Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 H -4 -2 -3 -3 -6 8 -1 -5 4 -6 -5 -1 -3 -6 -4 -3 -4 -5 -4 -5 0 0 0 0 0 90 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.07 1.30 2 R -4 4 -2 -4 -6 0 -2 -5 1 -5 -3 7 -4 -6 -3 -3 -3 -6 -5 -3 0 22 1 0 0 3 0 0 3 0 3 65 0 0 1 1 1 0 0 2 1.40 1.49 3 Q -3 2 2 -2 -6 7 2 -5 -1 -4 -3 1 -1 -6 -4 -2 -1 -3 -2 -3 2 8 8 2 0 50 9 0 1 1 3 7 1 0 0 2 4 0 1 1 1.01 1.57 4 A 0 -3 -5 -6 -4 0 -3 -6 -5 3 1 -4 8 -1 -5 -2 -1 -5 -1 1 8 1 0 0 0 5 1 0 0 14 10 1 42 2 0 2 4 0 2 9 1.00 1.55 5 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 3 6 -5 2 0 -6 -4 -4 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 73 0 3 3 0 1 0 0 0 4 1.34 1.56 6 G -2 -3 -2 -2 -6 -5 -4 7 -1 -7 -7 -3 -6 -6 -5 -3 -4 -6 -6 -5 2 2 1 2 0 0 1 89 2 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 1 1.97 1.64 7 E -4 -3 1 2 -7 0 7 -3 -2 -6 -6 -1 -3 -7 -4 -3 -3 -6 -5 -4 1 0 5 8 0 2 77 2 1 0 0 2 1 0 0 1 1 0 0 1 1.60 1.68 8 R -1 6 -2 -3 -3 2 -1 -4 2 -3 -2 1 0 -3 -3 -1 -2 0 -1 -2 5 43 2 1 0 10 3 1 4 1 5 6 2 1 1 4 3 1 2 2 0.73 1.71 9 L -4 -3 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 3 6 -5 0 -2 -4 -5 -4 -5 -4 -1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 13 73 0 1 1 1 0 0 0 0 3 1.26 1.68 10 Y -5 -5 -5 -6 -2 -4 -5 -6 0 -3 -3 -5 -1 5 -4 -1 -5 -2 8 -3 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 1 0 1 23 1 5 0 0 57 1 1.67 1.71 11 P -1 -2 -2 -3 -6 -2 -1 -4 0 -3 -4 -2 1 -3 7 0 -2 -6 -3 -4 5 2 1 1 0 2 4 1 2 1 1 2 3 1 57 7 2 0 1 1 1.25 1.71 12 R -3 1 -4 -6 -5 -2 -3 -6 -2 0 5 3 1 -2 -6 -4 -3 -1 -2 -2 2 7 1 0 0 2 1 0 1 4 50 16 2 1 0 1 1 1 2 2 0.67 1.77 13 V -4 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 0 -5 0 -4 -6 -5 -2 -6 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 39 4 0 2 0 0 0 2 0 0 45 1.27 1.74 14 Q -1 0 -1 1 -3 4 3 -3 3 -5 -4 0 0 -1 -3 0 -3 -5 3 -2 5 5 2 7 1 16 18 2 6 0 1 5 2 2 1 6 1 0 9 3 0.35 1.90 15 A 2 2 0 -2 0 3 1 -2 0 -3 -3 1 -1 -6 -1 0 -1 -6 -3 -3 18 12 5 2 2 11 9 3 2 1 2 8 2 0 4 6 3 0 1 2 0.24 1.89 16 M -2 -1 -3 -4 -5 1 -3 -5 1 3 3 -1 4 -2 -4 -2 -1 -5 -2 1 3 3 1 1 0 6 1 1 4 18 25 3 9 1 1 4 4 0 1 7 0.37 1.87 17 Q -2 -1 0 0 -1 2 3 -2 5 -5 -4 -1 -5 -2 -5 -3 -1 -4 4 -2 3 3 4 4 2 9 23 3 15 0 1 3 0 1 0 1 4 0 15 2 0.56 1.81 18 P -1 -2 0 -2 2 -2 -2 -3 2 -3 -3 -2 -2 -3 7 0 -2 -6 -5 -3 4 2 4 2 4 1 2 2 5 1 2 3 1 1 48 7 2 0 0 1 0.98 1.82 19 A 0 -2 2 3 -6 1 3 -2 1 -3 -3 -1 -5 -2 -2 0 1 -6 -2 -1 9 2 9 16 0 6 18 2 3 2 2 2 0 2 2 5 7 0 1 4 0.26 1.78 20 F -3 -2 1 0 -1 -1 -3 -4 4 -2 3 -1 1 2 -3 -2 -1 1 0 -1 2 2 6 6 1 2 1 1 9 2 29 4 4 7 1 2 4 2 3 4 0.25 1.75 21 A 6 -4 -4 -5 2 -1 -4 -4 -5 -4 -4 -4 0 -5 -1 0 1 -5 -5 0 59 0 0 0 4 3 0 0 0 0 0 0 3 0 3 5 10 0 0 6 0.90 1.73 22 S 3 -2 0 -1 -5 -2 -2 4 -1 -5 -6 -2 -5 -2 2 0 -2 0 -2 -3 21 2 4 3 0 1 2 34 1 0 0 2 0 2 11 5 2 1 2 2 0.55 1.75 23 K -4 1 0 -2 -6 0 0 -4 0 -5 -5 7 -1 -6 -4 -2 -3 -6 -4 -5 0 5 3 2 0 2 5 0 2 0 0 70 2 0 0 1 0 0 0 0 1.21 1.33 24 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 1 -5 2 -3 -1 -5 -3 -5 -4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 9 0 5 0 4 0 0 0 0 24 1.03 1.33 25 T 1 -2 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 2 -2 2 4 -3 -3 2 2 -4 -3 -1 14 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 14 14 0 0 14 14 0 0 0 0.23 0.67 26 G 2 -2 0 -1 0 -3 -2 5 -4 1 -4 -3 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -5 -1 16 2 4 2 2 0 2 45 0 9 0 0 0 0 0 4 0 0 0 3 0.58 0.97 27 M -3 0 0 -4 -4 0 -3 -5 1 1 0 0 7 -3 0 -3 0 -4 -3 0 0 4 4 0 0 4 0 0 4 9 6 7 38 0 5 0 6 0 0 4 0.58 1.06 28 L -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 1 4 -4 3 3 -4 0 1 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 40 0 6 11 0 8 8 0 0 7 0.45 1.00 29 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 1 5 -4 2 1 -4 -4 1 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 63 0 4 4 0 0 8 0 0 5 0.85 1.08 30 E -1 1 0 4 -5 2 5 -1 1 -5 -4 0 -4 -5 -3 -1 -3 -4 -4 -4 6 6 3 21 0 9 35 5 3 0 1 4 0 0 0 4 1 0 0 1 0.67 1.04 31 L 0 1 -4 -4 -4 1 0 -4 3 1 0 1 3 1 -4 0 0 -4 2 0 7 7 0 0 0 7 7 0 7 7 7 7 7 7 0 7 7 0 7 7 0.22 1.45 32 S -1 -4 1 5 -6 0 1 0 1 -6 -6 -1 -5 -6 3 1 -1 -7 -5 -5 4 0 7 37 0 5 7 6 3 0 0 4 0 0 15 9 4 0 0 0 0.79 1.48 33 P 1 -1 4 0 -5 1 -1 -2 0 -1 -2 -1 0 -5 4 -1 1 -6 -5 -1 11 3 20 6 0 6 3 2 2 4 4 3 2 0 17 4 8 0 0 4 0.38 1.45 34 A 0 -2 -1 0 -1 1 1 -1 1 -1 -3 1 -1 -5 1 3 2 -5 -1 -1 9 2 3 4 1 5 8 5 4 3 2 7 1 0 7 21 11 0 3 4 0.22 1.57 35 Q -2 -1 -1 2 -6 3 6 -3 1 -5 -4 -1 -2 -3 -4 -2 -3 -5 0 -2 3 2 3 10 0 12 50 1 3 0 2 2 1 1 0 2 1 0 3 3 0.90 1.63 36 L -1 -2 -3 -6 -1 -3 -5 -4 -2 2 5 -5 0 0 -3 -3 -2 0 -4 3 5 3 1 0 2 1 0 1 1 12 48 0 1 3 1 1 2 1 0 16 0.71 1.62 37 L -2 -1 -2 -5 -5 -2 -1 -4 -2 1 5 -2 2 1 -2 -2 -2 0 0 0 3 3 3 0 0 2 4 1 1 7 47 2 4 6 2 3 2 1 3 6 0.53 1.65 38 L -1 0 1 -2 1 2 0 -3 6 -3 0 0 1 -1 -2 0 0 -5 0 -1 5 5 7 1 3 7 7 2 20 1 9 5 4 3 2 6 6 0 3 4 0.35 1.65 39 L -3 1 -4 -4 4 -3 -4 -4 -3 1 0 -3 3 2 -4 0 1 5 3 1 1 9 0 0 8 0 1 1 0 9 9 0 9 9 0 9 9 8 9 9 0.44 1.12 40 L -1 -4 -4 -5 3 -4 -4 -4 -4 2 3 -4 4 1 0 -3 1 4 1 1 5 0 0 0 7 0 1 1 0 11 26 0 9 5 6 1 8 6 4 8 0.48 1.12 41 A 0 -1 2 1 0 2 4 -2 0 -4 -2 0 0 -1 -4 0 -1 -4 -1 -1 7 3 10 7 2 8 26 3 2 0 5 5 2 3 0 6 3 0 2 5 0.30 1.34 42 S -2 0 2 4 0 -1 -1 -4 0 -4 -3 -2 -4 -2 -1 4 1 -5 -1 -1 2 5 8 22 2 2 2 1 2 0 2 2 0 2 4 31 6 0 2 5 0.50 1.42 43 E -2 -1 -1 1 -4 0 2 -3 0 -3 -1 -1 -1 -2 5 -1 1 -5 -4 -3 4 4 3 9 0 4 12 2 3 2 7 4 1 2 27 4 10 0 0 2 0.46 1.46 44 D 0 -1 1 3 0 0 4 -2 0 -3 -4 -1 -1 -3 0 -1 -2 -5 -4 -2 8 3 7 16 2 3 32 4 2 1 2 3 2 2 5 3 2 0 0 3 0.49 1.56 45 S 4 -2 -2 -2 -1 0 -1 -3 0 -3 1 0 1 -2 -4 2 -1 -5 -1 -2 30 2 2 2 1 5 4 1 3 0 14 5 4 2 0 17 4 0 2 2 0.34 1.47 46 L -4 -2 -5 -5 0 -4 -5 -5 -5 0 6 -5 1 2 -1 -5 -4 -4 -3 -2 1 2 0 0 2 0 0 1 0 3 75 0 3 7 3 0 0 0 0 0 1.20 1.47 47 R -1 4 1 0 0 0 0 -2 3 -3 -3 4 -2 -5 -4 0 -1 -5 -1 -3 5 21 7 4 2 4 5 2 7 1 3 23 1 0 0 6 3 0 2 2 0.47 1.51 48 A 3 -2 0 0 -2 2 1 -2 -1 -1 -2 0 -1 -5 -2 2 0 -1 -4 -2 25 1 4 4 1 8 9 3 1 5 3 5 1 0 2 17 5 1 0 2 0.30 1.55 49 R -1 3 -2 -4 -5 1 -2 -3 2 -5 -4 6 0 -5 -4 -3 -3 1 -3 -4 4 13 2 0 0 6 1 1 4 0 1 58 2 0 0 1 1 2 1 1 1.11 1.56 50 V -1 -6 -6 -4 -2 -5 -6 -6 -6 3 -1 -5 -1 0 -6 -3 -2 -6 -2 6 5 0 0 1 1 0 0 0 0 17 4 0 1 3 0 1 1 0 1 65 1.22 1.56 51 D 0 -2 2 4 -6 2 3 -3 1 -4 -6 1 -3 -4 -5 -1 0 -2 -3 -3 9 2 10 25 0 9 20 1 3 1 0 8 1 1 0 3 5 1 1 2 0.60 1.57 52 E -2 -2 -1 0 -6 2 7 -2 -3 -6 -4 0 -3 -6 -4 -3 -2 -6 -5 -5 3 1 3 3 0 7 72 2 0 0 1 5 1 0 0 0 1 0 0 0 1.39 1.54 53 A 7 -5 -5 -5 2 -4 -4 -2 -5 -3 -4 -4 -4 -2 -3 -2 -2 -6 -5 -2 88 0 0 0 4 0 0 2 0 1 0 0 0 2 1 0 1 0 0 1 1.52 1.49 54 M -1 -3 -3 -6 -4 0 -3 -6 -2 2 3 -3 5 2 -5 -2 -3 -5 0 3 4 1 2 0 0 4 1 0 1 12 22 1 16 7 0 4 1 0 3 21 0.58 1.47 55 E 3 0 0 2 1 2 3 -2 -1 -3 -4 0 -3 -6 -4 0 0 -6 -5 -2 25 4 4 11 3 8 20 2 1 1 1 5 0 0 0 7 6 0 0 2 0.44 1.47 56 L 0 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -6 2 1 -5 1 -2 -5 -1 -2 -6 -4 6 9 0 0 0 0 0 0 0 0 10 12 0 3 1 0 4 2 0 0 60 1.03 1.39 57 I -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -5 2 6 -5 1 -1 -6 -5 -4 -4 0 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 84 0 2 2 0 0 0 0 3 0 1.44 1.34 58 I -3 3 0 -2 -2 5 1 -5 1 -4 -1 3 2 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -3 1 13 5 1 1 29 9 0 3 1 7 19 6 0 1 1 1 0 0 2 0.66 1.31 59 A 3 1 0 -1 -4 2 4 -3 -2 -5 -5 -1 -2 -3 -4 2 0 -5 -4 -3 24 6 3 3 0 10 25 1 1 0 0 2 1 2 0 18 4 0 0 2 0.54 1.24 60 H -2 -2 -1 -2 -5 0 -2 -5 10 -5 -5 -3 -4 -2 -5 -2 -4 3 4 -5 3 1 2 1 0 3 2 0 65 0 0 0 0 1 0 1 0 4 16 0 1.79 1.09 61 G 2 -3 3 -2 -4 -3 -3 5 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 2 -2 -5 -4 -4 20 0 19 0 0 0 0 44 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0.90 0.82 K Lambda Standard Ungapped 0.1347 0.3222 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1895 0.3179 PSI Gapped 0.0580 0.2670