Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Y -5 -5 -5 -7 -6 -5 -5 -6 -1 -5 -4 -5 -4 1 -6 -5 -5 -1 10 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 98 0 2.97 1.83 2 G -1 -5 -4 -5 -5 -5 -5 7 -5 -6 -6 -5 -6 -4 -5 2 0 -6 -2 -4 5 0 0 0 0 0 0 72 0 0 0 0 0 1 0 13 6 0 2 1 1.59 1.89 3 R -4 8 -3 -4 -7 -1 -3 -6 1 -5 -5 1 -5 -4 -5 -4 -4 -5 1 -4 1 81 0 0 0 1 0 0 3 0 0 5 0 0 0 0 0 0 6 1 1.95 1.90 4 G 1 -3 -2 -5 -5 -3 -3 6 -4 -3 -4 -2 0 -4 -5 2 -1 -3 -3 -2 11 1 2 0 0 1 1 56 0 2 1 2 3 0 0 13 3 0 1 3 1.03 1.92 5 W -3 -6 -7 -7 -6 -4 -6 -5 -5 -5 -4 -6 -2 5 -7 -6 -5 11 1 -4 2 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 1 25 0 0 0 66 3 1 3.07 1.92 6 D -1 -1 -1 0 -3 2 2 0 -1 -3 -5 3 -3 -6 -5 0 4 -6 -5 -3 5 2 3 4 1 10 16 7 1 1 1 16 0 0 0 6 24 0 0 1 0.54 1.95 7 G -2 -4 4 1 -3 -1 -1 5 -2 -4 -2 -1 -5 -6 -5 -1 -3 -6 -5 -2 3 0 18 7 1 3 3 45 1 1 5 4 0 0 0 4 1 0 0 3 0.85 1.90 8 C 0 -4 -3 -4 4 -4 -3 -5 -6 -1 -2 -5 -3 -4 -5 -3 2 -6 -5 6 6 1 1 1 7 1 2 1 0 1 1 0 0 0 0 2 13 0 0 64 1.23 1.92 9 A 1 -1 1 1 -5 1 1 -1 0 -4 -4 0 -2 -3 2 1 2 -5 -2 -3 13 3 8 6 0 6 9 5 2 1 1 7 1 1 12 11 12 0 1 2 0.29 1.87 10 Q 1 -3 3 2 -5 -2 -1 2 -2 -3 -5 -1 -3 -3 4 0 -1 -5 -5 -4 10 1 12 11 0 2 4 15 1 2 1 4 1 1 23 7 4 0 0 1 0.54 1.81 11 A 1 -1 0 1 -3 0 0 3 -3 -2 -3 -1 -2 -1 -2 0 1 -1 1 0 12 3 4 7 1 4 6 20 0 2 3 3 1 2 2 7 9 1 5 8 0.17 1.82 12 G -2 -2 5 1 -5 0 -1 3 0 -2 -3 -1 -3 -5 -1 0 0 -5 -3 -3 3 1 31 8 0 4 3 20 2 2 2 3 1 0 3 7 6 0 1 2 0.59 1.78 13 N -2 -2 6 4 -2 -1 -2 0 4 -4 -5 -1 -3 -3 -2 -1 0 -5 -3 -4 3 2 35 20 1 2 2 6 9 1 1 3 0 1 3 4 6 0 1 1 0.82 1.86 14 G -3 -5 1 -1 -5 -4 -3 7 -2 -5 -5 -3 -5 -5 -2 -2 -3 -6 -6 -5 1 0 5 3 0 0 1 78 1 1 1 1 0 0 3 2 1 0 0 1 1.64 1.93 15 Q -3 -3 -3 -5 -5 -1 -2 -4 -2 -1 5 -2 1 -1 2 -3 -3 -3 -1 -2 2 1 1 1 0 3 3 1 1 2 55 3 3 2 12 2 1 0 3 2 0.76 1.91 16 Y -3 -4 -2 -2 -5 -2 -4 2 1 -3 -1 -4 -2 5 -1 -4 -1 0 6 -4 2 1 2 2 0 2 1 13 3 1 5 1 1 28 4 1 3 1 28 1 0.95 1.90 17 Q 1 -1 -1 -2 -4 7 -1 0 -3 -5 -3 0 -2 -3 -3 0 1 -5 -3 -3 10 2 3 2 0 49 3 6 0 0 2 4 1 1 1 5 7 0 1 2 0.93 1.89 18 T -1 -2 -1 -3 -3 0 -2 1 -2 -4 -3 1 1 -3 5 2 0 -5 -4 -3 5 2 2 1 0 4 2 10 1 1 3 9 3 1 30 15 6 0 1 1 0.59 1.92 19 C 3 -3 -2 -4 3 -3 -4 1 -2 -2 -2 -2 -2 1 -4 2 1 -2 3 -1 26 1 2 1 7 1 1 12 1 2 3 2 1 7 1 14 7 1 9 4 0.43 1.86 20 T 1 -1 1 1 -4 0 0 0 -2 -3 -4 1 -3 -3 -2 1 4 -5 -1 -3 11 2 6 8 0 4 6 6 1 1 2 9 1 1 2 12 24 0 3 2 0.32 1.82 21 G 0 -2 -1 -2 -2 -1 -2 5 -1 -4 -4 0 -4 -2 0 0 0 -5 -5 -4 8 2 2 2 1 3 2 49 2 1 2 5 0 2 5 6 7 0 0 1 0.77 1.84 22 G 1 -3 -2 -2 -2 -2 -1 3 -3 -1 -2 0 -2 -1 3 0 0 -4 -2 -1 12 2 2 2 1 2 3 22 0 5 3 5 1 2 17 8 6 0 1 5 0.34 1.67 23 S 3 -3 -2 -1 -2 0 -2 1 1 0 -2 -1 -1 -1 2 1 1 0 -2 -1 23 1 1 3 1 4 2 10 3 5 4 3 1 3 10 10 8 1 1 4 0.23 1.81 24 S 1 -2 0 -1 -4 0 -2 2 -2 0 -3 -2 -2 -1 3 1 1 -4 -2 1 12 2 4 4 0 5 2 13 1 6 2 2 1 3 15 8 9 0 1 8 0.23 1.74 25 V 1 -1 -1 0 -2 0 0 1 -2 0 -2 1 0 0 0 -1 1 -1 0 1 11 3 3 6 1 4 6 10 1 5 4 9 2 5 6 4 8 1 4 8 0.06 1.62 26 G -2 -2 -1 -2 -4 -3 -3 6 -2 -2 -4 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -4 -3 -4 3 2 2 3 0 1 2 67 1 3 2 3 1 1 4 2 2 0 1 1 1.20 1.68 27 T -1 -2 0 -1 -2 -2 -2 0 -3 -2 -2 -1 -1 -2 -1 2 5 -1 0 0 5 2 3 3 1 2 2 6 0 2 4 3 2 2 4 15 36 1 3 5 0.46 1.62 28 W -2 -1 -2 -1 -2 -1 -2 -2 1 -2 -1 -2 -1 3 -2 -2 -1 9 3 -2 3 4 2 4 1 3 3 4 3 2 6 3 2 11 2 3 3 31 8 3 0.97 1.55 29 E -1 -1 -2 3 -4 0 5 0 2 -4 -3 -1 -1 -3 -2 -1 -2 -4 -1 -2 4 2 2 14 0 4 39 8 4 1 3 3 1 1 2 4 2 0 2 3 0.61 1.64 30 A 2 -2 2 1 -4 -2 -1 1 -1 -1 -3 -1 -1 -2 2 1 0 -4 -2 -2 18 2 11 7 0 2 3 11 2 3 2 4 1 2 12 9 6 0 1 2 0.26 1.65 31 G -1 -3 -2 -3 -4 -1 -3 6 -2 -3 -4 -3 -4 -3 -3 -2 -3 -4 -1 -2 4 1 2 1 0 2 2 68 1 1 2 1 0 1 1 3 1 0 3 3 1.25 1.69 32 S -1 -3 0 -1 -1 -1 -3 0 -2 2 -2 -3 0 0 -4 1 1 1 1 3 5 1 4 3 1 3 2 8 1 10 3 1 2 3 1 10 8 2 5 24 0.26 1.72 33 F -1 -3 0 -2 -2 0 -1 -3 -2 1 1 -3 1 2 -1 -1 0 5 2 2 6 1 4 2 1 4 5 2 1 7 13 1 3 10 3 4 5 8 7 13 0.26 1.77 34 D -1 -2 2 5 -5 -1 2 -1 -2 -3 -4 -2 -1 -3 2 1 0 -5 -3 -4 4 2 9 30 0 2 14 4 1 1 2 1 2 1 9 11 4 0 1 1 0.58 1.76 35 F -4 -5 -3 -5 -5 -1 -5 -3 -2 -1 -2 -5 -1 4 -2 -2 -4 6 8 -2 0 0 2 0 0 3 0 2 0 4 3 0 2 14 3 3 0 9 54 2 1.54 1.78 36 Y -1 3 0 -2 0 -1 -2 -1 2 -4 -4 3 -2 0 -2 -1 -1 5 4 -5 5 14 5 2 2 2 1 4 4 1 1 20 1 3 2 4 4 9 16 0 0.56 1.80 37 D -1 0 0 5 -2 1 1 -1 3 -3 -3 -1 -1 0 -5 -1 -1 -5 1 -1 4 4 4 30 1 7 8 4 6 2 2 4 1 4 0 5 4 0 4 5 0.44 1.81 38 L -2 -2 -3 -6 -4 -3 -3 -6 -2 5 4 -2 1 0 -5 -3 -2 -5 -2 1 3 3 1 0 0 1 2 0 1 32 35 3 2 3 0 2 2 0 2 7 0.76 1.81 39 E 0 0 -2 -2 0 1 1 -3 -2 0 0 3 3 -2 -2 -1 -1 -4 0 1 6 4 2 2 2 5 8 2 1 5 8 20 9 1 2 4 3 0 4 11 0.23 1.71 40 A 2 -1 3 1 -4 1 1 -1 -1 -2 -3 1 -4 -2 -2 0 1 -4 1 -3 15 3 12 9 0 6 10 4 1 3 2 10 0 2 2 7 7 0 5 2 0.24 1.68 41 N -2 0 5 1 -4 0 1 0 0 -1 -1 0 -1 -1 -3 1 0 0 -1 -2 3 4 26 6 0 3 8 6 2 5 7 5 2 3 1 9 5 1 2 2 0.31 1.67 42 Y -2 -1 -2 -4 -3 -2 -2 -2 -1 -1 2 -1 3 2 -2 -2 -2 0 6 -1 3 3 2 1 0 2 3 4 1 3 18 5 7 9 2 3 2 1 28 5 0.55 1.52 43 I 0 -2 -3 -3 -4 -1 1 -2 -4 3 3 -1 3 -2 -2 -1 1 -4 -3 1 7 2 1 2 0 3 9 4 0 15 24 4 7 1 2 4 8 0 0 8 0.29 1.60 44 N 0 -1 3 0 -5 -1 -1 3 -2 -3 -3 2 -2 -5 2 0 0 -5 -4 -2 9 2 16 6 0 2 4 19 1 2 2 11 1 0 12 5 5 0 1 2 0.38 1.73 45 K 1 1 1 1 -4 1 -1 -1 -1 -2 -1 3 -1 -3 -1 1 0 -1 -1 -3 11 6 7 7 0 6 4 5 2 3 6 18 1 1 3 10 7 1 2 1 0.19 1.69 46 N -1 -2 4 0 -1 1 -1 1 -1 -5 -3 0 -2 -5 4 1 -2 -1 -2 -3 6 2 19 5 1 6 4 11 1 0 2 5 1 0 19 11 2 1 1 2 0.46 1.72 47 G 0 -1 1 -1 -5 -1 0 5 0 -5 -5 0 -4 -5 -1 -1 -1 -5 -1 -2 7 3 7 4 0 3 5 46 2 0 1 7 0 0 4 4 3 0 2 3 0.70 1.61 48 Y 0 -4 -2 -5 0 -1 -4 -2 0 -1 -2 -4 0 4 -5 -2 -1 6 6 0 9 0 2 0 2 2 0 4 2 3 4 0 2 17 0 3 3 12 27 5 0.82 1.65 49 T -2 -1 -1 1 -5 2 2 -5 0 -1 -2 2 0 -2 -1 -1 4 -5 -1 1 3 3 3 6 0 8 13 0 2 3 3 12 2 2 2 4 23 0 2 8 0.34 1.73 50 R -2 5 -4 -4 -5 0 2 -3 0 -1 -1 0 0 0 -2 -1 -1 -4 3 1 3 28 0 0 0 3 12 2 2 3 6 5 2 3 2 4 3 0 10 10 0.44 1.70 51 Y -3 -1 -1 -3 -2 -2 -2 0 5 -2 -2 -2 -2 3 -5 -2 -3 -1 7 -2 2 3 2 1 1 2 2 7 14 2 3 2 1 10 0 2 2 1 39 3 0.97 1.69 52 W -4 2 -2 -4 -1 -3 -3 -4 1 -2 -3 -3 -2 2 -5 -3 -1 9 6 -1 0 12 2 1 1 1 1 1 3 2 2 1 1 8 0 1 5 29 24 4 1.30 1.67 53 N -3 -4 1 7 -6 -2 -1 -3 4 -3 -7 -4 -6 -6 -5 -2 -4 -7 -5 -6 2 0 6 74 0 1 1 1 10 2 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.78 1.75 54 D 0 -1 1 4 -6 0 4 -4 -1 -6 -4 -1 -5 -2 3 0 -1 -1 -3 -4 7 3 6 20 0 4 25 1 2 0 2 3 0 2 14 7 4 1 1 1 0.59 1.75 55 T 0 -1 -2 0 0 3 3 -3 -2 0 -3 1 -1 -4 -2 -1 1 -2 -2 2 7 3 2 6 2 12 16 2 1 4 2 8 1 1 2 4 9 1 1 18 0.28 1.75 56 A 5 -3 -2 -5 0 -1 -3 -1 -2 -2 -3 -2 -1 -5 -4 1 1 -6 -5 -2 57 1 1 0 2 2 1 5 1 2 2 1 2 0 0 11 10 0 0 1 0.87 1.75 57 K -2 0 -1 -1 1 3 2 1 -1 -1 -3 5 0 -4 -5 -3 -3 -6 -4 -3 2 5 2 4 3 12 12 13 1 4 2 34 2 1 0 1 1 0 1 2 0.59 1.68 58 V 5 -5 -3 -5 -4 0 -3 -1 -1 -3 -3 -4 -2 -2 -4 0 1 -6 -5 3 54 0 1 0 0 4 1 4 2 0 2 0 1 1 0 4 8 0 0 18 0.86 1.68 59 P 2 -4 -3 0 -1 -3 -3 -4 0 -4 -3 -4 -3 -4 6 2 0 -6 -3 -4 19 1 1 4 1 1 1 0 2 1 2 0 1 0 43 17 5 0 1 1 1.06 1.68 60 Y -4 -5 -6 -7 -2 -5 -5 -6 -1 -4 -3 -5 -1 2 -6 -4 -3 9 8 -3 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 2 7 0 1 1 30 54 2 2.25 1.68 61 L -1 -2 -4 -6 2 -3 -5 -4 -5 1 4 -1 0 -2 -5 2 -2 -1 -2 2 5 2 0 0 5 1 0 1 0 6 44 4 2 1 0 14 2 1 1 12 0.60 1.68 62 Y -5 -5 -5 -6 -3 -3 -5 -6 0 -3 -3 -4 -2 5 -6 -4 -4 6 8 -1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 23 0 1 1 10 55 4 1.88 1.66 63 N -3 -2 6 5 -6 0 -2 -3 0 -6 -5 0 -5 -6 -4 0 -2 -6 -5 -4 1 2 45 30 0 4 1 1 2 0 1 4 0 0 0 6 1 0 0 1 1.24 1.62 64 A 2 -1 -1 -2 -5 -1 0 3 -2 -4 -5 0 -5 -4 5 0 -3 -6 -3 -4 17 4 3 2 0 2 7 24 1 1 1 6 0 1 25 6 1 0 1 1 0.65 1.63 65 S 1 -3 2 2 -2 0 1 -1 -3 -3 -5 0 -3 -5 -3 3 2 -6 -3 -3 11 1 11 10 1 5 8 5 0 1 0 6 1 0 0 25 12 0 1 1 0.44 1.64 66 N -1 -1 2 0 -4 1 0 -2 -4 -3 -3 1 -4 -5 -3 2 5 -5 -4 -3 5 3 9 4 0 5 5 2 0 1 2 9 0 0 1 12 39 0 0 1 0.62 1.58 67 K -1 3 -1 -2 -4 1 -1 4 -2 -3 -4 3 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -4 -4 3 16 2 2 0 6 3 32 1 1 2 21 1 1 2 4 1 0 0 1 0.64 1.36 68 R -2 -2 -1 1 -3 1 3 -3 0 1 -1 0 0 -3 -3 -1 3 -2 -2 1 3 2 3 9 1 5 19 2 2 8 6 5 2 1 1 3 17 0 1 12 0.29 1.42 69 F -5 -6 -6 -7 -5 -5 -6 -6 -5 -1 3 -6 3 7 -6 -5 -5 5 0 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 33 0 7 46 0 0 0 8 2 2 1.48 1.61 70 I -3 -6 -4 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 0 -6 1 -1 -6 -4 -3 6 -1 3 2 0 1 0 0 0 0 0 0 52 7 0 3 2 0 1 0 10 2 20 1.23 1.59 71 S -1 -4 -3 -2 -4 -3 -3 -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 5 5 -6 -5 -4 2 0 0 1 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 55 39 0 0 0 1.34 1.54 72 Y -5 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -6 -1 -4 -4 -5 -4 5 -6 -5 -5 -1 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 0 79 0 2.41 1.48 K Lambda Standard Ungapped 0.1351 0.3160 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1688 0.3171 PSI Gapped 0.0517 0.2670