Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 N -3 -3 5 4 -5 1 -2 -3 0 -5 -5 -3 -4 -5 -4 2 3 -6 -5 -4 0 0 25 28 0 7 0 0 2 0 0 0 0 0 0 18 19 0 0 0 0.91 1.14 2 T 2 -3 1 -2 -4 0 -1 -3 -4 -4 -5 -3 -3 -5 0 3 5 -6 -5 -2 19 1 6 2 0 3 3 1 0 0 0 0 1 0 4 25 34 0 0 3 0.70 1.36 3 S 0 2 -1 -3 -2 1 -1 -4 0 -3 -1 1 5 -4 0 2 2 -5 -3 -1 6 11 2 1 1 6 3 1 2 1 5 8 17 0 5 14 13 0 1 4 0.36 1.50 4 C 0 -1 0 -3 2 1 -2 -5 -4 0 -3 4 -1 -5 -4 -1 0 -3 -4 3 8 3 5 1 5 7 2 0 0 6 2 27 2 0 0 3 7 0 0 23 0.47 1.48 5 G 3 6 -3 -4 -2 -2 -3 1 -3 -5 -4 -1 -4 -5 -5 -1 -1 -6 -5 -4 26 50 0 0 1 0 0 10 0 0 1 1 0 0 0 5 4 0 0 0 1.05 1.49 6 V 0 2 -4 -6 -2 -3 -3 -6 -4 2 2 -1 0 -1 -5 -4 -3 -1 1 4 8 10 0 0 1 0 1 0 0 12 19 3 2 2 0 0 1 1 5 34 0.58 1.53 7 Q -1 4 -1 0 -3 2 2 -4 6 -4 -4 2 -3 -3 -4 -1 -1 -5 -1 -4 5 25 2 4 0 7 12 0 18 1 2 13 0 1 0 3 3 0 2 1 0.69 1.57 8 L 0 -6 -6 -6 0 -5 -6 -5 -4 5 2 -6 0 4 -6 -4 -3 -1 1 2 8 0 0 0 2 0 0 0 0 32 18 0 2 17 0 0 0 1 5 15 0.85 1.59 9 R -3 4 -2 -4 -2 -1 1 -5 2 2 0 1 -2 0 -5 -2 1 2 0 0 1 22 2 0 1 2 10 0 4 12 10 7 1 4 0 3 9 2 3 6 0.35 1.60 10 I -1 -6 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -6 5 -1 -5 -2 1 -6 -4 -3 -3 -2 6 3 0 0 0 1 0 0 0 0 29 4 0 0 6 0 0 1 0 1 54 1.24 1.59 11 R -3 2 -2 -2 -2 0 0 -4 4 -3 -4 1 -3 2 -5 2 2 -2 2 -3 1 11 2 1 1 4 7 1 11 1 1 9 0 10 0 19 12 0 8 1 0.47 1.62 12 G -3 -6 -3 -2 -6 -5 -5 7 -5 -7 -7 -5 -6 -6 -5 -3 -5 -6 -6 -6 0 0 0 2 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.31 1.60 13 K -3 5 -2 -2 -4 0 -1 -5 1 2 -1 3 -1 -4 -5 -2 0 -2 -2 0 2 31 2 2 0 4 4 0 4 11 6 16 1 1 0 2 6 1 2 6 0.53 1.67 14 V -3 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -6 -6 1 -1 -6 -2 -4 -6 -5 -2 -6 -4 7 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 0 0 1 0 0 93 1.86 1.65 15 Q -4 -1 -3 -4 -6 9 -1 -3 0 -5 -5 -1 -4 -6 -5 -3 -3 -5 -3 -5 0 1 0 0 0 92 0 1 1 1 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 2.24 1.70 16 G -2 -2 -2 -3 -4 -4 -4 7 -3 -6 -6 -2 -3 -5 -5 -2 -4 -6 -6 -6 2 3 1 1 0 1 0 84 1 0 0 2 1 0 0 2 0 0 0 0 1.82 1.71 17 V -3 -6 -3 -6 -1 -5 -5 -4 -6 0 -2 -4 -2 -3 -5 -4 -3 -6 -4 7 1 0 1 0 1 0 0 1 0 2 1 1 0 1 0 0 1 0 0 89 1.74 1.72 18 G -2 -4 -2 -5 0 -4 -5 7 -1 -6 -5 -4 -4 2 -5 -2 -4 2 1 -6 2 1 2 0 2 0 0 71 1 0 0 1 0 8 0 3 0 2 5 0 1.47 1.74 19 F -5 -6 -6 -6 -3 -6 -6 -4 -2 -2 -2 -6 -1 8 -7 -5 -5 -2 5 -3 1 0 0 0 1 0 0 1 1 1 1 0 1 76 0 1 0 0 16 1 2.15 1.75 20 R -5 8 -4 -5 -7 -2 -3 -6 -2 -5 -5 -1 -5 -4 -4 -3 -3 -6 -5 -6 0 94 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 2.29 1.79 21 P 1 0 -3 -1 -4 -1 -3 -4 0 -3 -4 0 0 0 5 -2 -4 5 5 -3 11 5 1 4 0 3 2 1 2 1 1 5 2 3 29 2 1 8 18 1 0.79 1.83 22 F 0 -2 -2 -4 -1 -3 -3 -4 2 -4 -3 -3 -2 6 -6 0 1 6 3 -4 7 3 2 0 2 1 1 1 5 0 1 1 1 38 0 8 8 10 9 0 0.96 1.82 23 V 1 -5 -3 -4 2 -5 -5 -4 -5 2 -2 -5 0 -3 -5 -2 5 -6 -5 4 12 0 1 1 4 0 0 1 0 9 3 0 2 1 0 2 33 0 0 31 0.84 1.80 24 W -1 3 -3 -2 0 3 -1 -5 2 -3 -2 1 -1 0 -5 -2 -3 4 5 -1 6 15 1 2 2 14 4 0 4 1 4 9 1 3 0 3 1 6 19 5 0.54 1.84 25 Q -1 5 1 1 -2 2 1 -1 2 -3 -3 1 0 -4 -5 -1 -1 0 -1 -4 5 27 7 7 1 10 7 4 4 1 3 8 2 1 0 5 3 1 3 1 0.44 1.85 26 L 0 1 -1 -4 -2 2 0 -5 0 1 3 0 -1 -3 -5 -3 0 0 -2 -1 9 6 3 0 1 9 8 0 2 8 31 6 1 1 0 1 7 1 1 4 0.33 1.80 27 A 7 -5 -5 -5 -1 -4 -4 -1 -5 -3 -3 -4 -2 -2 -4 -2 -2 -6 -5 -2 85 0 0 0 1 0 0 3 0 1 1 0 1 2 0 1 1 0 0 2 1.50 1.74 28 Q -2 3 1 0 -2 3 1 -2 2 -2 0 2 -1 -3 -2 -2 1 -6 -2 -2 3 15 7 6 1 12 8 3 5 2 9 10 2 1 2 2 9 0 2 3 0.27 1.84 29 Q 0 3 0 0 -3 2 3 -2 0 -4 -3 2 0 -4 -3 0 -2 -2 -3 -3 7 15 4 5 1 10 21 2 3 1 3 14 2 1 1 6 2 1 1 1 0.43 1.78 30 L -3 -2 -2 -4 1 -2 -4 -4 3 0 4 -2 3 2 -6 -2 -3 -1 3 -2 2 3 2 1 3 1 1 1 7 4 40 3 6 8 0 3 1 1 10 1 0.61 1.73 31 N -1 -1 3 0 -2 -1 -2 6 0 -4 -3 -1 -3 -4 -3 -2 -3 -2 -3 -4 4 4 12 5 1 2 2 52 2 1 2 4 1 1 1 2 1 1 1 1 0.87 1.71 32 L -3 -3 -6 -6 -1 -3 -4 -6 -5 4 5 -5 0 -2 -5 -5 -3 -5 -2 2 2 1 0 0 1 1 1 0 0 19 51 0 1 1 0 0 1 0 1 16 0.97 1.71 33 H 0 0 -1 0 0 -2 0 -2 0 -3 -3 2 -2 -2 -3 2 4 -1 -1 0 8 6 3 5 2 2 6 3 2 1 2 13 1 1 1 13 22 1 2 6 0.28 1.65 34 G -1 -1 -3 -4 2 -4 -2 7 1 -5 -5 -4 -5 -5 -4 -1 -4 -5 -5 -2 3 3 0 0 5 0 3 72 3 0 1 0 0 0 0 4 0 0 0 3 1.40 1.46 35 D -1 -2 2 -1 -1 -2 0 -3 1 -2 -3 -2 -1 2 -5 -1 -1 9 4 -3 5 3 9 4 1 2 7 2 3 2 2 2 1 8 0 5 4 25 14 2 0.82 1.49 36 V 1 -5 -5 -5 2 -4 -2 -2 -5 2 -3 -4 -3 -4 1 -2 -1 -5 -4 6 12 0 0 0 4 0 3 3 0 9 1 0 0 0 8 3 3 0 0 52 0.82 1.46 37 C -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 38 N -1 -3 7 0 2 -3 -3 -1 -3 -1 -5 0 -4 0 -4 0 0 -5 1 -4 5 0 52 5 4 0 0 5 0 5 1 5 0 4 0 5 5 0 4 0 0.98 1.61 39 D -3 0 1 3 2 -1 0 -2 -1 -2 2 -1 0 -3 -3 -1 2 -5 -2 -2 2 6 6 19 4 2 7 4 2 3 19 3 2 1 1 4 12 0 1 2 0.27 1.94 40 G 0 -1 0 1 1 -1 -1 2 1 -2 -3 -1 0 -1 2 1 0 2 0 -2 8 4 3 8 3 3 5 13 3 3 3 4 3 3 9 12 6 3 3 3 0.13 2.17 41 D -2 -1 1 5 1 0 0 -1 1 -2 -3 -1 0 -1 -1 -1 -1 2 -1 -2 4 3 7 33 3 4 5 5 3 3 3 3 2 3 3 4 3 2 3 3 0.43 2.17 42 G -2 -2 -1 -2 1 -2 -1 6 0 -3 -4 -2 -1 -2 -5 -1 -2 1 0 -3 3 2 2 3 3 2 4 55 2 2 2 2 2 2 0 4 2 2 4 2 0.89 2.12 43 V -2 1 -2 -2 0 -4 -2 -3 0 -1 -2 -2 -3 -1 -5 0 0 -6 -5 6 3 8 2 2 2 0 2 2 2 2 3 2 0 2 0 8 7 0 0 50 0.73 1.99 44 E -2 -1 -2 -2 -1 -1 3 -3 0 0 -2 -2 1 -1 -2 -2 0 1 -1 4 2 3 2 2 2 3 18 2 2 4 4 2 3 2 2 2 5 2 2 33 0.41 1.97 45 V -1 -2 -2 -5 0 -1 1 -1 0 5 -1 -1 2 -1 -5 -2 -2 1 -1 2 6 2 2 0 2 3 10 5 2 29 6 3 5 2 0 2 3 2 2 12 0.37 1.97 46 R 0 -1 -3 -1 -1 0 3 2 1 0 -1 -2 -1 -2 -5 -3 -2 0 1 2 8 4 1 3 1 4 18 13 3 4 6 2 2 2 0 1 2 1 4 16 0.20 2.01 47 L 3 -3 -3 -6 -1 -3 -3 -3 -2 2 1 -3 0 -1 -3 -3 -2 0 -5 4 22 1 1 0 1 1 2 2 1 10 13 2 2 3 1 1 2 1 0 29 0.49 2.07 48 R 1 0 -3 -2 0 4 4 -4 -2 -2 -2 -1 -1 0 -3 -1 -2 0 -2 -1 13 5 1 2 2 17 23 1 1 2 4 4 2 5 1 5 2 1 1 5 0.35 2.09 49 E 0 -3 -3 -1 -2 1 2 5 -2 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -2 -3 -6 -6 -4 7 1 1 2 1 6 15 49 1 1 1 2 1 1 1 3 1 0 0 1 0.84 2.09 50 D -1 -2 1 3 -3 0 2 3 -2 -5 -5 -2 -3 -4 1 0 0 -2 -4 -4 6 2 7 16 1 5 13 20 1 1 1 2 1 1 6 8 5 1 1 1 0.36 2.11 51 P -1 -2 -3 -1 -2 -2 2 -3 -2 2 1 -1 -1 -3 4 -2 -2 -6 -3 0 6 3 1 4 1 1 12 2 1 9 15 3 1 1 21 3 2 0 1 8 0.31 2.10 52 E 0 0 -1 4 -6 1 5 -3 -2 -4 -4 0 -3 -4 -3 -1 -3 -2 -4 -4 8 5 3 21 0 5 33 2 1 1 1 5 1 1 1 4 2 1 1 1 0.64 2.13 53 V 3 0 -1 0 -2 2 1 -2 0 -3 -3 1 -3 -5 -2 1 -1 -3 -4 -2 28 5 3 6 1 9 10 2 2 1 3 10 1 0 2 8 3 0 1 2 0.30 2.16 54 F 0 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 0 1 -3 2 7 -3 -2 -3 -2 -1 0 9 1 1 2 1 1 2 1 1 4 14 2 5 40 1 2 1 0 1 7 0.77 2.14 55 L -2 -1 -5 -5 1 -2 -2 -5 -4 3 3 -1 2 -1 -5 -4 -2 -2 -3 3 3 3 0 1 3 2 3 1 0 18 28 3 6 2 1 1 2 0 1 17 0.51 2.19 56 V 1 1 0 1 -3 1 3 -3 2 -1 -2 1 -1 -3 -4 -1 -1 -3 -3 -1 12 6 5 7 1 6 18 2 4 4 5 8 1 1 1 5 4 0 1 4 0.18 2.17 57 Q 2 2 -2 1 -3 0 2 -3 0 -3 -2 1 0 -2 -4 -2 -1 5 -3 -3 16 12 1 8 1 4 14 2 2 2 5 8 2 2 0 3 3 8 1 1 0.33 2.20 58 L -4 -4 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -4 2 5 -5 2 0 -6 -5 -4 7 -2 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 12 51 0 5 3 0 0 1 13 1 5 1.10 2.20 59 Y -1 2 -3 -4 4 1 -1 -5 0 0 2 2 -1 -2 -3 -2 -2 0 -1 0 5 11 1 1 9 6 4 1 2 5 18 14 2 2 2 3 2 1 2 5 0.24 2.18 60 Q 0 3 1 0 -2 2 2 -3 3 -3 -4 2 -2 -4 -4 0 0 1 -2 -4 9 13 6 5 1 9 12 2 7 1 2 11 1 0 1 7 6 2 1 1 0.29 2.15 61 H -2 1 1 0 -3 2 3 0 2 -3 -4 2 -3 -4 -4 0 -1 2 -2 -2 3 8 6 6 0 10 17 7 5 2 1 13 1 1 1 6 4 2 1 3 0.30 2.16 62 C 1 -2 -4 -4 4 -3 -4 5 -2 -4 -1 -1 -3 -5 1 -2 -3 -6 -4 -4 11 2 1 1 7 1 1 47 1 1 7 5 1 0 8 2 1 0 1 1 0.83 2.18 63 P -3 -4 -1 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 -3 -4 -5 8 2 -1 -6 -4 -4 1 1 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 66 15 4 0 1 1 1.77 2.15 64 P -1 2 -3 -3 -4 -2 -1 -2 -3 -3 -3 -1 -2 -4 7 0 0 -4 -3 -3 6 10 1 2 0 2 3 3 1 1 2 4 1 1 48 6 6 0 1 2 1.06 2.18 65 L 1 1 -1 -3 -3 -2 -3 0 1 -1 3 -2 2 2 -1 0 -2 2 0 -3 12 8 2 1 0 2 1 9 4 2 23 3 5 7 4 7 3 2 3 1 0.22 2.16 66 A 6 -4 -4 -4 -1 -4 -4 0 -4 0 -5 -4 -3 -4 -4 3 -2 -6 -4 -3 59 0 0 0 1 0 1 8 0 5 0 0 0 1 0 20 1 0 1 1 1.11 2.19 67 R -3 6 -1 -2 -3 1 0 -5 2 -1 -2 2 -2 -3 -5 0 -2 -2 -1 -1 2 37 3 3 1 7 6 1 5 3 4 11 1 1 0 6 2 1 2 5 0.65 2.20 68 I -4 -6 -7 -7 -3 -5 -6 -5 -7 5 -2 -6 -2 -3 -2 -6 -3 -6 -4 6 0 0 0 0 1 0 0 1 0 35 2 0 0 0 3 0 1 0 0 56 1.58 2.17 69 D -2 -1 -1 5 -5 -1 4 -4 0 -4 -3 0 -3 -5 -5 0 2 -7 -3 -2 3 3 3 29 0 3 23 1 2 1 2 4 1 0 0 6 14 0 1 2 0.71 2.16 70 S 0 2 1 2 -3 0 1 0 2 -4 -4 2 -3 -4 -4 2 -1 -2 -2 -5 6 13 7 11 1 4 8 7 5 1 1 12 1 1 0 17 3 1 2 1 0.37 2.16 71 V -2 -4 -6 -7 0 -4 -5 -7 -4 4 1 -5 2 0 -6 -4 -2 -3 -1 5 3 1 0 0 2 1 0 0 1 22 13 0 5 4 0 1 1 0 2 44 1.03 2.14 72 E -2 -1 -1 3 -4 1 4 -4 0 -1 -3 0 -3 -3 -5 0 2 -4 -4 0 3 4 2 15 0 6 29 1 2 3 3 4 0 1 0 7 12 0 1 6 0.49 2.13 73 R 0 0 -2 -3 2 0 0 -4 0 2 -2 -1 -1 0 -4 0 1 -1 -1 4 7 6 2 1 4 4 6 1 2 12 3 4 1 3 1 6 9 1 2 24 0.30 2.14 74 E -2 1 -1 0 -3 2 5 -4 0 -2 -3 1 -2 -3 -5 0 2 -3 -3 -2 3 8 3 4 1 9 32 1 3 2 2 7 1 1 0 8 11 0 1 2 0.52 2.14 75 P -1 0 -1 2 -4 0 3 -4 0 -2 -4 0 -3 -1 3 -1 -1 6 0 -2 4 4 3 10 0 3 22 1 2 2 2 5 1 2 14 5 4 9 3 3 0.47 2.09 76 F 0 -2 -4 -1 1 -1 0 -2 -1 3 2 -2 1 0 -4 -1 -1 1 1 1 8 3 1 3 2 2 8 3 1 13 18 3 4 3 1 5 4 2 5 10 0.19 2.11 77 I 0 -2 -1 2 -3 2 3 -3 0 0 -3 -2 -4 -5 4 -1 0 -4 -4 -2 9 2 3 12 1 8 17 2 3 5 2 2 0 0 19 5 6 0 0 3 0.43 2.14 78 W 1 -2 -2 -1 -2 -3 0 -1 -1 0 0 -2 -3 -1 4 -1 -1 3 1 1 13 2 2 3 1 1 6 5 1 4 8 2 1 3 21 4 5 4 5 8 0.29 2.09 79 S -1 1 -1 2 -2 1 2 -1 -2 -1 -1 1 -2 -4 2 0 1 -2 -4 -1 5 7 2 10 1 7 15 4 1 4 5 7 1 1 9 7 9 1 0 5 0.19 2.08 80 A 0 -1 0 1 -2 0 2 3 1 -3 -2 0 -3 -3 0 -1 -1 -4 -2 -2 9 3 4 8 1 4 15 22 3 2 4 7 0 1 6 4 3 0 1 3 0.27 2.12 81 L 0 -1 0 2 -2 -1 1 2 1 -1 0 -1 -1 -2 1 -1 0 -3 -1 -1 6 4 5 11 1 2 10 15 3 4 9 4 1 2 6 5 5 0 2 4 0.12 1.98 82 P -2 -3 -3 -2 -3 -3 3 -3 -1 -2 -1 -3 -2 5 2 -2 -3 0 5 -3 3 2 1 2 1 1 19 2 1 2 6 1 1 20 12 3 1 1 19 2 0.67 1.94 83 T 0 1 1 2 -4 1 1 -2 0 -3 -4 2 -3 -4 -2 2 3 -5 -4 -3 7 9 6 12 0 6 8 3 2 1 2 10 0 1 2 14 15 0 1 2 0.32 2.11 84 E -2 -1 1 4 -4 -2 1 4 -1 -5 -6 0 -4 -5 -3 1 -1 -2 -3 -5 3 4 5 23 0 2 8 30 2 0 1 5 0 0 1 10 4 1 1 1 0.65 2.12 85 F -6 -7 -7 -7 -6 -7 -7 -7 -5 -3 -3 -7 -2 9 -7 -6 -6 -3 0 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 98 0 0 0 0 1 0 2.90 2.13 86 T -1 3 -2 -1 -2 0 4 -3 -1 -2 -4 0 -3 -4 -5 2 2 -6 -2 0 5 14 1 4 1 4 24 1 2 3 1 5 1 1 0 14 11 0 1 8 0.43 2.12 87 I -4 -5 -7 -6 -4 -4 -2 -7 -7 8 -2 -4 -2 -4 -6 -5 -3 -6 -4 3 1 0 0 0 0 1 4 0 0 76 0 1 0 0 0 0 1 0 0 14 1.77 2.11 88 R -5 8 -4 -5 -7 0 -3 -6 1 -7 -6 4 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -5 -6 0 72 0 0 0 3 0 0 4 0 0 22 0 0 0 0 0 0 0 0 1.96 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