Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 R -4 6 -3 -4 -6 -1 -2 -5 -3 -6 -5 6 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -4 -5 0 41 0 0 0 0 0 0 0 0 0 59 0 0 0 0 0 0 0 0 1.62 1.27 2 K -3 1 -2 -3 -6 -1 -1 -4 6 -6 -5 6 -3 -4 -3 -2 -3 -6 -3 -5 1 5 1 1 0 0 2 1 20 0 0 64 0 0 1 3 1 0 0 0 1.35 1.36 3 I -2 -3 -4 -5 -2 0 -3 -3 -5 6 -1 -2 -1 -3 -4 -3 1 -5 -4 3 2 1 1 0 1 4 1 2 0 46 4 2 1 1 1 2 9 0 0 23 0.85 1.38 4 P -3 -2 -1 -4 -6 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -2 -4 -6 8 -3 -4 -6 -2 -3 1 2 3 0 0 0 0 0 0 2 1 3 0 0 84 1 0 0 2 2 2.29 1.47 5 L -4 -3 -4 -3 -5 3 3 -6 -2 0 2 -3 6 -3 -4 -3 -1 -5 -2 1 0 1 0 0 0 13 21 0 1 5 21 1 19 1 1 1 4 0 1 11 0.64 1.54 6 R -4 8 -3 -5 -7 -2 -2 -5 -3 -6 -5 -1 -4 -6 -5 -4 -4 -6 -5 -6 0 98 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.38 1.58 7 K -3 3 -4 -4 -3 1 -3 -5 -3 -3 -3 4 4 -2 -4 -1 4 -6 -5 -3 0 17 0 0 1 6 0 0 0 1 2 24 13 1 0 4 30 0 0 1 0.84 1.64 8 S -3 -6 -5 -1 11 -6 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -6 -6 -2 -4 -6 -6 -4 0 0 0 5 91 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 3.17 1.65 9 V -1 -5 -5 -6 -1 -5 -6 -6 -6 5 0 -5 1 -3 -6 -4 -1 -6 -4 5 5 0 0 0 1 0 0 0 0 38 6 0 2 1 0 0 3 0 0 42 1.19 1.70 10 V 2 -5 -4 -5 -2 -4 -4 4 -5 0 -1 -5 -2 -3 -5 0 -2 -6 -4 3 20 0 0 0 1 0 0 36 0 6 5 0 1 1 0 8 1 0 0 20 0.74 1.70 11 S -3 -5 -4 -4 10 -5 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -3 -6 -5 0 3 -6 -5 -3 0 0 0 1 65 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 8 21 0 0 1 2.25 1.74 12 N -3 6 1 -4 -4 1 -3 3 0 -6 -5 0 -1 -5 -5 -3 -4 -2 -5 -6 1 51 6 0 0 5 1 24 2 0 0 5 2 0 0 1 0 1 0 0 1.20 1.75 13 E -1 2 -2 -1 -1 3 5 -3 -2 -4 -4 3 -3 -6 -5 -1 -1 -6 -5 -2 6 11 1 2 1 13 33 2 1 1 2 16 0 0 0 4 4 0 0 3 0.68 1.75 14 V -2 4 -3 -4 -3 0 -2 -5 -1 1 0 2 5 -3 -4 0 0 -6 -4 1 2 23 1 0 1 3 2 0 1 6 8 11 16 1 0 6 6 0 0 12 0.52 1.76 15 I 1 2 -3 0 -2 1 -1 0 -1 -1 -1 3 0 2 -5 -3 -2 -5 1 -2 14 10 1 5 1 5 3 8 2 3 5 20 2 10 0 1 2 0 4 2 0.29 1.75 16 D 0 -3 0 3 -4 -2 0 -2 -1 -5 -2 -3 -4 -5 6 1 -3 -6 -4 -4 8 1 5 15 0 1 7 3 1 0 5 0 0 0 37 12 1 0 0 1 0.84 1.75 17 K -1 4 -3 -2 -4 2 -2 -5 -3 -2 -5 6 -4 -6 0 -2 -2 -2 -5 -2 5 18 1 2 0 8 1 0 0 2 0 50 0 0 4 1 2 1 0 3 1.01 1.73 18 R 1 2 0 2 -3 0 1 0 1 -4 -4 3 -3 -4 -2 2 0 -6 -3 -3 9 11 5 9 1 3 8 7 3 1 1 20 0 1 1 13 4 0 1 2 0.33 1.74 19 D 0 -1 0 3 -4 2 5 0 0 -6 -3 -1 -2 -4 -3 -1 -2 -6 -3 -3 7 3 4 16 0 7 40 6 2 0 2 3 1 1 1 4 2 0 1 2 0.69 1.72 20 L -4 -5 -6 -7 -5 -5 -6 -7 -6 -2 6 -6 5 3 -6 -4 -3 -4 -2 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 73 0 12 10 0 1 1 0 1 1 1.44 1.71 21 L -4 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -7 -2 5 4 -4 0 0 -6 -4 -3 5 -2 2 1 1 1 1 0 0 0 0 1 31 32 1 2 3 0 1 1 7 1 15 0.91 1.78 22 R -4 8 -3 -5 -6 -2 -3 -5 -3 -6 -5 1 -4 -6 -5 -4 -4 -6 -5 -5 0 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 2.26 1.73 23 I -3 -6 -6 -6 -1 -6 -6 -6 -2 5 2 -6 -1 4 -6 -5 -3 -1 0 4 1 0 0 0 1 0 0 0 1 28 14 0 1 18 0 0 1 1 3 29 1.01 1.86 24 V 0 -3 -3 -3 0 -5 -5 -4 -3 1 -1 -5 -3 -4 -5 -3 2 -6 -2 6 8 1 1 1 2 0 0 1 1 4 4 0 0 0 0 1 11 0 1 63 1.11 1.91 25 K 1 5 -3 -4 -1 -1 -2 -4 0 -1 0 3 -1 -3 -3 -3 -3 -1 -1 0 11 36 1 1 1 2 1 1 2 4 9 15 1 1 1 1 1 1 2 7 0.62 1.90 26 N 0 -2 2 2 0 -1 -2 0 -1 -1 -2 -3 -2 -3 -2 2 3 -6 -3 0 6 2 10 13 2 3 2 7 2 4 4 1 1 1 2 12 19 0 1 6 0.29 1.93 27 K 1 -1 0 0 -2 -1 -1 0 -1 -3 -3 2 -2 -2 5 -2 -2 -5 0 -3 12 3 5 5 1 3 3 7 2 2 3 12 1 2 30 3 3 0 3 2 0.52 1.85 28 E -1 -2 0 5 -2 1 4 -1 1 -4 -4 -1 -5 -6 -3 0 -1 -6 -5 -4 5 2 4 31 1 6 24 5 3 1 1 3 0 0 1 6 3 0 0 1 0.72 1.89 29 G -2 -2 1 1 -2 0 -1 6 -1 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -1 -2 -4 2 2 5 6 1 5 4 54 1 1 1 3 1 2 1 4 3 1 1 1 0.87 1.89 30 Q 0 0 1 -1 -1 1 3 -1 1 -1 -3 0 -1 -2 -2 -2 1 2 -1 -1 9 5 6 3 1 7 22 6 4 3 3 5 2 1 2 3 8 3 2 6 0.22 1.83 31 V -2 -2 -5 -5 0 -1 -5 0 -5 4 1 -3 1 0 -2 -2 -1 2 -1 4 2 2 0 0 2 3 0 7 0 21 12 2 3 3 2 3 3 3 2 30 0.54 1.78 32 F -1 -1 -2 -2 0 0 0 -2 0 1 0 -2 0 1 -5 1 -1 4 0 3 4 3 2 2 2 5 7 4 2 7 7 2 2 5 0 10 3 5 3 24 0.25 1.82 33 I 0 0 -1 -1 3 -4 -2 -1 1 2 1 -4 1 0 0 -4 -1 2 0 2 10 5 4 3 6 0 3 4 3 11 15 0 3 3 6 0 4 3 3 15 0.20 1.69 34 D 0 -3 1 1 -4 1 0 0 -4 0 -1 0 2 -4 1 0 0 -4 2 0 7 0 7 7 0 7 7 7 0 7 7 7 6 0 7 7 7 0 6 7 0.12 1.56 35 P -1 -2 -3 -1 -2 -1 0 -2 0 -1 2 1 -1 1 4 -2 -1 -1 -2 0 5 2 1 3 1 3 6 3 2 3 21 10 1 5 19 3 4 1 1 6 0.27 1.38 36 T -1 1 1 1 -2 1 1 -1 -2 -3 -3 1 -2 -3 -3 1 4 -2 -1 -3 4 8 6 7 1 5 9 4 1 1 3 8 1 1 1 12 25 1 2 2 0.34 1.43 37 G 0 3 -1 -3 -3 2 0 4 1 -4 -4 0 -1 -1 -4 -1 -3 -5 -2 -3 7 16 3 1 1 11 5 35 3 1 1 5 2 2 0 4 1 0 1 1 0.57 1.45 38 K -2 3 0 -2 -3 0 1 -3 0 -3 -4 6 2 -5 -4 -2 0 -6 -5 -3 2 15 4 1 1 2 9 2 2 1 1 46 5 0 0 2 5 0 0 1 0.83 1.49 39 A 0 0 -2 -2 -4 0 -2 0 -3 0 2 4 3 -2 -4 -1 -2 -4 -1 -1 9 4 2 2 0 3 2 6 0 6 19 25 8 2 0 5 2 0 2 4 0.27 0.98 40 N -1 -2 3 -2 -1 3 -1 -2 -1 2 -2 -1 0 -1 4 -1 -2 -4 -3 -2 4 2 14 2 1 15 3 2 1 12 2 4 3 3 24 4 2 0 0 2 0.46 0.98 41 G 0 2 -2 -3 2 -2 -3 5 -3 -3 -2 -2 -3 -4 -3 0 -2 -4 -4 -1 6 16 0 0 5 0 0 54 0 0 5 0 0 0 0 8 0 0 0 6 0.67 0.48 42 R -2 6 -1 -2 -4 0 1 -3 2 -4 -3 2 -3 -4 -3 -1 2 -4 -3 -3 0 54 0 0 0 0 7 0 7 0 0 13 0 0 0 0 20 0 0 0 0.81 0.48 43 G 2 2 -2 -3 -3 -2 -3 5 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 1 -2 -4 -4 -4 16 16 0 0 0 0 0 59 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0.88 0.48 44 A 5 -4 -5 -5 5 -4 -4 -3 -3 1 -2 -4 0 0 -4 -2 -2 -1 -2 1 57 1 0 0 11 0 0 1 1 8 2 0 2 4 0 1 2 1 1 10 0.91 1.44 45 Y -5 -1 -3 -6 -5 -4 -5 -6 0 -2 -1 -5 -4 0 -6 -4 -2 8 8 -4 0 3 1 0 0 0 0 0 2 2 5 0 0 0 0 1 2 23 60 0 1.98 1.44 46 I -3 -5 -6 -6 0 -5 -5 -6 -3 4 3 -5 0 0 -5 -2 -2 -5 -1 4 1 0 0 0 2 0 0 0 1 21 31 0 2 3 0 2 2 0 2 34 0.89 1.43 47 K -2 -3 -4 -4 8 -2 -3 -2 4 -3 -1 0 -2 -3 -2 1 1 -5 -3 0 3 1 0 1 38 1 1 3 12 1 5 5 1 1 2 10 7 0 1 6 1.01 1.44 48 L 2 0 0 -2 0 -2 0 -1 -2 -2 0 2 0 -2 4 -1 -1 -3 -3 -1 16 5 4 2 2 1 6 6 1 1 9 14 2 1 19 3 3 0 1 4 0.30 1.43 49 D -2 -1 2 4 -2 -1 1 0 -1 -4 -4 -1 2 -5 -3 2 1 -5 0 -3 1 3 11 25 1 3 8 7 1 1 1 3 5 0 1 18 8 0 3 1 0.48 1.43 50 N -1 4 -1 -3 -3 2 1 -4 1 -1 0 1 -1 -3 2 -1 -1 2 -2 -1 6 20 3 1 1 9 7 1 4 4 9 8 1 1 11 3 3 3 1 5 0.29 1.42 51 A 2 0 0 1 -3 1 3 1 -2 -4 -4 0 0 -4 -1 0 -1 -3 -5 -2 15 5 4 9 0 5 21 11 1 1 1 5 2 1 3 8 4 0 0 3 0.31 1.44 52 E 0 -4 -2 -3 9 -2 1 -3 -2 -1 -2 -2 -2 -4 -5 -1 0 -5 0 0 9 0 2 1 46 2 9 1 1 3 3 2 1 1 0 5 7 0 3 7 1.14 1.44 53 A -1 -4 -5 -6 1 -4 -4 -6 2 3 4 -5 -1 2 -2 -4 -3 2 -2 2 5 1 0 0 3 1 1 0 5 16 39 0 1 7 3 1 1 3 1 13 0.66 1.46 54 L 0 0 0 2 -5 2 4 -2 -1 -3 -2 2 -2 -4 -3 1 -1 0 -3 -4 8 5 4 9 0 7 28 2 1 1 4 12 1 1 1 11 2 2 1 1 0.43 1.48 55 E 0 1 -1 -2 -3 2 1 -3 -3 -1 0 4 0 -5 -4 0 1 1 -3 -2 6 7 2 2 1 8 11 1 0 3 10 27 2 0 0 7 7 2 1 2 0.35 1.52 56 A 6 -2 -4 -4 -2 -4 -2 -2 -4 -1 -1 -3 -2 0 -1 1 -2 -5 -4 -1 63 3 0 1 1 0 2 2 0 3 5 1 1 4 3 8 1 0 0 3 0.86 1.52 57 K 0 1 -2 -3 -2 1 -1 -4 -2 2 0 3 0 -1 -5 0 -2 1 -2 2 7 7 1 1 1 6 4 1 1 11 8 22 2 3 0 7 2 2 1 14 0.29 1.56 58 K -1 3 -1 -1 -6 2 0 -3 -2 -4 -3 6 -3 -4 -4 -1 -2 -2 -5 -4 5 16 2 4 0 7 4 1 1 1 2 49 0 1 0 3 2 1 0 1 0.89 1.58 59 K -2 4 1 -1 -4 -1 1 -2 1 -3 -3 5 -4 -4 -4 0 0 -5 -2 -5 2 20 8 3 0 1 8 2 3 1 2 35 0 0 0 7 5 0 1 0 0.68 1.57 60 K -3 4 3 -2 -6 -1 -2 1 1 -3 -5 5 0 -4 -3 -2 -4 -6 -5 -5 1 23 12 1 0 2 1 13 3 2 0 35 2 1 1 1 0 0 0 0 0.86 1.59 61 V 3 2 -3 -5 2 -1 -3 0 -2 0 1 1 -1 -1 -3 0 -1 -5 -3 0 23 14 1 0 4 3 1 6 1 5 12 7 1 3 1 6 4 0 1 8 0.26 1.60 62 F -4 -3 -6 -6 -5 -5 -6 -6 -3 0 5 -4 -1 6 -5 -5 -4 0 -1 -2 1 1 0 0 0 0 0 0 0 5 49 1 0 39 0 0 0 1 1 1 1.33 1.58 63 N 2 -1 2 1 -3 0 2 1 -2 -3 -5 -1 -3 -3 -1 1 0 -6 -4 -4 17 3 11 8 1 4 16 11 1 2 1 4 0 1 3 11 4 0 0 1 0.33 1.59 64 R -2 7 -2 -4 -6 -1 -2 -3 1 -5 -5 3 -3 -5 -4 -3 -1 -1 -3 -5 3 61 1 0 0 1 1 2 3 0 0 19 0 0 0 1 4 1 1 0 1.35 1.60 65 S 5 -4 -2 -3 -3 -1 -3 0 3 -3 -3 -2 -3 -3 -4 3 -1 -2 -2 -1 47 0 2 1 0 3 1 5 7 1 2 2 0 1 0 19 2 1 1 4 0.72 1.62 66 F 0 -2 -3 -6 -5 -4 -4 -6 -2 -2 4 -5 -1 6 -6 -2 -4 -3 0 -3 7 2 1 0 0 0 1 0 1 0 46 0 0 35 0 3 0 0 2 0 1.10 1.63 67 S -2 4 -1 -2 -6 1 1 0 -2 -5 -5 6 -5 -6 -3 -1 -3 -6 -5 -5 2 22 3 2 0 5 8 7 1 0 0 45 0 0 1 4 0 0 0 0 0.97 1.64 68 M 1 0 -3 -2 2 1 -2 -2 0 1 -2 0 2 -2 -4 0 3 -2 -4 2 13 6 1 2 5 6 2 4 2 7 2 5 6 2 0 5 16 1 0 16 0.26 1.64 69 E 0 0 2 1 -5 2 2 -3 -2 -5 -5 3 -3 -4 2 1 0 -6 -4 -4 9 5 11 6 0 8 14 2 1 0 0 16 1 1 10 8 5 0 0 1 0.42 1.64 70 V -2 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -2 -4 5 1 -4 -1 -2 -4 -4 -2 -5 -3 5 3 1 0 0 0 0 1 4 0 30 13 1 0 1 1 1 2 0 0 41 0.91 1.57 71 E 0 -2 -1 3 -5 -1 0 -3 -2 -3 -4 0 -3 -5 5 2 1 -5 -5 -4 6 1 2 16 0 2 4 2 1 2 2 6 0 0 29 15 9 0 0 0 0.68 1.54 72 E 1 -2 -1 4 -4 1 3 -2 -2 -3 -2 0 -3 -3 2 -1 -1 -5 -4 -2 10 2 2 19 0 5 21 2 1 2 5 5 0 1 10 5 4 0 0 4 0.40 1.47 73 S 0 -2 -1 3 -5 0 5 -1 -2 -5 -4 -1 -3 -4 0 1 0 -5 -3 -2 8 2 3 14 0 4 34 4 1 0 1 4 1 1 5 10 5 0 1 3 0.54 1.52 74 F -1 -5 -3 -2 -2 -2 -3 -5 -5 4 1 -4 -1 3 -4 -3 0 -2 -2 4 4 0 1 3 1 2 2 1 0 22 11 1 1 12 1 1 6 0 1 32 0.64 1.52 75 Y -2 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -1 -1 -1 -2 -2 1 2 0 -3 1 7 -1 3 2 1 2 0 1 1 1 1 3 5 2 1 4 12 7 1 2 47 3 1.00 1.47 76 D 0 -3 0 5 -6 2 4 -3 -3 -5 -4 0 -4 -6 0 -1 -1 -6 -5 -4 9 1 4 30 0 8 29 1 0 0 1 5 0 0 5 3 3 0 0 1 0.79 1.61 77 E 1 0 0 3 -4 3 4 -1 -1 -3 -4 1 -2 -5 -4 0 -1 -3 -4 -3 10 6 4 15 0 11 25 4 1 2 1 7 1 0 0 5 4 0 0 1 0.48 1.63 78 L -4 -5 -6 -7 -3 -5 -5 -5 -6 2 6 -5 1 0 -6 -4 -4 -5 -4 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 10 76 0 2 3 0 1 0 0 0 5 1.34 1.62 79 I 1 2 -4 -3 -3 -1 2 -2 -4 2 1 1 -2 -3 -1 -2 -2 0 -2 0 13 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