Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 T -3 -4 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -4 1 8 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 93 0 0 0 1.86 1.37 2 R -3 3 -4 -5 -4 -3 -3 -5 3 -1 -3 2 -2 3 -5 -2 1 0 4 3 1 16 0 0 0 0 1 0 6 2 1 13 0 11 0 3 10 1 14 19 0.59 1.59 3 K -2 2 -2 2 -4 1 3 -4 -1 -2 -4 2 -2 -3 -3 0 2 -3 -2 0 3 9 1 9 0 6 20 1 1 3 1 14 1 1 1 6 15 0 1 7 0.39 1.63 4 V 3 -5 -4 -5 2 -5 -4 -5 -6 3 -1 -5 -2 -3 -4 -3 -2 -2 -3 5 27 0 0 0 5 0 1 0 0 16 3 0 0 1 0 1 1 1 0 42 0.92 1.64 5 D -3 -1 2 4 -4 -2 2 -4 2 -5 -4 1 -3 -5 -5 1 3 -4 -3 -4 2 2 10 24 0 1 11 1 5 0 1 10 1 0 0 11 18 0 1 1 0.62 1.66 6 T -2 -3 3 2 -3 -2 -1 -4 1 -5 -5 -1 -5 -4 -4 4 4 -6 -5 -5 1 1 16 12 0 1 4 0 3 0 0 3 0 1 0 27 31 0 0 0 0.85 1.66 7 Y -4 -2 -6 -6 -5 -5 -3 -6 -3 0 2 -2 3 3 -4 -5 -4 8 6 -2 1 2 0 0 0 0 1 0 0 4 16 3 8 13 1 0 0 20 27 2 1.21 1.67 8 E -1 -3 0 5 -6 0 5 -3 -3 -6 -6 0 -3 -5 -4 -1 -2 -6 -3 -5 5 1 4 35 0 3 39 1 0 0 0 4 1 0 0 4 1 0 1 0 1.08 1.68 9 A -2 -3 -2 4 -6 2 6 -3 -2 -5 -5 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -4 -4 3 1 1 18 0 6 62 1 1 0 1 1 0 0 0 2 1 0 0 1 1.32 1.66 10 F -1 -6 -6 -6 -3 -6 -6 -5 -3 0 2 -6 2 8 -6 -4 -4 -3 0 0 5 0 0 0 0 0 0 1 1 4 17 0 5 58 0 1 1 0 1 6 1.40 1.66 11 K -2 1 -1 -2 1 0 1 -4 -3 -2 -2 6 1 -4 -3 -3 -1 -3 -2 1 3 5 2 2 3 4 7 1 0 2 3 47 3 0 1 1 4 0 1 10 0.70 1.69 12 E 1 0 0 1 -4 1 4 -2 -1 -4 -5 3 -4 -6 2 0 0 -6 -4 -3 12 5 4 8 0 7 23 3 1 1 1 15 0 0 10 5 5 0 0 2 0.46 1.66 13 A 3 0 -1 -4 -3 0 0 -3 2 2 -1 1 -2 0 -5 -1 0 -3 1 1 24 4 3 1 0 4 6 1 5 11 6 7 1 5 0 3 6 0 5 8 0.24 1.63 14 V -1 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -5 4 4 -4 2 2 -6 -4 -3 -5 -2 1 5 1 1 0 0 1 1 1 0 26 39 1 4 8 0 1 1 0 1 9 0.81 1.63 15 Q -1 -2 4 2 -6 1 4 -3 2 -5 -6 2 -5 -6 -4 0 -2 -6 -2 -4 5 2 18 12 0 6 25 1 5 0 0 15 0 0 0 6 2 0 1 1 0.65 1.60 16 E -2 1 2 1 -6 2 2 1 -2 -6 -5 4 -3 -6 -1 -1 -1 -6 -5 -5 3 6 10 8 0 8 14 12 1 0 1 23 0 0 4 4 4 0 0 0 0.50 1.60 17 G -2 -1 2 -4 -1 -4 -3 6 -2 -6 -6 2 -5 -6 -5 -2 -4 -6 -3 -6 1 2 9 0 1 0 1 68 1 0 0 13 0 0 0 1 0 0 1 0 1.42 1.61 18 F -4 -4 -3 -6 -1 -5 -6 -4 -2 1 0 -4 2 7 -6 -4 -4 6 3 0 0 1 2 0 1 0 0 1 1 9 7 1 6 46 0 1 1 11 7 6 1.25 1.65 19 A 3 -6 -4 -6 -2 -5 -5 -4 -6 4 -1 -5 -1 0 -5 -3 -2 -5 -1 5 21 0 1 0 1 0 0 1 0 24 4 0 1 5 0 1 1 0 2 40 0.92 1.65 20 L -3 2 -3 -4 -2 -1 0 -6 -3 0 3 3 1 -2 -5 -1 -2 0 0 0 2 11 1 1 1 3 7 0 1 6 31 17 4 1 0 4 1 1 4 5 0.42 1.68 21 A 4 -5 -5 -5 3 -4 -5 -1 -5 1 -2 -4 1 -3 -5 -1 1 -5 -3 3 41 0 0 0 6 0 0 4 0 9 3 0 4 1 0 5 7 0 1 19 0.70 1.66 22 F -2 -3 -1 -3 -2 -1 -3 -1 5 -4 -4 -1 3 0 6 -1 -3 -2 1 -3 2 1 3 1 1 3 1 5 13 0 1 3 9 4 42 4 1 1 4 1 1.01 1.66 23 H -4 -4 -6 -7 -2 -5 -6 -6 1 -2 -3 -6 -2 4 -6 -3 -4 11 1 -3 1 1 0 0 1 0 0 0 4 2 2 0 1 19 0 2 1 63 3 1 2.64 1.66 24 C 0 -5 -3 2 10 -5 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -5 0 -3 -6 -5 -1 8 0 1 11 59 0 1 1 1 1 1 3 0 1 0 7 1 0 0 3 1.77 1.66 25 G -1 -2 0 2 1 -2 0 6 -3 -6 -4 -1 -3 -4 -4 -2 -3 -6 -4 -6 5 2 3 12 3 1 7 56 1 0 2 3 1 1 1 2 1 0 1 0 1.01 1.66 26 D -2 -1 0 4 0 -1 3 -2 -1 -3 -2 -2 -2 -4 -3 2 2 -6 -5 -3 2 3 4 23 2 2 20 2 1 1 4 2 1 1 1 14 14 0 0 2 0.50 1.61 27 K 0 -1 -1 2 -2 0 3 -2 -4 -1 -2 1 -1 -5 3 0 0 -6 -5 -1 8 4 2 10 1 3 23 4 0 5 4 8 2 0 13 7 5 0 0 4 0.33 1.62 28 A 2 -2 -1 1 -5 -1 5 -2 -1 -3 -4 0 -4 -4 -2 0 -2 -6 -3 -3 19 2 2 7 0 2 43 3 1 1 2 5 0 1 1 6 2 0 1 2 0.71 1.62 29 C -1 -4 -2 -1 9 -2 -2 -5 -2 -2 -2 -3 -2 -5 -5 -2 2 2 -3 1 5 1 2 4 49 1 2 0 1 2 4 1 1 0 0 3 11 3 1 9 1.36 1.59 30 E -1 -3 -2 -1 -6 0 7 -1 -3 -6 -3 -1 -5 -6 -4 -2 -4 -6 -5 -4 5 0 1 2 0 2 77 5 0 0 3 3 0 0 0 2 0 0 0 1 1.49 1.65 31 R 1 0 0 3 -5 -1 3 -3 0 -2 -1 1 2 -5 -2 -2 -1 -6 -5 0 14 5 4 16 0 3 21 2 2 2 7 7 5 0 2 2 3 0 0 6 0.33 1.54 32 L 0 3 -1 0 -6 1 1 -3 -1 -3 -2 5 0 -3 -2 -2 -2 1 -2 -3 9 13 3 6 0 7 7 2 1 2 4 33 2 1 1 2 2 2 1 2 0.48 1.58 33 I -2 -6 -1 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 1 -5 3 0 -6 -2 -1 -5 -4 3 3 0 3 0 0 0 0 0 0 45 12 0 8 3 0 3 3 0 0 21 1.00 1.58 34 Q -1 0 -2 -2 -5 0 0 -2 0 -5 -2 7 -1 -5 -4 -1 -2 -5 -2 -3 5 2 2 2 0 4 6 2 2 0 3 62 2 0 0 3 2 0 2 2 1.02 1.55 35 E 0 -2 -1 2 -6 1 6 -2 -1 -4 -4 1 -5 -4 -4 -1 -2 -6 -2 -4 7 1 3 12 0 4 49 4 1 1 1 8 0 1 0 3 2 0 1 1 0.86 1.65 36 E -1 1 -2 2 -6 2 5 -5 -1 -1 -1 2 -2 -5 -3 -2 -2 -1 -2 -2 5 6 1 9 0 8 39 0 1 4 7 10 1 0 1 2 2 1 1 2 0.60 1.63 37 T 0 -3 -2 -4 -1 -2 -4 -3 -1 -1 1 -2 2 -1 -4 1 5 -5 0 -1 6 1 1 0 1 1 0 1 1 4 12 2 5 3 0 9 44 0 3 4 0.64 1.60 38 T 0 -1 1 -2 -5 1 -2 5 -2 -6 -5 4 -2 -4 -5 0 -1 -6 -5 -5 9 2 7 2 0 5 2 37 1 0 1 24 1 1 0 5 3 0 0 0 0.74 1.63 39 A 5 -3 -5 -5 0 -4 -3 -2 -5 -1 -1 -2 1 -1 -4 -1 -1 -5 -3 2 59 1 0 0 2 0 1 2 0 3 5 2 3 3 0 2 3 0 1 14 0.87 1.62 40 T -2 -2 -1 -2 -2 -3 0 -2 -4 -3 -3 4 -4 -5 -3 1 5 -5 -5 -3 2 1 2 2 1 0 6 2 0 1 2 26 0 0 1 9 45 0 0 1 0.87 1.55 41 T 1 -4 -3 -4 -3 -3 -3 1 -4 1 0 -3 3 2 2 1 1 -4 -3 1 10 0 0 0 0 0 1 10 0 10 10 1 9 9 10 10 10 0 0 10 0.27 1.01 42 R -2 6 -3 -4 -4 -1 -1 -3 -3 -1 2 -1 0 -4 -4 -2 -2 -4 -4 0 3 49 0 0 0 2 3 2 0 2 22 2 2 0 0 2 2 0 0 7 0.83 1.32 43 C -2 -5 2 -4 9 -4 -5 2 -4 -1 -2 -4 3 -4 -5 -2 -3 -5 -4 0 3 0 11 0 44 0 0 16 0 3 3 0 7 0 0 3 0 0 0 8 1.27 1.33 44 V -2 -1 -2 -5 0 -2 -3 -5 -4 6 1 -2 2 1 -5 -2 -1 -4 0 2 3 3 2 0 2 2 2 0 0 44 10 2 5 5 0 3 4 0 3 10 0.66 1.35 45 P -2 -2 -2 -2 -1 -2 -2 -1 -1 -3 -2 -2 -2 -5 7 -1 -2 -5 -2 -3 2 2 1 2 1 1 2 4 1 2 4 2 1 0 65 5 2 0 1 2 1.48 1.33 46 F -4 -3 -3 -3 0 -3 -1 -4 -2 0 3 -3 -1 6 -4 -2 -3 2 2 -1 1 2 1 2 2 1 4 1 1 5 26 2 1 35 1 4 2 2 5 3 0.74 1.67 47 E -2 -3 1 5 -6 -1 3 0 -2 -4 -3 0 -2 -4 -1 -1 -3 -6 -2 -4 3 1 7 36 0 2 21 6 1 1 4 5 1 1 3 5 1 0 1 1 0.69 1.66 48 A 0 -1 1 0 -3 5 1 -1 0 -2 -2 -1 -2 -1 0 0 -2 -2 -1 -1 9 3 6 6 1 25 10 5 2 3 3 4 1 2 5 5 2 1 2 5 0.29 1.66 49 E -1 -1 0 2 -3 0 4 -4 -2 -3 -3 1 -2 -4 4 -1 -2 -6 -3 -3 5 3 4 11 1 4 28 1 1 1 3 9 1 1 17 4 2 0 1 2 0.52 1.73 50 P 0 -2 0 1 -2 2 3 -2 2 -3 -2 2 -1 -4 3 -1 -1 -6 -3 -2 8 2 5 7 1 7 18 2 5 1 4 12 1 1 14 4 3 0 1 3 0.32 1.77 51 E 0 -3 -3 -1 -1 0 4 -1 -2 1 0 -1 -2 -3 -1 -1 2 -2 -3 -1 7 1 1 3 1 4 27 5 1 7 9 4 1 1 3 4 12 0 1 4 0.27 1.87 52 E 0 -2 0 1 -3 -1 2 1 -1 -3 -5 1 -3 -4 2 2 1 -6 -4 -3 6 2 5 7 0 2 16 9 1 2 1 10 0 1 12 13 9 0 0 2 0.30 1.88 53 G -1 -3 -2 3 -3 -2 0 5 -1 -6 -4 0 -3 -4 -3 -1 1 -6 -5 -4 3 1 2 14 1 1 7 44 1 0 1 6 1 1 1 4 8 0 0 1 0.74 1.87 54 F -1 0 -1 -3 -5 0 -1 -4 -1 -1 -4 5 -2 -4 0 -1 3 -6 -4 1 4 5 3 1 0 3 3 0 1 3 1 35 1 1 5 3 16 0 0 12 0.54 1.79 55 C -3 -6 -5 0 11 -6 -6 -4 -6 -3 -4 -6 -1 -6 -6 -2 -3 -6 -6 -4 1 0 0 5 86 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 2 1 0 0 0 3.00 1.79 56 V 0 -6 -6 -6 0 -3 -6 -4 -6 5 0 -3 2 3 1 -4 -3 -5 -4 3 7 0 0 0 2 1 0 1 0 29 8 2 6 12 8 1 1 0 0 22 0.73 1.81 57 R -1 -3 0 -6 5 -3 -5 -4 1 2 -1 -2 0 3 -6 -4 -3 1 3 4 5 2 6 0 12 1 0 1 3 9 6 3 2 11 0 1 1 2 11 26 0.61 1.81 58 C -3 -4 -3 -4 10 -4 -4 -3 -3 -4 -5 -4 -5 -6 -1 2 3 -6 -5 -4 0 0 1 1 52 1 1 1 0 1 0 1 0 0 3 18 19 0 0 0 1.75 1.80 59 G -3 -4 2 0 -3 -2 -2 6 -5 -7 -6 0 -6 -6 -5 -2 -2 -6 -6 -6 1 1 8 5 1 1 2 70 0 0 1 7 0 0 0 2 2 0 0 0 1.43 1.76 60 R -2 2 1 0 4 0 1 -3 -2 -5 -4 6 -3 -6 -4 -2 -3 -6 -4 -5 3 9 7 6 9 4 9 2 1 0 1 45 1 0 0 2 1 0 1 1 0.89 1.75 61 P -2 -2 -1 2 -2 -1 1 -4 0 -5 -4 2 -3 -4 7 -2 -2 -6 -5 -4 2 1 2 9 1 2 11 1 3 1 2 11 1 1 47 3 2 0 0 1 1.09 1.70 62 S 5 -3 0 -3 -2 -3 -1 -1 -3 -4 -4 -2 -4 -5 -4 3 0 -5 -4 -3 56 1 4 1 1 1 3 3 1 0 1 1 0 0 0 20 5 0 1 1 0.94 1.69 63 A 0 -1 -1 -2 -3 1 1 -3 -1 -2 -3 5 -2 -3 -2 -1 2 -4 -4 -2 6 2 3 2 1 6 7 1 1 2 2 43 1 1 2 4 14 0 0 2 0.67 1.57 64 Y 1 0 0 -1 1 -1 -2 -2 4 -2 -2 -1 -1 0 0 -1 2 -1 3 -1 13 5 4 4 3 2 3 3 11 2 5 4 1 4 6 4 11 1 9 5 0.21 1.24 65 G -1 -1 0 1 -2 0 -1 0 -1 0 -2 1 -1 -1 -2 -1 1 6 3 0 4 3 5 8 1 4 4 8 1 5 4 7 1 3 2 4 10 10 9 6 0.22 1.21 66 K -2 2 -1 -2 2 2 1 -1 -2 -2 -2 3 -1 0 -2 -1 2 -3 -1 -2 4 12 3 2 5 8 9 5 1 2 4 18 1 4 2 4 11 0 2 3 0.25 1.26 67 R -3 4 -3 -3 -2 -1 -2 -3 -3 0 0 0 4 0 -3 -3 0 2 3 1 2 23 1 1 1 2 2 2 0 6 8 5 12 4 1 2 7 3 9 8 0.41 1.31 68 V 3 -4 -4 -4 0 -3 -3 -3 -4 1 -2 -3 -1 -3 -3 -2 1 0 -3 5 22 1 1 1 2 1 1 2 0 7 3 1 1 1 1 2 8 2 1 44 0.73 1.42 69 V -3 -4 -3 -5 -2 -4 -5 -5 -3 3 4 -5 1 -1 -5 -4 -3 2 5 1 1 0 1 0 1 0 1 1 1 14 40 0 2 2 0 1 1 3 20 10 0.87 1.57 70 F -4 -6 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -4 0 -2 -6 -1 8 -6 -5 -5 7 1 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 6 2 0 1 68 0 0 0 13 2 5 1.93 1.66 71 A 5 -5 -4 -3 -4 -4 -4 5 -5 -5 -6 -4 -5 -6 -5 0 -4 -6 -6 -4 54 0 0 1 0 0 0 41 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1.41 1.70 72 K -4 7 -3 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -3 -5 5 -4 -6 -5 -4 -4 -6 -5 -4 0 60 1 0 0 2 0 0 0 2 1 33 0 0 0 0 0 0 0 1 1.68 1.70 73 A 4 -3 -2 -4 -3 0 -3 -2 -4 -5 -5 -3 -4 -6 -3 5 1 -6 -5 -4 36 0 1 0 0 4 0 1 0 0 0 0 0 0 1 50 6 0 0 0 1.13 1.68 74 Y -5 -5 -5 -6 -6 -5 -5 -6 -1 -4 -4 -5 -4 1 -6 -5 -5 -1 10 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 98 0 2.87 1.63 K Lambda Standard Ungapped 0.1353 0.3225 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1847 0.3177 PSI Gapped 0.0565 0.2670