Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V -2 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -3 2 3 -3 5 -1 -4 -3 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 39 0 33 0 0 0 0 0 0 16 0.58 0.26 2 T -2 -2 3 6 -4 -1 0 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 0 2 -5 -3 -3 0 0 20 59 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 16 0 0 0 0.82 0.26 3 Y -3 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 2 -4 -3 -2 2 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.43 0.26 4 E -2 2 -1 0 -4 4 5 -3 -1 -4 -4 0 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 13 0 0 0 19 68 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.85 0.26 5 K -2 1 -1 -1 -4 5 0 -3 3 -3 -1 4 -1 -3 -2 -1 -2 -3 -2 -3 0 0 0 0 0 39 0 0 9 0 7 45 0 0 0 0 0 0 0 0 0.62 0.26 6 T -1 -2 -1 -2 -2 -1 -2 -2 -3 -2 -2 -1 -1 -3 -2 1 6 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0.90 0.26 7 F -1 -3 -3 -3 -3 -2 1 -4 -1 -1 -1 -3 -1 6 -4 -2 -3 0 4 -2 7 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 61 0 0 0 0 19 0 0.78 0.26 8 E -2 3 -1 -1 -4 1 4 -3 -1 -4 -3 5 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 13 0 0 0 0 34 0 0 0 0 53 0 0 0 0 0 0 0 0 0.72 0.26 9 I -2 -2 -3 -3 -2 -2 0 -4 -3 5 0 0 0 -1 -3 -3 -1 -4 -2 2 0 0 0 0 0 0 10 0 0 75 0 9 0 0 0 0 0 0 0 6 0.52 0.26 10 E -2 -1 -1 1 -5 1 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.12 0.26 11 I -1 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 5 1 -3 0 -1 -3 2 -1 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 9 0 0 0 0 24 0 0 0 7 0.45 0.26 12 I -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -5 -4 4 4 -3 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 41 59 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.67 0.26 13 N -2 -1 7 0 -3 -1 -1 -1 -1 -2 -3 -1 -2 -4 -3 0 1 -4 -3 0 0 0 81 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 10 0.86 0.26 14 E -2 -1 -1 1 -5 1 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.12 0.26 15 L -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -2 0 3 -4 0 7 -4 -3 -3 0 2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 30 0 0 70 0 0 0 0 0 0 0.91 0.26 16 S 2 -1 0 -1 -2 2 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 5 0 -4 -3 -2 19 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 68 0 0 0 0 0.58 0.26 17 A 1 2 3 -1 -3 0 0 -2 -1 -3 -3 2 -2 -3 -2 3 0 -3 1 -3 16 12 16 0 0 0 5 0 0 0 0 13 0 0 0 32 0 0 7 0 0.34 0.26 18 S 1 1 2 -1 -2 -1 -1 3 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 3 0 -4 -3 -3 13 9 12 0 0 0 0 26 0 0 0 0 0 0 0 40 0 0 0 0 0.48 0.26 19 V -1 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 4 0 -3 0 -1 -3 -3 -1 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 58 0.68 0.26 20 Y -2 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -4 5 -2 -2 -2 -2 1 -3 -2 1 1 7 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 0 0 0 0 13 0 66 0 0.97 0.26 21 N 4 -2 5 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -3 -3 -1 -2 -3 -2 2 -1 -4 -3 -2 48 0 40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0.56 0.26 22 R -2 6 -1 -2 -4 2 0 -3 -1 -4 -3 3 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 0 68 0 0 0 10 0 0 0 0 0 22 0 0 0 0 0 0 0 0 0.91 0.26 23 V -1 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 2 3 -3 3 -1 -3 -3 -1 -3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 35 0 13 0 0 0 0 0 0 52 0.56 0.26 24 L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -5 -4 2 4 -3 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 68 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0.63 0.26 25 N 0 2 6 0 -3 -1 -1 -1 0 -4 -4 -1 -3 -4 -3 0 -1 -4 -3 -3 13 12 76 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.84 0.26 26 Y -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 0 -1 1 -3 -1 4 -4 -3 -2 1 7 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0 0 16 0 0 0 0 65 0 0.96 0.26 27 V -1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 3 2 -3 0 -1 -3 -3 -1 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 13 0 0 0 0 0 0 0 0 74 0.64 0.26 28 L -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -4 2 3 -3 3 -1 -4 1 -1 -3 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 36 0 10 0 0 14 0 0 0 29 0.48 0.41 29 N -2 0 6 2 -4 0 1 -2 -1 -4 -4 4 -3 -4 -3 -1 -2 -5 -3 -4 0 0 50 9 0 0 9 0 0 0 0 32 0 0 0 0 0 0 0 0 0.82 0.41 30 H -2 -1 3 -1 -4 2 2 1 7 -5 -4 1 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -1 -4 0 0 15 0 0 9 14 12 38 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0.73 0.41 31 E -2 -1 3 -1 -4 2 4 3 -1 -4 -4 1 -3 -4 -3 1 -2 -4 -3 -4 0 0 14 0 0 10 33 21 0 0 0 9 0 0 0 12 0 0 0 0 0.55 0.41 32 L -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -4 5 4 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 40 42 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0.73 0.41 33 N 0 -2 4 5 -4 -2 0 -2 -2 -4 -4 -2 -4 -5 3 -1 -2 -5 -4 -4 12 0 28 46 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0.86 0.41 34 K -2 2 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -3 3 -2 4 -1 -3 -3 1 1 -4 -3 -1 0 10 0 0 0 0 0 0 0 32 0 36 0 0 0 11 10 0 0 0 0.42 0.41 35 N -2 -1 4 2 -4 2 -1 -2 5 -4 -4 1 -3 -4 -3 1 1 -4 -2 -4 0 0 29 14 0 12 0 0 18 0 0 10 0 0 0 9 8 0 0 0 0.57 0.39 36 D -2 -2 5 5 -4 -1 0 1 -2 -4 -5 -2 -4 -4 -3 -1 1 -5 -4 -4 0 0 34 46 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0.86 0.39 37 S -1 -1 1 -1 -3 -1 2 -2 -2 -4 -4 2 -3 -4 2 4 2 -4 -3 -3 0 0 8 0 0 0 18 0 0 0 0 12 0 0 10 39 13 0 0 0 0.49 0.39 38 Q -2 2 6 -1 -4 3 -1 -2 -1 -4 -4 1 -3 -4 -3 1 1 -4 -3 -3 0 10 47 0 0 17 0 0 0 0 0 8 0 0 0 9 9 0 0 0 0.67 0.39 39 L -3 -2 4 2 -3 -2 -2 -3 5 -2 3 -2 -1 -2 -3 -2 -2 -4 -2 -2 0 0 33 12 0 0 0 0 18 0 37 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.55 0.39 40 L -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -2 0 4 -4 0 6 -4 -4 -3 -1 3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 48 0 0 41 0 0 0 0 10 0 0.84 0.39 41 E -2 -2 -2 -2 -3 2 3 -3 -1 -2 1 -1 -1 0 -3 1 -2 -1 5 -2 0 0 0 0 0 9 26 0 0 0 18 0 0 0 0 17 0 0 30 0 0.46 0.39 42 V 3 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -4 1 -1 -3 -1 -2 -3 -1 0 -4 -3 5 31 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 64 0.61 0.39 43 N -2 -1 5 -1 3 -1 1 -2 3 -3 0 1 -2 -3 -2 0 -1 -3 -2 -3 1 1 36 1 8 0 13 1 9 1 11 9 0 0 1 7 1 0 0 1 0.41 0.35 44 L -3 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 2 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.91 0.39 45 L -3 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -3 0 5 -3 4 0 -4 -3 -2 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 72 0 18 0 0 0 0 0 10 0 0.79 0.39 46 N -2 -1 4 2 -4 3 1 -2 5 -4 -4 0 -3 -4 -3 1 -1 -4 -2 -4 0 0 31 12 0 16 8 0 18 0 0 5 0 0 0 10 0 0 0 0 0.63 0.39 47 Q -2 0 -1 -1 -4 7 1 -3 -1 -4 -3 0 -2 -4 -2 -1 1 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 1.14 0.39 48 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 5 -4 1 4 -4 -4 -3 -2 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 76 0 0 24 0 0 0 0 0 0 0.85 0.39 49 K -1 2 -1 -2 -4 0 1 2 -2 -4 -4 4 -3 -4 -2 2 -1 -4 -3 -4 0 10 0 0 0 0 10 18 0 0 0 39 0 0 0 23 0 0 0 0 0.53 0.39 50 L -2 1 2 3 -4 -1 3 1 -2 -2 1 -1 -2 -3 -3 -2 -2 -4 -3 0 0 10 9 18 0 0 24 12 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0.29 0.39 51 A 4 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -2 -3 -1 0 -2 7 -2 -3 -1 -1 -3 -2 -1 44 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 56 0 0 0 0 0 0 0 0.76 0.39 52 K -2 -1 1 -2 -3 2 -1 -3 -2 -1 3 4 0 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -2 0 0 9 0 0 10 0 0 0 0 47 34 0 0 0 0 0 0 0 0 0.45 0.39 53 R -2 3 4 -1 -4 3 1 -3 -1 -3 1 1 -2 -3 -3 1 -1 -4 -3 -3 0 17 24 0 0 15 10 0 0 0 18 7 0 0 0 10 0 0 0 0 0.38 0.39 54 V 0 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 3 1 -3 3 -2 -4 -3 -1 -4 -2 4 9 0 0 0 0 0 0 0 0 20 10 0 12 0 0 0 0 0 0 49 0.59 0.39 55 N -3 -2 6 4 -4 -2 -1 -2 -1 2 -3 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -5 -3 -2 0 0 49 34 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.81 0.39 56 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 0 5 -3 3 -1 -4 -3 1 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 82 0 9 0 0 0 9 0 0 0 0.79 0.39 57 F -3 -4 -3 2 -4 -4 -3 -4 -2 -2 -1 -4 -1 7 -4 -3 -3 -1 2 -2 0 0 0 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 82 0 0 0 0 0 0 1.17 0.39 58 D 2 -1 -1 2 -3 2 2 -2 -2 -4 -4 3 -3 -4 -2 2 -1 -4 -3 -3 18 0 0 13 0 10 14 0 0 0 0 25 0 0 0 20 0 0 0 0 0.44 0.39 59 Y -2 -2 -3 -4 -3 1 -2 -4 5 1 2 -2 5 0 -4 -3 -2 -2 4 -1 0 0 0 0 0 10 0 0 18 6 20 0 26 0 0 0 0 0 21 0 0.56 0.39 60 S -1 -2 2 -1 -2 -1 -1 -2 -2 -3 -1 0 -2 -3 2 5 1 -4 -3 -3 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 7 6 0 0 10 59 8 0 0 0 0.55 0.39 61 L -3 1 2 1 -3 -2 -2 -4 -3 1 3 -2 2 2 -4 -2 -2 -3 -2 -1 0 10 14 10 0 0 0 0 0 7 44 0 6 10 0 0 0 0 0 0 0.35 0.39 62 E -2 0 1 1 -4 0 4 2 -2 -3 -4 -1 -3 -4 -3 0 1 -4 -3 -1 0 6 7 4 0 0 42 19 0 0 0 0 0 0 0 6 10 0 0 6 0.47 0.39 63 E -2 -2 -1 4 -5 0 6 -3 -2 -3 -4 -1 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -1 0 0 0 22 0 0 71 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0.97 0.39 64 L -3 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0.92 0.39 65 Q 1 -1 -1 3 -4 3 4 -3 -2 -4 -4 1 -3 -4 2 -1 -2 -4 -3 -3 13 0 0 16 0 17 35 0 0 0 0 10 0 0 10 0 0 0 0 0 0.61 0.41 66 A 2 2 2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -2 0 3 -2 -3 -3 -1 2 -4 -3 -2 28 10 13 0 0 0 0 0 0 0 10 23 0 0 0 0 17 0 0 0 0.33 0.41 67 V 0 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -3 3 0 -3 3 -1 -3 -2 1 -3 2 4 7 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 10 0 0 0 8 0 11 46 0.50 0.41 68 H -2 -1 -1 -1 -4 4 3 -3 7 -3 0 1 -2 -3 -3 -2 -2 -4 -1 -3 0 0 0 0 0 26 22 0 35 0 10 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0.75 0.41 69 E 0 -2 -1 1 -3 2 4 -3 -1 0 -3 -1 -2 -2 -2 3 -1 -3 2 -2 8 0 0 6 0 10 30 0 0 10 0 0 0 0 0 26 0 0 10 0 0.38 0.41 70 Y -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 2 -4 -3 -3 1 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 10 1.46 0.41 71 W -4 -4 -5 -6 -3 -3 -4 -4 -4 -2 1 -4 -1 0 -5 -4 -3 11 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 0 0 0 79 0 0 2.40 0.41 72 R -2 4 2 2 -5 4 2 -3 -1 -4 -4 2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 28 13 10 0 26 13 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0.66 0.41 73 S 1 -1 3 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 3 2 -4 -2 2 2 -4 -3 -2 14 0 16 0 0 0 0 0 0 0 0 27 7 0 0 22 14 0 0 0 0.41 0.41 74 M 0 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -4 -3 2 1 -3 8 -1 -4 -2 -2 -3 -2 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 79 0 0 0 0 0 0 0 0.98 0.41 75 N -3 -1 7 2 -4 -1 -1 -2 -1 -4 -5 3 -3 -4 -3 -1 -1 -5 -3 -4 0 0 66 13 0 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0.98 0.41 76 R -2 1 3 3 -4 3 3 -3 -1 -3 -3 2 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 0 0 7 16 16 0 19 18 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 13 0.45 0.41 77 Y -3 -3 1 -4 3 -3 -3 -4 0 -2 1 -3 -1 3 -4 -3 -3 0 7 -2 0 0 10 0 7 0 0 0 0 0 17 0 0 8 0 0 0 0 58 0 0.89 0.41 78 S 1 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -3 3 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