Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 1 -3 1 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 3 6 -5 -4 -2 10 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 60 0 0 0 0.94 0.75 2 E -3 -2 0 2 -6 3 6 -4 -2 -5 -5 2 -4 -5 0 -2 -2 -5 -4 -3 0 0 3 8 0 14 55 0 0 0 0 12 0 0 4 0 2 0 0 2 0.99 0.92 3 L 0 0 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -4 0 3 0 6 -1 -5 -3 0 -4 -3 2 7 5 1 0 0 0 1 0 0 2 33 6 21 1 0 0 5 0 0 18 0.60 1.01 4 N -1 -1 4 2 -4 0 2 -2 -3 -4 -4 1 -1 -5 -2 -1 4 -5 -4 -3 5 2 23 10 0 4 13 1 0 1 1 8 1 0 1 3 26 0 0 1 0.56 1.07 5 E -2 0 0 3 -5 2 5 -4 -2 -3 -4 2 -2 -5 -1 -1 -1 -5 -4 -1 2 3 3 15 0 7 37 0 1 1 1 12 1 0 3 4 4 0 0 6 0.60 1.07 6 K 0 1 1 0 -5 2 1 -3 -2 -1 -1 3 0 -5 -3 -1 1 -5 -3 0 6 8 8 5 0 10 8 1 1 4 5 20 2 0 1 4 10 0 1 7 0.28 1.07 7 L -2 -2 -2 -4 -3 1 -3 -4 -2 0 1 -3 7 3 -4 -3 0 -1 0 0 2 2 2 1 0 8 1 1 1 4 8 1 39 13 1 1 7 1 3 6 0.75 1.14 8 A 2 2 -1 -2 -2 2 0 -1 0 -3 -1 2 0 0 1 0 0 -5 -2 -3 20 11 2 2 1 9 5 4 2 1 5 11 2 4 7 6 5 0 1 1 0.21 1.15 9 T -2 -1 2 3 -5 2 3 -3 -1 -4 -4 3 -3 -5 -2 0 2 -5 -4 -3 3 2 9 17 0 8 19 1 1 1 1 18 0 0 1 5 13 0 0 1 0.52 1.13 10 A 5 -3 -3 -3 -1 3 2 -1 -2 -3 -4 0 -3 -4 1 -1 -2 -5 -1 -3 47 0 1 0 1 13 14 3 1 2 0 5 0 1 6 1 1 0 2 1 0.65 1.13 11 W -5 -5 -5 -6 -5 -4 -1 -5 -1 -5 -4 -3 -4 -1 -6 -5 -3 12 1 -5 0 0 0 0 0 0 5 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 87 3 0 3.36 1.13 12 E -1 4 3 1 -6 2 3 -4 0 -4 -4 2 -3 -4 -4 -1 -1 -5 -3 -4 4 24 12 8 0 8 22 0 2 0 1 12 0 0 0 2 3 0 1 0 0.62 1.18 13 G -2 -3 1 1 -5 -2 -3 6 -2 -6 -6 -2 -4 -6 -5 -1 -2 -5 -4 -5 1 1 6 7 0 2 1 73 1 0 0 1 0 0 0 3 3 0 0 0 1.35 1.16 14 F -5 -5 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -4 -3 0 -6 -2 9 -6 -5 -5 -1 2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 93 0 0 0 0 2 0 2.23 1.16 15 T 0 1 1 -2 -3 1 0 -4 -1 -2 -3 5 -3 -5 -4 -1 2 -5 -3 0 6 5 7 1 1 5 6 0 1 3 2 38 0 0 0 3 15 0 1 8 0.54 1.22 16 K 0 -3 -1 -1 -3 -1 1 5 -3 -4 -5 1 -3 -5 1 0 0 -5 -3 -4 8 1 2 4 0 2 10 41 0 1 1 9 1 0 8 6 6 0 1 1 0.61 1.22 17 G -2 -1 0 -2 -5 -3 -1 6 -2 -4 -5 -1 -4 -4 -4 -1 1 -5 -4 -4 1 4 3 2 0 1 3 67 1 1 0 3 0 1 0 2 9 0 1 1 1.15 1.18 18 D 0 1 2 3 -5 0 0 -3 1 -1 -1 2 -2 -4 0 -1 -1 -5 -3 -2 6 7 11 18 0 3 6 1 3 4 7 15 1 0 5 3 3 0 1 3 0.28 1.08 19 W -5 -5 -6 -6 -5 -2 -5 -5 -4 -5 -4 -5 -4 -1 -6 -5 -5 13 1 -5 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 93 2 0 3.70 1.08 20 Q -2 1 1 -2 1 5 0 -4 -2 -3 -3 3 0 -5 -4 0 2 -5 -4 -3 1 6 6 2 3 30 4 1 1 2 3 18 2 0 0 5 15 0 0 1 0.58 1.13 21 N -3 2 1 2 -5 0 4 -3 1 -4 -4 2 -4 -5 -4 0 2 -2 -3 -3 1 9 6 13 0 3 27 1 4 1 1 12 0 0 0 7 12 1 1 2 0.52 1.10 22 E -1 0 1 1 -3 0 5 -2 1 -4 -4 1 -4 -4 -4 0 0 -5 -2 -3 6 4 8 8 1 2 37 2 4 1 1 9 0 1 0 7 6 0 1 1 0.53 1.04 23 V 0 -5 -5 -5 0 -5 -5 -5 -5 6 0 -5 1 -3 -5 -4 -1 -5 -4 4 6 0 0 0 2 0 0 0 0 51 3 0 3 0 0 0 2 0 0 34 1.05 0.98 24 N -2 -3 6 6 -5 -2 0 -3 -2 -5 -6 -1 -5 -5 -4 0 -3 -6 -1 -5 2 0 38 46 0 0 2 0 0 0 0 2 0 0 0 7 0 0 2 0 1.26 1.01 25 V -1 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 1 0 -5 1 -3 -5 -4 1 -5 -4 7 2 0 0 0 0 0 0 0 0 4 4 0 3 0 0 0 7 0 0 80 1.27 1.10 26 R 0 6 0 -2 -5 0 0 -2 -1 -5 -4 1 -4 -5 -1 0 -1 -5 -1 -3 9 49 4 2 0 4 5 3 1 0 1 6 0 0 2 8 2 0 2 1 0.78 1.20 27 D -1 0 3 6 -5 0 0 0 -1 -5 -6 0 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -2 5 4 12 52 0 3 4 7 2 0 0 5 0 0 0 3 0 0 0 4 0.96 1.20 28 F -5 -5 -5 -6 -5 0 -5 -6 -3 -3 -2 -5 -3 8 -6 -5 -5 5 3 -4 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 80 0 0 0 7 7 0 1.94 1.14 29 I -4 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 6 0 -5 2 -3 -6 -5 0 5 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 57 7 0 5 0 0 0 5 7 5 14 1.22 1.41 30 Q -2 2 -1 -1 -5 6 0 -2 0 -2 0 1 0 -2 -5 -1 -1 -5 -1 -2 3 11 2 4 0 35 4 3 2 2 9 8 2 2 0 4 3 0 2 3 0.51 1.41 31 K 0 1 1 0 3 1 0 0 3 0 -1 0 2 -4 -4 0 0 -5 2 -4 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 0 6 6 0 6 0 0.17 1.67 32 N -4 0 8 -1 -5 -2 -1 -3 0 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -2 -2 -6 -2 -5 0 4 86 0 0 0 4 0 1 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 1.81 1.18 33 Y -4 -1 -4 -5 -1 -4 -4 -2 0 0 -2 -4 0 1 -5 -3 -2 -1 8 0 0 4 0 0 1 0 0 3 2 5 3 0 2 4 0 2 1 0 64 7 1.38 1.18 34 T -1 -1 -1 -1 -2 -1 -2 -4 -1 -3 -1 1 -2 -5 -4 0 6 -5 -4 -1 3 3 2 3 0 3 1 0 1 1 5 8 1 0 0 4 60 0 0 5 0.87 1.22 35 P -1 -3 -4 -4 -3 -1 0 -4 -3 -4 -2 1 -3 -4 7 -2 -3 -6 -5 0 3 0 0 0 0 2 6 1 0 0 4 8 0 0 63 2 0 0 0 7 1.48 1.22 36 Y -4 -1 -4 -5 1 -4 -4 -6 0 -4 -4 0 -3 2 -5 -4 -4 2 9 -4 0 3 0 0 3 0 0 0 1 0 0 7 0 4 0 0 0 1 81 0 1.97 1.15 37 E -1 -2 -1 4 -5 -1 4 -3 0 0 -1 -2 -2 -5 -3 -1 2 -5 -2 -1 5 1 1 22 0 2 28 2 2 6 6 2 1 0 1 2 16 0 1 4 0.49 1.15 38 G -2 0 0 1 -5 -1 -3 6 -4 -6 -6 -1 -5 -5 -5 -2 -4 -5 0 -6 1 5 4 7 0 3 1 71 0 0 0 4 0 0 0 1 0 0 4 0 1.28 1.15 39 D -3 -2 2 7 -1 -2 2 -1 -3 -5 -6 -1 -5 -6 -4 0 -1 -6 -5 -5 2 1 7 60 2 0 10 5 0 0 0 2 0 0 0 7 3 0 0 0 1.17 1.17 40 E 0 -2 -2 3 -5 -1 5 -1 -1 -5 -3 -1 -4 -5 -2 1 -2 -5 -2 -1 9 1 1 18 0 2 42 4 1 0 2 2 0 0 1 9 1 0 2 6 0.69 1.30 41 S -1 -1 0 0 -1 0 0 -1 -2 -2 -2 -2 -4 -5 -4 5 2 -5 -4 -3 3 3 3 4 1 5 6 5 1 2 3 2 0 0 0 51 10 0 0 1 0.64 1.26 42 F -4 -5 0 -1 -5 -5 -5 -5 -4 -1 0 -3 0 8 -6 -4 -2 -2 0 -3 0 0 5 5 0 0 0 0 0 2 6 2 2 75 0 0 2 0 0 0 1.60 1.24 43 L -2 -4 -2 -2 -4 -4 -2 -5 -5 0 6 -4 1 -2 -5 -2 -3 -4 -4 -1 3 0 2 3 0 0 3 0 0 4 76 0 2 0 0 3 0 0 0 3 1.09 1.35 44 A 3 -1 -2 -1 2 -1 3 -4 -1 -2 -1 -1 -1 -5 -4 0 1 -5 -2 0 26 2 2 4 5 2 21 0 2 2 6 4 2 0 0 5 9 0 2 8 0.37 1.50 45 G -2 1 -1 1 -5 -1 1 4 0 -4 -3 1 -4 -5 1 -1 -1 -5 -4 -1 3 9 3 7 0 3 9 33 2 0 3 9 0 0 7 4 4 0 0 5 0.43 1.36 46 A 2 0 -4 -4 2 0 0 -1 -4 1 -2 1 1 -4 4 -1 -1 -5 -4 -1 18 4 0 0 5 4 5 4 0 7 4 8 4 0 24 4 4 0 0 4 0.41 1.28 47 T 0 1 -3 -3 -4 -2 1 0 -3 -3 0 1 -3 -3 2 1 1 -4 2 1 9 9 0 0 0 0 9 9 0 0 9 9 0 0 9 9 9 0 9 9 0.19 1.12 48 E -1 -1 -1 2 -5 1 4 -1 0 -1 -2 0 -1 -1 1 -2 -2 -5 -4 -1 5 3 3 12 0 7 30 4 2 4 5 4 2 3 8 3 2 0 0 5 0.37 1.54 49 A 2 4 0 0 3 -1 -1 -3 -1 -1 -4 2 -4 -5 -4 0 -2 0 -2 -2 17 26 4 6 7 2 3 2 2 4 0 14 0 0 0 6 2 2 2 2 0.49 1.54 50 T 0 -4 1 1 -3 -3 -3 -4 -4 1 -3 -3 2 -4 -4 1 6 -5 -4 1 6 0 6 7 0 0 0 1 0 8 1 0 6 0 0 7 47 0 0 9 0.74 1.29 51 T -1 0 1 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 4 -3 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 0 6 0.15 1.78 52 T 0 2 0 0 2 2 1 -2 1 -1 -2 3 0 -1 -5 -1 -1 -5 0 -1 8 9 4 4 4 8 8 3 3 3 4 19 3 3 0 4 5 0 3 4 0.22 1.87 53 L 0 1 -4 1 3 1 0 -4 -4 1 0 -3 3 1 -4 0 0 -4 2 0 7 7 0 7 7 7 7 0 0 7 7 0 7 7 0 7 7 0 7 7 0.21 1.45 54 W -4 0 0 -5 -5 -1 -1 -5 1 -1 0 -1 1 0 -5 -2 -1 10 2 -1 0 5 4 0 0 3 4 0 4 4 8 5 4 4 0 3 4 36 6 4 1.15 1.58 55 D 0 1 1 1 -5 1 0 0 3 0 -1 0 -3 -4 -4 0 0 -4 2 0 7 7 7 7 0 7 7 7 6 7 7 7 0 0 0 7 7 0 6 7 0.13 1.56 56 K -1 0 -1 -1 1 3 2 -2 1 0 -2 3 2 -4 -4 -1 0 -5 0 -1 5 5 3 4 3 12 14 3 4 5 4 16 5 0 0 4 5 0 4 4 0.26 1.67 57 V 1 -5 -1 -5 4 -4 -2 -5 -5 1 3 -5 1 1 -5 -2 -1 -5 0 3 10 0 3 0 8 0 4 0 0 7 25 0 3 5 0 3 4 0 3 24 0.51 1.71 58 M -2 -1 0 -1 1 2 0 -2 1 -1 0 1 3 0 -5 1 0 -5 0 -2 4 3 4 4 3 11 7 3 3 4 11 9 7 4 0 12 6 0 3 3 0.17 1.91 59 E -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 -4 -1 0 2 1 0 0 0 -5 1 -1 6 6 5 6 5 5 6 6 5 0 6 6 5 5 6 6 6 0 5 6 0.11 1.89 60 G -1 0 1 0 -5 1 0 -1 -4 0 -1 0 2 1 0 0 0 -5 1 0 6 6 6 6 0 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 0.07 1.78 61 V -1 0 1 0 3 1 0 -5 2 0 -1 0 2 1 0 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 5 5 6 0 5 6 6 6 5 5 6 6 6 0 5 6 0.12 1.89 62 K 0 1 -2 -2 -2 0 0 -2 -2 0 -1 5 0 2 1 -2 -2 -1 -2 -3 7 6 2 2 1 3 7 2 1 5 7 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