Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 R -2 4 -2 -2 -5 1 -1 -3 -2 -5 -4 7 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -4 0 22 0 0 0 4 0 0 0 0 0 74 0 0 0 0 0 0 0 0 1.06 0.48 2 V -1 -4 -3 -5 -3 -4 -4 -5 -5 5 0 -4 0 0 -4 -3 -1 -4 -3 5 4 0 1 0 0 0 0 0 0 42 0 0 0 3 0 0 3 0 0 47 0.76 0.51 3 V 1 -3 -3 -4 -3 0 -2 -4 -4 2 3 -2 1 0 -4 1 2 -4 -3 2 10 0 0 0 0 6 2 0 0 14 29 1 2 3 0 10 12 0 0 11 0.28 0.52 4 V -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 2 0 -4 -1 2 -4 -4 -1 -4 -2 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 3 0 0 8 0 0 2 0 0 83 0.97 0.59 5 D -3 -2 0 7 -5 1 4 -2 -3 -5 -5 0 -4 -6 -3 -1 -2 -6 -5 -4 0 0 2 58 0 6 22 2 0 0 0 6 0 0 0 1 2 0 0 1 1.04 0.63 6 N -1 5 1 -3 -5 0 -1 -4 0 -2 -4 4 -1 -3 -3 1 0 -5 -3 -3 5 31 6 0 0 2 2 0 2 3 0 28 2 1 1 9 6 0 0 1 0.56 0.67 7 D -3 -3 4 7 -5 -2 -1 -1 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -1 -6 -3 -1 1 0 23 62 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 1 6 1.09 0.63 8 P -1 -3 1 -1 -5 -3 -3 -4 1 -4 -5 0 -4 -5 8 -2 -1 -6 -4 -2 3 0 7 3 0 0 0 0 4 0 0 6 0 0 70 1 2 0 0 4 1.58 0.62 9 V -1 1 -1 -4 -3 -3 -3 -4 -4 2 -1 -1 -1 -3 -2 -3 0 -4 -3 6 5 9 3 0 0 0 1 1 0 9 2 3 0 0 2 1 4 0 0 59 0.56 0.57 10 P -1 -1 -1 -2 -5 -2 0 -2 -3 -5 -5 4 -4 0 7 -1 -3 -5 -4 -4 3 1 2 1 0 0 5 2 0 0 0 28 0 5 49 4 0 0 0 0 1.10 0.64 11 T 1 -3 -2 -3 2 -3 -3 -3 -4 1 -3 -3 -2 -4 -3 2 6 -5 -4 1 9 0 0 0 5 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 16 52 0 0 10 0.68 0.66 12 S -1 1 0 5 -4 -2 -1 -3 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -2 5 1 -5 -2 -4 0 8 2 28 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 55 5 0 1 0 0.80 0.67 13 F -1 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -3 -2 -1 -4 -2 8 2 1 0 -2 0 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 62 9 11 7 0 0 2 0.98 0.69 14 E -1 -1 -2 3 -5 0 6 -4 -2 -4 -5 1 -4 -5 -3 1 -2 -5 -4 0 5 2 0 13 0 1 51 0 0 0 0 8 0 0 0 12 0 0 0 7 0.75 0.70 15 K -1 3 -2 -2 -5 0 2 -4 -3 -4 -2 6 -3 -4 -2 -2 -2 -5 0 -1 4 11 1 1 0 1 11 0 0 0 5 56 0 0 1 0 1 0 4 6 0.71 0.70 16 W 2 -4 -5 -5 -4 -3 -4 -4 -4 -4 0 0 -3 0 -5 -3 -4 12 0 -4 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 7 0 3 0 0 0 61 0 0 1.93 0.69 17 A 4 -1 -1 1 -3 -2 -2 3 -3 -5 -5 0 -4 -5 1 3 -2 -5 -4 -4 33 2 2 7 0 0 1 18 0 0 0 6 0 0 6 23 0 0 0 0 0.53 0.73 18 K -3 4 -2 0 -5 2 0 -4 -3 -4 -2 6 -3 2 -3 -2 -1 -4 -3 -3 0 17 1 4 0 8 3 0 0 0 4 47 0 9 0 0 3 0 0 1 0.68 0.76 19 P -2 -4 -4 -4 -4 -1 -4 1 -3 -1 -3 -3 -3 6 6 -2 -3 -3 1 -1 2 0 0 0 0 4 0 12 0 3 0 0 0 32 34 3 0 0 3 4 0.89 0.75 20 G -2 -4 -3 -3 -4 -3 -3 5 -4 -5 -5 -3 -4 -5 6 1 -3 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 47 0 0 0 0 0 0 38 11 0 0 0 0 1.26 0.73 21 H 1 1 -2 -4 -5 0 -2 -4 8 -5 -4 4 -3 2 -4 -1 -3 5 -1 -4 14 5 0 0 0 2 0 0 36 0 0 24 0 9 0 3 0 7 0 0 0.84 0.77 22 F -3 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -5 -4 -2 -1 -5 -2 9 -6 -4 1 5 2 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 75 0 0 9 7 3 0 1.50 0.83 23 D -1 0 0 2 -4 -2 -1 0 1 -5 -4 -2 -4 -5 -2 6 0 -6 -4 -4 2 5 4 11 0 0 2 8 4 0 2 0 0 0 2 59 2 0 0 0 0.73 0.87 24 R -3 6 -3 -3 -5 5 -1 -4 0 -5 -1 3 -3 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -4 0 36 0 0 0 26 2 0 2 0 8 19 0 0 0 3 2 0 0 0 0.85 0.87 25 T 1 -3 0 2 -4 -3 -1 3 -4 -2 -3 0 -3 -5 -4 1 3 -5 -4 1 12 0 5 11 0 0 3 18 0 2 2 7 0 0 0 10 19 0 0 11 0.33 0.87 26 L 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 1 5 0 4 1 -5 -4 0 -4 -3 -1 8 0 0 0 0 0 0 0 0 7 60 7 9 5 0 0 5 0 0 0 0.69 0.74 27 A 5 -3 -3 -4 -3 1 -3 0 -4 -3 -4 1 -3 -5 1 1 0 -5 -4 0 47 0 0 0 0 6 0 6 0 0 0 10 0 0 6 9 6 0 0 6 0.47 0.78 28 R 1 3 3 -2 -4 3 2 -3 -2 -5 -5 2 -3 -5 -3 2 -2 -5 -4 -4 14 14 14 0 0 14 14 0 0 0 0 14 0 0 0 14 0 0 0 0 0.51 0.67 29 G 1 0 -1 5 -4 -3 -2 4 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -3 1 -2 -5 -5 -4 14 6 0 30 0 0 0 34 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0.65 0.63 30 P 1 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 5 2 1 -3 4 -3 3 1 -2 -5 -3 -2 14 0 0 0 0 0 0 0 14 14 14 0 14 0 14 14 0 0 0 0 0.46 0.67 31 Q 1 -1 2 4 -4 2 1 -3 -2 -2 -2 2 1 -4 -3 0 0 -4 -1 -3 12 3 9 20 0 8 8 1 0 3 3 13 4 0 1 6 4 0 3 1 0.29 0.73 32 T -2 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -3 2 -3 -2 -2 -3 -3 2 7 -4 -3 -1 1 1 0 1 0 0 1 1 0 12 1 1 0 0 1 14 66 0 0 1 0.91 0.73 33 T -2 -3 -2 -3 3 -2 -3 -3 -4 -2 -3 -2 -2 -4 -3 0 7 -4 -3 -2 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 1.23 0.57 34 T -2 5 -2 -3 0 2 -2 -4 3 -3 -4 -1 -3 -4 -3 -1 5 -5 -3 -3 1 33 0 0 2 9 0 0 8 1 0 0 0 0 0 0 46 0 0 0 0.76 0.60 35 W -2 6 -3 0 -5 -2 -3 -4 1 -5 -4 -1 -3 -2 -4 -3 -3 11 -1 -4 3 42 0 6 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 43 0 0 1.53 0.58 36 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 2 -5 0 -2 -5 -4 -1 -5 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 69 16 0 0 0 0 0 4 0 0 10 1.01 0.65 37 W -4 -1 -5 -6 1 -4 -5 1 -4 -5 -3 -5 -3 0 -6 -4 -4 13 0 -5 0 4 0 0 4 0 0 10 0 0 2 0 0 2 0 0 0 78 0 0 2.60 0.68 38 N -3 -3 6 0 -5 -3 -3 -3 -1 -4 -4 -3 -3 5 -5 1 -2 -2 5 -4 0 0 44 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 0 9 0 0 19 0 0.92 0.70 39 L 0 -1 -4 -5 -4 -4 -4 3 -4 2 4 -4 -1 1 -2 -2 -3 -4 -3 -1 7 4 0 0 0 0 0 27 0 12 39 0 0 6 2 3 0 0 0 1 0.48 0.73 40 H -3 -3 -2 -3 -4 -2 -3 -4 9 3 0 -3 1 -3 -4 -3 -3 -4 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 56 22 6 0 4 0 0 0 0 0 0 2 1.08 0.67 41 A 5 0 -3 2 -3 -3 -2 -2 -4 -3 -3 -2 -3 -4 -3 2 -1 -5 -4 0 58 5 0 12 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 14 2 0 0 7 0.65 0.71 42 L -3 -2 0 5 -4 0 -2 -2 -3 2 -1 -3 1 -4 -4 -1 4 -5 -2 -2 0 2 3 36 0 4 0 3 0 17 4 0 5 0 0 2 25 0 2 0 0.55 0.72 43 A 5 -3 -3 -3 -3 -2 2 0 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 1 0 -5 -4 1 54 0 0 0 0 0 14 5 0 0 0 0 0 0 0 10 4 0 0 13 0.58 0.64 44 H -3 -2 3 -2 -5 -2 -2 -3 10 -5 -5 -2 -4 -3 -4 1 -3 -4 2 -5 0 0 16 0 0 0 0 0 61 0 0 0 0 0 0 13 0 0 5 0 1.29 0.67 45 D -3 -3 1 7 -4 -2 -1 0 2 -4 -4 -2 -4 -3 -3 -2 -3 -3 3 -4 1 1 5 57 0 0 1 6 5 1 1 1 0 0 1 1 1 0 11 1 0.84 0.66 46 F -3 -4 -4 -4 4 -4 -4 -4 -2 -2 0 -4 -2 7 -4 0 -3 -1 5 -3 1 0 0 0 9 0 1 1 0 0 9 0 0 51 0 9 0 0 16 1 0.99 0.71 47 D 0 -3 1 4 -5 1 4 1 -3 -4 -4 -2 -4 0 0 -2 -3 -4 -4 -4 10 0 5 26 0 5 26 10 0 0 0 0 0 5 5 0 0 0 0 0 0.49 0.74 48 T 1 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -2 -4 1 -2 -1 -1 -1 -4 5 2 -5 -4 -1 11 1 1 0 0 0 0 3 0 9 4 3 1 3 0 46 10 0 0 3 0.56 1.15 49 H -3 -1 -1 -3 -4 2 0 -3 9 -4 -2 -1 -3 0 -3 1 -3 -3 1 -2 1 2 2 1 0 10 7 1 44 1 4 4 0 4 1 10 1 0 4 4 0.95 1.03 50 T -2 -3 -2 4 -4 2 0 0 -3 -2 -2 -3 -3 -2 -3 0 5 -4 -4 -2 2 1 0 23 0 8 4 7 0 2 5 1 0 2 1 5 37 0 0 2 0.61 1.10 51 S -2 0 2 1 -4 -3 0 3 -3 -2 -4 -3 1 1 -4 4 0 -5 -1 -4 2 6 9 7 0 0 6 19 0 3 0 0 4 6 0 28 6 0 2 0 0.40 1.18 52 D -3 -4 4 3 -5 0 1 -4 3 1 -4 -3 4 -4 1 1 0 -5 -1 -2 0 0 16 15 0 5 8 0 7 7 0 0 11 0 6 13 7 0 2 2 0.43 1.19 53 L -1 1 -3 -4 -4 0 0 0 -4 -1 2 -1 3 -4 -4 1 3 -4 -4 0 5 7 0 0 0 4 8 7 0 3 21 3 6 0 0 9 18 0 0 5 0.26 1.16 54 E 0 -3 -3 -3 -4 3 4 1 -3 -4 0 0 -3 -4 -4 1 -3 4 1 -1 7 0 0 0 0 11 28 10 0 0 10 5 0 0 0 9 0 5 6 6 0.40 1.12 55 D 0 1 2 1 -4 -3 1 0 -3 -4 0 1 -3 2 -4 1 1 -4 2 -4 8 8 8 8 0 0 8 8 0 0 8 8 0 8 0 8 8 0 8 0 0.19 1.23 56 I 1 -4 1 -3 -3 -3 -3 -4 -4 4 2 -3 -1 -3 -4 1 2 -4 -3 3 10 1 7 1 0 0 1 1 0 20 15 1 0 0 1 12 10 0 0 20 0.37 0.84 57 S 1 -3 2 -3 -4 2 -3 1 4 1 -4 -3 -3 -3 2 1 1 -4 3 -3 10 0 9 0 0 9 1 10 9 10 1 1 0 0 10 10 10 0 9 1 0.33 1.01 58 R -2 6 -3 -3 -4 4 -1 -4 -3 -3 -1 0 -2 -4 -4 -2 0 -5 -4 1 3 43 0 0 0 21 2 0 0 0 8 2 0 0 0 2 5 0 0 12 0.71 0.82 59 K -2 3 0 -3 -5 2 -1 -4 1 -5 -5 7 -3 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -4 3 12 4 0 0 7 0 0 4 0 0 65 0 0 0 0 3 0 0 0 1.00 0.76 60 I 0 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -3 5 1 -3 -1 3 -3 -3 -2 -3 1 2 7 1 1 1 0 1 1 1 0 36 8 1 0 11 1 1 1 0 4 13 0.36 0.68 61 F -3 -3 -3 -3 -4 -3 1 -4 -3 -2 -1 -3 -2 7 1 -1 -3 4 1 -3 1 1 1 1 0 1 12 1 0 1 4 1 0 45 7 4 1 4 3 1 0.59 0.68 62 S 2 0 -2 -3 -3 -2 -2 -1 -3 -3 -2 -2 -2 2 -3 4 0 -3 -2 -3 18 6 1 1 0 1 1 4 0 1 4 1 0 11 1 33 4 0 0 1 0.25 0.68 63 A 4 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -2 2 1 -4 -3 2 38 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 0 1 17 9 0 0 14 0.33 0.68 64 H -3 2 3 -2 -4 3 -2 2 5 -4 -4 -2 -3 -2 -3 -2 -3 -3 4 -4 1 13 13 1 0 13 1 13 13 1 1 1 0 0 1 1 1 0 13 1 0.35 0.68 65 F -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -3 1 1 -3 -1 7 -4 -2 -3 4 0 -2 1 1 1 1 0 1 1 1 0 7 13 1 0 47 1 4 1 5 0 1 0.61 0.60 66 G 2 -3 0 -2 -3 -3 -3 6 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 0 -2 -3 -3 -2 15 1 4 1 0 1 1 50 0 1 1 1 0 1 1 4 1 0 0 4 0.57 0.59 67 H -2 0 -1 -2 -4 6 0 -3 7 -4 -3 0 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -1 -3 1 4 1 1 0 35 4 1 29 1 1 4 0 1 1 1 1 0 0 1 0.68 0.59 68 L -3 -3 -3 -4 -3 0 -3 -4 -3 1 4 -3 0 1 0 -3 -2 -3 -2 0 1 1 1 1 0 5 1 1 0 6 50 1 0 5 5 1 1 0 0 5 0.34 0.61 69 A 2 -3 -2 -2 -2 -2 -2 1 -3 0 -2 -2 -2 1 -2 3 1 -3 -2 -2 20 1 1 1 0 1 1 9 0 7 1 1 0 7 1 26 7 0 0 1 0.16 0.57 70 V -2 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 3 2 -3 -1 -2 -3 -2 2 -3 -2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 0 18 18 1 0 1 1 1 18 0 1 18 0.17 0.46 71 V -2 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 6 1 -4 1 -2 -4 -3 -2 -4 -3 2 3 1 1 1 0 1 1 1 0 52 9 1 3 0 1 1 1 0 0 13 0.64 0.77 72 F -1 -4 -4 -4 0 -4 -2 -2 -3 -2 -1 -4 0 8 -4 -1 -2 -2 0 -3 6 1 1 1 2 0 3 3 0 1 5 1 2 54 1 6 2 0 0 1 0.74 0.80 73 I -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 2 4 -4 1 3 -4 -3 -1 -3 -2 2 1 1 1 1 0 0 1 1 0 10 40 1 2 14 1 1 3 0 0 11 0.45 0.80 74 W -4 -1 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -3 2 -4 -2 -3 12 0 -4 1 5 1 1 0 0 1 1 0 1 1 1 0 6 1 4 1 65 0 1 2.08 0.80 75 L -1 -4 -4 -4 4 -3 -4 -4 -4 1 3 -3 3 -3 -4 -1 3 -4 -3 1 5 1 0 1 9 0 1 1 0 7 23 1 9 0 1 4 19 0 0 9 0.34 0.90 76 S 0 1 -2 -3 -3 -3 -3 1 -3 -3 -3 -2 -3 2 -3 4 1 -4 -3 0 7 8 0 1 0 0 1 9 0 1 1 1 0 8 1 38 6 0 0 8 0.33 0.90 77 G 1 2 2 -3 -4 2 1 1 -3 -4 -4 -2 -3 2 -4 1 1 -4 -3 -4 10 10 9 0 0 9 10 10 0 0 1 1 0 9 0 10 10 0 0 1 0.20 1.01 78 M -2 -4 5 -1 -4 -3 -3 -4 0 -1 -1 -3 6 1 -4 0 -2 -4 -3 0 3 0 28 3 0 0 0 0 2 3 6 0 23 5 0 6 2 0 0 7 0.51 1.05 79 Y 0 -4 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