Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V 1 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -5 -6 6 -1 -5 -2 -3 -5 -4 -3 -5 -4 4 12 0 0 0 0 0 0 0 0 52 0 0 0 0 0 0 0 0 0 36 1.25 1.24 2 K -2 5 1 -3 -6 -1 -2 -4 5 -6 -5 3 -4 -5 3 -2 -3 -6 -3 -4 2 33 6 1 0 1 1 0 18 0 0 21 0 0 14 1 1 0 1 1 1.01 1.35 3 Q -2 -2 3 4 -5 2 2 -2 1 -4 -4 3 1 -3 -3 -1 -1 -6 -3 -4 2 0 17 21 0 8 14 2 3 0 1 16 4 1 1 4 4 0 1 1 0.58 1.42 4 I -3 2 3 0 -3 -2 -3 2 -2 -2 -1 0 0 0 -5 -1 3 0 -2 0 1 11 14 5 0 1 1 14 1 2 5 6 2 4 0 3 20 2 1 8 0.30 1.46 5 K -1 0 0 0 -3 1 1 -3 -2 0 -2 4 1 -4 -3 -2 1 -5 0 1 4 4 5 4 0 5 11 1 1 4 3 28 4 0 1 1 7 0 3 11 0.36 1.52 6 D -2 -3 1 5 -6 0 5 -3 -3 -6 -6 0 -5 -6 -3 -2 -3 -6 -5 -6 3 1 7 33 0 3 43 1 0 0 0 5 0 0 1 1 1 0 0 0 1.20 1.53 7 Y -1 -2 -3 -5 -2 -4 -2 -4 -1 4 2 -2 1 0 -5 -4 -2 -3 2 3 4 2 1 0 1 0 3 1 1 25 22 3 3 3 0 1 2 0 9 17 0.54 1.57 8 M 1 5 -3 -5 -5 -2 -4 -4 -3 3 1 2 0 -4 -4 -4 -3 -5 -1 0 12 30 1 0 0 1 0 1 0 16 13 15 2 0 0 0 1 0 2 6 0.64 1.60 9 L 1 0 -2 -2 -3 3 2 -2 0 -2 0 3 0 -2 -4 -2 -1 -5 -2 -1 14 4 1 1 0 14 14 3 2 2 10 19 2 2 0 2 4 0 1 3 0.32 1.62 10 D 2 1 0 0 -3 1 1 -4 -1 -2 -1 4 0 -5 -3 0 -2 -6 -4 -2 17 6 5 4 0 7 10 1 2 2 7 27 2 0 1 6 1 0 0 2 0.41 1.60 11 R -4 8 -3 -4 -5 0 -3 -5 -3 -5 -4 0 -4 -5 -4 -3 -4 -5 -4 -5 0 90 0 0 0 3 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2.06 1.49 12 I 3 -1 -3 -4 -2 1 -3 0 -4 2 0 -2 3 -3 -5 0 0 -5 -4 0 30 3 1 1 0 7 0 8 0 11 9 2 9 1 0 6 7 0 0 4 0.39 1.59 13 N 1 -1 1 1 -3 2 4 -2 -1 -5 -4 3 -2 -6 -2 0 -3 -6 -4 -4 14 3 7 8 1 9 24 2 1 0 1 22 1 0 1 6 1 0 0 1 0.58 1.63 14 G 3 -3 -1 -3 -2 -3 -1 4 -3 -1 -4 -3 -3 -5 -5 1 -1 -2 -5 1 30 1 3 1 1 1 3 30 0 4 1 1 0 0 0 11 3 0 0 10 0.64 1.63 15 V -3 -5 -6 -6 -4 -3 -6 -6 -6 4 5 -5 2 -3 -6 -5 -1 -5 -4 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 20 65 0 4 0 0 0 3 0 0 5 1.23 1.61 16 Y -4 0 -1 -4 -3 -2 -4 -6 -1 -4 -4 -3 -4 1 -6 -3 -4 1 9 -4 0 5 4 1 0 2 0 0 1 0 1 1 0 4 0 1 0 1 77 1 2.02 1.67 17 G 0 1 3 2 -5 2 1 -1 -1 -3 -3 2 0 -1 -4 0 0 -5 -3 -3 7 7 15 9 0 8 10 4 1 1 2 15 2 3 0 6 6 0 1 1 0.32 1.59 18 A 1 -1 -2 1 -1 1 2 -3 1 3 1 -1 0 -2 -4 -1 0 -2 -2 0 12 3 2 7 2 6 12 1 4 18 12 3 2 1 0 4 5 0 1 5 0.21 1.57 19 D -4 -4 -2 7 -5 -1 0 -3 -4 -4 -3 -3 -1 -2 -4 -3 -3 -5 -5 -3 1 0 0 80 0 3 2 2 0 0 3 0 2 2 0 1 0 0 0 2 1.73 1.50 20 A 2 3 -1 -1 -3 1 2 -1 -2 -3 -3 3 -1 -5 -4 0 -1 -5 -2 -2 15 15 3 2 1 5 14 4 1 1 2 22 1 0 0 6 3 0 1 3 0.41 1.60 21 K 1 1 3 0 -2 0 1 -1 1 -1 -2 1 1 -5 -4 1 0 -2 -4 -2 10 7 14 5 1 5 10 5 3 4 3 9 3 0 0 11 5 1 0 3 0.23 1.60 22 F 1 -1 0 0 0 -1 -2 -3 -2 -1 2 2 3 0 -3 1 -2 -2 0 -1 13 3 5 5 2 2 2 1 1 3 18 14 7 3 1 9 2 1 3 4 0.20 1.61 23 P 0 -2 0 -1 -3 2 1 -3 -2 -2 -3 2 -1 -4 4 0 1 -6 -5 0 9 2 4 4 1 9 7 2 1 3 2 15 1 1 20 6 8 0 0 7 0.38 1.62 24 V -2 -1 -3 -4 -1 -2 -4 -6 -1 4 3 0 0 0 -5 -3 -2 1 1 3 2 4 1 1 1 2 1 0 1 25 24 7 2 4 0 1 2 2 4 17 0.54 1.62 25 R -3 7 -3 -4 -6 -1 -2 -5 1 -2 -4 3 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -3 2 68 0 0 0 1 1 0 3 2 1 13 0 0 1 2 3 0 0 1 1.47 1.62 26 A 1 2 -1 -2 2 1 -1 -3 -1 -3 -2 4 0 0 -4 0 0 -1 -1 -1 10 13 3 2 4 5 2 1 1 1 5 27 3 5 0 6 5 1 2 5 0.33 1.45 27 S 1 -4 -3 -3 2 -3 -3 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 4 6 0 -5 -4 -4 8 0 0 0 4 0 0 0 0 0 2 0 0 0 20 60 3 0 0 0 1.15 1.45 28 Q -3 -3 0 -1 -1 2 2 -3 8 -3 -3 -2 -2 -1 -5 -2 -2 0 1 -3 1 0 3 3 1 7 14 2 47 1 2 1 1 3 0 2 3 1 5 2 1.19 1.52 29 D -2 -1 0 4 -1 2 5 -4 0 -5 -3 1 -1 -2 -4 -1 -2 -5 -4 -5 3 2 3 22 2 8 38 0 2 0 2 7 2 2 0 4 2 0 0 0 0.77 1.42 30 N -4 -3 8 -2 -5 -3 -3 -3 -3 -4 -5 -3 -4 -5 -5 2 -2 -6 -5 1 0 0 74 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 11 1.66 1.41 31 T -1 -1 -1 -4 -5 0 0 -2 1 -1 -2 -1 0 0 6 -1 -1 -5 0 -2 5 3 3 0 0 4 6 3 3 4 3 4 3 3 42 4 3 0 3 3 0.79 1.94 32 Q 1 -1 -1 0 1 1 2 -2 3 -2 -3 -1 1 2 -2 1 -2 2 1 -1 11 3 3 5 3 7 14 3 7 3 3 3 3 8 3 9 3 3 4 4 0.19 2.00 33 V -2 -6 -6 -6 1 -5 -6 -6 -6 5 1 -5 3 -3 -6 -5 -1 -6 -4 5 3 0 0 0 3 0 0 0 0 34 12 0 8 0 0 0 3 0 0 37 1.12 1.64 34 K -2 0 0 0 -5 3 0 -3 -1 1 1 4 2 -5 -5 -2 0 0 -2 -2 2 3 3 6 0 15 4 2 2 8 12 25 5 0 0 2 5 1 1 3 0.39 1.64 35 A 0 1 1 0 -4 1 0 0 3 0 -1 0 2 -4 -4 0 0 -4 2 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0 0 6 6 0 6 6 0.13 1.67 36 L -1 -4 -5 -5 1 -4 -5 -5 -5 2 5 -4 3 0 -5 -4 -2 -4 -1 1 5 0 0 0 3 0 0 0 0 13 52 0 9 4 0 0 2 0 2 9 0.84 1.27 37 Y -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -1 -1 -1 -4 -3 2 -4 -4 -4 0 9 -3 1 0 0 0 0 0 1 1 0 4 4 0 0 4 0 1 0 0 81 1 2.00 1.21 38 K 0 1 2 2 -4 1 4 -2 0 -3 -4 2 -4 -4 -3 -1 -1 -4 -2 -4 6 7 9 13 0 5 27 2 2 2 1 14 0 0 0 4 3 0 2 1 0.51 1.20 39 S -2 0 1 3 -5 1 4 0 -1 -5 -4 1 -4 -5 -4 0 0 -5 -2 -4 2 5 7 17 0 6 33 7 2 0 2 7 0 0 0 5 5 0 2 0 0.59 1.25 40 Y -3 -4 -3 -3 -1 -4 -3 -2 -1 -1 -1 -3 -1 6 -5 -3 -4 7 5 -2 1 0 1 1 1 0 2 3 1 3 5 2 2 33 0 2 0 14 25 2 1.12 1.24 41 L -2 -2 -3 -5 -4 -4 -4 -2 -1 1 5 -3 2 2 -5 -3 -4 1 1 -1 3 2 2 0 0 0 1 3 1 5 58 1 4 9 0 1 0 2 4 3 0.78 1.32 42 E -1 -2 1 0 -5 0 2 5 -1 -4 -4 1 -4 -3 -4 -1 -1 -5 -5 -4 3 1 8 5 0 3 12 44 2 1 1 11 0 1 0 3 4 0 0 1 0.71 1.44 43 K 0 -1 1 0 -5 1 3 2 1 -5 -4 3 -3 -3 -4 -1 -2 -5 -2 -4 6 2 5 5 0 6 22 19 4 0 1 19 1 1 0 4 2 0 2 1 0.49 1.43 44 P -2 -3 -2 -2 0 -2 -2 -4 -2 -2 -3 -2 -1 -2 7 -2 -1 -4 0 -2 3 1 2 2 2 2 1 1 1 2 2 2 2 2 65 1 3 0 3 2 1.50 1.33 45 L -2 -4 2 -1 3 -3 -3 3 -2 -3 3 -4 2 -1 -4 -2 0 -4 0 -2 3 0 11 4 5 0 1 23 1 0 29 1 6 2 0 2 5 0 3 2 0.44 1.36 46 G -2 -2 0 0 -2 -1 -1 3 0 -2 -4 0 -4 -4 -1 5 -2 -5 -4 -3 2 1 4 4 1 2 4 21 2 2 1 6 0 0 3 43 1 0 0 1 0.64 1.39 47 H -1 -2 -1 1 -3 -1 4 1 7 -4 -4 -1 -3 -4 1 -2 -3 -5 -2 -3 5 1 2 8 1 1 27 10 27 1 1 4 1 1 6 2 1 0 1 1 0.79 1.45 48 K -2 3 -1 -2 -5 1 0 -4 -1 -1 1 5 0 -2 -4 -3 0 -5 -3 -1 3 15 3 1 0 5 5 0 1 3 13 34 3 1 0 1 6 0 1 4 0.53 1.50 49 S 5 0 -2 -4 -1 -3 -1 -3 -4 -2 -4 -3 1 -5 -3 3 0 -5 -4 -1 53 4 2 0 1 0 4 0 0 2 0 0 3 0 1 19 6 0 0 5 0.81 1.52 50 H -4 0 -1 -3 -5 0 1 -4 9 -4 -4 1 -3 -3 -4 -2 -4 -5 -1 -4 0 4 2 0 0 2 11 0 67 1 1 7 0 0 0 2 0 0 1 1 1.84 1.38 51 D -2 1 -2 0 -5 2 5 -4 5 -4 -4 3 -1 -3 -4 -1 -2 -5 -4 -5 3 6 1 4 0 8 36 0 14 1 1 17 1 1 0 4 1 0 0 0 0.81 1.39 52 L -3 -4 -4 -3 -4 -4 -3 -6 0 1 5 -5 2 -1 -5 -5 -3 0 2 -1 1 1 0 1 0 0 2 0 2 7 66 0 4 2 0 0 1 1 8 3 1.00 1.40 53 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 0 6 -5 2 1 -6 -5 -4 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 89 0 3 5 0 0 0 0 0 1 1.56 1.42 54 H -4 -1 -2 -4 -6 -2 -3 -5 10 -6 -6 -3 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -1 -6 0 3 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.96 1.42 55 T -3 -2 -2 -4 -2 -3 -4 -4 -2 -1 -3 -4 -2 -2 -4 -1 7 -5 -3 1 0 1 1 0 1 0 0 0 1 2 1 0 1 1 0 1 78 0 1 10 1.42 1.41 56 H -3 0 0 0 -3 1 1 -3 7 -4 -5 2 -3 -3 -4 1 2 -2 -1 -4 1 5 4 5 1 6 9 2 29 1 0 13 0 1 0 10 11 0 2 1 0.72 1.43 57 W -5 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -6 3 -4 -4 -5 -4 3 -6 -4 -4 2 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 9 0 0 0 2 81 0 2.31 1.39 58 F -2 -1 -1 -3 -3 0 0 -4 5 0 -3 2 -2 1 -3 -1 2 -4 2 2 3 3 3 1 1 4 5 1 14 6 1 13 1 6 1 4 13 0 6 13 0.34 1.39 59 D 0 -2 1 4 -5 -1 0 -3 0 -4 -5 3 -3 -5 4 1 -2 -6 -4 -2 8 1 6 22 0 2 5 2 2 1 0 17 1 0 18 9 1 0 0 3 0.57 1.39 60 K -3 6 -3 -3 -4 0 -2 -3 -1 -3 -4 4 -4 -5 -3 -3 -3 -3 -4 -1 1 54 1 1 0 4 1 1 1 1 1 26 0 0 1 1 0 0 0 6 1.20 1.37 61 S -1 2 0 -1 -5 -1 2 0 -2 -4 -4 2 -3 -4 -1 3 1 -5 -4 -1 3 11 5 2 0 2 15 8 1 1 0 15 0 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