Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G -2 -5 -3 -4 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -4 -2 -4 -5 -5 -6 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.10 1.03 2 F -4 -5 -6 -6 -5 -6 -6 -3 -4 -2 -1 -3 2 9 -6 -5 -5 -2 1 -3 1 0 0 0 0 0 0 2 0 1 3 2 4 84 0 0 0 0 3 1 2.08 1.50 3 D -2 -4 2 6 -5 -3 -2 0 -4 -5 -6 -2 -5 -6 -4 1 3 -6 -5 -5 2 0 9 47 0 1 1 7 0 0 0 2 0 0 0 9 23 0 0 0 1.10 1.52 4 L -3 -5 -4 -6 -4 -4 -5 -5 -5 -1 5 -3 3 5 -5 -4 -4 -3 0 -2 2 0 1 0 0 1 1 1 0 2 51 1 8 28 0 1 0 0 2 1 1.10 1.54 5 N -3 -1 5 3 -6 0 3 -1 -3 -5 -6 0 -3 -6 -2 0 -2 -4 -4 -5 1 3 33 19 0 3 20 5 0 0 0 4 1 0 2 6 2 0 0 0 0.86 1.58 6 D -4 -4 0 8 -6 -1 -1 -3 -4 -4 -5 -1 -4 -6 -3 -3 -3 -7 -6 -4 0 0 2 85 0 2 1 2 0 1 1 3 0 0 1 1 0 0 0 1 1.93 1.56 7 F -3 -5 -5 -4 -5 -1 -4 -6 -3 -2 1 -2 4 7 -4 -4 -4 -1 1 -3 1 0 0 1 0 3 0 0 0 1 14 2 12 57 1 1 0 0 4 1 1.39 1.54 8 L -1 2 -4 -4 -4 -2 -3 -5 -3 0 4 0 4 -2 -4 -3 -3 -4 2 -1 5 10 1 1 0 1 1 0 0 4 47 6 9 1 1 1 1 0 7 3 0.66 1.55 9 E 0 -3 0 4 -4 0 4 -2 -3 -3 -4 2 -2 -6 -4 1 -1 -4 -3 -3 6 1 4 25 0 3 24 3 0 2 1 15 1 0 0 9 4 0 1 1 0.61 1.57 10 Q -2 -2 1 -2 -6 8 -1 -3 1 -3 -4 0 -1 -5 -4 -2 -3 -5 -3 -4 3 0 5 2 0 73 1 2 3 1 1 5 1 0 0 1 0 0 0 0 1.54 1.57 11 L -3 -5 -4 -5 -4 -4 -4 -2 -5 3 4 -4 6 2 -6 -4 -2 0 -3 0 2 0 0 0 0 0 1 4 0 16 37 0 24 7 0 1 2 1 0 4 0.91 1.56 12 R -2 2 1 2 -5 5 2 -1 0 -4 -4 2 -2 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 3 11 7 10 0 26 14 5 2 1 1 12 1 0 1 3 2 0 0 1 0.60 1.54 13 Q -2 -2 0 -1 -5 6 2 -4 -2 -1 -2 0 1 -3 -2 -1 -2 -5 -4 0 2 1 3 3 0 43 15 1 0 3 4 4 4 1 1 3 1 0 0 8 0.79 1.53 14 D 0 -4 1 5 -5 -1 -1 1 -3 0 -3 -3 2 -4 -2 0 -1 -6 -5 -2 9 0 6 38 0 3 3 12 0 6 2 1 5 0 2 6 4 0 0 2 0.61 1.52 15 D -2 -2 -1 4 -6 2 5 -2 -2 -4 -4 1 0 -6 -1 -1 -2 -6 -5 -4 2 1 2 22 0 7 42 3 0 1 1 7 3 0 3 3 1 0 0 1 0.87 1.50 16 K -1 2 1 1 -5 0 1 -2 -1 -4 -5 6 -3 -4 -4 0 -1 -6 -4 -3 4 8 7 7 0 3 7 3 1 0 0 47 1 0 0 7 2 0 0 1 0.78 1.51 17 V 0 1 -1 0 -5 3 2 -3 -1 -2 -3 3 4 -3 -4 -1 -2 -5 -4 -2 8 7 2 4 0 16 14 1 1 3 2 19 12 1 0 5 1 0 0 3 0.47 1.54 18 L -4 -5 -6 -6 -3 -5 -6 -5 -5 3 4 -5 6 4 -4 -4 -3 -4 -2 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 15 36 0 19 18 1 1 1 0 0 7 1.02 1.56 19 V -1 2 0 2 -4 -1 -1 0 -3 -3 -4 6 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -1 5 9 4 10 0 2 2 8 0 1 1 47 0 1 0 2 2 0 0 4 0.72 1.56 20 R -3 6 0 -3 -4 2 -2 -1 2 -3 -4 3 0 -3 -3 -1 -2 -3 -3 -3 1 43 3 1 0 7 1 4 6 2 1 19 3 1 1 3 1 0 1 2 0.88 1.54 21 M -2 -4 -3 -5 -2 1 -4 -6 -1 4 0 -3 6 3 -4 -3 0 2 3 1 2 0 1 0 1 7 1 0 2 21 7 1 20 10 1 1 6 3 10 7 0.65 1.51 22 E -3 0 -3 -2 -3 0 5 -1 -3 1 0 1 5 -4 -5 -3 -2 -5 -4 -1 2 4 1 1 0 3 35 4 0 9 7 10 18 0 0 1 2 0 0 4 0.64 1.51 23 A 5 -3 -3 -5 2 -2 -3 0 -1 -1 -4 0 -4 -2 -4 0 1 -5 1 0 47 0 1 0 4 1 0 6 2 4 0 5 0 2 0 7 11 0 6 6 0.63 1.51 24 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 0 -5 6 -2 -6 -4 -2 -5 -4 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 64 6 0 20 1 0 1 1 0 0 5 1.47 1.45 25 I -3 -5 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -5 6 0 -4 5 2 -6 -2 -2 -5 -2 1 1 0 0 0 2 0 0 0 0 50 7 1 18 8 0 3 1 0 1 8 1.12 1.45 26 N -3 0 3 5 -1 1 0 -1 0 -5 -1 0 -3 -3 -2 1 -3 -6 0 -5 1 5 14 30 1 7 5 5 2 0 6 5 1 1 2 10 1 0 3 0 0.53 1.45 27 S -1 -4 -2 -3 -1 0 -3 0 -4 -5 -4 -2 -4 -3 -4 6 -2 -5 -4 -3 3 0 0 0 1 4 0 7 0 0 1 2 0 1 0 78 0 0 0 2 1.29 1.50 28 M -4 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -4 -1 0 -4 10 -1 -6 -4 -2 -4 0 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 5 0 84 2 0 0 2 0 3 0 2.27 1.59 29 T -2 -4 0 -1 -1 -4 -1 -3 -5 -4 -4 -3 -2 -5 -4 0 7 -1 -5 -3 1 0 3 3 1 0 4 1 0 0 1 1 1 0 0 3 77 1 0 0 1.47 1.72 30 M -1 -1 2 2 -3 -1 0 -4 1 -2 -3 2 -1 -4 5 -2 -2 -6 -2 -2 4 3 9 10 1 2 5 1 3 2 3 14 1 1 31 2 2 0 2 3 0.62 1.76 31 K 1 0 0 -1 -2 2 4 -2 0 -4 -2 3 -1 -3 -3 -2 -2 -1 -1 -3 10 4 4 3 1 9 28 2 2 1 4 19 1 1 1 3 2 1 2 1 0.47 1.69 32 E -2 -3 -3 1 -6 0 7 -1 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -1 -4 -6 -1 -5 3 0 0 7 0 3 77 5 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 3 0 1.55 1.58 33 R -4 7 0 -4 0 -1 -3 -5 -3 -2 1 1 0 -4 -5 -1 -4 -5 -4 -1 0 56 5 0 2 2 0 0 0 2 16 5 2 0 0 4 0 0 0 4 1.07 1.52 34 A -1 1 0 4 -1 0 2 -3 -1 -3 -2 1 -2 -3 -2 0 1 -5 -2 -2 6 9 3 21 1 4 16 1 2 1 3 8 1 1 2 6 10 0 1 2 0.35 1.52 35 K -2 0 6 2 0 0 -1 0 2 -3 -3 1 -2 -2 -4 -1 -2 -5 -1 -3 2 4 39 10 2 4 3 6 4 1 2 9 1 2 0 5 2 0 2 1 0.68 1.53 36 P -1 -3 -4 -2 -1 -2 -2 -3 0 -3 -3 -2 -2 -3 7 -1 -2 -5 -2 -2 5 1 0 3 1 2 2 2 2 2 2 2 1 1 64 4 2 0 1 2 1.50 1.52 37 E -1 1 -1 3 -3 0 3 -1 -1 -3 -2 3 -2 -1 -3 0 -2 -5 -3 -2 4 7 2 14 1 3 17 6 1 1 4 22 1 3 1 6 2 0 1 4 0.37 1.66 38 I -2 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -5 4 3 -1 0 -1 -1 -1 -2 -5 -4 1 3 1 2 2 1 2 3 3 0 26 32 5 2 2 3 5 2 0 0 8 0.52 1.66 39 I -3 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -5 -5 5 3 -4 3 1 -5 -4 -3 -2 -4 0 2 1 1 1 1 1 2 1 0 40 33 1 7 6 0 1 1 0 0 3 0.93 1.67 40 K -1 -1 5 2 -3 1 -1 0 -2 -4 -4 2 -1 -5 -3 1 0 -6 -5 -4 5 3 33 10 1 7 3 6 1 1 1 12 2 0 1 9 5 0 0 1 0.64 1.66 41 G 1 -3 -1 -1 -5 0 1 3 0 -2 -3 -1 -1 -3 4 0 -2 -2 -3 -3 14 1 3 4 0 4 8 21 2 2 2 3 2 1 23 6 1 1 1 1 0.49 1.66 42 S -1 -2 0 -3 -1 -2 -2 0 -2 -4 -5 1 -4 -4 -1 6 0 -5 -4 -4 3 2 3 1 1 2 2 7 1 1 0 7 0 1 3 61 5 0 0 1 0.94 1.66 43 R -1 6 0 -4 1 1 -1 -4 1 -1 -4 0 1 -4 0 0 -3 -5 -4 -1 4 47 4 0 4 4 4 1 4 4 1 4 4 0 5 6 0 0 0 4 0.78 1.40 44 K -1 3 -3 -4 1 0 -1 -4 -3 1 -2 4 1 0 -4 1 -1 -4 0 -1 5 17 0 0 3 4 4 1 0 9 4 23 4 4 0 10 4 0 4 5 0.37 1.40 45 R -1 5 0 -2 -4 1 1 -2 -1 -2 -1 3 0 -3 -4 -2 -1 -4 -2 -2 4 33 3 1 0 6 7 2 2 3 5 20 2 1 0 2 3 0 1 3 0.52 1.08 46 R -3 7 -2 -3 -5 2 -1 -4 -2 -5 -4 3 -3 -5 -3 0 -2 -4 -3 -4 0 70 0 0 0 8 0 0 0 0 0 13 0 0 0 8 0 0 0 0 1.21 0.67 47 I -2 -3 -4 -4 2 -3 -4 -4 -4 6 0 0 -1 -2 -4 -3 -2 3 -3 3 0 0 0 0 5 0 0 0 0 57 5 8 0 0 0 0 0 5 0 17 0.77 0.63 48 A 5 -1 -3 -3 1 -2 -3 -1 -3 -1 -1 -2 1 -4 -3 2 0 -4 -3 -1 57 3 0 0 3 0 0 3 0 4 3 0 3 0 0 16 3 0 0 3 0.59 0.67 49 A 0 2 -1 -2 -1 2 1 -3 -1 -1 0 3 0 -2 -4 -1 -1 -4 -1 -2 9 11 3 2 2 9 11 2 2 4 10 22 2 1 0 4 3 0 2 2 0.25 0.97 50 G 1 2 -2 2 -4 3 2 1 -2 -4 -3 2 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -3 13 13 1 13 0 13 13 13 0 1 1 13 0 0 1 1 1 0 0 1 0.40 0.68 51 S 2 -3 -2 -3 3 -2 -2 0 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 5 2 -4 -3 0 19 0 0 0 6 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 52 10 0 0 7 0.66 0.67 52 G 1 2 -2 -2 -4 -1 2 2 4 -4 -4 2 -3 -4 -3 -1 2 -4 -3 -3 14 14 0 0 0 0 14 14 14 0 0 14 0 0 0 0 14 0 0 0 0.46 0.67 53 M -2 1 -1 -5 1 0 -2 -3 3 -1 -2 2 1 0 -5 -2 2 1 0 3 2 9 2 0 3 3 2 2 7 2 3 13 3 4 0 3 15 2 3 22 0.35 1.56 54 Q -2 -1 -1 2 -5 1 1 -2 0 -2 -3 0 -1 -2 1 2 3 1 -1 -2 3 3 3 10 0 6 9 2 2 2 2 5 2 2 8 16 21 2 2 2 0.31 1.53 55 V -2 -1 -3 -2 -1 -1 2 -4 -2 2 -1 -1 -1 -1 1 -3 -2 -5 -2 4 2 3 1 2 1 2 16 1 1 11 6 4 2 2 6 2 2 0 1 34 0.45 1.72 56 Q 2 1 0 -1 -1 4 1 -2 1 -2 -3 1 0 -2 -2 0 0 -5 -2 -1 16 8 3 3 1 21 8 2 3 2 1 6 2 2 2 8 6 0 1 4 0.32 1.72 57 D -2 -2 -1 5 -6 2 5 -3 -1 -5 -4 -2 -2 -3 -4 -2 -2 -6 -2 -3 3 2 2 27 0 7 44 1 2 0 2 1 1 1 0 2 2 0 1 2 1.01 1.72 58 V -2 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -3 -5 3 0 -5 0 0 -5 -4 -3 -5 -1 6 2 0 0 0 0 0 0 2 0 12 7 0 2 3 0 0 0 0 2 67 1.19 1.54 59 N -2 1 7 0 -5 1 0 -2 -1 -3 -3 0 -1 -4 -4 0 -2 -2 -3 -3 2 6 49 4 0 6 6 2 1 1 3 5 2 1 0 6 2 1 1 2 0.88 1.55 60 R -2 4 0 1 -5 3 3 -3 -2 -3 -2 3 0 -3 -4 -2 -2 -5 -2 -4 4 19 3 6 0 13 19 2 1 2 4 18 2 1 0 2 2 0 1 1 0.53 1.55 61 L -3 -4 -5 -5 -1 -3 -5 -5 -5 0 5 -5 4 2 -5 -4 -3 -4 -1 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 4 64 0 8 9 0 0 2 0 2 5 1.07 1.55 62 L -3 -3 -2 -5 -2 -4 -5 -5 -3 4 5 -4 3 -2 -5 -4 -3 -4 -2 2 1 1 2 0 1 0 0 0 1 20 49 1 6 1 0 0 1 0 1 12 0.88 1.53 63 K -1 0 1 0 -3 0 2 -2 -2 -3 -4 5 -1 -3 -4 1 0 -5 -4 -3 6 3 7 4 1 3 11 2 1 1 1 43 1 1 0 9 5 0 0 2 0.66 1.58 64 Q -2 1 0 1 -1 6 1 -3 -1 -4 -3 0 2 -3 -4 -2 -2 -2 0 -4 2 7 4 7 1 44 9 2 1 1 2 4 4 1 0 2 2 0 4 1 0.83 1.58 65 F -4 -4 -3 -5 -5 -1 -4 -5 4 -2 -1 -4 -1 7 -5 -4 -4 1 5 -3 1 1 1 0 0 3 0 0 10 1 5 0 1 49 0 0 1 1 21 1 1.41 1.57 66 D -2 2 2 1 -5 2 3 -2 -2 -4 -4 3 -1 0 -4 -2 0 -3 -2 -4 2 9 11 7 0 9 22 3 1 1 1 18 2 4 0 2 5 0 2 1 0.48 1.65 67 D -2 1 1 0 -5 5 2 -3 -2 -4 -3 2 3 -4 -4 -1 -1 -2 -3 -3 2 7 7 4 0 30 13 2 1 1 2 12 9 1 0 4 3 1 0 2 0.65 1.67 68 M 1 -1 -5 -6 -5 -1 -5 -4 -5 0 -1 -4 9 2 -5 -1 0 -1 -2 -1 10 3 0 0 0 3 0 1 0 5 4 0 51 8 0 6 6 1 1 2 1.21 1.70 69 Q 2 4 -1 -3 -3 4 -1 -3 -1 -5 -5 4 -3 -6 -4 1 -2 -6 -4 -3 15 20 3 0 0 17 3 1 1 0 1 26 1 0 0 9 1 0 0 2 0.72 1.70 70 R -1 1 0 -1 -6 2 -1 -1 -4 -4 -4 6 -2 -6 -3 -1 0 -6 -5 -3 5 5 4 4 0 9 3 5 0 1 1 50 1 0 1 4 6 0 0 1 0.84 1.70 71 M -2 -3 -3 -6 -5 -1 -4 -5 -5 0 1 -1 9 0 -6 -4 -1 -5 -3 1 3 1 1 0 0 2 0 0 0 4 13 3 56 3 0 0 3 0 0 7 1.38 1.69 72 M 0 -5 -5 -6 -2 -4 -5 -5 -2 1 0 -5 9 1 -5 -2 -1 1 -4 1 8 0 0 0 1 0 0 0 1 5 4 0 60 6 0 3 3 2 0 8 1.52 1.67 73 K -3 1 0 -3 -6 2 -2 1 -3 -6 -5 6 -3 -5 -4 1 -3 -6 -4 -5 1 5 3 1 0 10 1 9 0 0 0 58 0 0 0 8 1 0 0 0 1.10 1.67 74 K -1 2 0 -3 -6 5 -1 -1 -2 -5 -4 4 3 -5 -4 -1 -1 -6 -4 -4 6 8 5 1 0 26 2 5 1 0 1 30 7 0 0 5 3 0 0 1 0.75 1.66 75 M -3 -5 -6 -6 -5 -4 -5 -5 -5 2 2 -5 9 3 -6 -4 -3 -2 -3 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 9 16 0 52 13 0 1 1 1 0 6 1.47 1.62 76 K -2 2 -2 -3 -5 3 -2 -4 -3 -5 -5 5 -4 -6 -4 5 -2 -5 -4 -5 0 8 0 0 0 15 0 0 0 0 0 35 0 0 0 42 0 0 0 0 1.06 1.30 K Lambda Standard Ungapped 0.1354 0.3225 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1830 0.3176 PSI Gapped 0.0560 0.2670