Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 5 -4 -4 -4 0 -4 -4 -3 -5 -3 -4 -4 -4 -5 -4 4 -2 -6 -5 3 42 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 36 0 0 0 21 0.99 1.41 2 S -2 -4 0 -3 -5 -1 -4 -3 -5 -5 -6 -3 -5 -6 -1 6 5 -6 -5 -5 2 0 4 1 0 2 0 2 0 0 0 1 0 0 3 52 34 0 0 0 1.25 1.87 3 P 2 -3 -4 -2 -4 0 -1 -3 -5 -6 -4 0 0 -7 7 0 -3 -7 -6 -3 15 1 0 2 0 4 3 1 0 0 2 5 2 0 55 6 1 0 0 2 1.35 1.98 4 Q -2 -2 0 1 -7 3 6 -2 1 -4 -4 -1 -2 -5 0 0 -3 -6 -5 -5 3 1 3 6 0 11 52 3 3 1 2 2 1 0 4 6 1 0 0 1 0.97 2.01 5 L -4 -3 -3 -2 -6 5 3 -5 -2 3 1 -3 0 -3 -1 -2 0 -6 -4 1 1 1 1 3 0 25 15 1 1 15 15 1 2 1 3 2 5 0 0 8 0.56 2.05 6 E -2 0 -1 2 -4 3 5 -4 3 -5 -3 0 -5 -5 0 0 -3 3 -1 -4 3 4 3 9 0 11 32 1 6 1 3 6 0 0 5 8 1 3 2 1 0.57 2.06 7 E -2 1 0 2 -3 3 5 -4 4 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 3 7 4 10 1 12 31 1 10 1 4 3 1 1 1 4 2 0 1 2 0.61 2.06 8 L -4 -5 -4 -5 -3 -6 -5 -7 -6 2 5 -6 4 1 -3 -6 -2 -1 -4 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 11 59 0 8 5 1 0 2 1 0 6 1.11 2.07 9 I -1 -5 -4 -7 -1 -6 -6 -5 -6 6 1 -6 1 -2 -4 -3 1 -6 -2 3 6 1 1 0 1 0 0 1 0 48 10 0 3 1 1 2 8 0 1 17 1.03 2.10 10 T 1 0 2 0 -6 4 1 -3 2 -4 -3 -1 -3 -6 -1 1 2 -6 -4 -4 10 5 9 6 0 19 9 2 5 1 3 3 1 0 3 11 10 0 1 1 0.40 2.12 11 K 1 3 2 -1 -1 2 0 -4 0 -1 -3 2 0 -5 -1 2 1 -6 -3 -3 11 12 8 3 1 8 6 1 2 4 2 11 3 0 3 13 9 0 1 2 0.28 2.13 12 V -2 -4 -7 -5 -3 -3 -4 -7 -6 4 4 -5 1 -2 -2 -4 -4 -6 -2 3 3 1 0 1 1 1 2 0 0 23 41 1 3 1 2 1 1 0 1 19 0.91 2.14 13 S -2 -2 -4 -4 0 -4 -4 -5 -1 2 2 -2 2 -4 -4 0 1 -6 -2 5 4 3 1 1 2 1 1 0 1 8 18 2 4 0 1 8 9 0 1 33 0.55 2.16 14 K -1 4 -1 0 -2 2 3 -1 -1 -4 -4 3 -2 -5 -3 -1 -1 0 0 -3 6 21 3 5 1 7 15 4 1 1 1 15 1 0 1 5 4 1 4 2 0.43 2.14 15 A 6 -4 -5 -4 2 -2 -1 -2 -3 -2 -3 -2 -3 0 -3 2 -2 -6 -2 -4 58 1 0 1 4 2 4 2 0 2 2 2 0 4 1 14 2 0 2 0 0.93 2.13 16 H -4 -2 -1 -2 -3 2 2 -4 9 -4 -2 -1 -2 0 -3 -3 -5 -1 3 -4 1 2 3 2 1 8 14 1 42 1 4 3 1 4 1 2 0 1 8 1 1.20 2.08 17 Q -1 2 0 -2 -2 4 0 -4 0 0 0 -1 2 -2 1 -2 0 -5 -2 0 5 12 4 2 1 17 5 1 2 5 9 3 5 1 8 3 7 0 1 7 0.26 2.03 18 E -1 2 0 3 -6 1 4 -3 1 -3 -3 1 -3 -3 -1 -2 -1 -5 1 -4 5 9 4 16 0 5 26 2 3 1 3 8 1 1 3 3 3 0 4 1 0.47 2.07 19 T -1 -3 -2 -3 1 -1 0 -3 0 -2 -2 -3 1 -2 0 2 5 -5 1 -2 4 1 2 1 3 3 7 2 2 3 4 1 3 1 6 14 35 0 5 3 0.51 2.10 20 F -1 -3 2 -3 6 -2 0 -3 1 0 -1 -3 1 4 -2 0 1 -5 1 -2 5 1 9 2 15 2 6 3 3 5 5 2 4 14 2 8 8 0 4 3 0.39 2.09 21 P 0 -3 -2 1 -6 3 0 -3 0 -1 -3 -1 -2 -3 6 0 -2 -1 -2 -2 8 1 2 7 0 13 5 2 2 4 3 3 1 1 32 8 2 1 2 2 0.63 2.17 22 S 0 -1 0 2 0 2 0 -3 -1 -3 -2 -1 -2 0 1 3 0 -1 2 -2 9 3 4 10 2 8 5 2 2 2 5 3 1 3 7 20 5 1 7 3 0.21 2.17 23 L -1 0 -1 -1 -1 1 0 0 -5 0 2 -2 2 0 0 0 1 -1 0 -1 5 4 3 3 1 6 6 7 0 5 20 2 5 4 6 7 7 1 3 4 0.11 2.16 24 C 0 2 -2 -1 4 0 2 -2 0 -1 0 -2 0 -1 -1 1 0 -5 -2 -1 7 12 2 3 7 3 13 4 2 3 10 2 2 3 4 10 6 0 1 5 0.17 2.17 25 Q -2 -1 0 2 0 4 3 -3 1 -2 -3 0 0 -3 0 0 -1 0 1 -4 4 4 5 10 2 15 15 2 4 2 2 6 2 1 5 6 3 1 4 1 0.25 2.22 26 L 0 -1 -2 -2 -2 -1 -1 -3 1 1 3 -2 2 1 0 -3 -1 4 0 0 7 4 2 3 1 3 4 2 4 6 25 2 5 5 5 2 3 5 3 6 0.17 2.22 27 G -1 1 1 1 -1 0 -1 0 0 -1 -1 1 1 -1 -1 0 0 0 -1 -1 6 7 5 9 1 3 4 8 3 3 7 8 3 3 3 8 6 1 2 4 0.00 2.24 28 K 0 1 -1 -1 1 2 -1 -3 2 -2 -2 2 0 -1 2 -1 -1 1 2 -2 6 7 3 3 2 9 4 2 4 2 5 10 2 2 12 4 3 2 6 3 0.13 2.25 29 Y -1 -1 -1 0 1 0 0 -2 2 0 -1 0 1 1 1 0 -1 4 2 -1 4 4 3 5 3 4 6 3 4 5 5 5 3 6 6 8 4 5 7 4 0.06 2.22 30 T -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 31 T -2 0 -1 -1 2 2 -1 -2 3 -1 -2 -1 1 1 1 -1 0 3 2 -2 3 6 3 4 4 9 4 3 7 4 4 4 3 5 7 4 6 4 7 4 0.12 2.25 32 N -1 0 2 0 1 2 1 -1 2 -1 -1 -1 0 0 0 1 0 1 -2 -2 5 5 8 5 3 7 8 5 4 4 6 3 3 3 5 9 5 2 2 3 0.03 2.23 33 S -1 0 0 -1 3 0 1 -2 -1 -1 -1 0 2 1 2 0 -1 1 0 -1 5 4 5 4 5 5 10 4 1 3 5 5 5 5 9 6 4 2 4 4 0.06 2.24 34 S -1 -2 0 0 1 0 -1 -2 1 0 -2 -2 0 -1 3 1 0 1 2 0 6 2 4 4 3 4 4 3 3 5 5 2 2 3 13 12 6 2 6 6 0.10 2.25 35 A 0 0 0 1 3 0 0 -1 2 -2 -2 0 0 -1 1 1 -1 2 0 -1 7 5 5 7 5 4 7 6 4 3 4 5 3 3 7 9 4 2 3 4 0.03 2.24 36 D -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 37 H -2 -1 1 0 2 2 1 -1 4 -2 -3 -2 0 -1 1 1 0 -1 2 -3 4 4 6 4 4 9 9 4 8 3 3 2 3 2 7 10 5 1 7 2 0.15 2.21 38 R -2 3 0 -1 0 3 1 -1 0 -2 -1 0 1 -2 1 0 -1 -1 0 -2 3 13 4 3 2 13 8 5 2 2 6 4 3 2 7 8 3 1 3 3 0.13 2.21 39 V -2 1 0 -1 -1 0 0 -1 0 0 -1 0 1 -1 3 0 -1 -6 -2 1 3 7 5 4 2 4 6 6 2 5 7 5 3 3 14 7 4 0 2 8 0.08 2.19 40 Q -2 0 0 1 0 1 0 -2 1 -2 -2 2 2 1 2 0 0 1 0 -1 4 4 4 8 2 6 6 4 3 3 4 10 5 6 8 6 5 2 3 5 0.06 2.22 41 L -1 -1 0 -1 1 0 1 -2 1 -2 -1 -1 0 -1 1 2 1 -6 -1 -1 4 4 4 4 3 5 8 4 3 3 7 4 3 3 7 17 8 0 2 5 0.08 2.22 42 D -1 1 1 1 2 0 1 -2 1 -1 -2 -1 2 0 0 -1 -1 2 1 -1 5 6 5 8 4 5 8 3 3 4 4 4 4 3 4 6 5 3 5 4 0.04 2.22 43 L -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 44 G 0 0 0 0 1 1 1 -1 1 -2 -2 1 2 -1 -1 1 0 2 -1 -1 7 5 5 5 3 6 10 5 3 3 4 7 5 3 3 9 5 2 3 4 0.03 2.23 45 L -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 46 W -2 -2 -3 -3 0 -1 -3 -2 0 0 1 -3 3 3 1 -2 -1 8 -1 0 3 3 2 1 2 3 2 3 3 6 12 2 7 12 7 4 4 18 1 6 0.54 2.10 47 D -2 0 1 2 -1 3 3 -2 2 -4 -3 -1 0 -3 0 0 1 -2 -2 -4 4 5 6 11 2 14 16 3 5 1 3 3 3 1 4 7 8 1 1 1 0.33 2.07 48 K -2 2 1 1 1 3 0 -3 5 -3 -1 0 -1 -2 -3 1 0 -6 -2 -1 3 9 6 8 3 12 7 2 12 2 7 5 1 2 1 10 5 0 2 4 0.28 2.08 49 F -3 -6 -4 -4 6 -3 -4 -6 -2 2 3 -6 2 5 -4 -4 -2 1 -1 1 2 0 1 1 15 1 1 0 1 12 23 0 5 21 1 1 3 2 2 8 0.79 2.08 50 S 3 -2 1 -3 6 1 -3 -3 -1 -1 -3 -3 2 -2 -3 2 1 0 1 -2 19 2 7 1 13 6 1 2 2 3 2 2 5 2 1 13 8 1 6 3 0.40 2.12 51 E -1 0 1 3 0 3 3 -2 1 -2 -3 0 0 -1 -3 -2 -1 0 0 -2 4 5 5 14 2 11 19 3 4 3 3 6 2 2 1 3 4 1 4 2 0.30 2.10 52 L -1 0 -1 -2 1 -1 -2 -3 1 1 2 -2 2 -1 -5 0 0 3 0 1 6 5 3 2 3 3 3 3 3 8 21 3 5 3 0 9 6 3 3 8 0.17 2.09 53 A 2 -2 -1 -2 2 -1 -2 0 1 0 -1 -2 3 1 -1 0 1 3 0 0 15 3 3 3 3 3 3 7 3 5 7 3 7 5 3 6 8 4 3 7 0.13 2.13 54 T -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 55 K -1 1 -1 0 1 1 1 -2 2 -1 -1 1 0 0 1 -1 -1 2 1 0 6 8 3 5 3 6 9 4 4 4 6 8 3 4 6 5 3 2 4 6 0.07 2.21 56 C -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 57 I -2 -2 -3 -6 0 -3 -4 -4 -5 4 4 -5 2 0 -6 -2 -1 -5 -2 3 2 2 1 0 2 1 2 2 0 18 37 0 5 4 0 3 3 0 2 15 0.66 1.94 58 I -3 2 -2 -1 0 2 -1 -3 1 0 0 0 -1 4 -3 -3 -1 0 0 2 2 10 2 4 2 10 5 2 3 5 8 6 2 14 1 2 5 1 3 14 0.23 2.04 59 K 0 2 -1 -2 0 1 0 -2 2 -2 0 2 2 -1 -2 0 -1 1 0 0 9 9 3 2 2 6 5 3 5 3 10 13 4 3 2 7 5 2 3 7 0.11 1.98 60 I -1 -5 -1 -2 5 -1 -2 -2 2 3 0 -1 2 0 -5 -1 1 2 0 0 4 0 3 3 10 3 3 3 4 17 8 4 4 4 0 5 9 3 3 7 0.29 1.89 61 V -1 0 -4 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 0 6 6 0 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 5 6 6 6 0 5 6 0.10 1.89 62 E -2 1 1 2 -1 1 4 -1 2 -4 -4 2 -3 -3 -4 0 -1 -6 -3 -2 4 8 7 11 2 6 22 5 5 1 2 13 1 1 1 6 3 0 1 3 0.37 1.81 63 F -3 -4 -6 -6 0 -5 -5 -5 0 -3 -2 -5 0 6 -6 -3 -3 11 1 -3 2 1 0 0 2 0 0 0 2 1 3 0 3 32 0 2 1 43 3 2 2.01 1.74 64 A 5 -5 -4 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