.49 67 D -1 1 -1 4 -5 -2 2 -1 -3 -2 -1 -1 2 -2 -4 -1 1 2 -4 -3 5 6 2 25 0 0 13 4 0 3 7 3 6 2 0 4 7 3 0 1 0.31 1.47 68 L -3 -1 -6 -6 -4 -2 -3 -6 -5 3 5 -5 -1 -2 -4 -5 -4 -5 -1 1 2 4 0 0 0 2 1 0 0 14 57 0 1 1 1 0 0 0 2 9 0.83 1.47 69 Q -3 -4 -3 -1 -1 3 4 -4 -1 3 -3 -1 -3 -3 -1 -2 0 -5 -4 1 1 0 0 2 1 13 30 1 1 18 1 3 0 1 2 3 5 0 0 10 0.47 1.48 70 Q -3 -3 -2 3 -6 0 7 -4 0 -5 -4 -2 -2 -6 -4 -2 -4 -6 -5 -3 2 0 1 13 0 3 65 1 2 0 2 1 1 0 0 2 0 0 0 2 1.19 1.47 71 S 0 0 -2 -2 1 3 4 -2 -3 -3 -2 3 0 -4 -3 -2 0 0 -5 -3 9 4 1 2 3 14 23 2 0 1 5 17 2 0 0 2 5 1 0 1 0.38 1.50 72 I -2 -6 -6 -6 0 -4 -2 -6 -6 7 -1 -5 -1 -2 -3 -4 -3 -5 -4 2 4 0 0 0 2 0 3 0 0 63 4 0 1 1 1 1 1 0 0 14 1.13 1.49 73 E -1 -3 -1 -1 -3 1 4 -2 -1 -3 -2 -2 3 -5 -1 -1 3 -5 -4 -3 5 0 2 2 1 6 32 2 1 1 4 1 7 0 3 4 20 0 0 1 0.47 1.44 74 E 2 -2 0 0 -5 -1 3 0 -4 -3 -4 2 -4 -5 3 -1 -2 -5 -5 -3 18 1 3 6 0 2 21 6 0 1 2 14 0 0 13 4 1 0 0 1 0.39 1.45 75 D -3 -4 -2 1 -1 -5 -5 -5 1 2 0 -5 2 6 -2 -2 -4 2 0 0 2 1 2 7 1 0 0 0 3 13 7 0 5 39 2 3 0 3 1 5 0.73 1.47 76 E -3 -1 3 1 -6 0 6 -1 -3 -5 -5 -2 -2 -6 0 -2 -3 -5 -5 -4 1 2 13 6 0 3 54 4 0 0 0 1 1 0 5 2 1 0 0 1 0.93 1.45 77 D -4 -4 0 6 -6 -1 4 0 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -1 -3 -3 -6 -6 -4 0 0 4 45 0 2 29 7 0 0 0 1 0 0 3 0 1 0 0 1 1.10 1.50 78 H -4 -4 -3 -1 -2 0 0 -3 5 -3 1 -4 -1 2 -5 -2 -4 1 6 -3 1 0 1 3 1 3 7 2 15 0 13 0 1 7 0 4 1 1 32 1 0.73 1.44 79 V -3 -3 -6 -6 -2 -5 -5 -6 -6 2 -2 -5 1 -2 -5 -5 -3 -5 -1 7 0 2 0 0 1 0 0 0 0 9 0 0 3 1 0 0 0 0 2 81 1.51 1.46 80 Q -3 -2 -3 -3 -5 8 0 -3 -2 -3 -4 -1 -3 -6 -2 -1 -3 -5 -4 -5 0 0 0 0 0 83 3 1 0 2 1 2 0 0 2 4 0 0 0 0 1.78 1.42 81 S -2 -2 -1 -3 -4 -3 -3 -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -3 7 0 -5 -4 -4 0 2 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 89 3 0 0 0 1.54 1.38 82 T 0 -5 -5 -5 6 -4 -4 -3 -5 0 -2 -5 5 -4 -5 -1 2 -5 -4 5 6 0 0 0 18 0 1 2 0 2 0 0 16 0 0 4 11 0 0 40 0.97 1.40 83 D -4 -4 1 7 -6 0 2 -3 0 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -3 -1 -7 -5 -4 0 0 5 67 0 5 12 2 2 0 0 2 0 0 0 0 3 0 0 1 1.47 1.40 84 I -4 -5 -2 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 -1 -5 3 -2 -5 -3 0 -5 -4 4 0 0 2 0 0 0 0 0 0 53 1 0 6 1 0 1 5 0 0 30 1.22 1.38 85 A 5 -3 -2 -1 -4 -3 0 -2 -3 0 -2 -4 -3 -5 -2 -2 0 -6 -5 3 44 1 2 4 0 1 6 2 0 6 3 0 0 0 1 1 7 0 0 23 0.62 1.37 86 A 6 -4 -4 -2 0 -3 -3 -3 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -4 3 -1 -6 -5 -1 63 0 0 2 2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 25 3 0 0 4 1.10 1.35 87 M -5 -5 -6 -6 -5 -5 -6 -6 -4 -2 0 -5 6 8 -6 -3 -4 3 0 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 24 65 0 2 0 4 0 0 1.78 1.32 88 Q -3 -3 8 -2 0 3 -2 -3 1 -6 -6 -1 -4 -6 -5 0 -1 -6 -5 -5 1 0 67 0 2 16 0 0 3 0 0 2 0 0 0 6 3 0 0 0 1.48 1.29 89 K -3 1 -3 -3 -6 -1 -1 -4 -3 -3 -5 7 -2 -6 -4 -3 -2 -6 -5 -3 0 3 0 0 0 0 2 0 0 1 0 88 1 0 0 0 2 0 0 2 1.63 1.27 90 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 7 3 -5 -1 -3 -6 -5 -3 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 32 0 0 0 0 0 0 0 0 8 1.33 1.20 K Lambda Standard Ungapped 0.1316 0.3135 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1831 0.3169 PSI Gapped 0.0561 0.2670