Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -4 -5 -6 -5 -3 -5 -6 -5 -2 -1 -4 11 -3 -6 -5 -4 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 2.85 1.62 2 Y -5 -6 -6 -7 -6 -6 -6 -6 -3 -3 -2 -6 -3 8 -7 -5 -5 0 6 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 76 0 0 0 1 22 0 2.32 1.67 3 K -2 -1 -2 -5 -2 -2 -2 -4 -1 3 0 2 0 4 -6 -2 -2 -2 4 2 2 3 2 0 1 2 2 1 1 15 7 13 2 19 0 3 2 0 12 13 0.50 1.70 4 I -4 0 -5 -5 -5 -2 -1 -6 2 2 4 1 0 -1 -6 -2 -2 -5 -3 1 0 5 0 0 0 2 5 0 5 12 46 8 1 2 0 3 2 0 0 10 0.65 1.70 5 L 1 -3 -4 -4 -1 -4 -4 -4 -1 2 0 0 1 0 -5 2 2 -5 1 3 10 1 0 0 2 0 0 0 1 13 7 6 3 3 0 14 11 0 4 22 0.39 1.71 6 E -2 1 -1 -1 -4 1 4 -4 -1 -2 -1 2 -3 -4 -3 -1 3 -6 -2 0 3 7 2 3 0 7 26 1 2 2 6 13 0 0 1 3 17 0 1 6 0.44 1.70 7 I -2 -3 -5 -3 -3 -2 -4 -6 -6 4 4 -3 3 1 -6 -4 -4 -5 -3 2 2 2 0 2 0 2 1 0 0 22 43 1 7 5 0 1 0 0 1 11 0.84 1.69 8 A -1 2 -1 -1 -3 1 4 -5 -1 -4 -5 3 -4 -4 -1 1 1 1 -2 -2 4 9 2 2 1 4 31 0 1 1 1 16 0 1 3 10 8 2 1 4 0.53 1.70 9 D -4 1 -2 6 -6 -1 -1 -3 5 -6 -5 0 -5 -5 -5 -2 -3 3 -1 -6 1 8 1 55 0 2 3 2 13 0 1 5 0 0 0 2 1 5 2 0 1.25 1.66 10 V -3 -1 2 -1 -5 -2 0 -5 -2 0 0 0 -2 -4 -4 -1 4 -1 -1 2 1 4 11 3 0 1 6 0 1 6 10 6 0 0 0 4 29 1 2 13 0.43 1.66 11 V -2 -5 -6 -6 -2 -5 -4 -5 -6 5 1 -5 0 -1 -5 -5 -2 -5 -4 5 2 0 0 0 1 0 1 1 0 29 13 0 2 2 0 0 1 0 0 47 1.16 1.66 12 K -2 5 -1 -4 -2 2 0 -3 0 -1 -2 1 -2 -3 -1 0 0 -6 -2 -1 3 35 3 0 1 8 6 2 2 3 5 7 1 1 4 8 6 0 1 4 0.51 1.69 13 V -4 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 6 3 -6 1 -3 -6 -5 -3 -5 -4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 47 25 0 3 0 0 0 1 0 0 24 1.29 1.68 14 P -1 0 -2 -2 -6 -1 1 -5 6 -4 -3 1 -3 -6 6 0 -2 -6 -3 -4 5 4 2 2 0 2 8 0 17 1 3 7 0 0 39 7 1 0 0 1 1.02 1.73 15 P 0 -5 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -6 8 -3 -3 -7 -3 -3 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 85 1 1 0 1 2 2.46 1.73 16 E -2 1 1 1 -1 0 3 -3 5 -4 -4 0 -2 -3 -3 3 -2 2 -1 -4 3 8 7 6 1 4 18 2 12 1 1 6 1 1 1 20 2 3 2 1 0.47 1.73 17 E -3 0 1 1 -4 2 1 -4 3 -4 1 0 1 1 -5 -1 -2 -4 4 -4 1 6 5 9 0 10 9 1 8 0 14 5 4 6 0 5 2 0 12 1 0.35 1.77 18 F -5 -6 -4 -7 -2 -3 -6 -7 -5 -1 4 -5 1 7 -6 -5 -5 -3 0 -2 0 0 1 0 1 1 0 0 0 2 35 1 3 53 0 0 0 0 2 1 1.53 1.76 19 G 0 -3 2 1 -2 -2 -1 5 1 -5 -5 -1 -3 -6 -5 1 -1 -3 -2 -4 7 1 10 7 1 1 4 43 3 0 1 3 1 0 0 10 4 0 1 1 0.73 1.75 20 K -2 2 -1 1 -3 1 2 -2 -1 -2 0 3 1 -4 3 -1 -2 -6 -3 -3 3 11 2 6 0 6 11 2 1 2 9 20 3 1 14 5 2 0 1 1 0.36 1.77 21 D -3 -1 4 4 -6 0 0 -3 0 -4 -4 1 0 -4 4 -1 -2 -6 -3 -2 2 3 17 21 0 4 6 2 2 1 1 8 3 1 19 4 2 0 1 4 0.61 1.77 22 L -2 -3 -4 -4 -5 -2 -4 -5 -3 2 4 -2 2 0 -1 0 1 -5 1 1 3 2 1 1 0 2 0 1 0 10 38 2 6 3 3 7 7 0 5 9 0.50 1.74 23 K -1 1 2 2 -6 3 3 -4 2 -1 -2 2 -1 -3 -1 -1 -1 -6 -3 -2 4 8 8 9 0 11 17 1 6 3 5 10 1 1 3 4 4 0 1 3 0.31 1.72 24 E -1 0 -1 3 -6 2 4 -4 -2 -3 -5 2 -3 -5 -2 -1 -1 -6 -3 -2 4 5 2 17 0 10 31 1 1 2 1 11 0 0 2 4 4 0 1 3 0.60 1.73 25 T 3 -2 -1 -3 -1 -3 -3 -4 1 1 -1 -2 0 -2 -5 1 1 -5 0 3 28 3 3 1 1 1 1 0 4 7 4 2 2 1 0 11 9 0 4 19 0.41 1.74 26 V 0 -6 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -6 6 2 -6 -1 -2 -6 -3 -3 -6 -4 4 9 0 0 0 1 0 0 0 0 40 19 0 1 1 0 1 1 0 0 27 1.08 1.74 27 K -1 2 -2 -2 -2 0 2 -3 0 1 0 3 -1 -2 -4 -1 1 -1 -3 0 4 10 2 2 1 3 14 2 2 9 10 18 2 2 0 3 9 1 1 6 0.25 1.66 28 K -1 1 1 3 -5 1 3 -3 2 -1 -3 1 -2 -3 -3 0 0 -5 -3 -2 5 8 6 18 0 7 18 2 5 4 2 7 1 1 1 5 6 0 1 2 0.35 1.67 29 I -1 2 -1 -3 -5 2 3 -3 0 2 0 2 -1 -3 -4 -2 -2 -3 -2 0 5 11 3 1 0 9 19 1 2 11 9 14 2 1 0 3 2 0 1 6 0.32 1.66 30 L -2 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 3 6 -5 -1 -1 -5 -3 -3 -5 -4 -1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 16 71 0 0 1 0 2 1 0 0 3 1.26 1.67 31 M -3 3 5 -2 -2 1 0 -4 1 -1 0 1 1 -1 -4 -2 -2 0 2 -3 2 13 24 1 1 5 5 1 4 3 10 10 3 2 1 3 2 1 6 1 0.42 1.67 32 E -1 1 2 2 -5 2 3 -3 1 -3 -3 2 -2 -3 -4 1 -1 -5 -3 -3 6 8 9 13 0 9 18 2 3 1 2 11 1 1 0 9 4 0 1 2 0.39 1.63 33 K -2 0 -1 3 -2 2 2 -3 -1 -3 -1 4 -1 -2 -4 -1 0 -5 -2 -3 3 4 3 14 1 7 14 1 1 2 7 29 1 2 0 4 5 0 1 1 0.46 1.62 34 Y -4 -4 -5 -2 -4 -2 -3 -5 -3 -1 1 -3 1 4 -5 -4 -2 -2 7 3 0 0 0 2 0 2 2 0 0 2 12 2 3 16 0 0 3 0 34 19 0.95 1.61 35 E 2 -3 -2 -1 -1 0 5 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 -1 -5 -4 -1 21 0 1 2 1 3 43 1 0 2 6 2 0 1 1 7 3 0 0 5 0.68 1.63 36 G -2 -3 4 1 -2 -2 -1 5 -1 -6 -6 -2 -2 -3 -5 -1 -3 -5 -5 -5 2 1 20 8 1 1 5 51 1 0 0 1 1 1 0 3 1 0 0 0 1.04 1.63 37 R -2 2 -1 -1 -5 2 -1 -5 1 1 -1 3 2 -1 -5 -1 2 -5 0 -1 3 10 3 3 0 10 3 0 3 8 7 16 6 3 0 5 11 0 3 3 0.28 1.75 38 L -1 0 1 -4 3 1 -4 -1 -4 0 -1 0 2 1 0 0 0 4 1 0 6 6 6 0 6 6 0 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0.18 1.78 39 D -1 -2 -1 2 -5 -1 -2 -1 0 3 0 -2 1 0 -5 0 1 -5 -1 2 6 2 3 12 0 2 3 4 2 15 10 2 3 4 0 7 9 0 3 12 0.20 1.84 40 K -1 0 1 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 0 5 6 6 5 6 6 6 5 5 6 6 6 0 5 6 0.08 1.89 41 D 0 1 1 0 -5 1 0 0 3 -4 -1 0 2 -4 1 0 0 -5 2 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 0 6 6 6 0 6 6 6 0 6 6 0.14 1.67 42 V -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 43 G 0 -1 0 -3 1 -3 -1 6 -4 -5 -5 -1 -5 -5 -4 1 -3 -5 -5 -5 6 3 4 0 3 0 3 65 0 0 1 3 0 0 0 8 0 0 0 0 1.20 1.36 44 F -2 -5 -2 -5 -4 -2 -5 -5 0 2 3 -5 1 3 -5 -2 -2 1 5 1 2 0 2 0 0 2 0 0 2 9 28 0 4 13 0 3 2 2 22 8 0.69 1.41 45 V -1 -5 -5 -5 5 -5 -5 -2 -1 5 -1 -5 1 1 -5 -2 0 -5 -1 3 5 0 0 0 12 0 0 3 2 32 3 0 4 5 0 2 5 0 2 22 0.75 1.42 46 L -2 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -5 5 1 -5 0 -3 -5 -3 -2 -5 -4 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 38 13 0 2 0 0 2 2 0 0 38 1.06 1.40 47 S 3 -3 -3 -2 6 -2 -4 0 -2 -2 -1 -3 0 0 -4 2 2 -5 -4 -1 26 1 1 2 16 1 0 6 1 2 7 1 3 4 0 14 11 0 0 3 0.50 1.40 48 I -3 -3 -5 -5 -1 -4 -5 -5 0 5 1 -5 0 -1 -3 -4 -1 -5 -3 5 1 1 0 0 1 0 0 0 3 30 13 0 2 3 1 0 3 0 0 40 0.90 1.40 49 V -3 -1 0 -3 -2 -2 -2 -3 2 1 1 0 1 1 -2 -2 2 2 4 -1 2 3 4 2 1 1 3 2 4 8 13 5 4 6 2 3 16 3 15 4 0.29 1.40 50 D -3 -1 2 6 -5 -1 2 0 -2 -3 -4 -1 -4 -2 -4 0 0 -5 -3 -5 1 3 9 41 0 2 14 6 1 1 1 4 0 2 0 7 6 0 1 0 0.77 1.45 51 V -1 -5 -3 -4 0 -3 -5 -5 0 5 2 -4 0 -1 -3 -3 -1 -2 -2 3 4 0 1 1 2 1 0 0 3 35 19 1 2 2 1 2 3 1 1 20 0.70 1.46 52 K -2 0 0 3 -5 -2 2 -4 0 1 2 1 -1 0 -3 -1 1 -5 -2 0 2 4 4 14 0 1 15 1 2 7 17 8 2 4 1 3 8 0 1 7 0.24 1.60 53 D -2 -1 2 3 -3 0 3 -3 0 -3 -2 1 -3 -4 -1 1 0 0 -3 -1 3 3 8 19 0 3 17 2 2 1 3 10 1 1 3 12 5 2 1 5 0.35 1.58 54 I -1 -2 -3 -2 -1 -2 -3 -4 -2 6 0 -2 -1 -3 -4 -1 -1 0 -2 3 6 2 1 3 1 1 2 1 1 42 6 3 1 1 1 5 3 1 1 18 0.66 1.60 55 G -2 -2 -2 0 0 -1 1 5 -2 -5 -3 -1 -4 -5 -1 3 -1 -5 -1 -5 1 2 1 4 2 3 10 41 1 0 3 3 0 0 3 20 3 0 3 0 0.69 1.59 56 E -2 -1 -1 3 -2 -1 5 0 1 -2 -4 1 -1 -4 0 -1 -3 -5 -2 -2 3 3 2 17 1 2 36 7 3 3 1 7 2 1 5 3 1 0 1 2 0.57 1.62 57 G -1 -4 -3 -2 -1 -3 -3 7 -3 -5 -6 -3 -4 -4 -1 0 -3 -5 -2 -5 4 1 1 2 2 1 1 73 0 1 0 1 0 1 3 7 1 0 1 0 1.43 1.62 58 K -3 3 -3 -3 -5 -1 -1 -4 1 1 0 4 0 2 -3 -2 0 -4 2 -1 2 15 1 1 0 2 4 1 3 7 10 23 2 10 1 2 5 0 7 4 0.39 1.61 59 V -3 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -6 -6 6 1 -5 0 -2 -5 -3 -2 -5 -4 4 1 0 0 0 1 0 0 0 0 53 10 0 1 1 0 2 1 0 0 27 1.24 1.61 60 V -3 2 -3 -3 -2 1 -2 -1 0 3 2 -1 0 1 -4 -3 -2 -3 0 2 1 10 1 1 1 6 2 4 3 14 21 4 2 7 1 2 1 0 3 14 0.30 1.66 61 H -2 -3 -2 0 -5 1 0 -3 5 -2 -3 -2 0 -1 6 -1 -3 0 1 -3 3 1 1 6 0 6 5 2 12 3 2 2 2 3 38 5 1 2 5 2 0.82 1.63 62 G -2 -3 1 -1 -3 -3 -2 6 0 -5 -3 -3 -3 -4 -3 0 -1 -5 -5 -3 2 1 6 3 0 1 2 63 2 0 3 1 1 1 1 7 3 0 0 2 1.12 1.63 63 D -3 -1 0 6 -1 -1 0 -4 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 1 3 -6 -5 -4 1 4 4 47 1 3 5 1 0 1 1 1 1 1 0 9 18 0 0 1 0.99 1.67 64 G -1 -5 -3 -3 -2 -4 -2 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 1 -2 -4 -5 -6 -5 5 0 0 1 1 0 2 80 0 0 0 0 0 0 6 2 0 0 0 0 1.70 1.65 65 S 3 -3 0 0 2 -2 -1 2 0 -3 -1 -3 1 1 -4 2 -1 -5 -1 -3 23 1 4 4 4 2 4 15 2 1 7 1 4 7 0 14 3 0 2 1 0.29 1.65 66 A 3 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -3 -3 1 -1 -4 -1 -3 -1 1 1 -5 -2 4 27 0 0 0 1 0 0 1 1 8 5 0 1 1 3 13 8 0 1 30 0.60 1.63 67 Y -4 -1 0 -4 -2 -1 0 -5 5 -1 -1 -2 -1 0 -5 -2 1 3 6 0 0 4 4 0 1 2 8 0 13 4 7 3 1 3 0 3 8 3 29 7 0.68 1.63 68 H -2 -4 -3 -5 -2 1 -4 -5 4 -1 -2 -4 -2 5 -5 -3 1 -3 6 1 3 0 1 0 1 6 0 0 11 3 3 1 1 24 0 1 8 0 26 11 0.92 1.62 69 P -3 1 2 1 -3 -1 2 -3 0 -4 -4 3 -3 -5 2 0 2 -2 -3 -3 1 7 11 6 1 2 14 1 3 1 2 18 1 0 12 5 13 1 1 2 0.43 1.71 70 V 0 -6 -6 -6 0 -5 -6 -5 -6 2 -1 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -6 -5 7 8 0 0 0 2 0 0 0 0 9 3 0 1 0 0 1 3 0 0 72 1.36 1.69 71 V -3 1 -1 -2 -1 0 3 -4 2 0 -3 3 -3 -5 -3 -1 2 -2 -3 1 1 8 3 2 2 4 21 1 5 5 2 19 0 0 1 4 13 1 1 11 0.42 1.70 72 F -5 -6 -6 -7 -1 -6 -6 -6 -3 -3 -3 -6 -1 8 -7 -5 -4 0 6 -3 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 2 67 0 0 1 1 27 1 2.12 1.67 73 E -4 6 1 1 -6 1 1 -4 -3 -5 -5 2 -5 -5 -4 0 0 -6 -4 -5 0 43 5 9 0 6 8 0 0 0 0 13 0 0 1 6 7 0 0 0 0.91 1.66 74 T 4 -5 -5 -5 3 -3 -5 -2 -5 1 2 -5 3 -1 -5 -3 -3 -5 1 0 42 0 0 0 6 1 0 3 0 8 18 0 8 2 0 1 0 0 5 6 0.71 1.66 75 L -3 -4 -6 -7 -1 -5 -6 -7 -6 5 3 -6 0 -3 -6 -5 -3 -6 -4 4 1 1 0 0 1 0 0 0 0 33 31 0 2 0 0 0 1 0 0 31 1.16 1.63 76 V 0 -5 -5 -6 0 -5 -5 -5 -3 1 -1 -5 2 -1 -5 -3 2 -6 -3 6 6 0 0 0 2 0 0 0 1 5 5 0 4 2 0 2 12 0 1 60 1.05 1.62 77 Y -5 -6 -6 -7 -6 -6 -6 -6 -4 -3 -3 -6 -3 9 -7 -5 -5 6 4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 81 0 0 0 9 10 0 2.35 1.56 78 I -3 -4 -5 -5 3 -3 -4 -5 -4 3 3 -4 6 -2 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 8 0 0 0 0 14 28 0 29 0 0 0 0 0 0 20 0.83 0.69 K Lambda Standard Ungapped 0.1436 0.3186 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1818 0.3178 PSI Gapped 0.0556 0.2670