Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 T 2 -3 3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -3 1 6 -5 -4 -2 20 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 57 0 0 0 0.93 0.83 2 T 2 -3 3 -3 -4 -2 -2 -3 -4 -4 -4 -2 -4 -5 0 3 4 -6 -4 -3 20 0 16 0 0 1 1 0 0 0 0 1 0 0 4 25 32 0 0 0 0.77 1.20 3 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -4 -7 -6 2 6 -5 5 -2 -6 -5 -4 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 1 0 0 8 77 0 13 0 0 0 0 0 0 0 1.48 1.56 4 S -2 -1 2 -1 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -5 -1 -3 -6 0 3 6 -6 -5 -4 1 3 8 3 0 0 1 1 0 1 0 3 0 0 4 19 57 0 0 0 1.09 1.59 5 T -1 -3 2 -1 -5 -1 -1 4 -4 -3 -5 0 -4 -6 2 3 0 -6 -5 -2 3 1 11 2 0 3 4 27 0 2 1 6 0 0 10 22 6 0 0 3 0.54 1.60 6 K 2 0 -1 -1 -6 0 1 -3 -2 -5 -5 6 -5 -4 -2 -1 -2 -6 -3 -4 14 3 2 3 0 3 8 1 1 0 0 54 0 1 1 4 2 0 1 1 0.94 1.61 7 Q -3 -1 -2 0 -6 7 4 -5 0 -5 -5 -1 -2 -5 -4 -3 -3 -6 -5 -3 1 1 1 5 0 57 28 0 1 0 0 1 1 0 0 0 1 0 0 2 1.46 1.61 8 K -3 6 -2 -4 -2 -2 -3 -5 -3 0 -1 5 -3 -6 -5 -3 -3 -6 -5 -3 2 48 2 0 1 0 0 0 0 5 5 33 0 0 0 0 1 0 0 1 1.22 1.61 9 Q 2 5 -3 -4 -4 2 -3 -4 -1 -5 -3 4 -3 -2 -5 0 -2 -6 -3 -4 17 31 1 0 0 8 1 1 1 0 3 24 1 2 0 7 2 0 1 0 0.78 1.62 10 F 0 2 -4 -3 -5 1 1 -5 3 -2 -3 -1 -1 4 -5 -3 -2 0 6 -3 9 10 0 1 0 6 11 0 6 2 2 4 2 17 0 1 2 1 25 1 0.66 1.61 11 L -5 -5 -6 -7 -4 -4 -6 -7 -2 -1 6 -5 1 0 -6 -5 -4 0 -1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 87 0 3 3 0 0 0 1 2 0 1.53 1.60 12 K -2 7 -3 -4 -6 -1 -2 -4 -4 -5 -5 4 -3 -6 -5 -3 -3 -6 -5 -3 3 62 1 0 0 1 1 1 0 0 1 27 1 0 0 1 1 0 0 2 1.53 1.62 13 G 3 0 -2 -3 0 -1 -3 3 -2 -4 -5 2 -4 -6 -4 4 -1 -6 -4 -4 23 5 1 1 2 2 1 18 1 1 0 11 0 0 0 28 3 0 0 0 0.61 1.63 14 L -2 0 -2 -3 -4 3 0 -5 0 2 3 1 4 -3 -5 -3 -3 -5 0 -2 3 6 1 1 0 14 7 0 3 9 31 9 9 1 0 1 1 0 3 2 0.48 1.62 15 A 6 -3 -4 -5 0 -4 -4 3 -5 -4 -4 -3 -4 -4 -4 0 -2 -6 -3 -3 70 1 0 0 2 0 0 17 0 0 0 1 0 0 0 5 1 0 1 1 1.23 1.62 16 H -3 -2 3 -4 -6 2 -2 -2 9 -2 -2 -3 3 -4 -5 -1 -3 -6 -1 -3 2 1 13 0 0 9 1 2 49 3 4 1 8 0 0 4 1 0 1 2 1.34 1.64 17 H -2 2 2 1 -4 0 -1 -1 6 -5 -5 2 -3 -4 0 1 2 -6 -3 -4 4 10 9 9 0 4 3 4 17 0 0 11 0 1 4 10 11 0 1 1 0.49 1.63 18 L -4 -1 -4 -6 -3 -3 -3 -5 -4 2 5 -2 4 -2 -5 -4 -2 -5 -2 -1 1 3 1 0 0 1 2 1 0 12 59 2 11 1 0 1 3 0 1 1 0.96 1.61 19 N -3 1 3 3 -6 1 1 -2 0 -6 -6 5 -4 -6 -1 0 -1 -4 -5 -5 1 7 11 16 0 5 9 4 2 0 0 31 0 0 3 5 4 0 0 1 0.65 1.60 20 P 0 -2 -1 -3 -5 -2 -1 -4 -5 -4 -5 -1 -5 -6 8 -2 -1 -6 -6 -1 9 2 3 1 0 1 3 0 0 1 0 5 0 0 65 2 4 0 0 4 1.61 1.59 21 V -3 0 -5 -5 -3 -2 -4 -5 -3 5 0 0 -1 -3 -5 -2 1 -5 -1 4 1 6 0 0 1 1 1 1 1 28 8 7 1 1 0 2 10 0 2 29 0.65 1.58 22 V -1 -4 -5 -6 -1 -5 -6 -5 -3 2 2 -5 2 5 -6 -4 -3 -4 -1 5 4 1 0 0 1 0 0 0 1 11 14 0 4 22 0 0 1 0 1 38 0.88 1.59 23 M -3 0 0 -4 -5 6 -2 -5 1 0 0 -1 4 -2 -2 -1 0 4 -2 -3 1 4 5 0 0 35 1 0 3 5 11 3 9 1 2 5 6 6 1 1 0.65 1.59 24 L -3 -6 -6 -6 -2 -3 -6 -7 -6 6 1 -6 0 -2 -6 -5 -3 -6 -4 5 1 0 0 0 1 1 0 0 0 48 9 0 2 1 0 0 1 0 0 37 1.32 1.58 25 G -1 -4 -3 -4 -5 -5 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -2 0 -4 -6 -6 -6 3 1 0 0 0 0 0 87 0 0 0 0 0 0 2 5 0 0 0 0 1.92 1.55 26 G -1 1 -1 -1 -6 1 0 0 -1 -5 -5 7 -4 -6 -3 -2 -3 -6 -3 -4 4 6 3 3 0 6 4 6 1 0 0 62 0 0 1 2 0 0 1 1 1.11 1.55 27 N 1 0 4 2 -5 0 0 2 1 -5 -5 1 -4 -4 -4 2 -2 -1 -4 -5 11 5 22 9 0 4 6 13 3 0 1 9 0 1 0 14 1 1 0 0 0.47 1.55 28 G -2 -4 -1 -2 -5 -4 -2 7 -5 -5 -6 -4 -5 -6 -3 0 -3 -6 -6 -6 1 1 2 2 0 0 2 82 0 0 0 1 0 0 1 5 1 0 0 0 1.72 1.55 29 L -3 -6 -5 -6 -2 -5 -6 -6 -6 4 4 -5 1 -1 -4 -4 -2 -5 -3 4 1 0 1 0 1 0 0 0 0 20 41 0 3 3 1 1 1 0 1 27 0.99 1.64 30 T -2 -3 3 -1 -3 -2 -2 -1 -2 -3 -4 -3 -3 -1 -3 2 6 -5 -2 -3 1 1 13 2 0 1 2 5 1 1 0 1 0 3 1 16 49 0 2 1 0.89 1.60 31 E -2 -2 -1 4 -4 1 5 -2 1 -6 -5 -2 -5 -5 3 -2 -2 -6 -4 -4 2 1 3 21 0 5 37 3 3 0 1 2 0 1 14 3 2 0 1 1 0.85 1.65 32 G 3 -3 4 -2 -5 0 2 2 0 -4 -5 -1 -3 -6 0 1 0 -6 -5 -4 21 1 18 1 0 3 11 15 2 1 0 3 1 0 4 11 6 0 0 1 0.49 1.65 33 V -3 -5 -2 -6 -2 -1 -4 -6 -3 2 2 -5 4 2 -6 -3 -2 2 -2 5 1 0 2 0 1 3 1 0 1 11 15 0 10 8 0 1 1 3 1 42 0.83 1.64 34 L -1 -4 -4 -5 -1 -3 -3 -6 -3 4 3 -3 1 -2 -6 -4 0 -2 -2 3 5 1 1 1 1 1 1 0 1 24 28 1 3 1 0 1 5 1 1 22 0.69 1.65 35 A 2 1 2 1 -5 0 2 -3 -1 -3 -2 3 -2 -3 -3 -1 1 -6 -5 -3 16 6 9 8 0 4 15 2 1 2 4 18 1 1 1 3 7 0 0 2 0.36 1.65 36 E 1 -2 0 0 -3 4 5 -1 0 -4 -4 -1 -1 -6 -4 1 -1 -6 -5 -5 9 1 3 4 1 18 38 4 2 1 1 2 1 0 0 11 3 0 0 0 0.75 1.65 37 I -1 -6 -6 -6 0 -5 -6 -6 -6 6 2 -5 1 0 -6 -5 0 -5 -2 3 6 0 0 0 2 0 0 0 0 45 18 0 3 4 0 0 6 0 1 15 0.98 1.61 38 E -1 1 2 4 -2 -1 3 -2 5 -3 -3 0 -2 -3 -5 -1 -2 -6 -2 -3 6 8 8 21 1 3 16 2 13 2 3 6 1 1 0 5 2 0 1 2 0.50 1.61 39 N -1 1 2 3 -2 1 4 -2 1 -1 -2 -1 0 -4 -3 -1 -1 -6 -3 -2 5 8 9 17 1 6 23 2 3 4 4 3 2 1 1 5 3 0 1 3 0.38 1.61 40 A 5 -1 -1 -3 -1 2 -3 -3 3 -2 -3 -1 -1 -3 -4 -1 0 -5 -1 -1 48 4 3 1 1 9 1 1 7 2 2 3 2 1 0 4 6 0 2 4 0.62 1.61 41 L -2 -6 -6 -7 1 -5 -6 -6 -6 1 5 -6 2 2 -6 -5 -4 7 -3 0 3 0 0 0 3 0 0 0 0 8 53 0 5 7 0 0 0 15 0 5 1.18 1.56 42 N -1 2 2 3 -6 0 3 -3 0 -2 -3 2 -4 -2 -5 -1 -1 0 -2 -3 4 10 8 18 0 3 19 2 2 2 3 14 0 2 0 4 3 1 2 2 0.45 1.56 43 H 3 1 0 2 -1 -1 -1 -3 4 -2 -4 3 -4 -2 -2 0 0 -6 -1 -2 23 7 5 10 2 2 2 1 9 2 1 16 0 2 2 7 6 0 2 3 0.33 1.56 44 H -2 5 0 -2 0 -1 -1 -3 8 -5 -4 -1 -1 -5 -5 -1 -2 -5 -1 -3 4 32 5 2 2 2 2 2 34 0 2 3 2 0 0 3 2 0 2 2 1.07 1.53 45 E -4 -1 -1 0 -6 0 6 0 -1 -6 -3 0 -2 -6 1 -2 -4 -6 -5 -5 0 2 2 4 0 1 67 6 1 0 3 4 1 0 7 2 0 0 0 0 1.15 1.28 46 L -2 -5 -6 -6 -4 -3 -5 -4 -5 1 6 -5 0 -1 -2 -3 -1 -4 -2 0 3 0 0 0 0 1 0 2 0 7 72 0 1 1 2 1 3 0 1 6 1.02 1.28 47 I 2 -3 -4 -5 3 -3 -4 -4 -4 2 0 0 2 1 -4 -3 -2 -4 -3 4 21 0 0 0 6 0 0 0 0 11 7 8 6 6 0 0 0 0 0 34 0.50 0.78 48 K -3 1 1 -3 -4 -1 0 -4 -3 1 1 5 -2 -4 -4 -2 0 -5 -4 0 0 7 6 0 0 0 6 0 0 10 13 44 0 0 0 0 6 0 0 7 0.52 0.78 49 V 1 -4 -4 -5 4 -4 -4 1 -4 2 1 1 3 2 -4 -3 1 -4 -3 1 10 0 0 0 10 0 0 10 0 10 10 10 10 10 0 0 10 0 0 10 0.36 1.00 50 K -1 2 1 -1 -5 1 -1 -1 3 -1 -4 3 -4 -1 -4 0 0 -5 0 0 5 12 8 3 0 5 3 4 6 4 0 21 0 3 0 8 7 0 3 9 0.29 1.28 51 V -2 -6 -6 -7 5 -6 -6 -7 -6 4 2 -6 0 3 -6 -4 -3 0 -2 5 2 0 0 0 10 0 0 0 0 21 15 0 2 13 0 1 1 1 1 33 0.99 1.94 52 A 0 -1 0 -4 -5 0 -1 -3 2 -2 4 0 -1 -1 -1 -1 -3 -5 -2 -2 9 4 5 1 0 5 4 2 5 1 40 5 1 3 3 5 1 0 1 2 0.36 1.89 53 G -1 1 1 2 -3 3 1 2 -2 -2 -4 2 -3 -4 0 -1 -2 -6 -5 -3 4 6 6 11 1 14 10 14 1 3 2 11 0 1 4 5 2 0 0 2 0.30 1.93 54 A 0 -3 5 1 1 -3 0 0 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 0 1 -6 -3 -1 9 1 29 9 3 1 6 8 1 2 3 2 1 1 1 7 9 0 1 4 0.42 1.95 55 D 1 -3 0 3 6 -3 1 -4 -3 -3 -3 0 -5 -3 -1 2 0 -2 -3 -3 11 1 5 18 16 1 9 1 0 1 2 6 0 1 3 14 5 1 1 1 0.51 1.91 56 R -1 4 -2 1 -6 -2 1 0 -1 -3 -1 0 2 -1 2 -1 -2 -1 -3 -3 5 21 1 8 0 1 8 6 1 2 6 6 5 3 11 4 2 1 1 2 0.26 2.17 57 E -1 -3 -2 3 -2 -1 4 -1 -1 -2 -1 -2 0 -2 -3 -1 0 -1 -1 0 5 1 2 15 1 2 23 6 1 2 7 2 3 2 1 4 7 1 2 7 0.23 2.14 58 T -1 -3 0 5 -6 0 2 -3 -1 -2 -3 -3 -1 -3 -2 -1 1 -1 -3 -3 4 1 4 34 0 4 14 2 1 3 2 1 1 1 2 4 10 1 1 2 0.56 2.15 59 K 1 4 -3 -3 -1 -2 -3 -4 -2 0 -2 3 2 -3 2 -3 0 -6 -3 -1 11 22 1 1 1 2 1 1 1 6 4 15 5 1 9 2 6 0 1 5 0.36 2.20 60 Q -2 3 1 2 -6 1 1 -3 1 -3 -3 4 -1 -3 -3 -2 -1 -6 -2 -3 4 16 6 10 0 6 10 2 4 2 2 21 1 1 1 3 3 0 1 2 0.39 2.18 61 L 1 -1 0 2 -6 1 5 -3 -1 -3 -2 -1 -2 -3 -3 -1 0 -6 -2 -3 10 3 3 9 0 6 37 2 1 1 4 3 1 1 1 4 6 0 1 2 0.52 2.15 62 I 1 -5 -5 -4 -2 -2 -4 -4 -5 3 1 -3 3 -1 -4 -3 0 -1 0 3 14 0 0 1 1 2 1 1 0 18 14 1 7 2 1 1 5 1 3 22 0.47 2.04 63 I 4 -4 -4 -4 2 -3 -5 -1 1 2 -1 -3 1 -2 -4 -1 -2 -2 0 0 40 1 1 1 3 1 0 4 4 12 7 2 3 2 1 4 2 1 3 6 0.48 2.02 64 N 1 -2 1 3 -6 2 4 -3 -1 -2 -3 0 -3 -3 -4 -1 -1 -1 -3 -3 13 2 7 14 0 8 25 1 1 3 2 5 1 1 1 4 4 1 1 1 0.38 2.06 65 A 0 -1 -2 0 -6 2 4 -4 0 0 -1 0 0 -1 -4 -1 0 -2 -1 -2 9 2 2 4 0 10 25 1 2 6 5 6 3 3 1 4 6 1 2 3 0.26 2.04 66 I -2 -6 -6 -7 -1 -6 -6 -7 -6 5 4 -6 1 -2 -6 -4 -3 -5 -5 1 3 0 0 0 1 0 0 0 0 35 44 0 2 1 0 1 1 0 0 6 1.11 2.05 67 V 4 -4 -3 -3 6 -2 3 -3 -4 -1 -2 -2 -2 -5 -4 0 -2 -6 -5 0 33 1 1 1 14 1 17 1 0 4 3 2 1 0 0 6 2 0 0 7 0.62 1.98 68 R 0 2 0 2 -6 2 4 -2 -1 -4 -4 1 -2 -4 -3 0 -1 -6 -3 -3 8 10 5 12 0 7 26 2 1 1 2 7 1 1 1 5 4 0 1 2 0.40 1.88 69 E 1 2 0 -1 -1 1 3 -1 1 -2 -2 2 -2 -1 -3 -1 -2 -6 -2 -3 14 10 4 2 1 7 17 5 3 2 5 12 1 2 1 3 3 0 1 2 0.21 1.88 70 T -1 -5 -3 -2 0 -3 -4 -3 1 0 1 -2 -1 -3 -3 1 5 -6 -3 0 5 0 1 2 2 1 0 2 3 4 16 2 2 1 1 12 36 0 1 5 0.51 1.89 71 K -2 2 2 2 -2 0 1 4 2 -6 -5 1 -5 -3 -3 -1 -3 -6 -3 -6 3 10 10 10 1 4 7 26 4 0 1 10 0 1 1 4 1 0 1 0 0.47 1.90 72 A 5 -5 -5 -5 5 -2 -5 0 -5 0 -3 -4 -2 -1 -3 2 -1 -6 -5 -1 44 0 0 0 10 1 0 7 0 5 2 0 1 2 1 16 3 0 0 3 0.74 1.90 73 A 0 -2 -2 1 -1 2 5 -4 3 -1 -3 -1 -2 -3 -5 -2 1 -6 -2 -1 8 1 2 7 1 8 34 1 8 5 3 4 1 1 0 2 8 0 2 5 0.52 1.90 74 Q -2 -3 -2 -6 0 -3 -4 -4 -1 2 3 -2 -1 1 1 -4 -2 -1 -3 4 2 1 2 0 2 1 1 2 2 9 26 2 1 5 6 1 2 1 1 33 0.58 1.90 75 V 0 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -2 4 -1 -5 -1 -2 -3 -5 -2 -6 -2 6 7 1 0 0 0 0 0 0 1 18 3 0 1 1 2 0 1 0 1 63 1.26 1.81 76 Q -3 -2 -2 0 -2 7 0 0 3 -4 -4 -2 -2 -3 -5 -1 -3 3 -2 -6 1 1 1 5 1 55 5 8 7 1 2 1 1 1 0 3 1 3 2 0 1.16 1.81 77 T -1 1 -3 -4 -2 0 -3 -4 3 2 -1 0 0 -3 -5 0 2 -6 -3 4 4 8 1 1 1 4 2 1 6 11 4 7 3 1 0 6 13 0 1 28 0.43 1.82 78 I -3 1 -3 -6 -2 -4 -2 -6 1 7 -1 -3 0 -4 -6 -2 -2 -6 -4 1 1 10 1 0 1 1 3 0 3 64 4 2 2 0 0 3 1 0 0 5 1.16 1.67 79 G -2 -4 -2 -5 -1 -5 -5 7 -5 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S 2 0 4 -1 -3 -2 -3 -3 1 -4 -5 1 -1 -4 -3 4 -1 -6 -5 -4 14 4 22 3 0 1 1 1 3 1 1 9 2 0 1 36 1 0 0 0 0.69 1.50 89 E -2 1 -1 1 -6 0 3 -4 -1 -4 -4 4 -5 -5 4 0 -1 -6 -3 -4 3 5 2 9 0 2 17 1 1 1 2 25 0 0 22 7 3 0 1 1 0.66 1.50 90 E -3 1 1 4 -6 0 4 -4 -2 -5 -6 4 -5 -6 -2 -2 -3 -6 -3 -5 1 7 7 20 0 4 29 1 0 1 0 26 0 0 1 2 1 0 1 0 0.87 1.49 91 A 0 0 1 -1 -4 -1 2 -3 -1 -4 -5 3 -4 -6 5 -2 -3 -2 -3 -4 8 6 8 3 0 2 12 1 2 1 0 21 0 0 31 1 1 1 1 1 0.78 1.50 92 K -3 2 2 0 -6 1 1 -4 -1 -4 -4 6 -4 -6 0 -3 -3 -6 -4 -2 1 10 10 4 0 5 8 1 2 1 1 49 0 0 5 1 1 0 0 3 0.87 1.48 93 I -2 -3 -2 -5 -3 -3 -4 -5 -4 6 -1 -2 -1 -2 3 -4 -4 -4 3 1 2 1 2 0 0 1 1 0 0 52 3 3 1 1 13 0 0 0 11 6 0.95 1.44 94 Q -2 1 0 -1 -5 3 3 -3 -1 0 -3 2 -1 -5 0 -1 -1 -6 -5 1 3 8 4 3 0 15 22 2 2 6 1 12 1 0 4 3 3 0 0 12 0.39 1.46 95 L -3 -4 -4 -5 -3 -5 -6 -6 -6 1 6 -4 -1 -1 -4 -4 -3 -5 -2 -1 2 1 1 0 0 0 0 0 0 7 82 0 0 2 1 1 1 0 1 1 1.29 1.39 96 P -2 -3 -5 -4 -6 -4 -3 -4 -5 -5 -5 -2 -5 -6 9 -3 -3 -7 -6 -3 2 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 3 0 0 90 0 0 0 0 2 2.54 1.28 97 R -3 6 -3 -3 -6 1 -2 -4 -3 -5 -5 6 -4 -6 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 43 0 0 0 3 0 0 0 0 0 54 0 0 0 0 0 0 0 0 1.47 1.09 K Lambda Standard Ungapped 0.1331 0.3164 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1980 0.3174 PSI Gapped 0.0606 0.2670