Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 P -2 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -5 8 3 -2 -5 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 76 24 0 0 0 0 2.00 0.82 2 S -1 -3 -1 -2 -1 -2 -2 -2 -3 -4 -5 -2 -4 -5 -3 6 1 -5 -4 -4 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 4 0 0 0 1.38 0.91 3 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -5 0 8 -5 -1 -4 -1 1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 92 0 4 0 0 0 1 1.92 0.92 4 D -4 -4 -1 8 -6 -2 0 -3 -3 -5 -6 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -7 -5 -5 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.11 0.94 5 I -2 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 6 0 -5 -1 -1 -5 -4 -1 -5 -3 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 63 1 0 0 2 0 0 3 0 0 29 1.20 0.94 6 V -2 -4 -4 -5 -3 -3 -2 -4 -5 1 -1 -4 0 -3 -4 -1 0 -5 -3 6 1 0 0 0 0 0 2 1 0 2 1 0 1 0 0 6 5 0 0 81 1.16 0.99 7 S 0 -3 -1 -3 1 -2 -2 -2 -3 -4 -3 -2 -3 -4 -3 6 0 -5 -3 -3 4 0 1 0 3 0 0 1 0 0 2 0 0 0 0 86 1 0 1 0 1.25 0.99 8 E -2 -1 -1 1 -5 1 5 -3 -3 -4 -5 4 -4 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -4 1 1 2 7 0 3 50 1 0 0 0 29 0 0 0 1 2 0 0 1 1.00 0.99 9 I -1 -5 -5 -5 -1 -4 -5 -5 -5 3 1 -4 0 2 -2 -3 -1 -4 -1 5 6 0 0 0 1 0 0 0 0 19 10 0 2 11 2 0 4 0 2 45 0.73 0.99 10 T -3 -3 3 7 -6 -1 1 -3 -2 -5 -6 -2 -5 -6 -3 -1 -2 -6 -5 -5 1 0 14 72 0 1 7 0 1 0 0 1 0 0 1 2 1 0 0 0 1.51 0.99 11 L -2 2 -1 -4 -3 0 -1 -3 0 0 1 2 5 -1 -3 -2 -1 -1 -2 0 2 13 2 0 0 3 4 1 2 4 16 14 21 2 1 2 4 1 1 7 0.36 0.97 12 H -1 -2 0 -2 -4 6 0 -3 4 -2 -3 -2 0 -3 1 -1 -2 -4 -2 2 5 0 3 1 0 44 3 1 12 1 0 0 3 1 6 3 1 0 0 15 0.73 0.97 13 E -1 -2 -1 2 -5 0 6 -3 -2 -3 -3 -1 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -2 4 0 2 8 0 2 73 1 0 1 2 2 0 0 0 3 2 0 0 2 1.12 0.88 14 V -1 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -5 2 3 -4 2 0 -5 -4 -2 -4 -3 5 5 0 0 0 0 0 0 1 0 7 33 0 6 4 0 0 1 0 0 44 0.80 0.88 15 R -1 2 0 3 -4 0 0 -3 0 -2 -3 2 -3 -5 1 -1 2 -5 -4 0 3 14 4 22 0 3 3 0 2 2 1 16 0 0 6 2 13 0 0 7 0.40 0.88 16 N -4 -3 8 1 -5 -2 -1 -3 1 -1 -5 -2 -4 -5 -4 -2 -2 -6 -4 -4 0 0 85 5 0 0 2 0 3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.60 0.88 17 A 6 -3 -3 -4 0 -3 -3 -1 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 0 0 -5 -4 -1 85 0 0 0 2 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 4 5 0 0 2 1.15 0.88 18 V -2 -5 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -3 4 2 -4 0 -1 -5 -4 -2 -4 0 5 1 0 0 0 1 0 1 0 1 20 19 0 1 2 0 0 1 0 3 52 0.87 0.88 19 E -2 -2 4 5 -5 1 2 -2 0 -4 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -1 -6 -4 -3 2 1 23 43 0 7 12 2 2 1 0 1 0 0 0 3 3 0 0 1 0.92 0.88 20 N -2 -1 4 -2 -4 7 -1 -2 -2 -2 -2 -1 0 -5 -4 -2 -1 -4 -4 0 2 1 20 0 0 58 0 2 0 2 3 0 2 0 0 1 2 0 0 8 0.97 0.88 21 A 5 -4 -3 -4 0 -3 -3 -2 -4 -2 -3 -3 -1 -4 -2 1 2 -5 -4 1 60 0 0 0 2 0 0 0 0 1 1 0 1 0 1 10 12 0 0 12 0.78 0.88 22 N 0 1 4 -2 -3 1 0 -1 -2 -1 0 1 2 -4 -4 0 0 -5 -4 0 9 9 25 1 0 6 4 3 0 4 8 9 6 0 0 4 5 0 0 6 0.29 0.88 23 R -3 6 -2 -3 -5 -1 -2 -3 -1 -5 -4 5 -2 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -4 1 45 0 0 0 0 0 1 1 0 0 49 1 0 0 2 1 0 0 0 1.27 0.88 24 V -2 -2 -2 1 -5 0 7 -4 -1 -3 -4 0 -2 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -2 1 0 0 5 0 2 82 0 1 1 1 3 1 0 0 0 1 0 0 3 1.34 0.88 25 L -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 6 2 -5 0 -2 -5 -4 -2 -4 -3 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 51 22 0 1 0 0 0 1 0 0 23 1.02 0.88 26 S 2 -1 1 1 -4 1 1 0 -2 -3 -3 1 -2 -5 -3 3 2 -5 -3 -2 17 2 5 7 0 5 8 8 1 1 1 7 1 0 0 24 11 0 0 1 0.34 0.88 27 T 0 -1 4 -2 -4 3 -2 0 -2 -3 -4 -2 -2 -5 -3 1 4 -5 -4 -2 7 2 24 0 0 17 0 5 1 1 0 0 1 0 0 8 32 0 0 2 0.65 0.88 28 R -3 8 -2 -4 -5 -1 -2 -1 -2 -5 -4 1 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 92 0 0 0 0 0 6 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1.73 0.88 29 Y -4 -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 1 -3 -2 -4 -3 6 -5 -4 -4 4 7 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 42 0 0 0 4 51 0 1.71 0.88 30 D -4 -4 -1 8 -6 -2 1 -3 -3 -5 -6 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 0 94 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.93 0.88 31 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -3 -2 2 -5 -1 8 -6 -4 -4 -1 1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 83 0 0 0 0 0 0 1.77 0.88 32 R -3 4 1 -3 -5 -1 -2 -4 -1 -5 -5 6 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -5 0 28 5 0 0 1 0 0 1 0 0 64 0 0 0 1 0 0 0 0 1.32 1.01 33 G -2 -4 2 2 -5 -3 -3 6 -2 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -2 -5 -5 -5 1 0 11 14 0 1 1 68 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 1.32 1.01 34 V -1 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 0 -2 -2 -2 -4 -3 4 4 -5 -4 3 2 0 0 1 0 1 0 1 1 4 2 1 0 0 0 37 26 0 0 23 0.66 0.99 35 E -2 -1 2 3 -2 -1 1 2 2 -3 -4 3 -2 -5 -1 -1 0 -5 -4 -3 3 2 8 18 1 2 8 13 5 2 1 22 1 0 2 4 6 0 0 2 0.41 1.38 36 A 4 -4 -2 -4 1 -3 -3 -1 -4 -1 -4 -2 -3 -2 -2 3 2 -5 -1 -1 43 0 2 0 3 0 0 3 0 3 0 2 0 2 2 21 13 0 2 4 0.67 1.38 37 V -1 1 -1 0 -4 -1 3 -2 0 -3 -3 2 -4 -5 -4 3 2 -5 -4 -2 4 7 2 5 0 2 19 3 2 1 2 11 0 0 0 25 12 0 0 3 0.43 1.38 38 I -2 -5 -5 -5 1 -5 -5 -5 -5 6 0 -5 1 3 -5 -4 -3 -4 0 3 3 0 0 0 3 0 0 0 0 46 6 0 2 14 0 0 0 0 3 20 1.00 1.38 39 E -1 -1 -1 2 -5 -1 6 -3 -1 -3 -3 0 -2 -5 -4 0 0 -5 -4 -2 4 2 3 12 0 2 50 2 1 2 2 5 1 0 0 8 5 0 0 3 0.80 1.39 40 L 0 1 -3 -4 -4 1 -3 -4 3 1 0 -3 3 2 -4 0 -3 5 2 1 8 8 0 0 0 8 0 1 8 8 8 0 8 8 0 8 0 8 8 8 0.38 1.23 41 N 0 1 1 0 -5 1 0 0 3 0 -1 0 -3 1 -4 0 0 -4 2 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 0 6 0 6 6 0 6 6 0.11 1.67 42 E -2 0 -1 0 -5 1 3 0 1 -1 -2 3 0 -1 -1 -1 -1 2 0 -2 4 5 3 5 0 5 18 6 3 3 4 17 3 3 3 4 3 3 4 3 0.24 1.79 43 K -1 -1 -1 2 -5 0 1 1 -4 -1 -2 3 0 -1 -1 -1 0 -5 0 -1 5 3 3 12 0 4 8 10 0 3 3 22 3 3 3 5 6 0 3 4 0.25 1.91 44 N 0 1 1 0 -5 1 0 0 3 0 -1 0 2 -4 1 0 0 -5 -4 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 0 0 6 0.12 1.67 45 E 0 -1 1 1 -4 0 3 -1 0 -2 -1 3 1 -1 -1 0 0 -4 -1 -2 7 3 7 6 0 3 18 4 2 2 6 17 3 2 3 8 4 0 2 2 0.22 1.43 46 T 1 -1 -1 -3 0 -1 0 -2 -1 0 -1 0 0 -2 -1 1 2 -4 -3 3 9 3 2 1 2 3 8 3 2 4 5 7 2 2 4 11 14 0 0 19 0.19 1.43 47 I -2 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 5 3 -5 1 1 -5 -2 -3 -4 1 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 37 24 0 3 5 0 3 0 0 5 18 0.90 1.58 48 K -2 -1 -1 -1 -4 -1 0 -5 1 -1 -1 3 0 -2 -4 -1 5 -5 -2 0 2 2 3 3 0 2 5 0 3 4 5 18 2 1 0 3 37 0 1 8 0.55 1.59 49 I -2 -5 -5 -5 -4 -1 -5 -5 -5 4 4 -4 4 -1 -5 -2 -2 -4 -4 2 2 0 0 0 0 3 0 0 0 25 37 0 11 2 0 3 2 0 0 15 0.83 1.37 50 T 0 -1 1 -2 -4 -1 1 -3 1 0 -1 1 -2 -1 -4 1 3 -1 -1 1 7 3 6 2 0 3 10 1 4 6 6 8 1 3 0 11 16 1 2 9 0.18 1.39 51 T 5 -4 0 -4 1 -3 -4 1 -4 -4 -4 -3 0 -5 -4 3 3 -5 -5 -2 46 0 4 0 3 0 0 8 0 0 0 0 2 0 0 19 16 0 0 2 0.81 1.39 52 E 0 -3 2 4 -5 0 4 -2 -1 -3 -4 -1 -2 -6 1 1 -2 -6 -5 -3 8 0 10 23 0 3 28 2 1 1 1 2 1 0 7 9 2 0 0 1 0.63 1.39 53 S 1 -4 2 4 -5 0 -1 -2 1 -5 -3 -3 -4 -2 -1 4 1 -6 -1 -3 11 0 8 22 0 4 2 2 3 0 3 0 0 2 3 29 7 0 2 2 0.53 1.50 54 D -1 -2 -1 5 -6 0 5 -2 -4 -1 -5 -1 -5 -6 -1 -1 -1 -6 -5 -2 4 2 2 32 0 3 35 3 0 4 0 3 0 0 2 3 3 0 0 4 0.86 1.50 55 F -3 -4 1 0 -1 -2 1 -2 0 -2 -1 -3 4 6 -1 -2 -1 0 1 -2 2 0 6 5 1 2 10 3 2 2 4 1 11 33 3 3 4 1 4 1 0.57 1.45 56 Q -2 4 0 -4 -6 5 -2 -5 1 -2 -5 3 0 -6 -4 -1 -1 -5 -4 -2 2 26 3 0 0 29 0 0 3 3 0 21 2 0 0 3 4 0 0 3 0.91 1.50 57 L -1 -2 -3 -6 1 -4 -5 -6 -2 1 5 -5 2 -3 -5 -3 -2 -5 -4 3 6 3 1 0 3 0 0 0 1 6 52 0 4 0 0 2 2 0 0 19 0.82 1.38 58 E -2 2 2 2 -5 2 2 -2 -1 -3 -1 3 0 -5 -4 -1 -1 -6 -5 -3 2 10 11 12 0 10 11 3 1 1 7 22 3 0 0 3 3 0 0 1 0.46 1.38 59 Q 4 -2 -1 -4 -4 6 -2 -2 0 -4 -3 -2 0 -5 -4 0 0 -5 -4 -2 35 1 3 0 0 40 0 1 2 0 1 0 3 0 0 6 6 0 0 2 0.91 1.38 60 L 0 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -4 -5 3 2 -2 5 -2 -5 -3 -2 -5 -4 4 8 0 0 0 0 0 0 1 0 15 18 2 19 1 0 1 1 0 0 34 0.86 1.38 61 I -2 1 -1 -3 -3 1 0 -3 2 2 2 1 1 1 -5 -1 -1 -1 -1 1 2 6 3 1 0 6 5 2 5 11 22 10 3 5 0 3 3 1 2 8 0.21 1.38 62 E -3 -4 -1 7 -6 -1 3 -3 -2 -6 -5 -3 -3 -6 -2 -2 -1 -6 -3 -5 1 0 1 64 0 2 19 2 1 0 1 1 1 0 1 2 4 0 1 1 1.38 1.38 63 I -3 -5 -6 -6 -2 -5 -5 -6 -6 6 0 -5 4 -2 -2 -3 -2 -5 -4 4 1 0 0 0 1 0 0 0 0 43 7 0 9 1 2 1 1 0 0 34 1.12 1.38 64 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 1 5 -5 1 3 -6 -5 -4 -4 -1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 7 70 0 3 12 0 0 0 0 1 6 1.22 1.38 65 I -2 4 -1 -2 -2 3 1 -2 -1 2 -1 2 -1 -2 -5 -2 -1 -5 -3 -1 3 24 3 1 1 14 7 2 1 12 6 13 1 2 0 2 3 0 1 3 0.42 1.38 66 G 1 -3 1 -1 -4 1 2 1 -2 -3 -3 -1 -1 -5 -2 3 2 -5 -5 -2 10 0 7 2 0 7 13 11 1 1 2 2 1 0 2 27 14 0 0 2 0.44 1.38 67 S 0 2 1 -3 -2 1 -1 -4 2 -5 -5 6 -3 -5 -4 -2 -2 -2 -1 -5 6 9 6 0 1 5 2 0 4 0 0 60 1 0 0 1 2 1 2 0 1.05 1.30 68 C 1 -5 -5 -6 3 -3 -5 -5 -5 0 5 -5 5 1 -5 -3 -3 -2 -3 -1 12 0 0 0 5 1 0 0 0 2 53 0 15 7 0 1 1 1 0 3 0.91 1.30 69 I 2 -5 -3 -5 -4 -3 -3 -3 -1 4 -1 -4 0 -2 -5 0 1 -5 -3 4 17 0 1 0 0 0 2 1 2 29 3 0 1 1 0 6 10 0 0 26 0.62 1.30 70 K -2 4 -1 -3 -6 -1 -2 -3 -3 -5 -5 7 -4 -6 -4 -2 -3 -6 -4 -5 3 19 1 0 0 1 0 1 0 0 0 73 0 0 0 1 1 0 0 0 1.49 1.30 71 R -3 8 -2 -4 -2 1 -3 -5 -3 -5 -4 1 -4 -3 -5 -3 -4 -5 -4 -4 1 85 1 0 1 6 0 0 0 0 1 3 0 1 0 1 0 0 0 1 1.82 1.30 72 G -3 -2 4 0 -5 -1 -2 5 0 -6 -6 3 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -4 1 1 18 4 0 3 2 47 2 0 0 18 0 0 0 4 0 0 0 1 0.99 1.29 73 I -3 -5 -6 -4 -4 -4 -4 -6 -6 5 2 -5 0 -3 -3 -5 -3 -5 -4 4 1 0 0 1 0 1 1 0 0 43 21 0 2 0 1 0 0 0 0 30 1.09 1.27 74 E -2 -4 0 6 -5 -2 0 -3 -4 -5 -6 -2 -3 -6 0 4 -2 -6 -5 -4 2 0 2 46 0 1 5 1 0 0 0 1 0 0 5 35 1 0 0 0 1.11 1.27 75 H 0 -4 -4 -5 -3 -1 -4 -2 -1 2 3 -4 0 -3 2 -1 0 -5 -4 2 10 0 1 0 0 3 0 3 2 12 33 0 2 0 12 4 5 0 0 14 0.45 1.28 76 S 0 3 1 -2 -5 0 -2 -1 -2 -5 -4 6 -4 -5 -4 0 -1 -5 -4 -4 6 16 6 1 0 4 1 4 0 0 1 49 0 0 0 7 3 0 0 1 0.84 1.28 77 S 3 -1 1 -4 6 -3 -4 -1 -1 1 -3 -4 -2 1 -4 2 -2 -5 -3 -1 29 3 7 0 16 1 0 3 1 9 0 0 1 6 0 17 1 0 0 4 0.56 1.27 78 L -2 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 1 5 -5 4 3 -5 -5 -3 -4 -3 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 7 59 0 12 14 0 0 1 0 0 4 1.10 1.27 79 D -3 -1 0 6 -6 -1 4 -4 -1 -5 -6 0 -5 -6 -4 -2 -2 -6 -5 -4 1 2 2 50 0 1 30 1 2 0 0 6 0 0 0 2 2 0 0 1 1.22 1.26 80 I -2 -2 -4 -3 -2 -2 0 -4 0 1 0 -1 0 4 -1 -2 -1 3 4 2 3 3 1 1 1 1 6 1 2 9 7 4 2 17 3 2 4 4 17 13 0.40 1.15 81 P 1 -3 -2 -1 -4 1 1 4 -2 -4 -4 1 -4 -5 2 1 -2 -5 -3 -4 9 1 1 3 0 8 8 36 1 1 2 8 0 0 9 8 2 0 1 1 0.55 1.24 82 A -1 -1 -1 4 -5 0 2 1 -3 -5 -5 5 -4 -6 -1 -1 -1 -6 -5 -4 4 1 2 21 0 3 12 10 0 0 0 35 0 0 2 4 4 0 0 0 0.68 1.30 83 E -1 -2 -3 1 -5 -1 3 -4 -4 2 -2 1 -1 -5 3 -2 -1 -6 -4 2 4 1 1 10 0 1 22 0 0 11 4 9 2 0 15 2 3 0 0 15 0.43 1.30 84 S -1 -3 -3 -1 -3 2 5 -4 -2 -2 -3 -2 -2 -2 4 -1 -1 -5 -2 -1 5 1 1 2 1 8 41 0 1 3 2 1 1 2 20 4 3 0 1 4 0.74 1.32 85 E 0 0 0 -1 -5 1 2 -3 -1 -2 -4 2 -3 -2 2 1 0 -5 2 0 8 4 4 3 0 5 15 2 2 3 1 16 0 1 9 9 5 0 7 6 0.26 1.34 86 H 4 -3 -2 -4 -4 0 -3 -3 5 0 -2 -3 -2 -3 1 0 -1 -5 -3 0 46 1 2 0 0 5 0 1 13 7 3 1 1 1 7 5 2 0 0 7 0.65 1.36 87 H 1 -3 -2 -3 -4 -2 -3 2 -2 -3 -2 -3 -2 -4 -4 6 0 -5 -4 -4 8 0 0 0 0 1 0 13 1 1 5 0 1 1 0 64 4 0 0 0 0.98 1.35 88 G -2 -5 -3 -4 -5 -4 -5 7 -5 -7 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.25 1.28 K Lambda Standard Ungapped 0.1329 0.3141 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1893 0.3179 PSI Gapped 0.0579 0.2670