Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -5 -4 -1 0 -4 10 -3 -5 -4 -3 -4 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 99 0 0 0 0 0 0 0 2.53 1.29 2 L -4 -2 -3 -6 -4 -4 -4 -6 -2 4 5 -1 -1 -1 -4 -5 -3 -5 -2 -1 0 2 2 0 0 0 1 0 1 24 62 5 0 1 1 0 0 0 1 1 1.04 1.34 3 Y -3 2 -2 -2 -2 -1 1 -5 -2 3 -1 2 -2 -2 -4 -2 3 -5 -1 1 1 11 1 1 1 3 10 0 1 15 5 13 0 1 0 1 23 0 2 11 0.40 1.34 4 L 0 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -5 3 4 -5 -1 3 -5 -4 -3 -4 1 1 10 0 0 0 1 0 0 0 0 18 42 0 0 14 0 1 1 0 5 9 0.79 1.33 5 T -3 -2 1 0 -3 -2 0 -4 3 0 -4 -2 -2 -2 -4 -1 6 -5 1 -1 1 2 6 4 0 1 5 1 8 6 0 1 1 2 0 1 55 0 4 2 0.84 1.35 6 Q -1 2 -2 -2 -5 6 3 -4 0 -5 -5 2 -4 -6 -4 -1 0 -5 -4 -5 4 10 0 1 0 35 21 1 2 0 0 14 0 0 0 3 7 0 0 0 0.89 1.35 7 R -4 6 -3 -5 -1 -2 -3 -5 0 0 -1 3 -2 0 -5 -4 -2 -2 0 1 0 48 1 0 1 0 0 0 2 4 7 16 0 3 0 0 1 0 3 11 0.88 1.35 8 L -1 -3 -4 -4 0 -2 -5 -5 -3 3 4 0 1 -2 -4 -2 0 -4 0 0 5 1 0 1 2 2 0 0 1 17 46 6 2 1 0 3 5 0 3 5 0.60 1.36 9 E -1 -2 0 3 -5 1 1 1 0 -4 -4 -1 -5 -6 4 1 0 -6 -5 -3 5 2 3 20 0 6 10 9 2 1 1 3 0 0 23 9 5 0 0 1 0.56 1.36 10 I 1 -1 -2 0 -4 2 0 0 4 -2 -3 -1 -4 -2 3 -1 1 -5 -3 -2 14 2 1 6 0 10 5 6 12 3 2 4 0 1 17 4 9 0 0 3 0.38 1.31 11 P 1 -1 2 1 -3 1 0 0 3 -2 -4 -1 -3 -3 3 1 1 -1 -4 -2 14 3 9 8 0 6 6 7 7 2 1 3 1 1 13 9 8 1 0 2 0.27 1.33 12 A 1 -2 -1 2 -3 1 2 -1 3 -2 0 -3 -4 -5 1 0 1 -5 -4 -1 12 2 2 10 0 5 16 6 8 2 8 1 0 0 7 8 8 0 0 5 0.25 1.33 13 A 1 0 0 1 -5 2 0 0 2 -4 -3 1 -4 -5 2 0 1 -6 -4 -2 12 5 5 7 0 10 7 7 6 0 2 9 0 0 12 8 8 0 0 2 0.30 1.33 14 A 3 0 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -1 1 -2 -2 -3 -3 3 -1 0 3 -3 2 31 6 2 2 1 1 0 1 1 10 2 2 0 1 13 3 4 4 1 15 0.43 1.33 15 T 3 -3 -1 4 -4 0 0 -3 1 -2 -3 -1 -4 -1 -3 1 1 -5 -2 -1 24 1 2 21 0 4 6 1 4 2 2 3 0 3 1 10 10 0 1 4 0.37 1.32 16 A 2 -4 -1 4 -5 -2 1 0 0 -2 -1 -3 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -3 1 21 0 2 28 0 1 8 6 2 1 6 1 1 2 3 3 3 1 1 10 0.39 1.32 17 S -2 0 -1 -1 -1 1 1 -3 1 -2 -3 0 -3 -1 -3 2 5 -5 -1 -1 1 5 3 3 1 5 8 1 3 2 1 4 0 3 0 14 38 0 3 4 0.51 1.29 18 V -3 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -6 3 5 -5 1 -1 -5 -5 -3 -5 -4 4 1 0 0 0 1 0 0 0 0 13 52 0 2 2 0 0 0 0 0 29 1.07 1.30 19 T 0 -2 -3 -3 2 -1 2 -4 0 -2 -2 -3 -2 -4 -1 1 4 -5 0 2 9 1 0 0 4 2 13 0 3 1 3 1 0 0 3 10 27 0 3 18 0.42 1.31 20 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 -1 6 -5 1 -1 -6 -5 -4 -4 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 96 0 2 1 0 0 0 0 0 1 1.65 1.31 21 P 0 -3 -1 4 -5 -3 -2 -3 -4 -4 -5 -3 -4 -6 5 1 4 -6 -5 -3 7 0 2 23 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 28 9 26 0 0 2 0.94 1.31 22 I 2 -4 -5 -3 -4 -3 -3 -5 2 0 0 -5 0 5 -5 -2 -4 5 5 -2 16 1 0 1 0 0 1 0 5 6 10 0 3 26 0 2 0 9 18 1 0.84 1.31 23 D -1 -3 -2 6 -6 -1 5 -3 -1 -5 -4 -3 -5 -6 -4 -1 0 -6 -5 -5 5 0 0 44 0 1 38 1 1 0 1 0 0 0 0 2 5 0 0 0 1.20 1.31 24 V 2 -2 -3 1 -5 3 4 -3 -4 -2 0 -1 -1 -5 -4 -1 1 -5 -3 0 15 2 0 8 0 13 26 2 0 2 10 2 1 0 0 3 10 0 1 5 0.41 1.31 25 R -4 8 -3 -4 -6 -2 -2 -5 -3 -5 -3 0 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -5 0 96 0 0 0 0 2 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.13 1.30 26 V -3 1 -2 -2 0 4 1 -4 3 1 -3 0 -2 -1 -4 0 3 -5 -2 -1 1 7 1 1 3 25 7 1 7 8 2 5 1 3 0 7 17 0 1 3 0.45 1.31 27 K -4 6 -2 -4 -1 -1 -2 -5 -2 -3 -3 5 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -3 0 45 1 0 1 1 0 0 1 1 2 45 0 0 0 1 0 0 0 2 1.34 1.34 28 S -1 3 -2 -3 1 -3 -3 0 -2 -5 -3 -3 -4 -5 -3 6 1 -5 -4 -3 3 14 0 0 3 0 0 8 1 0 2 0 0 0 1 61 6 0 0 2 0.95 1.34 29 R -3 8 -3 -4 -6 -1 -3 -5 -1 -4 -5 0 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -5 1 94 0 0 0 1 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2.10 1.34 30 V -3 -4 -4 -5 -1 3 -4 -2 3 0 3 -2 1 4 -5 -4 -3 0 1 -1 1 0 0 0 1 18 0 3 8 6 30 3 3 17 0 1 1 1 4 3 0.60 1.35 31 K 0 6 -3 -1 -4 -1 -2 -4 1 -3 -3 3 -2 -5 -3 -2 -4 -3 -1 -2 9 49 0 3 0 2 0 0 4 1 2 20 1 0 1 2 0 0 2 3 0.95 1.35 32 V 3 -1 -5 -5 1 -4 -4 -2 -3 1 1 -4 2 3 -5 -2 1 -1 0 2 25 3 0 0 3 0 0 2 0 6 13 0 5 11 0 1 9 1 3 16 0.42 1.35 33 T -1 1 -2 -2 -3 1 2 -5 -1 -1 -2 0 0 -1 -3 -1 5 -3 -4 0 4 9 1 2 0 5 15 0 2 3 4 5 2 2 1 3 35 0 0 7 0.46 1.35 34 L -1 -3 -3 0 -4 -4 -4 -1 -5 0 3 -3 0 -3 -4 1 4 -5 -4 -2 5 1 1 5 0 0 0 4 0 3 36 1 2 0 0 9 31 0 0 1 0.62 1.35 35 N 0 -2 0 5 -5 0 2 -3 -4 -2 -4 -1 -4 -6 1 1 1 -6 -5 -2 10 1 3 32 0 5 12 1 0 2 2 4 0 0 7 12 8 0 0 2 0.57 1.35 36 D -1 0 3 4 1 0 0 0 2 -5 -4 -1 -4 -5 -3 2 1 -2 -4 -5 4 4 14 22 3 3 5 8 5 0 1 3 0 0 1 16 9 1 0 0 0.47 1.34 37 G -2 -3 -1 -3 -2 -2 -4 7 -2 -5 -6 -3 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -5 -6 0 1 2 0 1 2 1 87 1 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1.80 1.33 38 R -2 4 -2 0 -1 3 3 -3 -1 -2 -1 -1 -1 -3 -2 -1 1 -5 -4 0 3 21 1 4 1 14 22 1 1 1 6 3 1 1 2 4 7 0 0 7 0.45 1.34 39 D 0 -1 -2 4 -5 0 5 -4 -2 -4 -4 -2 -2 -4 0 0 -1 -6 -3 -1 8 2 0 21 0 2 41 1 1 1 1 1 1 1 5 5 4 0 1 5 0.71 1.29 40 A 1 -5 -6 -6 0 -5 -5 -4 -5 3 2 -5 -1 2 -5 -4 -3 -4 -2 4 14 0 0 0 2 0 0 1 0 19 17 0 1 10 0 0 0 0 1 36 0.78 1.29 41 G 1 -1 -3 -4 -1 -2 -4 5 2 -3 1 -3 -3 1 -5 -2 -3 -4 1 -2 11 3 0 0 1 1 0 46 5 1 14 1 0 6 0 2 1 0 5 3 0.68 1.29 42 L -2 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 3 5 -5 1 1 -5 -5 -4 2 -1 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 14 53 0 2 4 0 0 0 3 2 19 0.96 1.29 43 L -3 1 0 3 -2 0 -3 -5 1 -2 -2 -3 2 6 -5 -2 -4 -3 0 0 2 9 4 19 1 5 0 0 3 1 3 1 5 35 0 2 0 0 2 8 0.68 1.29 44 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 1 6 -5 1 -1 -5 -5 -1 -4 -4 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 6 81 0 3 1 0 0 4 0 0 4 1.29 1.29 45 P 0 -4 -2 1 -5 -1 2 -4 -4 -3 -5 -2 -4 -6 7 -1 -2 -6 -5 -2 7 0 1 8 0 2 17 1 0 2 1 2 0 0 54 3 2 0 0 3 1.31 1.27 46 R -2 8 -2 -3 -6 0 -1 -5 -1 -6 -5 0 -4 -5 -3 -2 -4 -5 -4 -5 3 84 1 1 0 3 2 0 1 0 0 2 0 0 1 2 0 0 0 0 1.76 1.27 47 G 0 -5 -3 -2 -5 -3 -3 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -2 -2 0 -5 -5 -4 8 0 0 2 0 1 1 77 0 0 0 0 0 0 1 2 7 0 0 1 1.50 1.29 48 L -2 -2 -1 -1 -3 1 -1 0 2 -1 -2 -1 -1 -3 0 0 5 -5 -2 0 2 1 2 2 0 8 4 6 5 3 2 3 1 1 5 6 39 0 1 6 0.46 1.27 49 L -1 -2 -2 -2 0 -3 -4 -5 2 2 0 -4 0 -2 1 -1 1 -5 -2 5 6 2 2 2 2 1 0 0 5 12 7 0 2 1 7 4 9 0 1 40 0.53 1.27 50 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 1 6 -5 2 -1 -6 -5 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 85 0 3 1 0 0 0 0 0 3 1.44 1.29 51 R -1 6 -1 -2 -5 2 -2 -4 4 -4 -3 1 -2 -4 -5 -2 -3 -5 -2 -3 5 54 2 2 0 9 1 1 9 1 3 6 1 0 0 2 1 0 1 1 1.01 1.29 52 G -2 -4 1 5 -5 -1 1 2 5 -5 -5 -3 -5 -5 2 -1 -3 -6 -4 -2 2 0 5 36 0 2 7 16 13 0 0 0 0 0 9 5 1 0 0 3 0.80 1.27 53 G -2 -3 0 -2 -5 -4 -4 7 -1 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -6 -6 0 1 3 2 0 0 1 91 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.91 1.29 54 D -2 -2 -1 7 -6 -1 2 -4 -4 -5 -4 -3 -3 -3 -4 0 -2 -6 -5 -5 2 2 1 70 0 2 12 0 0 0 1 0 1 1 0 6 2 0 0 0 1.44 1.29 55 V 0 1 -5 -3 2 -1 -4 -1 -3 2 2 -3 0 0 -5 -3 -1 0 2 3 7 7 0 1 5 3 0 6 0 10 18 1 2 4 0 1 3 1 6 24 0.33 1.29 56 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 1 6 -5 0 0 -6 -5 -4 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 89 0 1 2 0 0 0 0 0 2 1.49 1.29 57 S 1 1 -3 -4 -4 3 1 -2 -4 0 0 1 0 -3 -4 -1 1 -5 -3 2 14 9 0 0 0 14 8 3 0 4 9 9 2 0 0 2 11 0 1 14 0.28 1.27 58 N 3 -2 0 2 -1 -3 -3 1 -1 -3 0 -3 -3 -5 -3 2 2 -2 -4 -3 26 2 4 10 1 0 1 10 1 1 12 0 0 0 1 17 13 1 0 1 0.40 1.29 59 E 0 -1 0 4 -1 0 5 -2 -1 -5 -5 -2 -4 -5 -1 -1 -1 -5 -3 -4 8 2 4 20 2 4 44 3 2 0 0 1 0 0 2 3 3 0 1 1 0.80 1.27 60 E -2 -4 1 6 3 1 1 -3 -2 -5 -5 -3 -5 -6 -3 1 1 -6 -5 -4 3 0 6 46 7 7 7 1 1 0 0 0 0 0 1 11 11 0 0 1 0.93 1.28 61 G -1 -3 -2 -1 -5 -1 -2 7 -1 -6 -6 -2 -5 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -4 3 1 1 4 0 4 2 77 2 0 0 2 0 0 0 1 2 0 0 1 1.46 1.26 62 T -1 0 0 1 1 1 0 1 -1 -1 -1 -1 -1 0 -2 2 1 -2 0 -1 4 5 3 9 3 5 6 9 2 3 8 3 1 4 2 15 10 0 3 4 0.10 0.91 63 E -2 4 1 0 1 1 2 -3 -2 -1 -2 1 -3 -2 -2 -1 0 -2 -1 -1 3 22 6 6 3 7 14 2 1 4 5 7 0 2 1 5 6 1 2 5 0.28 1.14 64 F -2 -3 -5 -5 -2 -2 -4 -5 -1 3 3 -4 1 1 -5 -4 -2 2 0 4 2 1 0 0 1 2 0 0 2 15 28 0 2 5 0 0 1 3 3 32 0.68 1.27 65 V -2 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -5 4 1 -5 1 -2 -5 -4 -3 -5 -1 6 3 0 0 0 0 0 0 1 0 24 10 0 3 1 0 0 0 0 2 55 1.09 1.30 66 Q -1 5 -3 -3 -3 3 2 -3 -3 -4 -2 2 -2 -5 -4 -2 -1 -5 -3 -2 5 37 0 0 1 13 16 2 0 0 5 12 1 0 0 1 3 0 1 3 0.72 1.25 67 V -2 -5 -6 -6 -4 -5 -2 -6 -6 5 -1 -5 -2 -3 -5 -4 -3 -5 -4 6 1 0 0 0 0 0 3 0 0 37 0 0 0 0 0 0 0 0 0 59 1.38 1.29 68 I -1 1 -2 -1 0 0 1 -5 -1 3 0 1 1 -3 -5 -2 0 -5 -4 3 3 10 1 4 2 4 8 0 1 16 10 9 3 0 0 2 6 0 0 20 0.29 1.31 69 A 7 -4 -4 -4 -3 -3 -2 -1 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -3 95 0 0 0 0 0 1 3 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.58 1.27 70 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 -3 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 1.51 1.08 K Lambda Standard Ungapped 0.1379 0.3194 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1891 0.3180 PSI Gapped 0.0579 0.2670