Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 3 -4 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -4 5 4 -6 -5 -4 26 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 24 0 0 0 1.10 1.29 2 S 3 -3 -1 2 -4 -2 -1 -1 -3 -5 -5 -1 -4 -6 -2 5 -1 -6 -5 -4 28 0 1 13 0 1 4 4 0 0 0 4 0 0 1 41 2 0 0 0 0.78 1.38 3 H -2 -1 -2 -4 -6 4 -2 -1 10 -5 -5 -1 -4 -5 -4 -3 -4 2 -1 -5 3 2 1 0 0 18 2 4 61 0 0 3 0 0 1 1 1 3 1 0 1.75 1.43 4 R -4 8 -2 -3 -6 0 -1 -5 -2 -6 -5 0 -4 -6 -5 -3 -2 -6 -3 -4 0 85 1 1 0 3 3 0 0 0 1 2 0 0 0 0 2 0 1 1 1.88 1.52 5 L -2 3 -1 -2 -6 1 -1 -4 -3 0 1 5 2 -3 -4 -3 -1 1 -4 -2 2 13 3 2 0 6 2 1 1 5 13 38 5 1 0 1 3 2 0 3 0.58 1.53 6 A 5 -3 -1 -1 -2 -1 -1 -3 2 -3 -2 -2 1 -5 -4 1 -3 -6 -5 -3 57 1 3 4 1 2 3 1 5 1 5 1 4 0 0 11 0 0 0 1 0.78 1.52 7 L -3 -3 -6 -5 -4 -3 -5 -6 -5 2 4 -1 8 -2 -6 -4 -2 0 -3 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 10 36 5 34 0 0 1 3 1 1 6 1.09 1.52 8 Y -3 -4 -5 -5 -5 -5 -5 -6 -3 1 5 -3 2 4 -6 -5 -2 -2 -1 -2 2 1 1 0 0 0 0 0 1 7 61 2 5 17 0 0 2 0 2 1 1.06 1.53 9 R 0 7 -2 -4 -3 0 -3 -3 -2 -4 -4 3 -3 -6 -5 0 -2 -6 -4 -4 9 59 1 0 1 3 0 2 1 1 1 14 1 0 0 6 1 0 0 1 1.21 1.52 10 N -1 1 7 -1 -4 1 -3 -1 -2 -5 -5 -1 -5 -6 -5 1 0 -6 -5 -4 4 6 56 2 0 5 0 5 0 1 0 4 0 0 0 9 6 0 0 1 1.13 1.53 11 Q -4 -5 -4 -6 -2 2 -4 -6 -2 0 5 -5 7 -3 -6 -4 -1 -1 -4 -1 1 0 1 0 1 9 0 0 1 3 50 0 28 0 0 1 3 1 0 2 1.13 1.53 12 A 3 -5 -5 -5 3 -3 -4 -4 -5 0 1 -5 0 -4 -5 0 1 -6 -5 5 25 0 0 0 5 1 1 1 0 3 11 0 2 0 0 6 9 0 0 36 0.69 1.55 13 K 0 -1 1 -2 0 -1 -3 -2 -3 1 -4 -1 -2 -4 -4 2 6 -6 -5 -1 7 3 6 1 2 2 0 3 0 7 1 4 1 0 0 15 46 0 0 3 0.72 1.58 14 S 2 -1 0 1 -2 3 1 0 -2 -5 -4 -3 -3 -4 -4 4 -1 -6 -3 -5 16 2 4 9 1 12 8 7 1 0 1 0 0 1 0 36 2 0 1 0 0.59 1.56 15 L -4 -5 -6 -7 -1 -5 -6 -7 -6 0 6 -6 1 0 -6 -5 -3 -5 -4 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 4 82 0 2 4 0 0 1 0 0 4 1.42 1.56 16 L -3 -6 -6 -7 -5 -6 -6 -7 -6 6 2 -6 -1 5 -6 -5 -3 -4 -1 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 40 18 0 1 21 0 0 1 0 1 17 1.14 1.60 17 T -2 4 -2 -2 -4 1 2 -5 -1 0 0 3 1 -3 -5 -2 0 -2 -2 -2 2 23 1 2 0 5 13 0 1 5 9 19 3 1 0 3 6 1 2 3 0.45 1.67 18 H -4 -2 2 -3 -3 -2 0 -5 9 -6 -5 0 -3 -1 -5 -2 -2 -2 4 -5 1 1 9 1 0 1 6 0 51 0 0 7 1 3 0 3 2 0 13 0 1.47 1.64 19 G -3 -2 -1 1 -6 0 6 3 -2 -7 -6 1 -5 -6 -5 -3 -3 -6 -3 -6 1 1 2 5 0 4 50 25 1 0 0 8 0 0 0 1 1 0 1 0 1.08 1.62 20 R -2 6 -3 -4 -3 2 -2 -3 1 -3 -3 2 -2 -4 -5 0 -2 -5 0 -4 2 49 1 0 1 7 2 2 3 1 3 13 1 1 0 8 2 0 3 1 0.93 1.62 21 I -2 -6 -6 -6 0 -6 -6 -6 -6 7 0 -3 0 -3 -6 -5 -2 -6 -5 2 3 0 0 0 2 0 0 0 0 68 8 2 2 0 0 0 1 0 0 9 1.33 1.64 22 T -3 -1 -2 -3 -3 0 5 -4 -1 0 -2 2 0 -2 -3 -2 2 -6 -3 0 1 3 2 1 1 3 35 1 1 6 3 10 2 2 1 2 15 0 1 7 0.49 1.74 23 T -2 -5 -4 -3 -1 -4 -4 -2 -5 -2 1 -4 -3 -2 -2 1 6 -6 -5 -1 3 0 0 2 1 0 0 3 0 1 12 0 0 2 2 7 58 0 0 5 0.96 1.74 24 T -2 -2 1 -2 -5 -2 -4 -1 -5 -3 -3 -1 -4 -3 0 0 6 -6 -2 -2 3 2 5 2 0 1 0 5 0 1 2 4 0 1 4 4 57 0 2 2 0.88 1.76 25 V -2 -1 -3 -2 -1 -2 1 -3 2 -2 2 0 -1 0 -4 -2 -2 5 4 0 3 3 1 2 1 2 10 2 5 2 19 6 1 4 1 3 2 7 13 7 0.26 1.76 26 P 3 -1 0 -3 -1 0 -1 0 1 -3 -3 -1 0 -2 3 0 2 -6 -1 -2 25 3 4 1 1 5 3 6 3 1 1 3 2 2 12 5 11 0 2 3 0.23 1.67 27 K -4 5 -2 -4 0 -1 -3 -5 0 -2 -3 5 -4 -1 -5 -4 -2 -5 0 -3 0 32 2 0 2 2 0 0 2 2 2 38 0 2 0 0 2 0 4 2 0.92 1.67 28 A 5 -4 -4 -4 3 -3 -3 0 -4 -3 -1 0 2 -4 -4 0 0 -4 -4 0 44 0 0 1 6 0 1 7 0 0 7 5 5 0 0 5 5 0 0 5 0.51 1.46 29 K -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.01 30 E 2 0 -1 -1 -2 0 6 -3 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -4 -2 -2 -5 -3 -2 19 5 2 2 1 3 45 1 1 2 2 1 1 2 0 2 1 0 1 3 0.67 1.76 31 L 0 -5 -5 -5 0 -5 -5 -3 -5 1 4 -5 2 -1 -5 -3 0 -5 -1 3 9 0 0 0 2 0 0 2 0 8 35 0 4 2 0 2 6 0 2 21 0.54 1.69 32 R -2 6 -2 -4 0 2 -3 -3 0 -3 -5 2 -4 -5 -2 -1 -2 1 -4 -2 4 48 2 0 2 8 0 2 2 2 1 12 0 0 2 3 2 2 0 3 0.88 1.78 33 G -1 3 -1 -2 0 -1 -2 0 0 -2 -3 3 -1 -2 3 1 -2 -5 -5 -2 4 15 2 2 2 3 3 6 2 2 2 17 2 2 13 12 2 0 0 3 0.28 1.86 34 F -2 -1 -1 -2 1 -1 -1 -5 4 0 -1 -1 1 2 -1 -1 -1 2 5 0 3 3 3 3 3 3 4 0 8 6 6 3 3 7 3 4 4 2 19 6 0.28 1.78 35 V 0 -4 1 -4 3 -4 -4 0 3 1 0 -4 3 2 -4 0 0 -4 2 0 7 0 7 0 7 0 0 7 7 7 7 0 7 7 0 7 7 0 7 7 0.20 1.45 36 D -1 -3 0 2 -5 0 5 -1 2 -4 -4 -3 -4 -5 0 -1 -1 -5 -4 0 5 0 4 11 0 4 37 4 4 0 1 0 0 0 5 5 4 0 0 8 0.48 1.34 37 H 0 1 1 -4 -5 1 0 0 3 -4 -1 0 -4 -4 1 0 0 4 -4 0 7 7 7 0 0 7 7 7 6 0 7 7 0 0 7 7 7 6 0 7 0.15 1.56 38 L -2 -4 -2 -5 0 -4 -1 -5 -4 1 4 0 4 0 -5 -2 -1 -4 -1 0 3 0 2 0 2 0 4 0 0 7 41 5 10 3 0 3 4 0 2 4 0.47 1.48 39 I -2 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -2 -5 6 1 -4 1 0 -5 -2 -1 -4 -4 2 4 0 0 0 0 0 0 4 0 48 10 0 3 3 0 4 4 0 0 10 0.76 1.45 40 H -1 -1 -1 1 -4 -1 -1 -2 0 -1 -3 1 0 -2 -4 -1 5 -4 -1 -2 5 2 3 9 0 3 3 3 2 3 2 9 2 2 0 4 36 0 2 3 0.38 1.45 41 L -1 0 0 0 3 1 0 -5 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.12 2.01 42 A 4 -1 -1 1 1 -4 -2 1 -4 -2 -4 -2 0 -5 -2 1 -1 -5 -5 -2 36 4 3 8 3 0 3 11 0 2 0 3 2 0 2 9 4 0 0 3 0.39 1.75 43 K -1 2 0 -1 -5 0 -1 -2 -4 -1 -2 5 1 -5 -4 -1 -1 -5 -5 -1 6 8 5 3 0 4 3 4 0 4 4 37 4 0 0 4 3 0 0 4 0.46 1.84 44 R -2 2 0 0 1 1 -1 -2 1 -2 -2 2 0 -1 2 -1 -1 -5 -1 -1 4 13 5 4 3 7 4 3 3 3 3 11 3 3 12 4 4 0 3 4 0.14 1.85 45 G 0 -2 1 3 -5 -1 0 3 0 -3 -3 -2 -5 -2 -1 1 -2 -6 -1 -3 7 2 7 18 0 2 5 24 2 2 2 3 0 2 3 10 3 0 2 2 0.33 1.91 46 D -3 1 1 3 -1 -2 -2 -1 2 -2 -4 1 0 -2 -2 2 3 2 -1 -3 2 8 5 17 2 2 2 4 4 2 2 7 2 1 2 13 18 3 3 2 0.33 1.98 47 L -1 0 0 -1 1 0 0 -1 1 0 2 0 1 -1 0 -1 1 -5 0 0 4 4 5 4 3 4 6 5 3 4 19 6 3 3 4 4 7 0 3 6 0.07 2.09 48 H -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 49 A 3 -1 2 -1 0 -1 0 -2 1 -2 -3 0 -1 -2 -1 2 1 -6 -2 -2 26 3 10 3 2 2 5 3 3 2 2 6 2 2 4 13 7 0 2 2 0.29 2.15 50 R -2 6 0 -2 -1 0 -2 -3 1 -2 -3 1 0 0 -2 -2 -2 1 0 -3 4 40 4 3 2 3 3 2 4 3 3 8 3 4 2 3 2 2 4 2 0.60 2.08 51 R -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.01 52 L -1 0 -1 -2 0 2 0 -2 0 0 0 0 6 -1 -2 -1 -2 1 -1 0 6 6 3 3 2 10 7 4 2 4 10 6 17 3 2 4 2 2 2 6 0.25 2.07 53 V 3 -1 -2 -2 0 -2 -1 -3 0 1 0 -1 2 -2 -5 -2 -2 1 0 3 25 4 2 2 2 2 4 2 2 7 9 4 4 2 0 3 3 2 3 19 0.30 2.06 54 L 1 0 0 0 1 0 -1 -1 0 -1 1 -1 3 2 -2 -2 -2 2 0 -2 11 6 4 6 2 5 4 6 3 4 12 4 6 9 3 3 3 3 3 3 0.10 2.12 55 R -1 0 0 0 -5 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.12 56 D -2 1 -1 -1 0 -1 -1 -3 0 1 -1 0 0 3 0 -2 0 4 3 0 3 8 4 4 2 3 3 2 2 8 6 6 2 13 4 3 6 5 9 5 0.22 2.03 57 L -2 -1 -5 -2 1 -1 -2 -2 -5 3 3 -2 2 1 -1 -2 -1 -5 0 1 4 3 0 3 3 3 3 3 0 13 31 3 4 6 3 3 4 0 3 7 0.33 1.98 58 Q -2 2 1 0 1 0 0 -1 1 -1 -1 1 1 0 1 -1 0 2 2 -2 3 10 6 6 3 3 7 5 3 3 6 7 3 4 8 4 7 3 6 3 0.10 1.95 59 D -3 -2 4 5 -1 -1 0 -2 0 -3 -3 -1 0 -2 0 0 0 -1 -2 -3 2 2 17 30 1 3 6 3 2 2 3 4 2 2 5 6 6 1 2 1 0.53 2.03 60 V -1 1 0 1 -5 0 1 -2 2 -1 -2 4 1 -1 0 -1 -1 -5 0 0 4 6 4 7 0 3 9 3 4 4 3 23 3 3 5 3 3 0 3 7 0.25 1.97 61 K -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.01 62 L -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 63 V -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 64 R 0 0 1 0 1 1 -1 -1 5 -2 -2 2 0 -1 -1 -1 0 -5 1 -2 7 6 5 4 3 5 4 4 14 3 4 13 3 3 4 5 6 0 5 3 0.23 1.92 65 K -1 0 1 0 -5 1 0 -5 3 0 -1 0 2 1 0 0 0 -5 2 0 6 6 6 6 0 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 0.12 1.78 66 L -1 0 -5 -5 -4 -4 -4 -5 -4 1 4 0 3 1 -5 -4 0 -4 -3 1 6 6 0 0 0 0 0 1 0 7 48 6 6 5 0 0 5 0 0 8 0.62 1.34 67 F 0 0 1 -4 3 1 -4 -5 3 0 -1 0 2 1 -5 0 0 4 2 0 6 6 6 0 6 6 0 0 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0.26 1.67 68 D 0 0 2 1 -5 0 2 0 1 -1 -1 2 -4 -5 -4 -1 2 -5 0 -1 8 5 8 8 0 4 12 7 3 4 6 11 0 0 0 5 11 0 3 4 0.19 1.63 69 E -2 -2 0 2 -2 1 5 -3 -1 0 -3 0 -2 -3 -2 -1 0 -5 -2 0 3 1 3 12 1 6 34 2 1 5 3 5 1 1 2 3 6 0 1 8 0.46 1.73 70 I 1 -1 -4 -5 -4 -4 -1 -2 -4 2 2 -1 2 1 -5 -1 0 3 1 2 12 4 0 0 0 0 4 4 0 13 18 4 4 5 0 5 7 3 5 12 0.27 1.67 71 A 3 -1 -1 -1 1 0 -2 2 -4 -1 -2 -1 -4 1 0 -1 -1 2 0 0 22 3 3 3 3 4 3 13 0 4 4 4 0 7 5 4 4 3 3 7 0.18 1.69 72 P -1 -1 0 0 -5 2 2 -2 0 -2 -3 2 -4 -2 4 -1 -1 2 -1 -1 4 2 4 6 0 7 13 3 2 2 3 11 0 2 23 4 4 2 2 4 0.39 1.76 73 R -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 74 Y -2 -4 -1 -5 1 -1 -2 -5 1 0 -1 -2 3 5 -5 -1 -1 4 5 1 4 0 3 0 3 3 3 0 3 4 5 3 8 20 0 4 3 6 17 8 0.59 1.89 75 R 3 0 -1 -1 -5 1 1 -1 0 -2 -3 3 0 0 -1 0 -1 -5 0 -2 22 5 2 3 0 6 7 4 2 2 3 18 2 4 3 5 4 0 4 3 0.25 1.89 76 D -1 -2 2 4 -6 0 3 1 0 -6 -4 0 -1 -2 -1 0 -1 -6 -2 -5 5 2 10 24 0 4 18 10 2 0 2 4 2 2 3 7 4 0 2 0 0.48 1.88 77 R -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 78 Q -1 -1 3 -1 1 1 0 -1 1 -2 -3 2 0 -1 2 0 1 -5 -1 -2 6 3 13 3 3 5 7 4 3 3 3 11 3 3 8 7 9 0 3 3 0.18 2.06 79 G -2 -1 -1 -2 0 -1 -1 6 0 -2 -3 -1 -5 -1 -5 1 -2 -5 -1 -1 3 4 2 2 2 2 4 50 2 2 3 3 0 2 0 9 3 0 2 4 0.74 1.97 80 G -2 -2 0 -4 0 1 -4 6 -1 -5 -5 -1 -4 0 0 1 -2 -5 -4 -5 2 2 3 0 2 6 0 55 1 0 1 4 0 5 4 11 2 0 0 0 0.93 1.50 81 Y -1 -4 -2 -5 0 -4 -4 -5 0 -2 -2 -4 -3 4 -5 -4 -4 -1 8 0 5 0 2 0 2 0 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