Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 R -3 7 -2 -3 -5 0 -1 -4 -2 -5 -4 2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 1.51 0.56 2 R -3 8 -2 -3 -5 0 -2 -4 -2 -5 -4 1 -3 -4 -4 -1 -3 -4 -3 -4 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.56 0.57 3 A 6 -3 -2 -3 -2 -2 -3 0 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 0 -2 -4 -3 -1 90 0 1 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 2 1.04 0.63 4 R -3 8 -2 -3 -5 -1 -2 -4 -2 -5 -4 1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.59 0.63 5 G 1 -4 -2 -3 2 -2 -3 6 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -3 0 -3 -4 -4 -4 14 0 0 0 5 2 0 71 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 1.16 0.63 6 E -2 -3 -3 -3 -5 1 1 -2 2 -5 -5 0 -4 -5 7 -2 -2 -5 -4 -4 2 0 0 0 0 5 8 2 6 0 0 7 0 0 68 0 2 0 0 0 1.58 0.70 7 N -3 -2 8 -1 -4 -2 -2 -2 -1 -5 -5 1 -4 -5 -4 -1 1 -5 -4 -4 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 7 0 0 0 1.47 0.70 8 E -3 2 -1 0 -5 0 7 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -4 0 12 2 0 0 0 83 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.30 0.72 9 P 0 -4 -4 -1 1 -3 -3 -4 -4 -4 -1 -3 -3 -5 8 -2 -3 -5 -5 -4 7 0 0 4 3 0 0 0 0 0 9 0 0 0 76 0 0 0 0 0 1.83 0.72 10 G -2 0 -2 -3 -5 -3 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -1 -3 -5 -5 -5 0 6 0 0 0 0 0 90 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.66 0.78 11 G -1 -4 -2 -3 -4 -4 -4 7 -4 -6 -5 -3 -5 -5 -4 0 -3 3 -4 -5 3 0 0 0 0 0 0 84 0 0 0 0 0 0 0 8 0 5 0 0 1.56 0.82 12 V -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 1 5 2 -4 3 1 -5 -4 -3 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 4 41 22 0 9 6 0 0 0 0 0 17 0.80 0.85 13 P -1 -1 -2 -3 -4 0 -2 -3 -3 -4 -3 4 0 -3 6 2 -1 -5 -4 -4 5 1 1 0 0 4 0 1 0 0 2 29 3 1 36 16 2 0 0 0 0.89 0.86 14 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -3 -1 2 -5 -1 8 -5 -4 -4 -1 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 67 0 0 0 0 4 11 1.36 0.83 15 G -2 1 -3 -4 -5 -3 -4 7 -4 -6 -5 -3 -5 -5 -4 -2 -4 5 -4 -5 0 8 0 0 0 0 0 83 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 1.61 0.83 16 Y -3 -4 -2 -4 -4 -1 -4 -5 7 2 -1 -4 -1 5 -5 -3 0 -3 3 0 1 0 2 0 0 2 0 0 29 13 3 0 1 24 0 1 6 0 10 7 0.82 0.94 17 L -4 -4 0 -5 3 -4 -4 -5 3 -1 3 -4 5 5 -5 -3 -1 -3 0 -1 0 0 5 0 7 0 0 0 7 1 25 0 19 29 0 1 3 0 1 2 0.78 0.93 18 A 5 -2 -3 0 3 -3 -3 2 -4 -3 -4 -3 -4 -5 2 2 -2 -5 -4 -3 50 1 0 6 6 0 0 14 0 2 0 0 0 0 9 12 0 0 0 0 0.71 0.93 19 D -4 1 -1 7 -6 1 1 -4 -3 -5 -5 -1 -5 -6 -4 -2 -1 -6 -5 -5 0 8 0 71 0 6 8 0 0 0 0 3 0 0 0 0 3 0 0 0 1.35 0.93 20 I -2 -4 -5 -5 4 -4 -5 -5 -4 4 0 -4 6 2 -5 -1 -3 2 2 1 2 0 0 0 9 0 0 0 0 24 3 0 30 8 0 6 0 3 8 8 0.78 0.93 21 C -2 -1 -4 -5 4 -4 -4 -5 -5 4 0 -4 -2 -3 1 0 1 -5 -4 3 2 4 0 0 9 0 0 0 0 23 7 0 0 0 8 8 11 0 0 26 0.51 0.97 22 Q -3 2 -2 -3 -5 7 -1 -4 -2 -5 -3 -1 -3 -5 1 1 -3 -4 -4 -4 0 10 0 0 0 65 0 0 0 0 2 0 0 0 6 13 0 0 0 0 1.18 0.97 23 S 1 -3 -2 -3 -3 -3 -3 2 -3 0 -3 -3 -3 -4 -3 4 4 -4 -4 -1 12 0 0 0 0 0 0 13 0 6 0 0 0 0 0 32 27 0 0 4 0.57 0.92 24 S -3 -1 1 3 -4 0 -2 -3 1 -4 -2 -3 -1 1 4 2 0 -4 -3 -2 0 3 7 21 0 3 0 0 3 0 3 0 2 8 19 20 4 0 0 2 0.48 0.92 25 R 1 7 -3 -4 -5 1 -2 -4 -3 -5 -4 1 -4 -5 2 -3 -3 -5 -4 -4 14 63 0 0 0 7 0 0 0 0 0 4 0 0 12 0 0 0 0 0 1.20 0.97 26 V -1 -1 0 -3 -4 -2 0 -4 -4 0 1 4 -2 -4 -4 0 2 -5 -4 2 4 2 4 0 0 0 7 0 0 5 12 32 0 0 0 8 12 0 0 14 0.40 0.97 27 N 0 1 1 1 -4 -3 0 0 3 -4 -1 1 -3 1 -4 0 0 -4 2 0 7 7 7 7 0 0 7 7 7 0 7 7 0 7 0 7 7 0 7 7 0.16 1.45 28 Y 0 -2 -4 -4 -4 -3 -1 -4 -4 -2 -3 0 -1 -4 7 -2 1 1 2 -4 6 2 0 0 0 0 5 0 0 3 2 6 2 0 50 2 9 2 7 0 1.07 1.13 29 E -2 2 2 4 -6 1 2 1 2 -5 -5 0 -5 -2 -4 -3 -1 0 -2 -5 3 10 11 27 0 5 15 10 4 0 0 5 0 2 0 0 5 2 2 0 0.57 1.18 30 D -3 1 3 6 -5 2 -1 0 3 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -2 0 -5 -4 -5 0 7 13 49 0 10 0 7 7 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0.89 0.78 31 P 1 -2 -3 -3 -4 2 -2 -3 -3 -3 -3 1 3 -3 2 1 1 -3 3 -3 11 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 11 11 0 11 11 11 0 11 0 0.31 0.89 32 V 1 -4 2 -4 2 0 -3 0 -4 0 -1 0 -3 -4 2 -1 0 -5 -4 4 12 0 10 0 5 4 0 7 0 5 4 7 0 0 10 4 4 0 0 29 0.33 1.06 33 R -4 5 0 -4 -5 0 0 -3 1 -1 -3 4 -4 -5 -4 0 -1 3 -2 -4 0 35 5 0 0 3 5 2 3 4 2 23 0 0 0 7 4 4 2 0 0.71 1.29 34 V 3 -4 1 -4 0 2 -3 -1 2 0 0 -3 -3 1 -2 0 -2 0 -1 2 30 0 6 0 2 9 0 4 5 4 7 0 0 7 1 5 2 1 2 15 0.33 1.26 35 S 2 -4 0 -1 -4 -3 0 -2 1 -2 -1 -3 -3 -5 -1 4 2 -5 -4 -2 18 0 4 3 0 0 6 2 4 2 7 0 0 0 3 36 13 0 0 2 0.51 1.29 36 L -3 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 0 5 0 0 1 -5 -3 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 79 8 0 6 0 1 0 0 0 6 0.99 0.81 37 D -3 -1 -1 1 -5 2 6 0 -2 -5 -5 0 -4 -5 1 0 -3 -5 -4 -4 0 2 2 5 0 8 56 7 0 0 0 5 0 0 6 8 0 0 0 0 0.86 0.81 38 V 0 -3 -2 -4 3 1 -3 -1 -4 2 -2 -3 -2 -3 -4 1 1 -4 -3 4 7 0 1 0 8 8 0 4 0 9 0 0 0 0 0 14 9 0 0 41 0.45 0.67 39 V 1 -4 -4 -4 2 0 -3 0 -4 3 -1 -3 1 -3 -4 -3 -2 -4 -3 5 13 0 0 0 5 7 0 9 0 16 1 0 4 0 0 0 0 0 0 45 0.55 0.67 40 A 4 1 -3 -3 3 1 -2 3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 0 -2 -4 -4 -3 50 8 0 0 6 8 0 23 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0.67 0.65 41 T 4 -4 -4 -4 7 -3 -4 0 -4 -1 -1 -3 0 -3 -3 0 -1 -4 -4 1 38 0 0 0 29 0 0 6 0 2 7 0 3 0 0 4 2 0 0 10 0.74 0.66 42 G 3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 5 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -3 2 -2 5 -3 -4 24 0 0 0 0 0 0 46 0 0 0 0 0 0 0 22 0 8 0 0 0.90 0.66 43 A 4 -3 -2 -3 3 -2 -3 -2 -3 -3 -3 -2 1 -2 -3 2 4 -4 -3 -1 38 0 0 0 7 0 0 1 0 0 0 0 4 1 0 19 28 0 0 2 0.62 0.66 44 M -1 -3 -3 -2 0 -1 -3 -4 -3 0 1 -3 7 -2 -2 -2 3 -3 -3 1 4 0 0 2 2 1 0 0 0 3 10 0 46 0 2 0 21 0 0 7 0.71 0.61 45 L -3 3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 3 2 4 -2 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 1 1 19 0 0 0 0 0 0 8 9 45 0 2 2 0 0 0 0 0 12 0.51 0.61 46 Y -2 -3 -3 -1 -3 -1 -3 -3 -1 -3 -2 -3 0 4 -4 2 -2 0 7 -3 0 0 0 4 0 2 0 0 0 0 3 0 2 22 0 20 0 0 42 0 0.83 0.60 47 D -2 -3 0 6 -4 -2 -1 3 0 -4 -4 -1 -4 -4 -3 -2 0 -5 -4 -2 0 0 2 60 0 0 0 21 2 0 0 2 0 0 0 0 7 0 0 3 0.95 0.59 48 Q -2 0 -1 -2 -4 6 0 -3 -1 -4 -4 1 -2 -4 0 2 -2 -3 1 -4 0 3 0 0 0 58 0 0 0 0 0 8 0 0 3 22 0 0 5 0 0.87 0.58 49 I 0 -4 -4 1 -3 -3 -3 -4 -4 5 1 -4 3 2 -4 -3 -2 -4 -2 1 11 0 0 11 0 0 0 0 0 50 6 0 9 9 0 0 0 0 0 3 0.58 0.58 50 W 0 -2 -4 -5 -4 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -3 2 -1 2 -3 -3 11 2 -3 11 3 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 9 0 11 0 0 58 5 0 1.78 0.58 51 L -3 1 -4 -4 -3 -3 -4 -5 -4 0 4 -3 0 2 -4 -3 2 -3 -2 2 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 49 0 0 10 0 0 17 0 0 14 0.52 0.56 52 G 1 2 -2 -3 5 -2 -3 2 4 -3 -3 -2 -3 -4 -4 1 -2 -4 -3 1 14 14 0 0 14 0 0 14 14 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 14 0.48 0.67 53 S 0 -3 2 1 -4 -3 1 1 -3 1 0 -3 -3 2 -4 1 1 -3 2 -3 9 0 9 9 0 0 9 9 0 9 9 0 0 9 0 9 9 0 9 1 0.21 1.12 54 Y -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -1 0 1 -3 -1 5 -3 -3 -3 -1 6 0 1 1 1 1 0 1 1 1 0 5 12 1 0 24 1 1 1 0 33 6 0.66 0.68 55 M 0 1 -3 -3 -3 3 -2 -3 3 -2 -2 0 6 -3 -3 -2 0 -3 -3 0 10 7 0 1 0 14 1 1 8 1 1 6 30 0 1 1 6 0 0 6 0.47 0.84 56 S 1 -2 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -2 1 1 -2 -2 2 1 -2 -3 3 1 12 1 0 1 0 0 1 1 0 1 12 12 0 0 12 12 1 0 11 12 0.18 0.79 57 G -2 1 -3 -3 3 -3 -4 6 -4 -5 -5 -3 -4 -5 3 -2 -3 4 -4 -5 0 10 0 0 6 0 0 64 0 0 0 0 0 0 14 0 0 6 0 0 1.14 0.70 58 G 0 0 -2 -1 -4 -3 -3 6 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -4 1 -3 -5 -5 -1 5 7 0 3 0 0 0 69 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 5 1.12 0.80 59 V 0 -4 -4 -1 -3 -4 -4 -4 -5 1 0 -4 -2 -3 3 0 -2 -5 -4 5 8 0 0 4 0 0 0 0 0 5 7 0 0 0 13 7 0 0 0 57 0.74 0.86 60 G -1 -4 2 -1 1 -3 -3 5 -4 -4 -5 -3 -4 -5 0 2 -3 3 -4 0 4 0 9 4 4 0 0 46 0 0 0 0 0 0 6 18 0 4 0 7 0.75 0.93 61 F -4 -5 -4 0 -4 -4 -4 -5 -4 2 0 -4 3 6 -5 -4 1 4 2 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-2 -4 -4 -5 -2 -2 -3 -5 -2 0 5 -3 2 -2 -1 -3 -3 -4 1 -1 3 0 1 0 1 2 1 0 1 2 73 1 3 0 3 2 0 0 5 1 0.95 1.10 179 Q -2 0 -2 -3 -5 8 0 -4 -1 -3 -4 -1 -3 -5 -2 0 0 -4 -2 -4 2 3 0 0 0 76 2 0 1 2 0 1 0 0 1 5 5 0 1 0 1.44 1.09 180 D -3 -4 0 8 -5 -3 -1 -1 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -4 -2 -2 -6 -4 -5 2 0 2 85 0 0 1 4 0 0 0 1 0 0 0 0 2 0 1 0 1.74 1.08 181 Q -3 0 -2 -3 -5 8 -1 -4 0 -3 -3 -1 0 -5 -2 -2 -2 -4 -4 -4 0 2 0 0 0 85 0 0 2 2 1 0 3 0 1 1 2 0 0 0 1.65 1.11 182 C -2 -5 -5 -5 11 -2 -5 -3 -5 -2 -3 -5 -1 -5 -5 -2 -1 -2 -4 -2 1 0 0 0 82 2 0 1 0 1 1 0 2 0 0 2 4 0 0 2 2.38 1.10 183 G 0 -2 -3 -3 -2 -4 -4 7 -4 -5 -5 -3 -1 -5 -4 -2 0 -5 -5 -3 5 2 0 1 1 0 0 79 0 0 0 1 2 0 0 1 6 0 0 2 1.47 1.11 184 A 4 -4 -3 -3 -2 -3 -2 -3 -4 -1 -3 -2 -2 -3 1 4 -1 -5 -2 -2 37 0 0 0 1 0 2 0 0 5 1 2 1 1 6 39 2 0 2 2 0.72 1.12 185 S 4 -1 -2 -3 2 -2 -3 -3 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -2 3 4 -5 -1 -2 33 4 1 1 4 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 25 25 0 2 2 0.68 1.12 186 N -2 -3 7 -1 -1 0 -3 -2 2 -5 -5 -2 -4 -5 0 -1 1 -4 -3 -5 2 0 69 0 1 4 0 1 5 0 0 1 0 0 4 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222 S 3 -2 -2 -2 -1 -2 -2 0 -3 0 -2 -2 -1 -3 0 1 2 -3 -2 2 43 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 3 10 16 0 0 24 0.32 0.22 223 Q 2 -1 -1 -1 -2 4 0 2 -1 -3 -3 0 -2 -3 -2 2 -1 1 -2 -3 18 0 0 0 0 30 0 20 0 0 0 5 0 0 0 25 0 2 0 0 0.41 0.23 224 A 4 -2 -2 -2 -2 -2 -2 3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -2 2 -1 -3 -3 -1 66 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0.57 0.23 225 P 4 -2 -2 -2 -1 -2 -2 -1 -2 -2 -2 -1 -2 -3 3 1 -1 -4 -3 -1 70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 12 0 0 0 2 0.61 0.23 226 H -2 -1 0 -2 -4 0 1 -3 9 -4 -4 -1 -2 -2 -3 -2 -2 -3 1 -4 0 0 0 0 0 0 7 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.34 0.23 227 A 3 -2 -2 -3 2 -2 -2 -2 -2 1 0 -2 -1 1 -2 1 -1 -1 3 0 42 0 1 0 4 0 0 0 0 9 7 0 0 6 0 11 0 0 17 2 0.28 0.23 228 A 4 -3 -2 -2 -2 -2 -2 5 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -2 0 -1 -3 -3 -2 49 0 0 0 0 0 0 48 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0.71 0.23 229 R -2 7 2 -2 -4 0 -1 -3 -1 -4 -3 1 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 0 90 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.00 0.22 230 G 0 -2 -1 -2 -3 0 -2 5 3 -4 -3 -1 0 -1 -3 -1 -2 -3 -2 -3 3 0 1 0 0 6 0 69 10 0 0 3 5 3 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