Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 4 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 3 4 -4 -3 -2 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 33 0 0 0 0.78 0.67 2 I -1 -5 -4 -5 9 -4 -5 -5 -5 1 0 -5 -2 -4 -5 -2 2 -5 -4 1 4 0 0 0 57 0 0 0 0 7 8 0 0 0 0 1 13 0 0 10 1.49 0.91 3 R -3 5 -2 -3 -5 5 -2 -4 1 -4 -5 4 -3 -5 -2 -1 0 -5 -4 -5 1 32 1 0 0 29 0 0 3 1 0 22 0 0 2 2 7 0 0 0 0.98 1.08 4 L -4 -4 -6 -6 4 -3 -5 -6 -1 1 5 -3 2 0 -5 -5 -4 -4 -3 2 0 1 0 0 7 1 0 0 2 5 63 1 4 3 0 0 0 0 0 12 0.98 1.17 5 P -1 2 -2 -2 -4 -1 -2 -3 -3 -4 -4 0 -4 -4 7 -2 -2 -4 -4 -4 5 13 1 1 0 2 2 1 0 1 1 5 0 1 60 3 2 0 0 1 1.41 1.06 6 A 2 -1 -3 -3 3 -4 -4 2 -5 -2 4 -4 0 -2 -1 -2 -2 -5 -3 -1 16 3 1 1 6 0 0 14 0 0 43 0 2 1 3 3 1 0 1 3 0.53 1.34 7 H -3 2 4 -2 -5 1 -2 4 5 -5 -4 -2 -2 -5 -3 0 -3 2 -4 -4 1 10 18 1 0 6 2 31 14 1 1 1 1 0 1 6 1 2 0 1 0.74 1.41 8 L -3 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -5 -6 6 4 -5 0 -1 -5 -4 -2 -5 -4 2 2 0 0 0 1 0 0 1 0 41 37 0 2 2 0 1 1 0 0 13 1.06 1.45 9 R -1 2 -2 -4 -2 -4 -4 -2 -2 -2 -3 -2 -5 -5 7 1 -1 -1 -4 -4 5 14 1 0 1 0 0 2 1 3 2 1 0 0 53 10 4 1 0 1 1.25 1.49 10 L 1 -1 0 -3 -1 -1 -1 -3 -3 2 1 3 -2 -1 1 0 0 -5 -2 -2 10 3 4 1 1 3 3 1 0 13 12 21 1 3 6 7 7 0 2 2 0.22 1.51 11 Q -4 -3 2 7 2 2 0 -4 3 -6 -5 -1 -5 -6 -3 -3 -4 -7 -3 -5 0 1 9 59 4 11 3 0 7 0 1 3 0 0 1 0 0 0 1 1 1.32 1.51 12 P -3 -5 -5 -5 -6 -4 -4 -2 -5 -5 -3 -4 -5 -2 9 -4 -4 -6 -5 -3 1 0 0 0 0 0 0 4 0 0 2 0 0 2 89 0 0 0 0 1 2.54 1.52 13 I -1 3 0 -3 -2 2 0 -4 0 -3 -2 0 2 0 -5 1 0 5 0 -1 5 19 5 1 1 10 7 1 2 1 4 4 6 5 0 10 5 7 3 5 0.35 1.58 14 Y -2 -1 -1 0 -2 3 1 -4 -1 -2 3 0 -1 2 -5 -1 -1 -3 2 -2 3 3 3 6 1 12 11 1 1 1 27 5 1 8 0 4 3 0 6 3 0.29 1.56 15 W -5 -3 -6 -7 -5 -5 -6 -6 -5 -5 -2 -6 -4 -2 -7 -3 -5 13 -1 -6 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 2 0 90 0 0 3.74 1.53 16 S -2 -3 2 -1 -1 -1 -3 -3 -4 -2 -4 -2 -4 -5 -3 5 4 -6 -5 -4 1 1 8 4 1 2 0 1 0 2 2 2 0 0 1 44 31 0 0 0 0.93 1.60 17 R 0 3 -1 -3 0 0 3 -5 -2 -2 -4 2 1 -4 0 0 0 -6 -2 0 8 15 3 1 2 4 18 0 1 3 1 14 4 0 6 8 5 0 1 7 0.35 1.60 18 D 1 -2 0 2 -1 2 4 -1 0 -3 -3 -2 -2 -2 -3 0 0 1 0 -2 12 2 4 12 1 9 25 5 2 1 2 2 1 2 1 7 5 2 3 3 0.34 1.60 19 D -3 -3 1 5 -6 4 1 -3 7 -6 -6 -2 -5 -6 -5 -3 -4 -6 -4 -6 1 0 7 34 0 22 6 1 24 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1.23 1.56 20 V -2 -5 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -6 2 -2 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -5 -4 7 3 0 0 0 0 0 2 2 0 10 1 0 0 0 0 1 4 0 0 76 1.35 1.50 21 A 1 1 -1 -3 3 1 -2 -2 0 1 1 1 0 -1 -4 -1 -1 5 0 -1 14 6 3 1 6 7 2 3 3 7 15 7 3 3 0 4 3 7 3 4 0.21 1.47 22 Q 0 2 -2 0 -2 4 2 -3 5 -3 -3 1 -1 -5 -4 0 1 -1 -1 -2 8 9 1 6 1 17 12 1 13 1 2 8 1 0 0 7 7 1 2 2 0.41 1.47 23 W -5 -1 -5 -6 0 -4 -5 -3 -4 -5 -4 -5 -4 1 -5 -5 -5 12 1 -5 1 4 0 0 2 0 0 2 0 0 1 0 0 5 0 0 0 81 2 0 3.27 1.48 24 L -2 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 5 -3 2 0 -5 -3 -2 -5 -4 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 19 51 2 5 4 0 2 2 0 0 11 0.92 1.61 25 K -2 3 0 -1 -2 4 0 -3 2 -1 0 0 0 -2 -4 1 -2 0 -1 -1 2 18 5 3 1 16 7 1 5 4 10 4 2 1 0 11 2 2 2 4 0.32 1.57 26 W -3 -4 -1 -1 0 0 -1 -5 3 -4 -3 -4 -4 2 -5 -2 -2 11 3 -3 2 0 3 4 2 5 3 0 7 0 3 0 0 7 0 3 3 46 8 2 1.69 1.64 27 A 3 -4 -1 -3 5 0 -2 -3 0 0 -1 -1 3 -4 -4 -1 2 -5 -2 1 26 0 3 2 10 4 3 2 2 4 6 3 6 0 0 5 12 0 2 10 0.38 1.66 28 E 1 0 -1 -4 3 0 2 -2 -1 1 -2 0 2 -2 -4 1 0 -5 -2 1 10 4 2 0 7 3 12 4 2 9 3 5 6 2 0 12 6 0 2 11 0.22 1.69 29 N -1 3 2 1 -5 1 -1 -2 4 -2 -3 3 -1 -5 -4 -1 -1 -5 -1 -2 6 15 10 7 0 6 4 2 9 2 2 20 2 0 0 4 4 0 2 3 0.42 1.69 30 E -1 2 1 0 -5 4 1 0 1 -1 -2 1 -4 -5 -4 1 -1 -5 -4 -1 4 9 5 4 0 22 9 7 4 4 4 9 0 0 0 11 4 0 0 4 0.36 1.62 31 F -4 -4 -1 -4 2 -4 -1 -2 3 0 -1 -2 1 5 -1 -2 -1 2 4 0 0 0 4 0 4 0 5 3 7 5 4 3 3 23 4 3 4 3 14 7 0.47 1.62 32 S 0 1 1 3 1 1 -1 1 -1 -4 -5 0 -4 -3 -1 3 -2 -5 -5 -4 7 7 7 13 2 5 3 12 1 1 0 6 0 1 3 21 2 0 0 1 0.31 1.72 33 L 0 -5 -3 -5 1 -3 -5 -5 -5 1 5 -5 1 0 -5 -3 -2 -4 0 -1 8 0 1 0 3 1 0 0 0 8 56 0 2 4 0 2 2 0 3 3 0.76 1.72 34 R -1 1 0 -1 0 1 1 -2 1 -2 -3 -1 0 -5 4 1 0 1 -1 -1 4 9 4 4 2 6 8 3 4 2 3 3 2 0 17 10 6 2 2 4 0.21 1.89 35 P -1 0 1 1 3 0 1 0 2 -2 -2 -1 0 -2 2 0 -1 -5 -1 -3 5 5 6 9 6 3 8 7 5 2 3 3 2 2 11 7 3 0 2 2 0.13 1.87 36 I -1 -5 -5 -5 -4 -1 -2 -1 -5 4 1 -5 2 1 0 -1 1 -5 -4 3 5 0 0 0 0 3 3 4 0 22 10 0 4 5 5 5 8 0 0 20 0.38 1.89 37 D -2 -1 3 4 -1 -1 1 -1 0 -2 -3 -2 -1 -5 2 0 -2 0 -2 -2 3 4 14 21 2 2 8 5 2 3 3 3 1 0 11 5 2 1 1 3 0.31 1.94 38 S 0 -2 -2 -2 -1 -2 1 -3 0 1 1 -1 3 3 -1 0 0 -5 -1 0 8 2 1 2 1 2 9 2 2 7 13 4 7 11 3 7 5 0 2 6 0.11 1.99 39 N 1 -1 1 1 -1 3 1 0 2 -3 -3 -2 0 -3 -2 2 1 -6 -2 -3 11 3 6 7 2 11 9 6 4 1 3 2 2 1 2 16 7 0 1 1 0.22 1.90 40 T -3 2 1 1 1 1 -1 -1 2 -2 0 2 -1 1 -1 -1 -2 -5 0 -3 2 13 5 9 3 6 3 5 5 3 9 13 2 6 3 5 3 0 4 2 0.17 1.84 41 F -5 -2 -5 -6 2 0 -5 -6 1 -1 0 -5 -1 7 -3 -3 -5 5 0 -2 0 3 0 0 4 5 0 0 3 2 9 0 2 53 2 2 0 7 2 3 1.23 1.81 42 E -1 0 3 1 1 2 2 -2 2 -3 -4 -1 -2 -5 2 0 -1 -1 -2 -2 4 5 14 7 3 10 14 4 5 1 2 3 1 0 12 5 4 1 1 3 0.34 1.82 43 M -2 -1 -1 -1 1 -1 -1 -5 -4 3 1 -1 6 0 -1 -2 -1 2 0 -1 4 3 3 3 3 3 4 0 0 14 11 4 24 3 3 3 3 3 3 4 0.44 1.67 44 N -1 -1 3 3 2 1 -1 0 1 -5 -5 0 -4 -5 0 1 3 -5 -4 -4 5 4 12 14 4 5 4 7 3 0 1 5 0 0 4 9 19 0 0 0 0.37 1.67 45 G -1 -4 -3 -4 -4 -4 -4 7 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -4 -1 -4 -4 -5 -5 3 0 0 0 0 0 1 88 0 0 1 0 0 0 0 3 0 0 0 1 1.83 1.31 46 K 1 3 -2 -2 -2 2 -1 -4 1 -2 -2 4 -1 -4 -1 -1 -1 -5 -1 -1 13 16 1 2 1 7 3 0 3 2 3 28 2 0 2 5 3 0 2 5 0.45 1.44 47 A 2 -1 -2 1 -4 4 3 -1 0 -2 -3 -2 0 -5 -4 -2 1 -5 -3 -1 18 2 1 8 0 17 23 4 2 2 2 2 3 0 0 2 9 0 1 4 0.45 1.44 48 L -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -5 1 6 -5 3 0 -5 -5 -4 -4 -3 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 5 76 0 7 2 0 0 0 0 0 5 1.26 1.37 49 L -1 -3 -3 -5 10 -3 -5 -3 -4 -1 0 -4 -1 -2 -4 -1 -2 -4 -1 -1 4 1 1 0 63 1 1 1 0 4 8 0 1 2 0 3 1 0 2 3 1.77 1.35 50 L 0 0 1 0 -1 3 0 -1 -1 -2 1 1 0 -2 -3 1 -1 -4 -2 -2 9 5 8 4 1 12 6 4 2 2 13 9 3 1 1 12 4 0 1 2 0.15 1.35 51 L -4 -2 -5 -5 2 -4 -4 -5 -4 -1 4 -4 7 0 -5 -4 -2 3 -1 -1 1 2 0 0 4 0 1 1 0 1 45 0 30 3 0 1 2 4 2 3 1.07 1.35 52 T -1 0 1 -1 -4 1 -2 1 -4 -4 -4 -2 -4 -5 -1 3 4 -5 -4 -3 4 4 6 2 0 5 1 12 0 0 1 1 0 0 2 27 30 0 0 1 0.60 1.37 53 K -2 3 -2 -2 -2 2 1 -4 1 -3 1 4 0 -3 -1 -1 -2 -1 -1 -2 2 13 2 1 1 8 9 1 4 1 14 28 2 1 3 3 1 1 2 3 0.43 1.36 54 E -1 -1 -1 4 -2 1 5 -3 -1 -3 -4 0 -4 -5 -2 0 -1 -5 -3 -2 6 2 3 20 1 6 35 1 1 1 1 6 0 0 1 7 3 0 1 4 0.61 1.37 55 D -1 -1 1 5 -1 1 3 -1 -1 -5 -5 -1 0 -3 -4 -1 -2 -5 -2 -5 6 3 6 37 2 7 20 4 2 0 1 2 3 1 0 3 1 0 1 0 0.72 1.37 56 F -2 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -4 -1 1 -5 1 8 -5 -4 -4 3 1 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 2 12 0 3 69 0 0 0 4 2 0 1.63 1.37 57 R -1 3 -2 -4 2 2 -2 -2 -1 0 2 1 2 -2 -3 -2 -1 0 -2 0 4 15 1 0 4 9 3 3 2 4 24 7 5 1 1 2 4 1 1 8 0.27 1.42 58 Y 1 2 0 0 -2 2 2 -2 2 -3 -1 1 -2 -1 -2 0 -2 -1 0 -2 11 12 4 4 1 10 15 3 4 1 6 7 1 3 1 7 2 1 3 3 0.21 1.47 59 R -1 5 -2 -4 -2 -3 -3 -3 -2 1 2 1 1 -3 -4 -3 -1 -1 -3 -1 6 35 2 0 1 0 1 2 1 8 22 6 3 1 0 2 4 1 1 4 0.59 1.51 60 S 3 -4 -2 -1 2 -3 -3 -1 -3 0 -2 -4 -1 2 -2 2 1 -5 -3 2 28 0 1 3 5 1 1 4 1 5 4 0 2 8 1 15 7 0 0 13 0.38 1.53 61 P -1 -3 -3 -3 -5 -3 -3 2 -4 -3 -3 -1 -3 -5 7 -1 -2 -5 -5 -3 6 1 1 1 0 1 1 14 0 1 3 3 1 0 58 5 2 0 0 1 1.40 1.53 62 H -1 -1 -1 1 -3 0 0 0 1 -2 -2 0 -2 3 1 0 -2 0 3 -1 5 3 3 7 1 5 7 7 3 2 4 5 1 14 7 9 2 1 11 4 0.20 1.59 63 S 0 -4 3 1 3 -3 -3 1 -2 -3 0 -2 1 -2 -3 2 -1 -2 0 1 7 0 12 7 5 1 1 13 1 1 8 2 3 2 1 15 3 1 3 12 0.22 1.54 64 G 0 -3 0 -2 -5 -4 -3 6 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -2 -1 -1 -5 -5 -3 8 1 4 2 0 0 1 70 0 0 1 0 0 0 2 4 3 0 0 2 1.36 1.58 65 D -2 -2 2 6 -6 -1 2 -2 0 -4 -5 0 -4 -5 -2 0 -3 -7 -3 -3 3 2 7 50 0 2 13 2 2 1 1 4 0 0 2 6 1 0 1 2 0.98 1.69 66 E -3 -3 -2 -4 -5 -1 -2 -4 -2 5 1 -3 1 -3 -6 -3 0 -5 -1 4 1 2 2 1 0 2 3 1 1 31 13 1 3 1 0 2 6 0 3 29 0.70 1.69 67 L -5 -4 -6 -7 -5 -5 -6 -5 -6 0 6 -6 0 3 -4 -6 -3 -4 -3 -1 0 1 0 0 0 0 0 1 0 3 77 0 1 12 1 0 1 0 0 2 1.38 1.66 68 Y -1 -4 -5 -6 -2 -4 -5 -6 5 -3 -1 -4 -1 2 -6 -4 -5 9 7 -3 6 1 0 0 1 0 0 0 12 1 7 1 2 8 0 0 0 27 34 1 1.62 1.64 69 E 1 1 1 -1 -5 1 4 -3 0 -5 -4 0 -2 -2 -3 2 2 -6 -3 -4 13 6 6 2 0 4 26 2 2 0 1 5 1 2 1 14 13 0 1 0 0.46 1.65 70 L -3 -2 0 1 -3 2 -2 -5 9 -1 0 -2 -2 -3 -5 -1 -3 -5 0 -1 1 2 4 7 1 8 2 0 48 4 9 1 1 0 0 4 1 0 2 5 1.18 1.61 71 L -3 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -3 1 6 -6 0 2 -6 -4 -4 -5 -3 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 7 78 0 1 9 0 1 0 0 0 1 1.40 1.61 72 Q -1 0 2 2 -1 5 4 -2 3 -6 -5 -1 -4 -6 -5 -1 -1 -6 -5 -5 5 5 8 9 2 29 23 4 6 0 1 3 0 0 0 3 3 0 0 0 0.76 1.59 73 H -4 0 0 -1 -3 1 -1 -6 3 2 2 -1 1 1 -6 -2 -3 0 5 -2 1 4 5 3 1 6 4 0 7 13 19 3 4 6 0 3 1 1 18 1 0.43 1.59 74 I -4 0 -6 -6 -3 -4 -6 -7 -6 3 5 -3 3 -1 -6 -4 -4 1 -4 -1 0 5 0 0 0 0 0 0 0 17 62 1 6 2 0 1 0 2 0 3 1.11 1.57 75 L -3 5 -4 -5 -6 2 -3 -5 -4 -1 1 5 -1 -3 -5 -2 -3 -6 -5 -1 1 32 0 0 0 9 0 0 0 4 14 31 1 1 0 2 1 0 0 5 0.86 1.54 76 K -3 3 -3 -4 -5 3 0 -5 -1 -3 -2 5 -2 -2 -4 -1 2 -5 -2 -4 1 17 0 0 0 12 4 0 2 1 4 36 1 2 0 3 16 0 1 0 0.76 1.44 77 Q -3 1 -2 -2 -6 6 5 -4 -2 -5 -5 2 -3 -6 -4 -2 -3 -5 -4 -5 0 7 0 0 0 49 34 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 1.26 1.00 K Lambda Standard Ungapped 0.1368 0.3208 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1686 0.3173 PSI Gapped 0.0516 0.2670