Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 1 -2 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 5 3 -4 -3 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 75 20 0 0 0 0.73 0.34 2 A 2 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -1 -3 -4 -4 -2 -3 -5 7 1 1 -5 -4 -3 25 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 53 13 7 0 0 0 1.21 0.57 3 A 5 -3 -3 -3 -2 -2 0 -1 -3 -2 -1 -2 -2 -4 -3 0 2 -4 -3 0 67 0 0 0 0 0 6 2 0 0 5 0 0 0 0 2 12 0 0 7 0.67 0.60 4 M -3 -3 -4 -4 -3 0 -2 -3 -4 1 3 -3 7 0 0 -1 -1 -4 -3 1 0 0 0 0 0 6 2 1 0 5 27 0 34 4 5 4 2 0 0 9 0.64 0.79 5 A 3 -1 3 1 -3 0 -1 -2 -3 -4 -4 1 -3 -5 -3 3 1 -5 -4 -3 27 2 15 6 0 3 2 0 0 0 0 8 0 0 0 28 9 0 0 0 0.54 0.86 6 E -2 -1 1 -1 -5 5 5 -4 -1 -5 -5 -1 -3 -5 2 -1 1 -5 -4 -4 3 2 6 1 0 28 37 0 1 0 0 0 0 0 10 1 11 0 0 0 0.84 0.91 7 Q 0 1 -3 1 -5 4 2 -4 -1 -5 -4 -2 -4 -5 5 0 -3 -5 -4 -4 8 9 0 7 0 24 12 0 1 0 1 0 0 0 31 7 0 0 0 0 0.83 0.95 8 R -2 1 0 3 -5 0 3 -2 2 -5 -4 2 -4 -5 1 1 0 -5 -2 -2 2 6 3 15 0 4 21 3 4 0 1 13 0 0 7 10 6 0 1 3 0.42 1.01 9 H -2 -3 4 2 -5 -1 2 -3 1 -4 -3 -3 -4 1 0 -1 0 -3 4 -4 3 0 23 13 0 1 17 1 3 0 2 0 0 6 6 2 4 0 18 0 0.58 1.00 10 Q -2 -1 1 2 -5 4 3 -4 0 -4 -4 3 -3 -5 -3 1 1 -5 -4 -2 2 1 5 9 0 21 20 0 2 0 1 17 0 0 0 8 10 0 0 2 0.58 1.02 11 E -2 -1 3 4 -5 1 3 1 4 -5 -5 -1 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -1 -5 3 2 15 22 0 6 20 13 11 0 0 2 0 0 0 3 1 0 2 0 0.66 1.06 12 W -4 -3 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -4 -3 0 -5 -3 0 -5 -5 -4 11 4 -4 0 2 0 0 0 0 0 0 0 1 12 0 0 2 0 0 0 69 11 0 2.64 1.07 13 L -3 0 2 0 -5 6 -1 -3 2 -2 0 -1 -3 -1 -4 -1 -2 1 -3 -3 0 5 11 5 0 41 2 1 5 3 12 3 0 2 0 4 2 2 0 1 0.64 1.10 14 R 1 3 -2 1 -2 4 2 -2 -1 -5 -3 0 -3 -5 -4 1 -2 -5 -3 -3 11 17 1 9 1 22 12 3 1 0 3 5 0 0 0 12 2 0 0 1 0.49 1.12 15 F -2 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -2 1 3 -5 -1 6 -5 -4 -3 -3 -1 2 4 0 0 0 0 0 0 0 1 6 34 0 0 41 0 0 1 0 0 13 1.04 1.14 16 V -1 -5 -4 -6 0 -5 -5 -6 -5 4 3 -3 2 -2 -5 -4 -2 -5 -2 4 4 0 1 0 2 0 0 0 0 26 28 1 5 0 0 0 2 0 1 31 0.81 1.15 17 D 1 1 1 3 -5 0 3 -2 -3 -5 -4 1 -3 -4 -4 0 1 -5 -4 -3 13 7 6 19 0 4 21 2 0 0 1 8 0 1 0 7 11 0 0 1 0.48 1.17 18 L -1 -3 -5 -4 -4 -4 -5 -5 2 1 5 -2 0 1 -5 -3 -1 -4 0 0 5 1 0 1 0 0 0 0 6 7 58 3 2 4 0 2 3 0 3 6 0.72 1.17 19 L -3 -5 -6 -6 4 -5 -5 -6 -5 3 5 -4 1 0 -5 -5 -3 -4 -3 1 1 0 0 0 9 0 0 0 0 15 60 1 3 3 0 0 0 0 0 8 1.04 1.18 20 K 1 3 -2 -2 -2 3 -1 -3 2 -4 1 2 -3 -4 -4 1 -1 -5 -4 -2 14 16 1 2 1 14 2 1 5 0 16 12 0 0 0 11 4 0 0 1 0.38 1.18 21 N -1 0 2 0 -5 4 1 -2 1 -4 -3 2 -3 -2 -4 1 2 -5 -3 -4 4 4 8 4 0 24 9 2 4 0 3 11 0 1 0 12 12 0 1 0 0.44 1.17 22 A 4 -4 -2 -2 1 -1 -1 -3 1 2 0 -3 1 -4 -3 1 1 -5 -4 0 40 0 1 2 2 2 3 1 3 12 8 1 3 0 1 10 8 0 0 4 0.44 1.16 23 Y 0 -1 0 1 0 1 1 -1 0 -2 -4 1 -1 2 -3 2 1 -4 1 0 6 2 5 8 2 6 7 4 2 2 0 8 1 11 1 14 8 0 5 8 0.16 1.11 24 Q 1 -3 2 4 -3 0 2 -1 -2 -4 -4 -1 -4 -5 -2 1 1 -5 -4 -3 14 0 9 28 1 4 13 5 1 0 1 3 0 0 1 10 9 0 0 1 0.52 1.09 25 N 0 -1 -1 2 -4 3 3 -3 -1 -3 -3 0 -3 -5 3 1 -1 -5 -2 -1 7 3 2 12 0 12 20 1 1 1 3 6 0 0 14 9 4 0 1 4 0.38 1.06 26 D -1 -2 1 4 -5 1 4 1 -2 -5 -5 1 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -4 5 0 5 25 0 7 30 10 1 0 0 10 0 0 1 2 2 0 0 1 0.67 1.04 27 L -1 0 -1 2 -3 2 3 -4 0 -1 1 1 0 0 -4 -2 -2 -2 -2 -1 6 4 2 13 1 11 19 0 2 3 16 9 2 5 0 2 1 1 1 3 0.27 1.03 28 H 0 -3 -4 -2 -4 0 0 -5 5 2 3 -3 4 -2 -3 -3 -1 -4 -2 0 9 0 0 2 0 5 5 0 14 14 27 1 13 1 1 1 2 0 0 5 0.47 1.00 29 L 1 1 0 2 -4 2 2 -2 1 -2 0 0 -1 -2 -4 0 -1 -5 -2 -2 11 7 5 12 0 10 15 3 4 2 12 4 1 2 0 7 4 0 1 2 0.21 0.99 30 P 1 0 -1 2 -3 1 1 -3 -2 -1 0 0 2 -1 3 -1 0 -5 -4 -1 11 5 2 10 1 6 11 1 0 3 8 6 7 2 15 3 6 0 0 3 0.22 0.94 31 L -1 -2 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -4 1 4 -3 1 5 -5 -4 -3 -3 -1 0 4 3 0 0 0 0 0 0 0 8 48 2 2 27 0 0 0 0 0 6 0.84 0.92 32 L -4 -4 -5 -6 1 -4 -5 -6 -5 0 5 -5 2 4 -5 -4 -3 -3 -2 -1 0 0 0 0 3 0 0 0 0 2 68 0 4 22 0 0 0 0 0 2 1.11 0.92 33 N -1 1 0 2 -4 3 1 -1 0 -4 -4 1 -1 -5 0 1 2 -1 -4 -4 4 7 3 13 0 14 10 4 2 0 1 9 1 0 5 10 15 1 0 0 0.36 0.92 34 L 0 -4 -1 2 3 -1 0 -2 -4 -1 3 -3 4 0 -4 -1 -3 -4 -3 -1 8 0 2 15 7 2 7 2 0 2 33 0 10 4 0 4 0 0 0 3 0.38 0.90 35 M -4 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 5 -4 4 3 -5 -4 -3 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 68 0 14 11 0 0 0 0 0 0 1.08 0.88 36 L -3 -4 -5 -6 4 -4 -5 -5 -4 -1 5 -4 4 3 -5 -3 -2 -3 -2 -1 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 63 0 10 12 0 1 2 0 0 0 1.00 0.88 37 T -2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 1 7 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 92 0 0 0 1.54 0.93 38 P 0 -2 -2 1 -1 -1 0 -4 -1 -3 -4 0 -2 -1 7 -1 -2 -5 -2 -4 7 2 1 7 1 2 5 0 1 1 1 5 1 3 59 2 1 0 1 0 1.26 0.93 39 D 2 -2 1 5 -4 -1 2 0 -1 -5 -5 1 -4 -3 -2 0 -1 -5 -4 -4 18 1 4 34 0 2 11 6 1 0 0 10 0 1 1 7 2 0 0 0 0.59 0.93 40 E -3 -2 -2 0 -6 0 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.82 0.93 41 R -3 6 -3 -4 -5 2 -3 -5 -1 1 2 1 0 -3 -4 -3 -2 -4 0 -1 1 44 0 0 0 9 0 0 1 8 20 7 3 0 0 0 2 0 3 3 0.71 0.98 42 E 0 0 1 2 -5 0 4 -2 1 -4 -3 1 -4 -3 -4 0 0 -5 -4 -2 6 5 8 13 0 3 33 2 3 0 2 9 0 1 0 7 5 0 0 3 0.49 0.97 43 A 4 -2 -1 3 -4 0 2 -3 -3 -4 -4 -2 1 -5 -3 1 -1 -5 -4 -2 45 2 1 16 0 4 13 0 0 0 0 1 4 0 0 10 2 0 0 2 0.63 0.97 44 L -3 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 4 4 -5 3 2 -5 -4 -3 -4 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 44 0 8 8 0 0 0 0 2 9 0.91 0.97 45 G 3 -3 0 -2 0 -1 -2 3 -4 -1 -1 -2 -2 -4 -1 1 -1 -1 -4 0 31 1 4 1 2 3 1 20 0 4 5 1 1 0 2 13 3 1 0 8 0.36 0.97 46 T 1 -1 1 1 -4 0 1 -1 0 -3 1 1 -1 -4 -4 0 2 -5 -4 -2 14 2 8 9 0 4 8 5 2 0 13 10 2 0 0 6 17 0 0 1 0.23 0.97 47 R -4 8 -3 -4 -6 -1 -2 -5 -2 -5 -4 0 -4 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.03 0.97 48 V -1 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 1 2 -4 1 1 -5 -4 -1 8 2 3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 8 19 0 3 5 0 0 4 25 8 25 0.92 0.83 49 R 0 4 2 -3 0 2 0 -4 1 -3 0 2 -2 -4 -4 -1 -1 -5 -3 -2 6 25 13 0 3 12 4 0 3 0 13 12 0 0 0 4 3 0 0 3 0.41 0.83 50 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 6 2 -4 3 -2 -5 -4 -3 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 53 18 0 7 0 0 0 0 0 0 22 1.03 0.83 51 I 0 -4 -5 -5 4 -4 -4 -5 -4 3 1 -4 2 3 -4 -3 0 -3 2 3 9 0 0 0 10 0 0 0 0 15 10 0 4 14 0 0 5 0 7 26 0.55 0.83 52 E -1 3 1 0 0 3 1 -2 2 -3 -4 3 -3 -4 0 -1 -2 -1 -1 -2 4 14 7 4 2 16 7 2 5 2 1 21 0 0 5 3 1 1 2 2 0.42 1.02 53 E 1 -2 -3 0 -4 0 4 -2 0 -3 2 -1 3 -2 -2 -2 -1 -4 -2 -2 11 1 0 5 0 4 33 2 2 0 21 2 9 1 2 1 3 0 1 1 0.44 1.07 54 L -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 1 6 -5 3 -2 -5 -5 -4 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 89 0 6 0 0 0 0 0 0 0 1.45 1.11 55 L -1 -2 -4 2 -4 -2 -1 -5 0 1 4 -3 3 -1 -5 -3 -2 -4 0 -1 4 2 0 11 0 1 3 0 3 6 53 1 6 2 0 1 1 0 3 2 0.61 1.08 56 R 0 3 1 1 -5 2 2 -4 1 -5 -2 3 -4 -5 -4 0 -2 -5 0 -4 8 19 8 9 0 8 11 0 3 0 4 19 0 0 0 7 1 0 4 0 0.47 1.11 57 G 0 -2 0 -1 -5 0 0 6 -4 -5 -5 1 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -5 -5 5 1 4 3 0 5 6 62 0 0 0 8 0 0 0 4 2 0 0 0 1.03 1.08 58 E -1 -1 0 1 -4 1 4 2 -1 -3 -3 2 1 -4 -3 0 0 -4 -3 -3 4 1 5 7 0 5 27 15 1 1 1 13 4 1 1 6 6 0 1 1 0.39 0.86 59 M -3 -1 -2 -3 0 -2 -3 -4 2 2 2 2 5 -2 -4 -3 -2 -4 0 2 0 2 1 1 2 1 1 0 7 10 18 12 20 0 0 1 2 0 4 16 0.46 0.96 60 S -1 -3 -1 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -3 -4 -4 5 5 3 -5 0 -4 2 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 47 16 0 3 0 1.02 1.00 61 Q -3 -1 -2 -3 -5 8 -1 -4 2 -5 -4 -1 -3 -3 -4 -3 -3 -3 4 -4 0 0 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