Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 P -3 -4 -4 -3 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -6 9 -3 -3 -6 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.76 0.80 2 K -3 1 -2 -3 -5 2 -2 -2 2 -2 -3 6 -4 -5 -4 -3 -1 -5 -3 -1 0 5 1 0 0 7 0 2 5 2 3 66 0 0 0 0 4 0 1 5 1.10 1.25 3 Y -2 0 -3 -5 -5 -1 -2 -4 4 0 -3 2 -1 1 -5 -3 -3 0 7 1 2 6 0 0 0 2 2 1 10 7 1 14 1 5 0 1 1 1 36 11 0.84 1.34 4 T 2 -5 -5 -5 0 -4 -3 -3 -5 0 -2 -3 -1 -3 -3 -1 3 -5 -4 5 17 0 0 0 2 0 1 1 0 4 1 1 1 1 1 3 19 0 0 49 0.87 1.53 5 I -4 2 -5 -4 -3 -3 -3 -6 -2 4 -2 2 0 0 -5 -4 -2 6 2 2 1 14 0 1 0 1 1 0 1 24 1 14 2 4 0 1 3 11 7 16 0.70 1.64 6 V -3 -6 -5 -4 -4 -4 -5 -6 -6 4 -1 -4 -2 -4 -5 -5 -3 -6 -4 7 1 0 1 1 0 1 0 0 0 22 2 1 0 0 0 0 1 0 0 72 1.56 1.73 7 D -5 -4 2 8 -6 -2 0 -5 -2 -2 -6 -3 -6 -6 -4 -3 -4 -7 -5 -4 0 0 9 78 0 1 4 0 1 3 0 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1.84 1.77 8 K -2 5 -2 -3 -4 3 1 -3 0 -4 -2 3 -2 -2 1 -1 -1 -1 -2 -4 2 28 1 1 0 15 9 2 2 0 4 15 1 2 8 4 3 1 1 1 0.60 1.77 9 E -1 -2 0 6 -4 -1 4 -2 -2 -4 -5 -2 -5 -3 -2 1 0 -3 -4 -4 4 2 4 39 0 2 23 3 1 1 0 2 0 2 2 9 5 0 0 1 0.85 1.77 10 T 0 4 -1 -3 -4 -1 -1 -2 -4 -2 2 3 -1 -4 -5 -1 3 -4 -4 0 6 19 3 1 0 2 3 3 0 2 17 16 1 0 0 3 17 0 0 5 0.40 1.76 11 C -4 -7 -6 -7 11 -6 -7 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -6 -6 -4 -4 -6 -6 -4 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.69 1.76 12 I -2 -3 -5 -2 1 1 0 -4 -3 6 -1 -4 0 -3 -5 -3 1 -6 -4 1 3 1 0 3 3 7 6 1 1 50 2 1 2 0 0 1 9 0 0 8 0.84 1.76 13 A 2 -4 -3 -3 -3 -3 -3 6 -5 -5 -5 -4 -2 -6 -5 1 -3 -6 -6 -3 20 0 0 1 0 1 1 60 0 0 0 0 1 0 0 11 1 0 0 2 1.27 1.76 14 C 1 -5 0 -1 9 -4 -5 -4 5 -3 -3 -5 -3 -2 -5 1 -2 -3 0 -4 10 0 4 5 46 0 0 0 14 1 2 0 0 2 0 9 2 0 3 0 1.45 1.76 15 G 0 -3 -2 -3 -1 -3 -2 7 -3 -6 -5 -2 -2 -6 -5 -2 -2 -2 -6 -6 8 1 1 1 1 1 2 75 1 0 1 2 1 0 0 2 2 1 0 0 1.52 1.76 16 A 1 0 0 -4 -5 2 -3 -5 -2 0 3 -3 4 -2 -4 -1 -1 -5 -3 1 12 4 5 0 0 8 1 0 1 6 28 1 11 1 0 5 4 0 1 10 0.42 1.86 17 C -2 -7 -6 -7 11 -6 -7 -6 -6 -5 -5 -6 -5 -6 -6 -4 -4 -6 -6 -4 3 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.60 1.86 18 G 2 -3 -2 -5 -2 1 1 -1 -2 0 -2 -3 0 -3 0 -2 -1 1 1 4 20 1 2 0 1 6 11 4 1 4 2 1 3 1 5 3 3 2 5 27 0.38 1.86 19 A 2 -2 -1 0 -3 -1 1 1 -1 -2 0 -2 2 -2 -4 2 1 -2 -3 -1 17 2 3 5 1 3 8 9 1 2 11 2 6 2 0 14 8 1 1 5 0.19 1.86 20 A 1 -2 -3 -4 -3 -2 -2 -4 2 4 1 -2 1 -2 -5 -2 2 -3 2 1 13 2 1 1 1 2 3 1 4 20 14 2 3 1 0 2 13 0 6 9 0.38 1.94 21 A 5 -4 -4 -3 7 -5 -4 -3 -3 -3 -3 -5 -2 -3 -5 -1 -3 -6 -4 -2 56 0 1 2 26 0 1 1 0 1 3 0 1 1 0 4 0 0 1 2 1.37 1.94 22 P -3 -4 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -6 -5 -3 -3 -6 8 -1 -3 -7 -6 -5 2 1 1 2 0 1 2 2 1 0 1 1 1 0 82 4 1 0 0 0 2.33 1.90 23 D -1 -1 0 5 -6 0 5 -1 -2 -6 -5 -1 -4 -5 -4 -1 -2 -6 -3 -4 6 3 4 29 0 3 35 5 1 0 1 3 0 0 1 4 3 0 1 1 0.88 1.91 24 I -2 -4 -2 -6 0 -3 -4 -2 -1 3 1 -5 -1 -1 -5 -3 -1 -5 0 6 3 1 2 0 2 1 1 4 2 12 11 0 1 2 0 1 4 0 3 50 0.85 1.94 25 Y -5 -6 -6 -4 -6 -6 -6 -6 -4 -2 -2 -6 -1 9 -7 -5 -3 1 3 -3 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 2 0 1 81 0 0 1 1 9 1 2.28 1.97 26 D -1 1 -1 5 -3 1 4 -2 -1 -3 -3 0 -3 -2 -3 -1 -1 -6 -3 -2 5 8 3 29 1 6 23 3 2 1 2 4 1 2 1 5 3 0 1 2 0.60 1.96 27 Y -2 -3 -3 -3 -2 3 -3 -4 -2 1 3 -3 4 1 -3 -3 -3 1 3 1 3 1 1 1 1 13 1 2 1 8 27 1 12 5 2 2 1 2 10 8 0.52 2.03 28 D -3 0 3 6 -3 -1 0 0 0 -4 -4 -2 -2 -5 -2 -1 -1 -6 -3 -4 2 5 12 48 1 2 4 7 2 1 2 1 1 0 2 4 4 0 1 1 0.95 1.98 29 E -1 -2 -2 6 -2 -2 3 -2 -1 -3 -4 -2 -5 -6 0 -2 -2 -6 -3 -3 4 2 1 48 1 1 21 4 1 1 1 2 0 0 4 3 2 0 1 2 1.04 1.98 30 D -1 -2 1 6 -3 -1 4 -2 -1 -4 -4 -1 -3 -3 -4 -2 -3 -1 -2 -3 4 2 6 43 1 3 23 2 1 1 2 3 1 1 0 2 1 1 1 2 0.96 1.96 31 G -1 -2 -1 2 -2 -2 -2 6 -4 -5 -4 -3 -2 -3 -4 -1 -2 -1 -3 -5 4 2 2 10 1 1 3 63 0 0 2 1 1 1 0 3 2 1 1 1 1.18 1.92 32 I -3 -1 -1 -2 -5 -2 -2 0 1 2 1 3 -1 0 -3 -3 -2 0 3 -1 2 4 3 3 0 2 3 6 3 14 14 19 1 4 1 2 2 1 9 5 0.26 1.95 33 A 5 -2 -3 -5 -1 -4 -3 -2 -3 -2 -1 -2 -2 -1 -2 2 -2 -5 -3 2 42 2 1 0 1 0 1 3 1 2 6 3 1 3 2 13 1 0 1 15 0.57 1.99 34 Y -1 0 -3 -2 -1 -1 1 -3 3 -1 -1 0 -2 1 -4 -1 0 -1 3 3 4 5 1 2 1 3 11 2 7 3 5 7 1 6 1 5 5 1 9 20 0.25 1.97 35 V 1 -3 -3 -4 -1 -2 -3 -3 -3 1 0 -3 -1 1 -1 -2 -1 -1 -1 5 11 1 1 1 1 1 2 2 1 6 9 1 2 5 3 2 3 1 2 42 0.54 1.94 36 T -1 -1 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -1 3 2 2 0 -2 -3 -2 -1 -4 1 1 6 4 1 1 1 1 1 1 2 17 21 12 2 2 1 3 4 0 4 11 0.30 1.94 37 L -1 0 0 0 -2 0 0 -1 -1 -1 2 -1 0 -1 0 -1 -1 -2 -1 1 5 5 5 6 1 4 6 5 2 3 19 5 2 3 6 5 4 1 2 10 0.04 1.82 38 D -2 -2 1 5 -4 0 2 -1 -1 -3 -4 -1 -2 -3 1 -1 -2 -4 -3 -3 4 2 5 37 0 4 13 5 1 1 2 3 1 1 6 4 3 0 1 2 0.61 1.77 39 D -1 0 2 3 -1 0 1 1 1 -3 -3 -1 -2 -2 2 -1 -1 -1 -2 -2 6 5 9 16 2 3 9 10 3 2 3 3 1 2 9 5 4 1 2 2 0.20 1.68 40 N -1 0 4 0 -2 0 1 1 0 -2 -2 0 -2 -2 0 0 0 -3 -1 -1 5 5 18 6 1 3 8 10 2 3 5 4 1 2 6 6 6 0 2 4 0.14 1.49 41 Q 1 -1 -1 0 1 1 1 -1 -1 -1 -1 0 -1 -2 2 0 0 -3 -2 -1 10 4 3 6 3 7 10 5 1 3 5 5 1 2 10 8 7 0 2 4 0.07 1.41 42 G 0 -1 -1 0 -1 0 -1 4 1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 0 -1 -1 -1 -2 8 4 3 5 1 5 4 26 3 3 7 4 1 2 3 7 3 1 2 4 0.17 1.37 43 I 0 -1 0 0 0 1 1 -1 0 0 -2 0 0 -2 0 0 2 0 -1 1 6 4 5 5 2 7 8 4 3 6 5 5 2 2 4 6 11 1 2 8 0.03 1.39 44 V 1 -1 -1 -1 0 1 1 1 0 -1 -2 0 1 -1 0 -1 1 0 -1 0 11 3 3 3 2 7 8 10 2 4 5 5 3 2 5 5 8 1 2 6 0.03 1.40 45 E 0 -1 -1 0 -2 0 4 -1 -1 -1 -2 -1 -2 0 3 -1 -1 -3 -1 -1 7 3 3 5 1 3 27 4 1 4 4 3 1 4 13 3 4 0 2 5 0.29 1.57 46 V -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 4 0 -3 -1 -2 0 -2 -1 -3 -3 4 4 2 1 3 1 2 3 3 1 21 7 2 1 2 5 3 3 0 1 33 0.50 1.64 47 P 0 -3 -1 0 -2 -2 0 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -3 7 -1 -1 -4 -2 -3 6 2 2 5 1 2 5 3 1 2 2 2 1 1 49 5 3 0 2 2 0.99 1.70 48 D 1 -2 -1 3 -3 -1 4 -2 -2 -2 -2 -1 -3 -3 2 -1 -1 -4 -2 -2 13 2 3 16 1 3 24 4 1 2 3 3 1 1 9 4 3 0 1 3 0.37 1.78 49 I 0 -2 0 4 -2 -1 3 1 0 -2 -3 -1 -2 -3 -2 0 -1 -4 -3 -3 9 2 4 19 1 3 22 9 2 2 2 3 1 1 2 6 4 0 1 2 0.35 1.83 50 L -1 -1 -1 1 0 2 1 -3 1 -2 3 -2 -1 0 -3 -1 -2 -2 0 -2 6 3 3 8 2 8 9 2 3 1 28 2 2 4 2 5 3 1 3 3 0.19 1.80 51 I 0 2 -2 -1 -2 1 4 -3 2 0 1 -1 -2 -2 -3 -2 -2 0 0 0 7 10 2 3 1 5 25 2 5 5 11 4 1 1 1 3 2 1 3 6 0.26 1.83 52 D 1 -2 -1 5 -4 0 4 -1 -2 -3 -3 -2 -3 -4 0 -1 -1 -5 -4 -4 12 2 3 27 0 4 23 4 1 2 3 2 1 1 4 4 3 0 0 1 0.54 1.94 53 D 2 0 0 3 4 0 1 -3 -2 -4 -2 1 -1 -4 -2 0 -1 -5 -3 -3 17 4 4 19 7 4 10 2 1 1 5 8 1 1 2 7 3 0 1 2 0.35 2.02 54 M 3 -5 -4 -6 1 -5 -5 -4 -6 2 0 -5 1 -2 -5 -3 -2 -6 -5 5 27 0 1 0 3 0 0 1 0 10 9 0 4 2 0 1 2 0 0 40 0.88 2.09 55 M -2 4 -2 -2 -3 2 2 -4 -1 1 1 2 3 -4 -5 -3 -2 -1 -4 -1 2 21 1 2 0 10 11 1 1 7 12 12 7 1 0 1 2 1 0 5 0.46 2.10 56 D 0 0 0 4 -4 1 5 -4 -2 -4 -2 -1 -2 -5 -5 -1 -1 -6 -4 -4 8 5 4 19 0 6 37 1 1 1 5 4 1 0 0 4 3 0 1 1 0.73 2.10 57 A 7 -5 -5 -5 -1 -4 -4 -1 -5 -4 -4 -4 -3 -6 -4 0 -2 -6 -5 -2 86 0 0 0 1 0 1 3 0 1 1 0 0 0 0 4 1 0 0 2 1.67 2.10 58 F 4 0 -5 -5 0 -2 0 -4 -3 2 -2 -3 0 -1 -5 -2 -3 -4 1 3 39 5 0 0 2 1 6 1 0 12 2 1 2 2 0 1 1 0 4 19 0.64 1.99 59 E 0 2 0 4 -6 1 4 -3 -1 -5 -4 1 -2 -4 -4 -1 -2 -3 -3 -4 9 11 3 24 0 5 23 2 1 0 2 9 1 1 0 4 2 0 1 1 0.60 1.98 60 G 2 -2 2 -1 -1 -1 1 2 -1 -3 -2 -2 -1 -4 -5 3 -1 -3 -3 -1 14 2 8 4 1 3 8 13 2 1 5 2 2 1 0 25 4 0 1 5 0.32 1.99 61 C -4 -7 -6 -7 12 -7 -7 -6 -7 -5 -5 -7 -5 -6 -6 -4 -4 -6 -6 -4 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.84 2.01 62 P -4 -6 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -6 -6 -6 -4 -6 -7 9 -4 -4 -7 -7 -6 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 98 1 1 0 0 0 3.10 2.01 63 T 1 -2 -3 -5 -3 -3 1 -1 -5 -2 -4 -3 -1 -5 -3 1 4 -6 -5 4 9 2 1 0 0 0 9 5 0 0 1 1 1 0 1 8 25 0 0 35 0.72 2.00 64 D 1 2 1 1 -4 2 2 2 1 -5 -3 0 -1 -4 -5 1 -3 -6 -5 -4 10 11 6 9 0 9 16 15 3 1 3 5 1 1 0 9 1 0 0 1 0.39 2.00 65 S 6 -5 -5 -5 5 -4 -5 -3 -5 -2 -4 -4 -4 -6 -5 1 -3 -6 -5 -1 72 0 0 0 11 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 9 0 0 0 4 1.44 1.97 66 I -5 -6 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -7 8 2 -6 -2 -3 -6 -6 -4 -6 -5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 82 14 0 0 0 0 0 0 0 0 4 1.93 1.91 67 K -2 2 -3 0 -4 0 0 -4 3 -1 -2 2 -2 -2 -5 1 3 -2 -1 -2 3 13 0 4 0 3 7 1 8 5 4 15 1 2 0 13 17 1 2 3 0.39 1.91 68 V -4 -1 -5 -7 -4 -5 -5 -7 -6 5 2 -5 0 -2 -6 -5 -2 3 -3 5 1 4 0 0 0 0 1 0 0 27 18 0 2 1 0 0 2 4 1 40 1.08 1.90 69 A 0 2 -2 -1 -6 0 5 -3 -1 -1 -4 0 -4 -4 -5 1 0 -6 -3 0 9 10 1 3 0 3 35 2 1 4 1 6 0 1 0 10 7 0 1 6 0.53 1.88 70 D -3 -3 0 5 -6 0 6 -3 -2 -6 -6 1 -5 -6 -3 -2 -3 -6 -5 -5 2 1 3 30 0 3 47 1 1 0 0 8 0 0 1 1 1 0 0 1 1.23 1.82 71 E -1 -2 -2 0 -4 2 5 -3 3 -4 -5 2 -4 -6 -3 1 1 -6 -4 -4 5 1 1 3 0 8 39 2 7 1 0 12 0 0 0 9 10 0 0 1 0.73 1.63 72 P -1 -2 1 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -2 -5 -6 7 2 0 -6 -5 -3 4 2 7 0 0 0 1 0 0 0 0 2 0 0 63 15 4 0 0 1 1.62 1.46 73 F -1 -4 -4 -5 -4 -2 -1 -3 -4 -2 -1 -2 -1 7 -3 -1 -1 -2 1 -2 4 0 0 0 0 2 6 2 0 2 3 3 2 61 2 6 3 0 2 3 1.11 1.25 74 D -1 0 5 4 -5 0 2 -3 1 -3 -5 0 -4 -5 -4 1 -1 -6 -3 -5 5 4 26 20 0 4 16 0 3 2 0 5 0 0 0 11 2 0 1 0 0.66 1.20 75 G 1 -4 1 -3 -2 -1 -4 6 -4 -5 -5 -1 -2 -5 -4 -1 -1 -5 -5 -5 9 0 8 0 1 3 0 68 0 0 0 3 1 0 0 3 3 0 0 0 1.20 1.06 76 D -1 0 3 5 -5 1 3 -2 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -2 -1 -1 -6 -5 -3 4 5 17 37 0 7 18 2 1 0 0 2 0 0 1 3 2 0 0 1 0.80 1.03 77 P 0 -4 -1 0 -5 -1 -2 -3 -1 -5 -4 -1 -4 -6 7 0 -3 -6 -5 -4 10 0 3 5 0 2 1 1 1 0 1 4 0 0 68 5 0 0 0 0 1.62 0.96 78 N -2 -3 3 0 -4 -2 1 -4 5 -1 2 -3 -1 -1 -4 1 1 -4 -2 -3 1 0 14 5 0 0 8 0 17 3 25 0 1 2 0 12 11 0 1 0 0.44 0.90 79 K -1 1 -1 -2 -5 1 3 -4 1 -4 -1 5 -3 -4 -3 -2 -3 -5 -3 -4 5 4 1 0 0 4 21 0 4 0 8 53 0 0 0 0 0 0 0 0 0.76 0.74 80 F -3 -3 -2 -3 -4 -3 1 0 3 -3 -2 -3 -2 6 -4 -3 -3 -1 5 -3 0 0 1 0 0 0 12 7 10 0 0 0 0 45 0 0 0 0 24 0 0.96 0.63 81 E -2 -1 -2 2 -5 1 6 -4 -2 -5 -4 0 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -4 -4 0 0 0 7 0 4 85 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1.28 0.57 K Lambda Standard Ungapped 0.1418 0.3174 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1748 0.3175 PSI Gapped 0.0535 0.2670