Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 5 -4 -3 -4 -3 -3 -3 1 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -4 3 3 -5 -5 -3 48 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 26 18 0 0 0 0.95 1.22 2 Y -4 -5 -4 -6 -6 -5 -5 -6 6 -2 -2 -5 -2 8 -6 -5 -5 -2 6 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 16 2 1 0 0 56 0 0 0 0 22 1 1.82 1.54 3 T -2 -1 -3 -2 -5 1 4 -2 -3 -2 -4 2 -3 -3 -3 1 4 -6 -2 -1 3 3 1 1 0 6 27 3 0 2 1 13 0 1 1 8 24 0 1 5 0.55 1.60 4 L -4 -4 -4 -7 -3 0 -6 -7 -6 0 6 -4 2 -1 -3 -5 -3 -5 -4 -1 1 1 1 0 1 4 0 0 0 2 80 1 4 1 1 0 1 0 0 3 1.31 1.61 5 P -2 -1 -4 -3 -6 -2 -2 -5 -3 -2 -5 -1 0 -5 8 -3 -2 -7 -5 -3 2 4 1 1 0 1 2 0 1 3 1 4 2 0 72 1 2 0 0 2 1.85 1.62 6 S 0 -1 0 3 -4 0 3 -3 -2 -5 -4 1 -3 -5 5 0 0 -6 -5 -4 9 2 4 15 0 4 17 1 1 0 1 9 0 0 23 5 6 0 0 1 0.61 1.63 7 L -5 -4 -7 -7 -5 -5 -6 -7 -3 -1 6 -6 0 -2 0 -6 -4 -5 -4 -1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 2 89 0 1 1 5 0 0 0 0 2 1.57 1.62 8 P -2 -3 -2 -1 -6 -2 -2 -2 -5 -6 -5 -1 -4 -7 8 -1 -2 -7 -6 -6 2 1 2 3 0 1 2 4 0 0 1 3 0 0 73 5 2 0 0 0 1.93 1.65 9 Y -5 -5 -4 -6 -2 -5 -5 -6 -2 -3 -3 -5 -3 4 -6 -5 -5 2 9 -4 0 0 1 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 12 0 0 0 2 81 0 2.37 1.67 10 A 4 -3 -1 4 -5 -1 0 0 -3 -5 -4 -1 -3 -5 2 0 -3 -6 -5 -4 32 1 3 21 0 2 7 7 1 0 2 4 0 0 10 7 1 0 0 1 0.60 1.69 11 Y -3 -2 -2 -2 -4 -2 -2 -5 1 -2 -1 1 0 2 -1 -3 -2 -1 8 -2 2 2 2 2 0 1 2 0 3 2 6 8 3 7 4 1 2 0 49 2 1.03 1.66 12 D -1 -3 4 6 -4 -2 0 0 1 -6 -6 0 -5 -5 -5 0 0 -3 -3 -5 5 1 18 41 0 1 5 6 3 0 0 5 0 0 0 7 5 0 1 1 0.87 1.63 13 A 6 -4 -4 0 -2 -3 0 0 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -4 0 -3 -6 -4 -3 69 0 0 5 1 1 6 7 0 0 0 1 0 1 0 7 1 0 0 1 1.10 1.65 14 L -5 -5 -4 -7 -1 -5 -6 -5 -3 0 6 -6 1 1 -4 -5 -4 -5 -2 -1 0 0 1 0 2 0 0 1 1 2 83 0 2 4 1 0 1 0 1 2 1.42 1.64 15 E 1 -3 -2 -1 -4 0 7 -2 -3 -4 -4 -1 -2 -6 -2 -1 -3 -3 -4 -4 12 0 1 3 0 3 64 2 0 1 1 2 1 0 1 5 1 0 0 1 1.14 1.66 16 P -1 -3 -2 -1 -5 -3 -3 -3 -2 -4 -5 -3 -5 -6 8 -2 -3 -6 -5 -4 4 2 2 3 0 1 1 2 1 1 1 1 0 0 77 2 1 0 0 1 2.05 1.55 17 H -1 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -4 7 -1 -1 -3 -2 4 -5 -2 -2 -1 5 1 6 1 2 1 1 1 1 1 22 4 5 1 1 15 0 2 2 0 22 11 0.82 1.55 18 F -3 -5 -5 -6 -2 -5 -5 -6 -5 7 2 -5 4 0 -5 -4 -3 -5 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 57 15 0 11 4 0 1 1 0 3 5 1.18 1.52 19 D -2 -3 -1 5 1 -2 -2 -2 -4 -4 -4 -2 -5 -5 -3 5 -1 -6 -3 -5 2 1 2 28 3 1 1 3 0 1 1 2 0 0 1 49 3 0 1 0 0.98 1.56 20 K 3 1 -2 -2 -2 1 3 0 -2 -4 -4 2 -3 -3 1 0 0 -5 -1 -3 23 7 2 2 1 6 18 6 1 1 1 12 1 1 7 5 5 0 2 1 0.37 1.56 21 Q 0 1 0 1 -5 3 4 -4 0 -4 -2 3 0 -5 -3 -2 -2 -5 -2 -4 9 7 3 7 0 11 31 1 2 1 4 15 2 0 1 2 2 0 1 1 0.54 1.52 22 T 0 -4 -2 -3 -4 -1 -1 -3 -4 3 -2 -4 0 -4 -4 -1 6 -5 -4 -1 6 0 2 1 0 3 4 1 0 16 2 0 2 0 0 4 56 0 0 3 0.93 1.49 23 M -3 -5 -2 -5 -1 -3 -5 -5 -5 1 3 -5 8 1 -5 -2 -3 -4 -4 2 1 0 2 0 1 1 0 0 0 7 24 0 38 5 0 3 1 0 0 13 1.03 1.52 24 E -3 3 1 2 -2 2 4 -2 1 -4 -4 0 -2 -2 -4 0 0 -1 -2 -4 1 15 5 10 1 8 29 2 4 1 1 5 1 2 0 7 5 1 2 1 0.52 1.58 25 I -1 -2 -3 -5 -1 -2 -3 -2 -2 4 3 -3 0 3 -5 -3 -2 1 2 0 6 2 1 0 1 2 2 4 1 21 27 1 2 11 0 1 3 2 7 6 0.46 1.49 26 H -4 -1 0 -4 -6 0 -3 -5 10 -1 -3 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -5 -2 -5 0 3 3 0 0 3 0 0 76 4 3 0 0 0 2 3 0 0 0 0 2.13 1.46 27 H -4 -1 -3 -5 -5 -3 -4 -5 9 -2 -2 -2 -4 0 -5 -2 -2 6 5 -2 0 3 0 0 0 0 0 0 46 3 5 2 0 2 0 2 2 9 21 2 1.53 1.59 28 T -2 -1 1 4 0 0 0 2 0 -3 -3 -1 -1 -1 -4 1 0 1 -1 -3 2 3 6 24 2 3 6 17 2 2 2 3 2 2 0 9 6 2 2 2 0.37 1.70 29 K 0 0 1 -1 1 1 1 -1 1 1 -1 2 1 0 -4 -1 0 -5 0 0 6 4 8 3 3 6 9 4 3 8 7 15 3 4 0 3 6 0 3 6 0.12 1.55 30 H -3 -3 1 -4 4 1 1 -4 3 1 0 -3 3 2 -4 -3 1 -3 2 1 1 0 8 0 8 8 8 1 8 8 8 0 8 8 0 1 8 0 8 8 0.35 1.23 31 H -1 0 1 0 -5 1 0 0 3 -4 -1 -3 2 1 1 -3 0 -4 2 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 0 6 0 6 6 6 0 6 0 6 6 0.10 1.67 32 Q 2 2 2 -3 -1 4 -1 -1 0 -3 -2 2 -1 -3 -3 -2 -2 -5 -2 -2 15 11 8 1 1 20 3 5 2 1 4 10 1 1 1 3 1 0 1 3 0.29 1.75 33 T 3 -2 0 0 -4 0 -2 2 -1 -2 -3 -1 -4 -5 -2 0 3 0 -5 -2 22 2 5 5 0 3 3 14 2 2 2 4 0 0 2 6 18 1 0 2 0.28 1.64 34 Y -2 -4 -1 -2 1 -1 -2 -5 1 -4 -2 -2 -4 2 -5 -1 -4 -2 8 -2 3 0 3 3 3 2 3 0 2 0 3 3 0 5 0 6 0 0 55 3 1.18 1.56 35 V -1 -1 0 -4 2 -4 -1 -5 2 1 -1 -4 1 0 -5 -4 0 -4 1 5 5 4 4 0 3 0 5 0 4 6 6 0 4 4 0 0 6 0 4 38 0.45 1.61 36 N -1 0 2 3 -5 -1 -1 -2 1 -1 -2 1 2 -5 -4 -1 1 -5 0 -1 4 4 11 15 0 3 4 3 3 4 4 10 6 0 0 4 10 0 3 4 0.17 1.65 37 N -1 0 1 0 -5 1 0 -1 3 0 -4 0 2 1 -5 0 0 -5 2 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 1 6 6 6 0 6 6 0 6 6 0.09 1.78 38 A 0 -2 -1 -3 0 -5 -5 -3 -5 -1 4 -5 0 2 -2 -2 -1 1 1 -1 8 2 3 2 2 0 0 3 0 3 41 0 2 9 2 2 3 2 4 4 0.45 1.91 39 N -2 -4 7 -1 -5 -1 -2 -2 0 -2 -3 -2 0 -5 -2 -2 -1 -6 0 -3 4 0 55 2 0 2 2 2 2 2 3 3 2 0 2 2 4 0 4 2 1.02 1.93 40 A 2 -1 1 0 0 0 0 -2 -1 0 -3 3 0 -2 -2 0 0 1 -4 -1 16 3 7 5 2 4 6 3 2 5 2 15 2 2 2 7 7 2 0 4 0.12 1.91 41 A -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.07 2.12 42 L -2 -2 -1 -2 1 -1 1 -2 0 3 1 -2 1 -1 -5 -2 -1 2 0 1 3 3 3 3 2 3 11 3 3 15 15 3 3 3 0 3 3 3 3 11 0.15 1.99 43 E -1 0 1 0 -5 1 0 0 2 0 -1 0 2 -5 1 0 0 -5 -4 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 0 0 6 0.06 1.78 44 S 0 -1 0 0 1 1 0 3 0 -2 -3 2 1 -1 -1 -1 -1 -5 -1 -2 6 3 5 5 2 5 6 19 3 3 3 13 3 3 3 5 4 0 3 3 0.13 1.98 45 L -2 -2 0 0 0 -1 -2 -1 3 -1 2 -1 2 0 -2 -1 1 2 2 -1 3 3 5 5 2 3 3 4 6 4 17 3 5 4 2 4 7 2 8 3 0.09 1.84 46 P -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 47 E 0 -2 -1 1 -5 0 4 -1 0 -1 -2 0 -1 -1 -2 -1 -1 1 -1 -1 7 2 3 8 0 5 29 4 2 3 4 6 2 2 2 4 3 2 3 4 0.26 2.12 48 F 3 -2 -1 -1 0 -2 -2 -3 -1 -1 2 -2 0 1 -2 -2 -2 2 1 -2 25 2 3 4 2 2 3 2 2 3 18 2 2 7 2 3 2 2 5 3 0.20 2.13 49 A 2 2 -1 0 -1 1 2 -2 2 -2 -2 0 0 -2 -2 -1 -1 -5 0 -2 14 12 3 5 1 6 14 3 4 2 4 5 2 2 3 4 4 0 4 3 0.14 2.15 50 N -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 51 L -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 52 P -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 0 5 5 0.04 2.01 53 V -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 54 E -1 -1 -1 1 1 0 3 -1 1 -1 -2 -1 0 1 -1 -1 -1 2 0 1 5 3 3 7 2 4 20 4 3 3 4 3 2 5 3 4 4 3 3 9 0.12 2.23 55 E -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 56 L -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 57 I -1 -2 -1 -2 1 -1 -2 -2 0 4 1 -2 2 -1 -2 -2 -1 2 0 2 5 3 3 3 3 3 3 3 2 19 11 3 5 3 3 4 4 2 3 13 0.16 2.17 58 T 1 0 1 -2 0 0 -2 -2 -1 1 -2 3 0 -2 0 -1 2 -5 -2 0 10 5 6 2 2 4 3 4 2 7 3 15 2 2 4 5 10 0 2 8 0.10 2.15 59 K 1 0 3 0 -1 2 -1 -1 1 -1 -2 2 -1 -2 -2 0 -1 0 0 -2 10 5 12 5 1 9 3 5 4 3 3 13 2 2 2 6 4 1 3 3 0.14 2.12 60 L 0 -1 -1 -1 1 -1 -2 -2 0 1 1 -2 1 -1 -1 0 0 4 0 0 7 3 3 4 3 3 3 4 2 8 16 3 3 3 4 7 6 5 3 8 0.05 2.21 61 D 0 -1 1 2 1 0 1 -2 1 -1 -2 -1 0 0 0 0 -1 2 1 -1 8 3 7 12 2 4 9 3 3 4 4 4 2 4 4 7 4 3 4 4 0.06 2.21 62 Q -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 63 L -1 -1 0 0 1 0 -1 -2 0 0 1 0 0 0 0 -1 -1 2 1 1 6 3 4 6 2 4 4 4 3 6 13 5 3 4 4 5 4 3 4 9 -0.01 2.10 64 P 0 -1 1 -1 -5 0 -2 0 0 0 -2 -1 0 -2 5 0 -1 1 -1 -2 7 3 6 3 0 4 2 6 2 5 3 4 2 2 26 8 3 2 2 3 0.31 2.04 65 A 3 -2 0 1 -1 0 2 -1 -1 0 -2 1 -1 -2 -1 -1 -1 0 -1 -1 20 2 4 7 2 4 12 4 1 6 4 7 2 2 3 5 3 1 3 3 0.11 2.04 66 D 1 -2 1 1 0 -1 1 1 0 -2 -1 0 -1 -1 -1 0 -1 -4 -1 -2 13 2 6 9 2 3 9 11 2 3 6 5 2 2 3 7 4 0 2 3 0.05 1.95 67 K 0 -2 0 -1 0 -1 -1 -1 0 2 1 0 0 -2 -1 1 -1 1 -1 -1 9 3 5 4 2 3 4 4 3 12 11 7 2 2 3 9 3 2 2 5 0.03 2.08 68 K -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 69 T 0 0 0 -2 0 1 -2 1 0 -2 0 0 0 -1 1 0 2 2 -1 -2 8 5 5 2 2 6 3 11 2 2 8 6 2 2 7 6 11 3 2 3 0.07 1.97 70 V 2 -1 0 -1 2 -1 -1 -1 0 -1 -1 0 0 -1 3 -1 0 2 -1 -1 14 3 4 3 4 3 5 5 2 3 7 6 2 3 16 4 5 2 2 4 0.15 1.98 71 L -2 -1 -1 -2 3 -1 -1 -2 -5 3 2 -4 2 0 -1 -2 -1 -5 0 2 3 3 3 3 5 3 4 3 0 16 19 0 4 4 3 3 3 0 3 16 0.29 1.99 72 R 0 4 1 -4 0 -1 -2 -2 0 -1 -2 0 0 5 -5 -1 -1 -4 1 -2 8 19 7 0 2 3 2 3 2 4 3 6 2 23 0 5 4 0 4 3 0.44 1.87 73 N -2 -2 6 -1 -1 -2 -1 -2 1 -5 -3 -2 -4 5 -5 -2 -2 -4 0 -3 3 3 40 3 2 2 3 3 4 0 2 2 0 25 0 2 2 0 2 2 0.97 1.86 74 N -1 -3 7 -1 -1 -1 -2 -3 5 -3 -4 -3 -1 -2 -3 -2 -2 -5 -1 -4 6 0 55 2 2 3 1 1 13 2 2 1 2 2 1 2 1 0 2 1 1.15 1.63 75 A 4 -3 -4 -5 -1 -1 -4 4 -4 -1 0 -4 -2 -2 -4 -1 -2 -1 0 -2 36 1 0 0 1 3 0 31 0 3 9 0 1 2 0 3 2 1 3 3 0.69 1.65 76 G 3 -5 -1 -4 2 -4 -4 6 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -4 1 -2 -5 -5 -3 25 0 3 0 3 0 0 49 0 0 1 0 0 0 0 11 3 0 0 2 1.06 1.63 77 G -1 -2 -3 -4 -5 5 0 6 -4 -5 -3 -3 -1 -2 -4 -1 -4 -5 -5 -5 3 2 0 0 0 25 5 52 0 0 3 0 2 2 0 3 0 0 0 0 1.11 1.54 78 H 0 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -5 9 0 -2 -4 -2 0 -5 -1 -3 -5 2 2 9 1 1 1 1 1 0 0 48 5 3 0 1 4 0 5 1 0 6 14 1.22 1.54 79 A -1 -1 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -2 3 0 -1 -2 2 -6 -3 -2 9 5 0 6 3 1 1 1 1 1 1 1 14 7 4 1 7 0 2 2 25 18 7 0.97 1.54 80 N -3 -4 8 -2 -2 -3 -4 -3 -1 -5 0 -4 -2 -3 -3 -1 -2 -7 -5 -5 2 0 77 0 1 0 0 1 1 0 12 0 1 1 1 2 1 0 0 0 1.68 1.56 81 H -5 -3 -1 -3 -6 -1 -3 -5 11 -6 -2 -4 -4 -4 -5 -4 -3 -5 1 -6 0 0 1 1 0 1 0 0 86 0 4 0 0 0 0 0 1 0 3 0 2.59 1.53 82 S 0 -2 2 2 1 -2 0 -3 -2 -2 -4 -2 -3 -4 -4 4 4 -3 -3 -3 6 1 8 10 3 1 5 1 1 2 1 1 1 1 0 31 25 0 1 1 0.59 1.56 83 L -4 -5 -6 -6 -5 -2 -4 -6 -1 3 4 -4 2 6 -6 -4 -3 -2 -1 -1 1 0 0 0 0 2 1 0 2 15 35 1 4 31 0 1 2 1 1 3 0.96 1.56 84 F -5 -6 -6 -7 -6 -4 -6 -6 -1 -3 -2 -6 -2 8 -7 -5 -4 2 6 -3 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 2 0 1 64 0 0 1 2 26 1 1.96 1.56 85 W -6 -3 -7 -7 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -3 -6 -4 3 -7 -6 -5 12 1 -6 0 2 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 13 0 0 0 82 2 0 3.46 1.49 86 K -2 1 3 0 -3 3 3 -3 1 -4 -4 3 -3 -4 -3 -1 0 -6 -2 -4 3 6 13 5 0 12 19 1 4 1 2 20 1 1 1 4 7 0 1 1 0.50 1.51 87 G -2 -4 4 -1 5 -2 -3 0 -3 2 -2 -4 0 -4 -5 3 -1 2 -3 0 2 0 21 3 10 1 1 6 0 13 2 0 3 0 0 24 3 2 0 7 0.55 1.52 88 L -4 -5 -6 -6 -4 -4 -6 -6 -5 1 4 -5 8 0 -6 -5 -1 -5 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 44 0 43 2 0 0 3 0 0 1 1.45 1.46 89 K -2 1 -2 -3 -2 2 -2 -3 -3 -5 -5 4 -3 -6 -4 5 -1 -6 -5 -5 1 8 1 0 1 7 1 1 0 0 0 24 0 0 0 55 1 0 0 0 1.02 1.35 90 K -3 3 -2 -3 -5 3 1 -4 -2 -5 -5 7 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 12 0 0 0 11 6 0 0 0 0 72 0 0 0 0 0 0 0 0 1.23 0.84 K Lambda Standard Ungapped 0.1301 0.3140 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1477 0.3178 PSI Gapped 0.0452 0.2670