Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 1 1 -5 10 -3 -6 -5 -4 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 6 0 85 0 0 0 0 0 0 4 2.22 1.39 2 E -3 -2 -2 -1 -7 3 7 -5 -2 -4 -5 1 -5 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -4 1 1 1 2 0 12 72 0 0 1 1 6 0 0 0 0 1 0 0 1 1.49 1.59 3 A 5 -5 -4 -6 -3 -4 -4 -4 -4 0 -3 -5 -3 -2 -3 -1 0 -4 -1 4 51 0 0 0 0 0 0 0 0 4 1 0 0 2 1 3 5 0 2 30 0.96 1.71 4 K -3 4 -3 -4 -6 2 -2 -5 -2 -1 -4 5 -1 -1 -5 -1 -1 -5 2 -1 1 21 1 0 0 9 1 0 1 4 1 36 1 3 0 5 4 0 6 5 0.75 1.74 5 A 7 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -2 -4 -5 -4 -4 -4 -4 0 -2 -6 -2 -1 86 1 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 4 2 0 1 3 1.55 1.76 6 I -3 0 -3 -5 -1 0 -3 -5 1 3 1 3 1 -2 -4 -1 1 -4 0 3 1 5 1 0 2 4 2 0 3 14 10 15 3 2 0 5 9 0 3 19 0.36 1.77 7 A 3 -2 -3 -5 -3 -1 -4 2 3 -2 3 -2 -2 -3 -5 0 -1 -2 -2 0 28 2 1 0 0 2 0 13 6 2 25 2 1 1 0 5 4 1 1 5 0.43 1.76 8 R -4 6 1 -4 -5 0 -2 -5 -2 -5 -5 5 -3 -5 -5 -1 -2 -2 -3 -4 1 39 7 0 0 4 1 0 1 0 1 37 1 0 0 5 2 1 1 1 1.16 1.78 9 Y -2 -2 4 0 -4 0 -1 -1 4 -4 -4 -3 1 2 -4 -2 -1 -2 5 -4 3 2 22 6 0 4 3 6 9 1 1 1 3 9 1 3 3 0 21 1 0.66 1.76 10 V 1 -6 -5 -6 0 -1 -5 -5 -6 5 2 -5 0 -1 -6 -4 -2 -6 -3 4 12 0 0 0 2 3 0 0 0 34 17 0 2 2 0 1 2 0 1 23 0.83 1.75 11 R -4 7 -3 -4 -2 -2 -3 -3 1 -4 -4 2 -3 -5 3 -1 -3 -2 -4 -5 1 54 1 1 1 1 0 2 4 1 2 12 1 0 14 4 1 1 0 0 1.19 1.77 12 I -2 -5 -4 -5 -2 -2 -5 -2 -1 5 0 -5 5 -2 -6 0 1 -5 1 3 2 0 0 0 1 2 0 3 1 28 6 0 15 1 0 7 8 0 5 19 0.69 1.76 13 S 0 -3 -3 -3 -4 -2 -4 -2 -1 -6 -6 -3 -5 -6 -2 7 0 -6 -3 -5 6 1 0 1 0 1 0 2 2 0 0 1 0 0 1 82 4 0 1 0 1.50 1.75 14 P 2 -3 -4 -4 -4 -3 -4 -5 0 -3 -4 -3 -1 -1 7 -2 -2 -1 -3 0 16 1 0 0 0 1 0 0 2 1 1 1 2 3 57 2 2 1 1 6 1.39 1.75 15 R -4 5 -1 -2 -5 3 -3 -5 2 -3 -3 4 0 -1 -5 -2 -1 0 -2 -5 1 30 2 2 0 14 0 0 5 2 2 24 2 3 0 3 5 1 1 0 0.78 1.76 16 K -4 0 -1 -2 -7 -2 -2 -5 0 -5 -5 8 -5 -5 -5 -4 -4 -6 -3 -4 1 2 2 2 0 0 0 0 2 0 1 87 0 0 0 0 0 0 1 1 1.82 1.75 17 V 4 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -4 -4 0 2 -5 5 -3 -5 -2 0 -6 -3 3 32 0 0 0 1 0 0 1 0 4 18 0 14 1 0 2 6 0 0 19 0.74 1.77 18 R -2 7 2 -3 -1 0 -3 -3 -1 -3 -4 0 -3 -6 -6 -3 -2 3 -1 -3 4 58 11 1 1 3 1 2 1 1 1 3 1 0 0 1 3 4 2 2 1.15 1.80 19 L -3 4 -2 -3 -4 -1 0 -6 -1 0 4 -1 2 -1 -1 -4 -4 -5 0 -1 1 20 2 1 0 2 7 0 1 5 37 3 5 2 4 1 0 0 4 3 0.55 1.79 20 V -1 -6 -6 -6 -3 -6 -5 -7 -6 3 1 -6 -1 -2 -4 -4 -2 1 -3 6 4 0 0 0 0 0 0 0 0 13 10 0 1 1 1 1 2 2 0 64 1.23 1.79 21 V 4 -6 -3 -6 5 -5 -5 -3 -6 3 1 -5 -1 -2 -5 -3 -1 -6 -5 2 38 0 1 0 10 0 0 2 0 15 14 0 1 2 0 1 4 0 0 11 0.76 1.79 22 D -2 2 3 6 -3 1 -1 -1 0 -6 -7 0 -3 -5 -3 -2 -3 -2 -4 -5 3 12 13 45 1 5 3 5 2 0 0 5 1 0 1 2 1 1 1 0 0.95 1.83 23 L 0 -2 -3 -4 -2 5 0 -5 -3 -2 4 -3 3 -1 -6 -2 -2 -5 -3 -1 7 1 1 0 1 23 5 0 0 2 39 1 6 3 0 2 2 0 0 4 0.66 1.82 24 I -3 -6 -7 -7 -5 -6 -7 -7 -7 7 0 -6 1 -2 -6 -6 -2 -6 -5 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 62 5 0 3 1 0 0 2 0 0 25 1.53 1.81 25 R -3 8 -2 -4 -2 0 -3 -5 -2 -5 -5 2 -3 -6 -3 -2 -4 -2 -4 -4 2 74 2 0 1 3 0 1 1 0 0 8 0 0 1 2 1 1 0 1 1.68 1.90 26 G -4 0 1 -3 -3 -3 -2 7 -2 -7 -6 -1 -6 -6 -5 -3 -4 -2 -2 -7 0 5 5 1 1 1 3 76 1 0 0 3 0 0 0 1 1 1 2 0 1.59 1.90 27 K -4 3 -4 -4 -1 1 -2 -6 -1 -3 1 5 6 -4 -5 -4 -4 -2 -3 -3 0 12 0 0 2 7 2 0 2 1 11 39 17 0 0 0 1 1 1 1 0.88 1.92 28 S -3 0 2 2 -4 0 -1 -3 2 -6 -4 2 -3 -4 3 3 1 -3 -2 -5 1 5 7 12 0 3 3 2 4 0 2 12 1 1 13 21 7 0 2 0 0.41 1.92 29 L 1 -6 -6 -6 -1 -5 -6 -5 -2 1 1 -6 -3 -2 -3 -4 -2 2 4 5 12 0 0 0 1 0 0 1 1 7 11 0 0 1 1 1 2 3 14 39 0.74 1.90 30 E 0 -1 1 4 -6 0 4 -1 -2 -3 -3 0 -3 -4 -3 0 -1 -6 -3 -2 7 3 5 18 0 4 26 6 1 2 2 5 1 1 1 7 3 0 1 2 0.39 1.94 31 E -2 0 -2 3 -3 1 5 -4 -1 -4 -3 1 -3 -3 -4 -2 0 -2 -1 -3 2 6 1 15 1 6 34 1 2 1 3 9 1 1 1 2 6 1 2 2 0.54 1.94 32 A 7 -3 -5 -5 -1 -4 -4 -2 -5 -3 -5 -4 -1 -6 -1 -1 -1 -6 -5 -3 78 1 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 2 0 3 2 4 0 0 1 1.33 1.90 33 R -3 -1 -4 -4 -2 -1 -2 -7 -3 3 4 -2 2 1 -3 -4 -3 -1 -1 0 1 3 1 1 1 3 3 0 1 16 40 3 4 5 1 1 2 1 2 5 0.55 2.02 34 N 3 -1 1 0 -5 0 -1 -1 -1 -1 -2 0 2 -3 -1 -1 1 -1 -2 -1 22 4 8 6 0 3 5 6 1 3 4 5 6 1 3 4 8 1 1 4 0.12 1.89 35 I -2 -3 -2 -2 1 3 -2 -4 -1 5 -1 -2 0 1 -5 -2 0 0 0 0 2 2 2 2 3 14 2 1 2 30 6 2 2 7 0 2 5 1 4 6 0.40 1.84 36 L -2 -5 -6 -6 1 -5 -5 -6 -5 0 6 -5 2 0 -2 -5 -4 -4 -1 -1 3 0 0 0 3 0 0 0 0 3 66 0 5 3 3 0 0 0 2 3 1.02 1.78 37 R -1 2 1 -1 0 2 2 -2 1 -3 -3 2 1 -5 -2 0 -1 -5 -1 -3 5 9 5 4 2 10 15 3 3 2 3 12 4 0 2 7 4 0 2 2 0.20 2.04 38 Y -3 0 1 -3 -1 -2 -3 -3 2 -2 -1 -3 -1 6 -3 -1 -2 1 3 -2 2 5 7 2 2 2 2 2 4 3 6 2 2 33 2 4 2 2 8 3 0.55 2.04 39 T -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 -5 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 0 0 6 6 0 5 6 0.07 1.89 40 N -2 -1 1 -1 1 0 -1 -2 2 -2 -3 1 0 -5 6 -1 -1 -6 -1 -2 3 4 7 3 3 5 3 3 4 3 3 8 3 0 31 4 4 0 3 3 0.49 2.01 41 K -2 2 0 -1 -5 0 -1 -2 1 -2 -2 5 0 -1 -1 -1 -1 -5 0 -2 3 8 4 3 0 4 3 3 3 3 4 35 3 3 3 3 3 0 4 3 0.41 2.01 42 R -1 3 -2 -2 -6 -1 -1 -2 0 -3 -3 5 -1 -2 -1 -1 -2 1 -1 -3 6 16 2 3 0 3 4 4 3 2 2 33 2 2 3 4 2 2 2 2 0.46 2.04 43 G 3 0 -1 -2 0 0 -2 0 0 -1 -3 0 0 -1 1 0 -2 2 -1 -2 24 6 3 2 2 4 2 7 2 3 3 6 3 2 7 7 3 2 2 3 0.14 1.98 44 A 0 1 1 -4 3 1 -4 0 3 0 -1 0 2 1 -5 0 0 -5 -4 0 6 6 6 0 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 0 0 6 0.12 1.67 45 Y -2 3 -2 0 2 1 2 -1 0 -1 -3 2 -1 -2 0 -1 -1 -5 1 -1 4 15 2 4 4 6 12 4 2 4 3 10 1 2 4 5 3 0 5 4 0.13 1.85 46 F -1 -1 -2 0 -1 -2 -1 -3 -1 2 0 -2 0 -1 3 -2 -1 1 0 1 6 4 2 6 1 2 4 2 2 12 9 2 2 3 15 2 4 2 3 10 0.14 1.84 47 V 0 -4 1 -4 -4 -4 -4 -4 -4 1 0 -4 3 2 1 0 1 5 2 0 8 0 7 0 0 0 0 1 0 8 8 0 7 7 8 8 8 7 7 8 0.25 1.34 48 A -1 0 -2 -2 -1 -1 1 -2 0 -1 2 2 2 1 -2 -1 -2 1 1 -2 5 6 2 2 2 2 8 3 2 4 17 13 5 6 2 5 2 2 4 3 0.09 1.90 49 K -1 0 0 0 -5 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.12 50 V -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0 5 5 0.05 2.01 51 L 1 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -3 2 1 -3 4 3 -4 -3 1 -3 3 1 11 1 0 1 0 0 1 1 0 11 11 1 10 10 1 1 11 0 10 11 0.27 0.90 52 E -1 0 2 -1 1 1 0 -2 1 -1 0 2 0 -1 -1 -1 -1 2 1 -2 5 4 10 3 2 5 7 3 4 3 9 13 3 3 3 3 4 2 5 3 0.06 1.55 53 S 0 -2 0 -2 -4 -1 0 0 0 -2 -3 -1 -1 -2 -4 5 -1 1 -1 -3 5 2 5 2 0 2 6 6 2 2 3 3 2 2 0 44 2 2 2 2 0.47 1.74 54 A 6 -1 -4 -4 1 -4 -4 1 -4 -2 -2 -1 -4 -5 -4 -1 0 -5 -5 -1 57 3 0 0 2 0 0 9 0 3 4 3 0 0 0 4 4 0 0 3 0.74 1.59 55 A 0 0 -1 -5 1 1 0 -2 0 2 0 0 3 -1 -1 -2 -2 2 0 0 9 5 3 0 2 7 7 3 2 10 8 7 6 3 3 3 3 2 3 7 0.07 2.06 56 A -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 -4 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.01 57 N 0 -1 5 0 -5 0 -1 -2 2 -1 -1 -1 3 -5 -5 -1 -1 -5 -4 -1 9 4 29 4 0 4 4 4 5 4 6 3 8 0 0 4 3 0 0 4 0.41 1.84 58 A 5 -2 -2 -2 0 -2 -4 -1 0 -2 -1 -1 -1 -2 -5 -2 -2 4 -1 -2 50 2 2 2 2 2 0 3 2 2 6 4 2 2 0 2 3 5 2 2 0.60 1.96 59 V 0 1 -1 -1 -2 1 3 -3 -1 1 -1 1 0 -3 -5 0 -1 -1 -2 1 9 6 3 3 1 6 17 2 1 7 6 8 2 1 0 6 3 1 1 11 0.13 1.99 60 N -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0 5 5 0.05 2.01 61 N -3 0 6 -1 -6 0 -1 -2 0 -2 -2 3 -1 -2 -3 -1 -1 -6 -1 -3 2 4 34 3 0 3 4 3 2 2 4 19 2 2 2 3 4 0 3 2 0.59 2.13 62 H -1 0 1 0 -1 -1 1 -1 5 -3 -1 1 1 1 -1 -1 -2 0 2 -3 5 5 7 6 1 2 9 6 11 2 7 8 4 5 3 4 2 1 6 2 0.15 2.06 63 D -2 -2 3 2 -1 0 -1 5 0 -4 -4 0 -2 -2 -3 -1 -3 0 -2 -4 3 2 12 10 1 5 5 35 2 1 1 5 1 2 2 4 2 1 2 2 0.50 2.18 64 A 0 -2 -2 -3 -2 -1 -3 -3 -2 0 3 -3 4 2 -3 -1 -3 -1 -1 2 8 2 2 2 1 3 2 2 1 5 27 2 10 8 1 5 1 1 2 12 0.32 2.21 65 L -2 -1 2 4 1 -1 2 -2 1 0 -3 0 0 -1 -1 0 -2 -6 -1 -2 3 3 9 21 2 3 11 3 3 5 3 6 2 3 3 6 3 0 3 3 0.23 2.14 66 E 0 1 0 -1 1 -1 2 -2 1 -1 -2 2 0 -1 1 -1 -1 -6 -1 0 9 8 4 4 3 3 12 4 3 4 3 10 3 3 8 4 4 0 3 6 0.07 2.13 67 D -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 -4 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.01 68 R -2 0 3 2 -5 0 1 -2 1 -3 -1 2 -1 -3 -2 0 0 -5 -2 -3 3 5 14 13 0 4 9 3 3 2 7 10 2 1 2 8 5 0 2 2 0.17 1.62 69 L -2 -4 -4 -5 1 -4 -4 -4 -4 0 4 -4 2 1 2 -1 -1 -4 0 -1 4 0 0 1 3 0 1 1 0 3 42 1 5 5 11 5 4 0 3 4 0.47 1.37 70 Y -1 -1 -1 -1 1 0 -2 -2 2 0 -2 0 0 1 1 -2 -1 2 2 2 4 4 3 3 3 4 3 3 5 4 4 5 3 5 8 3 4 3 7 15 0.05 1.44 71 V 1 2 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -3 2 1 -2 -2 3 -3 -2 2 -3 -2 1 12 12 0 1 0 0 1 1 0 12 12 1 0 12 1 1 12 0 0 12 0.17 0.79 72 K 2 -1 -1 -1 0 -1 0 -2 1 -2 -2 2 -1 -2 -2 2 0 1 0 0 14 3 2 3 2 3 5 3 3 2 5 14 2 2 2 13 5 2 3 6 0.07 1.69 73 A -1 -1 -1 0 0 1 4 -3 4 -2 -2 1 0 -2 -4 0 0 1 -1 -2 4 3 2 4 2 5 22 2 9 2 4 8 2 2 0 6 7 2 2 2 0.23 1.69 74 A 3 -4 -4 -5 3 -4 -4 -2 -5 4 -1 -4 0 0 -4 1 -1 -5 -4 2 24 0 0 0 5 0 0 3 0 21 6 0 2 4 0 9 3 0 0 13 0.41 1.55 75 Y -2 0 -1 -2 0 1 1 -3 0 -1 -2 -1 0 4 -5 -1 0 3 4 -1 3 5 3 2 2 7 8 2 2 4 3 3 2 17 0 5 6 4 12 3 0.26 1.66 76 V 2 -5 -4 -5 0 -4 -4 -3 -5 1 -1 -4 0 -4 -2 0 -1 -5 -4 5 17 0 0 0 2 0 0 2 0 7 4 0 2 0 2 6 3 0 0 45 0.65 1.57 77 D -3 -2 4 5 -2 -1 -1 2 0 -3 -4 -2 -2 -3 -4 0 0 -5 -3 -4 1 2 19 29 1 2 3 15 2 2 2 1 1 1 0 5 5 0 1 1 0.58 1.65 78 E -2 1 -1 -1 -2 3 3 0 -1 -4 -4 4 0 -6 -1 -1 -2 -6 -5 -3 3 8 3 2 1 12 21 8 1 1 1 27 2 0 4 3 2 0 0 1 0.57 1.69 79 G 1 -4 -2 -2 -1 -3 -4 7 -2 -6 -5 -3 -5 -6 -3 0 -4 0 -5 -5 10 1 1 2 1 1 1 69 1 0 1 1 0 0 1 6 0 1 0 0 1.35 1.67 80 P -1 0 1 0 -6 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 0 0 -5 1 0 6 6 6 6 0 6 6 6 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