Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -3 -3 1 5 -5 -1 4 -3 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 3 -2 -6 -5 -5 0 0 5 37 0 0 33 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 0 0 1.07 0.97 2 E -4 -3 -3 0 -6 2 7 -5 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -5 0 0 0 3 0 6 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.86 1.26 3 E 2 -1 -1 3 -4 0 0 -4 -2 -5 -4 0 -4 -5 5 0 0 -4 -4 -4 17 3 3 18 0 4 6 0 1 0 2 6 0 0 29 6 4 0 0 1 0.68 1.28 4 V -2 -5 -6 -6 -2 -5 -5 -6 -6 1 4 -5 -1 -3 -5 -4 -1 -5 -4 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 4 43 0 0 0 0 0 3 0 0 48 1.12 1.29 5 S -1 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -3 2 4 -5 2 -1 -5 1 -1 -4 3 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 11 42 0 6 2 0 12 2 0 11 9 0.67 1.30 6 V -2 1 -3 0 -2 0 4 -5 1 -2 -3 0 -3 -5 -4 -2 3 -4 -3 3 3 7 1 4 1 3 27 0 3 2 1 5 0 0 0 1 20 0 0 22 0.52 1.30 7 V 1 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -6 5 0 -5 -2 -3 -5 -4 -3 -5 -4 5 13 0 0 0 0 0 0 1 0 38 4 0 0 0 0 0 0 0 0 44 1.14 1.30 8 R -2 5 -2 -3 -2 0 -1 -4 0 -2 -4 1 -2 -2 -3 1 4 -3 1 -2 2 31 1 1 1 4 4 0 2 2 1 6 1 1 1 8 27 0 5 2 0.62 1.32 9 C 4 -5 -4 -4 5 -2 -4 2 -2 -2 -4 -4 -4 -2 4 0 0 -5 -5 -2 35 0 0 0 12 2 0 15 1 2 0 0 0 2 18 6 4 0 0 3 0.75 1.30 10 D 1 2 0 3 -5 0 2 0 1 -4 -4 1 -4 -5 2 0 -1 -6 -4 -4 12 11 4 17 0 3 11 7 3 1 2 7 0 0 9 7 3 0 0 1 0.35 1.29 11 D -2 -3 3 5 -3 -2 -1 -2 1 -4 -3 -3 -4 -5 -3 2 2 -5 -4 -4 2 1 14 37 0 1 2 2 3 1 3 0 0 0 1 18 14 0 0 0 0.76 1.22 12 P 1 -1 -3 -2 -4 -2 -2 -1 -3 1 -1 -2 3 -4 5 -1 -1 2 -3 -1 14 3 1 2 0 2 2 5 0 8 5 2 7 0 34 5 3 3 1 3 0.60 1.18 13 F 1 1 -1 -3 -4 1 -2 -3 3 -1 3 -1 0 1 -2 -2 -1 -2 -2 0 11 7 4 1 0 6 2 1 8 3 33 4 2 6 2 1 3 1 1 5 0.28 1.18 14 M 0 1 -1 2 -4 1 3 -3 4 -3 1 -2 0 -3 -1 -2 0 -4 -3 -3 8 7 2 10 0 7 19 2 9 1 18 1 2 1 3 2 7 0 0 1 0.32 1.19 15 L -3 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -5 -1 5 -5 5 2 -5 -3 -3 0 -2 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 64 0 19 9 0 2 1 1 1 1 1.12 1.17 16 A 3 -4 -3 -4 0 -3 -4 2 -3 1 2 -3 2 -4 -1 -1 1 -5 -4 0 25 1 1 0 2 0 0 18 0 6 18 1 6 0 3 3 10 0 0 5 0.38 1.16 17 K -3 7 -3 -2 -4 0 1 -4 -3 -3 -3 3 -3 -2 -4 -3 -2 0 -3 -3 1 58 0 2 0 3 9 0 0 1 2 16 0 2 0 0 2 1 0 1 1.12 1.17 18 A 3 -4 -5 -5 1 -4 -4 -2 -5 3 3 -4 0 -3 -4 -2 -1 -4 -1 1 32 0 0 0 2 0 0 2 0 15 31 0 1 0 0 1 3 0 2 9 0.60 1.17 19 C 6 -4 -4 -5 5 -4 -4 -1 -4 -2 -4 -4 -4 -5 -4 -1 0 -5 -4 -2 75 0 0 0 14 0 0 2 0 2 0 0 0 0 0 3 4 0 0 1 1.27 1.20 20 Y -5 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -5 5 -4 -4 -5 -4 2 -6 -5 -5 10 7 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 7 0 0 0 35 44 0 2.15 1.18 21 A -2 -2 -1 -3 -6 3 1 -5 10 -3 -4 -2 -4 -2 -5 -2 -4 -5 -1 -5 2 0 1 0 0 12 7 0 69 2 1 1 0 2 0 1 0 0 1 0 1.81 1.18 22 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 4 6 -5 0 -1 -6 -5 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 73 0 1 1 0 0 0 0 0 3 1.30 1.18 23 G -2 -5 -3 -2 -5 -4 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -6 0 0 0 2 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.12 1.18 24 N -4 -1 8 -1 -5 -3 -3 0 -2 -6 -6 -3 -5 -6 -5 -1 -3 -6 -5 -3 0 2 87 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 2 1.85 1.18 25 R -4 7 -1 -4 -6 0 -1 -5 -1 -5 -4 0 0 -2 -5 -2 -3 2 -4 -5 0 79 3 0 0 2 2 0 1 0 1 1 2 2 0 2 1 3 0 0 1.55 1.18 26 H -4 -2 -2 -4 -6 0 -3 -5 11 -6 -5 -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -1 -6 0 1 0 0 0 2 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.74 1.18 27 V -1 -3 -5 -5 -2 -2 -4 -4 -5 1 2 -4 0 -2 -5 -3 3 -5 -4 4 5 1 0 0 0 2 0 1 0 7 23 0 1 1 0 0 20 0 0 38 0.70 1.18 28 P 2 -3 -4 -3 -5 0 -2 -4 -3 -5 -3 -2 -3 -6 7 -1 -2 -6 -5 -4 15 1 0 1 0 4 2 0 0 0 2 1 1 0 65 4 2 0 0 1 1.60 1.18 29 L 3 -5 -5 -5 5 -4 -5 -4 -5 1 3 -4 0 -3 -5 -3 0 -5 -4 3 26 0 0 0 11 0 0 0 0 8 27 0 2 0 0 0 5 0 0 22 0.70 1.18 30 Q -1 -2 -3 -1 -2 6 5 -3 -1 -4 -3 0 0 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -4 4 1 0 1 1 44 37 1 1 1 2 3 3 0 0 1 0 0 0 1 1.11 1.18 31 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -6 6 2 -5 -1 2 -5 -5 -3 -5 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 1 0 52 14 0 1 10 0 0 0 0 0 23 1.14 1.18 32 M -1 -1 -1 -1 -4 0 4 3 0 -2 -2 -1 -1 -4 -4 -1 2 -5 -4 -3 5 3 2 2 0 3 27 25 2 2 5 3 2 0 0 3 14 0 0 1 0.46 1.18 33 P 3 -1 0 3 -5 0 2 0 -3 -4 -4 -2 -2 -4 3 -1 -1 -6 -5 -3 23 3 4 14 0 3 16 8 0 0 1 1 1 0 15 4 4 0 0 1 0.46 1.18 34 G -2 -1 1 5 -4 -1 1 3 -1 -5 -4 -1 -4 -2 -3 -2 -1 -3 -4 -5 1 3 6 39 0 3 8 23 2 0 1 3 0 2 1 2 5 0 0 0 0.75 1.18 35 E 0 3 -2 -3 0 -1 1 -2 2 -2 -3 0 -3 1 -5 -3 -2 7 3 -1 9 20 1 1 2 2 9 3 6 1 1 5 0 5 0 1 3 13 12 6 0.51 1.18 36 L -3 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -5 3 5 -5 3 -2 -5 -5 -3 -4 -4 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 19 62 0 8 0 0 0 0 0 0 9 1.13 1.18 37 R -4 5 -4 -5 -3 -1 -4 -5 -2 2 2 0 -2 -1 -5 -3 -3 -1 3 0 0 37 0 0 0 2 0 0 1 11 23 5 0 2 0 1 1 1 12 5 0.72 1.18 38 Y -3 -5 -6 -6 -2 -5 -5 -6 -4 5 2 -5 0 2 -5 -4 -1 -2 3 3 1 0 0 0 1 0 0 0 0 35 19 0 1 8 0 0 3 0 10 21 0.85 1.18 39 H -1 3 -3 -3 -4 4 2 -3 0 -4 1 0 -2 -4 3 -1 -2 -5 -3 -3 5 16 0 0 0 22 13 1 3 0 13 5 0 0 14 5 1 0 0 1 0.51 1.18 40 H 1 3 0 0 -1 0 -2 -3 4 -4 -5 -2 -3 -2 4 -2 -3 -2 4 -2 14 14 4 6 1 3 2 1 12 0 0 1 0 1 18 1 1 1 15 3 0.56 1.18 41 D -4 -3 1 8 -6 -3 0 -4 -4 -6 -6 -3 -6 -6 -4 -2 -2 -7 -6 -6 0 1 4 88 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 1.93 1.18 42 H -1 -1 -1 -3 -5 -1 -1 -4 8 -3 -4 0 -4 -3 4 0 -3 -4 3 -4 5 2 2 0 0 1 3 1 38 2 1 5 0 0 19 8 0 0 11 0 1.03 1.18 43 V 0 -5 -5 -5 -3 -2 -4 -4 -5 1 0 -4 -2 -3 -1 -2 -1 -5 -1 6 6 0 0 0 0 2 0 1 0 3 8 0 0 0 3 2 4 0 2 69 0.98 1.15 44 L -2 -5 -3 -5 -4 -4 -5 -6 -5 4 5 -5 2 -2 -2 -4 -2 -4 -4 2 2 0 2 0 0 0 0 0 0 21 51 0 4 0 3 1 1 0 0 14 0.87 1.15 45 D 3 1 -1 2 -3 0 4 -3 -1 -4 -4 1 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -1 24 8 1 13 0 4 32 1 1 0 1 7 1 0 0 2 1 0 1 4 0.58 1.18 46 D 1 -2 1 4 -5 1 4 -3 1 -5 -4 -1 -4 -6 -2 -1 -1 -6 -4 -4 14 2 6 28 0 5 28 1 4 0 1 3 0 0 1 3 3 0 0 1 0.69 1.18 47 M -4 -3 -5 -4 -4 -2 -2 -5 -2 0 3 -2 9 -2 -5 -4 -3 1 -3 -2 0 1 0 1 0 1 3 0 1 2 29 2 55 1 0 0 1 2 1 0 1.30 1.16 48 L -1 -5 -6 -6 -1 -4 -4 -6 -5 2 5 -5 1 0 -5 -4 -3 -4 -3 2 4 0 0 0 1 0 1 0 0 8 63 0 3 4 0 0 0 0 0 15 0.98 1.16 49 R -1 4 -2 -1 -3 2 3 -2 0 -2 -2 2 -3 -4 -4 -2 -1 -5 -4 0 5 28 1 3 0 7 23 2 2 2 3 10 0 1 0 1 3 0 0 7 0.53 1.19 50 Q -1 2 0 0 -5 3 1 4 2 -4 -2 0 -2 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -4 4 10 4 6 0 13 10 33 4 0 5 6 1 0 0 2 1 0 0 0 0.53 1.19 51 F -3 0 -5 -4 -2 1 -3 -2 -4 0 5 -4 2 1 -5 -4 -3 -2 -1 -1 2 5 0 1 1 6 1 3 0 4 61 0 5 5 0 0 1 0 2 2 0.76 1.20 52 G -2 -3 0 -2 -5 -2 -3 7 1 -6 -6 -2 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -3 -5 1 1 4 2 0 2 1 82 4 0 0 2 0 0 0 1 0 0 1 0 1.60 1.20 53 L 3 -4 -5 -5 4 -4 -4 -1 -5 2 3 -4 -1 -1 -4 -3 -3 -1 -3 2 30 0 0 0 9 0 0 6 0 10 26 0 1 2 0 0 0 1 0 12 0.57 1.20 54 T 0 1 0 0 -4 2 2 -4 2 -2 -2 1 -2 -4 1 0 3 -5 -3 -2 6 7 4 4 0 9 12 1 6 3 3 7 1 0 7 6 21 0 1 3 0.31 1.29 55 V 0 -5 -5 -6 1 -5 -5 -5 -3 2 0 -5 -2 1 -2 -3 -1 -4 3 5 8 0 0 0 2 0 0 0 0 8 8 0 0 5 2 1 3 0 10 51 0.81 1.29 56 T 0 1 -1 0 -2 0 3 -4 1 -2 -3 1 -2 -4 -4 1 3 -3 -3 0 6 7 2 4 1 3 17 1 4 3 1 9 1 1 0 10 20 0 0 9 0.33 1.30 57 F 0 3 -1 0 -2 0 3 -4 3 -3 -3 0 -3 -3 2 -1 -1 -5 -3 -1 9 14 3 4 1 3 23 0 8 1 2 5 0 1 9 4 4 0 0 5 0.37 1.30 58 G 0 -2 -4 -3 -2 -1 4 -4 1 2 -2 -1 -2 -3 -4 -2 1 -5 -4 3 8 1 0 1 1 1 32 1 4 10 3 3 1 1 0 1 8 0 0 25 0.53 1.30 59 Q -2 1 2 1 -3 2 3 -4 0 -1 -2 0 1 -4 -3 0 1 -6 -4 -1 3 7 11 7 0 10 20 0 2 5 4 4 5 0 1 8 8 0 0 6 0.32 1.32 60 L 4 2 -3 -3 0 1 1 0 -1 -2 -1 -1 -1 -5 -4 -2 -2 -5 -3 -2 44 13 0 1 2 5 11 5 2 2 6 2 1 0 0 1 1 0 0 2 0.54 1.29 61 P 0 -1 -4 -4 -5 -2 -3 -3 -5 -1 -5 -1 -3 -5 8 -2 -3 -6 -2 -2 9 4 0 0 0 1 0 2 0 4 0 3 1 0 69 2 1 0 2 2 1.70 1.29 62 F -5 -6 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -4 -3 -2 -6 -3 9 -6 -5 -5 -2 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 96 0 0 0 0 2 1 2.40 1.29 63 E -2 1 1 2 0 3 4 -4 1 -4 -3 0 -2 -1 -4 -1 1 -5 -2 -3 2 7 6 13 2 16 23 0 3 1 2 5 1 3 0 3 11 0 1 1 0.49 1.28 64 P -3 -2 -5 -4 -6 -4 -4 -5 -5 -2 -5 -4 -5 -6 9 -3 -4 -6 -6 -5 0 3 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 2.73 1.24 65 E -3 -3 0 1 -6 0 7 -5 -3 -5 -3 -2 -3 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -2 1 0 4 6 0 0 83 0 0 0 2 0 1 0 0 0 0 0 0 3 1.53 1.19 66 A 1 2 1 -2 -4 -1 -3 3 -2 -3 -3 -1 -3 -5 1 2 1 -5 -5 -3 14 13 7 1 0 2 0 25 1 2 2 3 0 0 7 14 8 0 0 1 0.42 1.17 67 G 0 -4 -3 0 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -1 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -5 -3 5 0 0 5 0 0 0 83 0 0 0 3 0 0 0 1 0 0 0 3 1.62 1.13 68 A 7 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -3 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.61 1.10 K Lambda Standard Ungapped 0.1434 0.3256 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1977 0.3175 PSI Gapped 0.0605 0.2670