Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -5 -6 -7 -5 -4 -5 -6 -5 -2 -1 -5 11 -3 -6 -5 -4 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 2.96 1.75 2 I -3 -6 -4 -7 -5 -6 -6 -6 -7 6 1 -6 4 -3 -4 -6 -3 -6 -5 4 2 0 1 0 0 0 0 0 0 49 9 0 10 0 1 0 1 0 0 28 1.36 2.01 3 K -4 3 2 -1 -5 1 1 -5 0 -5 -5 5 -5 -6 -4 -2 4 -6 -4 -4 0 13 9 3 0 6 8 0 2 0 1 31 0 0 1 2 22 0 0 1 0.81 2.03 4 V -3 -6 -7 -7 -3 -6 -6 -7 -7 5 1 -6 -1 -3 -6 -6 -3 -2 -5 6 1 0 0 0 0 0 0 0 0 25 13 0 1 1 0 0 0 1 0 58 1.47 2.05 5 L -4 4 -3 -5 -4 -1 -3 -6 -1 -2 4 3 0 -3 -6 -4 -4 -6 -3 -1 1 18 1 0 0 3 2 0 1 2 43 20 2 1 0 1 0 0 1 4 0.84 2.06 6 F -3 -6 -6 -7 -1 -6 -6 -6 -4 -3 3 -6 -2 6 -5 -4 -4 -2 7 -2 2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 25 0 0 31 0 1 1 0 35 2 1.48 2.07 7 F -6 -6 -7 -7 -6 -7 -7 -6 -4 -3 -1 -7 -2 9 -7 -5 -6 -2 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 1 89 0 0 0 0 3 1 2.54 2.10 8 A 6 -5 -4 -5 -4 -4 -4 3 -5 -5 -5 -4 -5 -6 -5 -1 -3 -6 -6 -4 75 0 0 0 0 0 0 18 0 0 1 0 0 0 0 4 1 0 0 0 1.53 2.10 9 Q 0 2 0 -2 -6 2 -1 0 2 -1 -3 0 1 -2 -2 2 0 5 -2 -2 9 13 4 2 0 10 3 6 5 4 2 6 3 2 2 13 6 7 1 3 0.29 2.17 10 V 1 -6 -6 -7 -2 -5 -6 -6 -4 1 4 -6 -1 2 -6 -2 -1 -5 2 2 11 0 0 0 1 0 0 0 0 8 44 0 1 7 0 3 3 0 7 13 0.80 2.16 11 R 2 7 -4 -5 -4 1 -3 -3 -3 -5 -5 3 -4 -5 -5 -1 -2 -6 -3 -4 15 51 0 0 0 6 1 2 0 1 0 14 0 0 0 4 2 0 1 1 1.18 2.19 12 E -3 -2 -3 4 -7 -1 7 -5 -3 -6 -6 -2 -5 -7 -4 -2 -2 -7 -5 -5 2 1 1 22 0 2 65 0 0 0 1 1 0 0 1 3 2 0 0 0 1.57 2.20 13 L 2 3 -4 -4 -4 2 0 -4 -2 2 2 0 -1 -1 -5 -3 -1 -3 -1 0 17 14 1 1 0 9 6 1 1 10 17 6 1 3 0 2 3 0 3 5 0.31 2.19 14 V 2 -4 -5 -6 -3 -5 -5 -5 -3 3 2 -4 1 1 -6 -2 3 -4 0 3 18 1 0 0 0 0 0 0 1 14 20 0 3 5 0 2 15 0 3 16 0.54 2.19 15 G -2 -4 0 -2 -4 -1 -3 7 -2 -6 -6 -1 -6 -5 -4 -2 -4 -6 -6 -6 2 1 4 3 0 3 1 76 1 0 0 3 0 1 1 2 0 0 0 0 1.61 2.21 16 T -2 2 -3 -3 3 1 -1 -3 -2 -1 0 3 0 -3 -3 -1 2 0 -4 1 4 9 1 2 5 6 4 2 1 4 7 17 2 1 1 5 13 1 0 11 0.26 2.22 17 D 1 1 -1 3 -6 -1 2 0 -1 -5 -5 1 -4 -4 1 2 -1 -6 -5 -5 10 9 2 16 0 3 12 6 2 1 1 7 0 1 7 17 4 0 0 1 0.39 2.22 18 A -1 1 -2 0 -4 2 5 -2 0 -3 -5 0 -2 -3 -4 2 1 -3 -4 -3 4 7 2 4 0 8 33 3 2 1 1 4 1 1 1 15 7 0 1 2 0.51 2.23 19 T -3 -1 -4 -1 -2 -2 5 -6 -4 2 2 -2 1 -2 -5 -4 -1 -3 -2 1 2 3 0 3 1 2 32 0 0 10 23 2 3 1 0 1 3 0 1 8 0.54 2.22 20 E -1 0 -1 1 -4 2 4 -5 -1 -1 -3 -1 -1 -3 -3 1 2 -4 -3 0 4 5 2 7 0 7 25 0 1 4 3 3 2 1 1 10 15 0 1 6 0.36 2.23 21 V -4 -2 -5 -4 -3 -5 -3 -6 -4 3 4 -5 1 0 -5 -5 -3 2 -2 3 1 2 0 1 0 0 2 0 0 17 37 0 4 4 0 0 1 2 1 22 0.79 2.23 22 A -1 -3 -1 3 -3 0 4 -4 0 -4 -3 -3 -4 -4 4 1 0 -6 -4 -2 5 1 2 14 1 4 23 1 2 1 2 1 0 1 21 9 5 0 1 3 0.58 2.17 23 A 2 -3 -3 -1 -1 -3 0 -1 -2 0 1 -2 -1 0 0 -1 1 1 -2 1 17 1 1 4 1 1 6 5 1 4 16 3 1 5 5 4 7 2 1 11 0.12 2.15 24 D -1 -3 0 4 -4 1 3 -1 -2 -5 -5 -2 -4 -4 3 1 -1 -6 -5 -4 5 1 5 19 0 5 20 6 1 0 1 2 0 1 16 10 3 0 0 1 0.55 2.21 25 F 1 -3 0 -2 -1 0 0 3 -2 -1 -1 -2 -2 1 -1 0 -2 -3 -1 1 11 1 4 2 2 5 6 23 1 4 7 2 1 6 3 6 3 0 2 10 0.18 2.18 26 P 2 -1 -1 -1 0 -1 0 -2 -2 -1 -2 0 1 -4 3 1 2 -3 -4 -2 15 3 3 3 2 3 6 4 1 4 4 6 4 1 13 10 12 0 1 3 0.17 2.17 27 T -2 -2 0 0 -1 -3 -2 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -5 -2 2 6 -2 -3 -2 3 2 4 6 1 1 3 2 1 1 2 2 1 0 2 12 50 1 1 2 0.82 2.11 28 V 0 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -1 -4 2 1 -4 -2 -3 -2 -2 0 -6 -3 5 8 1 1 1 1 1 1 5 0 8 13 1 1 1 2 3 5 0 1 44 0.66 2.14 29 E 3 0 -1 1 -4 0 1 2 -1 -3 -3 0 -2 -3 -4 1 -1 -3 -3 -4 21 6 3 8 0 5 10 15 2 2 3 6 1 1 1 9 3 0 1 1 0.25 2.17 30 A 2 -1 -2 5 0 2 3 -1 -1 -5 -5 -2 -3 -5 -3 -1 0 -3 -4 -4 15 3 1 26 2 8 16 4 1 1 1 2 1 1 1 5 6 0 0 1 0.51 2.20 31 L -2 -4 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -6 1 5 -6 -1 -1 -3 -5 -3 1 -3 3 3 1 0 0 1 0 0 0 0 6 59 0 1 2 1 0 1 2 1 17 1.06 2.18 32 R -3 4 -3 -3 -1 -2 -3 -4 -3 1 2 3 -1 -1 -4 -4 -3 3 0 0 2 21 1 1 1 2 1 1 1 8 19 15 1 3 1 1 2 4 3 7 0.42 2.17 33 Q 2 0 0 3 -1 3 3 -1 -1 -4 -3 1 -3 -4 -4 -1 -1 -3 -4 -4 14 5 4 15 1 12 17 4 2 1 3 7 1 1 1 5 4 0 0 1 0.35 2.19 34 H 0 0 -3 -2 -3 1 1 -4 3 0 1 0 -1 -1 -4 -2 -1 6 1 -1 9 4 1 2 1 7 10 1 7 6 15 5 1 2 1 2 3 9 4 4 0.25 2.20 35 M -3 -4 -5 -7 -1 -3 -5 -5 -3 1 6 -4 0 -1 -5 -4 -4 -2 -2 0 3 1 1 0 1 1 1 1 1 8 66 1 1 2 1 1 1 1 2 5 1.05 2.25 36 A 2 0 -2 -1 1 0 1 -1 -1 1 -2 1 -1 -2 -3 0 -1 -1 -2 0 17 6 2 3 3 4 9 5 2 7 4 8 2 2 1 7 3 1 1 8 0.07 2.22 37 A 2 0 0 0 -1 2 2 -1 -1 -2 -3 1 -2 -3 -3 0 0 -1 -3 -2 19 4 4 4 1 9 15 5 2 2 2 7 1 1 1 7 7 1 1 3 0.19 2.18 38 Q -2 4 0 0 -2 2 1 -4 0 -1 0 2 0 -3 -3 -2 -1 -5 -2 -2 4 25 4 4 1 8 8 1 2 3 8 11 2 1 1 3 3 0 2 2 0.31 2.13 39 S -2 -2 0 1 -1 -2 0 2 4 -3 -3 -2 -4 1 0 -1 -2 -1 5 -3 2 2 4 7 1 2 5 18 9 1 2 3 0 5 4 4 2 1 20 2 0.41 2.11 40 D -1 -2 -1 2 -1 0 2 1 0 -3 -4 -2 -2 -3 5 -1 -2 -6 -5 -4 6 2 3 10 1 4 15 11 2 2 2 2 1 1 27 4 2 0 0 1 0.52 2.15 41 R 1 2 0 0 -2 0 1 0 0 -1 0 1 -1 -2 -1 -2 -1 -1 -2 -1 10 11 4 5 1 4 10 7 2 3 10 8 1 2 4 3 3 1 1 5 0.04 2.07 42 W -1 -2 -2 -3 -1 -1 -1 -2 3 -1 1 -1 -1 1 0 -2 -2 7 3 -2 5 3 2 2 1 3 4 3 7 4 13 4 2 6 5 4 3 13 10 3 0.35 2.01 43 A 3 0 -1 -1 -2 1 0 1 0 -3 -3 1 -2 -1 0 1 -1 0 -2 -2 21 4 3 4 1 7 6 11 2 2 2 7 1 3 4 8 3 1 2 2 0.15 2.06 44 L 0 0 -2 0 -2 0 2 -2 -1 -1 2 -1 -1 0 0 -1 -1 1 -2 -2 8 4 2 6 1 5 12 3 2 3 20 5 2 4 5 6 3 2 1 3 0.08 2.08 45 A 3 -1 -2 -1 -1 0 0 -2 -1 0 1 -1 -1 -3 -2 -1 -1 0 -2 1 24 3 2 3 1 4 7 3 1 5 12 3 2 1 2 5 4 1 1 10 0.14 2.09 46 L -1 -2 -3 -2 -2 -2 -1 -4 -2 1 4 -2 0 3 -2 -2 -2 0 -2 -1 5 2 2 3 1 2 4 2 1 6 40 3 1 11 3 3 2 1 1 4 0.41 2.06 47 E 1 -1 -1 1 -3 0 2 -1 -2 -1 -1 0 -1 -1 0 0 -1 2 -2 -2 12 4 3 7 0 4 16 5 1 4 7 6 1 3 5 7 4 3 1 3 0.09 2.01 48 D -1 1 1 4 -2 1 2 -1 -1 -2 -2 0 -2 -3 0 0 -1 -2 -2 -3 5 8 6 19 1 6 13 5 2 3 4 5 1 1 5 7 3 1 1 2 0.23 1.97 49 G 0 -2 -1 1 1 0 0 4 -2 -2 -3 -1 -1 -4 1 1 -1 -5 -2 -3 8 3 3 9 3 4 6 26 1 2 3 4 2 1 7 11 3 0 2 2 0.28 2.00 50 K -1 3 2 0 0 1 0 -2 0 -3 -3 2 -4 -3 -2 1 1 -5 -2 -2 6 16 9 5 2 5 6 4 2 2 2 13 0 1 2 10 8 0 1 3 0.25 1.97 51 L -2 -4 -4 -4 2 -4 -4 -4 -5 2 3 -4 0 1 -3 -2 0 -1 0 3 3 1 1 1 4 1 1 1 0 11 30 1 2 5 1 3 5 1 4 22 0.51 1.98 52 L -1 5 -1 -4 -2 0 -3 -4 -2 1 2 0 4 0 -5 -3 -3 -1 -1 -1 5 29 3 1 1 4 1 1 1 8 18 4 9 4 0 2 2 1 2 4 0.50 1.98 53 A 0 -3 -3 -3 2 -3 -3 -4 -1 3 0 -4 2 2 -1 -3 -2 -1 -2 4 9 2 1 1 5 1 1 1 1 13 9 1 6 7 3 2 2 1 1 31 0.47 2.02 54 A 5 -4 -2 -3 -2 -2 -4 -1 0 -3 0 -4 0 -2 -5 1 -2 -2 0 -2 55 1 2 2 1 2 0 4 2 1 9 0 2 2 0 8 2 1 3 2 0.77 2.03 55 V -3 0 -4 -4 1 -3 -4 -2 -1 4 1 -3 -2 -3 -6 -4 -4 -6 -2 6 1 5 1 1 3 1 1 3 2 19 11 2 1 1 0 1 0 0 1 48 0.90 2.02 56 N -4 -1 8 3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -5 -3 -3 -4 -5 -3 -4 -6 -4 -4 1 3 67 13 1 1 2 3 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 1 1 1.60 2.03 57 Q -3 1 0 0 -3 5 2 2 3 -2 -1 -1 -1 -3 -5 -2 -2 -2 -2 -4 2 7 4 5 1 24 13 17 7 2 6 4 2 1 0 2 2 1 1 1 0.49 2.05 58 T 0 1 0 0 -3 1 4 -4 3 -3 -3 0 -2 -2 -3 -1 1 -6 -3 0 6 8 3 5 1 6 29 1 7 1 3 6 1 2 1 5 9 0 1 6 0.42 2.06 59 L -3 -2 -2 -2 -5 -1 -3 -3 2 1 2 -3 4 3 -2 -2 -2 2 4 -1 3 2 2 3 0 3 2 2 4 8 20 2 8 12 2 2 2 3 16 4 0.46 2.09 60 V 3 -2 -2 -2 3 -1 -1 -2 -1 0 -2 -1 0 -5 -2 -1 0 -5 -1 4 22 3 2 2 6 3 3 3 2 5 3 3 2 0 2 5 6 0 2 24 0.33 2.05 61 S 0 0 0 3 -1 -1 0 2 0 -3 -3 0 -1 -2 0 1 0 -6 -1 -3 8 5 5 15 2 3 5 15 3 2 2 5 2 2 5 11 5 0 2 2 0.19 2.10 62 F -1 -1 0 3 -2 -1 1 -1 1 -2 1 -2 2 0 2 -2 -2 4 -2 -2 6 3 4 14 1 2 8 5 3 2 16 2 5 4 11 3 2 6 1 2 0.23 2.13 63 D -1 -3 2 5 -2 0 2 -2 0 -4 -4 -2 -2 -3 -2 1 0 -1 -3 -3 4 1 8 35 1 3 14 4 2 1 2 2 1 1 2 9 5 1 1 2 0.61 2.14 64 H 2 -1 -2 2 -2 1 1 -4 3 -2 -4 -3 -2 -3 -4 0 4 -3 0 -1 16 3 1 11 1 6 10 1 6 3 1 1 1 1 0 6 24 0 3 4 0.41 1.92 65 P 1 -1 -3 -3 -3 -1 0 -3 -3 1 0 -1 0 -4 5 -1 0 -3 -4 1 12 4 1 1 1 2 7 1 1 7 7 4 3 1 26 5 5 0 1 12 0.43 1.92 66 L -4 -6 -5 -7 -5 -6 -6 -7 -6 4 5 -3 -1 -2 -3 -6 -4 -2 -4 3 1 0 1 0 0 0 0 0 0 26 48 2 1 1 2 0 0 1 0 18 1.12 1.93 67 T 1 2 1 -1 -1 2 0 0 1 -3 -3 3 -3 -4 0 1 0 -6 -3 -3 12 9 6 3 1 9 6 6 3 1 2 17 1 1 4 8 7 0 1 2 0.27 1.93 68 D 1 -2 1 5 -3 -2 3 0 -1 -4 -4 -2 -4 -5 2 0 -2 -3 -6 -4 11 2 5 31 1 1 17 7 2 1 1 1 0 1 8 7 2 0 0 1 0.62 1.92 69 G 1 -3 1 0 -4 -2 -2 6 -3 -5 -6 -3 -4 -4 -3 -2 -2 -6 -4 -3 9 1 6 5 0 2 3 60 1 1 0 2 0 1 1 3 3 0 1 2 1.10 1.93 70 D 0 0 -2 7 1 -2 -1 -3 -3 -6 -6 -3 -3 -7 -4 -1 -3 -7 -6 -4 7 6 1 67 3 1 3 2 1 0 1 1 1 0 1 4 1 0 0 1 1.42 1.94 71 E -4 0 -2 -1 -6 -1 7 -5 -2 -2 -4 -1 -3 -5 -4 -2 1 -6 -5 0 1 4 1 1 0 2 67 1 1 2 1 2 1 0 0 1 8 0 0 7 1.25 1.95 72 V -3 -4 -7 -7 -2 -6 -6 -7 -7 5 1 -6 -1 -2 -4 -5 -4 -6 -3 6 1 1 0 0 1 0 0 0 0 26 12 0 1 1 1 0 0 0 1 56 1.36 1.95 73 A 6 -5 -4 0 -1 -4 -3 -2 -1 -3 -4 -4 -3 -3 -4 0 -3 -6 -3 0 74 0 0 5 1 0 1 2 2 1 0 1 1 1 0 5 1 0 1 6 1.23 1.87 74 F -3 -6 -7 -7 -1 -6 -7 -7 -6 4 3 -6 0 6 -7 -6 -5 -1 -1 2 1 0 0 0 1 0 0 0 0 20 26 0 1 36 0 0 0 1 1 12 1.20 1.87 75 F -4 -6 -6 -7 -5 -6 -6 -7 -5 5 2 -6 1 7 -7 -4 -4 -4 0 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 31 19 0 3 40 0 2 1 0 2 2 1.33 1.81 76 P -4 -5 -5 -5 -3 -5 -3 -5 -6 -4 -5 -4 -6 -4 9 -2 -3 -7 -6 -6 1 0 0 0 1 0 1 1 0 1 1 1 0 1 91 2 1 0 0 0 2.73 1.77 77 P -3 -4 -5 -5 -6 -3 -4 -6 -3 -4 -5 -3 -2 -7 9 -4 -3 -7 -4 -3 1 0 0 0 0 1 0 0 1 1 1 1 1 0 89 0 1 0 1 2 2.62 1.74 78 V -2 -6 -5 -6 -2 -5 -6 -5 -6 1 -1 -6 3 3 -3 -3 -3 -5 -2 6 2 0 0 0 1 0 0 0 0 5 4 0 7 11 1 2 0 0 1 64 1.22 1.72 79 T 2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 0 -2 -4 -4 -4 -3 -6 -4 5 4 -6 -5 -4 17 1 0 0 1 0 0 7 1 0 1 0 0 0 0 44 28 0 0 0 0.99 1.71 80 G -2 -6 -4 -5 -6 -5 -5 8 -5 -7 -7 -5 -6 -6 -5 -2 -5 -6 -6 -6 2 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2.25 1.64 81 G -3 -6 -3 -4 -6 -5 -5 8 -5 -7 -7 -5 -6 -6 -5 -3 -5 -6 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.37 1.57 K Lambda Standard Ungapped 0.1350 0.3214 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1790 0.3170 PSI Gapped 0.0548 0.2670