Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -4 -5 -6 -5 -3 -5 -6 -5 -2 -1 -4 11 -3 -6 -5 -4 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 2.73 1.47 2 I -4 7 -4 -5 -6 -2 -3 -5 -3 0 -3 4 -3 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -4 0 61 0 0 0 1 0 0 0 7 2 26 0 0 0 0 1 0 0 0 1.50 1.60 3 A 5 -5 -5 -6 -1 -5 -4 -2 -5 3 0 -5 -2 -1 -3 -2 -2 -6 -5 3 49 0 0 0 1 0 0 3 0 14 7 0 1 3 1 1 2 0 0 18 0.82 1.63 4 L -3 -6 -6 -7 -2 -6 -6 -7 -6 2 3 -6 -1 -3 -6 -4 -2 -6 -4 6 1 0 0 0 1 0 0 0 0 9 22 0 0 0 0 1 2 0 0 64 1.32 1.65 5 I -3 -6 -6 -4 -3 -6 -6 -7 -6 6 3 -6 0 -2 -6 -5 -3 -6 -4 4 1 0 0 1 0 0 0 0 0 44 23 0 1 1 0 0 1 0 0 27 1.21 1.68 6 Q -3 -2 -3 -2 -6 9 -1 -5 -3 -4 -5 -1 -3 -7 -2 0 -2 -6 -5 -5 1 0 0 1 0 86 0 0 0 1 0 1 1 0 2 6 2 0 0 0 2.01 1.71 7 R -4 8 -3 -5 -3 1 -3 -6 -1 -5 -5 1 -5 -6 -4 -3 -2 -6 -3 -5 1 79 0 0 1 5 0 0 1 0 0 5 0 0 1 1 3 0 1 1 1.80 1.75 8 V 0 -5 -6 -6 4 -4 -5 -5 -6 0 -3 -5 -2 -4 -5 -2 -1 -6 -5 7 6 0 0 0 7 1 0 1 0 2 0 0 1 0 0 3 3 0 0 76 1.44 1.72 9 T -1 1 1 -2 -4 -2 -2 -3 -1 -3 0 3 -3 -3 -4 4 3 -3 -4 -3 4 7 5 2 0 2 2 1 2 1 8 18 0 1 0 28 17 0 0 1 0.49 1.78 10 R -2 3 0 -2 -2 3 3 -2 4 -6 -5 1 -4 -3 -4 2 -2 -1 -2 -5 3 13 4 1 1 11 21 3 8 0 0 9 0 1 1 18 2 1 1 0 0.56 1.78 11 A 7 -3 -3 -5 -1 -4 -4 -1 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -4 0 -3 -6 -5 -3 80 1 1 0 1 0 0 4 0 0 1 1 0 0 0 7 1 0 0 1 1.39 1.74 12 S 0 2 -1 -3 -2 1 0 -3 0 -4 -5 1 -3 -5 -4 5 -1 -3 -4 -4 6 12 3 1 1 5 5 2 2 1 1 9 0 0 0 44 3 0 0 1 0.66 1.74 13 V -3 -5 -6 -6 0 -5 -6 -6 -6 1 0 -5 -1 -4 -4 -4 -3 -6 -4 7 1 1 0 0 2 0 0 0 0 5 7 0 1 0 1 1 1 0 0 77 1.43 1.76 14 T -2 1 -3 0 -3 0 1 -4 0 -2 -2 -1 -1 -4 -4 1 5 -3 -3 0 3 7 1 5 1 4 8 0 2 2 3 4 2 1 0 11 34 0 1 5 0.43 1.80 15 V -3 -4 -4 -5 -2 -4 -5 -5 -4 4 -2 -4 -2 -2 -4 -3 -2 -6 -4 6 1 1 1 1 1 0 0 1 0 19 2 1 0 1 1 2 1 0 0 62 1.17 1.75 16 E -1 -3 2 6 -4 -2 3 0 -2 -4 -4 -2 -4 -5 -4 -1 -3 -6 -5 -4 5 1 10 40 0 1 18 7 1 1 2 2 0 0 1 3 1 0 0 1 0.81 1.75 17 G -2 -4 2 2 -3 -1 0 6 -1 -6 -6 -2 -5 -5 -2 -2 -3 -3 -6 -4 3 1 9 10 1 3 6 52 2 0 0 2 0 1 2 2 1 0 0 1 0.90 1.73 18 E -1 1 0 -1 -4 3 5 -3 1 -3 -5 2 -2 -4 -3 -2 0 -6 -4 -3 5 6 4 3 0 11 34 2 3 2 1 12 1 1 1 2 6 0 0 2 0.52 1.73 19 V -2 -3 -3 -4 -1 0 -1 -4 -3 3 0 -2 -1 -2 -2 -2 2 -1 -2 4 3 2 1 1 1 4 5 1 0 14 9 3 1 2 2 2 13 1 1 27 0.31 1.68 20 T -1 -3 -2 -3 0 -4 -2 -4 0 3 -2 -1 -2 -2 -2 -3 0 -5 -2 5 4 1 3 1 2 1 3 1 2 18 2 4 1 2 2 1 6 0 1 40 0.52 1.63 21 G 0 -1 -1 -2 -2 -2 -3 6 -2 -5 -5 -3 -5 -5 -4 2 -2 -5 -5 -3 8 3 2 1 1 1 1 52 1 0 1 1 0 0 0 15 2 0 0 2 0.86 1.55 22 E 2 0 -2 -2 -3 3 3 -3 -1 -4 -4 1 -3 -3 -3 3 -2 -5 -3 -3 16 6 1 1 1 11 18 1 1 1 1 7 1 1 1 21 2 0 1 2 0.38 1.56 23 I -3 -6 -4 -4 0 -5 -6 -5 -3 7 0 -5 0 -2 -5 -4 -3 -5 -4 2 1 0 1 1 2 0 0 1 1 65 5 0 2 1 0 1 1 0 0 11 1.15 1.49 24 G -2 0 1 2 -2 0 0 4 -2 -6 -5 -1 -5 -4 0 -1 0 -6 -5 -4 2 6 5 12 1 4 6 34 1 0 1 4 0 1 5 3 7 0 0 1 0.45 1.50 25 A 0 3 0 -1 -2 1 -1 -1 2 -3 -3 2 -1 -2 2 -2 -1 4 -2 -3 7 14 4 4 1 5 3 5 4 1 2 13 2 2 11 2 3 5 1 1 0.19 1.35 26 G -1 -4 -3 -4 -4 -4 -4 6 -4 -4 -5 -4 -4 -5 0 -1 -3 -4 -5 -1 3 0 0 0 0 0 0 70 0 0 1 0 0 0 5 3 0 0 0 5 1.19 1.18 27 L -3 -4 -5 -5 0 -2 -3 -2 0 1 4 -4 2 1 -5 -3 -2 1 1 -1 2 0 0 0 2 2 2 3 3 8 44 0 5 6 0 2 2 2 6 3 0.49 1.34 28 L -2 -4 -1 -5 3 -4 -4 -2 0 1 3 -4 3 -1 -5 -2 -1 -4 -3 3 3 0 3 0 6 0 0 4 2 5 32 0 8 3 0 3 4 0 0 18 0.41 1.27 29 V 0 -4 -4 -4 2 -4 -4 -2 -4 2 2 -2 2 -1 -4 -1 -1 -4 0 3 7 0 0 0 4 0 0 3 0 12 19 3 5 3 0 6 3 0 3 23 0.29 1.23 30 L -3 -4 -3 -4 -4 -3 -4 -4 4 2 1 -3 3 2 2 -3 1 -3 3 1 1 0 0 0 0 0 1 1 9 10 10 1 9 9 10 1 10 0 9 10 0.32 1.01 31 L -1 -5 -5 -5 -1 -3 -5 -5 -2 2 3 -5 0 -1 -5 -3 -2 0 -2 5 4 0 0 0 1 1 0 0 1 11 24 0 1 3 0 2 2 1 1 38 0.66 1.66 32 G 0 -5 -2 -2 5 -4 -3 6 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -5 -1 -4 1 -5 -5 8 0 2 2 12 0 2 57 0 0 2 0 0 0 0 4 0 2 0 0 1.16 1.70 33 V -1 -5 -5 -6 0 -5 -5 -3 -5 5 -1 -5 1 3 -5 -3 -4 1 -1 4 6 0 0 0 2 0 0 2 0 29 4 0 3 11 0 2 0 2 2 29 0.74 1.90 34 E 0 0 -1 -1 0 -1 3 2 1 -3 -3 -1 1 -2 -4 1 1 -5 -2 -3 9 4 2 3 2 3 22 13 4 2 2 3 3 2 0 10 8 0 1 2 0.24 1.89 35 K -1 1 0 1 1 0 1 -2 3 -2 -3 2 0 -1 1 -1 -1 -5 -1 -2 5 6 5 8 2 4 10 3 6 3 3 12 3 3 8 5 4 0 3 3 0.12 2.17 36 D -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 37 D -2 -5 -1 8 0 -4 0 -5 -4 -3 -6 -2 -6 -6 -5 -2 -2 -7 -6 -3 3 0 2 77 2 0 3 0 0 2 0 2 0 0 0 3 2 0 0 2 1.74 1.88 38 D -2 -3 1 2 -1 0 -1 0 -1 -3 -4 -2 -2 -3 -2 1 5 -1 -5 -3 2 1 7 13 1 4 4 6 1 1 1 2 1 1 2 11 37 1 0 1 0.58 1.88 39 E -1 0 -1 1 1 1 3 -2 1 1 -2 0 0 -1 0 -1 -1 2 0 -2 5 6 3 8 3 5 20 3 4 7 4 5 3 3 5 5 3 3 3 3 0.17 2.11 40 Q 1 -1 0 1 -6 1 3 -2 0 -2 -2 1 0 -1 -1 -1 -1 2 -1 -2 12 3 4 8 0 6 20 3 3 3 3 8 3 3 3 5 4 3 3 4 0.21 2.06 41 K -2 -1 -1 5 0 1 1 -3 0 -1 -3 1 -1 -2 -2 -1 0 -7 -1 -2 4 3 3 33 2 7 10 2 2 5 3 8 2 2 2 3 5 0 2 3 0.48 2.07 42 A 4 -2 -2 -6 1 -2 -3 -2 -1 2 0 -5 1 -1 -2 -2 -1 2 -1 2 32 2 2 0 3 2 2 3 2 13 8 0 3 2 2 2 3 3 2 14 0.44 2.04 43 N 1 1 0 3 1 0 2 -2 1 -1 -3 1 0 -1 -1 -1 -1 2 -1 -1 10 7 4 15 3 5 14 3 3 3 3 7 3 3 3 3 3 3 3 4 0.19 2.11 44 R -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.11 45 L 0 -5 -5 -5 4 -4 -5 0 -4 1 0 -5 3 2 1 0 1 5 2 0 8 0 0 0 8 0 0 8 0 8 8 0 8 8 8 8 8 8 8 8 0.39 1.33 46 C -1 0 1 -5 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -6 -1 0 4 2 0 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0.18 1.89 47 E -2 1 2 1 -5 0 0 -1 3 -2 -3 3 -4 -5 -1 0 -1 4 0 -2 3 6 10 9 0 4 6 4 6 3 3 21 0 0 3 6 4 6 3 3 0.33 1.71 48 R 0 1 -4 0 3 1 0 -4 3 0 -4 0 3 1 -4 0 0 5 -3 0 7 7 0 7 6 7 7 0 6 7 1 7 6 6 0 7 7 6 0 7 0.27 1.56 49 V 1 -4 -3 -4 4 -3 -4 -4 -4 2 1 -3 4 2 -4 1 1 -3 -2 1 11 1 0 1 10 0 1 1 0 11 11 1 10 10 1 11 11 0 0 11 0.37 0.90 50 L 2 -2 -3 -3 1 -2 -3 -3 -1 1 3 -3 1 -2 -1 -1 -1 3 -2 1 16 2 1 2 3 2 2 2 2 7 28 2 3 2 4 5 4 4 2 10 0.30 1.65 51 G -1 0 4 -1 1 0 0 0 2 -5 -3 3 0 -1 -5 -1 0 4 0 -2 5 4 21 3 3 4 5 6 5 0 3 15 3 3 0 5 5 6 3 3 0.36 1.80 52 Y 0 -4 -4 -5 3 1 -4 0 3 0 -1 0 2 1 1 0 0 -4 2 0 6 0 0 0 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 0.14 1.67 53 R -3 6 -1 -3 0 0 0 -4 0 -5 -4 3 -4 -4 -1 -2 -3 -4 -1 -4 1 46 3 0 2 3 5 1 2 0 1 19 0 0 3 3 0 0 3 1 0.86 1.30 54 I -1 -4 -1 -5 2 -4 -4 -1 -4 4 3 -1 2 1 -4 -4 -3 -4 1 1 4 0 4 0 4 0 0 4 0 24 24 5 5 5 0 0 0 0 4 6 0.36 1.25 55 F -3 -4 1 1 4 -4 -4 -4 -3 1 0 -4 3 2 -4 0 -3 5 2 1 1 0 8 8 8 0 0 1 0 8 8 0 8 8 0 8 0 8 8 8 0.33 1.23 56 S 0 0 -1 2 0 0 3 -2 1 -5 -3 -1 -4 -2 3 -1 0 -5 -1 -3 6 5 3 11 2 3 22 3 3 0 2 4 0 2 12 5 6 0 2 2 0.27 1.65 57 D -1 -2 2 6 1 -1 -1 -1 0 -2 -3 -2 -1 -5 -2 -1 0 -6 -5 -5 4 2 11 38 3 2 4 6 2 2 3 2 2 0 2 4 6 0 0 0 0.56 1.64 58 A 1 -2 -1 3 -1 -1 5 -2 0 -3 -3 -1 -2 -2 0 -1 -2 1 -2 -3 10 2 2 14 1 2 32 4 2 2 2 4 1 2 4 5 2 2 1 2 0.40 1.77 59 E 0 -2 3 3 -1 1 3 -2 -1 -5 -4 0 -2 -3 -2 1 -1 0 -4 -2 6 2 13 16 1 7 16 4 1 0 2 4 1 1 2 10 3 1 0 3 0.31 1.75 60 G -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -4 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 61 K -1 1 -1 -1 0 0 -1 -1 0 -1 -2 5 1 -2 0 -1 -2 -5 -5 -1 6 8 3 4 2 3 4 6 2 3 3 30 3 2 5 3 2 0 0 4 0.29 2.07 62 M -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 63 N -2 -1 7 1 -2 -1 0 -2 -1 -4 -4 0 0 -3 -2 -1 -2 2 -4 -3 3 3 43 8 1 2 5 3 1 1 2 6 2 1 2 3 2 3 0 2 0.71 1.68 64 L -1 2 -3 -3 2 0 -2 -4 1 -2 3 2 -1 -2 -5 -1 -2 0 -2 0 5 12 1 2 4 4 3 1 3 2 26 13 1 2 0 4 2 2 1 6 0.24 1.77 65 N -1 -3 3 0 -1 -3 -3 -2 -1 -5 -5 -2 -5 -5 -1 6 0 -6 -5 -3 3 1 13 4 1 0 0 3 1 0 0 2 0 0 2 55 5 0 0 2 0.88 1.81 66 V 1 -3 -5 -3 2 -5 -3 -6 -6 3 3 -5 -1 -2 -3 -3 -2 -5 -4 4 10 1 0 2 4 0 2 0 0 14 24 0 1 1 2 1 2 0 0 30 0.58 1.82 67 Q 0 0 0 0 1 2 1 -1 1 -1 0 1 3 -1 -1 -1 0 -5 -4 -1 8 4 4 5 3 8 8 4 3 3 9 7 8 3 3 4 7 0 0 4 0.04 1.68 68 Q -1 0 0 5 -5 2 2 -1 1 -5 -2 0 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -5 -5 6 4 4 31 0 10 11 4 4 0 4 4 0 0 0 5 4 0 0 0 0.51 1.68 69 A -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 70 G -2 -2 3 2 -1 0 0 4 0 -5 -4 2 -1 -3 1 -1 -3 -5 -5 -4 3 2 12 9 1 5 6 28 2 0 1 11 2 1 6 4 1 0 0 1 0.41 1.55 71 G 0 -2 -2 -4 -1 -3 -2 6 -1 -5 -1 -3 -2 -2 -5 -2 -3 -4 0 -3 7 3 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