Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -4 -3 7 5 -6 -2 3 -4 -3 -6 -6 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -7 -5 -6 0 0 49 33 0 0 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.52 1.34 2 C -3 -7 -6 -7 11 -6 -7 -3 -6 -4 -4 -6 -5 -6 -6 -4 -4 -6 -6 -4 0 0 0 0 97 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.44 1.59 3 Q 0 1 -3 -3 -4 1 -3 -4 -3 -2 -3 0 -2 -1 -4 2 5 -5 -2 -1 9 9 0 0 0 7 1 1 1 2 1 6 1 3 0 12 42 0 1 4 0.67 1.59 4 V 1 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -5 -2 3 1 -5 -2 1 -5 -4 -2 -1 -1 6 13 0 0 0 0 0 0 1 1 15 9 0 0 6 0 0 2 1 2 50 0.94 1.61 5 T -2 1 -1 -2 -5 1 0 -4 2 -1 -2 1 0 1 -4 1 4 -1 0 0 2 8 3 2 0 5 5 1 5 4 3 8 2 5 1 8 28 1 3 6 0.34 1.63 6 N -3 -4 6 5 -5 -2 -1 -3 2 -3 -5 -3 -5 -3 -4 3 -2 -6 -3 -4 1 0 33 29 0 1 2 1 4 1 1 1 0 1 0 21 1 0 1 1 1.04 1.57 7 P -3 -3 -2 -1 -5 -2 -1 -2 -3 -4 -4 -3 -2 -5 7 1 1 -2 -5 -4 1 1 2 3 0 1 4 3 1 1 2 1 1 0 59 10 8 1 0 1 1.39 1.50 8 S 1 0 1 0 -3 1 -1 -3 0 1 0 -1 -2 -4 -3 1 2 -5 -1 0 13 4 8 5 0 7 3 2 2 7 11 3 1 0 1 12 11 0 2 7 0.16 1.56 9 T 0 -4 1 -2 -3 -3 -2 -2 0 -4 -2 -1 -1 -3 -4 3 6 -5 -1 -3 6 0 5 2 0 0 3 3 2 0 3 4 1 1 0 19 45 0 3 1 0.76 1.58 10 G -3 -3 2 0 -2 -2 -2 6 0 -6 -5 -1 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -4 -6 0 1 11 4 1 2 2 67 3 0 1 4 0 0 0 3 0 0 1 0 1.33 1.59 11 H 0 0 1 -1 -5 1 0 -1 4 -3 -1 1 0 2 -4 0 0 -1 2 -3 7 5 7 3 0 5 5 6 12 1 6 9 2 10 0 7 5 1 8 1 0.24 1.61 12 L -3 0 0 -3 -5 -1 0 -5 -1 -1 0 -1 -1 5 -4 0 1 -3 4 0 1 4 4 1 0 2 8 0 1 3 9 4 1 23 1 7 10 0 14 6 0.47 1.65 13 F -4 -4 -6 -6 -5 -5 -6 -6 -2 2 -2 -6 -2 7 -6 -5 -5 -2 7 -1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 11 2 0 1 44 0 0 0 0 36 3 1.68 1.64 14 D -5 -5 3 8 -7 -3 0 -4 -4 -6 -7 -4 -6 -7 -5 -1 -3 -7 -6 -6 0 0 12 81 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 0 2.01 1.67 15 L -4 -6 -7 -7 -5 -5 -6 -7 -6 -1 6 -6 1 1 -6 -6 -4 0 -2 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 88 0 2 5 0 0 0 2 1 1 1.63 1.72 16 S -2 3 3 -2 -1 -1 -2 -2 -2 -5 -4 0 0 -6 -5 4 2 -6 -5 -5 3 16 16 1 1 3 2 2 1 0 2 5 2 0 0 36 11 0 0 0 0.71 1.72 17 S 1 -1 -1 -1 -5 -1 -1 -1 -3 -5 -3 -2 -5 -6 6 2 -1 -2 -5 -2 10 3 3 3 0 3 4 4 1 0 3 2 0 0 45 15 3 1 0 2 0.99 1.71 18 L -4 -4 -6 -4 -5 -4 -5 -7 -6 1 6 -3 1 -1 -6 -5 -3 -5 -3 -2 0 0 0 1 0 0 1 0 0 5 83 2 3 1 0 1 1 0 1 1 1.45 1.77 19 S 1 -1 -2 -4 -3 0 -2 -2 -2 -1 -3 2 3 -1 -4 4 1 -5 1 -3 9 3 2 0 0 4 2 2 1 4 1 15 7 3 1 31 9 0 4 1 0.44 1.77 20 G -1 2 3 1 -5 0 -2 1 -1 -3 -3 3 -4 -3 -4 2 -1 -6 -3 -4 5 9 14 8 0 4 2 10 1 2 3 20 0 1 1 18 2 0 1 1 0.44 1.74 21 R -1 1 0 0 -5 0 0 -3 1 -1 -3 4 -2 -3 0 1 1 -2 -3 -3 5 8 4 5 0 5 6 2 3 5 3 27 1 1 4 9 9 1 1 1 0.34 1.73 22 A 0 -1 1 2 -1 0 0 1 -1 -3 -3 1 -3 -3 0 2 2 -6 -5 -1 6 3 6 13 1 4 6 9 2 1 2 8 0 1 4 18 11 0 0 5 0.26 1.75 23 G -2 -1 2 3 -5 -2 -3 4 -1 -4 -3 1 -5 1 -1 0 -2 3 0 -4 2 3 11 15 0 1 1 29 2 1 2 7 0 6 4 6 2 4 4 1 0.50 1.70 24 F -1 -2 0 1 -5 -2 0 -2 3 -2 -3 -2 -2 2 -1 0 -3 2 6 -2 5 2 4 9 0 2 6 3 8 2 2 2 1 6 4 6 1 3 31 4 0.60 1.72 25 T -1 -1 -1 -1 -5 -1 -1 -2 2 1 -3 -1 -2 -1 -2 1 3 4 3 0 4 4 3 3 0 3 5 3 4 8 1 3 1 3 2 10 21 5 12 7 0.31 1.65 26 A -1 0 -1 -1 -5 -1 -1 -3 -4 2 -1 2 0 0 -3 -2 2 -2 -1 3 6 5 2 3 0 2 4 1 0 10 6 14 3 4 1 2 14 1 2 19 0.26 1.64 27 A 1 -2 0 1 -2 -1 -2 0 -1 -2 -2 0 -2 -1 0 1 2 -5 1 1 11 2 5 8 1 3 2 7 1 2 3 7 1 3 5 11 12 0 5 12 0.15 1.63 28 Y -3 -2 2 3 -5 -1 0 -1 1 -3 -4 -1 -4 1 -2 0 0 4 4 -2 2 2 11 17 0 2 6 6 3 1 1 3 0 5 2 8 7 5 16 3 0.42 1.64 29 S 0 1 0 2 -5 -1 -1 1 2 -3 -4 0 -2 -4 1 2 1 -6 -3 -1 6 7 4 13 0 2 2 10 5 1 2 6 1 1 7 17 9 0 1 6 0.27 1.65 30 E 0 0 2 3 -5 1 1 1 1 -4 -4 0 -2 -3 -2 1 -1 -2 1 -2 8 4 9 16 0 6 11 10 4 1 1 5 1 1 1 11 4 1 5 2 0.29 1.60 31 K -3 1 3 2 -6 0 -1 4 0 -3 -5 3 -3 -6 -1 -2 -1 -6 -4 -4 1 9 12 9 0 4 3 31 2 2 0 15 1 0 3 3 4 0 1 1 0.58 1.60 32 G 0 0 1 -2 -5 -2 -2 3 1 -2 -4 0 -3 -1 -4 0 0 2 6 -3 6 6 8 2 0 1 2 19 3 2 1 6 1 2 1 6 5 3 24 2 0.50 1.58 33 L -2 -2 3 2 -5 -2 0 -5 2 0 -1 0 1 -1 -5 0 3 -5 2 -1 2 2 12 10 0 2 7 0 6 6 7 6 4 3 0 6 18 0 7 3 0.29 1.48 34 V -5 -5 -5 0 -5 -5 -5 -6 1 0 -2 -5 -3 6 -6 -4 -2 -2 7 0 0 0 0 6 0 0 0 0 3 5 3 0 0 35 0 1 2 0 40 5 1.43 1.52 35 Y -3 -1 -2 -3 -5 0 0 -4 2 -2 -3 -1 -1 2 -2 0 3 -1 6 -1 1 3 1 1 0 4 6 1 5 3 2 4 1 7 2 7 17 1 32 3 0.64 1.52 36 M -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 5 3 -5 3 4 -5 -5 -3 1 -1 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 31 27 0 8 20 0 0 1 2 1 7 0.95 1.47 37 S -1 1 7 -2 -5 0 -3 1 -3 -5 -5 -1 -4 -5 -4 1 0 -5 -5 -5 4 7 56 0 0 4 0 10 0 0 0 3 0 0 0 9 4 0 0 0 1.14 1.49 38 I -2 -5 -5 -6 1 -5 -5 -6 -5 5 0 -5 -2 2 -2 -5 -3 -5 -3 5 2 0 0 0 2 0 0 0 0 34 7 0 0 8 2 0 0 0 0 42 1.08 1.59 39 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 0 -4 -4 -5 -1 -5 -2 -1 -2 -5 -5 -2 0 0 0 0 84 0 0 0 2 0 0 0 2 0 2 4 2 0 0 2 2.81 1.61 40 G 0 1 0 1 -5 0 0 5 0 -6 -6 -1 -2 -6 -2 1 -3 -6 -5 -5 9 8 4 9 0 5 6 39 3 0 0 3 1 0 2 9 1 0 0 0 0.65 1.63 41 E -1 -3 0 2 -5 -1 2 -2 0 -1 -3 0 0 -2 4 1 0 -5 -3 -1 4 1 4 11 0 2 16 4 2 3 2 7 2 2 19 10 6 0 1 5 0.35 1.61 42 N 1 -1 3 2 0 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 1 -5 -1 0 -1 -6 -5 2 10 3 14 13 2 2 2 4 1 2 7 4 4 0 3 8 4 0 0 16 0.24 1.64 43 E -1 -2 2 -1 -5 1 2 -2 1 -1 -2 2 0 -1 -2 2 0 -6 -1 0 6 2 9 3 0 5 14 4 3 4 3 11 2 2 2 14 7 0 2 8 0.20 1.97 44 N -1 -1 2 0 0 0 0 1 1 -1 -2 0 1 -2 0 2 1 -5 -2 -1 5 4 10 5 2 4 6 9 3 3 5 6 3 2 5 16 8 0 1 4 0.13 1.93 45 C -2 -1 1 0 8 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -5 -2 -1 -2 -5 -5 -1 3 3 7 6 34 5 4 4 3 2 8 3 2 0 3 5 3 0 0 5 0.80 1.92 46 P 0 -2 -1 -2 1 0 -1 1 -1 -1 -2 -1 0 -2 3 1 0 5 -4 0 7 2 2 3 3 4 4 10 2 4 4 4 2 1 16 12 6 9 0 6 0.29 1.98 47 P 0 -2 2 2 0 0 1 -1 2 -5 -2 1 -4 -5 2 2 0 -6 -5 -2 6 2 8 10 2 4 8 5 4 0 5 8 0 0 12 16 6 0 0 3 0.28 1.71 48 G -2 -2 4 3 -5 0 0 3 1 -3 -3 -1 -5 -5 -1 -1 -1 -5 -1 -3 2 2 19 16 0 3 6 24 3 2 3 3 0 0 3 4 4 0 3 2 0.48 1.71 49 V 2 -4 -2 -2 1 -4 -2 -2 -5 2 -1 -2 -3 -1 0 2 1 -5 -1 3 15 0 2 2 3 0 2 3 0 9 4 3 0 3 4 15 10 0 2 22 0.33 1.69 50 G 1 -1 -1 -2 -5 -1 -2 5 -4 -1 -3 -2 0 -5 -2 2 -1 1 -1 -2 13 3 2 2 0 3 2 36 0 3 2 2 3 0 2 17 3 2 2 2 0.54 1.70 51 A 4 -3 -3 -4 -1 -4 -4 0 -5 2 -2 -4 -1 -4 -5 0 -3 -6 -2 4 36 1 1 1 1 0 1 7 0 11 3 0 1 0 0 7 1 0 1 27 0.66 1.72 52 C -4 -5 -5 -5 10 -3 -5 -4 -5 -2 -3 -4 -3 2 -4 -3 -4 -2 4 -1 0 0 0 1 61 2 0 1 0 2 2 1 0 9 1 1 0 0 12 4 1.97 1.74 53 F -3 -2 -2 -4 -5 4 -1 -2 1 0 1 -1 0 2 -4 -2 -2 -3 5 0 2 2 2 1 0 22 3 3 3 6 12 4 3 9 1 2 2 0 18 7 0.49 1.69 54 G -2 0 0 1 -5 0 -1 3 -2 -2 -4 2 -1 -2 -1 0 1 -1 1 -1 2 6 5 7 0 4 4 26 1 2 1 11 1 2 3 7 8 1 4 5 0.29 1.69 55 Q -3 0 1 3 -6 4 -1 1 0 -4 -4 3 -1 -4 -4 1 -1 -2 -2 -5 1 4 6 14 0 19 3 12 2 1 2 16 2 1 1 9 4 1 2 0 0.47 1.72 56 T -1 1 1 -1 -2 -1 0 0 -1 -3 -5 4 -1 -5 2 1 2 -6 -3 -1 4 6 7 3 1 2 6 6 1 2 0 22 2 0 9 11 13 0 1 4 0.34 1.71 57 R -1 1 1 0 -2 0 -1 -1 1 -1 -3 1 -3 -1 -1 1 2 -5 2 -1 5 9 7 5 1 4 3 6 4 4 2 9 0 3 3 12 11 0 8 4 0.17 1.69 58 I -1 -2 -4 -1 -5 -2 -3 -3 -1 2 0 0 -3 3 -4 -3 1 4 4 2 5 2 1 3 0 2 1 2 1 14 7 5 0 13 1 1 9 5 14 14 0.42 1.69 59 S -2 -3 4 1 -5 -1 -2 -2 -2 -3 -4 -2 -3 -5 -1 5 0 -6 -2 -2 2 1 17 6 0 2 2 2 1 1 2 2 1 0 3 49 5 0 1 4 0.78 1.68 60 V -1 -3 -4 -5 2 -3 -5 -1 -2 4 3 -5 2 0 -3 -4 0 -5 1 2 4 2 1 0 4 1 0 5 1 21 30 0 5 3 1 1 5 0 4 12 0.54 1.71 61 G -2 -4 -4 -5 -1 -4 -4 7 -2 -6 -5 -4 -6 -6 -5 -3 -5 0 -6 -3 2 1 0 0 1 1 1 87 1 0 1 1 0 0 0 1 0 1 0 2 1.90 1.71 62 K -3 2 1 -1 -6 4 2 -3 -2 -2 -2 3 -1 -3 -5 1 1 -6 -2 -4 1 11 7 3 0 16 11 2 1 2 5 17 2 1 0 8 10 0 2 1 0.41 1.71 63 A 2 -3 -3 -5 -4 1 -2 -2 -5 2 0 -3 -2 1 -1 0 1 2 1 2 21 1 1 0 0 7 2 2 0 10 8 1 0 6 3 6 8 3 5 17 0.30 1.69 64 N -2 -3 6 1 -5 1 -2 -1 -3 -2 -4 -1 -2 -4 -2 3 1 -2 -3 -3 2 1 35 6 0 6 1 4 0 3 2 4 1 0 2 21 8 1 1 2 0.67 1.69 65 K 1 -1 -2 0 -5 2 0 0 -2 -3 -4 1 0 -5 -1 3 3 -5 0 -4 11 2 1 4 0 10 6 6 1 1 2 10 2 0 3 20 17 0 4 0 0.37 1.68 66 R -2 1 3 0 -5 1 0 -1 1 -3 -3 2 -1 -1 -2 0 3 0 -2 -3 3 6 12 6 0 5 6 5 3 1 3 15 1 2 2 6 19 1 1 1 0.30 1.67 67 L -3 -4 -2 -2 -1 -3 -4 -5 -2 0 4 -2 2 -1 4 -3 -2 -2 -4 1 2 0 2 2 1 1 0 0 1 5 43 2 4 3 20 2 2 1 0 8 0.70 1.60 68 R -1 0 -1 -1 -4 1 -1 -2 2 0 -2 0 -1 -1 -1 2 3 -5 1 1 5 4 2 4 0 6 4 3 6 5 4 6 2 2 3 15 16 0 4 10 0.19 1.63 69 Y -2 -2 -2 -3 -5 -3 -4 -4 -3 1 0 -4 -1 4 -2 -2 -2 2 6 1 2 3 2 1 0 1 1 2 0 7 9 1 1 19 3 3 2 3 29 12 0.75 1.65 70 V -2 2 1 0 -5 1 2 -1 1 0 -3 1 1 0 -5 -1 1 -5 0 1 2 13 8 4 0 5 12 5 3 6 2 7 3 4 0 4 7 0 4 9 0.20 1.60 71 D -2 -2 3 6 -6 -1 1 2 -2 -5 -4 -1 -5 -6 -2 -2 0 -6 -5 -4 2 2 13 40 0 3 8 16 1 0 2 3 0 0 2 3 6 0 0 1 0.84 1.60 72 Q -2 1 1 1 -5 1 -1 5 -2 -3 -6 1 -2 -6 -5 0 -1 -6 -5 -4 1 8 7 8 0 7 3 44 1 2 0 7 1 0 0 5 3 0 0 1 0.74 1.60 73 V 0 0 0 0 -5 1 -1 2 1 1 -3 2 0 -4 -3 -1 -1 -1 -3 2 6 4 5 5 0 8 3 14 3 7 2 15 2 1 1 5 3 1 1 14 0.20 1.60 74 L -1 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -2 -4 2 4 -2 0 -3 2 -3 -2 -1 -1 1 4 0 1 1 0 0 1 3 0 12 46 2 2 0 10 2 2 1 2 10 0.61 1.47 75 Q -2 0 -2 -2 -4 2 0 -5 -1 0 0 0 2 0 -4 -1 2 -4 1 3 3 5 2 2 0 8 5 0 1 4 9 6 6 4 0 4 14 0 5 20 0.26 1.50 76 L -3 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -3 -5 3 5 -5 4 -2 -2 -3 -4 -4 -2 1 2 0 0 0 0 0 0 2 0 12 55 0 11 1 2 2 0 0 1 9 0.95 1.52 77 V -3 1 3 -3 -5 0 1 -5 0 1 -1 1 -1 -2 -4 -1 2 -5 1 1 1 9 15 1 0 5 8 0 2 9 6 10 1 1 0 4 14 0 5 9 0.29 1.57 78 Y -4 -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 2 -1 -1 -4 3 3 -5 -4 -1 -1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 5 3 5 0 8 9 0 0 3 0 61 2 1.59 1.53 79 K -2 1 1 -1 -5 -1 2 -1 -1 -3 -3 2 -2 0 -2 2 3 -5 -1 -2 3 7 6 2 0 3 13 4 1 1 2 11 1 4 1 14 20 0 2 3 0.31 1.56 80 D -2 -2 4 2 -5 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