Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -4 -4 3 6 -7 -2 5 -5 -3 -6 -7 -3 -6 -7 -5 -3 -4 -7 -6 -6 0 0 13 47 0 0 41 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.59 1.61 2 C -4 -7 -6 -7 12 -6 -7 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -6 -6 -4 -2 -6 -6 -4 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 3.57 1.71 3 Y -2 -3 -5 -6 -5 -1 -4 -5 -2 1 -2 -4 1 4 -6 -3 -4 1 8 0 3 1 0 0 0 3 1 0 0 8 3 1 3 16 0 2 1 1 50 6 1.34 1.78 4 H -3 1 2 0 -5 1 1 -5 2 -3 -1 0 -1 -2 -3 0 2 4 0 1 2 7 9 5 0 6 9 0 5 1 5 5 1 1 1 6 15 6 3 9 0.27 1.79 5 G -2 -4 -1 3 1 -1 0 5 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -1 -1 -3 -6 -4 -2 3 1 2 17 3 3 6 48 1 1 0 2 0 0 3 5 1 0 0 3 0.87 1.78 6 D -3 2 6 3 -6 0 -1 -4 0 -2 -3 2 -3 -4 -2 0 0 -4 -3 -4 1 10 34 16 0 4 2 1 2 3 3 10 0 0 2 6 5 0 1 1 0.71 1.77 7 G -2 -4 -2 -4 -6 -3 -4 7 -5 -5 -6 -4 -3 -6 -4 -2 -4 -3 -4 -5 1 0 1 0 0 1 1 88 0 0 1 1 1 0 1 2 0 0 1 0 1.94 1.74 8 Q 0 1 -2 -2 -5 1 2 -4 3 -1 0 -1 0 -3 -4 0 1 -1 0 1 9 8 1 2 0 7 15 1 7 3 10 4 2 1 1 8 8 1 3 9 0.21 1.74 9 S -1 -3 3 4 -5 -1 1 -1 -1 -3 -1 -3 -3 -1 -4 3 0 -2 0 -4 4 1 12 24 0 2 10 5 1 1 6 1 0 3 0 20 5 1 3 1 0.47 1.72 10 Y -5 -5 -3 -3 -6 -5 -5 -6 -1 -5 -4 -5 -4 1 -6 -2 -5 -1 10 -4 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 2 0 0 92 0 2.62 1.72 11 R -3 7 0 -2 -1 1 -2 -5 -2 -2 -3 -1 -2 -3 -5 -3 -2 -3 -4 -4 2 69 3 2 2 5 1 1 1 3 2 2 1 1 0 1 2 0 0 1 1.40 1.80 12 G -2 -5 -4 -3 -6 -3 -2 7 -5 -7 -6 -5 -6 -6 -5 -3 -5 -6 -6 -5 2 0 0 1 0 1 3 90 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 2.07 1.79 13 S -2 1 1 1 0 -1 -2 -4 1 -2 -3 1 1 -2 -1 0 4 -2 -3 0 2 8 7 6 2 2 2 1 4 2 2 9 3 2 3 7 29 0 1 6 0.38 1.84 14 F 2 -2 -1 -4 -3 3 -2 -4 0 1 0 -1 2 -3 -5 -2 -1 1 -3 4 17 2 2 1 0 12 3 1 2 8 10 3 4 1 0 2 3 2 1 26 0.40 1.81 15 S 0 1 5 0 -5 0 -2 -2 0 -5 -5 -1 -3 -3 -2 4 -1 -6 -3 -4 6 6 27 5 0 3 1 2 2 1 1 2 0 1 2 36 3 0 1 1 0.77 1.77 16 T -3 2 -3 -4 -5 1 -1 -3 1 1 -1 1 -1 0 -5 0 3 -2 -1 2 1 11 1 1 0 6 4 2 3 7 4 10 2 3 0 5 20 1 2 17 0.33 1.75 17 T 0 -4 -2 0 0 -3 -3 -3 -5 -3 -4 -2 -4 -5 0 1 7 -6 -3 -3 7 0 1 5 2 1 1 2 0 1 1 2 0 0 4 11 62 0 1 1 1.13 1.74 18 V 0 1 -2 -1 -5 0 2 -2 -2 1 -1 2 -1 -3 -2 0 0 -1 -3 2 9 7 2 3 0 4 13 3 1 9 7 12 2 1 2 7 5 1 1 13 0.15 1.72 19 T 0 -2 2 1 -4 -2 -1 -1 -2 -4 -3 -1 -2 -1 -2 5 1 -2 -2 -3 6 1 8 7 0 1 4 4 1 1 2 3 1 3 2 44 9 1 2 1 0.59 1.70 20 G -2 -3 -1 -2 -2 -2 -3 7 -2 -6 -5 -3 -3 -3 -5 -2 -4 -1 -3 -5 1 1 2 2 1 2 1 78 1 0 1 1 1 1 0 3 0 1 1 0 1.57 1.66 21 R 1 4 -1 -2 -5 1 -1 -2 2 0 0 2 -1 -2 -3 -2 -1 1 0 0 11 24 3 2 0 5 3 3 5 7 8 11 1 2 1 2 3 2 3 5 0.30 1.66 22 T -1 1 -1 -1 -5 1 2 -3 -1 -1 -3 0 -1 -2 3 0 3 0 -3 -1 4 7 2 3 0 6 14 2 1 4 2 5 1 2 15 7 18 2 1 3 0.32 1.67 23 C -3 -1 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -1 -5 -4 -4 -5 -4 -1 0 4 0 0 84 0 0 0 0 0 1 0 0 4 0 0 0 0 0 4 2.80 1.53 24 Q -2 -1 -4 -3 -5 6 -1 -3 -4 0 3 -1 3 -2 -5 -1 -2 -5 -2 -2 3 2 0 2 0 37 2 2 0 5 24 4 7 2 0 4 2 0 1 3 0.73 1.79 25 S 0 4 2 -2 -1 -1 -1 -3 1 -3 -2 0 0 -1 3 1 -2 0 0 -2 7 22 9 2 1 2 3 2 3 2 5 4 2 2 16 9 2 1 3 2 0.37 1.85 26 W -5 -1 -5 -6 1 -4 -5 -2 -5 -5 -2 -1 -4 0 -6 0 -5 12 1 -5 0 4 0 0 3 0 0 4 0 0 4 4 0 4 0 7 0 66 4 0 2.58 1.75 27 S -1 -1 2 3 -5 -1 -1 -1 1 -1 -3 -1 0 -1 -1 1 1 2 0 -2 5 4 9 16 0 3 3 4 3 3 3 3 3 3 3 12 10 2 3 3 0.16 2.13 28 S 1 -1 0 1 -5 0 0 -2 1 -1 -2 -1 0 -1 -1 3 -1 2 -1 -2 10 4 4 7 0 4 5 3 3 3 5 4 3 3 3 23 4 2 3 3 0.14 2.11 29 M -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.01 30 T 0 -1 -1 -1 -1 2 -1 -2 1 0 -1 -1 1 1 -1 1 1 1 1 -1 7 3 3 3 2 9 4 3 3 6 7 4 3 6 4 10 9 2 6 5 0.05 2.13 31 P -1 -1 0 -1 1 0 0 -2 1 0 1 1 0 -1 3 -1 0 -5 0 -1 5 4 4 3 3 5 5 4 4 5 14 7 3 3 13 4 5 0 3 4 0.09 2.12 32 H -2 0 1 0 2 1 1 -1 4 -1 -2 -1 1 0 0 -1 0 2 2 0 4 4 7 5 4 5 9 5 8 4 5 4 3 4 5 5 5 3 7 6 0.12 2.10 33 W -1 0 0 -1 -5 0 -1 -1 1 -1 -1 0 1 0 0 0 1 3 3 -1 6 6 4 4 0 4 4 6 3 4 7 7 3 4 6 7 8 4 10 4 0.11 2.06 34 H -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 35 Q 0 0 1 1 -1 0 1 -1 1 0 -2 -1 2 -2 1 1 0 0 -1 0 7 5 7 7 2 4 7 6 3 5 4 4 4 2 7 9 6 1 2 8 0.06 2.13 36 R -2 1 -1 -1 -5 0 -1 -2 2 1 -1 -1 0 3 -2 -1 0 1 4 -1 3 7 3 4 0 4 4 4 5 7 6 4 3 14 3 5 6 2 11 5 0.20 2.12 37 T -1 0 2 -1 1 0 -1 -2 1 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 2 1 -1 5 5 10 4 3 4 4 3 3 5 6 4 5 5 4 7 12 2 4 5 0.10 2.12 38 T -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 39 E -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 40 Y 2 1 1 1 -5 -1 0 -1 0 -1 -2 0 0 0 0 0 0 1 1 -1 17 6 7 7 0 3 5 5 3 3 4 5 2 4 5 7 5 2 5 4 0.10 2.04 41 Y -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.01 42 P 0 -1 -1 0 -1 0 -1 0 0 -2 -1 -1 -1 -1 5 0 -1 0 -1 -2 8 4 3 6 1 5 5 7 2 2 5 4 2 3 25 8 4 1 3 3 0.32 2.08 43 N -2 -1 1 2 1 0 2 -1 1 -1 -1 -1 0 0 -1 0 -1 2 1 -2 4 4 6 11 3 5 11 5 3 3 7 4 3 4 3 8 4 3 5 3 0.11 2.13 44 G -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 45 G -1 0 2 2 -1 0 -2 2 -1 0 1 -2 -1 0 -2 0 -1 1 0 -2 5 6 9 10 1 4 3 14 2 5 13 3 2 4 2 6 4 2 3 3 0.11 2.11 46 L -2 -2 1 -2 0 -2 -1 2 -1 -2 3 -2 0 0 -2 -3 -1 1 0 -1 3 2 6 3 2 2 4 18 2 2 32 3 2 4 2 2 3 2 3 3 0.32 2.11 47 T 0 0 -1 1 1 1 1 -1 0 -1 -1 -1 0 0 1 0 0 2 0 -1 9 5 3 8 3 6 10 5 3 4 5 4 2 4 6 6 6 3 3 5 0.06 2.09 48 R -1 1 0 0 1 0 2 -2 7 -2 -3 -1 1 -1 -1 -1 -1 -5 0 -1 4 7 4 5 3 4 12 4 23 3 3 4 4 3 3 4 4 0 3 4 0.44 2.10 49 N 0 -1 6 0 2 0 -3 0 2 -5 -2 -1 -4 -5 0 1 0 -5 0 -5 7 4 36 4 4 4 0 6 5 0 4 4 0 0 5 8 5 0 4 0 0.61 1.64 50 Y -1 0 1 -4 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 4 2 0 6 6 6 0 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0.17 1.78 51 C 1 -3 -3 -4 4 -3 -3 1 4 -2 0 1 -2 2 -3 -2 1 -3 -2 1 11 1 0 1 10 0 1 11 10 1 11 11 0 10 1 1 11 0 0 11 0.31 0.90 52 R 0 1 1 -3 -4 1 0 0 3 0 -1 1 -3 -4 1 0 -3 5 -3 -4 7 7 7 0 0 7 7 7 7 7 7 7 0 0 7 7 0 7 0 0 0.18 1.45 53 N -1 0 6 -1 -6 -1 -1 -1 1 -1 -3 0 1 0 -1 -1 -1 -6 0 -5 4 6 33 3 0 3 3 6 3 3 3 6 3 5 3 5 3 0 3 0 0.43 1.89 54 P -1 0 -1 -1 -5 -1 -1 -5 1 0 0 -4 0 0 5 -2 1 -5 2 -1 6 4 3 3 0 3 4 0 3 6 8 0 3 3 26 3 8 0 6 4 0.36 1.82 55 D -2 -1 1 4 -6 -1 1 1 2 -3 -3 0 -5 -1 0 0 -2 3 -1 -2 3 3 6 20 0 3 10 11 4 2 3 5 0 3 5 5 2 4 2 3 0.24 1.92 56 A -2 -2 3 2 -2 0 -1 4 1 -4 -3 -2 -2 -1 -2 -1 -2 -1 0 -3 3 2 13 9 1 4 4 31 3 1 2 3 1 3 2 3 3 1 4 1 0.40 2.04 57 E -1 1 -1 4 -6 1 1 -1 2 -4 -3 0 1 -1 -3 1 -2 3 -2 -3 5 9 3 20 0 7 7 4 4 1 3 6 3 2 1 11 2 4 1 2 0.27 2.04 58 I 0 0 0 0 -5 -1 1 -1 1 -3 -1 0 1 0 1 1 1 -1 -1 -2 8 6 4 5 0 3 11 5 4 1 6 5 3 4 8 10 8 1 2 3 0.06 2.06 59 R -1 4 -2 -3 -2 0 1 2 -2 -3 -4 2 0 -2 -5 -1 0 0 -2 -3 5 23 2 1 1 4 10 15 1 2 1 12 3 2 0 5 5 1 2 2 0.36 2.07 60 P -1 -6 -3 -5 -6 -3 -5 -4 -6 0 -2 -5 -5 -6 8 -3 -2 -7 -6 -1 5 0 1 0 0 1 0 1 0 7 4 0 0 0 72 1 2 0 0 5 1.92 1.93 61 W -5 -4 -7 -7 -6 -5 -6 -3 -5 -5 -3 -6 -1 1 -2 -3 -3 12 1 -2 0 1 0 0 0 0 0 2 0 0 2 0 1 4 2 2 1 79 2 3 3.27 1.84 62 C -2 3 4 -2 6 -1 -2 -3 -1 -3 -3 -1 -2 -1 -4 -2 -2 -2 4 -3 0 25 25 0 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0 0.68 0.33 63 Y -2 -1 -1 -1 -4 -1 -4 -4 1 -1 -2 -3 0 4 3 -2 -1 2 5 -1 3 3 3 3 0 3 0 0 4 3 3 0 3 19 16 3 3 3 23 3 0.59 1.02 64 T -1 -1 -1 -4 -3 -3 -4 -4 -4 0 -1 -2 0 -1 -1 -1 4 -4 0 4 3 3 3 0 0 0 0 0 0 4 3 3 3 3 3 3 31 0 3 36 0.60 1.13 65 M 1 3 -1 -1 -4 1 -1 -2 -1 -2 -2 1 2 -2 0 0 1 0 -2 0 13 16 2 4 0 5 3 3 1 2 4 10 5 1 5 5 9 2 2 8 0.19 1.31 66 D -1 0 2 4 -5 -1 0 3 0 -3 -3 -1 -1 -3 -2 1 -2 -5 -2 -3 5 5 11 25 0 2 5 20 2 2 3 4 1 1 2 9 2 0 1 2 0.43 1.44 67 P -2 2 0 1 -5 -2 -1 3 1 -4 -4 -1 -2 -6 4 0 -2 1 -3 -3 3 11 4 9 0 1 5 23 3 1 2 3 1 0 20 7 2 2 1 2 0.50 1.62 68 S 0 3 1 0 -2 1 -1 0 -1 -3 -2 1 -1 -1 1 1 1 -5 -2 -3 7 15 7 5 1 5 4 7 1 1 3 8 1 2 7 12 9 0 2 2 0.21 1.57 69 V -2 -1 -2 -3 0 -1 -2 0 -2 2 2 -1 0 -2 -3 0 1 -1 0 2 3 3 2 2 2 3 3 7 1 10 19 5 2 1 2 7 7 1 4 17 0.18 1.62 70 R -2 4 -2 -1 -2 1 0 -2 -2 -1 -3 1 0 -3 -1 2 0 -5 1 -1 3 20 2 3 1 7 7 3 1 3 3 10 2 1 3 17 7 0 5 4 0.30 1.67 71 W -4 2 -4 -4 -5 -2 -2 -5 -2 -2 -3 -1 1 3 -2 -3 -2 10 2 -2 1 10 1 1 0 2 2 0 1 3 2 5 3 10 2 2 2 45 5 3 1.59 1.73 72 E -2 -1 0 2 -6 2 6 -1 -2 -5 -5 -1 -2 -6 -3 -3 -3 -6 -5 -4 3 3 5 11 0 8 55 5 1 1 1 3 1 0 1 1 1 0 0 1 1.05 1.77 73 Y -3 -3 -2 -2 -3 -2 0 -4 2 -3 -1 -4 -2 3 -1 -2 -1 -1 8 -2 1 1 2 2 0 2 6 1 4 1 6 1 1 10 4 4 4 1 48 2 1.07 1.80 74 C -3 -6 -6 -6 11 -6 -6 -5 -6 -4 -4 -3 -4 -5 -6 -4 -2 -5 -5 -4 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2 0 0 0 3.33 1.67 75 N 0 0 3 6 -4 -2 0 -1 -1 -4 -4 -1 0 -4 -2 0 -2 -6 -3 -3 7 6 13 40 0 1 5 5 1 1 2 3 3 1 2 6 1 0 1 2 0.70 1.68 76 L -3 -5 -3 -2 2 -5 -5 -6 -3 5 2 -4 0 -2 -4 -5 -3 -5 -4 5 1 0 1 2 4 0 1 0 1 34 15 1 1 1 1 0 1 0 0 36 1.00 1.66 77 T -1 0 0 -2 -5 0 -1 -4 0 -2 -2 0 -2 -4 6 0 0 -6 -4 -2 5 5 4 2 0 4 3 1 2 2 4 5 1 1 46 6 5 0 1 3 0.92 1.70 78 Q 0 3 -1 -1 -5 3 -1 -4 1 -2 -2 2 -1 -2 2 -1 -1 -5 2 -1 9 13 3 4 0 12 3 1 3 2 5 12 2 2 10 5 4 0 6 5 0.26 1.71 79 C -2 -6 -6 -7 11 -3 -7 -1 -6 -4 -5 -6 -5 -6 -6 -4 -4 -6 -6 -3 3 0 0 0 90 1 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3.13 1.65 80 P 1 -3 -1 2 -5 -1 2 -1 -3 -6 -5 -1 -5 -6 4 4 -2 -6 -4 -4 11 0 2 12 0 2 13 3 1 0 1 3 0 0 21 29 1 0 0 1 0.72 1.62 81 V 2 -2 -2 -1 4 -3 -1 -3 -3 0 -3 -2 0 -1 -1 0 2 -3 -3 3 18 2 1 4 8 1 4 2 1 4 1 2 2 3 3 6 15 0 1 22 0.36 1.56 82 M -2 -2 -3 -2 0 1 -3 0 -2 1 2 0 -1 1 -1 -1 1 -5 -4 2 3 2 1 2 2 7 1 8 1 7 24 6 1 7 3 5 8 0 0 15 0.22 1.49 83 E -4 -3 -2 5 -6 0 6 -5 -3 -6 -6 2 -5 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 0 0 29 0 2 59 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 1.44 1.28 K Lambda Standard Ungapped 0.1336 0.3199 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1309 0.3184 PSI Gapped 0.0401 0.2670