Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -3 -2 -2 -5 -2 8 -6 -4 -4 -1 4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 88 0 0 0 0 12 0 1.89 0.79 2 V -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 3 -4 4 -2 -4 -2 -1 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 27 0 13 0 0 2 4 0 0 38 0.78 0.79 3 N -4 -3 7 -1 -5 -2 -3 0 5 -5 -5 -3 -1 -5 -4 -2 -3 -6 -3 -5 0 0 71 1 0 0 0 8 18 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 1.56 1.00 4 K -3 3 -2 -3 -6 0 -1 -4 -3 -5 -5 7 -4 -6 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 11 0 0 0 3 1 0 0 0 0 84 0 0 0 1 0 0 0 0 1.56 1.06 5 D -4 -3 1 7 -1 -1 4 -2 -3 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -5 0 0 5 60 1 1 24 2 0 0 0 3 0 0 0 3 1 0 0 0 1.31 1.06 6 Q -3 0 -2 -3 -5 6 2 -4 -3 -4 -4 4 -1 -5 -4 -2 2 -5 -4 -2 0 2 0 0 0 37 14 0 0 0 1 25 1 0 0 1 17 0 0 3 0.91 1.09 7 I -1 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 6 -1 -1 0 -3 -5 -4 -2 -5 -4 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 46 1 4 1 0 0 0 1 0 0 42 1.11 1.10 8 A 1 -4 -4 -4 -3 -4 -1 -4 -4 5 -2 -4 -2 -4 0 3 0 -5 -4 2 14 0 0 0 0 0 4 0 0 38 0 0 0 0 4 22 5 0 0 13 0.65 1.10 9 K -3 0 -1 2 -5 1 4 -3 0 -5 -5 5 -2 -5 -4 -1 -2 3 -4 -5 0 4 2 11 0 5 25 1 2 0 0 40 1 0 0 4 2 4 0 0 0.83 1.10 10 D -3 -2 -1 4 -5 0 6 -3 0 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 0 -5 -4 -4 0 1 1 28 0 2 55 1 3 0 0 1 0 0 0 0 6 0 0 0 1.16 1.05 11 V -1 -5 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 3 3 -5 4 -3 -5 -4 -3 -5 -4 5 4 0 0 0 0 0 0 0 0 14 23 0 13 0 0 0 0 0 0 46 0.97 1.10 12 K -3 0 -2 -3 -4 6 -1 -4 -3 1 -4 4 -3 -4 -3 0 1 -4 -4 -2 0 3 0 0 0 38 2 0 0 10 0 30 0 0 0 5 7 0 0 2 0.84 1.05 13 Q -1 -2 3 2 -4 3 2 -2 3 -3 -4 2 -3 -4 -3 0 1 -5 -3 -4 6 0 17 10 0 14 11 3 6 1 1 14 0 0 0 4 10 0 0 0 0.46 1.03 14 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 0 -2 -5 1 8 -5 -4 -4 -1 2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 1 0 3 84 0 0 0 0 4 0 1.84 1.03 15 Y -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 2 -3 -3 -4 -3 1 -5 -4 -4 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 1 0 0 0 0 0 0 0 89 0 2.17 1.03 16 D -2 0 -1 5 -5 0 2 -1 -3 -2 -4 3 0 -5 -3 1 1 -5 -4 -4 1 5 1 30 0 2 11 5 0 3 0 17 3 0 0 11 9 0 0 0 0.55 1.06 17 Q 0 0 0 3 -4 3 3 -3 -3 -4 -4 -1 1 -5 -3 2 0 -5 -4 -4 9 4 3 19 0 17 18 0 0 0 0 1 5 0 0 16 7 0 0 0 0.57 1.08 18 A 3 -4 -3 -4 -3 -3 -2 -1 -4 -1 -1 -3 -1 -4 -3 1 4 -5 -4 1 30 0 0 0 0 0 2 5 0 2 6 0 1 0 0 11 31 0 0 11 0.58 1.08 19 L -2 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -1 -3 1 -4 -2 2 -4 0 -1 -1 8 -2 3 0 0 0 0 0 0 1 0 0 12 0 0 6 0 7 4 0 62 2 1.30 1.02 20 Q -1 0 3 2 -4 3 2 -2 -1 0 -1 -1 -1 -4 0 0 1 -4 -3 -3 5 4 13 11 0 14 11 3 1 6 5 3 1 1 5 6 9 0 0 1 0.26 0.95 21 Q -1 0 2 0 -4 3 1 -3 1 -3 -3 5 0 -4 -3 1 -1 -4 -3 -3 3 3 11 3 0 13 6 1 3 1 2 37 3 1 1 8 2 0 1 1 0.56 0.91 22 A 2 1 -3 -3 -3 -2 -2 0 -2 -2 1 -2 1 -1 -3 -1 -1 3 5 -1 21 9 1 1 0 1 2 7 0 1 12 1 4 1 1 4 3 5 21 5 0.37 0.92 23 V -1 0 -3 -3 -3 -1 -2 -3 -3 2 2 3 2 -2 -3 -2 0 -3 -1 2 4 3 1 1 0 3 1 2 1 10 17 21 6 1 1 2 5 0 2 18 0.30 0.85 24 V -1 -1 2 1 -3 0 -1 -2 0 -1 0 1 1 0 -3 1 2 -3 -3 1 3 2 10 10 0 4 3 2 2 3 10 9 4 5 1 9 13 0 1 9 0.14 0.91 25 D -1 -2 0 4 -3 0 1 0 -2 -3 -3 2 -2 -4 2 1 0 -4 -3 -2 3 1 3 23 0 3 9 9 0 1 2 15 1 1 10 12 5 0 1 2 0.39 0.89 26 D -1 -1 3 4 -4 -1 0 1 -2 -4 -3 0 -3 -4 0 1 0 -4 -3 -2 5 3 17 27 0 2 5 10 0 1 3 6 0 1 5 8 5 0 0 3 0.44 0.94 27 D -3 1 0 3 -5 1 3 -1 -3 -5 -5 3 -4 -5 0 2 0 -5 -4 -3 0 8 3 15 0 5 19 4 0 0 0 18 0 0 5 15 4 0 0 2 0.49 1.05 28 A 1 0 1 0 -4 2 2 -2 -2 -4 -4 2 -4 -5 2 2 1 -5 -4 -4 10 5 6 4 0 9 12 3 1 0 1 15 0 0 11 14 8 0 0 0 0.37 1.05 29 N -1 -3 4 2 -4 3 0 -1 -3 -3 -4 0 -4 -5 2 1 0 -5 -2 -2 3 0 21 11 0 17 6 3 0 1 0 4 0 0 11 12 6 0 2 2 0.49 1.06 30 N 2 0 5 -2 -3 0 -2 -2 3 -4 -3 1 -3 -4 -1 1 -1 -4 -3 -3 20 3 34 1 0 3 1 2 6 1 3 9 0 0 3 8 2 0 0 2 0.57 0.99 31 A 3 -2 -1 -1 -3 -2 -2 1 -2 -3 1 -2 -2 -3 0 2 0 -4 0 -1 28 2 3 3 0 2 2 11 1 1 14 2 0 0 5 14 4 0 4 3 0.26 0.98 32 K -1 3 -1 -2 -4 0 -2 -3 -3 -1 -1 4 -1 -4 -3 0 3 -5 -4 -3 3 19 3 1 0 2 0 1 0 4 6 32 1 0 0 6 21 0 0 0 0.58 1.06 33 A 3 -3 -3 1 -4 0 3 -2 -3 -2 -1 0 0 -4 1 -1 0 -4 -4 -2 28 0 0 8 0 4 23 2 0 2 6 5 3 0 6 2 6 0 0 2 0.37 1.05 34 V 0 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -1 -4 3 -1 -3 0 -3 -4 -1 4 -4 -3 3 6 0 0 0 0 0 0 6 0 21 4 0 1 0 0 2 30 0 0 26 0.62 0.95 35 V -1 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 1 5 -4 1 -2 -4 -4 -1 3 -3 3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 5 57 0 2 0 0 0 3 5 0 20 0.84 0.97 36 K -2 2 -3 -2 -4 -1 0 -1 -3 -1 -2 5 1 -1 -4 -1 0 -4 0 -1 2 11 0 2 0 2 6 6 0 5 3 41 4 3 0 3 6 0 3 5 0.47 0.97 37 T 3 -3 -1 -4 -3 -1 -3 -2 -4 1 -1 -2 0 -4 -4 1 4 -5 -4 2 27 0 3 0 0 2 0 2 0 8 4 2 3 0 0 10 25 0 0 13 0.44 0.99 38 F -4 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -3 4 0 -5 3 6 -5 -2 -3 -2 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 4 0 7 33 0 4 0 0 21 8 1.00 1.00 39 H -4 1 0 -3 -5 4 -2 -4 9 -5 -5 -2 -4 -4 -4 -3 -4 -4 1 -5 0 8 4 0 0 19 0 0 66 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 1.77 1.00 40 E -2 -1 -3 0 -4 0 2 -4 2 -3 -1 3 -1 2 -4 0 1 -4 1 -3 3 2 0 5 0 4 17 0 5 1 7 23 1 11 0 8 8 0 5 1 0.34 0.97 41 T 3 0 -2 -3 -3 -1 -2 1 -4 0 -3 -3 -3 -4 -3 -1 4 -5 -4 0 31 6 2 0 0 3 1 11 0 7 0 0 0 0 0 2 28 0 0 7 0.50 0.97 42 L -3 2 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -3 3 2 -2 4 3 -4 -3 -2 -3 -1 2 0 17 0 0 0 0 0 0 0 17 17 0 17 17 0 0 0 0 0 17 0.52 0.56 43 D -3 2 4 3 -5 2 1 0 2 -5 -5 1 -4 -5 -3 0 -2 -5 -4 -5 0 14 22 21 0 10 6 7 6 0 0 9 0 0 0 6 0 0 0 0 0.60 0.72 44 C -2 -4 -4 -5 9 -4 -4 -4 -4 -2 1 -4 -2 -3 3 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 69 0 0 0 0 0 17 0 0 0 14 0 0 0 0 0 1.57 0.50 45 C 1 -4 -4 -5 9 -4 -4 -3 -3 -2 1 -4 -2 -2 -4 -2 -2 -2 3 -2 17 0 0 0 50 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0 0 0 13 0 1.08 0.50 46 G -2 -4 -2 0 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -4 1 -3 -5 -5 -5 0 0 0 6 0 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 1.68 1.05 47 S -1 -1 -1 -2 -3 -2 -2 1 -3 -2 -1 2 0 -2 2 3 1 -4 -3 -1 3 3 2 2 0 0 1 11 0 2 7 15 3 1 11 24 8 0 0 5 0.28 0.93 48 S 0 -3 3 1 -3 -2 -1 2 2 -2 -3 -2 0 -4 0 2 1 -4 -2 -2 7 1 18 6 0 1 4 15 6 2 2 1 3 0 5 18 8 0 1 3 0.34 0.92 49 T 0 -3 0 -1 0 -2 -3 3 -3 -1 -2 -1 -3 1 -3 2 3 -3 -3 -1 6 1 5 4 2 2 1 23 0 4 2 4 0 6 1 13 24 0 0 3 0.36 0.91 50 L 0 -2 -2 -1 -3 -3 -1 1 -4 0 4 -3 0 0 -1 0 -2 -3 -3 0 7 1 2 4 0 0 4 11 0 5 41 1 2 3 3 7 1 0 0 7 0.33 0.93 51 T -1 -3 0 -2 -1 -2 1 -4 -3 1 -1 -1 0 -2 0 1 5 -4 0 0 3 0 4 1 1 0 9 0 0 7 6 3 2 1 5 10 36 0 3 7 0.39 0.98 52 A 1 -3 -1 -1 -3 1 2 0 -1 -2 -3 -1 2 -2 1 1 2 -4 -3 -3 15 0 3 3 0 6 17 7 1 2 2 3 6 2 7 12 14 0 0 1 0.27 0.96 53 L 0 -3 -3 -3 -3 3 0 -1 -3 0 3 -3 -1 2 -3 -3 0 -3 -1 1 8 1 1 2 0 12 5 5 0 5 33 1 0 9 1 1 5 0 2 8 0.33 1.10 54 T 0 -3 -3 -3 -3 -2 -2 0 -3 1 0 -2 1 4 -3 -1 4 -3 -1 1 7 1 1 1 0 2 2 8 0 8 9 2 3 17 1 3 25 0 2 8 0.36 1.13 55 T -2 -3 0 0 -3 -2 -1 0 -3 1 -2 -1 0 -3 1 0 5 -4 -3 0 1 1 5 5 0 2 4 8 0 9 3 3 3 1 6 7 34 0 0 8 0.40 1.14 56 S -1 0 -2 -1 -3 1 0 -2 -2 -2 -1 1 2 -2 1 4 1 -4 -3 -3 4 4 1 3 0 7 5 2 1 3 7 10 5 1 6 30 9 0 0 1 0.31 1.14 57 V -1 -1 0 1 -3 0 -1 -1 -1 1 1 -1 -1 -2 -1 0 -1 -3 -3 3 5 4 5 9 0 5 3 4 1 6 14 4 1 2 3 6 3 0 1 25 0.18 1.00 58 L -1 -3 -2 -2 0 -3 -2 1 -3 0 2 -2 1 3 -2 -2 1 4 0 0 6 1 2 2 2 1 2 9 0 4 21 2 3 15 2 3 10 7 3 5 0.28 1.04 59 K 0 2 0 -2 2 0 -2 -3 -2 1 0 3 1 -1 -1 0 -2 -3 -1 -1 10 12 4 2 5 3 1 2 1 8 8 21 4 3 3 6 1 0 2 3 0.23 1.03 60 N -1 -1 3 2 -1 1 0 -2 0 -3 -3 0 -3 -1 -1 2 3 -3 -3 -2 4 2 16 10 2 5 6 3 3 2 3 6 1 3 3 13 18 0 1 2 0.30 1.03 61 N -2 -3 3 6 -5 1 1 -3 -3 -2 -5 -3 -4 -5 -4 1 0 -5 -4 -4 2 0 13 46 0 7 7 1 0 2 1 0 0 0 0 12 6 0 0 0 0.95 1.24 62 L -2 -2 -4 -4 -3 -3 -3 -5 -4 4 4 -4 1 -3 -4 -2 3 -4 -4 0 3 2 0 0 0 1 1 0 0 24 36 0 3 0 0 2 19 0 0 5 0.68 1.25 63 C -2 -5 -5 -5 11 -5 -4 -3 -1 -4 -4 -3 -4 -5 -1 -3 -3 -5 -5 -3 2 0 0 0 86 0 1 2 2 0 0 2 0 0 4 0 0 0 0 0 2.68 1.30 64 P -2 -3 -4 -1 -5 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -5 8 0 -1 -6 -5 -4 3 1 0 4 0 0 1 0 0 2 2 0 0 0 75 7 3 0 0 0 1.95 1.30 65 S -1 0 0 1 -4 1 2 -3 1 -4 -4 4 -4 -5 -1 3 -1 -5 -4 -3 4 3 3 8 0 5 11 1 3 0 2 30 0 0 3 22 3 0 0 1 0.53 1.24 66 G -1 0 0 1 -4 2 -1 3 0 -5 -3 4 -4 -2 -2 0 -1 1 -4 -4 3 4 4 8 0 11 3 24 2 0 2 23 0 2 1 6 4 2 0 0 0.46 1.24 67 S -1 -2 1 3 -3 1 1 1 -3 -3 -2 1 -3 -2 -1 2 0 -1 -2 -1 3 1 6 14 0 7 7 10 0 2 5 8 0 2 2 17 7 1 1 5 0.22 1.13 68 N -1 -1 4 0 -3 -1 1 0 -1 -1 -2 -1 -3 -1 0 2 1 0 -1 -3 4 3 20 5 0 2 10 7 1 3 5 3 0 2 4 13 11 1 2 2 0.25 1.13 69 I -1 -3 -1 0 -3 -1 -2 -4 0 3 2 -2 -1 0 -1 -3 1 -3 -2 3 6 1 3 5 0 3 2 1 3 16 20 2 1 3 3 1 8 0 1 21 0.30 1.10 70 I -2 -2 -3 -1 -3 -1 -3 -2 -4 3 3 -2 0 0 -3 -1 1 -3 -3 1 3 2 1 5 0 3 1 3 0 18 33 3 2 4 1 4 9 0 1 9 0.38 1.13 71 S -1 -3 0 0 -3 1 2 0 -3 -2 -1 -1 -1 0 -1 3 1 -3 -1 -2 4 1 4 4 0 6 16 8 0 2 7 3 1 4 2 23 9 0 2 2 0.25 1.15 72 N 0 -2 4 -1 -3 1 -1 -2 -3 -2 -1 0 1 -1 0 2 2 -4 -3 0 6 1 20 2 0 8 3 3 0 2 6 4 3 3 4 15 12 0 1 6 0.27 1.15 73 L -2 -3 -4 -4 1 -2 -3 -4 -2 2 4 -3 0 3 0 -3 -2 -3 -2 2 3 1 1 1 3 2 1 1 1 10 39 1 2 11 5 1 2 0 1 14 0.52 1.15 74 F 0 -2 -2 -3 1 -1 -1 -1 -1 1 0 -1 -2 3 -1 1 3 0 0 0 7 2 2 1 3 3 3 4 1 8 7 5 1 15 3 10 17 1 2 5 0.19 1.06 75 K -1 -1 -1 -1 -3 0 -1 -2 -1 0 -2 3 0 0 2 1 2 -3 -2 1 4 2 2 4 0 4 4 2 1 7 3 17 2 4 10 10 12 0 1 9 0.19 1.12 76 E -1 0 -2 -2 -4 4 3 -3 -2 -4 -3 4 0 -4 -1 -1 -1 -4 -4 -2 5 3 1 2 0 17 20 1 1 1 3 31 2 0 3 3 4 0 0 2 0.62 1.19 77 D -3 -4 3 5 -5 -3 -1 -2 -3 -5 -6 -3 -5 -6 3 4 -2 -6 -5 -5 0 0 13 34 0 0 1 3 0 0 0 0 0 0 13 34 1 0 0 0 1.01 1.32 78 C -3 -6 -6 -6 11 -6 -7 -5 -6 -4 -4 -6 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -4 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.40 1.35 79 H -4 -4 -3 -1 -5 -3 -1 -5 8 -1 -2 -4 -2 -1 5 -3 -4 -5 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